温氏附红细胞体16S rRNA基因的序列测定和分析

从自然感染附红细胞体的湖北黄牛无菌采集血液,分离附红细胞体并提取病原基因组,用血营养菌的16SrRNA基因的通用引物进行PCR扩增,得到长约1.5kb的扩增片段,将其克隆到pMD18-T载体后进行测序和分析.结果表明该片段全长为1 471 bp（GenBank收录号为AY946266）,同源性分析表明该序列与Neimark公布的温氏附红细胞体（AF016546）的16S rRNA基因序列同源性达到98.7%,证实该病原为温氏附红细胞体,从分子生物学水平证实了温氏附红细胞体在湖北省的存在.将该序列与5种支原体、14种血营养菌及边缘无浆体等的相应序列进行比较,建立系统发育树,结果表明温氏附红细胞体同边缘无浆体的关系较远,而与肺炎支原体组的亲缘关系较近.     

温氏附红细胞体PCR检测方法的建立

本研究旨在建立1种快速准确检测温氏附红细胞体感染的分子生物学诊断方法。根据温氏附红细胞体的16S rRNA基因参考序列的保守区,利用软件Primer Premier 5.0设计合成了1对特异性引物,对温氏附红细胞体的基因组DNA进行PCR检测。结果表明,扩增出1段985bp的DNA序列,EcoRⅠ酶切鉴定得到2条500bp左右的条带,与预期结果一致,说明该方法扩增出了温氏附红细胞体的特异性条带。通过敏感性、特异性、重复性和临床样品检测试验证明,该方法具有特异、灵敏、快速的优点。结果提示,所建立的方法具有较高的特异性和灵敏性,可用于牛附红细胞体病诊断和流行情况监测。     

猪附红细胞体PCR检测方法的建立和初步应用

基于猪附红细胞体广东株16S rRNA基因的序列特点，设计合成种特异性引物，建立了猪附红细胞体PCR检测方法。该方法能特异性扩增523bp的猪附红细胞体16SrRNA基因片段，而对猪丹毒杆菌G4T10株、猪链球菌STl71株、多杀性巴氏杆菌E0630株、猪胸膜肺炎放线杆菌、猪肺炎支原体、鸡毒支原体和猫血巴尔通氏体CA株的基因组DNA没有扩增带出现。对猪附红细胞体基因组DNA的最小检测量为160pg。通过对38份临床样品的检测，8份为猪附红细胞体感染阳性，其余为阴性。结果表明，建立的PCR检测方法具有极高的敏感性和特异性，可用于急性猪附红细胞体病和临床健康带菌猪的诊断。     

犬附红细胞体PCR检测方法的建立

目的 步建立犬附红细胞体PCR检测方法。方法 据已发表的附红细胞体基因序列，设计了一对特异性引物，以犬附红细胞体基因组DNA和附红细胞体可疑病犬样品DNA为模板，聚合酶链式反应（PCR）扩增，扩增产物经克隆测序分析。结果 CR扩增产物大小为541bp，序列分析表明与GenBank数据中发表的序列一致，表明这套引物成功扩增出目的基因序列，但正常犬血样品DNA和弓形虫、伊氏锥虫、吉氏巴贝斯虫、犬细小病毒、犬瘟热的DNA样品都不能扩增出目的基因片段。结论 研究建立的PCR方法可以用于犬附红细胞体的检测，为犬附红细胞体病的诊断及分子流行病学的调查提供了新的手段。     

奶牛附红细胞体的分类鉴定及诊断方法的建立

为了从分子水平上确定奶牛附红细胞体（E．wenyoni）的分类学地位及建立奶牛附红细胞体感染诊断方法。本研究通过利用原核生物16S rRNA基因通用引物，对分离得到的奶牛附红细胞体（广西株，E．wenyoni-GX）进行16SrRNA基因的克隆及测序。并建立系统发育进化树；同时根据测序结果设计诊断引物，建立奶牛附红细胞体感染的PCR诊断方法。结果扩增出长约1．5kbp的奶牛附红细胞体的16SrRNA基因片段；特异性试验和敏感性试验表明。所建立的PCR方法与常见支原体、细菌及原虫元交叉反应，能检测奶牛附红细胞体最低DNA量为0．145fg。通过试验结果分析，建议将奶牛附红细胞体这类血营养菌划归入支原体科、支原体属；同时，所建立的PCR诊断方法是特异、敏感、快速的，可应用于临床检测。     

重庆地区牛附红细胞体16S rRNA基因部分序列的测定和分析

目的对牛附红细胞体的16SrRNA基因序列进行测定和系统进化分析。方法无菌采取感染附红细胞体的黄牛、奶牛、水牛血液,提取附红细胞体的基因组DNA,根据GenBank公布的奶牛附红细胞体16SrRNA序列设计的特异性引物进行PCR扩增,并对PCR产物进行序列测定和系统进化分析。结果PCR扩增出的DNA片段均为415bp左右。序列测定和系统进化分析显示,三者间的相似度分别为（黄牛：水牛=99．52％;黄牛：奶牛：99．28％;奶牛：水牛=99．76％）。与GenBank上公布的Mycoplasma wenyonii（武汉株）序列比较存在有4个突变位点,相似度均〉98％。结论表明本次在重庆地区从牛体分离的附红细胞体为温氏附红细胞体。     

猪附红细胞体50S核糖体基因PCR检测方法的建立及应用

根据GenBank上最新发布的猪附红细胞体基因组序列(NC-015155)设计一对引物,并以吉林省延边地区猪附红细胞体基因组DNA为模板,建立猪附红细胞体50 S核糖体基因PCR诊断方法,通过特异性、敏感性及临床应用试验验证,快速准确的检测出猪附红细胞体.试验结果显示,建立的猪附红细胞体PCR诊断方法扩增片段大小为10...     

利用半套式PCR扩增16S rRNA基因检测牛和猪附红细胞体

根据GenBank收录的猪和牛附红细胞体16SrRNA基因序列设计1对通用引物，在其上游引物内侧叉设计1条分别针对猪和牛附红细胞体的特异性引物。以这4条引物对出现附红细胞体痛典型症状及疑似症状的猪和牛的血样DNA进行半套式-PCR扩增。结果显示，该反应阳性率为58．3％，低于临床解剖和镜检结果。对谈基因的序列测定结果进行分析，表明不同动物附红细胞体的16SrRNA基因同源性在80％以上。从谈基因来看，附红细胞体与立克次氏体没有同源性，而与肺炎支原体和穿透支原体亲垮关系较近。     

牛附红细胞体16SrRNA基因的克隆测序及分析

无菌采集自然感染附红细胞体的牛血液,提取全血基因组,用血营养菌16S rRNA基因的通用引物进行PCR扩增,得到长约1 500 bp的扩增片段,将其克隆到pMD18-T载体后进行测序和分析.结果,所克隆的牛附红细胞体基因片段大小为1 454 bp,GenBank登录号为FJ375309(丰都株).序列比对结果显示,牛附红细胞体丰都株与武汉株(AY946266)最高,达99.7%,与支原体科代表种同源性为60.7%～76.2%,而与立克次氏体科的立克次氏体和无形体科的无形体同源性仅为51.4%～56.4%,表明牛附红细胞体应归为支原体科,附红细胞体属,而不应属于立克次氏体目,无浆体科.对国内外牛温氏附红细胞体的亲缘关系分析表明,牛温氏附红细胞体无明显的地域性差别趋势.     

猪源附红细胞体rnpB基因的克隆与序列比较

为了解猪源附红细胞体(Mycoplasma spp.)RNA酶P RNA(RNase P RNA,rnpB)基因序列变异状况,将实验室保存的经16S rRNA基因序列分析鉴定的53份猪源附红细胞体阳性DNA样品用于rnpB基因的扩增,扩增产物克隆至pMD18-T载体并进行序列测定。将获得的序列与GenBank登录的猪附红细胞体(Mycoplasma suis)德国分离株rnpB基因序列(登录号:EF523602)进行分析和比对,利用MEGA5.0软件构建系统发育树,并与16S rRNA判定结果进行比较。结果共得到42条猪附红细胞体rnpB基因和11条小附红细胞体(M.parvum)rnpB基因序列。猪附红细胞体上海分离株rnpB基因与GenBank登录的猪附红细胞体德国分离株rnpB基因之间的核苷酸序列相似性为98.1%~100.0%;小附红细胞体上海分离株rnpB基因与猪附红细胞体德国分离株rnpB基因序列的相似性为91.0%,与猪附红细胞体上海分离株rnpB基因序列相似性为90.0%~91.0%。系统进化分析显示猪附红细胞体rnpB基因与小附红细胞体rnpB基因分布在不同聚簇上,与16S rRNA基因序列鉴定结果一致。     

重庆地区牛附红细胞体分子流行病学调查

根据重庆地区不同的地理条件以及不同的养殖模式,采用16S rRNA-PCR检测方法对重庆市进行了牛附红细胞体的分子流行病学调查。结果显示:重庆地区存在牛附红细胞体感染,平均感染率为11%。其中规模化养殖平均感染率(6%)低于散养(16.7%),丘陵地区平均感染率(2%)低于高山地区(25.6%)。     

猪附红细胞体16S rRNA基因的序列测定和系统进化分析

从确诊为猪附红细胞体感染的猪场，无菌采集血样，抽提猪附红细胞体基因组DNA，采用真细菌的通用引物进行16S rRNA基因扩增，对扩增产物进行克隆和测序。从3个地理位置不同的猪场均成功地扩增出长度为1469bp的核苷酸序列。系统进化分析表明，3个猪场样品所测序列一致性达99．52％以上，具有相同的基因型，但与国外报道的猪附红细胞体Illinois株同源性为95％，属于同一基因群，但基因型不同；所有种类的附红细胞体和血巴尔通氏体组成同一进化分支，这类血营养菌与支原体科，支原体属的病原最靠近(75％)，而与立克次氏体目的病原较远(70％)。上述研究证实，广东所流行的猪附红细胞体是一种新基因型的猪附红细胞体，建议命名为猪附红细胞体广东株型；为反映进化关系，猪附红细胞体和其它血营养菌应划归于支原体科的支原体属。     

猪附红细胞体单管巢式PCR诊断方法的建立及应用

根据GenBank上发表的猪附红细胞体16S rRNA基因序列(登录号U88565)设计合成2对引物,建立了猪附红细胞体单管巢式PCR诊断方法,经酶切分析、单管巢式PCR进一步鉴定后进行序列测定,并与血涂片染色镜检、常规PCR进行了比较。结果:扩增的猪附红细胞体基因序列与GenBank中发表的猪附红细胞体基因序列(U88565)同源性为96%;特异性试验表明,设计的引物不能扩增弓形虫、链球菌、大肠杆菌、葡萄球菌及羊附红细胞体等病原体;敏感性试验表明,单管巢式PCR诊断方法最低能够检测出0.116 fg的标准模板DNA。通过对75份血液样本的检测表明,建立的单管巢式PCR方法明显优于血涂片染色镜检法及常规PCR方法,具有较高的敏感性和实用性。本试验建立的单管巢式PCR诊断方法具有特异、敏感、实用等优点,为猪附红细胞体的检测提供了一种新型、可靠的诊断技术。     

羊附红细胞体病PCR检测方法的建立

根据羊附红细胞体的16S rRNA基因参考序列，设计1对特异性引物．建立了检测羊附红细胞体的PCR技术。用本方法从感染血样中特异扩增出1条预期大小为1169bp的片段。该方法灵敏、快速、特异性高．可用于羊附红细胞体病的早期快速诊断和流行病学调查。     

猪支原体不同靶基因PCR检测方法的比较

为筛选出检测猪支原体更为特异、敏感的PCR检测方法,本试验分别以16S rRNA、50S rRNA和膜蛋白OxaA为靶基因进行PCR检测,并从其敏感性、特异性和临床样本检出率等方面进行了比较。结果显示,以膜蛋白OxaA和16S rRNA为靶基因的PCR方法敏感性最高,最小检测DNA量为1.86 fg/μL,而以50S rRNA为靶基因的PCR方法最小检测DNA量为18.6 fg/μL;3种靶基因引物均扩增不出大肠杆菌、猪链球菌、猪肺炎支原体、牛附红细胞体等基因片段,具有较好的特异性;通过对临床60份血液样本的检测结果表明,以膜蛋白OxaA基因设计的引物检出率最高,为25%(15/60),明显高于16S rRNA基因的21.6%(13/60)和50S rRNA基因的18.3%(11/60)。本试验为猪支原体病的诊断及流行病学调查提供了更为敏感、特异的检测技术。     

Development and evaluation of a polymerase chain reaction assay using the 16S rRNA gene for detection of Eperythrozoon suis infection.

The 16S ribosomal RNA (rRNA) gene of Eperythrozoon suis was amplified using gene-specific primers developed from GenBank sequence accession U88565. The gene was subsequently cloned and sequenced. Based on these sequence data, 3 sets of E. suis-specific primers were designed. These primers selectively amplified 1394, 690, and 839 base-pair (bp) fragments of the 16S rRNA gene from DNA of E. suis extracted from the blood of an experimentally infected pig during a parasitemic episode. No polymerase chain reaction (PCR) products were amplified from purified DNA of Haemobartonella felis, Mycoplasma genitalium, or Bartonella bacilliformis using 2 of these primer sets. When the primer set amplifying the 690-bp fragment was used, faint bands were observed with H. felis as the target DNA. No PCR products were amplified from DNA that had been extracted from the blood of a noninfected pig or using PCR reagents without target DNA. The detection limits for E. suis by competitive quantitative PCR were estimated to range from 57 and 800 organisms/assay. This is the first report of the utility of PCR-facilitated diagnosis and quantitation of E. suis based on the 16S rRNA gene. The PCR method developed will be useful in monitoring the progression and significance of E. suis in the disease process in the pig.     

奶牛温氏支原体16SrRNA基因的PCR扩增、克隆及分析

目的对奶牛温氏支原体16SrRNA基因进行PCR扩增及克隆分析。方法从自然感染体的广西奶牛无菌采集血液,分离温氏支原体并提取病原基因组,用血营养菌的16SrRNA基因的通用引物进行PCR扩增,将扩增产物克隆到PGEM-Teasy载体后进行溺,I序和分析,并与Genebank上搜索的温氏支原体相应序列进行比较,建立系统发育树。结果PCR扩增得到长约1．5kb的扩增片段,测序结果显示该片段全长为1453bp,同源性分析表明该序列与Neimark公布的温氏支原体（前称温氏附红细胞体）（AF016546）的16SrRNA基因序列同源性达到97．4％,与系统发育进化树表明本株温氏支原体同本地株的关系较近,而与国外株的新缘关系较远。国内公布的广西株同源性为99．8％。结论结果表明证实该病原为温氏支原体,从分子生物学水平证实了温氏支原体在广西的存在。由于本试验分离得到的牛温氏支原体与国外发表的牛温氏支原体核苷酸序列相差2．6％,因此两者的基因型存在一定的差异,这对该病的分子流行病学分析具有一定的意义。