攀西地区葛藤根瘤菌的RFLP遗传多样性

利用16S rDNA PCR-RFLP和16-23S IGS PCR-RFLP技术对分离自四川攀枝花的43株葛藤根瘤菌进行了遗传多样性研究。供试菌株的16S rDNA用HaeⅢ、MspⅠ、HinfⅠ和TaqⅠ酶切后具有16种遗传图谱类型。16S-23S rDNA IGS PCR-RFLP分析结果表明,在53%的相似性水平上,供试菌株与参比菌株分为两个分支,在81%的相似水平上所有菌株分为13个群。     

盐穗木根际土壤中耐盐菌B6的分离与鉴定

[目的]从新疆五家渠市耐盐碱植物盐穗木根际土壤中分离出兼性耐盐菌B6,并对其分别进行形态特征、生理生化特性分析及16S rDNA鉴定。[方法]采用真细菌16S rDNA通用引物PCR扩增B6菌株的16S rDNA,使用NCBI-Blast软件在GenBank数据库中对其进行同源性检索,使用MEGA4软件构建系统发育树。[结果]B6菌能在0～20%NaCl的条件下生长,为有芽孢的杆状菌;B6的16S rD-NA长度为1 446 bp,与多种地衣芽孢杆菌的16S rDNA序列同源性高达99%。[结论]系统发育树表明B6菌株与地衣芽孢杆菌的亲缘关系最近,结合生理生化分析,可判断B6菌株为地衣芽孢杆菌。     

尖峰岭热带雨林土壤中可培养芽胞杆菌多样性分析

采用热处理法从海南省尖峰岭热带雨林土壤中分离出164株芽胞杆菌,运用16S rDNA PCR-RFLP与序列分析技术对所得菌株进行遗传多样性分析。根据16S rDNA PCR-RFLP酶切图谱的UPGMA聚类分析,在相似性为100%的水平上,分离到的164株芽胞杆菌分属于23个酶切类型,显示出丰富的遗传多样性。16S rDNA序列分析结果表明,这些菌株主要分布于Bacillus(52%)、Paenibacillus(36%)、Lysinibacillus(4%)、Brevibacillus(4%)和Psychrobacillus(4%)5个属,其中优势属为Bacillus;有6株芽胞杆菌的16S rDNA序列与数据库中相应模式菌株的最大相似性为98.3%~99.0%,可能为潜在的芽胞杆菌新种资源。     

PCR结合DGGE技术快速鉴定橘小实蝇及其近缘种

首次采用PCR结合变性梯度凝胶电泳(DGGE)技术对橘小实蝇及其近缘种的线粒体COⅡ和16S rDNA基因序列进行分析.结果表明,通过DGGE可以区分实蝇属不同种类的COⅡ和16S rDNA基因序列.     

郑州草坪白三叶草根瘤菌的分离与分子鉴定

【目的】为研究郑州市区草坪白三叶草根瘤菌的遗传多样性。【方法】实验采用包括16S rDNA及IGS PCR-RFLP和16S rDNA基因序列分析方法。【结果】该研究从郑州市4个不同采样地点的草坪中采集白三叶草根瘤,并分离得到根瘤菌40株;经16S rDNA PCR-RFLP分析,初步确定所有供试菌株属于同一个属。而IGS PCR-RFLP分析将供试菌株分为四个类群,且来自郑州大学的供试菌株具有更加丰富的遗传多样性。对不同IGS型代表菌株的16S rDNA基因序列分析结果与16S rDNA PCR-RFLP的结果一致,表明所有供试菌都属于根瘤菌属(Rhizobium)。【结论】一共分离得到根瘤菌40株,它们都属于根瘤菌属,且分离自郑州大学的根瘤菌具有更加丰富的多样性。     

柑桔黄龙病亚洲种病原（Candidatus Liberobacter asiaticus）16S rDNA的PCR—SSCP分析

应用PCR—SSCP技术对我国柑桔主要产区、泰国和法国留尼湾等地收集到的柑桔黄龙病亚洲种病原（Candidatus Liberobacter asiaticus）16S rDNA进行了分析。PCR结果表明,不同的地区的柑桔黄龙病亚洲种16S rDNA在长度上没有明显区别。进一步的SSCP结果显示,不同地区柑桔黄龙病亚洲种16S rDNA序列在组成上也没有差异。显示来自不同地区、不同寄主品种的柑桔黄龙病亚洲种种内没有存在明显差异。     

柑桔黄龙病亚洲种病原(Candidatus Liberobacter asiaticus)16S rDNA 的PCR-SSCP分析

应用PCR—SSCP技术对我国柑桔主要产区、泰国和法国留尼湾等地收集到的柑桔黄龙病亚洲种病原（Candidatus Liberobacter asiaticus）16S rDNA进行了分析。PCR结果表明,不同的地区的柑桔黄龙病亚洲种16S rDNA在长度上没有明显区别。进一步的SSCP结果显示,不同地区柑桔黄龙病亚洲种16S rDNA序列在组成上也没有差异。显示来自不同地区、不同寄主品种的柑桔黄龙病亚洲种种内没有存在明显差异。     

基于16S rDNA高通量测序技术研究转基因作物对根际细菌群落结构的影响

近几年,随着分子生物学的发展,以16S rDNA基因为分子标记的高通量测序技术凭借低成本、高通量、流程自动化的优势为研究转基因作物对根际细菌群落结构的影响提供了新的技术平台。归纳介绍了基于16S rDNA扩增子高通量测序技术在评价转基因作物对根际细菌群落结构及多样性等方面应用的研究进展,总结了16S rDNA扩增子高通量测序技术应用中存在的问题,并分析展望其在土壤微生物多样性研究中的发展趋势。     

猪胸膜肺炎放线杆菌16SrDNA基因的克隆及序列分析

为了阐明猪胸膜肺炎放线杆菌16S rDNA基因的遗传变异情况,选择猪胸膜肺炎放线杆菌(Actinobacillus pleuropneumoniae,APP)的16S rDNA基因设计引物,应用聚合酶链反应(PCR)扩增APP的16S rDNA基因的部分序列,将该产物克隆到pMDI8-T载体上,重组质粒通过菌落PCR鉴...     

蜡状芽胞杆菌群16S rDNA分析

蜡状芽胞杆菌群主要包括炭疽芽胞杆菌(Bacillus anthracis)、蜡状芽胞杆菌(Bacillus cereus)、苏云金芽胞杆菌(Bacillus thuringiensis).GenBank已有这个群的8个菌株完成了全基因组序列测定.对这8株蜡状芽胞杆菌群菌株中98条16S rDNA的序列进行相互BLAST比较,发现在同一基因组内各个16S rDNA拷贝全局相似度最低为96.47%,在不同基因组间16S rDNA局部片段比对最小相似度达到99.72%,对应片段长度也有1417 bp.这点充分说明,该群的细菌完全共用同一种16S rDNA,根据16S rDNA给细菌分类的特点,它们应该属于同一个种.在亲缘关系上,枯草芽胞杆菌离蜡状芽胞杆菌群最近.     

河北地区花生根瘤菌的系统发育多样性研究

 【目的】了解中国北方地区花生根瘤菌的多样性状况。【方法】采用16S rDNA PCR-RFLP、16S～23S IGS PCR-RFLP和16S rRNA基因的序列分析方法对分离自河北地区的58株花生根瘤菌以及Rhizobium、Agrobacterium、Sinorhizobium、Mesorhizobium和Bradyrhizobium的参比菌株进行系统发育多样性比较分析。【结果】16S rDNA PCR-RFLP方法在细菌属水平上聚群良好；而16S～23S IGS PCR-RFLP则适于属和种水平上的聚群。3种方法在系统发育上得到基本一致的结果。其中有38株花生根瘤菌是与Bradyrhizobium关系密切的慢生菌株，并且与B. japonicum和B. liaoningense的关系最为接近，与有关中国西南地区和华中地区花生根瘤菌的报道结果相似。然而供试菌株中还存在6株快生和10株中慢生花生根瘤菌，其中快生菌在系统发育关系上接近R. yanglingense、R. mongolense和R. gallicum。【结论】河北地区的花生根瘤菌具有更大的多样性。     

花生根瘤菌遗传多样性的RFLP分析

利用16S rRNA PCR-RFLP和16S-23S rRNA IGS PCR-RFLP技术对分离自我国不同地区的55株花生慢生根瘤菌和6株参比菌株进行了遗传多样性研究.16S rRNA PCR-RFLP分析结果表明,在63%的相似性水平上,91%的供试花生幔生根瘤菌与B.japonicum和B.elkanii聚在一起;16S-23S rRNA IGS PCR-RFLP分析结果表明,供试花生慢生根瘤菌具有较丰富的遗传多样性,在65.8%的相似性水平上可分为3大类群.     

费氏中华根瘤菌菌株HH103研究概述

大豆既可以与快生型根瘤菌又可以与慢生型根瘤菌共生固氮。在以往的研究中,已有很多从不同地区的大豆根部分离出来的快生型根瘤菌,这些快生型根瘤菌大多数属于费氏中华根瘤菌属。模式菌株费氏中华根瘤菌菌株HH103现被用于基因序列的研究。该研究从根瘤和根瘤菌的分类依据和主要类型入手,介绍了HH103的主要研究现状,并且讨论其研究方向。     

新疆耐盐苜蓿根瘤菌的分离和高效菌株的筛选

[目的]人工接菌苜蓿根瘤菌和筛选高效菌株.[方法]采集新疆14个地州不同生态区、不同类型土样132份,采用苜蓿捕获法分离、纯化获得81个苜蓿根瘤菌菌株.[结果]快速PCR检测鉴定发现,分离得到的根瘤菌菌株均属于苜蓿中华根瘤菌(Sinorhizobium Meliloti).[结论]耐盐实验表明,这些菌株在YMA培养基上的耐盐能力在3.5;～5;NaCl,进一步分析发现土壤中盐含量与苜蓿根瘤菌的耐盐能力没有明显的相关性.对耐5;NaCl的8个根瘤菌菌株的16S rDNA序列进行分析,发现这些其序列同源性很高,相似性达到99.8;.根瘤菌接种实验表明,这8个菌株均能明显增加紫花苜蓿植株地上部分生长,但不同菌株其固氮效率存在显著差异,其中TC-Y菌株共生固氮效率最高.     

长白山赤杨根瘤内Frankia的基因多样性分析

采集长白山自然保护区北坡东北赤杨、西伯利亚赤杨、色赤杨根瘤样品21个，对根瘤内Frankia DNA的16S-23SrDNA和nifD-nifK两个基因间隔区段(IGS)进行PCR—RFLP分析，研究其基因多样性。结果表明：与赤杨共生的Frankia菌存在丰富的基因多样性，基因类型与宿主种型关系密切。东北赤杨对Frankia的特异性较高，与西伯利亚赤杨和色赤杨共生的Frankia菌有较近的亲缘关系。上述结果说明Frankia菌与其宿主赤杨间存在着协同进化。     

甘蔗近缘属种23S-4.5S-5S rDNA内转录间隔区序列分析

【目的】探讨叶绿体23S-4.5S-5S rDNA内转录间隔区序列在甘蔗近缘属种系统进化中的应用,为深入研究甘蔗近缘属种系统进化提供参考。【方法】以14个甘蔗近缘属种材料为研究对象,测序分析其23S-4.5S-5S rDNA内转录间隔区序列,并应用BLAST分析其在禾本科中的变异情况。【结果】23S-4.5S-5S rDNA内转录间隔区序列在14个甘蔗近缘属种材料间的同源性为100%,属于高度保守区域,但在禾本科各亚科间表现出一定的变异,且在各亚科中都存在其特异的变异位点。【结论】23S-4.5S-5S rDNA内转录间隔区序列在甘蔗近缘属种间属于高度保守的区域,不适合用于甘蔗近缘属种间系统进化的分析,但可为禾本科亚科系统进化的分析提供有用的信息。     

中国北方地区甘草根瘤菌表型及遗传多样性研究

【目的】了解中国北方地区甘草根瘤菌的生物多样性。【方法】采用表型数值分类、16S rDNA PCR-RFLP分析和BOX-PCR指纹图谱分析的方法对北方地区的甘草根瘤菌进行表型、遗传多样性分析。【结果】供试菌株在数值分类聚类分析中约85％的相似水平上产生2个表观群，有11株菌未与已知参比菌株聚群。16S rDNA PCR-RFLP分析表明，供试的20株菌共产生14种遗传型，表现出丰富的遗传多样性。BOX-PCR指纹图谱分析进一步证明与甘草共生的根瘤菌的基因组也具有多样性。【结论】在中国北方地区与甘草共生的根瘤菌在Sinorhizobium、Rhizobium和Mesorhizobium属中均有分布。     

基于rDNA PCR-RFLP分析的侧耳属分子系统学研究

对侧耳属18个种52个菌株以及双孢蘑菇、香菇和亚侧耳各1个菌株的28SrDNA5’端、ITS和IGS1进行PCR扩增,扩增4个属的28SrDNA5’端均得到一长度为1．46kb的片段,侧耳属ITS扩增片段长680bp,亚侧耳700bp,双孢蘑菇和香菇720bp,侧耳属IGSl扩增片段长度发生变异,红平菇和桃红侧耳为1．1kb,其他侧耳为1．0kb,亚侧耳700bp,双孢蘑菇和香菇1．3kb。对扩增片段分别用7种限制性内切酶酶切后进行聚类分析,结果表明双孢蘑菇、香菇和亚侧耳可与侧耳分开,18种侧耳分为五大类：具核侧耳,红平菇和桃红侧耳,鲍鱼菇和囊盖侧耳,金顶侧耳,其他侧耳聚为一类,鲍鱼菇和囊盖侧耳,红平菇和桃红侧耳都只代表1个种。     

甘蔗近缘属种23S-4．5S-5SrDNA内转录间隔区序列分析

【目的】探讨叶绿体23S-4．5S-5SrDNA内转录间隔区序列在甘蔗近缘属种系统进化中的应用,为深入研究甘蔗近缘属种系统进化提供参考。【方法】以14个甘蔗近缘属种材料为研究对象,测序分析其23S-4．5S-5SrDNA内转录间隔区序列,并应用BLAST分析其在禾本科中的变异情况。【结果】23S-4．5S-5SrDNA内转录间隔区序列在14个甘蔗近缘属种材料间的同源性为100％,属于高度保守区域,但在禾本科各亚科间表现出-定的变异,且在各亚科中都存在其特异的变异位点。【结论】23S-4．5S-5SrDNA内转录间隔区序列在甘蔗近缘属种间属于高度保守的区域,不适合用于甘蔗近缘属种间系统进化的分析,但可为禾本科亚科系统进化的分析提供有用的信息。