反刍动物埃立克体微滴数字PCR方法的建立及初步应用

为建立反刍动物埃立克体(E.ruminantium)准确定量的微滴数字PCR方法(ddPCR)，本研究以E.ruminantium p CS20基因为靶基因，选取保守区域设计引物和探针，建立了E.ruminantium dd PCR方法。利用本研究建立的dd PCR方法检测E.ruminantium、牛巴贝斯虫、牛双芽巴贝斯虫、环形泰勒虫、无形体、犬埃立克体、牛埃立克体、马埃立克体和立氏埃立克体等，结果显示仅E.ruminantium出现特异性扩增，而与其他寄生虫均无交叉反应，特异性强；将p UC57-p CS20重组质粒标准品10倍倍比稀释(1×10-1拷贝/μL～1×105拷贝/μL)后，利用该dd PCR方法检测，结果显示，该方法对重组质粒标准品的检测限为1.8拷贝/μL，比相应荧光定量PCR方法的敏感性高10倍，本实验建立的dd PCR方法敏感性高；批内和批间重复性试验结果变异系数(CV)均小于2%，重复性好。利用建立的dd PCR方法对50只钝眼蜱样品检测，结果显示，阳性样品反刍动物埃立克体核酸的最低拷贝数为26拷贝/μL,dd PCR和荧光定量PCR检测试剂盒的检出率均为1...     

牛巴贝斯虫TaqMan荧光定量PCR检测方法的建立

为建立一种灵敏、特异、快速的牛巴贝斯虫检测方法,针对牛巴贝斯虫Rap-1a基因设计引物进行PCR扩增,然后构建重组质粒制作标准品,经过优化反应体系、绘制标准曲线,建立了牛巴贝斯虫TaqMan荧光定量PCR方法,并进行灵敏度、特异性及稳定性检测,同时利用该方法对37份田间样品进行检测。结果显示：建立的牛巴贝斯虫TaqMan荧光定量PCR检测方法的标准曲线方程式为y=-3.362×Log（X）+43.32,相关系数R2=0.999,扩增效率为98.4%。该方法的灵敏度为1.0×102 copies/μL,是普通PCR（1.0×104 copies/μL）的100倍。该方法对牛双芽巴贝斯虫、大巴贝斯虫、卵形巴贝斯虫等7种常见的牛梨形虫病检测结果均为阴性,组内和组间重复试验的变异系数均小于2.5%,37份田间样品的阳性检出率为67.5%。结果表明,本试验建立的牛巴贝斯虫TaqMan荧光定量PCR灵敏度高,且特异、稳定,适用于牛巴贝斯虫的诊断,从而为其流行病学调查提供了快速有效的检测方法。     

环形泰勒虫SYBR Green I荧光定量PCR方法的建立及应用

为建立一种快速、敏感检测牛环形泰勒虫的方法,本研究根据GenBank中登录的牛环形泰勒虫Tams1基因序列,设计合成1对特异性引物,通过优化反应条件,建立了检测牛环形泰勒虫SYBR Green I荧光定量PCR检测方法。研究结果显示,该方法可以特异地检测牛环形泰勒虫,而对牛巴贝斯虫、反刍动物艾立希体和弓形虫检测均为阴性;该方法的灵敏度可达到180拷贝/μL,比常规PCR敏感10倍;组内和组间变异系数均小于1.0%。对15份临床血液样品和20只璃眼蜱进行检测,SYBR Green I荧光定量PCR和常规PCR的阳性检出率分别为42.86%和28.57%。本研究建立的SYBR Green I荧光定量PCR检测方法具有特异性强、敏感性高的特点,可准确、高效检测牛环形泰勒虫,为牛环形泰勒虫病防控提供技术支持。     

EHP、SHIV双重TaqMan实时荧光定量PCR检测方法的构建及应用

本研究根据GenBank中已有的虾肝肠胞虫(EHP)和虾血细胞虹彩病毒(SHIV)基因的保守序列,设计特异的引物和探针.建立了快速诊断EHP和SHIV的双重TaqMan实时荧光定量PCR检测方法,并对其特异性、敏感性和稳定性进行检测.结果表明:该方法检测限可达10 copies/μL,其敏感性是SYBR Green r...     

鸭坦布苏病毒TaqMan荧光定量PCR方法的优化

为提高鸭坦布苏病毒(DTMUV)TaqMan荧光定量PCR方法的敏感性和简化反应条件,本研究在前期建立的TaqMan荧光定量PCR方法的基础上,设计一条特异性的反转录引物,优化反应体系,建立了简便、快速、敏感的TaqMan荧光定量PCR方法。该荧光定量PCR方法最低检测限为10拷贝,敏感性是未优化的荧光定量PCR方法的5倍、是普通PCR方法的100倍,并且该方法对DTMUV的最低检测限是0.01半数鸡胚致死量(ELD50)。通过批内和批间实验的变异系数表明优化的荧光定量PCR方法的重复性比未优化的荧光定量PCR方法好。通过该优化的荧光定量PCR方法检测其它常见的鸭病病毒的DNAs或RNAs,证明了该方法特异性好。对现地60份疑似DTMUV的样品进行检测,用该方法检出57份样品为阳性,明显高于普通PCR,并且在区分35Ct值左右样品试验中敏感性优于未优化的荧光定量PCR方法。该优化的DTMUV TaqMan荧光定量PCR方法更适用于DTMUV的快速定量流行病学诊断。     

猪瘟病毒荧光定量RT-PCR检测方法的建立

本研究在CSFV 5'端非编码区设计一对引物和一条特异性TaqMan探针,以构建的重组质粒为标准品,建立了一种检测CSFV的荧光定量PCR方法(FQ-PCR),对该方法进行特异性、敏感性和重复性试验.结果显示,可特异地检测CSFV,该方法在101～107拷贝/μL范围内具有良好的线性关系,灵敏度可达10拷贝/μL,重复...     

性控奶山羊精液X和Y精子分离比例检测方法的建立

旨在建立可以定量计算奶山羊精液中X、Y精子数量的双重TaqMan荧光定量PCR方法,用以检测经过分离的奶山羊精液X和Y精子的数量和比例,为性控技术的开发和生产应用提供技术支撑。本研究选择X、Y染色体中特异基因F9及ZFY片段设计引物,建立标准曲线,优化荧光定量PCR反应体系和条件。通过对阳性标准品梯度稀释以及对60支已知纯度的性控精液进行测定（3次重复）来检验方法的敏感性和可靠性。结果显示,所建立的双重TaqMan荧光定量PCR方法特异性和重复性好,X和Y精子检测灵敏性分别为47和51 copies·μL^-1;利用该方法对商品化的奶山羊性控冷冻精液中X和Y精子的数量和比例进行计算,其结果与销售公司提供的X和Y精子的纯度无显著差异（P>0.05）,表明该方法结果可靠。本研究建立的计算奶山羊X、Y精子数量的双重TaqMan荧光定量PCR方法特异性和重复性好,灵敏度高,结果可靠,为计算奶山羊精液分离后X、Y精子数量及比例提供了快速可靠的方法。     

鸭痘病毒TaqMan荧光定量PCR检测方法的建立

为建立检测鸭痘病毒的TaqMan荧光定量PCR方法,本试验克隆了鸭痘病毒P4b基因,构建重组质粒pMD-DPV-P4b,并将其作为标准阳性模板。参照GenBank收录的禽痘病毒P4b基因设计合成1对特异性引物及与该引物相匹配的特异探针。以定量的10倍系列稀释的质粒pMD-DPV-P4b为标准品,通过对反应条件进行优化,建立了一种检测鸭痘病毒的TaqMan荧光定量PCR方法。结果显示,该方法与禽流感病毒、鸭黄病毒、鸭肝炎病毒、新城疫病毒、鸭瘟病毒和小鹅瘟病毒等其他水禽病毒,以及山羊痘病毒和鸡痘病毒等其他痘病毒均无交叉反应,特异性好。该方法最低检测限为1.29×10²拷贝/μL,比普通PCR检测方法高100倍。组内和组间变异系数均小于2%。结果表明,本试验所建立方法具有灵敏、特异、安全、快速的特点,适用于鸭痘病毒的检测。     

荧光定量PCR检测硬蜱体内莱姆病螺旋体的研究

为建立一个荧光定量PCR检测硬蜱体内莱姆病螺旋体的方法,根据GenBank登录的莱姆病螺旋体鞭毛蛋白FlaB序列,应用生物学软件进行序列比对,在保守的C段区设计与筛选特异引物和TaqMan探针。对荧光定量PCR反应体系与条件进行优化,验证方法的特异性、敏感性,并通过对感染螺旋体的蜱样本的检测,评价该方法的实用价值。结果显示,自然感染莱姆病螺旋体的35份蜱标本检测阳性符合率100%,正常蜱20份标本的检测结果均为阴性。该方法对牛巴贝斯原虫、泰勒原虫、边缘无浆体、金龟子绿僵菌、大肠杆菌等蜱体常见病原微生物所抽提的DNA的检测均呈阴性。荧光定量PCR方法检测质粒的灵敏度可达1×102拷贝/μL。TaqMan荧光定量PCR方法检测硬蜱体内莱姆病螺旋体具有较好的敏感性和特异性,可适于莱姆病的流行病学调查和监控。     

双芽巴贝斯虫TaqMan实时荧光PCR检测方法的建立

根据双芽巴贝斯虫(Babesia bigemina)18SrRNA基因的保守序列,设计特异性引物和TaqMan探针,建立了检测双芽巴贝斯虫的实时荧光PCR方法。该方法灵敏度高,最小检出量为1.1×101 copies/μL的标准质粒,比常规PCR灵敏1 000倍;重复性好,组内和组间重复性试验的变异系数分别为0.21%¹.14%和0.31%1.14%和0.31%¹.50%,均小于2%;特异性强,对牛常见的其他两种血液原虫和健康血液无交叉反应。用建立的实时荧光PCR和常规PCR分别对30份临床样品进行检测,实时荧光PCR和常规PCR的检出率分别为30%和16.7%。结果表明,本研究建立的荧光TaqMan实时荧光PCR方法可以灵敏、准确、快速检测双芽巴贝斯虫感染,将为蜱传牛梨形虫病的流行病学调查和防制提供新的方法。     

Real-time PCR方法和PCR方法检测虾白斑综合征病毒

由白斑综合征病毒引起的虾白斑综合征是国际兽医局（OIE）规定的必须上报的水生动物二类疫病。本研究首先通过设计新的PCR引物，提高了PCR检测白斑综合征病毒的阳性检出率。为进一步提高白斑综合征病毒检测的灵敏度，本研究采用TaqMan探针技术建立了快速检测白斑综合征病毒的real-time PCR方法，通过与常规PCR方法比较，证实其检测灵敏度显著提高。     

应用TaqMan荧光定量PCR检测牛分枝杆菌

为建立快速检测牛分枝杆菌(M.bovis)的TaqMan荧光定量PCR方法,本研究以GenBank登录的M.bovis特有229 bp基因为研究对象,设计并合成引物及探针。该方法具有较好的特异性,与标准质控菌株呈阳性反应,与其他微生物样品呈阴性反应;灵敏性最低检测值可达1 pg/mL;对20阳性临床样品进行荧光定量PCR检测,均为阳性;而对培养为阴性的20份临床样品进行检测,6份为阳性。该研究结果表明,建立的方法特异性强,敏感性高,稳定性好,能够用于M.bovis的鉴别检测,对牛分枝杆菌病的快速检测和早期诊断具有重要意义。     

猪博卡病毒实时荧光定量PCR检测方法的建立

根据GenBank公布的猪博卡病毒(PBoV)序列,通过VP1/2基因设计引物和Taq Man探针建立实时荧光定量PCR检测方法。建立的方法与PPV、PRRSV及PCV均无交叉反应,具有较高特异性,在107 copies/mL～101 copies/mL模板范围内具有良好的线性关系,所制作的标准曲线相关系数为0.997,最低可检测到101copies/mL的阳性质粒。说明所建立的PBoV实时荧光定量PCR检测方法具有灵敏度高、特异性好和精确性高等优点。     

猪链球菌通用及2型TaqMan荧光PCR检测技术建立与应用

在对设计合成的引物和6-carboxy-fluorescein(6-FAM)荧光素标记的TaqMan水解探针进行筛选的基础上,通过反应体系优化,建立了检测猪链球菌通用和2型的2种荧光PCR检测技术,实现了对猪链球菌的快速检测和定型。敏感性、特异性、重复性、感染组织模拟试验及临床样品的检测结果均表明建立的方法快速、特异、灵敏,整个检测过程(包括样品的前处理时间)可在1.5 h内完成,检测培养物和模拟组织样品的灵敏度可达10 CFU～100 CFU。     

A型猪塞内卡病毒TaqMan荧光定量PCR方法的建立

本研究针对A型猪塞内卡病毒(Senecavirus A, SVA)基因组保守区域设计了特异性引物及探针,建立了快速检测SVA的Taq Man荧光定量PCR方法。结果显示,以构建的重组质粒为标准品建立的Taq Man荧光定量PCR方法,标准曲线具有良好的线性关系,线性相关系数达0.9974;特异性良好,与口蹄疫病毒、猪流行性腹泻病毒、猪传染性胃肠炎病毒、猪瘟病毒、猪伪狂犬病毒不存在交叉反应;对SVA核酸最低检测下限为3.75 copies/μL,而普通PCR最低检测下限为3.75×103 copies/μL;批内和批间的变异系数为均小于5%,重复性良好。本研究建立的SVA TaqMan荧光定量PCR方法为检测猪水疱性疾病病原提供了一种快速、灵敏的检测方法,为开展SVA流行病学调查提供了技术支持。     

两种荧光定量PCR方法检测猪瘟病毒的比较及应用

根据猪瘟病毒（Classical swine fever virus,CSFV）5端非编码区保守区域,设计猪瘟病毒特异性的引物和探针,建立了基于SYBR Green和TaqMan探针的两种荧光定量PCR检测方法。灵敏性和特异性试验结果表明,两种方法能够特异性地检测出不同型的猪瘟病毒,而对同属的牛病毒性腹泻病病毒以及其它一些主要猪病病原检测结果均为阴性。两种方法对猪瘟病毒C株的检测下限均为101TCID50,均高于常规的套式PCR。用携带该基因片段的重组质粒为模板进行检测,SYBR Green方法的检测下限为3×100copies,比TaqMan探针方法更加灵敏（3×101copies）。应用建立的SYBR Green方法对2009年采集于浙江地区不同猪场的20份病猪样品进行CSFV检测,有8份样品为阳性,与套式PCR方法检测结果一致。进一步应用SYBR Green方法对不同感染阶段细胞内病毒RNA复制水平进行检测,与病毒滴度的结果基本一致。因此,本研究建立的SYBRGreen荧光定量PCR检测方法能够应用于组织和培养细胞中猪瘟病毒的检测。     

饲料及动物性食品中山羊源性和绵羊源性成分双重荧光PCR检测方法的建立

目的建立一种能同时检测饲料及动物性食品中的山羊和绵羊源性成分的双重荧光PCR方法,应用于动物源性饲料及动物性食品的快速检验.方法分别根据山羊、绵羊线粒体种间保守序列,设计合成针对山羊和绵羊的特异性引物及TaqMan探针,通过荧光PCR反应体系和反应条件的优化筛选,建立可同时检测饲料及动物性食品中的山羊和绵羊源性成分的双重荧光PCR方法.结果本研究所建立的双重荧光PCR检测方法可同时快速检测饲料及动物性食品中的山羊和绵羊源性成分,应用本方法检测山羊肉和绵羊肉模板的检出限均为10-5,与相应的单重荧光PCR方法的检出限一致,比国标法(GB/T20190-2006)的灵敏性高100倍.结论本研究建立的双重荧光PCR检测方法特异性好、敏感性强,适用于饲料、肉制品、乳制品等动物源性食品的快速检测     

小鼠IL-6、iNOS TaqMan荧光定量PCR 检测方法的建立及应用

为探讨脑心肌炎病毒(EMCV)感染后IL-6、iNOS基因的表达水平,从分子水平深入研究EMCV的致病机制,分别针对小鼠IL-6、iNOS及管家基因β-actin 的基因序列设计特异性引物和探针,构建含有各自引物扩增序列的重组质粒作为阳性标准品,建立了检测IL-6、iNOS和β-actin的TaqMan real-time PCR检测方法。该方法线性关系好,IL-6、iNOS和β-actin标准曲线的相关系数均达到0.998;敏感性高,初始模板的检出下限均达到1×10¹拷贝/μL;特异性强,只有以总RNA反转录成的cDNA为模板,并加入特异性引物和探针的反应才检测到荧光信号;重复性好,组内与组间的变异系数均小于2%。应用所建立的检测方法,对猪源EMCV GXLC株感染小鼠的脑、心脏中IL-6、iNOS mRNA的表达水平进行了检测。结果表明,本研究建立的TaqMan real-time PCR检测方法灵敏度高、特异性强、重复性好,可以用于小鼠IL-6、iNOS基因的检测及定量分析。     

禽腺病毒血清4型感染鸡组织中NLRP3基因转录水平的实时荧光定量PCR分析

旨在分析禽腺病毒血清4型（FAdV-4）感染鸡组织中NLRP3基因的转录水平,本研究设计鸡NLRP3特异性引物,利用RT-PCR扩增NLRP3基因180 bp片段并克隆至pMD-18T载体,制备重组质粒pMD-18T-NLRP3。以pMD-18T-NLRP3质粒作为标准品进行荧光定量PCR并建立标准曲线。通过反应条件优化,成功建立了检测NLRP3基因的实时荧光定量PCR方法,并利用该方法对致病性FAdV-4感染鸡组织中NLRP3基因的转录水平进行了分析。结果显示,所设计的NLRP3引物可特异性扩增鸡NLRP3基因,建立的实时荧光定量PCR对鸡NLRP3标准质粒的扩增曲线良好,标准品的拷贝数与Cq值呈现良好的线性关系。与对照组相比,NLRP3分子在FAdV-4感染鸡肝和脾中的转录水平极显著高于对照组（P<0.001）,在盲肠扁桃体和法氏囊的表达显著高于对照组（P<0.01）。本研究所建立的鸡NLRP3基因SYBR Green Ⅰ实时荧光定量PCR可以检测FAdV-4感染鸡不同组织中NLRP3的转录水平;致病性FAdV-4感染所造成的组织炎症损伤与NLRP3分子密切相关。