基于16S rRNA测序分析正常与腹泻牦牛犊牛粪便细菌区系组成

试验旨在比较分析放牧条件下正常与腹泻牦牛犊牛粪便微生物区系组成与基因功能预测,筛选出作为腹泻评价依据的细菌,为下一步牦牛犊牛益生菌制剂的开发提供理论依据。在放牧条件下分别采集青海玉树地区正常与腹泻牦牛犊牛粪便样本各7份并提取DNA,利用16S rRNA测序技术研究两组牦牛犊牛肠道微生物区系的OTUs聚类、门水平和属水平相对丰度差异性、Alpha多样性、Beta多样性、功能预测水平信息。结果显示,在门水平上,正常组和腹泻组的优势菌门有拟杆菌门和厚壁菌门,且腹泻组的梭杆菌门显著高于正常组(P0.05);在属水平上,正常组犊牛粪便中优势细菌相对丰度从高到低为:拟杆菌属、拟普雷沃菌属和未分类的瘤胃菌属;腹泻组犊牛粪便中优势细菌相对丰度从高到低为:拟杆菌属、梭杆菌属、未分类的肠杆菌属和未分类的瘤胃菌属,且腹泻组的梭杆菌属显著高于正常组(P0.05);在功能预测水平上,腹泻组的聚糖生物合成与代谢、运输和分解代谢、老化、分类和降解、脂代谢显著高于正常组(P0.05),正常组的氨基酸代谢、信号转导、细胞运动、遗传信息显著高于腹泻组(P0.05)。通过分析放牧牦牛犊牛正常组和腹泻组之间的优势菌群差异表明,犊牛腹泻是由梭杆菌属引起的。     

腹泻仔猪与健康仔猪肠道微生物多样性比较

目的通过研究对比哺乳期腹泻仔猪与健康仔猪粪便菌群,探讨腹泻对哺乳期仔猪肠道微生物的影响。方法通过高通量16S rDNA测序技术对腹泻组仔猪（n=6）和健康组仔猪（n=3）粪便样本进行测序,比较两组仔猪肠道微生物群落的组成和结构。结果腹泻组仔猪和健康组仔猪粪便菌群差异显著（P<0.05）,腹泻组仔猪的肠道菌群多样性显著（P<0.05）低于健康组仔猪。与健康组仔猪相比,在门水平上,腹泻组仔猪的梭杆菌门和变形菌门的相对丰度显著（P<0.05）增加,而厚壁菌门的相对丰度显著（P<0.05）下降;在属水平上,腹泻组仔猪的梭杆菌属（Fusobacterium）、普雷沃菌属（Prevotella）、埃希菌属（Escherichia）、乳杆菌属（Lactobacillus）、厌氧弧菌属（Anaerovibrio）、拟普雷沃菌属（Alloprevotella）和Fusobacteriaceae_unclassified的相对丰度显著（P<0.05）增加,而大部分厚壁菌门菌属的相对丰度显著（P<0.05）降低。结论通过分析对比腹泻仔猪与健康仔猪肠道微生物多样性,为预防和治疗哺乳期仔猪腹泻提供了理论依据。     

复合微生态制剂联合低聚果糖对哺乳期犊牛生长性能、腹泻率及肠道微生态区系的影响

本试验旨在探讨复合微生态制剂联合低聚果糖饲喂哺乳期犊牛对其生长性能、腹泻率、肠道微生态区系的影响,选取21头3日龄健康荷斯坦母犊,将其随机均分成3组:ZK组每日每头添加植物乳酸杆菌(1×10~9CFU)和枯草芽孢杆菌(2×10~(10)CFU)各5 g;ZKT组每日每头添加植物乳酸杆菌(1×10~9CFU)、枯草芽孢杆菌(2×10~(10)CFU)和低聚果糖各5 g(上述2组在常规饲喂后1 h将相应的制剂溶解在温水中用奶瓶灌入);C组为空白对照组,常规饲喂。预试期7 d,正试期50 d。结果表明:1)ZK组和ZKT组平均日增重和平均日采食量与C组相比差异不显著(P0.05),但这2组腹泻率显著低于C组(P0.05)。2)微生物群落Alpha多样性分析表明,添加微生态制剂对ZK组犊牛肠道微生物区系丰富度和多样性影响不显著(P0.05),但对ZKT组肠道微生物丰度影响显著(P0.05)。对肠道微生态区系分析发现,在门水平上,优势菌门主要包括拟杆菌门、厚壁菌门、无壁菌门,排名前10位的菌门相对丰度各组之间差异不显著(P0.05);在属水平上,优势菌属为拟杆菌属、未鉴定普雷沃氏菌科、别样棒菌属,排名前10位的菌属在ZKT组拟杆菌属相对丰度显著高于C组和ZK组(P0.05)。3)通过t-检验分析差异物种发现,ZKT组梭状芽孢杆菌相对丰度显著低于C组(P0.05)。综上所述,本研究2种制剂对犊牛生长性能影响不大,ZK组制剂的添加对其肠道微生态区系影响不显著,但ZKT组制剂可显著改变犊牛肠道微生物区系,使其拟杆菌属相对丰度显著增加,尤其可显著减少肠道梭状芽孢杆菌相对丰度,进而显著减少了腹泻的发生。     

腹泻驴驹与健康驴驹粪便微生物多样性比较分析

为了探究腹泻驴驹与健康驴驹粪便微生物多样性及结构组成差异，筛选出腹泻驴驹的特异性菌群，试验采集同等饲养条件下的腹泻驴驹和健康驴驹的粪便样本各5份，利用16S rRNA高通量测序技术，对腹泻驴驹和健康驴驹粪便在微生物多样性方面(结构和组成)存在的差异进行比较。结果表明：腹泻驴驹粪便微生物的多样性小于健康驴驹(P>0.05)。与健康驴驹相比，在门水平上，厚壁菌门相对丰度显著减少(P<0.05),且梭杆菌门仅出现在腹泻驴驹粪便中；在属水平上，腹泻驴驹粪便微生物中拟杆菌属相对丰度明显升高。说明腹泻驴驹与健康驴驹在粪便微生物多样性方面存在显著差异，厚壁菌门相对丰度减少及拟杆菌属相对丰度增加可能是驴驹腹泻的重要原因。     

香芹酚和百里香酚对断奶仔猪结肠微生物的影响研究

试验旨在研究日粮添加香芹酚和百里香酚对断奶仔猪结肠微生物群落结构和代谢通路的影响。选取28日龄、体重8.5 kg±1.0 kg断奶仔猪64头,随机分为4组,每组16个重复,每个重复1头猪。A组（对照组）饲喂基础日粮＋抗生素,B组饲喂基础日粮＋20 g/t香芹酚,C组饲喂基础日粮＋20 g/t百里香酚,D组饲喂基础日粮＋20 g/t香芹酚-百里香酚混合物（质量比2：1）。试验期30 d。基于Illumina HiSeq测序平台,利用双末端测序（Paired-End）的方法进行测序。通过对OTUs聚类,进行物种注释及丰度分析;进一步进行α多样性、β多样性分析及显著物种差异分析和功能基因预测分析。结果显示：①各试验组结肠微生物多样性均显著高于对照组（P<0.05）;②D组结肠中厚壁菌门（Firmicutes）相对丰度极显著高于对照组（P<0.01）,显著高于B和C组（P<0.05）,拟杆菌门（Bacteroidetes）相对丰度显著高于对照组和C组（P<0.05）,Epsilonbacteraeota、螺旋体门（Spirochaetes）、变形菌门（Proteobacteria）相对丰度极显著低于对照组（P<0.01）。D组结肠中弯曲杆菌属（Campylobacter）相对丰度极显著低于对照组（P<0.01）,D组理研菌科RC9肠道群（Rikenellaceae_RC9_gut_group）相对丰度显著高于B组（P<0.05）,D组罗斯氏菌属（Roseburia）相对丰度极显著高于对照组（P<0.01）,D组螺杆菌属（Helicobacter）相对丰度极显著低于对照组（P<0.01）;③D组结肠微生物脂质代谢水平极显著高于对照组（P<0.01）,结肠微生物碳水化合物代谢、其他次生代谢物的生物合成和其他氨基酸代谢水平显著高于对照组（P<0.05）,结肠微生物能量代谢水平极显著低于对照组（P<0.01）。综上,在本试验条件下,断奶仔猪日粮中添加20 g/t的香芹酚-百里香酚混合物,改善了断奶仔猪结肠微生物群落结构,结肠中有益菌的相对丰度提高,有害菌的相对丰度降低,促进了结肠微生物的代谢功能。     

两种无抗制剂对育肥猪生长性能及肠道健康的影响

本试验通过在生长育肥猪饲粮中添加两种不同的无抗制剂,探究其对育肥猪生长及肠道健康的影响。选取体重为（85.95±3.48） kg的LDY三元杂交猪60头,分为对照组、试验1、2组,每组5个重复,每个重复4头猪（阉公猪和母猪各半）。对照组饲喂基础饲粮,试验1组在基础饲粮中添加0.5%的红曲合生元酵母硒锗复合制剂,试验2组在基础饲粮中添加0.5%的复方中药提取物。结果表明：①3组间生长性能各项指标均差异不显著（P>0.05）。②与对照组相比,试验1组空肠的绒毛高度（VH）、绒毛高度/隐窝深度（V/C）以及回肠的绒毛高度均显著增加（P<0.05）,试验2组空肠和回肠的绒毛高度均显著增加（P<0.05）;试验1组空肠和回肠的绒毛高度显著高于试验2组（P<0.05）。③与对照组相比,试验1和2组盲肠菌群香浓指数均显著升高（P<0.05）、辛普森指数均显著降低（P<0.05）;试验1组的香浓指数显著高于试验2组（P<0.05）。④在门水平上,与对照组相比,试验1组盲肠菌群变形菌门和放线菌门丰度均显著升高（P<0.05）,厚壁菌门丰度显著降低（P<0.05）;试验2组厚壁菌门和变形菌门丰度显著升高（P<0.05）,拟杆菌门丰度显著降低（P<0.05）;试验1组放线菌门丰度显著高于试验2组（P<0.05）,厚壁菌门丰度显著低于试验2组（P<0.05）。在属水平上,与对照组相比,试验1组链球菌属丰度显著升高（P<0.05）,苏黎世杆菌属、uncultured_bacterium_f_Muribaculaceae和乳杆菌属丰度显著降低（P<0.05）;试验2组瘤胃菌属和链球菌属丰度显著升高（P<0.05）,苏黎世杆菌属、梭菌属_13、乳杆菌属丰度显著降低（P<0.05）;试验1组梭菌属_13和链球菌属丰度显著高于试验2组（P<0.05）,试验1组uncultured_bacterium_f_Muribaculaceae、瘤胃菌属显著低于试验2组（P<0.05）。⑤试验1组Occludin、Zo-1、Claudin-1表达量显著高于对照组（P<0.05）,Occludin、Claudin-1表达量显著高于试验2组（P<0.05）。以上结果表明,红曲合生元酵母硒锗复合制剂和复方中药提取物对育肥猪肠道健康均有改善作用,但红曲合生元酵母硒锗复合制剂组饲喂效果优于复方中药提取物组。     

育肥猪粪便菌群结构及其与生长速度的相关性分析

【目的】 研究育肥猪的生长速度与粪便微生物之间的作用关系，寻找与猪生长速度相关的微生物菌群。【方法】 选取50头出生重相近的仔猪，在相同饲养环境中进行饲养管理，生病猪及时转出试验组，125日龄时按体重由高到低排序，把体重最高和最低的4头猪分别分为体重高（51.30 kg±2.57 kg，HW）、低（36.90 kg±2.50 kg，LW）组，通过16S rRNA测序，对125日龄生长育肥猪的粪便微生物区系多样性、群落组成及与生长速度的关联性进行分析。【结果】 Alpha多样性分析显示，两组间均无显著差异（P>0.05）。主成分分析结果显示，HW和LW组中能够明显区分菌群结构。粪便微生物结构组成分析表明，HW和LW组的优势菌门均为厚壁菌门、拟杆菌门和螺旋体门，优势菌属为密螺旋体属、乳杆菌属、链球菌属和未被培养菌属Muribaculaceae菌。LW组中拟杆菌门丰度极显著高于HW组（P<0.01），纤维杆菌门丰度显著高于HW组（P<0.05），而髌骨细菌门丰度显著低于HW组（P<0.05）。对粪便微生物结构组成进行差异分析发现，HW组检测到16个特有菌门，LW组检测到1个特有菌门和24个特有菌属。将肠道菌群与生长速度进行相关性分析，共发现10个菌门，18个属与体重（BW）和平均日增重（ADG）呈正相关，7个菌门和12个属与BW和ADG呈负相关。【结论】 相同日龄不同生长速度的猪粪便微生物的区系结构存在显著差异，差异菌群可能对猪的生长速度起到了一定的调控作用，本研究结果为研发益生菌和提高猪生长速度提供了参考依据。     

饲粮纤维水平对育肥羔羊瘤胃微生物组成及多样性的影响

试验旨在研究提高饲粮纤维水平对育肥羔羊瘤胃微生物组成及多样性的影响。试验选择健康无病、体重相近的2月龄杜湖杂交公羔,按照体重随机分为2组,每组38只,分别饲喂不同的饲粮,对照组（LW_CK）饲粮为精料+苜蓿,处理组（LW_EG）为精料+苜蓿+全株玉米青贮+花生秧;试验期150 d,其中预试期20 d,正试期130 d,试验结束后,每组随机选择5只羔羊屠宰取瘤胃内容物,通过16S rDNA高通量测序技术分析其微生物多样性及结构变化。结果表明,处理组羔羊瘤胃中细菌多样性显著高于对照组（P<0.05）。在门水平上,处理组羔羊瘤胃中优势菌门为拟杆菌门（Bacteroidetes）和厚壁菌门（Firmicutes）,对照组优势菌门为拟杆菌门和变形菌门（Proteobacteria）。提高纤维水平后显著增加了育肥羔羊瘤胃中厚壁菌门的相对丰度（P<0.05）;显著降低了变形菌门的相对丰度（P<0.05）。在属水平上,对照组与处理组羔羊瘤胃菌群共鉴定出195个属,处理组优势菌属为普雷沃氏菌属（Prevotella_1）和解琥珀酸菌属（Succiniclasticum）,对照组优势菌属为琥珀酸弧菌属（Succinivibrionaceae）和普雷沃氏菌属（Prevotella_7）。提高饲粮纤维水平,增加了育肥羔羊瘤胃中解琥珀酸弧菌属、密螺旋体属（Treponema_2）、疣微菌属（Ruminococcaceae）、月形单胞菌属（Selenomonas_1）的相对丰度,显著降低了琥珀酸弧菌属相对丰度（P<0.05）。综上所述,适量提高饲粮中纤维水平对育肥羔羊瘤胃微生物菌群结构有一定影响,能够促进部分纤维降解菌的增殖,有利于育肥羔羊的瘤胃发酵和养分消化利用。     

低蛋白日粮补充亮氨酸和色氨酸对哺乳犊牛直肠微生物的影响

试验旨在研究低蛋白日粮补充亮氨酸（Leu）和色氨酸（Trp）对哺乳犊牛直肠微生物的影响,选取初生体重[（40±2） kg]相近、健康状况良好的中国荷斯坦犊牛75头,采用完全随机试验设计,随机分为5组,分别为HK组[22%粗蛋白（CP）水平开食料]、LK组（19%CP水平开食料）、L组（19%CP水平的开食料+1.15%Leu）、T组（19%CP水平开食料+0.26%Trp）、LT组（19%CP水平开食料+1.15%Leu+0.26%Trp）,犊牛10日龄开始自由采食不同成分的开食料,试验期为49 d。结果表明：犊牛59日龄时,L组、T组和LT组Chao1和Observed species指数低于HK组,T组Chao1和Observed species指数均高于LK组。在门水平上,优势菌门为厚壁菌门和拟杆菌门,占比为90.03%。犊牛粪便微生物在门水平上的相对丰度均差异不显著（P>0.05）;在属水平上,L组、T组和LT组粪杆菌属相对丰度高于LK组,且L组显著高于LK组（P<0.05）;L组、T组和LT组普雷沃氏菌属相对丰度高于LK组（P>0.05）。综上,低蛋白日粮补...     

复合菌颗粒料对犊牛瘤胃发酵参数及菌群结构的影响

为研究复合菌颗粒料对犊牛瘤胃发酵参数及菌群结构的影响,试验选择出生后健康且体重相近的20头安格斯犊牛随机分为2组,每组10个重复,每个重复1头牛。对照组饲喂颗粒料不添加任何复合菌,试验组添加1%复合菌颗粒料（酵母菌、枯草芽孢杆菌、植物乳杆菌,活菌数为3×108 cfu/g）。试验期共100 d,其中预饲期10 d,正试期90 d。试验结束后抽取犊牛瘤胃液并测定相关指标。结果表明：试验组微生物蛋白（MCP）含量和Simposon指数显著高于对照组（P ＜ 0.05）|试验组Shannon指数和Chao指数极显著高于对照组（P ＜ 0.01）|试验组Sobs指数、Ace指数显著高于对照组（P ＜ 0.05）。门水平上,2组的优势菌门主要是拟杆菌门（Bacteroidota）和厚壁菌门（Firmicutes）。而属水平上2组的优势菌属为Prevotella,两组第二优势菌属不同：对照组为理研菌科_RC9肠道群（Rikenellaceae_RC9_gut_group）,试验组为未分类_f_Muribaculaceae（norank_f_Muribaculaceae）。由此可见,复合菌颗粒料对犊牛瘤胃中MCP的含量有显著影响,并且乙酸、丙酸、丁酸、异戊酸以及总挥发性脂肪酸有增长的趋势,还可以增加犊牛瘤胃菌群丰富度,同时试验组拟杆菌门相对丰度较对照组提高8.68个百分点,普雷沃菌属、普雷沃氏菌科_UCG-003群以及普雷沃氏菌科_UCG-001群等的相对丰度也有所提高。 [关键词] 复合菌颗粒料|安格斯犊牛|瘤胃发酵参数|菌群结构     

腹泻仔猪与健康仔猪粪便菌群多样性的比较

本试验旨在探究腹泻仔猪与健康仔猪粪便菌群多样性及结构的差异。采集同等饲养条件下的8份腹泻和8份健康哺乳仔猪的粪便样本,利用16S rRNA高通量测序技术对健康仔猪和腹泻仔猪粪便菌群进行比较。结果表明:健康仔猪粪便菌群的多样性高于腹泻仔猪(P<0.05);与健康仔猪粪便菌群组成相比,腹泻仔猪变形菌门(Proteobacteria)的相对丰度增加(P<0.05),而拟杆菌门(Bacteroidetes)降低(P<0.05);在属的分类水平上,腹泻仔猪粪便中埃希氏-志贺菌属(Escherichia-Shigella)和乳杆菌属(Lactobacillus)的相对丰度高于健康仔猪(P<0.05),而拟杆菌属(Bacteroides)、Lachnoclostridium和瘤胃球菌属(Ruminococcus)低于健康仔猪(P<0.05)。综上表明,腹泻仔猪与健康仔猪粪便菌群的多样性和结构存在显著差异,埃希氏-志贺菌属的相对丰度显著增加可能是仔猪腹泻的重要原因之一。     

中药联合益生菌对大肠杆菌性小鼠腹泻的保护作用

【目的】研究中药联合益生菌对大肠杆菌性小鼠腹泻的保护作用。【方法】通过正交试验筛选中药联合益生菌最佳因素配比。取60只小鼠随机分为空白组、模型组、中药组、益生菌组和中药联合益生菌组,每组12只。空白组小鼠腹腔注射生理盐水(0.2 mL/只),模型组、中药组、益生菌组和中药联合益生菌组均先腹腔注射分离菌悬液1×10⁷ CFU/kg,然后中药组按10 mL/kg灌胃中药液(其中蒲公英提取物浓度为0.25 g/mL,黄芪总黄酮和黄芪多糖浓度均为0.05 g/mL),益生菌组按4 mL/kg灌胃枯草杆菌悬液(菌含量5×10⁷ CFU/mL),中药联合益生菌组按上述量灌胃中药液和枯草杆菌混合液,每天定时灌胃给药1次,连续3 d。每日记录小鼠腹泻、体重、采食量等情况。末次给药12 h后分离心脏、肝脏、肾脏、脾脏、肺脏,称重并计算脏器系数;血液分析法检测血液学指标;取粪便及小肠内容物检测粪便隐血情况并进行细菌计数;ELISA法检测小鼠血清和小肠组织中髓过氧化物酶(MPO)活性。【结果】中药联合益生菌最佳因素配比为A₁B₂C₂D₂。与空白组相比,模型组小鼠腹泻率100%且无自愈现象,症状和剖检病变明显,腹泻指数极显著上升(P＜0.01),体重、采食量均极显著下降(P＜0.01),肝脏、脾脏器官指数均显著升高(P＜0.05),淋巴细胞比率(LYM)、中间细胞比率(MID)均显著下降(P＜0.05),粒细胞比率(GRAN)极显著上升(P＜0.01);与模型组相比,中药组和中药联合益生菌组腹泻指数极显著下降(P＜0.01),体重、采食量显著上升(P＜0.05),中药组肝脏、脾脏器官指数显著下降(P＜0.05),中药联合益生菌组脏器系数极显著下降(P＜0.01),中药组、益生菌组及中药联合益生菌组LYM显著上升(P＜0.05)、GRAN显著下降(P＜0.05)。粪便隐血检测结果显示,模型组检测呈强阳性;中药组、益生菌组呈弱阳性,中药联合益生菌组呈阴性。与空白组相比,模型组小鼠肠内大肠杆菌数、血清及小肠组织中MPO活性均极显著上升(P＜0.01);与模型组相比,中药组和中药联合益生菌组小鼠肠内大肠杆菌数、血清及小肠组织中MPO活性均显著下降(P＜0.05)。【结论】中药联合益生菌可降低腹泻指数、肝脏和脾脏器官指数,增加体重、饮食量,使粪便隐血转阴并降低肠内大肠杆菌数、血清及小肠组织中MPO活性,从而对大肠杆菌性小鼠腹泻产生协同保护作用。     

饲粮中添加牛至精油和莫能菌素对荷斯坦犊牛血清生化指标、消化酶活性及瘤胃微生物区系的影响

旨在研究牛至精油（oregano essential oil,OEO）与莫能菌素（monensin,MON）对荷斯坦犊牛血清生化指标、消化酶活性以及瘤胃微生物区系的影响。本试验前期阶段选用了体重相近（（41.31±2.23）kg）,体况良好的荷斯坦初生犊牛80头,随机分为4组,每组20头,采用单栏饲养。对照组饲喂全脂牛乳和颗粒饲料,其他3个试验组在饲喂全脂牛乳和颗粒饲料的基础上分别添加4 g·kg^-1牛至精油、3.6 g·kg^-1莫能菌素和7.6 g·kg^-1牛至精油和莫能菌素的混合物,饲喂至56、70日龄时,从每组中选取6头体重相近的公犊,颈静脉采血测定血清指标,并通过口腔导管的形式采集犊牛的瘤胃液,检测消化酶活性以及瘤胃微生物区系。结果表明：1）添加牛至精油显著提高了56日龄犊牛血清中TP、SOD、GSH和GSH-Px的浓度（P ≤ 0.05）;莫能菌素对56、70日龄犊牛BUN浓度有降低的趋势（P<0.10）。2）牛至精油显著降低了56、70日龄犊牛瘤胃中产琥珀酸丝状杆菌的数量（P<0.05）,显著提高了白色瘤胃球菌的数量（P ≤ 0.05）;莫能菌素显著降低了56、70日龄犊牛瘤胃中原虫的数量（P ≤ 0.05）,并有降低白色瘤胃球菌数量的趋势（P<0.10）,在56日龄时,莫能菌素有降低犊牛瘤胃中黄色瘤胃球菌数量的趋势（P<0.10）;牛至精油和莫能菌素对56、70日龄犊牛瘤胃中溶纤维丁酸弧菌有显著的交互作用（P ≤ 0.05）;在56日龄时,牛至精油和莫能菌素对栖瘤胃普雷沃氏菌有交互作用的趋势（P<0.10）,而在70日龄时则呈显著的交互作用（P ≤ 0.05）。3）牛至精油和莫能菌素对56、70日龄犊牛瘤胃中胃蛋白酶浓度有显著的交互作用（P ≤ 0.05）。综上所述,饲粮中添加牛至精油可提高犊牛的免疫力和抗氧化能力。莫能菌素在抑制瘤胃内原虫数量上强于牛至精油,牛至精油对提高主要蛋白质降解菌数量的作用效果优于莫能菌素。总之,牛至精油可改善犊牛的健康状况以及调控瘤胃微生物区系,牛至精油作为天然植物抗生素可替代犊牛期预防性治疗的其他类抗生素生长促进剂。     

白藜芦醇对不同类型底物甲烷产生、养分降解及微生物区系的影响

本试验研究了白藜芦醇（RES）对两种类型底物瘤胃发酵的甲烷（CH₄）排放、养分降解以及微生物区系影响，旨在探索RES调控瘤胃发酵、降低CH₄排放的机理。本试验为双因素设计，选取3只健康、体重相近（（50±2.3） kg）且安装有永久性瘤胃瘘管的杜寒杂交肉羊做为瘤胃液供体。试验一，在精粗比为68：32（高精料，HC）和28：72（高粗料，HF）的两种底物中分别添加0%（对照组）、7.7%、14.3%和25.0%的RES进行产气试验，并选取对照组和14.3%组进行16S扩增子高通量测序；试验二，在上述两种底物中分别添加0%、14.3%的RES进行降解率试验。以上试验处理均设置5个重复。试验结果如下：1）两种底物产气量（GP）和CH₄产量随RES水平的增加均线性降低（P<0.05）；在相同RES处理下，相较HC，HF中GP和CH₄产量均显著降低（P<0.05）；且两因素对两指标变化存在交互效应（P<0.05）。2）添加RES后两种底物干物质（DM）、有机物（OM）、粗蛋白质（CP）、中性洗涤纤维（NDF）和酸性洗涤纤维（ADF）降解率均显著降低（P<0.05）；在相同RES处理下，相较HC，HF中各养分降解率均显著降低（P<0.05），且两因素对发酵24 h中性洗涤纤维降解率（NDFD）和酸性洗涤纤维降解率（ADFD）存在交互作用（P<0.05）。3）从门水平来看，两种底物中添加RES均引起变形菌门（Proteobacteria）丰度显著升高（P<0.05）；相较HC，HF的变形菌门丰度显著升高（P<0.05）。另外，在发酵第24小时，HF中添加RES添加导致互养菌门显著降低（P<0.05）；发酵第12小时，同一RES处理水平下，相较HC，HF中放线菌门丰度显著降低。从属水平来看，添加RES和改变底物类型均导致Prevotella_1（普雷沃氏菌_1）丰度大幅下降，且在HC （发酵12 h）、HF （发酵24 h）具有统计学意义（P<0.05）；添加RES变形菌门的优势菌属Ruminobacter和Succinivibrio均显著增加（P<0.05）。另外，发酵第12小时，在HF添加RES，Rikenellaceae_RC9_gut_group、Prevotellaceae_NK3B31_group和Christensenellaceae_R-7_group丰度均显著上升（P<0.05）；相较HC，HF中Prevotellaceae_UCG-001、Prevotellaceae_NK3B31_group和Christensenellaceae_R-7_group丰度显著降低（P<0.05）。在发酵第24小时，在HF中添加RES 导致Veillonellaceae_UCG-001和Lachnospiraceae_XPB1014_group丰度显著降低（P<0.05），Prevotellaceae_UCG-001、Phocaeicola、Prevotellaceae_NK3B31_group、Succiniclasticum、Christensenellaceae_R-7_group、Ruminococcaceae_NK4A214_group和Ruminobacter丰度显著升高（P<0.05）；且两因素对普雷沃氏菌_1、Succiniclasticum、Veillonellaceae_UCG-001和Lachnospiraceae_XPB1014_group的丰度变化存在互作效应（P<0.05）。此结果说明，添加高水平的RES可以有效降低瘤胃环境CH₄的排放量，但是抑制了各养分在瘤胃中的降解，这可能与瘤胃菌群中普雷沃氏菌_1的大幅度下降有关。     

Changes in small intestinal morphology and flora associated with decreased energy digestibility in calves with naturally occurring diarrhea

Fecal composition was studied in 5 healthy Holstein calves and in 10 with naturally occurring diarrhea. The calves were between 5 and 21 days of age. The mean fecal contents of fat, lactate, and acetate were higher in the calves with diarrhea than in the healthy calves (P less than 0.01). On the basis of calculated values, the mean caloric uptake from milk was decreased by 31% in diarrheal calves, compared with that in controls. At least half of the diarrheal calves were calculated to be in negative energy balance during the fecal collection period. This occurred in spite of consumption of a diet sufficient to provide more than enough energy for maintenance in healthy calves. The mean values for villous lengths were decreased at all portions of the small intestine in the calves with diarrhea, compared with those values in healthy calves. Similarly, the mean intestinal epithelial lactase activities were decreased in the calves with diarrhea, compared with those activities in healthy calves. Villous length was negatively correlated with fecal lactate content (r = -0.88 in the duodenum, r = -0.66 in the jejunum, and r = -0.80 in the ileum), but not with fecal fat content. Intestinal lactase activity in the cranial portion of the intestine tended to be negatively correlated with fecal lactate content. The mean concentration of total viable bacteria in the ileum was 1,000-fold higher in the diarrheal calves than in the healthy calves (10(9) vs 10(6)/5-cm intestinal segment.(ABSTRACT TRUNCATED AT 250 WORDS)     

粪菌移植法治疗非特异病原性羔羊腹泻的效果初报

羔羊腹泻是一种常发生于新生和断奶阶段，且能够导致羔羊生长迟滞甚至死亡的消化道疾病。粪菌移植（fecal microbiota transplantation，FMT）技术在反刍幼畜消化道疾病防治上鲜有研究。本研究采用FMT对腹泻羔羊进行治疗并与不同抗生素药物治疗进行对比，探索FMT对吮乳期羔羊腹泻的治疗效果。试验选择日龄（24±2）d、体重（6.12±1.01）kg、临床散发的具有典型腹泻症状的吮乳期羔羊60只（公母各半）以及健康羔羊10只（公母各半），分为健康对照组（HC）、腹泻对照组（SC）、粪菌移植治疗组（FMT）、庆大霉素治疗组（GM）、恩诺沙星治疗组（ENR）、庆大霉素+粪菌移植治疗组（GM+FMT）以及恩诺沙星+粪菌移植治疗组（ENR+FMT），测定腹泻羔羊腹泻治愈天数、日增重以及羔羊生理生化指标及相关炎性因子指标。结果表明：1）腹泻羔羊平均日增重、红细胞数量、血红蛋白含量、淋巴细胞比例和肌酐浓度均显著低于健康对照组羔羊（P<0.05），而平均血红蛋白浓度和炎性因子均显著高于健康对照组（P<0.05）；2）与SC组相比，经过5种方法治疗，除GM+FMT组外，FMT、ENR、ENR+FMT和GM组均显著降低治愈天数（P<0.05）。ENR组还显著提高腹泻羔羊日增重（P<0.05）；3）与SC组相比，FMT治疗可显著提升腹泻羔羊血液中血红蛋白含量和血液淋巴细胞数量（P<0.05）；4）经FMT、ENR和GM+FMT治疗后，各种炎性因子均显著下降到健康组羔羊水平。结果表明，FMT能够有效治愈羔羊腹泻症状，血液生理生化功能得到改善，抑制了炎性反应，显著降低腹泻率。FMT有望作为一种抗生素替代方法应用于羔羊腹泻防治实践。     

饲喂蒸汽压片玉米对新疆褐牛增重、瘤胃发酵及微生物多样性的影响

【目的】通过研究饲喂蒸汽压片玉米对新疆褐牛增重、瘤胃发酵及微生物的影响,旨在探索提高肉牛增重性能和饲养效益的饲喂方法。【方法】将16头年龄(18月龄)和体重相近(436.87 kg±17.29 kg)的健康新疆褐牛公牛随机分为2组,每组8头牛。试验组精料使用蒸汽压片玉米,对照组使用普通破碎玉米,预试期15 d,正试期180 d。记录试验牛初始体重、终末体重并计算平均日增重。于试验第180天采集新疆褐牛饲喂前(0 h)和饲后1、3、5、7、9 h瘤胃液测定瘤胃发酵指标;取0 h瘤胃液利用16S rRNA分析瘤胃微生物菌群组成。【结果】与对照组相比,试验组褐牛平均日增重显著提高(P＜0.05);瘤胃液pH在1 h显著降低(P＜0.05),在3 h极显著降低(P＜0.01);瘤胃液乙酸和乙酸＋丙酸＋丁酸含量在3 h均显著提高(P＜0.05),丙酸含量极显著提高(P＜0.01);在各采样时间点,瘤胃液氨态氮和微生物蛋白含量均极显著升高(P＜0.01)。两组褐牛瘤胃液Chao1指数和Shannon指数差异均不显著(P＞0.05),在门水平上,试验组拟杆菌门相对丰度显著提高(P＜0.05),螺旋菌门相对丰度极显著提高(P＜0.01),而厚壁菌门、脱硫杆菌门、疣微菌门相对丰度均显著降低(P＜0.05),放线菌门相对丰度极显著降低(P＜0.01);在属水平上,试验组理研菌科RC9、普雷氏菌属UCG-003、毛螺旋菌科XPB1014和毛螺旋菌科NK3A2相对丰度均显著提高(P＜0.05),而克里斯滕森菌科R-7相对丰度显著降低(P＜0.05)。【结论】饲粮中使用蒸汽压片玉米能显著提高新疆褐牛公牛平均日增重,改变瘤胃发酵速度,提高发酵效率,显著增加与碳水化合物和挥发性脂肪酸代谢相关的微生物丰度,降低了纤维降解相关和可致病的微生物丰度。     

妊娠后期补充β-胡萝卜素对母猪乳成分和肠道菌群的影响

试验旨在探究妊娠后期饲粮中添加β-胡萝卜素对母猪初乳、常乳成分及肠道菌群的影响,并揭示肠道菌群与乳成分之间的相关性。选取胎次相近的妊娠后期二元杂交母猪48头,随机分为3组,每组16个重复,分别饲喂添加0、30和90 mg/kg β-胡萝卜素的饲粮,试验从妊娠第90天开始到分娩后第14天结束。分娩当天采集母猪初乳和粪便样品,哺乳第14天采集母猪常乳样品。对初乳中免疫球蛋白（Ig）水平以及常乳中乳成分进行测定,粪便样品通过16S rRNA测序技术进行分析。结果显示：与对照组相比,饲粮添加β-胡萝卜素有提高母猪初乳中IgM的趋势（P=0.173）,降低IgG的趋势（P=0.155）;添加30 mg/kg β-胡萝卜素显著提高了常乳中乳蛋白和尿素氮含量（P<0.05）,同时降低了乳糖含量（P<0.05）,而添加90 mg/kg β-胡萝卜素降低了常乳中总固体含量（P<0.05）。对粪便菌群进行分析发现,β-胡萝卜素上调了Eubacterium brachy group、Ruminococcaceae UCG009、Ruminococcaceae UCG014等菌群的丰度,下调了Candidatus Soleaferrea、Coprococcus 3、Lachnospiraceae NK4B4 group等菌群的丰度。相关性分析表明,Coprococcus 3与初乳中IgM水平呈显著负相关（P<0.05）,Fibrobacter与初乳中IgG、IgM水平呈显著正相关（P<0.05）;Lachnospiraceae NK4B4与常乳中乳蛋白和总固体含量呈显著正相关（P<0.05）;Ruminococcaceae UCG009与初乳中IgG水平呈显著负相关（P<0.05）。以上结果表明,β-胡萝卜素可通过调节肠道菌群影响母猪初乳及常乳的成分组成。     

复合微生态制剂对断奶仔猪生长性能、免疫机能及盲肠菌群结构的影响

【目的】 探讨复合微生态制剂在断奶仔猪饲料中的添加比例及其替代抗生素后对仔猪的影响。【方法】 选取80头日龄（28 d±2 d）、体重（9.31 kg±0.52 kg）接近,健康状况良好的三元杂交断奶仔猪（杜×长×大）,随机分为5组,每组4个重复,每个重复4头仔猪（公母各半）。对照组饲喂基础饲粮;低、中、高剂量复合微生态制剂组（LOW、MED和HIG）分别在基础饲粮中添加0.1%、0.2%、0.3%复合微生态制剂（活菌数分别为1×10¹¹、2×10¹¹、3×10¹¹ CFU/kg）;抗生素组（ANT）在基础饲粮中添加75 mg/kg金霉素。试验期为28 d。记录试验仔猪初始体重、终末体重、腹泻及采食情况。试验第28天采集仔猪前腔静脉血,测定血清生化指标和免疫指标;采集盲肠内容物,利用16S rRNA测序技术分析肠道菌群变化。【结果】 与对照组相比,①MED组的平均日增重（ADG）和平均日采食量（ADFI）均显著上升（P<0.05）,且与ANT组没有显著差异（P>0.05）;MED和HIG组的料重比（F/G）均显著降低（P<0.05）,且与ANT组没有显著差异（P>0.05）;LOW和MED组的腹泻率均显著降低（P<0.05）且与ANT组没有显著差异（P>0.05）。②MED和HIG组仔猪胸腺指数及MED组脾脏指数均显著上升（P<0.05）。MED组胸腺指数和脾脏指数均显著高于ANT组（P<0.05）。③LOW、MED和HIG组血清高密度脂蛋白（HDL）含量显著上升（P<0.05）,MED和ANT组的白蛋白（ALB）含量显著上升（P<0.05）,LOW、MED和ANT组的天门冬氨基酸转移酶（AST）活性均显著降低（P<0.05）。④LOW和MED组血清免疫球蛋白G （IgG）含量显著升高（P<0.05）;MED和ANT组血清免疫球蛋白A （IgA）和免疫球蛋白M （IgM）含量均显著升高（P<0.05）,且与ANT组没有显著差异（P>0.05）。⑤LOW、MED和ANT组仔猪盲肠菌群厚壁菌门（Firmicutes）相对丰度显著升高（P<0.05）,LOW和ANT组普雷沃氏菌属_1（Prevotella_1）相对丰度显著下降（P<0.05）;HIG和ANT组变形菌门（Proteobacteria）相对丰度显著下降（P<0.05）;LOW、MED、HIG和ANT组理研菌科（Rikenellaceae）和弯曲杆菌属（Campylobacter）相对丰度显著下降（P<0.05）,而乳杆菌科（Lactobacillaceae）、乳杆菌属（Lactobacillus）相对丰度显著上升（P<0.05）;HIG组拟普雷沃菌属（Alloprevotella）相对丰度显著上升（P<0.05）;MED、HIG和ANT组毛螺菌属（Lachnospira）相对丰度显著下降（P<0.05）;LOW、HIG和ANT组粪杆菌属（Faecalibacterium）相对丰度显著上升（P<0.05）。相较于对照组和抗生素组,LOW和HIG组假单胞菌科（Pseudomonadaceae）相对丰度显著下降（P<0.05）,LOW组瘤胃菌科（Ruminococcaceae）相对丰度显著上升（P<0.05）。【结论】 饲粮中添加复合微生态制剂能够改善断奶仔猪的生长性能和免疫机能,改善盲肠微生物的菌群丰度,降低肠道致病菌的丰度,降低腹泻率,其中添加0.2%复合微生态制剂（活菌数为2×10¹¹ CFU/kg）的效果较好,能达到与添加抗生素相似的饲喂效果。