同源性分析引发的启示——对鼠兔H9N2亚型禽流感毒株分离、基因序列分析及致病性研究的思考

本研究从青海省14个不同的地区捕捉到的138只鼠兔的817份组织样品中分离到一株H9N2亚型流感病毒。通过ＲT—PcR技术扩增H9N2流感病毒基因组的8个基因片段，并将进行序列分析，绘制系统进化树。结果显示，从鼠兔分离的H9N2亚型禽流感病毒属于美洲谱系，与A／Turkev／Wiscnflsill／1／1966（H9N2）进化距离最近。鸡静脉指数（IVPI）及氨基酸序列分析显示病毒具有弱毒株的特征。     

SINPV PK基因的部分序列分析

重组质粒ｐＰ１８ＰＨ３上含有ＳＩＮＰＶ的部分蛋白激酶基因。ＳＩＮＰＶ部分的蛋白激酶氨基酸序列与ＨａＮ－ＰＶ、ＨｚＮＰＶ、ＳｐｌｉＮＰＶ、ＡｆＮＰＶ、ＡｃＮＰＶ、ＬｄＮＰＶ蛋白激酶的氨基酸序列的同源性分别为４５％、８９％、３７％、４４％、３８％和３７％，其上含有蛋白激酶特征序列ＩＶＨＡＮＤＶＫＬＥＮＶＬ。     

鸡传染性支气管炎病毒华南分离株核蛋白基因的序列测定及同源 …

根据国外已发表的鸡传染性支气管炎病毒（ＩＢＶ）核蛋白基因序列，设计并合成１对引物。应用这对引物，以ＲＴ－ＰＣＲ特异性扩增出华南分离株（ＨＮ株）的核蛋白基因，基因产物大小为１．５ｋｂ，与设计相符。对ＨＮ株部分核蛋白基因进行序列测定，并与标准毒株Ｈ５２，Ｍ４１，Ｂｅａｕ和Ｇｒａｙ的核蛋白基因进行同源性比较，结果表明，ＨＮ株与Ｈ５２、Ｍ４１、Ｂｅａｕ和Ｇｒａｙ株的核酸同源性分别为８５％、８４％８４％和８     

不同品种山羊Hoxc9基因的克隆及序列比较分析

[目的]分析不同山羊品种Hoxc9基因序列及其推导氨基酸的差异性,为探索Hoxc9基因在山羊毛囊生长发育中的作用机制及研究绒山羊绒毛分子调控机理奠定基础.[方法]根据GenBank上已发表的Hoxc9基因序列设计3对引物,利用PCR扩增安哥拉山羊、萨能奶山羊、藏山羊、波尔山羊4个山羊品种的Hoxc9基因序列,然后与前期研究获得的绒山羊Hoxc9基因序列进行对比分析.[结果]利用设计的3对引物均能克隆获得安哥拉山羊、波尔山羊、萨能山羊和藏山羊的Hoxc9基因,与绒山羊Hoxc9基因比较,其5'UTR序列同源性为99.2%~100.0%,3'UTR序列同源性为99.0%~100.0%,cDNA序列同源性为99.5%~100.0%,内含子序列同源性为99.2%~99.7%,推导氨基酸序列同源性为98.8%~100.0%.Hoxc9蛋白质序列比较分析发现,安哥拉山羊和波尔山羊氨基酸的变异未造成Hoxc9蛋白质功能位点改变,但其二级结构有4处不同.[结论]不同山羊品种Hoxc9基因序列的同源性比较高,但也存在差异性.     

副猪嗜血杆菌广东流行株的分离鉴定与基因分析

本研究从广东省各个地区送检病料中成功分离鉴定了4株副猪嗜血杆菌,并且针对副猪嗜血杆菌16S rRNA基因特异性进行PCR检测和基因测序同源性分析,通过GenBank联机比对分析,所分离的菌株与国内外菌株16S rRNA序列同源性在98.2%以上,分离菌株之间同源性在99.6%~100%之间,证明了所暴发的菌株是副猪嗜血杆菌。     

冷诱导下毛百合甘油-3-磷酸酰基转移酶活性变化及其基因保守区的克隆

探讨了野生毛百合甘油-3-磷酸酰基转移酶活性在冷胁迫下的变化,用简并引物扩增了甘油-3-磷酸酰基转移酶基因保守区序列的结果表明,该保守区段长744 bp,推测编码247个氨基酸.在GPAT氨基酸序列中存在1个高度保守的区域(WIAPSGGRDRP),在NCBI上经过BLASTp比对分析,发现这段保守区序列为LPLAT基...     

CRISPRs在德氏乳杆菌中的检测与同源性分析

本研究检测了本实验室德氏乳杆菌中的CRISPRs结构,并对其重复序列和间区序列进行了同源性分析.结果显示,供试菌株L7和L9中均含有CRISPRs序列,分别为3 323 bp和3 015 bp,多重比对后的重复序列8～12位与21～17位碱基互补形成回文结构;重复序列大小(29 bp)与标准菌株基本相同,但其同源性与菌...     

瓦氏黄颡鱼生长激素基因克隆及其组织特异性表达分析

生长激素(growth hormone,GH)对脊椎动物的生长发育及代谢具有重要作用。采用RT-PCR和RACE技术,克隆了瓦氏黄颡鱼垂体GH cDNA全长序列,应用real-time qPCR法对不同组织中GH mRNA的表达进行检测。序列分析表明,GH cDNA(GenBank登录号:GU395549)序列全长1 203 bp,其5’端非编码区77 bp、3’端非编码区523 bp,开放阅读框(open reading frame,ORF)603 bp,由此推导GH前体蛋白由200个氨基酸组成。同源性比较结果表明,瓦氏黄颡鱼与同目鱼类的GH编码序列同源性较高,与哺乳类和鸟类的同源性较低。Real-time qPCR结果显示,GH mRNA在垂体中的表达量最高,其次是脑、肌肉、肝脏、脂肪组织、胃、脾脏、卵巢或精巢,而在肾脏、心脏、鳃和肠中没有明显的表达。实验结果表明,GH基因在瓦氏黄颡鱼组织中广泛表达,提示GH可能以旁分泌或自分泌的方式对其生长和繁殖发挥重要作用。     

枣疯病植原体的分子检测与同源性鉴定

[目的]采用植原体16S通用引物建立枣疯病植原体PCR检测体系.[方法]采用植原体16S rDNA通用引物R16mF1/R16mR1,对陕西和山西具有枣疯病的枣树植株总DNA进行PCR扩增,获得了相关的枣疯病植原体序列.采用DNAMAN软件分析其同源性,绘制系统进化树.运用pDRAW32软件对17种具有16S rDNA分组的典型的限制性内切酶进行计算机模拟RFLP,确定枣疯病植原体同源性关系.[结果]从陕西和山西的枣疯病的植株中,分别得到1 433 bp和1 432 bp的条带,与已报道的枣疯病植原体比较,同源性达到99;以上,而与其他植物的植原体16S rDNA同源性多低于93;,并且与16S rDNA V-B组的遗传距离最近.pDRAW32软件模拟RFLP结果表明它们和已报道的JWB的RFLP图谱相似.[结论]枣疯病植原体归属于16SrDNA V-B,为枣疯病植原体PCR检测体系提供了理论基础.RFLP分析进一步验证了枣疯病植原体属于16SrDNA V-B,具有随地域变异性较小的特性,这将有利于不同地区枣疯病检测技术的建立.     

水牛α-乳清蛋白基因的克隆及序列分析

根据报道的奶牛α-乳清蛋白基因核苷酸序列设计和合成4对引物,采用PCR扩增的方法克隆并测定了水牛α-乳清蛋白全基因的核苷酸序列.结果表明,克隆的水牛α-乳清蛋白基因全长3 038 bp,包括5′侧翼区,3′侧翼区,3个内含子和4个外显子(该序列已被成功提交到GenBank,序列接收号为EU422984).核苷酸序列比对结果表明,水牛α-乳清蛋白基因与报道的奶牛该基因的核苷酸序列同源性为97.53 %.水牛α-乳清蛋白成熟肽的氨基酸序列与奶牛相比有两个氨基酸的差异.与奶牛相比,水牛α-乳清蛋白基因5′调控区发生了多处插入突变和碱基替换突变,这些插入和替换突变可能与水牛乳汁中α-乳清蛋白的高水平表达有关.