利用线粒体序列分析野生唇(鱼骨)群体的遗传结构

运用PCR直接测序法,对8个野生唇(鱼骨)群体线粒体ATP6和ND4基因部分序列进行测定,共获得1 629bp序列,序列变异率为4.97％,核酸多样性为0.007 5,表明野生唇(鱼骨)群体保持了较好的遗传多样性;在8个野生唇(鱼骨)群体中共检测出21个单倍型,其中HQ1和HT2单倍型共包含了45.24％的个体,且单倍...     

银鲳3个野生群体线粒体CO Ⅰ基因的序列差异分析

利用PCR技术扩增我国3个不同海域(渤海湾、东海的舟山海域、南海的广东沿海)银鲳(Pampus argenteus)线粒体CO Ⅰ的基因片段,得到长度为604 bp的片段,比较分析了3个不同地区48尾银鲳线粒体CO Ⅰ基因序列的变异和遗传结构.结果显示,48条序列共检测出多态性位点30个,其中简约信息位点6个,各群体内的多态性位点分别为渤海8个、舟山26个、广东1个;48个个体具有18个单倍型,单倍型多样性和核苷酸多样性分别为0.662 2和0.002 8.AMOVA分析结果表明,群体间的遗传变异占总遗传变异的-1.03%,而101.03%的遗传变异源于群体内,3群体总的遗传分化指数(FST)为-0.010 3 (P>0.05).此外,研究结果还显示,群体间遗传分化指数与遗传距离均非常低.分析得出:基于银鲳线粒体CO Ⅰ基因的序列分析,单倍型多样性以东海群体最高(0.800 9)、渤海群体其次(0.700 0)、南海群体最低(0.200 0),而3群体核苷酸多样性则均较低(<0.005);分子变异分析未检测出我国3个野生银鲳群体间存在遗传分化现象.     

紫贻贝野生群体与养殖群体线粒体COI基因的遗传比较分析

[目的]比较紫贻贝野生群体与养殖群体线粒体COⅠ基因的遗传多样性,为其种质资源筛选提供理论依据。[方法]采集山东省乳山市野生紫贻贝(Mytilus edulis Linnaeus)和养殖紫贻贝各12个样本;通过设计特异性引物,采用PCR技术对24个个体的mtDNA COⅠ序列进行了扩增,测序得到的序列总碱基数为706 bp;采用MEGA(Version 4.0)和DnaSP(Version 4.0)软件对序列进行了分析。[结果]24条序列中T、C、A和G碱基平均含量分别为34.6%、16.7%、25.9%和22.8%,其中A+T的含量(60.5%)显著高于G+C含量(39.5%),表现了明显的碱基偏倚。24个个体表现为18种单倍型,包括568个多态位点,单倍型间平均遗传距离为0.683,单倍型多态性(h)为0.953,核苷酸多态性(π)值为0.317 69。[结论]紫贻贝的遗传多样性水平较高,且乳山养殖群体和野生群体无遗传分化。     

基于细胞色素b基因的鱇浪白鱼野生群体和养殖群体遗传多样性分析

为探讨鱇浪白鱼野生群体和养殖群体的遗传多样性,测定了野生群体和养殖群体共29尾鱇浪白鱼的线粒体DNA细胞色素b基因的全序列.结果显示:在所有个体1 140 bp序列中检测到31个变异位点,其中28个转换位点,3个颠换位点,发现21种单倍型.养殖群体的核苷酸多样性指数(0.003 38)和单倍型多样性指数(0.980 95)高于野生群体核苷酸多样性指数(0.003 21)和单倍型多样性指数(0.934 07).野生群体和养殖群体内的遗传距离分别为0.003 39和0.003 43,群体间的遗传距离(0.003 64)略大于群体内遗传距离.分子变异分析(AMOVA)结果显示:Fst=0.064 1(P<0.01),即6.41%的变异来自群体间,93.59%的变异来自群体内,变异大多发生在群体内,野生群体和养殖群体间未发生显著的遗传分化.2个群体Tajima's D检验、Fu和Li's D与F检验均为负值,表明2个群体的检验结果均偏离中性模式,鱇浪白鱼群体可能受到群体扩张和自然选择的作用.     

基于COⅠ基因研究钱塘江三角鲂亲本、放流和自然捕捞群体的遗传多样性与遗传分化

为研究三角鲂Megalobrama terminalis亲本、放流和自然捕捞群体的遗传多样性现状和群体间的遗传分化,运用PCR产物纯化测序的方法,测定了三角鲂2个亲本群体、3个放流群体和1个自然捕捞群体共计6个群体224尾样品的线粒体细胞色素C氧化酶Ⅰ亚基(cytochrome C oxidase subunitⅠ,COⅠ)基因序列.结果表明:在661 bp序列中共检测到192个变异位点(占核苷酸总数的29.05％),A、T、C、G的平均含量分别为26.5％、28.0％、29.0％和16.5％,A+T含量(54.5％)高于G+C含量(45.5％);共检测到31个单倍型,其中,6个为至少2个群体共享的单倍型,hap9和hap2为第一、二优势单倍型,分别占样本总数的48.66％和22.32％,25个为仅1个群体享有的特有单倍型(占总样本数的13.4％),这与基于单倍型的网络结构图得出的hap9为最原始单倍型的结果一致;6个群体的单倍型多样性(Hd)为0.710～0.848(平均值0.705),核苷酸多样性(Pi)为0.00307～0.00840(平均值0.00578),其中,景山亲本群体遗传多样性最高,余杭放流群体遗传多样性最低;群体间遗传分化系数(Fst)为-0.00934～0.19355(平均值0.09909),基因流(Nm)>1;分子方差分析(AMOVA)显示,群体内遗传变异为90.09％,群体间遗传变异为9.91％,6个群体间的Nei's遗传距离为0.003～0.009.研究表明,钱塘江三角鲂群体遗传多样性较高,群体间基因交流较多,部分群体间存在中等遗传分化,自然捕捞与养殖群体间不存在显著的遗传分化.     

缢蛏六群体16S rRNA基因片段序列的差异分析

采用PCR技术扩增了缢蛏线粒体DNA的16SrRNA基因片段，PCR产物经纯化、测序、同源序列比对获得长度为440bp的核苷酸序列。利用16SrRNA基因片段分析了江浙沪地区三个野生群体（江苏射阳、上海崇明、浙江象山）和三个养殖群体（江苏射阳、上海奉贤、浙江象山）的遗传多样性，共检测到了19个单倍型和41个核苷酸多态位点。序列分析结果显示，三个野生群体之间出现了明显的遗传分化，其中崇明群体遗传多样性最高，其次为射阳群体，象山群体遗传多样性最低，表明崇明群体未受到养殖群体基因的污染。在养殖群体之间则没有达到遗传分化，且单倍型混杂，聚类结果显示与象山野生群体亲缘关系最近，这表明长期的养殖过程在一定程度上对野生群体产生了影响，降低了种质资源的丰富度。     

缢蛏六群体16S rRNA基因片段序列的差异分析

采用PCR技术扩增了缢蛏线粒体DNA的16SrRNA基因片段，PCR产物经纯化、测序、同源序列比对获得长度为440bp的核苷酸序列。利用16SrRNA基因片段分析了江浙沪地区三个野生群体（江苏射阳、上海崇明、浙江象山）和三个养殖群体（江苏射阳、上海奉贤、浙江象山）的遗传多样性，共检测到了19个单倍型和41个核苷酸多态位点。序列分析结果显示，三个野生群体之间出现了明显的遗传分化，其中崇明群体遗传多样性最高，其次为射阳群体，象山群体遗传多样性最低，表明崇明群体未受到养殖群体基因的污染。在养殖群体之间则没有达到遗传分化，且单倍型混杂，聚类结果显示与象山野生群体亲缘关系最近，这表明长期的养殖过程在一定程度上对野生群体产生了影响，降低了种质资源的丰富度。     

山东省3个克氏原螯虾地理群体线粒体COⅠ基因的序列差异分析

利用PCR技术扩增山东境内的3个克氏原鳌虾地理群体(济南小清河、东平湖和微山湖)COⅠ基因片段,得到长度约为874bp的片段,分析比较了3群体87尾克氏原螯虾COⅠ基因序列的变异和遗传结构。结果显示,87条序列共检测到8个变异位点,存在6种单倍型。单倍型多样性(H)为0.174,核苷酸多样性(Pi)为0.0036,单倍型多样性(H)以东平湖群体最高(0.243),微山湖群体其次(0.204),小清河群体最低(0.000);3群体的核苷酸多样性(H)均较低(0.001)。分子变异等级分析(AMOVA)表明,3群体间总的遗传分化指数(Fst)为0.023 85(P0.05),群体间的遗传变异仅占总遗传变异的2.38%,而97.62%的遗传变异源于群体内,群体间遗传分化指数与遗传距离均较低。表明山东克氏原鳌虾野生群体的遗传多样性较低,具有较低的遗传分化水平。     

基于Cyt b序列分析黄沙鳖和日本鳖及其杂交子一代的遗传多样性

为了解中华鳖(Pelodiscus sinensis)中黄沙鳖和日本鳖及其杂交子一代的遗传特性,分别对它们的线粒体Cytb基因测序,并进行遗传多样性分析。结果表明：PCR扩增测序黄沙鳖和日本鳖及其杂交子一代3个群体共获得90条序列,18种单倍型;90个个体的Cytb基因碱基A、T、C、G平均含量分别为35.4%、26.0%、27.9%、10.7%,表现出明显的反G偏倚;日本鳖、黄沙鳖和杂交鳖分别有5、6、10种单倍型,日本鳖与杂交子代有共享的单倍型Hap 8、Hap 9和Hap 16;3个群体的变异主要存在于群体内部,变异比例为60.8%;3个群体的单倍型多样性为0.747～0.867,平均核苷酸差异数为12.922～16.262,核苷酸多样性为0.00913～0.01151;杂交子一代的单倍型数、单倍型多样性、平均核苷酸差异数、核苷酸多样性均最高,日本鳖的均最低,黄沙鳖、杂交子一代、日本鳖的多态位点数依次降低。可见,杂交子代遗传多样性较高,杂交可提高中华鳖的遗传多样性。     

基于mtDNA Cytb序列分析养殖与野生刀鲚群体的遗传多样性

为比较刀鲚(Coilia nasus)的人工养殖群体与野生群体的遗传结构差异,为刀鲚的种质资源保护和养殖业的可持续发展提供科学依据,应用线粒体DNA细胞色素b基因的序列分析法研究了灌江纳苗养殖刀鲚子三代(F3)、洄游刀鲚(长江野生群体)和湖鲚3个淡水生活环境下的群体遗传多样性.结果显示:刀鲚线粒体DNA细胞色素b基因大小为1 141 bp;在3个群体22尾个体中,找到12种不同的单倍型,单倍型多态性(h)为0.922,多态位点(S)为18,其中单一多态位点9个,简约信息位点9个,核苷酸多样性(π)为0.0041,平均核苷酸差异数(K)为4.714,平均遗传距离为0.0042.洄游刀鲚和养殖刀鲚群体的核苷酸多样性、遗传距离都比湖鲚高,说明养殖刀鲚比湖鲚的遗传多样性要丰富,仍保持着较高的遗传多样性.     

烟台威海沿海菲律宾蛤仔线粒体遗传多样性分析

[目的]了解我国沿海野生菲律宾蛤仔群体遗传多样性和遗传分化情况。[方法]采用PCR技术对烟台威海2个群体的线粒体COⅠ基因片段进行扩增和序列分析。[结果]50个样本均得到684 bp的COⅠ基因片段序列,共定义了42个单倍型,检测到62个变异位点,2个群体单倍型多样性都较高,而核苷酸多样性相对偏低。用最大似然法(Maximum Likelihood,ML)构建的单倍型系统进化树显示2个地理种群的样本呈现散在分布,无明显的种群分化。[结论]反映了海洋动物的基因交流较容易,不同海域隔离较弱。     

基于COI基因的光倒刺鲃群体遗传多样性与遗传分化研究

[目的]全面了解光倒刺鲃的遗传多样性和遗传结构,为其种质资源保护和利用提供科学依据.[方法]采用自行设计的引物对9条水系共209尾光倒刺鲃样本的线粒体COI基因序列进行测定与分析,并探讨其遗传结构和遗传多样性水平.[结果]在209条COI基因序列中,共检测到12个单倍型,单倍型多样性为0.801,核苷酸多样性为0.0082.单倍型系统树显示,所有群体聚成2支,东江群体的全部样本及北江、赣江和九龙江水系的部分样本组成Ⅰ支,其余样本组成Ⅱ支.单倍型网络分析显示,东江群体单倍型与北江、赣江和九龙江部分个体关系较近,但与其他个体关系相对较远;珠江水系大部分群体与长江、钱塘江、九龙江大部分群体分布于不同的分支.AMOVA分析表明,光倒刺鲃COI基因序列变异主要来自地理区内群体间,占82.33％.错配分析及中性检验显示,大多数群体相对稳定,未发生过群体扩张.[结论]光倒刺鲃群体的遗传多样性总体偏低,应加强对其种质资源的保护;东江水系与珠江水系其他群体既存在一定隔离,又存在着基因交流;珠江水系群体与长江水系群体间分化明显.     

基于线粒体Cytb基因和D-loop区的野生与养殖小黄鱼群体遗传多样性

为研究野生与养殖小黄鱼群体的遗传多样性,基于mtDNA Cytb基因和D-loop控制区对舟山嵊泗海域(SS)和象山三门口海域(SMK)2个小黄鱼野生群体和1个养殖群体(YZ)的遗传结构与遗传分化等进行比较分析。序列分析结果显示,Cytb基因序列为841 bp,其A+T含量(50.2%)与C+G含量(49.8%)相似;D-loop区序列为629~635 bp,A+T含量(58.9%)远高于C+G含量(41.1%)。SS、SMK和YZ群体Cytb基因的单倍型数分别为26、27和12,SS和SMK群体共享2个单倍型(Hap1和Hap13),SMK和YZ群体共享1个单倍型(Hap41);SS、SMK和YZ群体D-loop区的单倍型数分别为27、30和10,SS和SMK群体共享1个单倍型(Hap4)。多样性分析结果显示,3个群体均属于高单倍型多样性(H_d>0.5),其中,SS和SMK群体单倍型多样性和核苷酸多样性高于YZ群体,表明野生群体多样性略高于养殖群体。遗传分化指数显示,2个小黄鱼野生群体间的分化程度极小,而养殖群体与野生群体间存在中度分化。遗传分化指数和AMOVA分析结果表明,群体内个体的变异是遗传变异的主要来源。Cytb基因和D-loop区序列中性检验结果中SS和SMK群体的Tajima’s D值和Fu and Li's值均为负数,且Cytb基因的Tajima’s D值和Fu and Li's值显著(P<0.05)偏离中性,表明2个野生群体有可能经历过群体扩张。单倍型系统发育树显示,SS、SMK和YZ群体均未表现出明显的地理聚集,群体间互有交叉,表明3个群体间的分化尚不明显。     

烟台威海沿海菲律宾蛤仔线粒体遗传多样性分析(英文)

[目的]了解我国沿海野生菲律宾蛤仔群体遗传多样性和遗传分化情况。[方法]采用PCR技术对烟台威海2个群体的线粒体COⅠ基因片段进行扩增和序列分析。[结果]50个样本均得到684bp的序列,共定义了42个单倍型,检测到62个变异位点,2个群体单倍型多样性都较高,而核苷酸多样性相对偏低。用最大似然法(Maximum Likelihood,ML)构建的单倍型系统进化树显示2个地理种群的样本呈现散在分布,没有明显的种群分化。[结论]反映了海洋动物的基因交流较容易,不同海域隔离较弱。     

基于线粒体COⅠ基因序列的掌肢新米虾7个自然群体遗传多样性分析

采用DNA条形码技术,对采自广东清远、惠州、韶关、广州与广西河池、南宁、崇左的7个掌肢新米虾(Neocaridinapalmata)野生群体的97个样本的线粒体COⅠ基因片段进行PCR扩增和测序分析,研究掌肢新米虾自然群体的遗传多样性及遗传结构。结果表明:掌肢新米虾在624 bp的COⅠ基因序列中A、T、C、G碱基的平均含量分别为26.98%、33.17%、20.99%、18.85%,AT含量(60.15%)高于CG含量(39.84%),表现出较强的AT偏倚性;基于COⅠ基因序列的总群体中共检测到4个核苷酸变异位点,定义了5种单倍型,平均核苷酸差异数(K)、单倍型多样性指数(Hd)以及核苷酸多样性指数(Pi)分别为0.611、(0.557±0.025)、(0.00098±0.00007),呈现出高单倍型多样性和低核苷酸多样性;7个自然群体的群体内遗传距离为0.000～0.001,群体间的遗传距离为0.000～0.002;分子方差分析(AMOVA)和遗传分化系数(F_(st))结果揭示,掌肢新米虾的遗传变异主要来自于群体间;中性检验和核苷酸错配分布表明,掌肢新米虾7个自然群体遵循群体扩张模式,发生了历史扩张事件;系统发育分析显示,广东4群体与广西3群体形成姐妹支,表明不同地理区域具有一定的种群特征,可作为单独的管理单位进行保护,Hap1与Hap4分别是广东4群体与广西3群体和惠州群体的共享单倍型,其余单倍型为各群体所独享。     

千岛湖细鳞鲴种群线粒体COⅠ基因变异及遗传分化研究

首先利用鱼类线粒体CO Ⅰ基因两端的保守序列设计简并引物,扩增测序获得了细鳞鲴CO Ⅰ基因1 551 bp序列全长.然后利用CO Ⅰ基因部分序列标记对千岛湖汾口(FK)、姜家镇(JJZ)、富文(FW)以及临岐(LQ)4个细鳞鲴群体84个样本的遗传多样性和遗传结构进行了分析,结果表明:在4个群体中共检测到4种不同单倍型....     

金色鳜鱼选育群体与野生群体的遗传变异分析

采用线粒体Cyt b基因为分子标记,研究金色鳜鱼选育群体与安徽三大水系野生鳜鱼群体的遗传多样性及亲缘关系。结果显示,110个样品的Cyt b基因全序列长为1 141 bp,野生群体共检出12个核苷酸变异位点(变异率0. 011%)、12种单倍型,选育群体无变异位点,仅包含1个单倍型,群体遗传多样性低。序列碱基A、T、G、C的平均含量分别为26. 1%、28. 4%、14. 5%、30. 9%,A+T含量(54. 5%) G+C含量(45. 5%)。分子变异分析(AMOVA)中,21. 64%遗传变异来自群体间,说明鳜鱼群体间产生了一定程度的遗传分化。群体间分子系统树显示,金色鳜鱼选育群体与淮河群体鳜鱼亲缘关系更接近,而长江群体处于淮河群体与新安江群体的过渡,这与各野生群体所处地理位置相关。     

亚东鲑线粒体COⅠ与COⅡ基因遗传多样性分析

[目的]分析亚东鲑线粒体COⅠ与COⅡ基因遗传多样性。[方法]分别从西藏亚东河与亚东鲑养殖站采集野生与养殖亚东鲑各15尾样品,对其线粒体DNA COⅠ、COⅡ基因全序列进行PCR扩增、测序比对。[结果]序列长度分别为631、634 bp。序列分析结果显示:30条亚东鲑线粒体DNA COⅠ、COⅡ序列分别检测到1种、3种单倍型,均无碱基插入、缺失,COⅡ序列有2个位点出现碱基替换;COⅠ、COⅡ序列T、C、A和G碱基平均含量分别为29.5%、28.97%,30.6%、28.47%,22.5%、27.03%和17.4%、15.53%,其中A+T的含量(52.0%、56.0%)均显著高于G+C含量(48.0%、44.0%),均表现出明显的碱基偏倚;COⅠ、COⅡ单倍型多态性(h)与核苷酸多态性(π)值分别为0、0.80与0、0.000 1;根据Kimura双参数模型构建基于线粒体COⅠ、COⅡ序列的系统进化树,两亚东鲑鱼遗传距离分别为0、0.002 4。[结论]西藏亚东鲑的遗传多样性水平较低,且养殖和野生群体无遗传分化。     

鲢长江群体与国外移居群体间遗传变异的主要组织相容性复合体分析

利用MHCⅠ类α2结构域基因片段,分析鲢长江群体(YZL)与多瑙河群体(DAN)、密西西比河群体(MIS)间的遗传变异。从3群体共40尾个体的117个有效克隆中,获得MHCⅠ类α2结构域等位基因68个。主要结果为:(1)YZL、DAN和MIS群体的等位基因数分别为21、27和20个,且群体间核苷酸序列(54.1%～99.5%)、氨基酸序列(39.4%～98.6%)的同源性变异范围大,揭示3群体MHCⅠ类α2结构域的多态性都较丰富。(2)群体内平均核苷酸/氨基酸序列同源性的大小顺序为MIS>DAN>YZL;而群体内核苷酸/氨基酸多样性指数(π/πaa)的大小顺序恰与此相反,表明鲢YZL群体MHCⅠ类α2结构域的变异较DAN和MIS群体大。(3)以氨基酸序列进行AMOVA分析的结果表明,3群体间、国内群体与国外移居群体间都存在显著的遗传分化(P<0.05)。(4)3群体抗原结合区(PBR)的非同义碱基/同义碱基替换值ω的大小顺序为YZL(1.652 5)>MIS(1.499 5)>DAN(1.337 0)>1,且在PBR区检测到5个正向选择位点,揭示3群体鲢MHCⅠ类分子均受到正向选择压力的作用,其中YZL群体的选择压力最大。     

基于线粒体COⅠ基因和D-Loop区序列的7个鲤群体遗传差异分析

[目的]从分子水平探究不同鲤群体的遗传进化差异,明确金边鲤线粒体基因的遗传进化多样性,为深入开展其遗传资源保护及综合利用提供理论依据.[方法]采用PCR直接测序分析金边鲤、晒江鲤、太湖鲤、福瑞鲤、建鲤、兴国红鲤和黑龙江野鲤等7个鲤群体的线粒体COⅠ基因和D-Loop区序列,通过MegAlign 7.0和DnaSP 5.0对多态位点数(S)、单倍型数(H)、核苷酸多样度(Pi)、单倍型多样度(Hd)、平均核苷酸差异(K)及群体内和群体间的遗传距离等遗传信息进行分析,运用Arlequin 3.5进行基因AMOVA分析,并以MEGA 7.0的邻接法(NJ)构建遗传进化树.[结果]获得7个鲤群体的COⅠ基因序列长787 bp和D-Loop区序列长878 bp.7个鲤群体间的COⅠ基因平均遗传距离为0.0035,其中金边鲤与晒江鲤的群体遗传距离最大(0.0011),与建鲤的群体遗传距离最小(0.0004);D-Loop区序列平均遗传距离为0.0292,其中金边鲤与黑龙江野鲤的群体遗传距离最大(0.0269),与福瑞鲤和建鲤的群体遗传距离最小,均为0.0102.在161份样品中,COⅠ基因共检测到12种单倍型,以单倍型HAP2最多;D-Loop区序列共检测到41种单倍型,其中HAP1、HAP2、HAP3、HAP4、HAP6、HAP7、HAP13和HAP15为金边鲤的特有单倍型.COⅠ基因的群体间变异贡献率为19.27%,群体内变异贡献率为80.73%;D-Loop区序列的群体间变异贡献率为20.29%,群体内变异贡献率为79.71%.从基于K2P遗传距离构建的遗传进化树可看出,建鲤、福瑞鲤和太湖鲤3个群体的亲缘关系最近,且同时与金边鲤聚为一小支.[结论]金边鲤的遗传多样性处于较高水平,可进一步选育获得金边鲤独有的优良性状品系,或通过基因辅助技术与其他鲤品种进行杂交而获得更优秀的新品系.