嗜肾型鸡传染性支气管炎病毒W93疫苗株S1基因的克隆与序列测定

根据国外已发表的鸡传染性支气管炎病毒（IBV）S1基因序列，设计了两对引物并以RT－PCR特异性扩增出嗜肾型IBV W93疫苗株的S1基因，基因产物大小为1.62kb，与设计相符，对其进行序列测定后，与标准毒株H52、H120、M41、BEAU株的S1基因进行同源性比较，结果表明，W93株与H52、H120、M41和BEAU株的核苷酸序列的同源性分别为96．8％、97．1％、96．9％和96．8％，由此可以看出嗜肾型IBV W93疫苗株与标准毒株在S1基因上具有高度的同源性。     

鸡肾型传染性支气管炎病毒分离株S1基因的序列分析

对鸡传染性支气管炎病毒(infectious bronchitis virus,IBV)肾型毒株BJQ、BJS、BJY、SDW和HBN的S1全基因进行了扩增、克隆和序列测定,并将所分离毒株的S1基因序列与5个参考毒株进行了比较.结果表明,IBV分离株S1基因间核苷酸同源性在76.7%～92.1%之间,氨基酸同源性在73.9%～89.5%之间.氨基酸序列特征分析表明,S1基因多处存在突变、缺失和插入现象,其中在氨基酸69～81和142～150位点区出现较高的变异.系统进化树分析表明,除SDW株与Gray属于相同的进化分支外,其他国内肾型分离株属于同一个进化分支,而韩国、日本等亚洲分离株和美洲分离株分别属于其他不同的进化分支,说明IBV病毒的发生和流行与地域及所致病型有一定的相关性.     

鸡腺胃型传染性支气管炎病毒金坛分离株核蛋白基因的克隆和测序

应用逆转录多聚酶链反应技术，参照Boursnell等发表的鸡传染性支气管炎病毒核蛋白基因序列，自行设计并合成1对引物，应用该引物，从感染IBV金坛株的第五代SPF鸡胚尿囊液中扩增出片段大小为828bp的JT N基因，与设计相符，表明扩增片段为IBVJT株N基因。将扩增片段与pGEM-T Easy载体连接，经核酸序列测定，与Genebank中报道的IBV其它株N基因同源性较高。     

鸡传染性支气管炎病毒中国地方分离株膜蛋白基因的克隆及序列分析

本研究选取有代表意义的9株鸡传染性支气管炎病毒（IBV）国内分离株．利用所设计的一对特异引物，通过RT—PCR的方法成功地扩增了膜蛋白基因即M基因全长片段．通过克隆、序列测定获得了9个分离毒株M基因的全长核苷酸序列。并将各IBV国内分离株与GenBank中注册的一些毒株的M基因核苷酸序列及推导的氨基酸序列进行比较、系统进化关系分析发现：IBV中国地方分离毒株大部分属于Mass型；不同毒株间存着重组、缺失、插入及点突变等变异，从ATG至第150bp区段的核苷酸序列变异频率最高；IBV中国地方分离株M基因的变异属于高频率的同义突变；国内的IBV分离株分为两个基因群，1群分离毒株与GenBank中Mass型的毒株亲缘关系较近．毒株间核苷酸序列同源性为95．7%～100％，其相应的氨基酸序列同源性为98．2%～100%；Ⅱ群分离毒株与众多参考毒株的亲缘关系都比较远，毒株间彼此核苷酸序列同源性为89．7％～91．9%，氮基酸序列同源性为92．0-96．0%。     

鸡传染性支气管炎病毒广西株M基因的克隆与序列分析

参照GenBank中鸡传染性支气管炎病毒(IBV)的核苷酸序列设计1对引物,利用 PCR 扩增IBV广西株的M基因片段,将其克隆到pMD18-T载体中.序列分析结果表明,M基因全长为678 bp,编码225个氨基酸,近N端含有2个潜在的N-糖基化位点,3个跨膜区位于23—98肽段区,亲水区较疏水区更易变异.IBV广西株与国内外IBV参考毒株相比,核苷酸序列同源性为83.6%~92.5%,氨基酸序列同源性为82.7%~95.1%.系统进化分析结果显示IBV广西株与SAIB20和LX4两参考株位于同一个分支上,它们的亲缘关系较近,而与其他参考株属于不同的分支,亲缘关系较远.结果表明IBV广西株是1株新的IBV变异株.     

禽传染性支气管炎病毒S1基因毕赤酵母表达载体的构建

本试验根据已公布的IBV株S1基因序列及pPIC9K表达载体序列，去掉由18个氨基酸构成的信号肽后，设计一对IBV S1基因表达片段的PCR引物，利用RT—PCR扩增得到了IBV四川分离株的S1基因片段，将该片段克隆到PMD18-T载体上，通过对所得到的重组质粒进行酶切分析、菌落PCR鉴定，证明得到了含有目的基因片段的阳性重组质粒，测序分析片段长为1566bp，已经成功切除了由18个氨基酸构成的信号肽序列。将该基因亚克隆到毕赤酵母分泌型表达载体pPIC9K的SnaBⅠ和NotⅠ酶切位点，并通过菌落PCR、双酶切鉴定了该重组质粒的正确性，IBV S1基因毕赤酵母表达载体的构建为进一步利用毕赤酵母表达IBV S1蛋白提供了基础材料，并对表达产物的免疫原性和禽传染性支气管炎基因亚单位疫苗及特异性诊断抗原的研究打下了基础。     

4株鸡肾型IBV陕西分离株3种主要结构蛋白基因的遗传变异分析

采用RT—PCR方法对近年来本实验室分离的4株肾型IBV陕西分离株的纤突蛋白S1基因、膜蛋白基因（M）和核蛋白基因（N）分别进行扩增,测序后进行遗传变异分析。结果显示：与肾型疫苗株w93相比,各分离株S1基因均存在广泛的点突变,并且都存在基因插入现象,分离株之间氨基酸同源性为75．8％～99．4％;M基因除了存在点突变外,W09和WNl2在其5’端还存在9个核苷酸的缺失,分离株之间氨基酸同源性为91．0％～99．6％;N基N无插入和缺失,但存在基因点突变,分离株之间氨基酸同源性为99．3％～99．5％。4株IBV分离株在S1、M和N基因氨基酸系统进化树上分属于不同的进化群,且都与较早的肾型IBV陕西分离株w118遗传距离较远。结果表明,4株鸡肾型IBV流行毒株的s1、M和N基因均存在不同程度变异,这可能是免疫鸡群肾型鸡传染性支气管炎长期流行的主要原因．     

IBV安徽分离株膜蛋白基因的克隆及序列分析

利用设计的1对特异性引物,通过RT-PCR方法扩增出4株鸡传染性支气管炎病毒(IBV)安徽地方分离株膜蛋白M基因全长片段并进行了克隆测序。将各IBV安徽地方分离株与GenBank中注册的一些毒株M基因核苷酸序列及推导的氨基酸序列进行比较和系统进化关系分析,发现毒株间核苷酸序列同源性为88.5%~100%,其相应的氨基酸序列同源性为90.3%~100%;不同毒株间存着重组、缺失、插入及点突变等变异,从ATG至第140 bp区段的核苷酸序列变异频率最高;4株分离毒株属于同一个进化群的2个不同进化亚群,与我国常用疫苗毒株H120、M41和W 93不属同一个进化亚群。     

传染性支气管炎病毒青岛腺胃分离株(SD/97/02)基质蛋白、5a、5b 蛋白基因的克隆和序列分析

参考 Gen Bank上的传染性支气管炎病毒 (IBV)序列 ,自行设计合成了 3条引物 ,对 IBV青岛腺胃分离株 (SD/97/ 0 2 ) RNA进行 RT- PCR扩增 ,扩增含基质蛋白 (M)及 5 a、5 b蛋白基因的约 1.6 5 kb的片段 ,对 PCR产物进行克隆后测序。序列分析显示 ,M蛋白基因与其他 IBV相应的基因同源性在 90 .33%～ 92 .75 %之间 ,氨基酸序列比较 ,同源性在 89.82 %～ 94.2 5 %之间 ;5 a基因与其他 IBV的基因同源性在 84.34 %～ 87.37%之间 ,氨基酸同源性在 81%～82 %;5 b基因与其他 IBV的基因同源性在 91%～ 92 %之间 ,氨基酸同源性在 93%左右。     

肾型IBV山东分离株S1高变区(HVR)的基因克隆与序列分析

根据Genbank上发表的IBV病毒的S1基因序列,用Oligo6．0设计了一对用于扩增HVR基因的引物,经RT-PCR扩增得到了预期大小的产物。将目的条带纯化回收后克隆到PMD18-T载体上,对插入的目的片段进行序列测定,并与已发表的IBV HVR基因序列进行比较,发现与ARK-1592-29株的血清型较近,其同源性为91％,从基因序列比较来看可初步把SF株定为ARK株的变异株。     

猪流感病毒H1N1、H1N2和H3N2亚型多重RT-PCR诊断方法的建立

对我国分离到的猪流感病毒和GenBank数据库中已有的猪流感病毒H1N1、H1N2和H3N2亚型毒株的HA、NA基因核苷酸序列进行分析,分别选出各个病毒亚型HA和NA基因中高度保守且特异的核苷酸区域,设计扩增猪流感病毒H1和H3、N1和N2亚型的2套多重PCR特异性引物,建立了猪流感H1N1、H1N2和H3N2亚型病毒多重RT-PCR诊断方法。采用该方法对H1N1、H1N2、H3N2亚型猪流感病毒标准参考株进行RT-PCR检测,结果均呈阳性,对扩增得到的片段进行序列测定和BLAST比较,表明为目的基因片段。其它几种常见猪病病毒和其它亚型猪流感病毒的RT-PCR扩增结果都呈阴性。对107EID50/0.1mL病毒进行稀释,提取RNA进行敏感性试验,RT-PCR最少可检测到102EID50的病毒量核酸。对40份阳性临床样品的检测结果是H1N1、H1N2和H3N2亚型分别为16份、1份和20份,其它3份样品同时含有H1N1和H3N2亚型猪流感病毒,和鸡胚分离病毒结果100%一致。试验证明建立的猪流感病毒H1N1、H1N2和H3N2亚型多重RT-PCR诊断方法是一种特异敏感的诊断方法,可用于临床样品的早期快速诊断和分型。     

鸡传染性支气管炎病毒沈阳分离株生物学特性及其免疫原S1基因的克隆与序列分析

本研究对分离自沈阳地区的一株传染性支气管炎病毒（ＳＹ毒株）进行了生物学特性的研究,同时成功地对其免疫原Ｓ１基因进行了ＲＴ－ＰＣＲ扩增、克隆与序列分析。 通过电镜观察、动物回归试验、血凝特性研究等试验验证分离自沈阳地区的ＳＹ毒株确实为一株传染性支气管炎病毒。气管环组织培养交叉中和试验结果表明,分离株ＳＹ株不同于参考毒株澳大利亚Ｔ、Ｈ５２、Ｍ４１,且不同于国内其它流行株ＨＤ、ＨＢ、ＸＢ、ＤＢ等,是一个新的变异株。 利用ＩＢＶ Ｓ１基因特异性寡聚核苷酸引物,经ＲＴ－ＰＣＲ扩增ＳＹ毒株的Ｓ１基因,得到预期的约１．７Ｋｂ片段;并将扩增所得ｃＤＮＡ插入克隆质粒ｐＵＣ１９的ＥｃｏＲⅠ／ＢａｍＨⅠ位点,在大肠杆菌ＤＨ５ａ中实现目的基因的克隆。经限制性核酸内切酶分析及ＰＣＲ鉴定,证实为阳性重组质粒,利用末端双脱氧链终止法对其测序,得到Ｓ１基因全长１６４０ｂｐ,包括整个开放阅读框。通过序列分析软件ＤＮＡＳＩＳ、ＰＲＯＳＩＳ、ＭＥＧＡ等软件对Ｓ１基因核苷酸序列及推导的氨基酸序列进行分析,结果表明：分离株ＳＹ与７株参考株和国内流行株ＨＤ株相比,无论是核苷酸序列同源百分率还是氨基酸序列同源百分离都较低,均未达到８０％,这就提示我们ＳＹ毒     

应用多重聚合酶链反应同时检测鉴别鸡新需疫病毒,鸡传染性支气管炎病毒,鸡

本文建立了一种同时检测ＤＮＶ、ＩＢＶ、和ＭＧ４种病原体的多重ＰＣＲ技术。根据ＮＤＶ、ＩＢＶ、ＩＬＴＶ和ＭＧ的基因文库,设计了４对分别与ＮＤＶ、ＩＢＶ、ＩＬＴＶ和ＭＧ某段基因序列互补的引物,用这４对引物对同一样品中的ＮＤＶ、ＩＢＶ、ＩＬＴＶ、ＭＧＲＶＡ和ＤＮＡ模板进行多重ＰＣＲ扩增,结果均同时得到了４条特异性大小与实验设计相符的３１０ｂｐ（ＮＤＶ）、１７２０ｂｐ（ＩＢＶ）、６４７ｂｐ（ＩＬＴＶ）和７３２ｂｐ（ＭＧ）多重ＰＣＲ扩增带,而对其他６种禽病病原的ＰＣＲ扩增结果均为阴性;敏感性测定结果表明,该多重ＰＣＲ技术难检出１０ｐｇ的ＩＢＶ、１ｂｇ的ＮＤＶ ＲＮＡ模板和ＩＬＴＶ、１ｐｇ的ＭＧ ＤＮＡ模板。     

传染性支气管炎病毒S1基因遗传变异研究

本文利用计算机互联网分析了传染性支气管炎病毒（IBV）Buead株（呼吸型）和Z株（肾病型）S1基因的遗传变异规律。经与Genbank中50余个传染性支气管炎病毒的S1基因序列比较研究表明：Beaud株和Z株均存在着高度变异和相对保守区，两株病毒S1基因含有5－6个插入变异区。本文同时分析了两株病毒S1蛋白氨基酸序列的变异规律，研究表明：各株传染性支气管病毒之间S1蛋白的氨基酸序列有局部变异，其中105－106个氨基酸保持恒定不变。功能位点分析表明：Z株与Buead株抗原位点的位置和组成已发生变异，糖基化位点除Z株出现两个新位点外，其位置没有发生变化，但其组成已发生较多变异。     

鸡传染性支气管炎病毒的快速检测

本试验建立了一种快速检测鸡传染性支气管炎病毒的通用性PCR方法。通过对纯化后IBV核蛋白基因进行的直接PCR及套式PCR扩增表明，两次PCR产物的大小为0.7kb和0.5kb，与实际设计相符。而对照的NDV主IBDV的PCR扩增产物均为阴性。用IBV HB（华北）株感染SPF鸡后，应用我们所建立的PCR方法去检测不同时期所采集的肾脏、气管、盲肠扁桃体、肺脏和肝脏中的IBV，在SPF鸡感染IBV后的21天仍然能够检测到IBV的基因组，Southern blot杂交试验证明了我们获得的PCR产物为IBV的核蛋白基因。对30份自然感染病料的检测表明，本实验所建立的PCR方法检测阳性数为15份，阳性率为50％（15／30）；鸡胚接种检测的阳性数为17份，阳性率为56．7％（17／30）；IFA检测的阳性数11 ，阳性率为36．7％（11／30）。PVR检测法与鸡胚接种方法的阳性符合率为93．3％（14／15），统计学分析表明，P＞0．05，差异不显著，而PCR检测法与IFA的阳性符合率为60％（9／15）。结果证明本实验所建立的PCR检测方法具有敏感、特异、快速等特点，适用于不同来源及不同血清型IBV的检测。     

鸡肾型传染性支气管炎病毒QD株S1基因的克隆与序列分析

One nephropathogenic infectious bronchitis virus （IBV） strain was isolated from Qingdao city, named as QD isolate.S1 gene of the strain was amplified, cloned and sequenced. The S1 gene of QD isolate was composed of 1620 nucleotides, and a spike glycoprotein cleavage recognition site was Arg-Arg-Phe-Arg-Arg. The nucleotide acid similarities among the nine IBV vaccine strains and the QD strain were 78.8% to 82.2%. Phylogenetic analysis based on the S1 genes showed that QD strain and the vaccine strains belonged to different clusters, and showed larger evolutionary distances, but showed the smaller evolutionary distances with the field nephropathogenic IBV strains in China. The result showed that nephropathogenic IBV strains were widely popular in China, and the QD strain could be used as the infectious bronchitis vaccine candidate strain.     

Isolation and identification of four infectious bronchitis virus strains in China and analyses of their S1 glycoprotein gene

Between 2003 and 2005, four strains of infectious bronchitis virus (IBV) were isolated from the vaccinated chicken flocks in China. The results from chicken embryo cross-neutralization assays showed that all the four isolates were relative to strain A2 of IBV, which was isolated in 1996 in Beijing and related to strain 4/91. The S1 gene of the spike protein was amplified and sequenced. The nucleotide and amino acid sequence of the S1 gene had a similar degree of identity (88.98-99.28%) among the four Chinese IBV isolates. The identity of the S1 protein gene between the four Chinese IBV isolates and 14 strains of other IBVs varied from 70.06 to 81.59%. Phylogenetic analysis suggested that there are at least four groups of IBVs circulating in China and the disease outbreaks might have been caused by infection of multiple strains of IBV.