奶牛附红细胞体感染PCR诊断方法的建立

为建立特异、敏感、快速的奶牛附红细胞体感染诊断方法，该研究根据本实验室已测得的奶牛附红细胞体16S rRNA基因序列，设计1对种特异性引物，建立了奶牛附红细胞体的PCR诊断方法。特异性试验和敏感性试验结果表明，该诊断方法与猪肺炎支原体、鸡毒支原体、大肠杆菌、肠道沙门氏菌、葡萄球菌、鸡艾美耳球虫、牛双芽巴贝斯虫无交叉反应，能检测的奶牛附红细胞体最低DNA量为0．154fg，同时能检测出在4℃存放长达3个月的血样。通过临床血样检测，证明该方法可用于本病的早期诊断。     

猪附红细胞体PCR检测方法的建立和初步应用

基于猪附红细胞体广东株16S rRNA基因的序列特点，设计合成种特异性引物，建立了猪附红细胞体PCR检测方法。该方法能特异性扩增523bp的猪附红细胞体16SrRNA基因片段，而对猪丹毒杆菌G4T10株、猪链球菌STl71株、多杀性巴氏杆菌E0630株、猪胸膜肺炎放线杆菌、猪肺炎支原体、鸡毒支原体和猫血巴尔通氏体CA株的基因组DNA没有扩增带出现。对猪附红细胞体基因组DNA的最小检测量为160pg。通过对38份临床样品的检测，8份为猪附红细胞体感染阳性，其余为阴性。结果表明，建立的PCR检测方法具有极高的敏感性和特异性，可用于急性猪附红细胞体病和临床健康带菌猪的诊断。     

奶牛附红细胞体16S rRNA基因的克隆、测序及系统发育进化树的建立

为了从分子水平上证实奶牛附红细胞体的存在及研究其分类学地位,利用原核生物16S rRNA基因通用引物对分离纯化的疑似奶牛附红细胞体进行16S rRNA基因的PCR扩增及克隆测序。结果扩增出长约1.5 kb的目的片段,测序结果表明:目的片段长度为1 439 bp,其核苷酸序列与国外已发表的牛温氏附红细胞体(E.wenyoni)的16SrRNA基因片段同源性高达97.1%,暂称为中国广西株(E.wenyoniCGX)。系统发育进化树显示:E.wenyoni和其他血营养菌在系统进化关系上组成了一个大的进化分支,与支原体科、支原体属的病原最接近(75%),而与立克次体科的病原较远(55%)。分析结果支持了Nei mark等和Messick等提出的将这类血营养菌划归支原体科、支原体属的建议。     

羊附红细胞体巢式PCR检测方法的建立及临床应用

根据GenBank上发表的羊附红细胞体16SrRNA基因序列（登录号AF338268）设计2对引物,用巢式PCR方法扩增16SrRNA的部分序列,将目的片段克隆并测序。测序结果与AF338268相似性达99%以上,只有3bp的差异。该方法与猪附红细胞体、羊肺炎支原体、链球菌、葡萄球菌和大肠杆菌均无交叉反应,能检测到的最低DNA量为25fg。用于检测的28份临床样本中,23份为阳性。所建立的巢式PCR检测方法具有较高的敏感性和特异性,可用于羊附红细胞体病急性感染和隐性感染的早期诊断,为该病的临床检测、流行病学调查、进出口检疫和实验室研究提供了新的技术手段。     

温氏附红细胞体部分16S rRNA基因的序列测定和分析

从确诊为附红细胞体感染的黄牛无菌采集血样，抽提附红细胞体基因组DNA，用实验设计的能扩增多种动物血营养菌部分16SrRNA基因的通用引物进行PCR扩增，结果扩增出大小约为370bp的DNA片段。PCR产物序列测定和系统进化分析显示，实验获得的核苷酸序列为温氏附红细胞体的16SrRNA基因，与国外报道的温氏附红细胞体的同源性为97％。反映出不同地理株的温氏附红细胞体存在一定的遗传差异，为牛附红细胞体病的诊断和分子流行病学研究提供科学依据。     

牛附红细胞体病PCR诊断方法的建立

根据已报道的牛附红细胞体16S rRNA的序列设计1对特异性引物,进行PCR.将PCR产物克隆并测序,结果显示所得基因片段为667 bp,与GenBank上Mycoplasma weyonii序列同源性达到98.83%.试验建立的PCR诊断方法特异性强,与健康牛血液、牛无乳链球菌、金黄葡萄球菌、多杀性巴氏杆菌、胸膜肺炎放线杆菌、大肠杆菌的DNA无交叉反应,能检测的牛附红细胞体最低DNA质量浓度是13.6 ng/L.应用该方法对130个奶牛血样进行牛附红细胞体病检测,结果表明总阳性感染率为24.62%.该方法具有快速、准确、敏感等特点,为牛附红细胞体病的诊断及分子流行病学的调查提供新的手段.     

奶牛附红细胞体和伊氏锥虫二重PCR诊断方法的建立

为建立奶牛附红细胞体和伊氏锥虫两种病原诊断方法并探索二者之间在奶牛感染中的关系,本研究针对两病原分别设计两对特异性引物,建立了奶牛附红细胞体和伊氏锥虫感染的二重PCR诊断方法,其扩增片段大小分别为415bp和237bp。敏感性试验和特异性试验表明,附红细胞体和伊氏锥虫的DNA的最低检测量为0.154pg和0.105pg;与猪肺炎支原体、大肠杆菌、葡萄球菌、鸡艾美耳球虫、牛双芽巴贝斯虫无交叉反应。35份临床血样检测结果为:奶牛附红细胞体阳性率22.89%,伊氏锥虫阳性率8.89%,其中共感染率为2.89%。临床试验表明,该方法可用于奶牛附红细胞体和伊氏锥虫的诊断,特别适用于早期诊断。     

犬附红细胞体PCR检测方法的建立

目的 步建立犬附红细胞体PCR检测方法。方法 据已发表的附红细胞体基因序列，设计了一对特异性引物，以犬附红细胞体基因组DNA和附红细胞体可疑病犬样品DNA为模板，聚合酶链式反应（PCR）扩增，扩增产物经克隆测序分析。结果 CR扩增产物大小为541bp，序列分析表明与GenBank数据中发表的序列一致，表明这套引物成功扩增出目的基因序列，但正常犬血样品DNA和弓形虫、伊氏锥虫、吉氏巴贝斯虫、犬细小病毒、犬瘟热的DNA样品都不能扩增出目的基因片段。结论 研究建立的PCR方法可以用于犬附红细胞体的检测，为犬附红细胞体病的诊断及分子流行病学的调查提供了新的手段。     

温氏附红细胞体16S rRNA基因的序列测定和分析

从自然感染附红细胞体的湖北黄牛无菌采集血液,分离附红细胞体并提取病原基因组,用血营养菌的16SrRNA基因的通用引物进行PCR扩增,得到长约1.5kb的扩增片段,将其克隆到pMD18-T载体后进行测序和分析.结果表明该片段全长为1 471 bp（GenBank收录号为AY946266）,同源性分析表明该序列与Neimark公布的温氏附红细胞体（AF016546）的16S rRNA基因序列同源性达到98.7%,证实该病原为温氏附红细胞体,从分子生物学水平证实了温氏附红细胞体在湖北省的存在.将该序列与5种支原体、14种血营养菌及边缘无浆体等的相应序列进行比较,建立系统发育树,结果表明温氏附红细胞体同边缘无浆体的关系较远,而与肺炎支原体组的亲缘关系较近.     

猪附红细胞体50S核糖体基因PCR检测方法的建立及应用

根据GenBank上最新发布的猪附红细胞体基因组序列(NC-015155)设计一对引物,并以吉林省延边地区猪附红细胞体基因组DNA为模板,建立猪附红细胞体50 S核糖体基因PCR诊断方法,通过特异性、敏感性及临床应用试验验证,快速准确的检测出猪附红细胞体.试验结果显示,建立的猪附红细胞体PCR诊断方法扩增片段大小为10...     

牛附红细胞体LAMP检测方法的建立

为建立一种快捷、灵敏的牛附红细胞体检测方法,本研究根据GenBank上发表的16S rRNA基因(登录号:AF016546)序列设计合成2对LAMP特异引物,建立了检测牛附红细胞体环介导等温扩增(LAMP)方法,并优化了LAMP的各反应条件,进行了敏感性和特异性试验。LAMP扩增产物经电泳、显色鉴定。结果显示,LAMP方法扩增牛附红细胞体产物呈特征性梯状条带,显色反应呈现绿色荧光;敏感性检测最低浓度为25.6 fg/μL;特异性试验结果显示,牛附红细胞体检测管显色后呈阳性,而猪附红细胞体、牛新孢子虫、弓形虫及牛瑟氏泰勒虫等对照组均呈阴性,说明本研究建立的LAMP方法具有灵敏、特异、快速等优点,适合于牛附红细胞体的检测。     

利用半套式PCR扩增16S rRNA基因检测牛和猪附红细胞体

根据GenBank收录的猪和牛附红细胞体16SrRNA基因序列设计1对通用引物，在其上游引物内侧叉设计1条分别针对猪和牛附红细胞体的特异性引物。以这4条引物对出现附红细胞体痛典型症状及疑似症状的猪和牛的血样DNA进行半套式-PCR扩增。结果显示，该反应阳性率为58．3％，低于临床解剖和镜检结果。对谈基因的序列测定结果进行分析，表明不同动物附红细胞体的16SrRNA基因同源性在80％以上。从谈基因来看，附红细胞体与立克次氏体没有同源性，而与肺炎支原体和穿透支原体亲垮关系较近。     

猪支原体不同靶基因PCR检测方法的比较

为筛选出检测猪支原体更为特异、敏感的PCR检测方法,本试验分别以16S rRNA、50S rRNA和膜蛋白OxaA为靶基因进行PCR检测,并从其敏感性、特异性和临床样本检出率等方面进行了比较。结果显示,以膜蛋白OxaA和16S rRNA为靶基因的PCR方法敏感性最高,最小检测DNA量为1.86 fg/μL,而以50S rRNA为靶基因的PCR方法最小检测DNA量为18.6 fg/μL;3种靶基因引物均扩增不出大肠杆菌、猪链球菌、猪肺炎支原体、牛附红细胞体等基因片段,具有较好的特异性;通过对临床60份血液样本的检测结果表明,以膜蛋白OxaA基因设计的引物检出率最高,为25%(15/60),明显高于16S rRNA基因的21.6%(13/60)和50S rRNA基因的18.3%(11/60)。本试验为猪支原体病的诊断及流行病学调查提供了更为敏感、特异的检测技术。     

Development and evaluation of a polymerase chain reaction assay using the 16S rRNA gene for detection of Eperythrozoon suis infection.

The 16S ribosomal RNA (rRNA) gene of Eperythrozoon suis was amplified using gene-specific primers developed from GenBank sequence accession U88565. The gene was subsequently cloned and sequenced. Based on these sequence data, 3 sets of E. suis-specific primers were designed. These primers selectively amplified 1394, 690, and 839 base-pair (bp) fragments of the 16S rRNA gene from DNA of E. suis extracted from the blood of an experimentally infected pig during a parasitemic episode. No polymerase chain reaction (PCR) products were amplified from purified DNA of Haemobartonella felis, Mycoplasma genitalium, or Bartonella bacilliformis using 2 of these primer sets. When the primer set amplifying the 690-bp fragment was used, faint bands were observed with H. felis as the target DNA. No PCR products were amplified from DNA that had been extracted from the blood of a noninfected pig or using PCR reagents without target DNA. The detection limits for E. suis by competitive quantitative PCR were estimated to range from 57 and 800 organisms/assay. This is the first report of the utility of PCR-facilitated diagnosis and quantitation of E. suis based on the 16S rRNA gene. The PCR method developed will be useful in monitoring the progression and significance of E. suis in the disease process in the pig.     

Use of a polymerase chain reaction assay to detect infection with Eperythrozoon wenyoni in cattle.

OBJECTIVE: To determine whether a polymerase chain reaction (PCR) assay could be used to detect Eperythrozoon wenyoni in the blood of cattle. DESIGN: Prospective study. ANIMALS: 95 cattle from various herds in Alabama and Georgia and 96 bulls enrolled in Auburn University's Alabama Beef Cattle Improvement Association Bull Test program. PROCEDURE: Blood samples were collected by means of venipuncture of the median caudal vein and submitted for a CBC and PCR assay. Blood smears were made immediately after blood collection and examined by means of light microscopy. RESULTS: Three of 95 cattle from herds in Alabama and Georgia and 5 of 96 bulls enrolled in the Bull Test program had positive PCR assay results. Organisms were seen in blood smears from only 5 of these 8 animals. Organisms were not seen in blood smears from any animals for which results of the PCR assay were negative. CONCLUSIONS AND CLINICAL RELEVANCE: Results suggest that a PCR assay may be an effective method for detecting E wenyoni infection in cattle and that the PCR assay may be a more sensitive test than evaluation of blood smears.     

Differential detection of Bartonella species and strains in cat scratch disease diagnostics by polymerase chain reaction amplification of 16S ribosomal RNA gene.

Cat scratch disease (CSD) has been difficult to diagnose in animals because of the protracted clinical course of infection and the quiescent phases when the microbial culprit lies dormant. The causative agent in CSD appears to be multiple species and strains of Bartonella. Using polymerase chain reaction (PCR) techniques for amplification of highly variable regions of the 16S ribosomal RNA (rRNA) gene sequence, a very sensitive species- and strain-specific assay for CSD-causing Bartonella species was developed. PCR primers were designed to specifically amplify the 16S rRNA gene of Bartonella species but not of other microbial pathogens. This initial PCR was multiplexed with a universal primer set, based on conserved sequence regions in the 16S rRNA gene, that provides a 162-bp fragment in all species tested. Subsequently, 3 distinct nested PCR primer sets enabled the individual amplification and specific detection of Bartonella henselae type 1, B. henselae type II, and B. clarridgeae. Thus, this 2-step PCR procedure enabled the sensitive detection and identification of these species and the B. henselae genotype by exploiting minor sequences differences. Verification of these results were demonstrated with both sequencing and ligase chain reaction techniques. The diagnostic usefulness of this CSD test has been demonstrated by the analysis of specimens from control and infected cats. The diagnosis was confirmed and the specific B. henselae strain was correctly identified in peripheral blood specimens obtained from control and strain-specific CSD-infected cats. Such an accurate and sensitive diagnostic tool for the detection and identification of CSD causative agents should be a useful for the medical, veterinary, and scientific communities.     

温氏支原体感染动物模型的建立

为促进温氏支原体的深入研究,本试验建立了温氏支原体感染动物模型。选择6～8周龄健康雄性昆明种小鼠60只,随机分为A、B、C、D 4组,试验组(A、B、C)分别以不同方式感染温氏支原体,D组为对照组。结果表明,腹腔注射一定剂量高感染强度的牛红细胞悬液,同时注射免疫抑制剂地塞米松组(C组)表现为首现期出现早,且高峰期红细胞感染率高。应用悬滴镜检法和PCR诊断方法对感染小鼠血样进行鉴定,均符合温氏支原体特征。选择对照组小鼠和感染率高、临床症状较为明显的C组小鼠各10只,进行血液生理生化指标测定(RBC、WBC、Hb、TP、G、ALT、AST),结果呈现出与牛感染温氏支原体相同的规律。     

猪附红细胞体16S rRNA基因的序列测定和系统进化分析

从确诊为猪附红细胞体感染的猪场，无菌采集血样，抽提猪附红细胞体基因组DNA，采用真细菌的通用引物进行16S rRNA基因扩增，对扩增产物进行克隆和测序。从3个地理位置不同的猪场均成功地扩增出长度为1469bp的核苷酸序列。系统进化分析表明，3个猪场样品所测序列一致性达99．52％以上，具有相同的基因型，但与国外报道的猪附红细胞体Illinois株同源性为95％，属于同一基因群，但基因型不同；所有种类的附红细胞体和血巴尔通氏体组成同一进化分支，这类血营养菌与支原体科，支原体属的病原最靠近(75％)，而与立克次氏体目的病原较远(70％)。上述研究证实，广东所流行的猪附红细胞体是一种新基因型的猪附红细胞体，建议命名为猪附红细胞体广东株型；为反映进化关系，猪附红细胞体和其它血营养菌应划归于支原体科的支原体属。