蓝舌病、口蹄疫、小反刍兽疫和水泡性口炎多重PCR检测方法的建立

为建立一种检测并鉴别蓝舌病病毒、口蹄疫病毒、小反刍兽疫病毒和水泡性口炎病毒感染的方法,针对蓝舌病病毒NS3基因、口蹄疫病毒3D基因、小反刍兽疫病毒N基因和水泡性口炎病毒N基因序列设计引物,优化反应体系和扩增条件,建立了一种同时检测4种病毒的多重PCR方法。对建立的多重PCR检测方法的特异性及敏感性进行检验,结果表明建立的多重PCR检测方法敏感性强、特异性良好,对4种病毒的最低检出限分别为PPRV 103 copies/μL、BTV 103 copies/μL、VSV 103 copies/μL和FMDV 102 copies/μL。本方法的建立对临床感染蓝舌病等4种病毒的病畜进行快速检测具有十分重要的意义。     

A型塞尼卡病毒与O型、A型、亚洲I型口蹄疫病毒多重TaqMan荧光定量RT-PCR检测方法的建立及应用

为建立鉴别检测A型塞尼卡病毒(SVA)与O型、A型、亚洲I型口蹄疫病毒(FMDV)的方法,针对SVA 3D基因与O型、A型、亚洲I型FMDV VP1基因,分别设计特异性引物和TaqMan探针,经优化反应条件,建立了同时检测SVA与O型、A型、亚洲I型FMDV的TaqMan荧光定量RT-PCR方法.所建立的方法能特异性扩...     

尼帕病毒与猪流感病毒双重荧光定量RT-PCR方法的建立

根据尼帕病毒(NiV)M基因和猪流感病毒(SIV)M基因序列设计引物和TaqMan-MGB探针,通过优化反应条件建立了一种鉴别NiV和SIV的双重实时荧光定量RT-PCR检测方法,对该方法的定量线性范围、敏感性、重复性和特异性进行了评价及初步应用。结果显示,用该方法检测NiV M基因的RNA标准对照(NiV-M-RNA)和SIV M基因的RNA标准对照(SIV-M-RNA),定量线性范围分别为4.6×101copies/μL~4.6×108 copies/μL和5.8×101copies/μL~5.8×108 copies/μL,检出限分别为46个拷贝和58个拷贝。该方法的组内试验和组间试验的变异系数均小于1.6%,显示其良好的可重复性。该方法仅对NiV-M-RNA和SIV呈现特异性扩增曲线,不与猪瘟病毒(CSFV)、猪流行腹泻病毒(PEDV)、猪繁殖与呼吸综合征病毒(PRRSV)、猪细小病毒(PPV)、猪圆环病毒2型(PCV-2)和伪狂犬病病毒(PRV)发生交叉反应。用该方法对236份猪的鼻拭子样品进行NiV和SIV的同时检测,所有样本的NiV检测结果均为阴性,有1份样本的SIV检测结果为阳性。本研究建立的方法可为猪临床样本中NiV和SIV的鉴别检测提供了一种快速、敏感和特异的技术手段。     

猪塞尼卡病毒TaqMan探针荧光RT-PCR方法的建立和应用

塞尼卡病毒(Senecavirus A,SVA)为小核糖RNA病毒科塞尼卡病毒属的单股正链RNA病毒,可引起猪的水泡样病变、跛行和新生仔猪突然死亡等,我国已经有多个省市检测到了本病毒。为建立一种快速高效、适应范围广的SVA检测方法,本研究以分离到的1株SVA流行病毒株GXT91作为参考毒株,设计合成了TaqMan探针和1对引物建立了SVA的荧光RT-PCR方法,并分别进行该方法的敏感性、特异性和重复性试验。结果显示:该方法的敏感性达到了17.4个分子拷贝/μL,与口蹄疫病毒、猪瘟病毒等病原无交叉反应,表明它具有较高的特异性,组间和组内重复性试验的变异系数均小于2%,表明其重复性较好。进一步运用该方法对48份临床样本进行检测,从中发现了12份阳性样品。这表明本研究建立的荧光RT-PCR是一种良好的诊断SVA的方法,可用于待测样本中SVA的诊断和流行病学调查监测等。     

液相芯片技术同时检测六种猪繁殖障碍病毒的方法研究

在GenBank中收集猪细小病毒(PPV)结构蛋白VP2基因、猪圆环病毒2型(PCV2)的ORF2序列、猪伪狂犬病毒(PRV)的gB基因、猪繁殖与呼吸综合征病毒(PRRSV)的NSP2基因、猪瘟病毒(CSFV)的E2基因和乙型脑炎病毒(JEV)的M基因,利用Primer5.0等分子生物学软件对收集的序列分析比较,筛选出上述基因的特异保守序列并设计引物和探针,将设计好的探针与相应的微球偶联,优化条件,建立检测方法。结果表明:建立的检测PPV、PCV2、PRV、PRRSV、CSFV、JEV6种病毒核酸的多重液相芯片技术具有较好的特异性、敏感性和稳定性,对PPV、PCV2、PRV、PRRSV、CSFV、JEV6种病毒核酸的最低检出量分别为8.50×10~2copies/μL、2.87×10~2copies/μL、2.07×10~2copies/μL、2.61×10~2copies/μL、2.34×10~2copies/μL、2.05×10~2copies/μL,与相应病毒PCR/RT-PCR检测方法相比,敏感性提高了100~1000倍;对临床388份样品同步进行荧光PCR与液相芯片检测,结果99.87%相符。本方法为液相芯片技术在动物多病毒快速高通量检测、鉴别诊断等应用方面奠定了基础。     

鉴别猪流行性腹泻病毒野毒株与疫苗株双重RT-PCR检测方法的建立

为建立鉴别猪流行性腹泻病毒野毒株与疫苗株的检测方法,本研究根据GenBank中登录的猪流行性腹泻病毒(PEDV)M、ORF3基因序列,设计合成了2对特异性引物,通过PCR扩增条件的优化,建立了鉴别PEDV野毒株和疫苗株的双重RT-PCR检测方法。特异性试验显示,该检测方法对猪圆环病毒2型、猪伪狂犬病毒、猪细小病毒、Salmonella及E.coli等结果均为阴性;敏感性试验显示,所建立的双重PCR检测方法对M基因和ORF3基因的最低有效检测量分别为44.5拷贝/μL和481拷贝/μL。本研究建立的双重RT-PCR检测方法可实现对PEDV野毒和疫苗毒的快速检测,适合于现地猪流行性腹泻的鉴别诊断。     

A型塞尼卡病毒与O型、亚洲I型、A型口蹄疫病毒多重RT-PCR检测方法的建立

为建立鉴别A型塞尼卡病毒(SVA)与O型、亚洲I型、A型口蹄疫病毒(FMDV)的快速检测方法,本研究分别设计4对特异性引物,用于扩增SVA 3D基因(157 bp)、O型FMDV VP1基因(240 bp)、亚洲I型FMDV VP1基因(460 bp)、A型FMDV VP1基因(320 bp)。经优化引物浓度、退火温度等反应条件,初步建立了同时检测SVA与O型、亚洲I型、A型FMDV的多重RT-PCR方法。利用该方法同时检测SVA及O型、亚洲I型、A型FMDV、猪瘟病毒、猪繁殖与呼吸综合征病毒、猪流行性腹泻病毒、猪伪狂犬病病毒、猪细小病毒、猪圆环病毒2型(PCV2)、PCV3等主要猪源病毒,结果显示该方法仅对SVA及O型、亚洲I型、A型FMDV检测为阳性,其他均为阴性,特异性较强;SVA、O型、亚洲I型、A型FMDV重组质粒标准品10倍倍比稀释后利用本研究建立的多重RT-PCR方法检测,结果显示同一反应体系中,4种重组质粒标准品的检出下限均为2.5×10~2拷贝/μL,敏感性较高;批内、批间重复性试验结果一致,该方法重复性较好。利用本实验建立的方法对2019年采集自广西省的30份临床疑似样品进行检测,结果显示,SVA、O型FMDV的阳性检出率分别为16.67%和63.33%;未检出亚洲I型及A型FMDV;同时采用国家标准《口蹄疫诊断技术》(GB/T18935-2003)中RT-PCR方法以及文献报道的SVA套式RTPCR方法对FMDV、SVA检测,结果与本实验建立的多重RT-PCR方法检测结果的符合率为100%。本研究首次建立的多重RT-PCR检测方法具有特异性强、敏感性高、重复性好的特点,为鉴别检测SVA与O型、亚洲I型、A型FMDV提供了有效的技术方法。     

A型猪塞内卡病毒TaqMan荧光定量PCR方法的建立

本研究针对A型猪塞内卡病毒(Senecavirus A, SVA)基因组保守区域设计了特异性引物及探针,建立了快速检测SVA的Taq Man荧光定量PCR方法。结果显示,以构建的重组质粒为标准品建立的Taq Man荧光定量PCR方法,标准曲线具有良好的线性关系,线性相关系数达0.9974;特异性良好,与口蹄疫病毒、猪流行性腹泻病毒、猪传染性胃肠炎病毒、猪瘟病毒、猪伪狂犬病毒不存在交叉反应;对SVA核酸最低检测下限为3.75 copies/μL,而普通PCR最低检测下限为3.75×103 copies/μL;批内和批间的变异系数为均小于5%,重复性良好。本研究建立的SVA TaqMan荧光定量PCR方法为检测猪水疱性疾病病原提供了一种快速、灵敏的检测方法,为开展SVA流行病学调查提供了技术支持。     

鸡星状病毒、禽肾炎病毒和鸡传染性支气管炎病毒多重PCR检测方法的建立

为有效确定引起鸡痛风的病原，本试验建立了同时检测鸡星状病毒(CAstV)、禽肾炎病毒(ANV)和鸡传染性支气管炎病毒(IBV)的多重PCR方法。针对IBV的N基因、CAstV和ANV的ORF-1b基因分别设计了3对特异性引物，通过优化退火温度等反应条件建立了多重PCR检测方法，并评估了该方法的特异性和敏感性，而后对临床痛风样本进行了检测。结果显示，多重PCR方法对3种病毒扩增产物的大小分别为1 600 bp(IBV)、794 bp(ANV)和350 bp(CAstV);该多重PCR检测禽马立克氏病毒、血清4型禽腺病毒、减蛋综合征病毒和J亚型禽白血病病毒均为阴性；病毒最低检测限IBV为1.96×10~2 copies/μL,ANV为2.10×10~2 copies/μL,CAstV为1.33×10~5copies/μL;多重PCR对临床病料的检测结果与单项PCR的检测结果一致。结果表明，本试验建立的多重PCR检测方法具有较好的特异性、敏感性和可靠性，为临床鸡痛风的诊断提供了准确、有效的技术手段。     

猪塞内卡病毒A、猪水疱病毒和口蹄疫病毒三重荧光定量PCR检测方法的建立与应用

为建立一种鉴别猪塞内卡病毒A(SVA)、猪水疱病毒(SVDV)、口蹄疫病毒(FMDV)的方法，针对3种病毒的基因保守区域设计引物和探针，建立了可同时检测上述3种病毒的TaqMan三重荧光定量PCR方法。该方法仅能特异性扩增SVA和FMDV病毒基因以及SVDV阳性质粒，与猪繁殖与呼吸综合征病毒、经典猪瘟病毒、猪流行性腹泻病毒、猪圆环病毒2型、伪狂犬病病毒的阳性样品cDNA或DNA无交叉反应，对3种病毒核酸的最低检出限均为10 copies/μL,组内和组间变异系数均小于4%。应用该方法对2019-2022年采集的吉林省部分地区267份病料和本实验室留存的30份猪血清样品进行检测，未检出SVA、FMDV以及SVDV。建立的三重荧光PCR方法有利于对3种病毒进行有效的流行病学调查，可给快速准确鉴别致猪水疱症状病毒性疾病提供诊断方法。     

O、A、Asia 1型口蹄疫病毒胶体金定量检测免疫层析方法的建立

旨在建立口蹄疫病毒(foot-and-mouth disease virus, FMDV)抗原血清型的快速分型和定量的检测方法,利用双抗体夹心法,将口蹄疫病毒的兔抗及豚鼠抗体作为标记胶体金与NC膜检测带的原料,分别制备出检测O、A、Asia 1血清型的3种层析试纸卡。通过对标定的抗原标准品146S检测,拟合出定量标准曲线。免疫层析方法的质量验证通过特异性、敏感性、重复性及与蔗糖密度梯度法(sucrose density gradient, SDG)的相关性进行评价。结果显示:建立的快速定量检测方法,3种血清型口蹄疫病毒间无交叉反应,同时与其他非口蹄疫病毒,如塞内卡病毒A型(SVA)、猪水疱病病毒(SVDV)、猪水疱性口炎病毒(VSV)无非特异反应;敏感性研究,对O、A、Asia 1型病毒的最低检出量分别为0.567、0.693、0.219μg·mL^-1,拟合的3条标准曲线的线性相关系数R~2>0.97,新建立方法与蔗糖密度梯度法检测结果的相关系数均>0.9, 3种层析试纸卡的变异系数均小于10%。综上表明,建立的口蹄疫O、A、Asia1型病毒胶体金免疫层析定量检测试纸卡方法,可以用于口蹄疫病毒抗原快速鉴别、血清分型与146S定量检测。     

O型口蹄疫病毒3D基因荧光定量PCR方法的建立及应用

为建立快速检测抗FMDV转基因猪中O型口蹄疫病毒(foot-and-mouth disease virus,FMDV)的荧光定量PCR方法,本试验选择FMDV结构蛋白基因 3D的核苷酸序列设计特异性引物,经过RNA抽提、反转录成cDNA、PCR扩增,扩增出了大小为180 bp的基因片段.将回收的目的片段与pMD18-T克隆载体连接,转化大肠杆菌DH5α感受态细胞.提取的质粒经PCR、酶切和测序鉴定,证实为FMDV的阳性重组质粒.将验证正确的重组质粒10倍梯度稀释后作模板,进行荧光定量PCR试验,建立FMDV 3D基因的标准曲线及其回归方程,并确定扩增的最佳退火温度.试验结果显示标准曲线的回归方程为Y=-3.727X+32.04,回归系数R²=0.980,熔解曲线为单一峰.建立的荧光定量PCR方法的灵敏度为1.2×10¹ 拷贝/μL,只与FMDV反应.结果表明,建立的荧光定量PCR方法具有特异性强、灵敏度高等特点,为检测FMDV在动物组织细胞中的含量提供了技术方法.     

应用荧光RT-PCR检测亚欧型口蹄疫病毒

根据口蹄疫病毒基因组的5’非翻译区序列比较保守的特点,采用软件设计亚欧型(A、O、C及Asia-1型)FMDV通用的引物和探针,经对反应条件和反应体系进行优化,建立了亚欧型FMDV的实时荧光RT-PCR检测方法。研究表明,该方法检测阳性质粒模板的线性范围为1.9×107-1.9×10拷贝,最低可检测19个拷贝。通过对FMDV各血清型(A、O、C、Asia-1及SAT-1,2,3型)的检测,证实该方法对亚欧型FMDV具有良好的特异性,能有效区分亚欧型和南非型FMDV感染。本研究为亚欧型口蹄疫的快速诊断和流行病学调查提供了新的方法。     

非洲猪瘟病毒多基因家族成员MGF360-12L RPA检测方法的建立

为建立一种简便、快速的针对非洲猪瘟病毒(ASFV)多基因家族成员MGF360-12L的分子检测方法,基于MGF360-12L基因序列,设计并合成引物,建立重组酶聚合酶扩增(RPA)等温检测方法。结果表明,于35℃恒温反应30 min,即可实现对目的片段的稳定扩增;以含有MGF360-12L基因的重组质粒为模板,RPA反应的检测限达到10~3个拷贝,同普通PCR方法检测限一致;此外,该RPA方法仅特异性扩增非洲猪瘟病毒MGF360-12L基因,对PEDV、FMDV、CSFV、PRRSV、PRV 和 PCV-2基因组cDNA或DNA没有扩增。本研究建立的RPA方法操作简单、反应快速、检测成本低,能够为ASFV相关基因缺失毒株的鉴别诊断提供一定技术支持。     

嵌合口蹄疫病毒抗原表位的重组塞内卡病毒A的构建及其鉴定

塞内卡病毒A（SVA）与口蹄疫病毒（FMDV）引起猪的临床症状难以区分,并且以SVA作为载体插入FMDV抗原表位外源基因的研究,目前还没有报道。为了构建一种嵌合FMDV抗原表位的重组SVA毒株并进行鉴定,本研究利用基因克隆技术将O型FMDV的B细胞表位与白蛋白信号肽（human albumin signal peptide,HAS）基因串联插入到SVA基因组中,成功构建了重组质粒,转染细胞后拯救出重组病毒rSVA-HAS-OB。结果显示：RT-PCR扩增与基因测序结果表明目的基因正确插入;细胞间接免疫荧光和Western blot鉴定了嵌合抗原蛋白的有效表达;遗传稳定性分析表明重组病毒在25代次的传代过程中仍稳定存在B细胞表位;病毒蚀斑表型和一步生长曲线结果表明,重组病毒与亲本毒株具有相似的增殖特性。本研究成功构建并拯救出能够表达FMDV抗原表位的重组SVA毒株,为以SVA为基础的嵌合病毒及疫苗的研究提供了理论和实验基础。     

PK-15细胞的TPL2基因敲除有利于口蹄疫病毒和塞内卡病毒复制

旨在构建TPL2（MAP3K8/COT）基因敲除PK-15细胞系PK-15-TPL2^-/-,评估该基因敲除前后对口蹄疫病毒（FMDV）和塞内卡病毒（SVA）复制的影响及产生影响的原因,为研究TPL2在病毒感染过程中的作用机制提供良好的生物材料,也为疫苗生产过程中进一步提升FMDV和SVA产量指明方向。筛选2条针对TPL2基因的单向导RNA（sg RNA）,合成sg RNA并将其插入到含有GFP标签的慢病毒表达载体,构建sg RNA/Cas9慢病毒表达质粒,包装慢病毒并感染PK-15细胞,通过流式细胞仪分选出已被转入sg RNA的单细胞。通过测序确认细胞系中TPL2的DNA序列,通过蛋白质印迹（Western blot）方法检测细胞系中TPL2表达情况。使用FMDV和SVA感染构建好的细胞系,利用IFA、RT-qPCR、Western blot和TCID₅₀评估FMDV和SVA在PK-15-TPL2^-/-细胞中的复制水平,在此基础上通过测定干扰素（IFN）和IFN刺激基因（ISG）的mRNA表达水平,研究了FMDV或SVA感染的PK-15-TPL2^-/-细胞中干扰素途径的激活状态。TPL2基因敲除PK-15细胞系中TPL2基因发生了碱基插入突变和碱基缺失突变,构建的细胞系中均未检测到TPL2蛋白质表达。测定并比较了FMDV和SVA感染的PK-15和PK-15-TPL2^-/-细胞中病毒含量,表明TPL2基因敲除显著促进了FMDV和SVA的复制。同时,RT-qPCR进一步表明与FMDV和SVA感染期间的PK-15细胞相比,PK-15-TPL2^-/-细胞中IFN-α、IFN-β、IFN-γ、ISG15、ISG54和ISG56的mRNA表达明显降低。综上所述,本研究成功构建了TPL2基因敲除的PK-15细胞系,与对照细胞相比,TPL2基因的敲除更利于FMDV和SVA的复制,这可能与IFN-α、IFN-β、IFN-γ、ISG15、ISG54和ISG56表达的抑制有关。本研究提示CRISPR/Cas9基因编辑技术可以作为在动物和疫苗开发过程中编辑细胞系以提高病毒产量的有效工具,本结果为进一步提升FMDV和SVA产量指明了方向,也为研究TPL2在病毒感染过程中的作用机制提供了良好的生物材料。     

A型塞内卡病毒VP1蛋白的原核表达及其多克隆抗体的制备

A型塞内卡病毒(SVA)是一种新发传染病病原.研究旨在对SVA的衣壳蛋白VP1进行原核表达,并制备其多克隆抗体.以SVA广西分离株SVA-GX01(GenBank登录号:MK039162)RNA为模版,通过RT-PCR扩增结构蛋白VP1基因,构建重组质粒pET-32a-VP1并转化表达菌株大肠杆菌BL21(DE3)进行...     

猪细小病毒2型、3型、6型多重PCR检测方法的建立及初步应用

为建立同时快速检测猪细小病毒2型(PPV2)、猪细小病毒3型(PPV3)、猪细小病毒6型(PPV6)的方法,本研究根据PPV2、PPV3、PPV6各自的NS基因序列设计3对特异性引物,建立了一种能同时检测上述病原的多重PCR方法。结果显示,建立的多重PCR方法对PPV2、PPV3、PPV6的基因组DNA均能有效扩增,对猪圆环病毒2型(PCV2)、猪流行性腹泻病毒(PEDV)、猪繁殖与呼吸综合症病毒(PRRSV)、猪伪狂犬病毒(PRV)、副猪嗜血杆菌(HPS)、猪胸膜肺炎放线杆菌(APP)、日本乙型脑炎病毒(JEV)的核酸均无特异性扩增,特异性较强;对PPV2、PPV3、PPV6的重组质粒最低检测限分别为4.32×10^3拷贝/μL、9.62×10^3拷贝/μL、4.25×10^3拷贝/μL,与其他研究者已建立的单一PCR检测结果一致,敏感性较高。利用本研究建立的多重PCR方法对25份可疑临床样品检测,同时利用文献报道的单一PCR方法检测,二者结果一致。本研究建立的多重PCR方法为检测PPV,及该病的流行病学调查提供了技术支持。     

水疱性口炎病毒RT-LAMP快速检测方法的研究

根据逆转录环介导等温扩增(RT-LAMP)原理,针对水疱性口炎病毒(VSV)糖蛋白G基因序列中的6个区域设计内外各1对特异引物,建立扩增VSV糖蛋白(G)基因的RT-LAMP方法。扩增产物电泳呈特异的阶梯状条带分布,扩增产物加SYBR GREEN I染色呈特征性的黄绿色,肉眼可直接观察判定。同时,还建立了可以进行定量检测的实时RT-LAMP方法。特异性试验显示,本方法可快速检验鉴别VSV与口蹄疫病毒(FMDV)和猪水泡病病毒(SVDV)。敏感性试验显示,建立的实时RT-LAMP方法检测VSVRNA的最低检测量为0.01 PFU,比实时荧光RT-PCR显著提高。建立的LAMP方法可检测p-VSVNJ质粒DNA的最低量为6.36×10-3pg/μL(1.4×103copies/μL),比PCR也显著提高。综合表明,本研究建立RT-LAMP检测VSV的方法具有特异、敏感、快速、简便的特点,具有开发应用前景。