新型鸭呼肠孤病毒S组基因克隆及序列分析

采用RT-PCR方法对NDRV-QY分离株的S组基因编码区进行RT-PCR扩增、克隆及序列测定。结果表明,QY株S组基因包含的ORF大小分别为1 517 bp、1 251 bp、1 104 bp和1 104 bp。将QY株的S组基因各节段编码区核苷酸序列及其推导氨基酸序列与正呼肠孤病毒属的呼肠孤病毒的相似性比较和遗传进化分析结果表明,QY株与ARV、TRV、MDRV、NDRV均有不同程度的同源性,其中与NDRV的同源性最高,核苷酸序列和氨基酸序列同源性均达90%以上。QY株与NDRV、MDRV、ARV同在正呼肠孤病毒的第Ⅱ亚群,与NDRV处在同一个分支,与MDRV和ARV处在不同分支,建议将新型鸭呼肠孤病毒分类在正呼肠孤病毒属的第Ⅱ亚群当中。     

新型鸭呼肠孤病毒QY株S3基因克隆与序列分析

参考GenBank新型鸭呼肠孤病毒（New-type duck reovirus,NDRV）S3基因序列设计合成一对引物,对新型鸭呼肠孤病毒QY株S3基因进行RT-PCR扩增,并对PCR产物进行了克隆和测序.结果显示扩增产物为1 104 bp,与预期的目的片段大小一致.相似性分析QY株S3基因核苷酸序列与ARV代表株、MDRV代表株和DRV代表株,相似性分别59.4％ ～ 60.0％、61.1％～ 61.3％和96.7％～ 98.6％;氨基酸的相似性分别为67.6％～ 68.7％、68.1％～68.9％和95.4％～ 98.4％.表明QY株的S3基因具有不同于ARV和MDRV的特征,分离病毒QY株是不同于禽呼肠孤病毒和番鸭呼肠孤病毒的独立基因群.     

广东新型鸭呼肠孤病毒σB蛋白基因克隆及序列分析

为研究广东新型呼肠孤病毒(NDRV)的基因变异及遗传演化情况,本试验从广东不同鸭场病死鸭肝脏、脾脏等组织脏器中分离到8株流行毒株,用RT-PCR方法进行σB蛋白基因扩增、克隆与序列分析,并与其他毒株σB蛋白的氨基酸特性、蛋白抗原和蛋白基因进行系统进化比对分析。结果表明,广东省鸭群中感染的NDRV与国内其他地区报道的DRV核苷酸序列同源性很高,达96.6%~99.5%,而与禽呼肠孤病毒(ARV)和番鸭呼肠孤病毒(MDRV)的同源性则较低,分别为64.6%~66.5%和66.2%~67.1%;8株NDRV之间的核苷酸序列同源性高达97.7%~99.7%。与其他毒株比较结果显示,本试验分离的NDRV毒株磷酸化位点均比参考毒株ARV和MDRV少,且大多数区域的抗原指数都较高,抗原性与MDRV较为接近,遗传进化分析结果表明,NDRV和国内其他DRV处于独立的进化分支,ARV和MDRV则处于不同分支。结果表明,广东省流行的NDRV毒株σB蛋白基因序列高度保守,且广东地区分离的NDRV与国内其他地区分离的DRV没有明显的地域差异。     

广东新型鸭呼肠孤病毒σB蛋白基因克隆及序列分析

为研究广东新型呼肠孤病毒（NDRV）的基因变异及遗传演化情况,本试验从广东不同鸭场病死鸭肝脏、脾脏等组织脏器中分离到8株流行毒株,用RT-PCR方法进行σB蛋白基因扩增、克隆与序列分析,并与其他毒株σB蛋白的氨基酸特性、蛋白抗原和蛋白基因进行系统进化比对分析。结果表明,广东省鸭群中感染的NDRV与国内其他地区报道的DRV核苷酸序列同源性很高,达96.6%~99.5%,而与禽呼肠孤病毒（ARV）和番鸭呼肠孤病毒（MDRV）的同源性则较低,分别为64.6%~66.5%和66.2%~67.1%;8株NDRV之间的核苷酸序列同源性高达97.7%~99.7%。与其他毒株比较结果显示,本试验分离的NDRV毒株磷酸化位点均比参考毒株ARV和MDRV少,且大多数区域的抗原指数都较高,抗原性与MDRV较为接近,遗传进化分析结果表明,NDRV和国内其他DRV处于独立的进化分支,ARV和MDRV则处于不同分支。结果表明,广东省流行的NDRV毒株σB蛋白基因序列高度保守,且广东地区分离的NDRV与国内其他地区分离的DRV没有明显的地域差异。     

鹅源新型鸭呼肠孤病毒广西株G-NDRV-GX-2022全基因组分子特征的分析

为研究鹅源新型鸭呼肠孤病毒的全基因组分子特征及其广西流行株的进化特点,本研究采集广西地区3份发病鹅的肝脏、脾脏、肺脏及肾脏病料样品,采用多重荧光定量RT-PCR (RT-qPCR)检测番鸭呼肠孤病毒(MDRV)和新型鸭呼肠孤病毒(NDRV),并以NDRV阳性样品的核酸为模板,采用RT-PCR分段扩增其全基因组并测序,采用BioEdit软件分析其全基因组序列的相似性;采用NetNGlyc 1.0软件预测NDRVσC蛋白N-糖基化位点;通过Mega 7.0软件绘制σ系列基因的系统发育树及RDP5和SimPlot软件分析NDRV全基因组的重组事件。RT-q PCR结果显示,检出1份NDRV阳性样品,经测序及序列拼接,获得一条鹅源NDRV广西流行株G-NDRV-GX-2022全基因组序列,全长23 353 bp,分为L1～L3、M1～M3及S1～S4共10个基因;BlAST分析结果显示,G-NDRV-GX-2022株10个基因与GenBank中相应基因序列的相似性最高为91.2%～98.4%,对应的病毒株均源自中国广东、福建、山东、浙江及湖北等地的NDRV,宿主有野鸭、番鸭、绿头鸭等,表明G-...     

3种禽类呼肠孤病毒血清学相关性及致细胞病变差异分析

本研究旨在研究3种不同疾病型禽类呼肠孤病毒间的抗原性关系及病毒的培养特性。作者通过血清中和试验测定了禽呼肠孤病毒(ARV S1133株)、番鸭呼肠孤病毒(MDRV 9710株)、新型鸭呼肠孤病毒(NDRV NP01株)3种禽类呼肠孤病毒的血清学相关性,统计抗原相关性R值;并应用部分禽胚原代细胞及哺乳动物传代细胞对这3种病毒的培养特性进行了初步研究。结果表明,3种病毒株之间的R值很小,抗原相关性较低;三者具有广泛的细胞亲嗜性,能在多种细胞中增殖,并产生细胞病变,但病毒致细胞病变特征有所差异,ARV和NDRV均以巨融合为主,而MDRV则以细胞圆缩坏死为主。上述结果表明导致禽类不同疾病的ARV、MDRV和NDRV三者之间的抗原相关性较低,病毒的细胞培养特性也不同,细胞病变类型的差别提供了一种初步鉴别禽类呼肠孤病毒的方法。     

鸭坦布苏病毒、新型鸭呼肠孤病毒及番鸭呼肠孤病毒多重TaqMan荧光定量RT-PCR检测方法的建立与临床应用

为建立鉴别检测鸭坦布苏病毒(DTMUV)、新型鸭呼肠孤病毒(NDRV)及番鸭呼肠孤病毒(MDRV)的方法,本研究分别针对DTMUV E基因与NDRV、MDRV S3基因,设计特异性引物和Taq Man探针,经优化反应条件,建立了同一体系中同时检测DTMUV、NDRV及MDRV的Taq Man荧光定量RT-PCR方法。结果显示,该方法仅能扩增DTMUV、NDRV及MDRV,与禽呼肠孤病毒(ARV)、禽流感病毒(AIV)、新城疫病毒(NDV)、传染性法氏囊病病毒(IBDV)、减蛋综合征病毒(EDSV)、鸭瘟病毒(DEV)等主要禽源病毒均无交叉反应,特异性强;对DTMUV、NDRV及MDRV质粒标准品的检测下限均为7.5×10~1拷贝/μL,敏感性高;组内与组间重复性试验变异系数均小于2.5%,重复性好。利用该方法与已报道的坦布苏病毒荧光定量RT-PCR方法及NDRV与MDRV双重RTPCR方法同时检测82份临床疑似患病鸭的肝脾组织样品,结果检出阳性样品22份,其中,DTMUV阳性检出率为10.98%(9/82),NDRV阳性检出率为2.44%(2/82),MDRV阳性检出率为13.41%(11/82),检出阴性样品60份。与参考方法的检测结果一致,三者的符合率达100%。本研究建立的方法为临床DTMUV、NDRV及MDRV鉴别检测和流行病学调查提供了特异、敏感、高效的技术支撑。     

两株鸭源禽呼肠孤病毒S3基因序列分析

禽呼肠孤病毒（avian reovirus,ARV）属于呼肠孤病毒科（Reoviridae）正呼肠孤病毒属（Orthoreovirus）。ARV病毒粒子为无囊膜的20面体,双层衣壳,直径60-80nm,氯化铯浮密度为1．36～1．37g／mL。基因组为10个节段的双股RNA,根据核酸电泳迁移率的不同,可以分成3组：3个大基因节段（L1、L2、L3）,3个中基因节段（M1、M2、M3）,4个小基因节段（S1、S2、S3、S4）。编码的蛋白至少有14种,     

新型鸭呼肠孤病毒QY株σB蛋白基因特征、二级结构预测及其细胞抗原表位分析

本研究旨在对新型鸭呼肠孤病毒(NDRV) QY株σB蛋白的遗传变异规律和结构及功能进行分析。从GenBank数据库中获取QY株和25株参考株的σB蛋白编码序列,通过Mega 6.0软件进行序列比对分析和系统进化树构建;使用Datamonkey软件进行选择压力分析;运用生物信息学软件预测QY株σB蛋白二级结构功能及B细胞和T细胞抗原表位。相似性分析结果显示,NDRV QY株与国内其他地区分离的鸭呼肠孤病毒(DRV)氨基酸相似性达到94.9%～98.9%,与禽呼肠孤病毒(ARV)及番鸭呼肠孤病毒(MDRV)的相似性仅为66.5%～68.4%和67.6%～68.4%;选择压力分析显示,σB蛋白承受净化选择压力,但存在一个正向选择位点;σB蛋白属于亲水蛋白,不具有信号肽和跨膜区,含有潜在的O-糖基化位点;结构预测分析显示,σB蛋白具有α-螺旋、β-折叠、β-转角及无规则卷曲等丰富的二级结构;表位分析显示,σB蛋白含有潜在的B细胞和T细胞抗原表位。本研究成功进行了QY株σB蛋白的基因特征和结构功能预测及其细胞表位分析,为深入了解该蛋白的免疫学特性及研发NDRV新型疫苗奠定了基础。     

新型鸭呼肠孤病毒QY株σB蛋白基因特征、二级结构预测及其细胞抗原表位分析

本研究旨在对新型鸭呼肠孤病毒（NDRV）QY株σB蛋白的遗传变异规律和结构及功能进行分析。从GenBank数据库中获取QY株和25株参考株的σB蛋白编码序列,通过Mega 6.0软件进行序列比对分析和系统进化树构建;使用Datamonkey软件进行选择压力分析;运用生物信息学软件预测QY株σB蛋白二级结构功能及B细胞和T细胞抗原表位。相似性分析结果显示,NDRV QY株与国内其他地区分离的鸭呼肠孤病毒（DRV）氨基酸相似性达到94.9%~98.9%,与禽呼肠孤病毒（ARV）及番鸭呼肠孤病毒（MDRV）的相似性仅为66.5%~68.4%和67.6%~68.4%;选择压力分析显示,σB蛋白承受净化选择压力,但存在一个正向选择位点;σB蛋白属于亲水蛋白,不具有信号肽和跨膜区,含有潜在的O-糖基化位点;结构预测分析显示,σB蛋白具有α-螺旋、β-折叠、β-转角及无规则卷曲等丰富的二级结构;表位分析显示,σB蛋白含有潜在的B细胞和T细胞抗原表位。本研究成功进行了QY株σB蛋白的基因特征和结构功能预测及其细胞表位分析,为深入了解该蛋白的免疫学特性及研发NDRV新型疫苗奠定了基础。     

新型鸭呼肠孤病毒的分离鉴定及其σC基因遗传进化分析

新型鸭呼肠孤病毒(NDRV)病,是一种以肝脾不规则坏死、出血斑/点和心肌、腔上囊出血为主要特征的新疫病。为研究某养鸭企业不同年份分离的NDRV病株的生物学特性,本研究将2019年从25份樱桃谷鸭脏器组织中分离的3株病毒以及2016年和2017年分离的2株病毒同时进行了生物学特性比较研究。RT-PCR及基因测序结果表明,该5株分离病毒均为NDRV,且纯净性良好。体外复制研究表明,该5株分离病毒均能100%致死鸡胚,且在Vero细胞中增殖良好;除2017年的分离株外,其余4株分离病毒均能在CEF中产生明显的细胞病变。σC基因同源性及遗传进化分析显示,5株NDRV分离株与其它NDRV病毒株之间具有较高的同源性(90.0%～98.2%),而与番鸭呼肠孤病毒(MDRV)同源性较低(29.6%～46.1%),再次证明5株分离病毒均为NDRV,但2017年分离株NDRV-SD19/6202与其余4株病毒的遗传距离稍远。σC基因编码氨基酸序列分析结果显示,以CEF适应病毒为代表的NDRV-SD19/6201株与CEF非适应病毒NDRV-SD19/6202株之间存在13个氨基酸差异位点,但这些差异位点是否是引起两株病毒复制特性差异的关键氨基酸还需要进一步研究。综上,本研究结果表明来源于同一养殖企业不同年份分离的NDRV病毒株之间生物学特性存在一定差异,提示持续开展该病流行病学调查的必要性,同时为了解NDRV的遗传进化特征和基因变异情况提供参考。     

NDRV和MDRV双重RT-PCR检测方法的建立

为建立一种能够同时快速检测新型鸭呼肠孤病毒(NDRV)和番鸭呼肠孤病毒(MDRV)的方法,根据GenBank上已发表的2种病原S3基因保守序列,设计合成2对特异性引物。经条件优化后,建立了检测NDRV、MDRV的双重RT-PCR方法,扩增2种病毒的片段,大小分别为298 bp和189 bp。试验表明,该方法具有良好的特异性和敏感性。采用该方法对在广东省不同地区采集的42份鸭病料样品进行检测的结果与单一RT-PCR结果一致,均检出19份感染NDRV的病料和8份感染MDRV的病料,表明该方法可用于临床样品检测。     

山东地区新型鸭呼肠孤病毒的分离与鉴定

为了解山东地区肉鸭呼肠孤病毒的流行情况,从山东地区收集肉鸭坏死脾脏病料,经研磨处理,接种鸭胚,对分离病毒进行PCR扩增和σC基因测序分析。PCR扩增结果显示共分离得到6株病毒,测序结果显示,6株病毒σC基因核苷酸同源性为99.0%～100.0%,与新型呼肠孤病毒毒株核苷酸同源性为93.7%～99.3%。由此确定,分离的6株病毒均为新型呼肠孤病毒(Novel duck reovirus,NDRV)。该研究为山东地区NDRV的防控提供一定参考依据。     

鹅呼肠孤病毒GRV-LA16株的分离鉴定

为探明安徽省某养鹅场60日龄鹅出现的软脚,排白色粪便,严重者导致鹅死亡的原因,对病死鹅进行剖检,发现其以肝脏肿大,脾脏肿大和坏死以及肺脏充血、出血为主要特征。对分离毒株进行RT-PCR扩增试验、序列分析及动物回归试验,结果表明,该分离毒株为鹅呼肠孤病毒(Goose reovirus,GRV),命名为GRV-LA16株,其ELD50为10-5.7/0.2 m L。病理组织切片结果显示,与对照组相比,肺泡壁胀破融合,毛细血管扩张出血,且肺泡腔有红色丝网状纤维素渗出物。σC基因测序结果分析表明,其与鸭呼肠孤病毒σC基因同源性为87%。GRV-LA16与鸭呼肠孤病毒亲缘关系较近,为同一拓扑群,而与经典的禽呼吸肠孤病毒(Avian orthoreoviruses,ARV)、GRV、番鸭呼肠孤病毒(Muscovy duck reovirus,MDRV)处于不同拓扑群。     

禽(鸡)呼肠孤病毒99G株σB编码基因的克隆及其在大肠杆菌中的高效表达

禽呼肠孤病毒(Avian reovirus,ARV)是呼肠孤病毒科呼肠孤病毒属的成员,为无囊膜、双股RNA病毒。ARV呈世界性分布,可感染鸡、火鸡及其他禽类。ARV的基因组可分为L(L1、L2、L3)、M(M1、     

一株肉鸡呼肠孤病毒变异株的分离鉴定

旨在研究肉鸡呼肠孤病毒分离株致病与基因组变异情况。2017年从山东潍坊地区跗关节肿胀、出血严重商品肉鸡中收集病料,进行病毒分离,通过RT-PCR检测、电镜观察对病毒进行鉴定;将分离到的病毒回归商品肉鸡;设计18对引物对分离株全基因组扩增测序,并进行了遗传进化分析;将分离毒株与经典毒株S1133进行血清交叉中和试验。结果表明分离到一株禽呼肠孤病毒(命名为WF17),回归商品肉鸡能完全复制出临床症状,并能从试验鸡中重新分离到该病毒。该分离株基因组完全符合禽呼肠孤病毒基因组结构特点,主要抗原σC蛋白基因与台湾918株最接近,相似性为92.7%,与S1133株的相似性只有55.9%。WF17株与S1133株的抗原相关指数(R值)只有0.19。目前以S1133株为主的商品化疫苗无法对禽呼肠孤病毒变异株产生有效保护。     

新型鸭呼肠孤病毒RT-PCR检测方法建立与初步应用

为建立一种能够快速检测新型鸭呼肠孤病毒（NDRV）的方法,本研究参考GenBank上登录的NDRV S3基因保守序列设计特异性引物.经条件优化后,建立了检测NDRV的RT-PCR方法.对其特异性、敏感性和重复性进行检验.结果显示：该方法仅能从NDRV分离毒中扩增到与预期大小相符,长度为298 bp的特异性目的片段,检测灵敏度达到83.4 pg病毒RNA;而其它病毒：番鸭呼肠孤病毒、禽呼肠孤病毒、鸭病毒性肝炎病毒、鸭瘟病毒、鸭新城疫病毒和禽流感病毒等样品的扩增结果均为阴性.采用该方法对在广东不同地区采集的15份鸭病料样品进行检测,NDRV阳性率为53.33％.表明建立的RT-PCR方法特异性强、敏感度高,可用于NDRV的临床诊断和流行病学调查.     

应用RT-PCR技术检测番鸭呼肠孤病毒

参考 Gen Bank中番鸭呼肠孤病毒 (m uscovy duck reovirus,MDRV ) S1基因序列 ,用计算机设计并合成了 1对引物 HP11、HP12 ,以此引物用 RT- PCR对番鸭呼肠孤病毒 S1基因进行了特异性扩增。结果表明 :引物 HP11、HP12能从所有供试的 4株分离毒 MDRV- MW9710、MW980 6、MW980 9、MW9810扩增出 30 0 bp S1基因 c DNA片段 ,而不能从禽呼肠孤病毒 (ARV) S1133株和番鸭胚成纤维 (MDEF)细胞培养物中扩增出任何片段 ;该 RT- PCR的检测灵敏度为 1pg的病毒核酸 ,特异性强 ,重复性好 ,对含毒细胞培养液和尿囊液只需用氯仿进行简单处理 ,即能检测出 MDRV核酸。因此认为 ,该 RT- PCR可以用于番鸭呼肠孤病毒的快速检测     

肉鸡禽呼肠孤病毒变异株的分离与致病性研究

为了解禽呼肠孤病毒(Avian reovirus,ARV)变异株在我国的流行情况,了解其生物学特性及致病特点,对吉林省某企业送检的病鸡关节组织进行病毒分离,通过RT-PCR检测、序列分析及动物回归试验对该分离病毒进行鉴定。结果显示:成功分离到1株肉鸡ARV变异株,将其命名为ARV-JL21-0102;σC基因遗传演化分析显示:该分离病毒与ARV基因Ⅱ型参考株ISR528处于同一进化分支,氨基酸序列相似性为89.8%,而与ARV基因Ⅰ型疫苗株S1133和HeB02株氨基酸序列相似性分别为56.3%和58.4%;该变异株在LMH细胞上增殖良好,对鸡胚和1日龄SPF雏鸡存在一定的致病性;与基因Ⅰ型HeB02株相比,变异株对鸡胚和SPF雏鸡致病性较弱,感染雏鸡发病时间推迟,雏鸡致死率较低。研究结果为全面了解ARV变异株的遗传进化特征和新型疫苗的研发奠定了基础。     

鸭甲肝病毒与新型呼肠孤病毒复合RT-PCR检测方法的建立

根据鸭甲肝病毒(Duck hepatitis A virus,DHAV)的3D基因序列和新型鸭呼肠孤病毒(Novel Duck reovirus,NDRV)的S3基因序列,分别设计了1对特异性引物,通过条件优化建立了鉴别DHAV和NDRV的复合RT-PCR方法。该方法对DHAV和NDRV的最低检出量均为100 copies,而对番鸭呼肠孤病毒(Muscovy duck reovirus,MDRV)、鸭瘟病毒(Duck plague virus,DPV)、鸭坦布苏病毒(Duck Tembusu virus,DTMUV)和鸭副粘病毒(Duck paramyxo virus,NDV)的检测结果均为阴性。临床样品的检测结果显示,该方法是一种快速鉴别诊断DHAV和NDRV感染的有效手段。