鸡传染性支气管炎病毒HN株5a5b及N基因的遗传变异分析

从河南省某鸡场中疑似鸡传染性支气管炎(IB)的雏鸡病料中分离到1株鸡传染性支气管炎病毒(IBV)，暂命名为HN，鉴定为IBV。从接种HN毒株的鸡胚尿囊液中提取单股RNA后应用反转录-聚合酶链反应(RT—PCR)技术扩增得到包含IBV HN株5a、5b蛋白及N蛋白基因的约1600bp片段；将克隆测序的5a、5b及N基因分别与GenBank中11株国内外参考毒株相应基因进行序列比较与遗传变异分析，发现IBV HN株变异独特，明显不同于国内外参考毒株。     

鸡传染性支气管炎病毒SC株N基因序列测定与同源性分析

从我国四川省一疑似鸡传染性支气管炎(Avianinfectious bronchitisvirus,IB)的雏鸡病料中成功分离到一株鸡传染性支气管炎病毒(Infectious Bronchitis Virus,IBV),命名为SC。病毒经鸡胚传代、血凝试验监测和负染电镜检查证实为IBV。自接毒鸡胚尿囊液中提取RNA后应用反转录-聚合酶链反应(RT-PCR)扩增得到了IBVSC株mRNA6 cDNA(编码N蛋白)。应用DNAstar5．06,Clustal1．8分析软件将克隆测序的N蛋白基因与Genbank中11株国内外参考毒株进行序列比较分析和同源性分析,发现IBV SC株变异独特,明显不同于国内外参考毒株。     

中国2005年～2006年鸡传染性支气管炎病毒地方分离株核蛋白基因的遗传变异分析

本研究应用RT—PCR方法扩增到我国2005年-2006年8个省市12株IBV病毒核蛋白基因,并将其进行了克隆、序列测定及分析。以疫苗株H120作为参考毒株,对12株IBV分离株核蛋白基因序列进行分析。结果发现我国分离株的N基因及其局部功能区序列存在广泛的氨基酸替代现象。同时还发现毒株CK／CH／LSD／05I与疫苗株H120同源性最高（93.4％）。与GenBank中的11个IBV参考毒株核蛋白基因序列进行比较和分析,发现本研究分离的大部分毒株（9株）分布于第1群中,可见我国主要的IBV分离株在N基因进化关系上形成了自己独立的进化群。通过与S1基因系统发育进化树比较发现,毒株CK／CH／LSD／05I存在基因重组现象。以上结果表明我国2005年-2006年IBV毒株存在基因突变和基因重组现象。     

传染性支气管炎病毒分离株的生物学特性鉴定及其遗传变异分析

通过鸡胚矮小试验、鸡胚气管环组织培养试验、干扰新城疫病毒复制试验和动物回归试验,将2006-2007年在江苏省分离的7株鸡传染性支气管炎病毒（IBV）鉴定为嗜肾型毒株。采用RT-PCR扩增IBV分离株的S1基因,并进行克隆和序列分析。结果显示7个IBV分离株S1基因的核苷酸同源性为94．6％-99．4％,处于同一个群,分别属于3个亚群。这些毒株与大多数国内近年分离株的同源性较高,而与Massachusetts、T、4／91和793B血清型毒株（包括H120和H52疫苗毒株）的同源性较低。IBV流行毒株和疫苗毒株的差异是造成免疫鸡群发生传染性支气管炎的重要原因。     

鸡传染性支气管炎病毒HH06分离株的鉴定及其S1基因的分子特征

从黑龙江省哈尔滨市某鸡场疑似鸡传染性支气管炎的发病蛋鸡肾组织病料中分离到1株病毒，命名为HH06。该分离毒株经SPF鸡胚传代、血凝试验、负染电镜检查以及动物回归试验，证实为IBV。用RT-PCR扩增得到了HH06株S1基因片段，经测序，并与国内外IBV参考毒株的相应基因进行序列比较分析。结果表明，HH06株S1基因由1620个核苷酸组成，推导的多肽由540个氨基酸残基组成，推导的氨基酸裂解位点序列为5个连续碱性氨基酸HRRRR。HH06株S1基因序列与除LX4外的其他参考株相应基因的核苷酸及氨基酸序列同源性均较低，亲缘关系均较远。初步证实HH06株为不同于IBV疫苗株的一个新毒株。     

2006-2008年山东鸡传染性支气管炎病毒分离株S1与N基因的分子特征

为了调查2006-2008年山东省鸡传染性支气管炎的分子流行病学特征,应用RT-PCR方法分别扩增了14株传染性支气管炎病毒地方毒株S1基因和N基因,并进行了基因克隆与测序工作.对此14株病毒的S1基因序列利用限制性内切酶HaeⅢ进行了限制性片段长度多态性(RFLP)分析,结果显示可以将IBV毒株分为3种不同的基因型.其中11个毒株与LX4毒株有相同的RFLP分型,2株病毒属于Mass基因型,1个毒株有特异的RFLP分型.并将这些分离毒株与11个参考毒株分别进行了基因与氨基酸系统进化树关系分析.S1基因分析结果显示将这些毒株分成3个基因型,与RFLP分析的分型结果一致.11株病毒同属于LX4类型的毒株,分离毒株核苷酸序列相互之间有95.4%～99.7%的同源性.基因Ⅱ型与疫苗株H120和M41的同源性很高.属于基因Ⅲ型的1个毒株形成了独特的基因型.N基因分析结果表明:12株病毒与LX4属于同一基因型,有着较高的同源性.另2株病毒与疫苗株H120同源性很高.以上分析结果表明:山东省IBV分离株存在较为广泛的基因突变、插入和缺失,同时,IBV毒株间的基因重组也可能是山东省IBV变异株产生的另一主要原因.     

鸡传染性支气管炎病毒沈阳分离株组织嗜性的研究

鸡传染性支气管炎病毒(IBV)不同毒株对两个主要的靶器官气管和肾脏的侵嗜倾向和损伤程度有很大差异,这种差异是决定病毒致病性的原因之一.目前,由于国内分离的IBV主要是以致病性、临床症状和病理变化作为IBV病型和鉴定指标,其准确性与可靠性存在很大的差异.因此,在实验室条件下将病毒分离株回归动物试验,通过不同的试验方法进行鉴定是非常必要的.本试验为探讨IBV SY分离株的组织嗜性,应用H.E.染色法和IFA技术对IBV感染后的SPF鸡不同脏器和病理变化及抗原定位进行了研究.     

一株重组鸡传染性支气管炎病毒的分离及结构蛋白基因变异和血清型分析

为进一步了解鸡传染性支气管炎病毒(IBV)流行株的遗传变异情况,对2013年从免疫失败的广西某鸡场中分离到的一株IBV(GX-NN130048)进行S1、E、M和N基因的扩增、测序、相似性比较、系统进化树绘制和重组分析以及血清型鉴定。基因序列分析结果表明,分离株GX-NN130048的S蛋白裂解位点序列为RRSRR,S1、E、M和N基因与参考株核苷酸相似性分别在60.8%~90.1%、81.0%~94.2%、86.1%~93.8%和86.0%~93.3%;进化树分析显示,分离株GX-NN130048的S1基因与疫苗毒株4/91同属一群,而E、M和N基因则与毒株LX4属于同一群;重组分析显示,分离株GX-NN130048的S1基因来源于疫苗毒株4/91和GX-HC1006野毒株(LX4型)的重组;血清型分析表明,该分离株的血清型不同于疫苗株H120和4/91。研究表明分离株GX-NN130048是一株重组毒株,其结构基因和血清型均发生变异。本研究再次提供证据说明,疫苗株4/91越来越多参与到IBV流行株通过基因重组导致的遗传变异事件当中,并可能由此导致新血清型的出现。这可能是现场免疫失败的一个主要原因。有必要继续加强对IBV的监测和新疫苗的研发。     

鸡传染性支气管炎病毒TJ9602、HN9604、BJ9601分离株特性的研究

从天津、河南、北京的鸡场分别分离到TJ9602、HN9604、BJ9601鸡传染性支气管炎病毒毒株,对其进行了动物回归、生物学特性、理化特性、血清学试验、抗原定位,对分离株的S1基因进行了RT-PCR扩增、核酸序列分析等研究.确定3株分离毒株为致肾病变的IBV,亲嗜器官为肾脏.HN9604和BJ9601与M41和H120均有较强的中和抗原交叉反应性,S1基因同源性分析,HN9604和BJ9601 S1基因与H120毒株的同源性最高,与H120毒株同属于A分支,均属于Ⅰ群.U9602与H120、M41等参考毒株的中和抗原交叉反应均较低,S1基因同源性分析,属于Ⅱ群.     

传染性支气管炎病毒的分离及其S1基因高变区Ⅰ的遗传变异性分析

应用鸡胚尿囊腔接种的方法,从广西某一鸡场两群分别为48日龄和7日龄疑患传染性支气管炎的鸡中分离到两株传染性支气管炎病毒(IBV)(分别命名为GX-NN1和GX-NN2);利用反转录-聚合酶链式反应技术对分离株S1基因高变区Ⅰ(HVRⅠ)进行扩增并测定其核苷酸序列,以分析分离株遗传变异的情况。结果表明,两个分离毒株HVRⅠ核苷酸之间的同源性仅为76.3%,分离毒株与参考毒株的同源性在69.3%～99.1%之间;其中分离株GX-NN2与疫苗株H120、H52、Ma5、D41和标准株M41、Beaudette的同源性比较高(95.6%～99.1%),同属一个分支;而分离株GX-NN1则与这些参考毒株的同源性比较低(74.6%～75.4%),独自成为另一个分支。本研究的结果提示,广西养鸡业现场流行的IBV毒株已经发生了变异。     

Cloning and Sequence Analysis of M Gene of Avian Infectious Bronchitis Virus Guangxi Strain

According to the M gene nucleotide sequence of avian infectious bronchitis virus (IBV) published in GenBank,one pair of primers were designed,the M gene fragments of IBV isolated from Guangxi province were amplified by PCR.Then the amplified fragments were cloned into pMD18-T vector and the positive recombinant plasmids were sequenced.The results showed that M gene from all of the IBV isolates consisted of 678 bp,coding for 225 amino acids.Two glycosylated sites were located nearby the N-terminal,three transmembrane domains were located in the 23 to 98 peptide region.Variations within the hydrophilicity region were easier than that in the hydrophobicity region.Compared with that of other published IBV strains,the homologies of nucleotide and amino acid sequences of the isolates were 83.6% to 92.5% and 82.7% to 95.1%,respectively.The phylogenetic tree analysis showed that it was closely related to SAIB20 and LX4,and clustered into one group;But it belonged to different branches with other reference strains,and had a distant relationship.These results suggested that the isolate was a new variant of IBV.     

鸡传染性支气管炎病毒广西株M基因的克隆与序列分析

参照GenBank中鸡传染性支气管炎病毒(IBV)的核苷酸序列设计1对引物,利用 PCR 扩增IBV广西株的M基因片段,将其克隆到pMD18-T载体中.序列分析结果表明,M基因全长为678 bp,编码225个氨基酸,近N端含有2个潜在的N-糖基化位点,3个跨膜区位于23—98肽段区,亲水区较疏水区更易变异.IBV广西株与国内外IBV参考毒株相比,核苷酸序列同源性为83.6%~92.5%,氨基酸序列同源性为82.7%~95.1%.系统进化分析结果显示IBV广西株与SAIB20和LX4两参考株位于同一个分支上,它们的亲缘关系较近,而与其他参考株属于不同的分支,亲缘关系较远.结果表明IBV广西株是1株新的IBV变异株.     

鸡传染性支气管炎病毒沈阳分离株生物学特性及其免疫原S1基因的克隆与序列分析

本研究对分离自沈阳地区的一株传染性支气管炎病毒（ＳＹ毒株）进行了生物学特性的研究,同时成功地对其免疫原Ｓ１基因进行了ＲＴ－ＰＣＲ扩增、克隆与序列分析。 通过电镜观察、动物回归试验、血凝特性研究等试验验证分离自沈阳地区的ＳＹ毒株确实为一株传染性支气管炎病毒。气管环组织培养交叉中和试验结果表明,分离株ＳＹ株不同于参考毒株澳大利亚Ｔ、Ｈ５２、Ｍ４１,且不同于国内其它流行株ＨＤ、ＨＢ、ＸＢ、ＤＢ等,是一个新的变异株。 利用ＩＢＶ Ｓ１基因特异性寡聚核苷酸引物,经ＲＴ－ＰＣＲ扩增ＳＹ毒株的Ｓ１基因,得到预期的约１．７Ｋｂ片段;并将扩增所得ｃＤＮＡ插入克隆质粒ｐＵＣ１９的ＥｃｏＲⅠ／ＢａｍＨⅠ位点,在大肠杆菌ＤＨ５ａ中实现目的基因的克隆。经限制性核酸内切酶分析及ＰＣＲ鉴定,证实为阳性重组质粒,利用末端双脱氧链终止法对其测序,得到Ｓ１基因全长１６４０ｂｐ,包括整个开放阅读框。通过序列分析软件ＤＮＡＳＩＳ、ＰＲＯＳＩＳ、ＭＥＧＡ等软件对Ｓ１基因核苷酸序列及推导的氨基酸序列进行分析,结果表明：分离株ＳＹ与７株参考株和国内流行株ＨＤ株相比,无论是核苷酸序列同源百分率还是氨基酸序列同源百分离都较低,均未达到８０％,这就提示我们ＳＹ毒     

RT-PCR检测禽传染性支气管炎病毒

用２对已发表的引物和１对自行设计的引物对同一禽传染性支气管炎病毒（ＩＢＶ）Ｈ１２０株进行ＲＴ－ＰＣＲ,分别获得了Ｓ１基因上与引物设计相一致的１７２０、２２８、６０２ｂｐ的扩增片段。用自行设计的引物对７个毒株（Ｈ１２０、Ｈ５２、Ｍ４１、Ｃｏｎｎ、Ｇｒａｙ、Ｔ、Ｈｏｌｔｅ）和５个分离株（宜毒、上毒、云毒、ＨＫ、１１８）的含毒尿囊液或纯化病毒进行ＲＴ－ＰＣＲ,结果除Ｈｏｌｔｅ株和２个分离株（宜毒、云毒）外,其余均成功地扩增出６００ｂｐ的片段。用１．７、０．２、０．６ｋｂ３对引物对６个ＩＢＶ毒株和６个分离株的含毒尿囊液在相同和不同条件下进行ＲＴ－ＰＣＲ,结果３对引物分别扩增出３、５、９株ＩＢＶ,同时可将不同血清型的１２个ＩＢＶ株分成６种基因型。将ＩＢＶ分离株ＨＫ与标准株Ｍ４１经ＰＣＲ扩增、ＨａｅⅢ和Ｈｉｎｄ酶切、ＲＦＬＰ分析,表明属同一马萨诸塞血清型。３株ＩＢＶ（Ｈ１２０,ＨＫ,Ｍ４１）在鸡胚中繁殖,ＰＣＲ最早检出的时间为２０～２４ｈ。ＲＴ－ＰＣＲ提供了直接从尿囊液和感染鸡组织中快速检测病毒的新方法。     

Identification of recent infectious bronchitis virus isolates that are serologically different from current vaccine strains

Three 1986 infectious bronchitis virus (IBV) isolates were serotyped by a hemagglutination-inhibition method and were found to be serologically different from the seven strains currently used in regular and specially licensed vaccines in the United States (Mass 41, H52, H120, Conn 46, Fla 18288, JMK, and Ark 99) and from 13 other reference IBV strains. The recent isolates were from layer flocks that had histories of egg-production declines and shell-quality problems. Two of the isolates, one each from Maine and Ohio, were serologically related to a 1983 IBV isolate from layer replacements in Pennsylvania. The third isolate, from Korea, was serologically different from any of the reference strains and the other new isolates.     

Genetic diversity of avian infectious bronchitis coronavirus in recent years in China

Fifty-six isolates of avian infectious bronchitis virus (IBV) were obtained from different field outbreaks in China in 2010, and they were genotyped by comparison with 19 reference strains in the present study. The results showed that LX4-type isolates are still the predominant IBVs circulating in chicken flocks in China, and these isolates could be grouped further into two clusters. Viruses in each cluster had favored amino acid residues at different positions in the S1 subunit of the spike protein. In addition, a recombination event was observed to have occurred between LX4- and tl/CH/LDT3/03I-type strains, which contributed to the emergence of a new strain. The most important finding of the study is the isolation and identification of Taiwan II-type (TW II-type) strains of IBV in mainland China in recent years. The genome of TW II-type IBV strains isolated in mainland China has experienced mutations and deletions, as demonstrated by comparison of the entire genome sequence with those of IBV strains isolated in Taiwan. Pathogenicity testing and sequence analysis of the 3' terminal untranslated region revealed that TW II-type IBV strains isolated in mainland China have a close relationship with the embryo-passaged, attenuated TW2296/95.     

Phylogenetic analysis of S1 gene of infectious bronchitis virus isolates from China

Between 2006 and 2009, seven strains of infectious bronchitis (IB) virus (IBV) were isolated from vaccinated chicken flocks on different chicken farms in China. The pathogenic characters of seven IBV strains were assessed. Each of the seven strains was infective to the test chickens and could induce an immune response. The results from chicken embryo cross-neutralization assays showed that these strains were antigenically distinct from classic IBV strains of H120, M41, Conn, and Gray. Compared to H120 vaccine strain, point mutation, short insertion, and deletion occurred at many positions in the S1 protein of the seven strains. Five of the seven strains had the motif (HRRRR), which was identical to that of the epidemic IBV strains in China. Two new motifs (HRLRR and RRIRR) emerged in the isolated strains. The homology of the nucleotide and amino acid sequences of the S1 gene among the seven isolates was 81.7%-99.7% and 79.0%-99.4%, respectively. These seven strains were also genetically different from the vaccine strains and non-China IBV strains but closely related to large numbers of Chinese strains. The seven isolates and 36 reference IBV strains were clustered into six distinct groups (I-VI). The seven strains were categorized into groups I, II, and III, forming a big phylogenetic branch, which is closely related to Chinese IBVs, whereas the vaccine strains belonging to group VI are genetically distant from groups I, II, and III. The results from this study indicate that different IBV strains cocirculate in the chicken population in China.     

IBV安徽分离株膜蛋白基因的克隆及序列分析

利用设计的1对特异性引物,通过RT-PCR方法扩增出4株鸡传染性支气管炎病毒(IBV)安徽地方分离株膜蛋白M基因全长片段并进行了克隆测序。将各IBV安徽地方分离株与GenBank中注册的一些毒株M基因核苷酸序列及推导的氨基酸序列进行比较和系统进化关系分析,发现毒株间核苷酸序列同源性为88.5%~100%,其相应的氨基酸序列同源性为90.3%~100%;不同毒株间存着重组、缺失、插入及点突变等变异,从ATG至第140 bp区段的核苷酸序列变异频率最高;4株分离毒株属于同一个进化群的2个不同进化亚群,与我国常用疫苗毒株H120、M41和W 93不属同一个进化亚群。