用卡片PCR法检测卡耶他环孢子虫

使用FTA卡片法提取卡耶他环孢子虫DNA,利用特异性引物组F1E/R2B、CC719/CRP999进行巢式PCR,得到1条298bp的特异条带。并以柔嫩艾美尔球虫、贝氏隐孢子虫等作为对照,结果显示,除卡耶他环孢子虫外,均无特异性条带。用卡耶他环孢子虫卵囊进行巢式PCR敏感性试验,结果显示敏感度最高达1.0×100个/mL。     

猴源环孢子虫巢式PCR检测方法的建立

环孢子虫是一类可引起人和动物腹泻的重要寄生性原虫。为建立猴源环孢子虫的巢式PCR检测方法,根据该环孢子虫18S rDNA基因序列,设计一对保守引物N18SA/N18SS和一对特异性引物CYJS/CYJA,通过阳性质粒摸索该检测方法的最佳反应条件,进行特异性和敏感性试验,并应用该方法对87份猴粪样本进行了临床检测。结果显示该巢式PCR能特异性地扩增出猴源环孢子虫目的片段,与微小隐孢子虫、阿米巴原虫等8种DNA无交叉反应,最低能检测0.2 fg的阳性质粒DNA,对临床样本的检出率比传统方法(饱和蔗糖漂浮法和改良抗酸染色法)提高2.3%~3.4%。可见,该巢式PCR方法具有较高的特异性和敏感性,对于环孢子虫病的诊断和分子流行病学调查具有重要的应用价值。     

犬弓形虫巢式PCR检测方法的建立及初步应用

弓形虫病是一种重要的人兽共患病,犬是弓形虫重要的中间宿主,有必要建立一种快速、灵敏的犬弓形虫病检测方法。根据GenBank中弓形虫529 bp基因重复序列设计巢式PCR引物,通过优化反应条件建立巢式PCR检测方法。特异性试验结果显示,该方法对牛巴贝斯虫、环形泰勒虫、犬新孢子虫的基因扩增无条带;灵敏度试验结果显示,该方法最低可以检出0.134 pg的弓形虫基因,比目前国标PCR方法高100倍。对感染弓形虫犬的组织样品检测发现,巢式PCR能在感染犬的不同组织中检测出弓形虫基因。建立的犬弓形虫巢式PCR检测方法特异性强、灵敏度高、重复性好,为该病的检测奠定了基础。     

牛卵形巴贝斯虫巢式PCR诊断方法的建立及初步应用

根据GenBank上发表的牛卵形巴贝斯虫CCTη基因序列设计合成2对巢式PCR引物,建立牛卵形巴贝斯虫巢式PCR诊断方法,对该方法的最佳反应条件进行了筛选,并进行了特异性、敏感性及临床样本检测试验。结果表明,建立的巢式PCR方法外引物扩增牛卵形巴贝斯虫基因组片段的长度为1 008bp,内引物为537bp;该方法扩增不出牛瑟氏泰勒虫、弓形虫、犬新孢子虫基因组DNA;最低检测DNA含量为16fg;通过对46份临床样本的检测,该巢式PCR较常规PCR阳性检出率高8.7%。本试验为牛卵形巴贝斯虫病的诊断提供了一种更为特异、敏感的检测技术。     

鸡细小病毒半巢式PCR检测方法的建立及初步应用

为建立一种快速、特异、灵敏的检测鸡细小病毒（chicken parvovirus,ChPV）的方法,根据ChPV的保守基因NS1设计了3条特异性引物,建立并优化了能快速检测ChPV的半巢式PCR方法,对其进行特异性和敏感性试验,并用所建立的方法对48份临床样品进行了检测。特异性和敏感性试验结果显示,建立的半巢式PCR只对ChPV敏感,扩增产物为186 bp的特异性条带;其最低能检测到5.62 fg/μL的ChPV DNA;而对鸡新城疫病毒、H9亚型禽流感病毒、马立克氏病病毒、鸡传染性喉气管炎病毒、鸡传染性支气管炎病毒不敏感。临床检测结果显示,同时对48份临床样品进行检测,检出率为16.67%（8/48）,提示广西区内鸡群存在ChPV感染。本研究建立的ChPV半巢式PCR方法适用于ChPV的临床检测。     

隐孢子虫三种实时荧光定量PCR检测方法的比较

为筛选一种检测谱广、敏感性好、特异性高的隐孢子虫实时荧光定量PCR法,对JVAP18S法、Csp18S法和CRU18S法三种隐孢子虫实时荧光定量PCR方法的敏感性、特异性和重复性进行了检测,并与基于18S r DNA序列的套式PCR方法进行了比较。结果显示,以10倍倍比稀释的含有微小隐孢子虫18S r DNA基因片段的重组质粒为模板,成功地建立了三种实时荧光定量PCR方法;敏感性试验显示,JVAP18S法和Csp18S法最低可检测0.1个卵囊,而CRU18S法最低只能检测到1个卵囊,但他们均比套式PCR方法敏感;特异性试验结果显示,三种实时荧光定量PCR法均可检测微小隐孢子虫(Cryptosporidium parvum)、泰泽隐孢子虫(Cryptosporidium tyzzeri)和贝氏隐孢子虫(Cryptosporidium baileyi),而其他属寄生虫和细菌DNA的检测结果均为阴性;重复性试验结果显示,JVAP18S法、Csp18S法和CRU18S法的批内变异系数分别为0.69%~2.68%、0.11%~4.93%、0.04%~2.89%,批间变异系数分别为0.52%~5.75%、2.09%~5.13%、1.15%~3.71%;对50份小鼠田间粪便样品检测结果显示,JVAP18S法检测的阳性率为84.00%,显著高于套式PCR法检测的64.00%的阳性率。上述结果表明,三种实时荧光定量PCR法均能有效检测隐孢子虫,比较而言,JVAP18S法敏感性高、特异性强、重复性好,尤其适合于隐孢子虫含量较少的样品检测。     

巢式PCR检测隐孢子虫卵囊的研究

隐孢子虫病是一种重要的人畜共患原虫病。为了在临床样品中更准确、快速地检测隐孢子虫卵囊,从初步纯化的含有不同数量隐孢子虫卵囊的样品中和含有不同数量隐孢子虫卵囊的奶牛粪便中,直接提取DNA或用DNA纯化试剂盒对提取的奶牛粪便中卵囊DNA进行纯化之后用作起始PCR(Primary PCR)模板,以起始PCR的产物为模板进行巢式PCR(Nested PCR),用2对人工合成寡核苷酸分别作为两个PCR的引物,扩增片段大小分别为1325bp和820bp。优化了Mg2+浓度、引物浓度和dNTP浓度,并进行了特异性检验。建立的巢式PCR具有隐孢子虫属特异性,不仅扩增出新鲜样品DNA提取物中的目的片段,而且扩增出放置6年之久的DNA提取物中的目的片段。样品经过初步纯化之后,起始PCR和巢式PCR最低检测值卵囊分别为2 86×103个/ml和≤2 86个/ml;从含有隐孢子虫卵囊的奶牛粪便中提取DNA,尔后经过DNA纯化试剂盒纯化,其起始PCR和巢式PCR粪便中卵囊最低检测值分别为2 86×107个/g和≤2 86个/g。有望发展为试剂盒。     

不同DNA提取方法对隐孢子虫卵囊PCR检测的影响

为了提高隐孢子虫PCR检测的敏感性和效率,采用10种基因组DNA提取方法,对隐孢子虫卵囊DNA进行提取,对提取的DNA进行nested PCR扩增。经过3次重复试验,结果显示,Chelex 100法、FTA试纸法和Wizard DNAClean-Up System试剂盒法敏感性最高,能够稳定地扩增出1×10^2个卵囊提取的DNA,适合隐孢子虫病分子流行病学调查时大量样品DNA的提取。     

应用PCR技术快速鉴定熊蜂微孢子虫Nosema bombi

基于熊蜂微孢子虫16SrRNA基因序列设计了1对引物,并对引物退火温度和引物浓度等反应条件进行了优化。对所建立方法的敏感性、特异性和稳定性进行了验证后,使用该方法对40份样品进行检测。结果显示,本研究建立了一种能够特异、敏感鉴定熊蜂微孢子虫的PCR方法,对熊蜂微孢子虫总DNA的敏感性达到2.86×10-5 mg/L,可以将熊蜂微孢子虫从西方蜜蜂微孢子虫和东方蜜蜂微孢子等其他可以感染熊蜂的寄生虫中区分出来,具有良好的特异性和稳定性。通过对40份熊蜂样品进行检测结果表明,整个检测过程可以在4h内完成并具有良好的适用性。本研究建立的熊蜂微孢子虫检测方法可用于进境熊蜂的检验检疫。     

鸭疫里默氏杆菌巢式PCR检测方法的建立

为建立一种更加准确、敏感的鸭疫里默氏杆菌检测方法,根据鸭疫里默氏杆菌16S rRNA基因序列设计2对巢式PCR引物,在完成最佳反应条件筛选、特异性、敏感性、重复性试验的基础上,建立巢式PCR检测方法.结果表明,建立的巢式PCR对1、2、10、X型鸭疫里默氏杆菌的16S rRNA都能扩增出特异性片段,而对大肠杆菌、多杀性巴氏杆菌、沙门菌、鸭源金黄色葡萄球菌的基因组不能扩增出特异性片段,DNA最小检测量为0.392 fg/μL,是常规PCR的1 000倍.该巢式PCR方法具有快速、敏感、特异、通用的优点,可用于鸭疫里默氏杆菌感染的检测、分子流行病学调查和分离菌株的快速鉴定.     

鹅细小病毒和番鸭细小病毒双重PCR检测方法的建立

根据GenBank上登录的鹅细小病毒(GPV)和番鸭细小病毒(MDPV)基因序列,分别设计合成针对GPV非结构蛋白(NS)和MDPV NS2-VP1基因片段的2对引物GPV U/L和MDPV U/L,将GPV和MDPV提取核酸混合后作为模板,优化PCR反应条件,建立了能同时检测这2种病毒的双重PCR。特异性试验结果显示,引物GPV U/L仅特异性扩增出GPV-GZ1和GPV-GZ2株730bp核酸片段,引物MDPVU/L仅特异性扩增出MDPV的624bp核酸片段,双重PCR扩增出长度分别为730bp和624bp的2条特异性片段,而扩增鸭瘟病毒(DPV)和鹅副黏病毒(GPMV)的核酸扩增结果均为阴性。敏感性试验结果显示,双重PCR能同时检测到14.4pg的GPV核酸和28.8pg的MDPV核酸。结果表明,建立的双重PCR可用于GPV和MDPV的鉴别诊断和联合检测。     

山羊草属杀配子染色体2C特异SCAR标记的建立

用40条10碱基随机引物,对普通小麦“中国春”、“中国春”-杀配子染色体2C二体附加系、柱穗山羊草进行RAPD分析,筛选到1个杀配子染色体2C特异引物OPF03。从“中国春”-杀配子染色体2C二体附加系中克隆了该DNA片段。测序结果表明,该片段长1 496 bp,与大麦1个cDNA的同源性为92%。根据OPF03₁₄₉₆的序列设计了1对SCAR引物2C-F₅₈₆、2C-R₅₈₆,对普通小麦“中国春”、“中国春”-杀配子染色体2C二体附加系、柱穗山羊草、二倍体长穗偃麦草、“中国春”-长穗偃麦草7E二体附加系等材料进行了SCAR分析,在“中国春”-杀配子染色体2C二体附加系、柱穗山羊草中扩增出了586 bp的片段,而在普通小麦“中国春”、二倍体长穗偃麦草、“中国春”-长穗偃麦草7E二体附加系中没有该产物,初步证明此标记可以用于杀配子染色体2C的检测。进一步用该对SCAR引物对“中国春”-杀配子染色体2C二体附加系与“中国春”-长穗偃麦草7E二体附加系的杂种F₁代、F₂代进行了分析,结果在全部F₁代以及部分F₂代材料扩增出了目的片段,进一步证明了此SCAR标记可以用来检测小麦背景下的杀配子染色体2C,为小麦背景中杀配子染色体2C的快速跟踪检测提供了新途径。     

应用PCR快速诊断番鸭细小病毒病和小鹅瘟

根据GenBank中已发表的番鸭细小病毒(MDPV)和鹅细小病毒(GPV)全序列,分别设计并合成特异性引物MDPVF/R和GPVF/R,对细小病毒属成员GPV、MDPV、犬细小病毒(CPV)及鸭常见病毒病病原如鸭瘟病毒(DPV)、鸭病毒性肝炎病毒(DHV)、鸭呼肠病毒(DRV)、流感病毒(AIV)的核酸进行PCR扩增.结果表明,引物特异性良好,引物MDPVF/R只能特异性扩增出MDPV的714 bp基因片段,引物GPVF/R只能特异性扩增出GPV的570 bp基因片段;敏感性试验结果表明,MDPV DNA最低检出量为17.5 pg,GPV DNA最低检出量为13.7 pg.该方法的建立对这两种疾病的鉴别诊断具有重要意义.     

兔巴氏杆菌和波氏杆菌多重PCR检测方法的建立

参考GenBank中兔巴氏杆菌16SrRNA和波氏杆菌的fim2的基因序列,应用Premier 5.0软件在二者高度保守区设计了2对引物,建立了适合巴氏杆菌和波氏杆菌快速检测的多重PCR检测方法。以该方法对巴氏杆菌和波氏杆菌参考菌株进行PCR扩增,分别能从各自的基因组中扩增出与试验设计相符的644bp和425bp的特异性DNA片段。将扩增所得的DNA片段进行克隆测序,测序结果表明分别为巴氏杆菌16SrRNA和波氏杆菌fim2基因序列。该方法对波氏杆菌的检测下限为4×102 CFU,对巴氏杆菌的检测下限为6×101 CFU。对兔源性沙门菌、葡萄球菌、大肠杆菌、魏氏梭菌扩增结果为阴性。表明所建立的RT-PCR检测技术具有特异、快速和敏感的特点,可用于鉴别诊断兔巴氏杆菌和波氏杆菌以及2者混合感染。     

近交系小鼠RAPD标记的观察

采用随机扩增多态性DNA技术(RAPD),分析BALB/c、C57BL/6、DBA/2、C3H/He等4个近交系小鼠的基因多态性,探讨用RAPD作为遗传标记,对近交系小鼠进行遗传检测。结果表明,4种小鼠表现出了各自不同的多态性RAPD标记,证明RAPD可作为近交系小鼠的分子标记,在DNA水平区别4种近交系小鼠。     

DNA extraction from bovine mummified fetuses and detection of factor XI gene deficiency in the mummies

Genomic DNA extracted from bovine mummified tissue is valuable material for detection of some genes that may contribute to fetal abnormalities. In this study bovine genomic DNA was extracted from the hardened tissue samples of ten bovine mummified fetuses. The amount of genomic DNA extracted from 2 g of the mummified tissues by the phenol/chloroform-ethanol method was low (less than 4 microg/ml) for all samples. The extracted DNA was then amplified by the GenomiPhi DNA amplification system. After amplification, the amount of DNA was increased to more than 100 microg/ml for all samples. This amplification system was shown to be a good tool for amplifying the genomic DNA of the mummified fetuses. The amplified genomic DNA was used for testing the mummies for Factor XI gene deficiency, an autosomal recessive deficiency involved in the early stages of the intrinsic blood coagulation pathway. Exon 12 of the Factor XI gene of the mummies was amplified by PCR. Two of the ten mummified fetuses were heterozygous for the Factor XI gene as indicated by the presence of two amplified DNA fragments of 320 bp and 244 bp. Factor XI deficiency has already been described in Holstein cattle. However, no report is available for bovine fetus. In this study, DNA was extracted and amplified from the bovine mummified fetuses, and the samples were successfully tested for Factor XI gene deficiency in the mummies.     

禽淋巴细胞性白血病的诊断与病毒亚群鉴定

采用病理组织学方法对某商品蛋鸡场送检的发病鸡进行实验室诊断,在肿胀的肝、脾、肾和法氏囊组织切片中观察到成淋巴细胞增生病变。使用禽白血病A、B亚群抗体检测试剂盒对血清样本进行间接ELISA试验,抗体阳性率达到44.4%(12/27)。采集12只病死鸡的肝脏材料提取DNA样本,11份样本中扩增出ALV-A亚群特异性的病原核酸(691bp),检出率达到91.6%(11/12)。将扩增的目的基因克隆与测序,截取gp85基因片段可变区序列与ALV-A、B、C、D和E亚群参考毒株的相应序列进行比较,同源性分别达到89.0-89.6%、67.1-67.7%、69.1-70.1%、69.1-69.5%和70.9-72.0%。结果证实本次疫病是由ALV-A亚群病毒引起的淋巴细胞性白血病。     

TaqMan荧光定量PCR检测猪流行性腹泻病毒方法的建立与初步应用

根据GenBank中公布的猪流行性腹泻病毒Ⅳ基因序列,设计了一对特异性引物和探针,扩增长度为186bp的片段。以克隆Ⅳ基因的质粒作为阳性标准品,建立了一种快速检测猪流行腹泻病毒含量的TaqMan荧光定量PCR方法。该方法在10^9-10^1copies／μL范围内具有良好的线性关系,可检测到初始模板中10copies／μL的质粒DNA,以猪圆环病毒、猪乙脑病毒、猪瘟病毒、猪繁殖与呼吸综合征病毒、猪伪狂犬病毒和猪细小病毒为模板时,均检测不到荧光信号,而重复性实验中其变异系数均小于2％,表明此方法具有很好的特异性和重复性。应用此方法对采集的60份,陆床样品进行检测,其阳性检出率为92％,而用常规RT-PCR方法进行检测,阳性检出率仅为80％。表明荧光定量RT-PCR方法的敏感性明显高于常规PcR检测方法。     

Infrequent detection of papillomaviral DNA within canine cutaneous squamous cell carcinomas, haemangiosarcomas and healthy skin on the ventrum of dogs

Background – Canine squamous cell carcinomas (SCCs) most frequently develop on the ventral abdomen and are thought to be caused by ultraviolet (UV) light. Papillomaviruses (PVs) have been associated with cutaneous SCCs in multiple species, including dogs. Hypothesis – That PVs act as cofactors in canine UV‐induced SCCs. Animals – The study was performed on skin from the ventrum of 60 dogs. These samples included 20 SCCs, 20 haemangiosarcomas and 20 samples of clinically normal skin. Two canine viral plaques were included as positive controls for PV. Methods – PCR was used to amplify PV DNA from all samples. Primers used included two sets of consensus primers and two sets of primers that were designed specifically to amplify PV DNA sequences detected in the viral plaques. Results – The MY09/11 consensus primers amplified PV DNA from both viral plaques. One plaque contained a DNA sequence (CfPV‐JM) that had been previously reported from a dog with multiple cutaneous SCCs. The other plaque contained a previously unreported PV DNA sequence. No PV DNA was amplified by either consensus primer from any of the ventrum skin samples. Primers designed specifically to amplify the CfPV‐JM sequence amplified DNA from one SCC, but no other sample. No PV DNA was amplified using the other specific PCR primer set. Conclusions and clinical importance – These results do not support a significant role for PVs in SCC development from the ventrum of dogs. However, they contribute another PV sequence to the list of PVs that have been associated with viral plaque development in dogs.