应用PCR检测隐孢子虫卵囊的研究

隐孢子虫病是一种重要的人畜共患原虫病。为了在临床样品中更准确、快速地检测隐孢子虫卵囊，从初步纯化的含有不同数量隐孢子虫卵囊的样品中和含有不同数量隐孢子虫卵囊的奶牛粪便中，直接提取DNA或用DNA纯化试剂盒对提取的奶牛粪便中卵囊DNA进行纯化之后用作PCR模板，用1对人工合成寡核苷酸作为PCR引物，扩增片段大小为452bp。优化了Mg^2 浓度、引物浓度和dNTP浓度，并进行了特异性检验。建立的PCR具有隐孢子虫属特异性，不仅扩增出新鲜样品DNA提取物中的目的片段，而且扩增出放置6年之久的DNA提取物中的目的片段。样品经过初步纯化之后，最低检测值100个卵囊／ml；从含有隐孢子虫卵囊的奶牛粪便中提取DNA，尔后经过DNA纯化试剂盒纯化，PCR最低检测值为10^5个卵囊/g粪便。     

套式PCR检测奶牛粪便中隐孢子虫

为了检测样品中的微量隐孢子虫，从含有不同数量隐孢子虫卵囊的奶牛粪便中，直接提取DNA用作初始PCR（Initial-PCR）模板，以稀释的初始PCR的产物为模板进行套式PCR（Nested-PCR），用两对人工合成寡核苷酸分别作为两PCR的引物，扩增大小分别为540pb、258pb的特异片段。PCR产物经电泳鉴定，可从阳性粪便标本DNA抽提物中扩增出目的片段，而阴性对照不能扩增目的片段；初始PCR、套式PCR的敏感小生最低可分别检测到含卵囊100、5个／g粪便。初步应用结果表明某奶牛场的奶牛自然感染率为16.4％。试验表明套式PCR的敏感性比普通PCR约高100倍，能用于奶牛隐孢子虫感染情况的调查。     

不同DNA提取方法对隐孢子虫卵囊PCR检测的影响

为了提高隐孢子虫PCR检测的敏感性和效率,采用10种基因组DNA提取方法,对隐孢子虫卵囊DNA进行提取,对提取的DNA进行nested PCR扩增。经过3次重复试验,结果显示,Chelex 100法、FTA试纸法和Wizard DNAClean-Up System试剂盒法敏感性最高,能够稳定地扩增出1×10^2个卵囊提取的DNA,适合隐孢子虫病分子流行病学调查时大量样品DNA的提取。     

火鸡隐孢子虫18S核糖体DNA部分序列测定与系统发育分析

从长春地区鸭的粪便中分离纯化了火鸡隐孢子虫（Cryptosporidium meleagridis）卵囊，根据隐孢子虫18S rDNA基因序列设计合成引物，用PCR扩增了卵囊基因组DNA大小586bp的片段，PCR产物经电泳鉴定后用试剂盒回收纯化，纯化后PCR产物直接测序，将测得的序列用Dnastar软件分析并与国外已发表的相应序列进行了同源性比较，并绘制了系统发育进化树。结果初步建立了火鸡隐孢子虫的PCR检测方法，序列分析显示长春外国语源火鸡隐孢子虫与国外9株隐孢子虫相应序旬同源性在82.7%-99.8%之间，其中与国外火鸡源火允隐孢子虫相应序列同源性为85.3%；与C.felis同源性最低，与C.muris同源性最高。本研究为火鸡隐孢子虫病诊断及该病分子流行病学研究打下了良好基础。     

奶牛隐孢子虫Nested PCR—RFLP方法的建立及初步应用

为快速检测并准确鉴别奶牛隐孢子虫种,以隐孢子虫18S rRNA基因的特殊区域为基础,设计内、外引物,并根据软件分析确定相应的内切酶EcoT141,采用Nested PCR-RFLP方法进行虫种种型鉴别分析。在Nested PCR两次PCR反应中,以微小隐孢子虫（Cryptos poridium parvum,C．p）和安氏隐孢子虫（Cryptosporidium andersoni,C．an）卵囊提取的DNA为模板,均能扩增出长约800bp和500bp的明亮条带,且特异性强,其他虫种不能扩增出条带,该方法最低可检测到5个卵囊／g粪便;对于由内引物扩增出的500bp的条带,C.an的PCR产物能被内切酶EcoT141酶切,酶切后的片段分别为416bp和92bp,C.p的PCR产物不能被此酶酶切。用所建立的Nested PCR-RFLP法对上海奶牛389头和进口奶牛200头的共计589份粪样进行检测,Nested PCR的结果表明上海奶牛和进口奶牛的隐孢子虫阳性率分别为19．02％和3．5％,RFLP的结果表明上海奶牛感染的主要是Cp和C．an,进口奶牛感染的主要是C．p。研究结果表明,本研究建立的检测奶牛粪便中的隐孢子虫的NestedPCR-RFLP法,可用于奶牛隐孢子虫流行病学调查并有效鉴别奶牛隐孢子虫种。     

猪源隐孢子虫Hsp70基因的测定与种系发育关系分析

从河南两个地区猪的粪便中分离纯化了猪源隐孢子虫卵囊。参考隐孢子虫Hsp70基因属特异性引物,用PCR分别扩增了卵囊基因组DNA大小均为1 948 bp的片段,PCR产物经电泳鉴定后用试剂盒回收纯化,纯化后PCR产物直接测序。将测得的序列和推测出的氨基酸序列分别用ClustalX软件与已报道的相应序列比对,用DNASTAR中的MegAlign分析其同源性,并用PAUP绘制系统发育进化树。序列分析结果显示河南猪源隐孢子虫两个分离株Hsp70 DNA序列的同源性为99.9%,与其他隐孢子虫相应序列同源性介于81.9%~99.8%之间,其中与猪隐孢子虫(Cryptosporidium suis,AF221533)同源性最高分别为99.8%,97.9%;与安氏隐孢子虫(C.andersoni,AY954592)同源性最低。两个分离株推导Hsp70氨基酸序列的同源性为100%,同其他隐孢子虫相关序列的同源性在92.8%~99.8%之间。本研究为隐孢子虫诊断及流行病学研究打下了良好基础。     

用卡片PCR法检测卡耶他环孢子虫

使用FTA卡片法提取卡耶他环孢子虫DNA,利用特异性引物组F1E/R2B、CC719/CRP999进行巢式PCR,得到1条298bp的特异条带。并以柔嫩艾美尔球虫、贝氏隐孢子虫等作为对照,结果显示,除卡耶他环孢子虫外,均无特异性条带。用卡耶他环孢子虫卵囊进行巢式PCR敏感性试验,结果显示敏感度最高达1.0×100个/mL。     

利用套式PCR法检测内蒙古部分地区奶牛隐孢子虫感染情况及其虫种鉴定

为了调查内蒙古部分地区规模化牛场奶牛隐孢子虫的感染情况及其虫种类型,试验在4个牛场采集了295份奶牛的粪样,从粪便样品中直接提取DNA进行套式PCR法检测,之后将其目的片段克隆至p GM-T载体上进行测序和同源性分析以鉴定虫种。结果表明:可通过套式PCR法从阳性粪便的DNA抽提物中扩增出目的条带,大小分别为800 bp和505 bp;对测得的序列和NCBI上已发表的安氏隐孢子虫(C.andersoni)18S rRNA基因序列进行BLAST比对分析,相似度为100%;采集样品的阳性率为14.9%(44/295)。说明套式PCR法可用于检测奶牛粪便样品中的隐孢子虫,且在一定程度上能够很好地反映出奶牛隐孢子虫的感染情况,并能有效鉴别其虫种。     

PCR方法检测奶牛粪便中鼠隐孢子虫

从含有鼠隐孢子虫卵囊的奶牛粪便中,直接提取 Ｄ Ｎ Ａ 用作 Ｐ Ｃ Ｒ 模板,用 １ 对人工合成的寡核苷酸作为 Ｐ Ｃ Ｒ 引物,扩增大小为 ５４０ ｂｐ 的特异片段。 Ｐ Ｃ Ｒ 产物经电泳鉴定,表明可从含隐孢子卵囊的奶牛粪便标本 Ｄ Ｎ Ａ 抽提物中扩增出目的片段,而其他几种寄生虫及阴性对照均不能扩增出特异片段。本方法的敏感性最低可检测到含卵囊 ４００ 个／ｍ Ｌ 的样本,具有敏感性高、特异性强的特点。     

河北省奶牛场犊牛安氏隐孢子虫的分离鉴定

本研究从河北省奶牛场有腹泻症状2月龄左右的犊牛粪便中分离卵囊,进行病原分离与虫株鉴定。采集腹泻犊牛的新鲜粪便24份,采用饱和蔗糖溶液漂浮法和抗酸染色法检测隐孢子虫卵囊,观察卵囊形态、大小。提取卵囊基因组DNA,进行18S rRNA基因PCR扩增及琼脂糖凝胶电泳检测。对扩增片段进行序列测定及分析,进一步确定分离虫株隐孢子虫的种类/基因型,根据18S rRNA基因核苷酸序列构建系统发育进化树,确定虫株亲缘关系。结果显示,5份样品检出隐孢子虫卵囊,感染率为20.83%。形态学观察卵囊呈长圆形或椭圆形,大小为(5.0～8.2)μm×(4.2～6.3)μm,平均大小为6.6μm×5.3μm,卵囊指数为1.24,鉴定分离虫株为安氏隐孢子虫。PCR扩增出预期大小为1 188 bp的特异性片段,序列分析和同源性分析结果表明,分离株与安氏隐孢子虫AB089285.2株、AB513856.1株、AY954885.1株的同源性为98.7%～98.8%,进一步表明分离的隐孢子虫虫株为安氏隐孢子虫。在种系进化关系上,分离株与安氏隐孢子虫AB513856.1株亲缘关系最近。本研究为揭示河北省奶牛隐孢子虫病的流行特征,实施有效防制措施提供了科学依据。