内源性绵羊肺腺瘤病毒env基因的克隆及序列分析

参照GenBank上已发表的内源性绵羊肺腺瘤病毒env基因与5′长末端重复序列保守区序列设计引物,应用PCR技术成功扩增出内源性绵羊肺腺瘤env基因与5′长末端重复序列,将纯化的扩增片段连接pMD18-T克隆载体进行测序获得目的基因序列。应用MEGA4.1、DNASTAR进行序列分析,分析结果表明,内源性env基因具有完整的开放阅读框,内源性env基因序列与内源性绵羊肺腺瘤(AF153615.1)基因同源性高达99.7%,与外源性绵羊肺腺瘤(M80216.1)基因的同源性仅为90.6%;由内源性env基因推导的氨基酸在NCBI进行BLAST比较:与AF153615.1的氨基酸同源性高达100%。内源性env基因编码表达的蛋白具有亲水性。这些结果为研究5′长末端序列对内源性env基因调控等问题提供了重要参考。     

绵羊肺腺瘤病的病理学及RT—PCR诊断

对呼和浩特市四子王旗某种羊场的疑似绵羊肺腺瘤病的4只病羊,通过临床诊断、病理组织学观察,PCR、RT-PCR和半巢式PCR技术对疑似病羊进行检测诊断.结果显示:(1)"小推车试验"时有鼻液流出;(2)剖检时可见肺肿大实变,切开肺脏时可见大量泡沫状液体从切面渗出;(3)病理组织学观察肺脏有大小不一的腺瘤灶,而且肺泡上皮细胞呈乳头状增生;(4)根据GenBank中登录的绵羊肺腺瘤病毒全序列(AF105220),设计合成3对特异性引物和3条巢式引物,经RT-PCR、PCR及半巢式PCR法扩增并测序,利用RT-PCR和PCR分别扩增出与预期大小一致的条带U3(175 bp)、env(225 bp)、gag(300 bp),序列分析表明与引起该病的绵羊肺腺瘤病毒序列同源性较高,分别达97.2%、96.5%、94.4%.应用半巢式引物扩增片段分别为U3(133 bp)、env(178 bp)、gag(275 bp).经过以上方法确诊该羊场的疑似病例为绵阳肺腺瘤病.     

绵羊、山羊内源肺腺瘤病毒启动子甲基化修饰检测

为分析绵羊和山羊内源性肺腺瘤病毒启动子甲基化修饰状况,参照绵羊、山羊内源性肺腺病毒gag基因上游非编码区序列CpG岛设计特异性甲基化引物,采用甲基化特异性PCR（MSP）方法检测了5只绵羊和5只山羊胎儿的肺脏、皮肤、血液基因组内源性病毒基因启动子区甲基化情况.结果表明：山羊和绵羊肺脏、皮肤、血液基因组中均存在甲基化和非甲基化的内源性肺腺瘤病毒启动子.     

绵羊肺腺瘤病毒NM株囊膜基因的定向克隆与融合表达

根据绵羊肺腺瘤病毒(SJRV)NM株基因组全序列，设计了1对包含囊膜(env)基因在内的引物，并在5′端分别设计了HindⅢ和BnmHⅠ酶切位点，利用PCR技术扩增env基因，通过连接反应将其克隆于pET-30b表达载体上。序列分析表明，env基因全长1836bp，编码612个氨基酸残基；构建表达重组质粒env—pET—30b，转化大肠埃希氏菌BL21，经IPTG于37℃诱导培养，SDS—PAGE电泳分析表明，表达的env基因融合蛋白分子质量约为69ku。     

外源性绵羊肺腺瘤病毒实时荧光RPA检测方法的建立

为实现对外源性绵羊肺腺瘤病毒(exJSRV)的快速检测，根据基因组中序列保守的env基因设计特异性引物和探针，通过优化反应条件和反应体系，建立了exJSRV的实时荧光RPA检测方法，并通过灵敏度、特异性、重复性及样品检测进行评价。结果显示，该方法最佳反应温度为40℃,用时短，仅需20 min即可完成扩增；灵敏度高，最低可检测到10⁶ ng/L的cDNA模板，纯化后的cDNA模板最低可检测到10 ng/L,与PCR结果一致；特异性强，能准确检测到exJSRV,与小反刍兽疫病毒(PPRV)、羊败血性链球菌(OSS)、牛肠道病毒(BEV)、传染性鼻气管炎病毒(IBRV)、牛副流感病毒3型(BPIV3)、肺炎支原体(MO)等继发呼吸道症状的病原无交叉反应；重复性好，对于相同质量浓度的模板cDNA检测结果一致；可有效检测出病羊肺组织、鼻液及外周血白细胞内的exJSRV,与PCR结果一致。结果表明，该方法可实现exJSRV的快速检测，为绵羊肺腺瘤病(OPA)的诊断及防控提供可靠依据。     

1株山羊内源性肺腺瘤反转录病毒的序列测定与分析

参照内源性绵羊肺腺瘤病毒株enJSRV-20(EF680302.1)全基因组序列设计合成3对引物,以山羊基因组DNA为模板,应用PCR技术扩增山羊内源性病毒基因片段,分别连接PMD-18T载体并测序,完成了1株山羊内源性肺腺瘤反转录病毒全基因序列的测定。结果分析显示测定序列全长7 480bp,获得的序列与内源性绵羊肺腺瘤病毒株enJSRV-18(EF680301.1)的核苷酸相似性为93.4%,与外源性绵羊肺腺瘤病毒株JS-7(AF357971.1)的核苷酸相似性为88.1%。根据pro基因序列构建系统进化树,结果显示扩增序列与内源性绵羊反转录病毒株en-JSRV-5(EF680305.1)的亲缘关系最近。本研究有助于内源性肺腺瘤反转录病毒感染性克隆的构建和内源性肺腺瘤反转录病毒功能的研究。     

绵羊基因组中内源性绵羊肺腺瘤病毒相关序列的确定

绵羊都含有与绵羊肺腺瘤病毒(Jaagsiekte sheep retrovirus,JSRV)密切相关的15~20拷贝内源性绵羊肺腺瘤病毒(enJSRV)相关序列。宿主可利用内源性病毒来预防致病性反转录病毒的感染,一些内源性病毒可以有效地干扰相关外源性病毒的复制。本试验通过分子生物学手段确定了蒙古绵羊基因组中含有enJSRV6和enJSRV10两个内源性病毒基因而内蒙古白绒山羊中未发现。通过比较内、外源病毒LTR序列的酶切图谱,获得专一作用外源性病毒的核酸内切酶M spⅠ、TfiⅠ、BsaWⅠ,如果将酶切与聚合酶链式反应(PCR)相结合,不需要经过测序就可分辨enJS-RV和外源性绵羊肺腺瘤病毒(exJSRV),形成"酶切-PCR"检测技术,将为绵羊肺腺瘤病的快速诊断提供了新的手段。     

内源性绵羊肺腺瘤病毒全基因组序列测定与序列分析

参照内源性绵羊肺腺瘤病毒株enJSRV-20全基因组序列设计合成3对引物,应用PCR技术扩增内源性绵羊肺腺瘤病毒基因片段分别连接pMD-18T载体并测序,完成了内源性绵羊反转录病毒基因组序列测定。分析结果显示,测定序列全长7519bp,与内源性绵羊肺腺瘤病毒代表株enJSRV-20核苷酸同源性为99．4％,与外源性绵羊肺腺瘤病毒代表株AF357971．1的核苷酸同源性为90．4％。基于全基因组序列核苷酸的系统进化发生树分析结果显示,扩增序列与enJSRV-20的亲缘关系最近。     

内源性绵羊肺腺瘤病毒NM株pol基因的克隆与序列分析

参照GenBank中内源性绵羊肺腺瘤病毒enJS56A1株pol基因序列设计了2对引物。应用PCR技术特异性地扩增出病毒的pol基因片段,将其克隆到PMD19-T载体后测序。应用计算机软件将测定序列与内源性南非代表毒株enJS56A1(AF153615)的pol基因序列比较,核苷酸同源性为99.3%,推导出的氨基酸同源性为95.0%。与外源性南非代表株JSRV-SA(M80216)的pol基因序列比较,核苷酸同源性为99.0%,氨基酸同源性为99.3%。这也是我国首次报道的内源性绵羊肺腺瘤病毒pol基因序列,为我国科研工作者进行更深入的研究奠定基础。     

内源性绵羊肺腺瘤病毒NM株gag基因的克隆、序列分析及蛋白结构预测

提取内源性绵羊肺腺瘤病毒内蒙古分离株（NM）总DNA，参照GenBank中内源性绵羊肺腺瘤病毒enJS56A1株gag基因序列设计1对引物。应用PCR技术特异性地扩增出病毒的gag基因片段，将其克隆到pMD19-T载体中进行测序得到完整的gag基因序列，并用DNAStar软件进行序列分析，分析结果表明，与内源性南非代表毒株enJS56A1（AF153615）的gag基因序列比较，核苷酸同源性为98．9％，推导出的氨基酸同源性为98．4％。与外源性美国代表株JSRV21（AF105220）的gag基因序列比较，核苷酸同源性为89．6％，氨基酸同源性为94．8％。利用生物信息学软件对其蛋白结构进行预测，结果表明gag-enJSRV-NM为一结构松散的蛋白分子，这也是我国首次报道的内源性绵羊肺腺瘤病毒的gag基因的全序列，为我国科研工作者进行更深入的研究奠定了基础。     

湖南省牛无浆体虫株分子生物学鉴定

用原虫16 S rRNA基因序列通用引物对湖南5个地区牛无浆体感染的阳性血液样品进行PCR扩增,经测序和序列拼接,获得5个无浆体样品16 S rRNA基因的部分序列,应用分子生物学软件进行分析,并根据所获得序列的保守区间设计特异性引物,进行PCR诊断方法的探讨性研究.结果表明,在通用引物下,5个地区无浆体感染的阳性血液样品均获得1 425 bp大小的虫体16 S rRNA基因条带;测序后5个无浆体16 S rRNA序列同源性均在97%～98%.证明5个分离虫株初步鉴定为牛边缘无浆体.     

牛瑟氏泰勒虫ITS基因PCR诊断方法的建立

本试验根据GenBank上登录的牛瑟氏泰勒虫ITS基因序列(AY661522.1),应用Primer Premier 5.0和Oligo 6.31软件设计合成1对特异性引物,以牛瑟氏泰勒虫DNA为模板,建立了牛瑟氏泰勒虫ITS基因PCR诊断方法。该方法扩增片段大小为1020 bp,与参考序列的同源性为98%;建立的PCR方法与猪附红细胞体、犬新孢子虫和弓形虫均无交叉反应,最低DNA检出量为1.5 pg/μL;通过对60份临床样品的检测,并与血涂片方法进行比较,结果显示PCR方法具有特异、敏感等特点,适用于牛瑟氏泰勒虫的检测。     

以鸡毒支原体pvpA基因序列建立的套式PCR检测方法

本试验以GenBank中登录的鸡毒支原体(Mycoplasma gallisepticum,MG)的特异性黏附蛋白pvpA基因序列为目标,用两对引物对鸡毒支原体DNA进行套式PCR扩增,建立套式PCR扩增体系,并进行了套式PCR的敏感性和特异性试验。结果显示,应用该PCR方法对MG DNA的检出限为0.18 pg/μL;以鸡常见细菌、病毒DNA为模板进行PCR扩增,均未扩增出条带,说明该方法特异性强,适用于临床对MG早期感染的检测。     

PCR扩增Nuc基因检测奶牛乳腺炎致病性金黄色葡萄球菌

为建立奶牛乳腺炎金黄色葡萄球菌致病菌株的检测方法,依据金黄色葡萄球菌耐热核酸酶Nuc基因序列,设计合成特异性引物,通过聚合酶链式反应扩增Nuc基因,并将扩增基因克隆入T载体,进行序列测定,对所分离的奶牛乳腺炎病原菌进行鉴定。结果显示:金黄色葡萄球菌扩增出特异性条带,大小为694bp;其他菌株未出现条带。敏感性检测的最低浓度为1.25×103cfu/mL。本试验所建立的方法具有特异性强、敏感度高的特点。     

犬瘟热病毒和犬腺病毒2型双重PCR方法的建立及应用

根据犬瘟热病毒(canine distemper virus,CDV)和犬腺病毒2型(Canineadenovirus type2,CAV-2)GeneBank登陆的基因序列各设计一对引物,经试验条件优化,建立了检测CAV-2的PCR方法和CDV的RT-PCR方法,CAV-2可扩增1108bp片段、CDV可扩增560bp的目的片段,特异性试验表明建立的方法只能特异扩增CAV-2和CDV,不能扩增犬细小病毒、犬冠状病毒、犬副流感病毒、犬钩端螺旋体和犬黄胆出血群、狂犬病病毒。敏感性试验表明,所建立的双重PCR方法可以扩增4.63ng总核酸量。在上述试验基础上继续优化条件建立了能同时检测CAV-2和CDV两种病毒的双重PCR检测方法,并用该方法检测来自辽宁、吉林等15家动物医院134份鼻液和眼眵样品,与商品化试纸条检测结果相比,本方法更加敏感和方便。研究结果表明,本实验建立的方法敏感、特异,适用于动物犬瘟热病毒和犬腺病毒2型的快速检测和鉴别诊断。     

牛卵形巴贝斯虫PCR检测方法的建立及初步应用

为建立牛卵形巴贝斯虫(B.ovata)快速检测方法,本研究根据GenBank中登录的B.ovata CCTη基因序列设计引物,建立了PCR检测方法。对该方法的最佳反应条件进行优化,并进行特异性、敏感性及临床样本检测试验。结果表明,建立的PCR方法扩增B.ovata CCTη基因片段大小为1 008 bp,与参考株序列同源性为100%。该方法对牛巴贝斯虫、牛双芽巴贝斯虫、牛瑟氏泰勒虫基因组DNA扩增结果均为阴性。最低可以检测样品中34个拷贝的DNA。通过对49份临床样本的检测,该方法比姬姆萨染色镜检阳性率高8.2%。本实验为B.ovata的诊断提供了一种特异、敏感的检测技术。     

基于猪伪狂犬病毒gE基因的PCR法快速诊断猪伪狂犬病的研究

为了建立一种快速检测猪伪狂犬病毒(PRV)的方法,试验采用PCR法,并以NCBI公布的PRV Min-A株(登录号为AY170318.1)的gE基因序列为参考序列设计1对特异性引物,进行PRV基因的扩增,并对该检测方法的特异性、敏感性、重复性进行验证。结果表明:该PCR检测方法扩增的目的基因长348 bp;应用此方法对猪繁殖与呼吸综合征病毒(PRRSV)、猪圆环病毒Ⅱ型(PCV2)、猪瘟病毒(CSFV)、猪细小病毒(PPV)进行PCR扩增均未有条带出现;该方法能够检测到的最低DNA模板量为10 pg;重复性良好;应用此法对43份临床样品进行检测,检出率为65.12%(28/43)。说明该PCR检测方法可用于PRV的分离鉴定、临床病料检测和分子流行病学调查等。     

多重PCR技术同时检测牛传染性鼻气管炎和赤羽病方法的建立和应用

为满足同时对IBRV和AKAV进行快速诊断的需要,根据牛疱疹病毒1型(BHV 1)gB基因序列和赤羽病病毒(AKAV)的S基因序列,设计了2对针对这2种病毒的特异引物,并建立了多重PCR方法,分别对其最佳反应条件、特异性及敏感性进行了测定,结果表明:该方法能同时扩增得到2条与试验设计相符的311 bp(I BRV)和392 bp(AKAV)特异性条带;IBRV的灵敏度为0.13 pg/25μL,AKAV的灵敏度为1.04 pg/25μL。本试验方法的建立对于加强进出口牛IBRV和AKAV的检验检疫具有十分重要的意义。     

非洲猪瘟病毒实时荧光定量PCR检测方法的建立

根据GenBank公布的非洲猪瘟病毒(ASFV)P72基因序列,设计了一对特异性引物和探针,使用含有选定检测序列的重组质粒标准品绘制标准曲线,建立了非洲猪瘟病毒实时荧光定量PCR检测方法。结果表明:该方法的敏感性可达100个拷贝值,具有良好的敏感性和重复性。     

6株副猪嗜血杆菌基因组DNA的PCR指纹图谱研究

根据肠道菌基因闻重复一致序列，设计了一对特异性引物，采用ERIC-PCR和RAPD技术，研究了副猪嗜血杆菌6个分离菌株的指纹图谱和DNA多态性。结果表明，6个分离株的PCR指纹图谱与15个标准血清型指纹图谱相比较可分辨出4种血清型；6个分离株的RAPD研究结果均表现出多态性。有意义的是，6个菌株的多态性DNA片段也能明显将其分为4种类型的副猪嗜血杆菌，与特异性引物PCR结果相一致。该研究可作为流行病学调查和该菌的分子分型快速诊断方法的基础。