应用基因芯片技术检测禽4种主要疫病的研究Ⅱ.检测基因芯片的构建及制备

本试验进行了NDV—IBV—AIV—IBDV检测基因芯片的构建及制备。以构建的重组质粒为模板，用PCR方法扩增制备靶基因，异丙醇沉淀法进行纯化，制备的靶基因质量浓度可达161．88～1218．36mg／L。将靶基因以点样缓冲液稀释至100mg／L，以芯片点样仪SpotArray24将靶基因点制在氨基化基片上，样点中心间距450／Lm，样点直径220／Lm。点样基片经室温干燥2h、水合处理10s、紫外线交联25min和0．2％SDS洗涤5min等系列处理后，成功制备出检测基因芯片。试验以PCR扩增标记制备检验探针，对制备的检测芯片进行质量检验。结果表明，制备的NDV—IBV—AIV—IBDV检测基因芯片质量好，可对NDV、IBV、AIV和IBDV进行检测。     

应用基因芯片技术检测禽重要疫病的研究——Ⅰ.4种禽病检测基因芯片靶基因的克隆及鉴定

对NDV、IBV、AIV和IBDV等病原进行了分子生物学特征分析,以RT-PCR分别扩增制备NDV、IBV、IBDV和AIV的靶基因,分别命名为ND1、ND2、ND3、ND4、ND5、IB1、IB2、IB3、IB4、AI1、AI2和IBD1.并分别对制备的靶基因进行了克隆和鉴定分析,经BamHⅠ酶切、PCR和核酸序列测定鉴定分析表明,除T/WZ重组质粒外,T/ND1(F48E9),T/ND2(LaSota),T/ND3(LaSota),T/ND4(F48E9),T/ND5(LaSota),T/ND5(F48E9),T/IB1(SM),T/IB1(M41),T/IB2(SM),T/IB3(M41),T/WZ,T/AI1,T/AI2,T/IBD1等14个重组质粒,均是其病原的特异性基因.该批靶基因的成功克隆和鉴定为禽疫病检测基因芯片的构建和制备提供了确实可靠的靶基因材料,是禽类疫病基因检测芯片构建和制备的关键技术之一.     

应用基因芯片技术检测禽重要疫病的研究——I．4种禽病检测基因芯片靶基因的克隆及鉴定

对NDV、IBV、AIV和IBDV等病原进行了分子生物学特征分析，以RT-PCR分别扩增制备NDV、IBV、IBDV和AIV的靶基因，分别命名为ND1、ND2、ND3、ND4、ND5、IB1、IB2、IB3、IB4、AI1、A12和IBD1。并分别对制备的靶基因进行了克隆和鉴定分析，经BamHⅠ酶切、PCR和核酸序列测定鉴定分析表明，除T／WZ重组质粒外，T／ND1（F48E9），T／ND2（LaSota），T／ND3（LaSota），T／ND4（F48E9），T／ND5（LaSota），T／ND5（F48E9），T／IB1（SM），T／IB1（M41），T／IB2（SM），T／IB3（M41），T／WZ，T／AI1，T／AI2，T／IBD1等14个重组质粒，均是其病原的特异性基因。该批靶基因的成功克隆和鉴定为禽疫病检测基因芯片的构建和制备提供了确实可靠的靶基因材料，是禽类疫病基因检测芯片构建和制备的关键技术之一。     

检测鸡新城疫病毒和鸡传染性支气管炎病毒双重RT-PCR的建立与初步应用

为了快速检测临床样品中新城疫病毒(NDV)和鸡传染性支气管炎病毒(IBV)的混合感染,根据NDV的F基因和IBV的N基因保守序列分别设计了2对特异性引物,优化双重RT-PCR反应条件,建立了可同时检测NDV和IBV的快速双重反转录PCR(RT-PCR)诊断方法。敏感性试验表明,此方法对NDV和IBV的RNA最小检出量分别为0.014 3和0.013 6ng;NDV的扩增片段大小为459bp,IBV的扩增片段为282bp。对其他病毒如IBDV、AIV和EDSV的检测结果均为阴性,表明此方法具有较好的特异性。对58份临床疑似样品进行检测,NDV和IBV的阳性率分别为44.82%和31.03%,NDV和IBV混合感染率为20.68%,表明本研究建立的NDV与IBV双重RT-PCR检测方法,可用于临床发病病料中NDV和IBV混合感染的快速鉴别诊断。     

同时检测禽类六种病毒的金标银染可视化基因芯片的构建及初步应用

本研究旨在利用金标银染显色技术,构建同时检测禽白血病病毒(ALV)、鸡马立克病病毒(MDV)、传染性法氏囊病毒(IBDV)、新城疫病毒(NDV)、禽流感病毒(AIV)、鸡传染性喉气管炎病毒(ILTV)的可视化基因芯片。利用T-A法分别克隆得到ALV-env、MDV-meq、IBDV-vp_2基因,并利用本实验室已保存的AIV-np、NDV-f、ILTV-tk基因序列,设计寡核苷酸探针,制备ALV-MDV-IBDV-AIV-NDV-ILTV基因芯片阵列。引入生物素标记的引物进行PCR扩增,并与芯片进行杂交银染显色,肉眼观察检测结果,并对芯片的特异性、敏感性、稳定性进行评价,以及临床初步验证。成功克隆ALV-env、MDV-meq及IBDV-vp_2共3个靶基因,测序鉴定其正确性。发现寡核苷酸探针最优使用浓度为50μmol·L~(-1),40℃条件下杂交2 h,Nanogold-Streptavidin链霉亲和素溶液的质量浓度为4μg·mL~(-1),银染5 min,可见明显的检测信号。特异性试验显示,ALV、MDV、IBDV、NDV、AIV、ILTV之间无交叉反应,且以鸡传染性支气管炎病毒为模板制备的PCR扩增标记不与ALV-MDV-IBDV-AIV-NDV-ILTV芯片杂交。芯片检测的灵敏度为1 pg·μL~(-1)。芯片在常温条件下保存60 d,在4℃条件下保存75 d仍可进行有效检测。临床病料检测结果与PCR检测结果一致。本研究成功构建同时检测ALV、MDV、IBDV、NDV、AIV和ILTV的金标银染可视化基因芯片,并确定其最佳反应条件,为临床标准化应用奠定了基础。     

鸡传染性支气管炎病毒793/B RT-PCR检测方法的建立及应用

根据GenBank已发表的鸡传染性支气管炎病毒（Infectious bronchitis virus，IBV）793／BS1基因序列，设计1对引物，扩增891bp特异性核酸片段，建立了检测IBV793／B的RT—PCR方法。特异性试验结果表明，IBV793／B能扩增出891bp的核酸片段，而IBVM41H120H52毒株以及新城疫病毒（NDV）、禽流感病毒（AIV）、传染性法氏囊病病毒（IBDV）均无特异性条带出现。敏感性试验结果表明，该方法的最低检出量为10pg的模板。上述结果表明，本试验所建立的RT—PCR方法敏感性高、特异性强。利用建立的RT—PCR方法对从山东省分离的8株疑似鸡IBV793／B进行检测，结果7株为阳性。该方法的建立为IBV793／B的诊断及流行病学调查提供了可靠的方法。     

一步法多重RT-PCR检测新城疫、禽流感、传染性支气管炎病毒试验的研究

为了提高检测鸡肉中新城疫病毒（Newcastle disease virus,NDV)，禽流感病毒(Avian influenza virus,AIV)，传染性支气管炎病毒（Avian infectious bronchitis virus,IBV)的效率和敏感性，利用引物设计软件Primer Primer5.0设计了NDV的F基因片段，AIV的M基因片段，IBV的M基因片段的引物，在以前一步法RT-PCR扩增各种病毒RNA的基础上，进行了两种病毒和三种病毒的一步法多重RT-PCR的试验。结果确定了两种病毒的一步法多种RT-PCR的试验条件。三种病毒的一步法多重RT-PCR的试验条件基本确立，本试验初步建立了检测NDV，AIV，IBV一步法多重RT-PCR技术。     

鸡传染性支气管炎病毒Real-time PCR方法的建立及其对感染鸡体内病毒的检测

本研究针对传染性支气管炎病毒（IBV）tl／CH／LDT3／03毒株的N基因（GenBank登录号为AY702975）设计并合成了一对引物,构建重组质粒作为阳性标准品,建立了检测IBV核酸的SYBRGreenⅠ荧光定量PCR方法。该方法可检测到初始模板中6．45×10copies／μL的病毒核酸。与常规PCR相比,敏感性高100倍。该检测方法特异性强,与其它禽源病毒如新城疫病毒（NDV）、传染性喉气管炎病毒（ILTV）、传染性法氏囊病毒（IBDV）、禽流感病毒（AIV）、马立克氏病毒（MDV）均不发生交叉反应;重复性试验的变异系数小于2．6％。结果表明,本试验建立的荧光定量PCR检测方法灵敏度高、特异性强、重复性好,可用于传染性支气管炎的临床诊断。同时应用本方法对人工感染IBV的SPF鸡的主要脏器盲肠扁桃体、肾脏、肺和气管进行了病毒RNA定量检测,结果表明,肾脏的病毒含量最高,盲肠扁桃体中病毒持续的时间最长,从而揭示了IBV在SPF鸡体内复制的动态变化,证实了感染鸡的临床表现与病毒滴度的时间相关性。     

禽四种病毒多重PCR诊断技术的建立和应用

根据禽呼肠孤病毒（ARV）、禽流感病毒（AIV）、新城疫病毒（NDV）和鸡传染性支气管炎病毒（IBV）的基因保守区设计了4对特异性引物,建立了针对四种病毒的多重PCR检测体系,并对该体系进行了条件优化及特异性、敏感性试验。该体系扩增的四种病毒基因片断大小分别为199bp（ARV）、264bp（AIV）、362bp（NDV）和459bp（IBV）,且特异性、敏感性良好,能够检出1pgAIV和10PgARV、NDV、IBV的RNA。临床应用结果证明,该体系具有很高的实用价值和应用前景。     

荧光定量RT-PCR检测鸡传染性支气管炎病毒方法的建立及应用

为了建立一种快速的新城疫病毒(NDV)病原检测方法,试验针对鸡传染性支气管炎病毒(IBV)基因序列保守区域设计1对特异性引物和1条特异性探针,通过构建重组阳性标准质粒的方法建立了检测IBV核酸的荧光定量PCR方法,优化反应体系和反应条件后进行特异性、敏感性、重复性试验。结果表明:该检测方法特异性强,与其他禽源病毒如NDV、传染性喉气管炎病毒(ILTV)、传染性法氏囊病毒(IBDV)、禽流感病毒(AIV)、马立克病毒(MDV)均不发生交叉反应;该方法可检测到3.1×101拷贝/μL的病毒核酸,比常规RT-PCR的敏感性高100倍;重复性试验的变异系数小于2%。说明研究建立的Real-time RT-PCR检测方法特异性强、灵敏度高、重复性好,可用于IBV的定量检测。     

禽流感病毒和新城疫病毒二联RT-PCR检测方法的建立

参照国内外已发表的禽流感病毒(AIV)和新城疫病毒(NDV)的基因序列及其相关的RT-PCR检测方法,根据禽流感病毒M蛋白基因和新城疫病毒NP基因各设计一套特异性通用引物,扩增目的带分别为600bp和340 bp。通过对相关病毒检测,建立了AIV和NDV通用型二联RT-PCR检测方法。该方法具有快速、敏感、特异等优点,可为AIV和NDV的检测、流行病学调查及疫苗使用等奠定基础。     

区分禽流感病毒亚型诊断基因芯片的构建

制备了可同时区分AIVH5、H7、H9血凝素亚型及N1、N2神经氨酸酶亚型的基因诊断芯片。试验以重组质粒为模板,进行PCR扩增,然后用异丙醇沉淀法进行纯化,制备探针及内参基因。将探针及内参基因用点样缓冲液稀释到0.3μg/μL后用芯片点样仪将其点制到醛基化基片上,样点中心间距450μm,样点直径220μm。将点好的基片在室温干燥24h以上,后经65℃再水合10s、80℃干燥、65mj紫外线交联照射25min后,再用封闭液封闭,95℃变性处理,成功构建了能区分禽流感血凝素H5,H7,H9亚型及神经氨酸酶N1,N2亚型的检测基因芯片。在PCR扩增中标记待检样品,对制备的检测芯片进行质量检验,结果表明,制备的区分禽流感病毒亚型基因芯片可区分AIV部分亚型。     

鸡IBV、NDV和AIV多重RT-PCR检测方法的初步建立

根据鸡传染性支气管炎病毒M基因、禽流感病毒NP基因和新城疫病毒F基因各设计1对引物,初步建立了针对鸡传染性支气管炎(IB)、新城疫(ND)和禽流感(AI)的多重RT-PCR鉴别诊断方法,并对其特异性和敏感性进行了检测。结果表明,所设计的3对引物可对同一样品中的IBV、NDV和AIV进行特异性扩增,所扩增的目的片断的长度分别为333bp(IBV)、438bp(NDV)和196bp(AIV);建立的多重RT-PCR检测方法能够检测出1ng/μLAIV、1ng/μLNDV和10ng/μLIBV的cDNA,说明该检测方法特异性强,敏感性较高。本研究所建立的多重RT-PCR方法可用于上述3种鸡病毒性呼吸道疾病的快速鉴别诊断,在临床诊断和流行病学调查方面具有较好的应用前景。     

鸭新城疫病毒和流感病毒多重RT-PCR鉴别诊断技术的建立和应用

对同样以引起鸭产蛋下降为主要特征的鸭流感病毒（AIV）分离株和鸭新城疫病毒（NDV）YH99V分离株，通过设计特异性引物和优化体系反应条件，建立了一种早期快速鉴别诊断鸭AIV和鸭NDV的单项RT—PCR方法和多重RT—PCR方法，AIV的扩增片段大小为483bp，NDV的扩增片段为310bp，电泳快速，易于区分。敏感性试验表明，该方法比HA敏感100倍以上；对AIV、YH99V、IBV、IBDV及正常鸡胚尿囊液的混合液检测显示，多重RT—PCR法具有很强的特异性。对鸭病毒性产蛋下降征侯群送检病料的检测证明，该方法能有效鉴别AIv和／或NDV单独感染或混合感染，阳性检出率明显高于HA方法。     

核酸探针检测鸡传染性支气管炎病毒方法的建立及应用

以地高辛(DIG)标记鸡传染性支气管炎病毒(IBV)pol基因的保守片段制成核酸探针,与IBV参考株、新城疫病毒、传染性法氏囊病病毒、禽流感病毒、正常鸡胚尿囊液及正常鸡肾组织等的RT-PCR产物进行斑点杂交,以检测探针的特异性,结果该探针仅与IBV毒株的RT-PCR产物杂交呈阳性,与对照病毒和组织的RT-PCR产物杂交呈阴性.敏感性试验显示,探针最低能检出约3.4pg的IBV RT-PCR产物.用该方法检测了38份疑似IBV临床病料,31份阳性;而用RT-PCR法扩增IBV S2基因确诊为阳性的只有29份.对人工接种IBV H52弱毒苗鸡咽喉和肛门拭子32份进行检测,检出15份阳性.结果表明,利用DIG探针检测IBV的RT-PCR产物,特异性和敏感性强,可重复,能克服RT-PCR非特异性反应和探针Northern杂交的不稳定性.     

禽类基因工程重组干扰素研究进展

近年来 ,多种禽类干扰素基因已被克隆和在大肠杆菌中表达。禽类基因工程重组干扰素在抗马立克病毒、劳斯肉瘤病毒、新城疫病毒、传染性法氏囊病病毒、传染性支气管炎病毒和禽流感病毒方面效果显著 ,展现出了广阔的应用前景。文章对禽类基因工程重组干扰素的研究进展作了综述     

腺胃病变型鸡传染性支气管炎病毒强毒株的培育

用腺胃病变形鸡传染性支气管炎病毒分离株IBV－D971株接种1日龄SPF鸡，连续传10年代，培育出了腺胃病变型鸡传染性支气管炎强毒株IBV－D971J株。IBV－D971J10对SPF鸡胚的致病力为10^-6.45ELD50/0.2mL,对1日龄SPF鸡的致病力为10^-1.5LD50/1mL，从死亡鸡的心，肝，脾，肺，肾，腺胃，肌胃，法氏囊等均能分离到IBV，IBV－D971J10不含鸡新城疫，禽流感，鸡马立克氏病，鸡传染性法氏囊炎，网状内皮组绢增殖病等外源病毒，对SPF鸡可引起典型的腺胃炎，肌胃炎，间质性肾炎等是变化。     

胶东地区规模鸡场3种主要病毒感染情况的调查

应用RT-PCR对山东青岛、潍坊和烟台3个地区2008年1月至2009年6月送检的1837份具有呼吸道症状鸡的病料进行新城疫病毒(NDV)、传染性支气管炎病毒(IBV)和H9亚型禽流感病毒(AIV)3种主要病毒感染情况的调查。调查显示,3个地区3种病毒的感染率可达65.76%,其中NDV、IBV和AIV(H9)的平均阳性率分别为12.36%、12.30%和41.10%。青岛地区NDV、AIV(H9)和IBV的阳性率最高,分别为13.45%、17.37%和44.08%。2008年下半年较2008年上半年3种病毒的检出率均有所升高,以AIV(H9)升高最为显著;2009年上半年较2008年上半年AIV(H9)阳性率上升最为明显。3种病毒混合感染的阳性率可达11.00%,以IBV+AIV(H9)和NDV+AIV(H9)二重混合感染临床最为常见。表明山东省胶东地区NDV、IBV和AIV(H9)的感染情况比较普遍,且存在一定程度的混合感染。本调查结果为山东省制定规模鸡场3种疫病的防控措施提供了科学资料。     

Immuno-PCR for one step detection of H5N1 avian influenza virus and Newcastle disease virus using magnetic gold particles as carriers

Detecting avian influenza virus (AIV) and Newcastle disease virus (NDV) at low concentrations from tracheal and cloacal swabs of avian influenza- and Newcastle disease-infected poultry was carried out using a highly sensitive immunological-polymerase chain reaction (immuno-PCR) method. Magnetic gold particles were pre-coated with a capture antibody, either a monoclonal anti-AIV/H5 or monoclonal anti-NDV/F and viruses serially diluted ten-fold from 10(2) to 10(-5)EID(50)/ml. A biotinylated detection antibody bound to the viral antigen was then linked via a streptavidin bridge to biotinylated reporter DNA. After extensive washing, reporter DNA was released by denaturation, transferred to PCR tubes, amplified, electrophoresed and visualized. An optimized immuno-PCR method was able to detect as little as 10(-4)EID(50)/ml AIV and NDV. To further evaluate the specificity and the clinical application of this IPCR assay for AIV H5N1 and NDV, the tracheal swab specimens, taken from chickens which were infected with H5N1/AIV, H9N2/AIV, H7N2/AIV, NDV, IBDV, IBV/H(120), were detected by IPCR. Our data demonstrated that this monoclonal antibody-based immuno-PCR method provides a platform capable of rapid screening of clinical samples for trace levels of AIV H5 and NDV in one step.