基于鸽胸肌转录组挖掘其卓越飞行性能的分子标记

目的对赛鸽和观赏鸽胸肌组织的转录组进行比较分析,探讨鸽胸肌中与飞行性能相关的关键基因。方法通过差异分析获取赛鸽和观赏鸽胸肌中显著上调和下调的差异基因并进行富集分析。结果数据经质量控制共获得18.3 G的有效数据,筛选出477个差异表达基因,包含194个上调基因和130个下调基因。KEGG pathway显著性富集分析共筛选出3个与鸽飞行性能相关的候选基因,分别为MUSTN1、PDK4和MSTN。结论通过比较赛鸽和观赏鸽胸肌转录组数据,筛选与鸽飞行性能相关的关键基因,丰富了鸽的基因组信息,为进一步揭示鸽胸肌分子机理奠定了基础。     

肉用畜禽肌纤维发育特性

为了解肉用畜禽(牛、绵羊、猪和家禽等)肌纤维发育特性的最新研究现状,以"畜禽"、"肌纤维发育"和"肉品质"为关键词,对1981—2019年国内外相关研究进行了检索,分别从肌纤维特性、肌纤维生成过程、肌纤维生长发育的分子调控等方面归纳了不同畜禽的肌纤维发育特征。研究发现:不同畜禽肌纤维发育的一般过程基本相似;肌纤维发育的时间具有物种特异性;个别基因被确定具有调控肌纤维发育的主要功能;仍缺乏多物种肌纤维发育过程基因调控网络的构建与系统比较研究以及多物种肉品质鉴定的通用分子标记开发。     

绵羊睾丸差异基因及蛋白质互作网络关系研究

[目的] 整合分析多个绵羊睾丸转录组数据集,揭示绵羊睾丸差异基因及蛋白质互作网络关系,以期探索影响绵羊精子生成的关键基因,为绵羊的繁殖提供理论参考。[方法] 对74个绵羊睾丸转录组进行生物信息学分析,通过limma软件包进行差异基因分析,使用WGCNA构建加权绵羊睾丸差异基因共表达网络,并通过MCODE计算网络中重要基因;利用Metascape进行功能富集分析,利用Cytoscape插件AutoAnnotate识别基因集簇。[结果] 最终筛选到11 884个基因,构建237 366对蛋白质互作关系;对2 058个差异基因构建蛋白质互作网络,产生46 169对蛋白质互作关系,确定了4个得分最高的基因集合。对2 058个差异基因构建加权共表达网络,共获得7个模块,其中Blue模块内有929个基因,功能富集分析发现显著富集于雄性配子产生、繁殖、精子发生、鞭毛运动和AMPK信号通路等,且富集结果高度连接并聚成一个完整的网络,最终确定了25个参与精子发生和精子细胞发育过程的关键基因。[结论] 本研究揭示了绵羊睾丸表达基因的蛋白质互作网络和多维差异基因的蛋白质互作网络,最终找到与睾丸精子发生相关且有互作关系的25个基因,为绵羊繁殖研究提供理论依据。     

腹泻仔猪与健康仔猪肠道微生物多样性比较

目的通过研究对比哺乳期腹泻仔猪与健康仔猪粪便菌群,探讨腹泻对哺乳期仔猪肠道微生物的影响。方法通过高通量16S rDNA测序技术对腹泻组仔猪（n=6）和健康组仔猪（n=3）粪便样本进行测序,比较两组仔猪肠道微生物群落的组成和结构。结果腹泻组仔猪和健康组仔猪粪便菌群差异显著（P<0.05）,腹泻组仔猪的肠道菌群多样性显著（P<0.05）低于健康组仔猪。与健康组仔猪相比,在门水平上,腹泻组仔猪的梭杆菌门和变形菌门的相对丰度显著（P<0.05）增加,而厚壁菌门的相对丰度显著（P<0.05）下降;在属水平上,腹泻组仔猪的梭杆菌属（Fusobacterium）、普雷沃菌属（Prevotella）、埃希菌属（Escherichia）、乳杆菌属（Lactobacillus）、厌氧弧菌属（Anaerovibrio）、拟普雷沃菌属（Alloprevotella）和Fusobacteriaceae_unclassified的相对丰度显著（P<0.05）增加,而大部分厚壁菌门菌属的相对丰度显著（P<0.05）降低。结论通过分析对比腹泻仔猪与健康仔猪肠道微生物多样性,为预防和治疗哺乳期仔猪腹泻提供了理论依据。     

家畜基因组中拷贝数变异与性状相关性的研究进展

家畜基因组中的CNV长度跨度较大,可以包含1个基因或基因的一部分,也可以跨越多个基因,在基因组中覆盖的核苷酸总数远远超过SNP总数。已有研究表明,CNV可以影响基因表达。介绍了在不同家畜基因组中的CNV相关研究,并对这些CNVs与性状的相关性进行分析,总结了CNV对性状的影响,展望了家畜基因组中CNV对表型影响的研究动态及进展,以期为家畜基因组中CNV的进一步研究及对表型性状的影响提供参考。