剑尾鱼CYP1A1基因mRNA定量PCR检测方法的建立

利用SYBR GreenⅡ荧光定量PCR技术,建立了剑尾鱼CYP1A1基因mRNA水平的定量分析方法.从苯并芘浸泡诱导后的剑尾鱼肝脏中提取总RNA逆转录合成cDNA,对目的片段进行PCR扩增、电泳纯化、T-A克隆及测序鉴定.将所得标准品质粒10倍梯度稀释后构建标准曲线并进行熔解曲线分析.用苯并芘(20 μg/L)对剑尾鱼进行诱导,在第1、3、5、7、9、11天分别取肝脏,RT - PCR检测剑尾CYP1A1基因的相对表达量.建立了剑尾鱼CYP1A1基因表达的检测方法和定量标准曲线,构建的剑尾鱼CYP1A1和β-actin基因的标准品Ct值检测范围分别为10 ～26、12～26,扩增效率分别为100.53％、98.40％;建立的标准曲线具有良好的线性关系,相关系数r2均在0.99以上;熔解曲线分析结果显示具有特异的单个峰,表明扩增产物特异性非常好,组内变异系数为0.15％～0.83％,组间变异系数为0.86％ ～ 1.66％.利用本方法对剑尾CYP1A1基因的相对表达量进行检测,结果表明苯并芘可显著诱导剑尾鱼CYP1A1基因的表达.诱导组剑尾鱼肝脏中CYP1A1相对表达量随着时间呈现先上升后下降的趋势,呈倒“U”形;对照组的CYP1A1相对表达量很低,随时间无明显变化.     

猪源大肠杆菌氟苯尼考耐药基因SYBR GreenⅠ荧光定量PCR检测试剂盒的研制

根据Gen Bank中猪源大肠杆菌氟苯尼考耐药基因floR的序列设计1对特异性引物,扩增出floR基因片段,克隆到p MD-18T载体上,构建p MD-18T-floR阳性标准质粒。通过SYBR GreenⅠ荧光定量PCR反应条件的优化、荧光定量PCR标准曲线的建立、熔解曲线的分析及敏感性、特异性、重复性试验,建立针对猪源大肠杆菌氟苯尼考耐药基因floR的荧光定量PCR检测方法,并研制出检测试剂盒,同时对从养殖场分离的156株大肠杆菌进行耐药表型和耐药基因检测。结果显示,研制的试剂盒灵敏度可达1.0×101拷贝,重复性好,特异性强,对大肠杆菌磺胺类耐药菌株、β-内酰胺类耐药菌株、大环内酯类耐药菌株检测均为阴性,熔解曲线分析,扩增产物的熔解温度为88.8~89.2℃,没有引物二聚体和非特异性扩增峰出现,耐药表型与耐药基因检测符合率为96.7%。表明研制的试剂盒适合于临床样品猪源大肠杆菌氟苯尼考耐药基因的检测。     

鸭RLRs和IFN基因SYBRGREENⅠ实时荧光定量PCR检测方法的建立

首次建立以GAPDH为内参,同时检测鸭RIG-I、MDA5、IFN-α和IFN-γ等4种mRNA相对表达量的SYBR GreenⅠ实时荧光定量PCR方法(RT-FQ-PCR)。以目的基因的克隆质粒为标准品,建立标准曲线,并进行熔解曲线、重复性及稳定性分析。该方法 Ct值线性范围为12.0~32.0;目的基因(RIG-I、MDA5、IFN-α、IFN-γ)和内参基因(GAPDH)的扩增效率均在95%~105%,其相关系数均在0.99以上;扩增产物的熔解曲线都只出现1个特异性单峰,无引物二聚体或其他非特异性产物生成,RIG-I、MDA5、IFN-α、IFN-γ和GAPDH的Tm值依次为(81.9±0.33)、(81.9±0.32)、(93.6±0.23)、(81.8±0.28)、(87.8±0.24)℃,其敏感度均达到100copies·μL-1,重复性和稳定性好,为从mRNA水平上深入研究RIG-I样受体、干扰素与鸭机体免疫功能相关性奠定了基础。     

绵羊朊病毒受体37kD/67kD LRP/LR实时荧光定量PCR标准质粒和标准曲线的构建

为实时相对荧光定量PCR检测绵羊组织中朊病毒受体LRP/LRmRNA表达水平,构建目的基因LRP/LR、内参基因β-actin的标准质粒和标准曲线;根据GeneBank中绵羊37 kD/67 kDLRP/LR(LRP/LR)和β-actin基因编码区保守序列,设计特异引物;提取肠道组织mRNA,经反转录RT-PCR扩增,产物回收纯化后,与pGEM-T-easy载体连接,转化大肠杆菌感受态细胞DH5α;质粒提取后经酶切、PCR和测序鉴定后,获得阳性LRP/LR,β-actin重组质粒;将阳性重组质粒107~102梯度稀释作为模板,然后进行实时荧光定量PCR;系统软件自动生成标准曲线及回归方程。结果显示产物溶解曲线峰值单一,说明无引物二聚体及引物特异性高;LRP/LR和-βactin标准曲线相关系数分别为r2=0.999,r2=0.997,说明线性关系好;重复性试验结果显示所构建的重组质粒10次同条件扩增均Ct值具有较好的重现性,且变异率均小于5%,说明标准曲线重复性好,稳定性高。说明成功构建目的基因LRP/LR,内参基因β-actin标准质粒和标准曲线,为实时荧光定量PCR检测绵羊组织中朊病毒受体mRNA表达水...     

SYBR-Green实时荧光PCR检测转基因番木瓜

分别以RBCL基因和PRsV-cP基因、PRSV-RP基因为内源基因和目标基因，设计了3对特异性引物，对转基因番木瓜进行了SYBRGreen实时荧光PCR检测．结果表明，RBCL基因引物对所有供试样品成功扩增，0值为15～16，PRSV-CP引物对转PRSV-CP基因番木瓜样品成功扩增，Ct值为20～25，PRSV-RP引物对转PRSV-RP基因番木瓜样品成功扩增，Ct值为21～22．运用熔解曲线进行产物分析，验证了试验结果的特异性和准确性．     

转基因大麦B-hordein基因荧光定量PCR方法的建立

为快速定量大麦贮藏蛋白基因B-hordein差异表达，利用SYBR Green I 染料法测定转基因大麦和对照花后10 d籽粒B-hordein表达量，通过RT-PCR扩增B-hordein和内参基因actin片段，对PCR退火温度、引物浓度等进行优化，结合扩增曲线和熔解曲线分析。结果表明，转基因大麦B-hordein基因表达量较对照品种Golden Promise显著降低(P ＜ 0.05)，B-hordein和actin扩增片段分别在(84.51±0.01) ℃和(80±0.01) ℃处显示特异性单峰，可成功建立转基因大麦B-hordein SYBR Green I实时定量PCR法。     

麦洼牦牛TLR1基因组织表达分析

【目的】建立一种牦牛TLR1基因表达量的荧光定量PCR检测方法,并分析TLR1基因在牦牛不同组织中的表达差异。【方法】参考牦牛TLR1基因序列,在其保守区设计特异性引物,并以牦牛β-actin基因为内参基因建立荧光定量方法;基于该荧光定量方法分析TLR1基因在牦牛心、肝、脾、肺、肾、大肠、小肠、胃、乳腺、肌肉、卵巢11种组织中的表达水平。【结果】TLR1基因和β-actin基因扩增产物电泳结果呈现单一条带,其产物熔解曲线均为特异的单峰,表明引物具有较高的特异性。组织表达结果显示,TLR1基因在所检测的牦牛11个组织样本中均有表达,其中在肾、肝、脾、肺、卵巢、小肠中表达量较高,在胃、乳腺、心、大肠、肌肉组织中表达量较低。【结论】TLR1基因在牦牛各组织中转录水平差异较大,这可能与各组织对病原体的识别和抵抗能力有关。     

H9亚型鸭源禽流感病毒SYBR GreenⅠ实时荧光定量RT-PCR快速检测方法的建立

针对H9亚型禽流感HA基因保守序列设计引物,建立基于SYBR GreenⅠ检测模式的荧光定量RT-PCR(real-ti me RT-PCR,RRT-PCR),最低检测限为8.33×102拷贝质粒DNA,与常规PCR相比,灵敏度高出100倍。扩增产物的熔解曲线分析只出现1个单特异峰,无引物二聚体,Tm值为(83.83±0.22)℃,组内变异系数为0.52%~1.48%,组间变异系数为0.71%~2.21%,可重复性好;对H5亚型禽流感病毒、鸭肝炎病毒、鸭瘟病毒、鸭源禽1型副粘病毒无扩增;检测速度快,从样本处理到报告结果仅需4.5 h。     

鲤鱼重组IL–17N的原核表达条件优化及蛋白纯化

为获得可溶的鲤鱼IL–17N重组蛋白,构建原核重组表达质粒GST–17N、SUMO–GST–17N和MBP–17N,确定IL–17N的最适促溶标签,并优化其诱导表达条件(诱导剂异丙基–β–D–硫代半乳糖苷(IPTG)的浓度、诱导时间和诱导温度)。结果:成功构建了鲤鱼IL–17N原核重组表达载体GST–17N、SUMO–GST–17N和MBP–17N;融合标签MBP、SUMO–GST和GST的促溶效果依次降低,SUMO–GST–17N、MBP–17N上清蛋白占总蛋白比例分别为47.4%、87.0%;MBP–17N的最佳表达条件为0.5 mmol/L IPTG,25℃诱导8～12 h;经过镍柱纯化,获得可溶MBP–17N蛋白,每克总菌约获得0.09 mg MBP–17N蛋白。     

实时荧光定量RT-PCR检测剑尾鱼IgM mRNA方法的建立

根据剑尾鱼Xiphophorus helleri IgM和β-actin基因序列,分别在保守区域设计并合成引物,从注射免疫后的剑尾鱼头肾中提取总RNA逆转录合成cDNA,对目的片段进行PCR扩增、电泳纯化、T-A克隆及测序鉴定。将所得标准品质粒以10倍梯度进行稀释,采用SYBR Green I染料进行荧光定量扩增,构建标准曲线并进行融解曲线分析。结果表明：构建的剑尾鱼IgM和β-actin基因的标准品Ct值检测范围分别为7~21和8~25,扩增效率分别为2.025、1.970;融解曲线分析结果显示具有特异的单个峰,其Tm值分别为82.43℃、86.09℃,表明扩增产物特异性非常好。本实验中建立的剑尾鱼IgM基因实时荧光定量PCR方法可用于对剑尾鱼IgM基因的转录水平进行测定。     

基于荧光熔解曲线模式RT-PCR快速检测H5N1亚型禽流感病毒

针对H5N1亚型禽流感病毒(AIV)的HA、NA基因保守序列设计2对引物,建立了SYBR Green Ⅰ双重荧光RT-PCR(RRT-PCR)方法,实现了同一反应管内同时检测AIV的H5和N1亚型基因.熔解曲线分析显示,H5和N1扩增片段的熔解温度分别为(795±03)℃和(833±03)℃,无引物二聚体形成,扩增产物片段大小分别为150bp和474bp,与预期大小相符,测序结果证实为H5和N1亚型基因的靶序列.该方法能从H5N1样本中检出阳性扩增信号,熔解曲线可见H5和N1双特异峰;而H5N2样本有阳性扩增,熔解曲线仅见H5单特异峰.AIV的其他HA亚型和其他病毒的RNA、DNA 无扩增信号.本法最低可检测210拷贝·μL-1和195拷贝·μL-1 H5和N1重组质粒,敏感度分别是RT-PCR的100、1 000倍.本研究建立的基于荧光熔解曲线模式RT-PCR可用于H5N1亚型AIV的检测.     

转基因番茄植株Mi1.2表达水平的Real Time PCR检测体系的建立

[目的]为转基因番茄植株的高通量筛选奠定基础。[方法]利用CTAB法提取番茄叶片总RNA进行Real Time PCR扩增,分析转Mi1.2基因的番茄植株表达水平的检测体系。[结果]提取RNA的A260/A280为1.78~1.88,RNA无明显降解。在严谨扩增条件下,引物SYBR2的扩增效率高于SYBR1。Mg2+的适宜浓度为2.0 mg/L。Real Time PCR扩增产物具有良好的特异性,熔解曲线特异峰出现在84.5℃附近,在熔解曲线略低于83℃附近有极微弱的非特异峰。因此在定量反应中信号检测步骤应放在84℃。以4种不同模板分子数条件下扩增曲线Ct值得到的回归方程为Y=-3.78×log(copynumber)+39.50,相关系数为0.998。[结论]该试验获得的Real Time PCR体系可用于转基因植株表达水平的检测。     

公鸡生殖器官组织结构及其 IL‐1β和IL‐6在生殖器官中的定位

[目的]IL‐1β和 IL‐6在公鸡生殖器官免疫保护中发挥着重要的作用,研究拟揭示公鸡生殖器官的组织构造,以及定位 IL‐1β和 IL‐6在其生殖器官中的表达部位.[方法]通过苏木精-伊红染色方法,制作正常生理状态下公鸡生殖器官切片,观察公鸡生殖器官的组织构造以及生殖管道上皮细胞变化规律;同时采用免疫组化定位 IL‐1β和IL‐6在生殖器官的部位.[结果]实验表明,附睾中的管道在公鸡生殖管道中占有很大比例,且生殖管道的上皮细胞的变化特征与其输送精液高度适应;IL‐1β和 IL‐6主要定位于附睾近端输出管上,且 IL‐1β主要定位于短皱褶的近端输出管,IL‐6主要定位于长皱褶的近端输出管上.[结论]结果表明附睾的输出管,尤其是近端可能是清除生殖道中的异常精子、脱落细胞等异物的主要部位     

DSM–18020菌株expI基因的克隆及生物信息学分析

为克隆和研究软腐病菌Dickeya dadantii的信号分子合成酶基因expI,从Dickeya属模式菌DSM–18020的基因组中扩增获得了基因expI。生物信息学分析显示,该基因全长639 bp,与Dickeya dadantii 3937的N–酰基高丝氨酸内酯(N–acyl–homoserine lactone,AHLs)合成酶基因同源性达99%;DSM–18020 expI编码的蛋白质相对分子质量为24 704,理论等电点为5.85,整个肽链中均匀分布疏水氨基酸,且比亲水性氨基酸多,没有信号肽存在;将获得的exp I基因构建到表达载体p ET–28α(+)并转入大肠杆菌BL21(DE3),诱导后的表达产物与理论值一致。     

建鲤内参基因β-actin的实时荧光定量PCR方法的建立

β-actin在真核细胞的生理过程中起着重要的作用,其表达范围广、表达量恒定,常作为内参基因应用于real time PCR中。本文通过RT-PCR克隆出建鲤(Cyprinus carpio var.jian)β-actin的部分cDNA序列,其长度为424 bp,翻译成138个氨基酸,计算的蛋白质分子量为15.4 ku。氨基酸同源性分析显示,建鲤β-actin与斑马鱼(Danio rerio)相似性最高,为99.3%。与其他鱼的相似性也较高,为97.8%～98.6%。同时也克隆出了建鲤β-actin相应的DNA序列,其长度为590 bp。cDNA和DNA的序列比对显示克隆出的建鲤β-actin含有2个内含子,设计一对跨越内含子的引物,采用SYBR GreenⅠ染料建立了real time PCR方法。以肝脏cDNA为标准品,建立了标准曲线,并进行了溶解曲线分析。结果表明,所建立的方法具有特异性强、相关系数高、线性范围广等优点,可应用于建鲤的功能基因表达研究。     

水稻泛素连接酶基因OsHUB2实时荧光定量PCR方法的建立

在已获得水稻泛素连接酶基因OsHUB2过表达转基因植株的基础上,根据OsHUB2基因序列设计3对引物,分别为OsHUB2-1、OsHUB2-2、OsHUB2-3,通过RT-PCR筛选条带特异单一的引物,realtimePCR（qRT-PCR）方法验证最适合检测OsHUB2的反应条件。结果表明OsHUB2-F3R3扩增的PCR产物特异性最强,扩增曲线及熔解曲线等指标都在理想范围内,同时该引物能很好地区分对照及转基因材料,进而筛选出OsHUB2基因上调表达的转基因植株。Realtime体系的建立与优化为今后进一步研究水稻泛素连接酶基因OsHUB2的功能奠定了基础。     

苎麻香豆酸–3–羟化酶基因的原核表达

以湘苎3号为材料,采用RT–PCR克隆,获得苎麻香豆酸–3–羟化酶(Bn C3H)基因的开放阅读框(ORF)序列,测序正确后将该基因片段连接到原核表达载体p ET–22b中,将构建成功的重组子p ET–22b–C3H转入BL21并诱导表达。结果显示:Bn C3H基因ORF区大小为1 536 bp,编码511个氨基酸,推测蛋白相对分子质量为57 800,理论等电点为8.61,编码的蛋白质为亲水性蛋白质;重组子在IPTG浓度为1 mmol/L时,融合蛋白的表达量在诱导2 h后达到最高,经IPTG诱导和SDS–PAGE检测,获得的融合蛋白与预期蛋白相符。     

大豆异黄酮对去卵巢大白鼠垂体雌激素受体和白细胞介素–2表达的影响

为探讨大豆异黄酮(SIF)对雌激素受体(ERα)和白细胞介素–2(IL–2)在去卵巢大鼠垂体各叶中表达的影响,对去卵巢大鼠皮下注射不同剂量的SIF(分别皮下注射1.5、1.0、0.5 mg/kg的SIF)和无水乙醇,另设假手术组,注射等量无水乙醇。待SIF处理至第2、6周时,于各组随机选取5只大鼠进行剖杀,分别对大鼠垂体中ERα和IL–2的蛋白及m RNA表达变化进行研究。结果显示,大鼠去除卵巢后,垂体各叶中ERα和IL–2的蛋白及m RNA表达强度和阳性细胞数均显著下降,补充SIF后有不同程度升高,其中高剂量SIF作用6周后,各指标的表达基本恢复至假手术组水平,其他各组随SIF的剂量增加及作用延长也有部分恢复,表明大豆异黄酮对去卵巢大鼠垂体各叶内ERα和IL–2蛋白及m RNA的表达有促进作用,呈现时间和剂量的依赖性。     

黄牛、牦牛和犏牛睾丸组织Dazl基因实时荧光定量PCR检测方法的建立

为了检测黄牛、牦牛和犏牛睾丸组织Dazl基因mRNA表达水平。利用GenBank中牛Dazl mRNA序列,在其保守区设计并合成特异性引物,以牛肌动蛋白基因(β-actin)为内参,建立实时荧光定量PCR方法。结果表明,在100～10-6 7个拷贝量重组质粒稀释范围内,Dazl和β-actin基因的Ct值与重组质粒的含量均呈良好的线性关系,相关系数均大于0.999。熔解曲线产物为特异的单峰,具有较高的灵敏度和特异性。Dazl基因重组质粒最小检出含量达到10拷贝/μL,批内变异系数保持在1.351%以内,批间变异系数保持在3.217%以内,重复性较好。Dazl基因的mRNA表达量在犏牛睾丸组织中最低,这一分布可能与犏牛精子发生过程中减数分裂调控作用相关。     

裸大麦PKABA1基因实时荧光定量PCR方法的建立

根据GenBank上小麦(M94726)、大麦(AB058924)和黑麦(DQ295068)的蛋白激酶外显子3的编码基因的同源序列比对,设计基因PKABA1的引物,建立了用SYBR Green Ⅰ实时荧光定量PCR检测裸大麦PKABA1基因在不同低温处理时间下mRNA表达量的方法.以样本循环数为纵坐标、以稀释倍数的对数为横坐标建立标准曲线,其相关系数(r2)达到了0.996,扩增效率99％,熔解曲线分析结果显示产物为特异的单峰,退火温度为(80.5±0.5)℃.结果表明,裸大麦PKABA1基因在不同低温处理时间下的表达量稳定,其实时荧光定量PCR法扩增效率高、特异性强、线性范围广、检测周期短,为PKABA1基因作为内参基因进行裸大麦功能基因表达的定量分析奠定了基础.