籼稻品种Kasalath BAC克隆的终端序列分析和染色体制图

为了调查水稻种（Oryza sativa）内的表型多样性和进化关系，我们对衍生于籼稻品种Kasalath的BAC（细菌性人工染色体）克隆进行了大范围的终端排序和染色体in silico制图（根据序列同源性进行制图）。从47194个BAC克隆中总共获得了78427个高质量的BAC-终端序列（BES）；这些终端序列表现出总共具有37．8Mb基因组序列的482bp的平均阅读长度。排除含有重复序列的这些BES并使用粳稻品种日本晴的高质量基因组序列作为参照标准后，把这些具有成对BES的12170个克隆绘制到了12条染色体上。这些克隆由4．50个重叠群组成，     

家蚕耐氟近等基因系SSH文库的构建及部分差异表达基因的分析

为了获取与家蚕耐氟性状相关的基因信息,利用家蚕耐氟品种T6和氟化物敏感品种733新建立耐氟近等基因系,以回交11代的家蚕耐氟近等基因系群体中的耐氟个体和敏感个体的中肠为材料,构建家蚕耐氟近等基因系抑制消减杂交(SSH)cDNA文库。通过对抑制消减杂交cDNA文库中随机挑选的153个阳性克隆测序和聚类拼接,得到19个重叠群(con-tig)、47个已知功能基因(un igene)和28个未知功能基因。获得的表达序列标签(EST)经BLASTx比对和同源性分析,初步发现这些基因参与家蚕体内物质转运、能量代谢、基因转录、蛋白质合成与降解、蛋白质加工、信号转导、机体免疫防御、细胞结构形成等诸多生物学过程。采用实时定量RT-PCR方法,对部分基因在家蚕耐氟近等基因系群体中的耐氟个体和敏感个体的不同组织的表达进行定量分析,发现磷酸根离子转运蛋白基因、三磷酸腺苷(ATP)合成酶基因、液胞型H+-ATP酶基因、脂肪酶基因以及主要过敏原蛋白基因在耐氟个体的中肠、马氏管、脂肪体组织中的表达量有较明显上调。     

猪繁殖与呼吸综合征病毒GS株非结构蛋白基因的克隆及测序

根据GenBank中猪繁殖与呼吸综合征病毒(PRRSV)VR-2332毒株基因序列设计合成了9对引物,采用RT-PCR方法对PRRSV GS株的非结构蛋白基因ORF1进行了分子克隆,并对其核苷酸序列及编码氨基酸进行了分析。结果表明:ORF1全长11 882 bp,其中ORF1a核苷酸长7 512bp,编码2 503个氨基酸,ORF1b核苷酸长4 374 bp,编码1 457个氨基酸。PRRSV GS株ORF1基因与VR-2332株ORF1基因核苷酸同源性较高,其中ORF1a为89.3%,ORF1b为90.7%,而与LV株同源性相比较低,其同源性分别为54.3%和60.8%,相对ORF1a来说,ORF1b较为保守。ORF1编码的产物为2个聚合蛋白,ORF1a所编码的聚合蛋白经水解酶切割后产生6个成熟的非结构蛋白(NSP),其中NSP2变异最大,该蛋白具有耐受碱基插入、突变的能力,可能与PRRSV对组织细胞的亲嗜性有关;ORF1b编码的聚合蛋白经蛋白酶切割后,产生4个成熟的非结构蛋白。从系统发生树分析,PRRSV GS株非结构蛋白基因区域在基因型上属于北美洲型。     

我国部分地区蛋鸡ALV-J分离株gp85基因遗传进化分析

为了解我国蛋鸡J亚型白血病病毒(ALV-J)株来源及其遗传进化关系,本研究对2009年从我国6个省区蛋鸡场分离到的19株ALV-J的gp85基因进行克隆和测序,并与11个ALV-J参考株gp85基因作了比较分析.结果表明:19个ALV-J分离株的gp85基因长度为894bp～924 bp不等,分别编码298～308个氨基酸;各病毒株间gp85推导氨基酸的同源性为71.3%～100%.遗传进化分析表明,目前我国蛋鸡ALV-J分离株来源复杂,其中13个分离株与英国原型株HPRS-103、国内麻黄肉鸡株SCAU-0901亲缘关系较近;3个分离株与美国株ADOL-7501及国内白羽肉鸡株HN0001处在同一大的分支;而另外3个分离株则各自形成独立的分支,表明其gp85基因发生了较大变异.本研究表明,19个分离株与国内早期肉鸡分离株亲缘关系较远,提示我国当前蛋鸡ALV-J株可能并非源自国内早期肉鸡ALV-J株,其来源有待进一步研究.     

血清2型猪链球菌河南分离株毒力基因的鉴定及其cps2j全基因序列分析

为了解血清2型猪链球菌(S.suis2)河南分离株的毒力基因型及cps2j全基因突变情况,本研究扩增S.suis2毒力基因gdh、cps2j、mrp、ef 、sly、orf2和fbps,并对s.suis2的cps2j进行全基因序列测定和同源性分析.结果表明,gdh、cps2j、mrp、ef、sly、orf2和fbps基因在8个S.suis2分离株中的检出率分别为100％(8/8)、100％(8/8)、62.5％(5/8)、75％(6/8)、87.5％(7/8)、100％(8/8)和100％(8/8);其中cps2j全基因核苷酸及推导的氨基酸序列与来源不同的S.suis2分离株同源性分别达98％和97％以上,以该基因构建的系统发育树表明8株S.suis2河南分离株与国内外不同参考株同源性高,亲缘关系密切.     

狂犬病病毒糖蛋白功能的研究进展

狂犬病是一种危害极大的人兽共患病。该病流行于世界80多个国家和地区,近年来发病率有所升高,严重威胁人畜健康。狂犬病病毒(RV)属弹状病毒科狂犬病病毒属。狂犬病病毒基因组是由11 928个或11 932个核苷酸组成的单股负链不分节段的RNA,相对分子质量约4.6×106。基因组从3'端至5'端的排列依次为核蛋白基因(N)、磷酸化蛋白基因(NS)、基质蛋白基因(M)、糖蛋白基因(G)、RNA依赖多聚酶(L)5个结构基因,分别编码病毒的核蛋白、磷酸化蛋白、基质蛋白、糖蛋白和依赖RNA     

猪源隐孢子虫卵囊的分离及基因型鉴定

应用RT-PCR方法对南京、上海和合肥猪源隐孢子虫卵囊SSU rRNA部分序列进行扩增,产物测序后提交GenBank,收录号为DQ855266、DQ855267;用BLAST和DNAStar软件与GenBank参考序列进行比较,分析其同源性,绘制系统发育进化树,结合卵囊形态学观察和对小鼠、大鼠、兔、山羊和鸡的传染性试验确定隐孢子虫种类或基因型。结果表明,3地区猪源隐孢子虫分离株与微小隐孢子虫(C.parvum)同源性达94%~100%,与C.parvummouse型有99.8%~100%的同源性,并处于进化树的同一分支。因此,3地区猪源隐孢子虫是C.parvummouse型,提示猪和鼠之间存在交叉传播的可能。     

辽宁省辣椒土传病害镰刀菌鉴定及rDNA-ITS序列分析

［目的］ 对分离的辣椒镰刀菌形态、基因序列进行研究,以确定病原菌的种类及这些菌的同源性,为进一步开展该病害诊断和防治研究奠定基础。［方法］ 对采自辽宁省各地辣椒土传病害的16株病菌进行形态观察及rDNA-ITS序列分析。［结果］ 引起辽宁省辣椒土传病害的主要镰刀菌有尖镰孢、茄镰孢、锐顶镰孢和串珠镰孢等4种,根据菌株分生孢子形态和rDNA ITS序列同源性,将ZW13、LY3、PJLJ、HC5、CY2、CY5、TLLJ、LY5、LY1菌株聚类为尖镰孢;FSLJ2和FSLJ3菌株聚类为茄镰孢;ZW和ZW18菌株聚类为锐顶镰孢;KPLJ、LZLJ、FSLJ1菌株聚类为串珠镰孢。［结论］ 从分子系统树和菌株间的遗传距离看出镰刀菌同种同源性都很高,不同种之间同源性相对较低,种间遗传差异较大。     

十字花科植物CYP86MF同源基因的克隆及特征分析

用保守的特异引物进行PCR扩增，并结合RACE技术，从大白菜(Brassicacampestris L．)品种黄芽14，萝卜(Raphanus sativus L．)品种圆白和诸葛菜(Orychophrogmus violaceus)3个材料中扩增到3个完整的cDNA全长，分别命名为Bc-CYP86MF，RsCYP86MF和OvCYP86MF，它们的cDNA全长分别为1854，1818和1876bp，分别编码524，526和534个氨基酸残基。将所推导的氨基酸序列与数据库中已知基因进行排序，发现它们与拟南芥CYP86家族所有成员的氨基酸相似性都大于38％，可将它们归为细胞色素CYP86基因家族。BcCYP86MF和RsCYP86MF与CYP86C4亚家族氨基酸同源性均大于55％，则可归为CYP86C4亚家族，而OvCYP86MF与CYP86C3的同源性最高，为86．5％，应归为CYP86C3亚家族。根据氨基酸序列的排序结果构建的系统树表明，CYP450基因的氨基酸序列进化程度与物种的亲缘关系的远近相吻合。对蛋白二级结构预测结果发现，它们都具有细胞色素P450典型的保守结构域FNAGPRLCIG，而且氨基酸组成也很相似。     

牦牛功能基因的研究进展

牦牛是分布于海拔3 000 m以上,以我国青藏为中心的高山、亚高山地区的牛种之一,是唯一能够充分利用青藏高原草地资源进行动物性生产的优势牛种和特有的遗传资源。牦牛对高海拔地区严寒、缺氧、缺草等恶劣条件具有极强的适应能力,可提供奶、