2008-2010年中国华东地区PRRSV ORF5基因遗传变异分析(英文)

[目的]对来自2008～2010年中国华东地区7个不同省市的疑似猪繁殖与呼吸综合征(PRRS)发病猪场送检的病料进行PRRSV检测,并对其ORF5基因进行测序,确定当前PRRSV在中国华东地区的分子流行病学特征,并分析PRRSV在中国的遗传演化规律。[方法]利用RT-PCR方法对采集的样品进行PRRSV检测,并对PRRSV检测呈阳性的36份病料进行ORF5基因的序列测定和分析。[结果]260份病料中共检测到118份PRRSV阳性样品,阳性率为45.4%。ORF5序列分析和系统进化树分析结果表明,本试验所获得的36株PRRSV毒株序列均属于北美型,与GenBank中高致病性PRRSV(HP-PRRSV)参考毒株的氨基酸同源性为94.6%～100%,并可分为5个亚群,亚群III与HP-PRRSV同源性最高,几乎所有的亚群中和表位(primaryn eutralizing epitope,PNE)都存在变异,亚群III和IV相对于其它亚群具有更多的糖基化位点。由于36个毒株是于2008～2010年间采集自安徽、江苏、上海等7省,进化树分析结果表明,病毒的分型并没有呈现明显的地域性。[结论]2008-2010年间中国华东地区普遍存在PRRSV感染,PRRSV流行株为HP-PRRSV,其遗传演化相对稳定,但也具有不同的遗传特征。来源于不同省市的PRRSV毒株的遗传关系存在交叉,虽然亚群IV和V只出现在部分省市,但PRRSV的分布没有呈现明显的地域特征。     

我国华东某省HP-PRRSV的分离鉴定及全基因组序列分析

【目的】从我国华东地区某省3个不同市县的疑似猪繁殖与呼吸综合征(PRRS)发病猪场送检的病料中分离PRRSV毒株,并对其全基因组进行测序,进而对当前PRRSV流行毒株的分子特征和近几年我国PRRSV毒株的演化特点进行分析。【方法】采集养殖场病死猪的淋巴结和肺脏病料,处理后进行PRRSV的RT-PCR检测。对PRRSV检测呈阳性的病料进行病原分离和免疫荧光试验(IFA)鉴定,测定IFA鉴定呈阳性的PRRSV分离株的TCID50。参照NCBI基因数据库已提交的PRRSVVR-2332、CH-1a、HB-2及JXA1等毒株序列设计6对引物,对所得分离毒株分别进行全基因组序列扩增、测序,并将测序结果与LV、VR-2332、JXA1等国内外16个PRRSV毒株进行序列同源性和进化分析。【结果】试验共分离鉴定获得3株PRRSV毒株,分别命名为SDCXA/2008、SDWF、SDLY。全基因组Blast比对结果表明,这3个分离株均为北美洲型毒株。序列分析发现,3个分离株的全基因组序列与欧洲株的同源性极低(61.6%～61.8%),与2006年前分离的美洲型毒株的同源性较低(86.6%～97.1%),与2006后分离的美洲型毒株同源性较高(98.3%～99.7%)。Nsp2基因在3个易变区中变异最大,ORF5次之,ORF3相对最小;推导氨基酸序列中变异最大的亦为Nsp2。3株PRRSV毒株Nsp2基因推导氨基酸的第481和532～560位处共存在30个氨基酸缺失,与以HUN4、JXA1等为代表的国内高致病性分离株序列的同源性较高,结合进化分析将其均划为与JXA1类似的高致病性猪蓝耳病毒株(HP-PRRSV)。【结论】分离到3株HP-PRRSV毒株,其遗传特征相对稳定,但同时也发生了一定的变异,说明PRRSV还在不断地变异和演化。PRRSV的分布无明显地域性。     

中国部分地区2005－2007年猪繁殖与呼吸综合征病毒分离株ORF5基因和Nsp2基因遗传变异分析

 【目的】为分析2005－2007年间中国部分省区猪繁殖与呼吸综合征病毒（PRRSV）流行毒株的分子生物学特征,了解其遗传演化规律,查明中国目前PRRSV流行毒株现状。【方法】应用病毒分离方法从中国4个省份在2005－2007年间采集的81份疑似蓝耳病病料中分离到36株猪繁殖与呼吸综合征病毒,应用RT-PCR方法对36株PRRSV现地分离株的ORF5基因和Nsp2基因进行扩增和序列分析。【结果】36株现地分离株均属于美洲型 PRRSV,ORF5基因全长均为603 bp,未发现有基因缺失或插入,编码约200个氨基酸,分离株推导氨基酸序列变异主要发生在9～39位;36个分离株中有15株PRRSV Nsp2基因全长为2 940 bp,21株PRRSV Nsp2基因全长为2 850 bp;发生Nsp2缺失的PRRSV在Nsp2基因第481位、532～560位发生了不连续缺失,共缺失30个氨基酸。与GeneBank中收录的14个PRRSV ORF5、Nsp2基因进行核苷酸及氨基酸序列比较和分析,系统进化关系显示,除B02-2005株可能与疫苗株有关外,多数现地分离株与Ch-1a株遗传距离较近,不同年份分离到的毒株与早期PRRSV分离株的同源性逐年降低。【结论】根据氨基酸变异情况对PRRSV现地分离株进行亚群聚类分析,发现36株现地分离株分别归属于以VR-2332为代表的4亚群,以BJ-4为代表的1亚群和以Ch-1a为代表的２亚群。进化关系表明PRRSV ORF5、Nsp2基因及其推导的氨基酸序列均发生了较大变异,不同地区PRRSV分离株的遗传关系存在交叉现象,地域特征不明显。     

广东省猪繁殖与呼吸综合征病毒ORF5 基因遗传变异分析

【目的】监测 2021 年广东地区猪繁殖与呼吸综合征病毒 (Porcine Reproductive and Respiratory Syndrome Virus,PRRSV) 的分子流行动态,为 PRRSV 综合防控措施的制定提供参考。【方法】在广东省内不同 地区 PRRSV 检测为阳性的 37 个规模猪场采集 521 份患病猪组织样本进行 PRRSV 检测。对样本进行 ORF5 基因 测序,采用 DNAStar 分析 ORF5 核苷酸的同源性及其推导氨基酸的同源性,并用 Mega7.0 构建基于 ORF5 基因的 系统遗传进化树。【结果】从 37 个猪场采集的样品 PRRSV 阳性率为 24.4%,猪场阳性率为 45.9%。通过测序分 析获得 17 株来自不同猪场的 PRRSV ORF5 基因序列,遗传进化分析表明所有毒株均属于北美毒株（PRRSV 2）, 其中有 5 株属于 Lineage 8( JXA1-like 和 CH-1a-like）谱系,9 株属于 Lineage 1( NADC30-like 和 NADC34-like）谱系, 3 株属于 Lineage 3（QYYZ-like）谱系,没有监测到 Lineage 5（VR2332-like）谱系的毒株。17 株 PRRSV 毒株的 ORF5 基因之间核苷酸序列同源性为 81.3%~99.5%,推导的氨基酸序列同源性为 80.0%~98.3%。【结论】2021 年 广东省 PRRSV 流行株以 Lineage 1（NADC30-like 和 NADC34-like）和 Lineage 8（JXA1-like 和 CH-1a-like）谱 系为主,占比分别为 52.94% 和 29.41%,Lineage 3（QYYZ-like）谱系降为次要流行株,占比为 17.65%。     

我国猪繁殖与呼吸综合征病毒的分子演化及与疫苗毒株的比较分析

为了解我国大陆地区猪繁殖与呼吸综合征病毒(PRRSV)的分子演化特点,为PRRS防控提供参考,对GenBank中收录的60株PRRSV ORF5基因和NSP2基因进行序列分析.根据ORF5基因和NSP2基因构建的进化树分析表明,我国毒株主要分为4大亚群,其中亚群1为主要分支,以2006年分离的JXA1株为代表的HP-PRRSV毒株,我国HP-PRRSV可能起源于CH1-a和HB-1 (sh)/2002株,其变异是逐渐演变的过程.目前我国流行的毒株中HP-PRRSV占绝对优势,且与高致病性疫苗株(JAX1和HUN4株等)同源性较高.     

野猪源与家猪源PRRSV陕西分离株全基因测序与遗传进化分析

【目的】研究野猪源与家猪源猪繁殖与呼吸综合征病毒(Porcine reproductive and respiratory syn-drome virus,PRRSV)陕西分离株的遗传变异情况及分子生物学特征。【方法】根据VR-2332和HB-1(sh)/2002毒株序列设计引物,对2株PRRSV陕西分离毒株Shaanxi-1(家猪源)、Shaanxi-2(野猪源)全基因分段进行扩增并测序,将测序结果依次拼接得到病毒的全基因,然后进行序列的比对分析。【结果】PRRSV Shaanxi-1、Shaanxi-2毒株高度同源且均属于美洲型毒株,它们与2006年以前分离的毒株相比存在明显差异(与BJ-4株的核苷酸同源性仅为89%),而与高致病性PRRSV(HP-PRRSV)保持较高的同源性(相似率为99%左右)。Shaanxi-1、Shaanxi-2分别呈现不同的变异特点,Shaanxi-1 ORF3、ORF5基因变异较大,ORF6、ORF7较为保守;Shaanxi-2 ORF7基因变异最大,ORF3~ORF6较为保守。分析发现,Shaanxi-1、Shaanxi-2具有HP-PRRSV的分子特征,但部分位点氨基酸的突变明显区别于HP-PRRSV。【结论】不同来源的Shaanxi-1、Shaanxi-2毒株均属于HP-PRRSV演化中的一个分支,但其发生了部分变异,使其具备了新的特点。     

福建NADC30-like PRRSV FJLY01株的全基因组分子特征分析

【目的】了解福建省NADC30-like PRRSV FJLY01株的分子生物学特征和遗传演化规律,为PRRSV的防控提供参考。【方法】对采自福建省规模化猪场的疑似病料进行PRRSV分离鉴定,以NADC30PRRSV毒株基因序列为参考设计并合成9对引物,分别对分离株序列进行分段PCR扩增,经克隆测序后进行序列拼接,采用MEGA 6.0软件进行核苷酸及氨基酸同源性比对,并绘制其与其他35株毒株的系统遗传进化树。【结果】FJLY01株基因组全长为15 016bp(不包含polyA),包含10个开放阅读框,5′-UTR长190bp,3′-UTR长148bp,Nsp2基因缺失393bp。Nsp2蛋白存在类似PRRSV MN184和NADC30株的131个氨基酸的缺失。核苷酸比对结果表明,FJLY01株与VR-2332、MLV RespPRRS/Repro、CH-1a和BJ-4株核苷酸的同源性为85.2%~86.3%,与JXA1、HuN4等HP-PRRSV株核苷酸的同源性为83.7%~84.1%,与MN184A、MN184B株核苷酸的同源性为87.9%~88.2%,与NADC30株核苷酸的同源性最高,为97.1%。系统进化树分析表明,该毒株属于NADC30-like毒株,与JXA1、VR2332和CH-1a的亲缘关系较远。【结论】福建省存在NADC30-like毒株,应该加强PRRSV的监测。     

一株猪繁殖与呼吸综合征病毒的分离及ORF5基因序列与国内外毒株的分析和比较

分析一株猪繁殖与呼吸综合征病毒(porcine reproductive and respiratory syndrome virus,PRRSV) ORF5基因遗传变异情况及与国内外其他毒株比较为指导当地生产提供一定依据,通过常规病毒检测和分离方法,从2008年山东无名高热病猪送检样品肺部组织中检测并分离PRRSV.根据PRRSV美洲经典株VR-2332的ORF5基因设计特异引物,利用RT-PCR和基因克隆ORF5基因,分析其与国内外PRRSV毒株差异.经过细胞病变和间接免疫荧光检测证明所分离到的PRRSV是一山东地方流行毒株,命名为SD-4.通过分析ORF5基因序列及与其它毒株的比较,将北美洲株分为Ⅰ亚群和Ⅱ亚群.SD-4的核苷酸与Ⅰ亚群和Ⅱ亚群及欧洲毒株相比同源性分别为87.4 %～89.9 %,92.7 %～99.2 %和63.7 %～63.8 %.其氨基酸序列的同源性相比分别为85.1 %～91.0 %,90.5 %～99.5 %和56.7 %～57.7 %.进化树分析结果表明SD-4与高致病性毒株JXA1,HUB1,HEB1和SY0608的亲缘关系很近.PRRSV山东分离株SD-4属于美洲经典毒株,可能为高致病性PRRSV毒株.     

安徽省猪流行性腹泻病毒的ORF3基因序列分析

【目的】研究安徽地区猪流行性腹泻病毒(Porcine epidemic diarrhea virus,PEDV)ORF3基因序列特征。【方法】于2012-2013年,从安徽省合肥、肥东、肥西、滁州、亳州、阜阳、马鞍山、蚌埠、宿州、巢湖、六安、淮南、宣城和淮北地区的19个不同猪场采集93份病料,采用RT-PCR方法对PEDV ORF3基因进行扩增,测序后进行序列分析,并与韩国、欧洲及中国其他省份PEDV毒株进行同源性比较,并构建遗传进化树。【结果】在93份病料中,自20份病料中获得的PEDVORF3基因开放阅读框全长为810bp,编码224个氨基酸,较多的基因位点发生了突变,没有缺失和插入。安徽省PEDV毒株之间的同源性为96.7%~100.0%,与欧洲株同源性为94.9%~97.0%,与韩国株同源性分别为96.3%~98.7%,与中国其他省份分离株的同源性为95.9%~100.0%。【结论】安徽地区PEDV ORF3基因与韩国株亲缘关系较近,而与欧洲株亲缘关系较远。     

重庆市及其周边地区猪繁殖与呼吸综合征的流行病学研究

采用RT-PCR方法,对2007年6月至2008年1月采自重庆及其周边7个地区9个猪场的68份疑似高致病性蓝耳病病料进行PRRSV检测。结果表明,6个猪场为HP-PRRSV阳性,3个为HP-PRRSV和经典型PRRSV阳性。HP-PRRSV平均阳性率为42.65%(29/68),3个猪场中经典型PRRSV平均阳性率为54.55%(12/22)。同时,从6个猪场采集血清131头份,HP-PRRSV阳性率为4.58%(6/131),经典PRRSV阳性率为12.21%(16/131)。HP-PRRSV RT-PCR阳性产物经序列测定后,进化树分析表明,BQ2、LK、LC、DA3样品中的HP-PRRSV分为4个支系,与JXA1株同源性为96.2%~98.9%。检测结果表明,在灭活疫苗广泛推广应用后,该病流行虽然得到遏制,但时有发生,流行毒株亦存在较大的变异。     

中国部分地区高致病性猪繁殖与呼吸综合征病毒的分子流行病学研究

 【目的】对来自2006年猪病流行爆发地的组织样品进行多种病毒的检测,确定引起本次流行的致病病原及PRRSV的分子流行病学特征。【方法】利用（RT-）PCR对采集的样品进行PRRSV北美型和欧洲型、猪圆环病毒2型（PCV2）、猪血凝性脑脊髓炎病毒（PHEV）、日本乙型脑炎病毒（JEV）以及瘟病毒的检测,对PRRSV阳性的进行ORF5的序列测定并分析。【结果】检测到16份PRRSV北美型阳性样品,PCV2阳性样品2份,其它病毒均未检到。PRRSV ORF5序列分析表明笔者分离到的PRRSV株可分为2个群。【结论】（1）PRRSV与2006年肆虐中国养猪业的猪病流行有直接关系;（2）2006年PRRSV流行株主要是以JX0612株为代表,但不同遗传特征的PRRSV也在流行。     

PRRSV新疆分离株的ORF5序列分析与同源性比较

采用RT-PCR技术,分别对PRRSV新疆分离株XJ-a,XJ-b,XJ-c的ORF5片段的ORF5基因进行扩增,获得长度为603 bp的特异性目片段.ORF5片段序列分析表明,新疆3个分离株的ORF5基因与欧洲型PRRSV毒株序列核苷酸的同源性为56.1%～56.4%,与标准美洲型PRRSV毒株序列的核苷酸同源性达到86.6%～87.2%,与国内部分省市流行株的同源性在96.0%～99.2%.PRRSV新疆分离株属于北美洲型PRRSV的变异毒株,属同一亚型,毒株间也存在一定的差异,具有高度致病性的生物学特征.     

豫西地区PRRSV新近流行株ORF5基因变异及Nsp2基因特征分析

为研究豫西地区猪繁殖与呼吸综合征病毒(PRRSV)新近流行株ORF5基因的变异情况及Nsp2基因的结构特征,采用RT-PCR方法扩增了26份近期采自豫西地区猪场疑似PRRS猪肺脏样品中的ORF5全序列和Nsp2部分序列,并对其生物信息学和结构进行了分析。结果表明:成功扩增出的21株PRRSV流行株间ORF5全基因同源性为96.6%～100%,氨基酸同源性为97.5%～100%;与参考毒株JXA1、MLV、VR-2332和LV的核苷酸同源性分别为96.6%～98.9%、88.4%～89.2%、88.0%～89.5%和66.8%～67.3%;对阳性病料进行了部分Nsp2基因的扩增,测序结果显示,所有流行株的Nsp 2基因与已报道的美洲株VR-2332相比,不存在核苷酸的插入或突变,但存在2个位点共90个碱基的缺失;遗传衍化分析表明,流行毒株属于美洲型。研究结果揭示了豫西地区新近流行的PRRSV ORF5基因的变异情况及Nsp 2基因的特征,为该地区的PRRS防控工作提供了理论依据。     

猪流行性腹泻病毒RT-PCR鉴别诊断方法的建立

【目的】 利用RT-PCR技术建立一种在临床上便于区分猪流行性腹泻病毒（PEDV）自然感染与疫苗免疫毒株的方法。【方法】根据GenBank公布的PEDV ORF3基因序列,在其存在基因缺失区两端的保守区域设计特异性引物,对近两年采集的仔猪腹泻样品进行检测,分析流行毒株的ORF3基因,选择部分阳性样品利用鉴定引物进行RT-PCR扩增,优化其反应体系、Tm值等条件,进行鉴别诊断方法的特异性、敏感性试验,并对大量临床样品进行检测验证。【结果】从新发仔猪腹泻临床样品中克隆获得了11株PEDV的ORF3基因,序列分析显示新分离的9株ORF3基因不存在缺失,属于自然感染野毒,其与疫苗株的核苷酸同源性为95.8%—97.1%。建立的鉴别诊断方法可以特异性扩增PEDV的ORF3基因,其中获得的PEDV自然感染毒株基因片段大小约300 bp ,而弱毒疫苗株则为250 bp左右;该鉴别诊断方法与其他猪源病毒无交叉扩增,其敏感性可达到100TCID50/0.1mL,对仔猪腹泻临床样品检测结果显示,PEDV自然感染的阳性率为65.4%。【结论】 初步建立了基于PEDV ORF3基因的RT-PCR鉴别诊断方法,该方法可以用于区分自然感染的野毒和弱毒疫苗免疫毒株,为PEDV的疫情诊断和流行病学监测提供了一种特异、快速的检测方法。     

新疆南疆猪繁殖与呼吸综合征病毒ORF5基因克隆与序列分析

[目的]掌握新疆南疆PRRSV流行毒株特点,为新疆南疆PRRS的有效预防和控制提供理论依据.[方法]研究利用克隆和测序获得了8个新疆南疆PRRSV ORF5基因全序列,并进行序列分析.[结果]8个新疆南疆PRRSV ORF5基因长度均为603 bp,它们之间核苷酸同源性为87.4; ～ 100.0;;与欧洲型代表株LV、美洲型代表株ATCC VR-2332、中国代表株CH-1a和中国HP-PRRS代表株JXA1核苷酸同源性分别为60.9;～63.5;、88.4;～ 89.9;、88.9; ～ 94.7;和87.4;～98.7;;与中国猪养殖场常用的几种弱毒疫苗株核苷酸同源性为87.4;～94.7;;与美洲型毒株和欧洲型毒株氨基酸同源性为84.5;～98.0;和50.0;～59.5;.[结论]研究的8株新疆南疆PRRSV株均属于美洲型亚群Ⅱ毒株.利用新疆南疆PRRSV分子流行病学调查结论,可为新疆南疆PRRS防制疫苗的选择等做迸一步的调整或指导奠定基础.     

新疆南疆猪繁殖与呼吸综合征病毒分子流行病学研究

【目的】确定新疆南疆猪养殖场是否存在PRRSV感染,以及感染的PRRSV毒株类型及基因特点,从而针对性的有效防制PRRS。【方法】设计7对引物,对疑似PRRS发病猪场组织样品进行RT-PCR、克隆、测序和序列分析。【结果】47例样品,35例PRRSV阳性,阳性率高达74.47%（35/47）;35株均为美洲型毒株,其中有10株属于高致病性PRRSV,占总检测样品的21.28%（10/47）,占阳性样品的28.57%（10/35）;综合分析本研究采集样品猪养殖场不存在欧洲型毒株。【结论】新疆南疆存在美洲型PRRSV感染,且存在高致病性毒株。     

北疆地区猪繁殖与呼吸综合征病毒ORF7基因克隆与遗传演化分析

【目的】研究2014年新疆地区猪繁殖与呼吸综合征病毒（PRRSV）遗传变异情况,监测PRRSV在新疆流行情况,为新疆的PRRSV血清学检测提供帮助。【方法】采用RT－PCR方法对分离自新疆地区的PRRS疑似病料进行ORF7基因扩增和测序,分析PRRSV ORF7基因变异情况。【结果】检测到18株PRRSV毒株具有ORF7碱基突变,均属北美洲型,与国外的参考毒株和国内的参考毒株有着不同的亲缘关系。其中,XJzx4、XJzx12与国外的参考毒株01NP1.2、PA8、VR－2332、LMY亲缘关系较近。除XJzx1、XJzx14外,其余毒株与内地毒株BJsy06、GD、HB－1 sh2002、HuN、JXA1、LN、NX06、SX2009亲缘关系较近,推断由内地毒株演化而来。【结论】新疆本地流行猪繁殖与呼吸综合征毒株是来自国内外不同地区毒株,ORF7基因在新疆具有不同的遗传变异类型。没有检测到新疆猪繁殖与呼吸综合征病毒ORF7基因有缺失型突变。     

2010年云南PRRSV分离株ORF5基因的遗传变异分析

 为了了解云南猪繁殖与呼吸综合征病毒（PRRSV）流行毒株的遗传变异情况及其与猪繁殖与呼吸综合征的分子流行病学关系,对2010年分离到的10个云南PRRSV流行毒株进行了ORF5基因序列的测定与分析。结果显示云南分离株与中国大陆首次分离株CH1a,北美代表株VR2332和欧洲型代表株LV之间的核苷酸同源性分别为93.2%-94.2%,87.4%-89.6%和62.5%-64.0%;氨基酸同源性为90.0-91.5%,87.1-88.6%和51.7-57.7%。遗传进化分析显示,云南10株分离株属于美洲型,并分为两个基因亚型。与传统毒株相比,云南分离株ORF5基因及其推导的氨基酸的变异主要以点突变为主,但关键氨基酸位点未见明显改变,表明目前云南省所流行的PRRSV仍以经典毒株为主。研究结果为云南猪繁殖与呼吸综合征的控制提供了依据。