藏猪对饲粮纤维的消化及其与肠道微生物的相关性研究

旨在研究藏猪对饲粮纤维素和半纤维素的消化及其与粪便细菌的相关性,探索藏猪具备较强纤维降解能力的潜在因素。采用消化试验测定150 d放牧藏猪、舍饲藏猪和商品猪（杜×长×大猪,DLY猪）对饲粮纤维的表观消化率。采集粪便样品利用单分子实时测序技术,测定粪便细菌16S rRNA基因全长序列,分析粪便细菌群落的结构和多样性,采用Spearman相关分析获取饲粮纤维表观消化率与粪便中细菌群落的相关性。结果表明,放牧藏猪对饲粮纤维素和半纤维素的表观消化率显著高于舍饲藏猪与DLY猪（P<0.05）。在放牧藏猪、舍饲藏猪与DLY猪粪便细菌中共鉴定出15个门、26个纲、48个目、87个科、190个属、419个种。放牧藏猪粪便细菌中有1个门纤维杆菌门（Fibrobacteres）、3个属拟普雷沃菌属（Alloprevotella）、纤维杆菌属（Fibrobacter）与琥珀酸弧菌属（Succinivibrio）、3个种（Alloprevotella rava、Fibrobacter intestinalis、Succinivibrio dextrinosolvens）相对丰度显著高于舍饲藏猪与DLY猪（P<0.05）,并与饲粮纤维表观消化率呈显著正相关（P<0.05）。综上所述,放牧藏猪具备较强的纤维消化能力,这种能力与粪便中的纤维降解菌密切相关。     

育肥猪粪便菌群结构及其与生长速度的相关性分析

【目的】 研究育肥猪的生长速度与粪便微生物之间的作用关系，寻找与猪生长速度相关的微生物菌群。【方法】 选取50头出生重相近的仔猪，在相同饲养环境中进行饲养管理，生病猪及时转出试验组，125日龄时按体重由高到低排序，把体重最高和最低的4头猪分别分为体重高（51.30 kg±2.57 kg，HW）、低（36.90 kg±2.50 kg，LW）组，通过16S rRNA测序，对125日龄生长育肥猪的粪便微生物区系多样性、群落组成及与生长速度的关联性进行分析。【结果】 Alpha多样性分析显示，两组间均无显著差异（P>0.05）。主成分分析结果显示，HW和LW组中能够明显区分菌群结构。粪便微生物结构组成分析表明，HW和LW组的优势菌门均为厚壁菌门、拟杆菌门和螺旋体门，优势菌属为密螺旋体属、乳杆菌属、链球菌属和未被培养菌属Muribaculaceae菌。LW组中拟杆菌门丰度极显著高于HW组（P<0.01），纤维杆菌门丰度显著高于HW组（P<0.05），而髌骨细菌门丰度显著低于HW组（P<0.05）。对粪便微生物结构组成进行差异分析发现，HW组检测到16个特有菌门，LW组检测到1个特有菌门和24个特有菌属。将肠道菌群与生长速度进行相关性分析，共发现10个菌门，18个属与体重（BW）和平均日增重（ADG）呈正相关，7个菌门和12个属与BW和ADG呈负相关。【结论】 相同日龄不同生长速度的猪粪便微生物的区系结构存在显著差异，差异菌群可能对猪的生长速度起到了一定的调控作用，本研究结果为研发益生菌和提高猪生长速度提供了参考依据。     

圈养老年大熊猫肠道内菌群结构研究

为了研究圈养大熊猫肠道内菌群结构,试验采用高通量测序技术分析4只圈养老年大熊猫新鲜粪便中细菌和真菌组成,并对比分析不同年龄大熊猫肠道内的菌群结构。结果表明:在门水平上,圈养老年大熊猫粪便细菌主要由变形菌门(63.98%)、厚壁菌门(35.29%)组成,真菌主要由子囊菌门(46.82%)、担子菌门(2.18%)组成;在属水平上,细菌主要由大肠杆菌属(45.26%)、链球菌属(15.80%)、不动菌属(15.34%)、梭菌属(9.79%)和串珠菌属(5.93%)组成,真菌主要由腐质霉属(19.35%)、德巴利酵母属(15.82%)、镰刀菌属(2.91%)、曲霉菌属(1.51%)组成。不同年龄的大熊猫肠道内菌群组成存在差异,与亚成年、成年大熊猫相比,老年大熊猫肠道内细菌和真菌在门、属水平上组成相似,但细菌变形菌门丰度提高、厚壁菌门丰度降低,不动菌属丰度增加;真菌子囊菌门丰度提高、担子菌门丰度下降,德巴利酵母属丰度增加。     

香芹酚和百里香酚对断奶仔猪结肠微生物的影响研究

试验旨在研究日粮添加香芹酚和百里香酚对断奶仔猪结肠微生物群落结构和代谢通路的影响。选取28日龄、体重8.5 kg±1.0 kg断奶仔猪64头,随机分为4组,每组16个重复,每个重复1头猪。A组（对照组）饲喂基础日粮＋抗生素,B组饲喂基础日粮＋20 g/t香芹酚,C组饲喂基础日粮＋20 g/t百里香酚,D组饲喂基础日粮＋20 g/t香芹酚-百里香酚混合物（质量比2：1）。试验期30 d。基于Illumina HiSeq测序平台,利用双末端测序（Paired-End）的方法进行测序。通过对OTUs聚类,进行物种注释及丰度分析;进一步进行α多样性、β多样性分析及显著物种差异分析和功能基因预测分析。结果显示：①各试验组结肠微生物多样性均显著高于对照组（P<0.05）;②D组结肠中厚壁菌门（Firmicutes）相对丰度极显著高于对照组（P<0.01）,显著高于B和C组（P<0.05）,拟杆菌门（Bacteroidetes）相对丰度显著高于对照组和C组（P<0.05）,Epsilonbacteraeota、螺旋体门（Spirochaetes）、变形菌门（Proteobacteria）相对丰度极显著低于对照组（P<0.01）。D组结肠中弯曲杆菌属（Campylobacter）相对丰度极显著低于对照组（P<0.01）,D组理研菌科RC9肠道群（Rikenellaceae_RC9_gut_group）相对丰度显著高于B组（P<0.05）,D组罗斯氏菌属（Roseburia）相对丰度极显著高于对照组（P<0.01）,D组螺杆菌属（Helicobacter）相对丰度极显著低于对照组（P<0.01）;③D组结肠微生物脂质代谢水平极显著高于对照组（P<0.01）,结肠微生物碳水化合物代谢、其他次生代谢物的生物合成和其他氨基酸代谢水平显著高于对照组（P<0.05）,结肠微生物能量代谢水平极显著低于对照组（P<0.01）。综上,在本试验条件下,断奶仔猪日粮中添加20 g/t的香芹酚-百里香酚混合物,改善了断奶仔猪结肠微生物群落结构,结肠中有益菌的相对丰度提高,有害菌的相对丰度降低,促进了结肠微生物的代谢功能。     

饲粮纤维水平对育肥羔羊瘤胃微生物组成及多样性的影响

试验旨在研究提高饲粮纤维水平对育肥羔羊瘤胃微生物组成及多样性的影响。试验选择健康无病、体重相近的2月龄杜湖杂交公羔,按照体重随机分为2组,每组38只,分别饲喂不同的饲粮,对照组（LW_CK）饲粮为精料+苜蓿,处理组（LW_EG）为精料+苜蓿+全株玉米青贮+花生秧;试验期150 d,其中预试期20 d,正试期130 d,试验结束后,每组随机选择5只羔羊屠宰取瘤胃内容物,通过16S rDNA高通量测序技术分析其微生物多样性及结构变化。结果表明,处理组羔羊瘤胃中细菌多样性显著高于对照组（P<0.05）。在门水平上,处理组羔羊瘤胃中优势菌门为拟杆菌门（Bacteroidetes）和厚壁菌门（Firmicutes）,对照组优势菌门为拟杆菌门和变形菌门（Proteobacteria）。提高纤维水平后显著增加了育肥羔羊瘤胃中厚壁菌门的相对丰度（P<0.05）;显著降低了变形菌门的相对丰度（P<0.05）。在属水平上,对照组与处理组羔羊瘤胃菌群共鉴定出195个属,处理组优势菌属为普雷沃氏菌属（Prevotella_1）和解琥珀酸菌属（Succiniclasticum）,对照组优势菌属为琥珀酸弧菌属（Succinivibrionaceae）和普雷沃氏菌属（Prevotella_7）。提高饲粮纤维水平,增加了育肥羔羊瘤胃中解琥珀酸弧菌属、密螺旋体属（Treponema_2）、疣微菌属（Ruminococcaceae）、月形单胞菌属（Selenomonas_1）的相对丰度,显著降低了琥珀酸弧菌属相对丰度（P<0.05）。综上所述,适量提高饲粮中纤维水平对育肥羔羊瘤胃微生物菌群结构有一定影响,能够促进部分纤维降解菌的增殖,有利于育肥羔羊的瘤胃发酵和养分消化利用。     

腹泻犊牛与健康犊牛粪便菌群结构组成与功能研究

本研究旨在探究腹泻与健康犊牛粪便微生物的结构组成与分布特征,筛选出一些可作为评价犊牛腹泻参考指标的特异性菌群。试验采集10份腹泻和10份健康夏南牛犊牛的粪便样本并提取粪便总DNA,运用16S rRNA高通量测序技术,比较腹泻组和健康组在微生物多样性方面（组成及结构）存在的差异,获得两组间具有统计学差异的Biomarker,并对差异功能基因进行注释。结果表明,腹泻犊牛粪便微生物的多样性小于健康犊牛;在门水平上,与健康组相比,腹泻组犊牛粪便中微生物相对丰度显著升高的是变形菌门和梭杆菌门,螺旋菌门显著降低（P<0.05）;在属水平上,与健康组相比,腹泻组犊牛粪便微生物中埃希氏-志贺菌属、梭杆菌属、乳杆菌属和梭状芽孢杆菌属相对丰度明显升高,不可培养拟杆菌目S24-7群、拟普雷沃菌属和普雷沃氏菌科的菌属显著降低（P<0.05）。通过对COG功能预测分析,腹泻组在翻译、核糖体结构和起源类群明显降低。通过KEGG代谢途径分析,腹泻组粪便中显著升高的代谢通路是碳水化合物代谢和外源性物质降解和代谢,显著降低的代谢通路分别是细胞增殖和死亡、复制和修复、翻译和转录（P<0.05）。本研究分析了腹泻组和健康组之间的优势菌群,筛选出可以作为犊牛腹泻参考指标的10个Biomarker,并对功能差异基因进行注释,为进一步研究犊牛腹泻的治疗及预防奠定了基础。     

复合维生素B对生长期山羊后段肠道菌群组成及肠黏膜的影响

本试验旨在研究日粮中添加复合维生素B对生长期山羊消化道微生物组成和肠黏膜结构的影响。试验选取10只4月龄波杂雌山羊（12.60±1.28） kg，随机分为对照组（control，CON）和复合维生素B处理组（vitamin B，VB），CON组饲喂基础日粮（n=5），VB组在基础日粮中添加复合维生素B（n=5），预饲期2周，试验期11周，试验期间自由饮水。试验结束后屠宰采样，16S rRNA测序分析盲肠和结肠内容物微生物组成，检测肠道上皮组织形态结构和相关基因与蛋白的表达。通过菌群分类学分析发现，与CON相比，VB组山羊盲肠和结肠内容物菌群的α多样性指数无显著变化（P>0.05）；在门水平上，盲肠和结肠内容物菌群中厚壁菌门（Firmicutes）和拟杆菌门（Bacteroidetes）为优势菌门，VB组盲肠拟杆菌门丰度有升高趋势（0.05<P<0.1），而螺旋菌门（Spirochaetes）丰度有降低趋势（0.05<P<0.1）；在目水平上，VB组盲肠Solirubrobacterales和Streptomycetales目菌群丰度显著下降（P<0.05）；在科水平上，VB组盲肠Christensenellaceae、Streptomycetaceae、Solirubrobacteraceae及结肠Christensenellaceae科菌群丰度显著下降（P<0.05）；在属水平上，VB组盲肠Lachnoclostridium属菌群丰度显著升高（P<0.05），盲肠Bacillus、Nocardioides及结肠unidentified_Christensenellaceae和unidentified_Gammaproteobacteria属菌群丰度显著下降（P<0.05）。与CON相比，VB组山羊空肠绒毛高度（P<0.01）、隐窝深度（P<0.05）和绒毛高度/隐窝深度（V/C，P<0.05）均显著增加；回肠隐窝深度显著降低（P<0.05），绒毛高度和V/C无显著变化（P>0.05）。实时荧光定量PCR结果显示，与CON相比，VB 组山羊盲肠上皮紧密连接和细胞增殖相关基因的表达均无显著变化（P>0.05）；而结肠黏膜上皮Occludin（P<0.05）、EGFR（P<0.01）、MIK67（P<0.05）和CCND（P<0.05）基因表达均显著上调；且VB组ZO-1蛋白表达显著上调（P<0.05）。综上表明，日粮中添加复合维生素B对生长期山羊肠道菌群多样性无显著影响，但可提高肠道中有益菌的丰度且降低有害菌的丰度，从而促进肠道绒毛的生长及紧密连接蛋白的表达，对山羊肠道健康和生长具有积极作用。     

不同年龄大熊猫肠道菌群及其酶活特征分析

旨在探究年龄对大熊猫个体肠道微生态的影响。本研究采集大熊猫（Ailuropoda melanoleuca）（J₁（亚成年大熊猫个体）、J₂（成年大熊猫个体）、J₃（老年大熊猫个体））的新鲜粪便,基于16S rRNA基因技术,测定不同年龄的大熊猫个体肠道细菌组成,分析其物理和化学特征及酶活特异性,利用冗余分析（redundant analysis,RDA）分析大熊猫肠道微生物菌群丰度与其环境因子之间的关系。结果表明：在门水平上,变形菌门的相对丰度随着年龄的增加而升高,厚壁菌门的相对丰度随着年龄的增加而降低;在属水平上,链球菌属的相对丰度随着年龄的增加而降低;淀粉酶和纤维素酶的酶活力在J₂肠道最高,淀粉酶活力在J₃肠道最低,纤维素酶活力在J₁肠道最低,蛋白酶活力在J₁肠道最高,在J₃肠道最低;厚壁菌门和拟杆菌门的相对丰度均与淀粉酶活力和还原糖含量呈正相关,变形菌门的相对丰度与还原糖含量和氨基酸含量呈负相关。研究表明,不同年龄大熊猫个体的肠道微生物菌群的表现特征不同,其肠道细菌优势菌的相对丰度与其消化酶等环境因子存在相关性;建议需对亚成年大熊猫加强饮食和生活环境管理,并可以通过添加益生菌等方式加强对老年大熊猫肠道健康的管理。     

腹泻仔猪与健康仔猪肠道微生物多样性比较

目的通过研究对比哺乳期腹泻仔猪与健康仔猪粪便菌群,探讨腹泻对哺乳期仔猪肠道微生物的影响。方法通过高通量16S rDNA测序技术对腹泻组仔猪（n=6）和健康组仔猪（n=3）粪便样本进行测序,比较两组仔猪肠道微生物群落的组成和结构。结果腹泻组仔猪和健康组仔猪粪便菌群差异显著（P<0.05）,腹泻组仔猪的肠道菌群多样性显著（P<0.05）低于健康组仔猪。与健康组仔猪相比,在门水平上,腹泻组仔猪的梭杆菌门和变形菌门的相对丰度显著（P<0.05）增加,而厚壁菌门的相对丰度显著（P<0.05）下降;在属水平上,腹泻组仔猪的梭杆菌属（Fusobacterium）、普雷沃菌属（Prevotella）、埃希菌属（Escherichia）、乳杆菌属（Lactobacillus）、厌氧弧菌属（Anaerovibrio）、拟普雷沃菌属（Alloprevotella）和Fusobacteriaceae_unclassified的相对丰度显著（P<0.05）增加,而大部分厚壁菌门菌属的相对丰度显著（P<0.05）降低。结论通过分析对比腹泻仔猪与健康仔猪肠道微生物多样性,为预防和治疗哺乳期仔猪腹泻提供了理论依据。     

核桃青皮水提物对肉鸡肠道微生物菌群结构的影响

试验旨在研究核桃青皮水提物对肉鸡肠道微生物菌群丰度和多样性的影响,初步揭示核桃青皮水提物对肉鸡肠道微生物菌群结构的影响。选取240只1日龄本地土杂鸡,随机分为2组,1个对照组和1个试验组,每个组设4个重复,每个重复30只。试验组于28日龄开始在饮水中添加核桃青皮水提物,6周后,每个重复采集10份肉鸡肛门棉拭子,利用Illumina Miseq测序平台对微生物16S rDNA V3-V4区扩增产物进行双端测序,分析微生物群落结构多样性。高通量测序结果显示,所有样本共含有个17菌门和48个菌属;多样性指数分析结果表明,饲喂核桃青皮水提物的肉鸡肠道菌群丰富度增加。从门水平分析,厚壁菌门（Firmicutes）丰度升高了2.21%（P > 0.05）,变形杆菌门（Proteobacteria）丰度降低了2.22%（P > 0.05）;从属水平上分析,大肠杆菌属（Escherichia）丰度降低了5.35%（P < 0.05）,肠球菌属（Enterococcus）丰度升高了9.63%（P < 0.05）。本研究结果表明,饲喂核桃青皮水提物后肉鸡肠道菌群多样性显著增加（P < 0.05）,据此推测,核桃青皮水提物能有效调节肉鸡肠道菌群并有益于肠道健康。     

牦牛瘤胃微生物抗生素抗性基因对3种外源性刺激因子的响应

通过给牦牛投喂硫酸头孢喹肟(CEF)、盐酸二氟沙星(DIF)和黄曲霉毒素B1(AFB1),并进行瘤胃微生物宏基因组测序,旨在揭示这3种外源性刺激因子对抗生素抗性基因(ARGs)种类、抗性类型、抗性机制等的影响,对于深入研究微生物抗性组特征和抗性机制具有重要价值。选取15头牦牛,随机分5组。Cef组和Dif组分别根据说明书推荐剂量按体重计算、灌服CEF 1 mg·kg^-1和DIF 1 mL·kg^-1;E1组和E2组分别按采食量投喂AFB120、60μg·kg^-1;C组为对照组。处理7 d后,采集瘤胃液,提取DNA,Illumina HiSeq测序,对reads counts进行标准化得到TPM值,并进行方差分析。结果显示,对照组共获得132种ARGs,分属30种抗性类型,其中,四环素类tetQ和tetW基因丰度较高;Cef组tetW基因丰度增加(P<0.05),Dif组tetQ丰度增加(P<0.05);Cef组四环素类和头孢菌素类抗性基因丰度增加(P<0.05),Dif组四环素类和氨基香豆素类抗性基因丰度增加(P<0.05),E1组氨基香豆素和青霉烯类抗性基因丰度增加(P<0.05),E2组青霉烯类、头孢菌素类等9类抗性基因丰度均增多(P<0.05);Dif组Erm基因23S核糖体RNA甲基转移酶丰度增加(P<0.05),E2组中ATP结合盒超家族等3种抗性机制相关基因的丰度增加(P<0.05);3种因子均显著增加四环素类ARGs宿主的种类。结论:瘤胃是蕴含丰富ARGs的储藏库,其中,四环素类抗生素抗性基因tetQ和tetW是主要的ARGs。不仅CEF和DIF使部分ARGs的种类、抗性类型以及耐药机制相关酶等的丰度升高,增加瘤胃微生物的耐药性,而且AFB1也具有类似作用,且高剂量AFB1对抗性类型的影响范围较抗生素大。这3种因子还导致携带四环素类ARGs宿主微生物的种类数量增加,从而强化横向转移机制,加快ARGs传播,增强微生物对四环素类的耐药性。     

宏基因组测序分析野生林麝瘤胃、小肠和大肠微生物组成和抗生素抗性基因

本试验旨在研究野生林麝(Moschus berezovskii)瘤胃、小肠和大肠微生物组成和抗生素抗性基因.采集野生林麝消化道3个区段(瘤胃、小肠和大肠)的内容物进行宏基因组测序,并进行常规物种注释和抗生素抗性基因功能注释.结果表明:3个区段共有优势菌门为厚壁菌门(Firmicutes)和变形菌门(Proteobact...     

圈养大熊猫戊型肝炎病毒感染调查

采用ELISA、巢式RT—PCR、免疫组织化学等多种方法对北京动物园保存的大熊猫组织材料和部分现存活个体的粪便、血清等样品进行戊型肝炎病毒抗原调查。调查发现在死亡大熊猫肝脏组织中戊肝病毒抗原阳性检出率为88．9％（8／9）,肾脏的阳性检出率为85．7％（6／7）。现活体动物的粪便、血清抗原检查没有出现阳性结果。结果说明死亡大熊猫曾感染过戊型肝炎病毒,现有个体中没有戊肝病毒感染。     

哺乳期幼驼与成年母驼粪便菌群多样性分析

【目的】探究准噶尔双峰驼哺乳期幼驼和成年母驼粪便菌群结构组成及多样性变化,为幼驼肠道健康发育提供重要依据。【方法】选取6～7岁体况相近的健康成年母驼12峰,以及出生日期相近(3月龄)的哺乳期母幼驼12峰,母驼与幼驼在相同饲养环境下饲养。采用直肠取粪法采集粪样,用于粪便内容物细菌16S rDNA的V3-V4区测序,并对测序数据进行相应分析。【结果】母驼粪便菌群Chao1和Shannon指数均显著高于幼驼(P<0.05);在门水平上,母驼和幼驼粪便中位于前十的菌均为厚壁菌门、拟杆菌门、疣微菌门、变形菌门、软壁菌门、螺旋体门、TM7、放线菌门、蓝藻菌门和纤维杆菌门,其中幼驼粪便中变形菌门和软壁菌门丰度均极显著高于母驼(P<0.01);在科水平上,母驼与幼驼粪便中位于前十的菌均为瘤胃球菌科、消化链球菌科、毛螺菌科、梭菌科、克里斯滕森菌科、理研菌科、疣微菌科、拟杆菌科、艰难杆菌科和普雷沃氏菌科,其中母驼粪便中消化链球菌科和梭菌科的丰度均极显著高于幼驼(P<0.01),而幼驼粪便中毛螺菌科的丰度极显著高于母驼(P<0.01);在属水平上,母驼与幼驼粪便中位于前十的菌属均为梭...     

宏基因组法研究不同堆肥处理下猪粪微生物动态结构特征

试验旨在应用宏基因组测序技术探究两种堆肥处理方式下猪粪中微生物的结构组成与分布特征。试验采集同一粪池中的新鲜猪粪，随机分成添加有效微生物（EM）菌的F组和未添加EM菌的K组，每组粪堆各1堆，堆成圆锥形粪堆，粪堆高1.2 m，底部直径2 m；采集堆肥第0、7、14和21天的粪便样本并提取粪便总DNA，运用宏基因组高通量测序技术，比较F组和K组的微生物多样性（组成及结构）差异，并对功能基因进行注释。结果表明，猪粪便中的细菌共测序获得1 083 607个有效开放阅读框（ORFs）；共鉴定出147个门、118个纲、258个目、593个科、2 343个属和13 193个种；在门水平上，相对丰度前十的细菌界优势菌门有：变形菌门（Proteobacteria）、拟杆菌门（Bacteroidetes）、放线菌门（Actinobacteria）、厚壁菌门（Firmicutes）、疣微菌门（Verrucomicrobia）、绿弯菌门（Chloroflexi）、柔壁菌门（Tenericutes）、浮霉菌门（Planctomycetes）、螺旋体门（Spirochaetes）和酸杆菌门（Acidobacteria）；在属水平上，两组平均丰度值排名前三十五的属分别属于变形菌门、拟杆菌门、厚壁菌门、放线菌门和疣微菌门；通过KEGG功能预测分析，新陈代谢通路是最丰富的，氨基酸代谢通路和碳水化合物代谢通路是包含功能基因数量最多的二级通路。两组的菌群结构多样性差异表明添加EM菌后会促进堆肥前期的菌群变化。     

圈养老年大熊猫肠道菌群16SrDNA克隆文库的建立

为了研究老年大熊猫肠道菌群的构成,本试验对3只圈养老年大熊猫粪便细菌构建16S rDNA克隆文库,采用限制性内切酶Hinf Ⅰ、Msp Ⅰ对其进行限制性片段长度多态性(restriction fragment length polymorphism,RFLP)及测序分析.结果显示,老年大熊猫肠道细菌主要由变形菌门和厚壁菌门组成;变形菌门中又以大肠埃希氏菌属为主,其次为假单胞菌属、志贺氏菌属、气单胞菌属;而厚壁菌门中以链球菌属为主,其次为魏斯氏菌属、梭菌属;此外还发现一定比例的未培养细菌.本试验第一次建立了较丰富的老年大熊猫肠道菌群的克隆文库,为分析比较各年龄层大熊猫的肠道菌群结构的异同提供了参照,也为合理饲喂老年大熊猫,保障老年大熊猫的健康提供重要信息.     

Analysis of Microbiota Structure and Bacteroides Distribution in Different Intestinal Segments in Duck

This study aimed to analyze the microbiota composition and diversity and the distribution of Bacteroides in duodenal, jejunal, ileal and caecal contents in healthy ducks. The contents of duodenum, jejunum, ileum and cecum were collected aseptically from 20 healthy adult Gaoyou ducks (70-day-old, half male and female), and the bacterial DNA of intestinal contents were extracted. The IonS5TMXL platform was used for 16S rRNA high-throughput sequencing, the microbiota structure and abundance, as well as the distribution of Bacteroides were analyzed. The results showed that the microbiota abundance in duodenal and jejunal contents was significantly higher than that in ileal and caecal contents (P<0.05), the microbiota diversity in ileal contents was the lowest. The microbiota structure in duodenal and jejunal contents was similar, they were different from that in ileum, and especially cecum. The dominant phyla in the intestinal contents of healthy duck were Bacteroidetes, Firmicutes, Proteobacteria and Fusobacteria. The relative abundance of these phyla were different in different intestinal segment contents. The different microbial species were colonized in different intestinal segments, and the differential phyla in duodenum, jejunum, ileum and cecum were Proteobacteria, Actinobacteria, Firmicutes and Bacteroidetes, respectively. There were 28 kinds of Bacteroides species in duck intestine, among them, B. acidifaciens, B. barnesiae, B. caccae, B. caecicola, B. coprocola, B. sp and B. luti were significantly clustered in the cecum, and B. caecigallinarum, B. plebeius and B. barnesiae were dominantly colonized in duck cecum. The results indicate that intestinal space significantly affects the microbiota abundance and diversity, and different intestinal segments were colonized by differential microorganism, which is consistent with the intestinal segment niche and function. In the cecum, the dominant colonization of Bacteroides may be related to its physiological and biochemical functions.     

大熊猫致病性催产克雷伯菌的分离鉴定

从2只分别患急性腹泻伴红色黏液便和急性腹泻伴严重血尿症大熊猫体内分离出3株克雷伯菌,经生化鉴定后确认3个分离株均为催产克雷伯菌。小鼠致病性试验表明3个分离菌株均具有较强的致病性,文章就催产克雷伯菌对大熊猫的致病性和致病特点进行了初步分析。