鸡传染性支气管炎病毒SC株N基因序列测定与同源性分析

从我国四川省一疑似鸡传染性支气管炎(Avianinfectious bronchitisvirus，IB)的雏鸡病料中成功分离到一株鸡传染性支气管炎病毒(Infectious Bronchitis Virus，IBV)，命名为SC。病毒经鸡胚传代、血凝试验监测和负染电镜检查证实为IBV。自接毒鸡胚尿囊液中提取RNA后应用反转录-聚合酶链反应(RT-PCR)扩增得到了IBVSC株mRNA6 cDNA(编码N蛋白)。应用DNAstar5．06，Clustal1．8分析软件将克隆测序的N蛋白基因与Genbank中11株国内外参考毒株进行序列比较分析和同源性分析，发现IBV SC株变异独特，明显不同于国内外参考毒株。     

鸡新城疫云南分离株HN基因序列测定和分析

用RT—PCR法对分离自云南省的2株鸡新城疫病毒(编号YN—C1、YN—C2)进行HN基因的扩增和克隆．并对其进行核苷酸序列测定和分析。结果表明：2毒株HN基因开放性阅读框架(ORF)均为l716nt；二者之间的核苷酸同源性为95．3％，氨基酸同源性为95．8％；YN—C1毒株与参考毒株GD／1／98／Go核苷酸、氨基酸同源性均最高，分别为97．9％和97．6％；YN—C2毒株与参考毒株JS／5／01／Go核苷酸同源性最高为98．5％，而与参考毒株JS／3／98／Go氨基酸同源性最高为98．1%。     

鸡大肠杆菌iss基因的克隆测序及原核表达

本实验对鸡大肠杆菌O2血清型菌株进行iss基因克隆测序，并在此基础上设计出两对套式引物，分别对含信号肽Miss基因序列和不含信号肽Miss基因序列进行扩增，并与原核表达载体pGEX-6p-1连接进行原核表达。iss基因克隆测序的结果与两组国外发表Miss基因序列进行比对，其同源性达100％。SDS—PAGE鉴定显示融合蛋白获得了较理想的表达，融合蛋白分子量分别约为36kD和33kD。     

假高粱及其近似种同源性研究进展

本文通过形态学、细胞学以及分子生物学3个层次对高粱属的假高粱及其近似种的同源性研究进行了总结,同时归纳了3个不同阶段具有重要影响的理论、试验方法和试验成果.     

桂林市猪圆环病毒病流行病学调查研究

本研究采集桂林市12县5城区的51家养殖企业的猪血清样本共计543份,应用酶联免疫吸附试验(ELISA)进行猪圆环病毒2型(PCV2)的抗体检测。检测结果表明,全市猪场的阳性率为49.02%(25/51),个体阳性率为33.33%(181/543)。其中20家年出栏1 000头以下企业采集的198份血清样本中有79份样本的检测结果为阳性,阳性率为39.89%;在另外31家年出栏2 000头以上企业所采集的345份血清样本中有102份样本检测结果阳性,阳性率为29.56%;各年龄阶段的猪群抗体阳性率不尽一致,阳性率最高的是41日龄～90日龄的仔猪,达到47.92%,其次是91天龄以上肉猪的31.37%,第三是种猪(公/母)的29.76%,阳性率最低的是1日龄～40日龄仔猪的19.70%;不同县区规模养殖企业的阳性率也不一样,荔浦、临桂、灵川、兴安县等养殖量比较大的阳性率就比较高;采集部分病死猪的组织样品共103份进行PCV2的PCR病原学检测,同时随机采集了部分临床健康的27家规模养殖企业猪群的组织样品122份进行平行检测,结果病死猪群采集的病料样本中阳性率为28.15%(29/103),而临床健康猪群的样品阳性率为13.93%(17/122);再对46份PCV2阳性的病料样本同时进行猪繁殖与呼吸综合症病毒(PRRSV)、猪伪狂犬病病毒(PRV)和猪瘟病毒(HCV)的检测,结果有16份单独感染PCV2,14份混合感染了PRRSV,3份混合感染了PRV,6份混合感染了HCV,2份同时混合感染了PRRSV与PRV,4份同时混合感染了PRRSV、PRV和HCV,1份同时混合感染PRV和HCV;从PCV2阳性的病料中随机选取7份(依次命名为GL1-GL7),进行PCV2全基因组的扩增及序列测定,除了GL4的全基因组长度为1 768bp外,其余的均为1 767bp,它们的核苷酸序列的相似性为93.6%～99.9%,与其他29株广西参考病毒的同源性为93.6%～100%,与国内外主要代表毒株的同源性为91.9%～100%。     

猪源绿脓杆菌的分离鉴定及16S rRNA基因同源性分析

从解剖病变为心包炎、纤维素性肺炎、肺脓肿的病死仔猪体内分离到1株细菌,通过形态特征观察、生化试验,将分离菌株初步鉴定为绿脓杆菌。动物致病性试验结果显示,分离菌株对小鼠具有很强的致病性。药敏试验结果显示,分离菌株对氧氟沙星、恩诺沙星高度敏感,对头孢噻肟、庆大霉素中度敏感,对青霉素、氟苯尼考、氨苄西林、阿莫西林、强力霉素、卡那霉素等耐药。将分离菌株的16S rRNA基因序列与Gen Bank中发表的绿脓杆菌序列进行Blast比对,结果表明,分离菌株与绿脓杆菌不同菌株的同源性高达99%以上,进一步确定分离菌株为绿脓杆菌。基于16S rRNA基因序列,使用MEGA 5.05软件,构建系统进化树,结果表明,分离菌株与病人痰液和腹泻婴儿分离菌株的同源性最高,与未加工水果分离菌株同源性最低。     

基于全基因组的芽孢杆菌平均核苷酸同源性(ANI)分析

采用Jspecies软件分析芽孢杆菌全基因组之间平均核苷酸同源性(ANI)的特征性。结果表明,芽孢杆菌属间、种间及亚种间两两菌株间ANI与其分类地位相关,具有明显属种特异性,其中芽孢杆菌科不同属之间的ANI值分布于50%～65%;芽孢杆菌种间ANI值均低于95%,分布范围为65%～90%,加权平均数为70.12%,其中90%的ANI值低于70%;芽孢杆菌亚种间ANI值分布主要范围为90%～96%,占90%。因此,芽胞杆菌属间的ANI鉴定标准建议定为50%～65%,芽胞杆菌种间的ANI鉴定标准建议定为65%～90%,芽胞杆菌亚种间的ANI鉴定标准建议定为90%～96%。同时,基因组中的四核苷酸(Tetra)回归系数与ANI值具有相关性,表现明显属种特征性,回归拟合显示两者呈现一元二次方程关系,y=271-573.58x+399.65x2(R2=0.981 2),同时高于70%的ANI值与相应的Tetra回归系数呈线性正相关,方程式为y=178.58x-81.521(R2=0.876 7)。     

鸭源鸡杆菌双重PCR检测方法的初步建立

为建立鸭源鸡杆菌(G.anatis)双重PCR检测方法,并对鸡杆菌分离株进行种类鉴定,本研究根据GenBank中G.anatis12656-12株的gtxA基因序列设计一对PCR引物,合成扩增rpoB基因的引物作为内参基因,建立了G.anatis双重PCR检测方法.检测结果显示:以G.anatis Yu-PDS-RZ-1-SLG株DNA为模板进行的双重PCR检测能够扩增出两条目的片段;其它16株细菌包括副鸡禽杆菌、多杀性巴氏杆菌、大肠杆菌、沙门氏菌、福氏志贺菌和奇异变形杆菌均只扩增出了一条目的片段;该方法可以检测到浓度为6.5×102 cfu/mL的G.anatis;34株鸡杆菌分离株均扩增出了两条预期大小的目的片段.此外,序列分析结果表明,10株鸡杆菌河南分离株的rpoB基因序列与鸭源鸡杆菌种参考株(CCUG15563)的同源性最高(97.5％～99.0％),属于鸭源鸡杆菌种.本研究建立的G.anatis双重PCR检测方法,可用于含gtxA基因鸡杆菌菌株的鉴定及临床病原学诊断.     

感染高原鼠兔的皮蝇蛆16SrRNA基因序列研究

利用分子生物学技术对高原鼠兔感染皮蝇蛆16SrRNA基因进行了研究,扩增出长度为551 bp的序列,克隆测序,将其序列与GenBank中的皮蝇科、胃蝇科的序列进行了聚类分析,并构建分子进化树.结果显示,感染高原鼠兔的皮蝇蛆与皮蝇科的皮蝇蛆遗传距离更近,在一个大的进化树分支上,基因片段同源性84.6％～88.4％之间,与胃蝇科的红尾胃蝇基因片段同源性60.1％ ～64.4％之间.几株感染高原鼠兔的皮蝇蛆之间的基因片段同源性94.4％～99.6％之间.     

2株B型副鸡禽杆菌的分离鉴定

2010年3月、2011年12月分别从北京平谷、延庆疑似鸡传染性鼻炎的病鸡体内各分离到1株细菌,根据发病鸡群的临床症状、细菌分离培养、形态观察、过氧化氢酶试验、革兰氏染色结合动物回归试验、免疫攻毒试验和PCR等方法初步鉴定为副鸡禽杆菌(Apg);同时将分离菌株送匈牙利诗华研发中心进行分型鉴定,确定为B型副鸡禽杆菌,根据分离地点将分离菌株命名为B型副鸡禽杆菌(平谷株和延庆株).通过GenBank与已经发表的Apg基因序列进行同源性比对分析,结果显示,平谷株、延庆株基因序列同源性达到99.6％,而与参考株Modesto的基因核苷酸序列同源性达到98.3％、98.8％.