中华鳖培育新品种群体遗传多样性的比较研究

中华鳖日本品系和清溪乌鳖是我国培育的中华鳖类水产动物新品种,品系间亲缘关系及其与国内常见的太湖群体、台湾群体的亲缘关系如何,是决定该新品种进一步选育和开展杂交育种的关键,因此本研究采用RAPD技术对上述4个群体的多态性进行分析.结果表明:在4个种群内共检测出110个RAPD多态位点,不同中华鳖种群内的遗传相似度由高到低...     

松鼠12S rRNA基因的克隆及序列分析

为探讨松鼠的系统发育关系,对东北松鼠的12S rRNA基因进行了克隆测序,序列长度为453 bp。分析表明,东北松鼠的12S rRNA基因与欧亚红松鼠的同源性为99%,与日本松鼠的同源性为98%,与日本小鼯鼠的同源性为91%,与西伯利亚花栗鼠的同源性为88%。     

钦州湾牡蛎线粒体16 S rRNA基因片段核苷酸序列分析

对69个钦州湾牡蛎个体的线粒体DNA16S rRNA进行PCR扩增,纯化后的PCR产物测序分析,研究16S rRNA基因在白肉牡蛎和红肉牡蛎2个群体中的遗传多样性,通过DNAman比对序列并构建系统进化树。结果得到2个群体的序列长度均为434bp,共检测到16个核苷酸突变位点,包括8个转换位点和8个颠换位点。与GenBank序列比对发现,白肉牡蛎和香港牡蛎的序列基本相同,系统进化树中显示白肉牡蛎与香港牡蛎聚为一支,红肉牡蛎与有明巨牡蛎聚为一支。证实了白肉牡蛎和红肉牡蛎是2个不同的种,它们有各自的遗传多样性,该研究为牡蛎的遗传育种提供科学依据。     

蝇蛆蛋白粉在中华鳖日本品系饲料中应用效果初探

本试验利用无菌蝇蛆蛋白粉作为中华鳖日本品系(Pelodiscus sinensis Japanese strain)饲料蛋白源,替代常规饲料中50%的鱼粉,通过9个月温室养殖试验,对比研究两种饲料对中华鳖日本品系生长性能、体组成及肉品质质量安全的影响。结果表明,饲料中50%鱼粉被蝇蛆蛋白粉替代后,存活率有所提高(P>0.05),但生长速度显著下降(P<0.05)。饲料中添加蝇蛆蛋白粉不会对试验鳖肌肉营养组成造成影响,试验鳖食品质量安全也符合水产品质量安全标准。由此可见,蝇蛆蛋白粉在中华鳖日本品系饲料中具有一定的应用潜力,但其最适添加量需进一步研究确定。     

家养山鸡线粒体基因组全序列测定及其结构分析

采用PCR方法测定家养山鸡线粒体基因组全序列并进行数据分析。结果显示,家养山鸡线粒体基因组序列全长16 694 bp,共有13个蛋白质编码基因、2个rRNA基因、22个tRNA基因和1个D-Loop区。基因组的组成、顺序、编码链的选择、tRNA的结构都与绝大多数鸟类相同或相近。家养山鸡线粒体基因组碱基组成分别为A 30.62%、T 25.27%、C 30.87%、G 13.24%,总(A+T)含量为55.89%。除COⅠ基因的起始密码子是GTG,其余12个蛋白质编码基因的起始密码子都是ATG。tRNA基因核苷酸长度为65~78 nt,12 S rRNA和16 S rRNA基因分别为966 nt和1 621 nt。     

武定乌骨鸡MC1R基因多态性与黑色素沉积的关联研究

旨在探究武定鸡乌骨品系和非乌骨品系黑素皮质素受体1(MC1R)基因多态性与黑色素沉积的相关性，以期为后期利用分子遗传学技术选育乌度更深的武定鸡提供理论参考。试验通过测定300日龄武定鸡乌骨品系和非乌骨品系的血浆真黑色素、褐黑色素和碱溶性黑色素含量，分析了MC1R基因外显子的多态位点(SNPs)与黑色素的关系，并检测组织中MC1R基因表达差异。结果发现：武定鸡乌骨品系血浆中3种黑色素指标均高于非乌骨品系。在MC1R外显子区域检测到4个突变位点(T133C、T244C、G460A和C833A),除武定鸡非乌骨品系C833A位点偏离Hardy-Weinberg平衡以外，其余位点均未偏离；武定鸡非乌骨品系G460A位点呈低度多态，其余突变位点均呈中度多态，其中T244C位点CC基因型和G460A位点AA基因型的真黑色素和碱溶性黑色素含量均高于其他基因型，属于优势基因型。此外，武定鸡乌骨品系各组织中MC1R基因表达量均显著高于非乌骨品系，且各组织间的表达趋势为皮肤>肾脏>肝脏>心脏>肌胃>脾脏>腿肌>胸肌。本试验结果表明，MC1R基因T244C位点和G4...     

鸡MHC基因B-G区域的生物信息学分析

根据鸡主要组织相容性复合体（MHC）基因B-G区域外显子2的序列设计引物,采用直接测序的方法对该区域（207bp）进行序列测定,并对所获得核苷酸序列进行生物信息学分析。结果显示：该片段中碱基T、C、A、G的平均含量分别为22.0%、19.8%、24.8%、33.4%,C＋G含量为53.2%,T＋A含量为46.8%,C＋G含量高于T＋A含量;同时检测到27个核苷酸变异位点,导致14个氨基酸位点的变异;16条序列进行单倍型构建获得16种单倍型,单倍型多样度达到了高的多样水平。试验结果表明,鸡MHC-B-F基因外显子2的序列表现出了高度的多态性,而且其序列的多态性更多地表现在氨基酸水平上。     

猪鼻支原体的分子鉴定及进化分析

本研究对青藏高原地区青海猪鼻支原体分离株(Mhr-QH1)进行了Mhr-p37基因的克隆鉴定及测序分析,并利用Mhr-16S rRNA基因与Gen Bank中相关菌株基因进行了基因同源性比较和遗传进化分析。Mhr-p37基因和16S基因PCR扩增测序结果显示,获得核苷酸序列长度分别为346bp和1500bp,Mhr-QH1-p37基因核苷酸序列与中国株、法国株和美国株的同源性达到100%;同样16S rRNA基因与巴西分离株的16S rRNA基因同源性也为100%,与日本、瑞典和美国分离株的同源性为99%。进化树分析发现:Mhr-QH1分离株与巴西株聚为组成一个微小分支,与美国株和巴西株共聚为同一个大支上,并与其他Mycoplasma spp.种系进化距离较远。因此,本研究对青海猪鼻支原体菌株的Mhr-p37基因序列和蛋白氨基酸序列分析,及16S rRNA基因系统进化研究的结果,有望为我国猪鼻支原体病的分子流行病学调查提供一定的数据参考,同时提示猪场搞好饲养管理是预防本病的关键。     

南江黄羊群体遗传结构分析

测定了南江黄羊4个品系(类群)14个个体进行的mtDNA控制区全序列,序列分析表明南江黄羊线粒体DNA控制区全序列长度为1,212 bp或1,213 bp,A+T含量明显高于G+C含量.其中54个核苷酸位点存在变异(约占4.5%),核苷酸多样度为1.46%±0.14%,这些差异共定义了10种单倍型,单倍型多样性为0.956±0.038.表明南江黄羊群体的遗传变异较丰富,品系(类群)间都存在不同程度的遗传分化.     

饲料中添加抗菌肽对温室养殖日本品系中华鳖幼鳖生长性能的影响

采用单因素饲养试验,在基础饲料中添加抗菌肽0(对照组)、400 mg/kg饲料配制成2种中华鳖幼鳖配合饲料,分别饲喂平均体质量为(58.394±6.525)g的日本品系中华鳖(Pelodiscus sinensis)幼鳖60 d,以探讨饲料中添加抗菌肽对温室养殖中华鳖幼鳖生长性能的影响。结果表明,抗菌肽组和对照组的幼鳖成活率分别为99.52%和99.20%;饲料系数分别为1.20和1.29,饲料系数降低了6.98%,两组之间差异显著(P0.05);抗菌肽组和对照组的幼鳖个体平均体质量增加分别为49.49 g和42.69 g,两组间的差异不显著(P0.05),抗菌肽组和对照组的中华鳖幼鳖增重率分别为92.87%和67.63%,两组间的差异显著(P0.05)。由此可见,饲料中添加400 mg/kg抗菌肽可以在一定程度上改善温室养殖中华鳖的生长性能,降低饲料系数。     

Gene and haplotype polymorphisms of the Prion gene (PRNP) in Japanese Brown, Japanese native and Holstein cattle

Polymorphisms in the prion protein gene ( PRNP ) are known to be associated with transmissible spongiform encephalopathies in human, sheep and goats. There is tentative association between PRNP promoter polymorphism and bovine spongiform encephalopathy (BSE) susceptibility in cattle. In this study, we genotyped for six bovine PRNP polymorphic sites including a 23-bp indel in the promoter, a 12-bp indel in the intron 1, two nonsynonymous single nucleotide polymorphisms (SNPs), octapeptide repeats in the coding region and a 14-bp indel in the 3'-untranslated region in 178 animals representing Japanese Brown, Kuchinoshima feral, Mishima, Japanese Shorthorn and Holstein. In 64 Japanese Brown cattle, three indel sites were polymorphic. All of the six sites were monomorphic in Kuchinoshima. The 23-bp and 12-bp indel sites were polymorphic in Mishima cattle. The 23-bp and 14-bp indel sites were polymorphic in Japanese Shorthorn cattle. Both SNP sites were monomorphic in all cattle examined in this study. At the 23-bp indel site, the genotype frequencies of Japanese Brown and Holstein breeds were similar to that of BSE affected cattle. We estimated 12 different haplotypes from these genotypic data. A '23-12-K6S14+' haplotype was the major haplotype in all populations, whose frequencies ranged from 0.50 to 1.00.     

基于线粒体控制区的鸡不同杂交组合遗传多样性研究

旨在探讨鸡不同杂交组合线粒体控制区（mtDNA D-loop区）的遗传多样性和单倍型特性。选取固始鸡和隐性白羽鸡及其正、反交F1代、藏鸡以及F2代等6个群体共387个个体的mtDNA D-loop区进行测序,分析其遗传规律和单倍型特性,并与不同红色原鸡亚种进行聚类,分析其母系起源。结果显示,6个群体D-loop区全序列大小为1 231 bp,共检测到28个多态位点和1个C碱基缺失,共构成19种单倍型,分为A、B、C和E 4个单倍型群,其中,固始鸡和反交F1代主要为A、C单倍型,固始鸡A、C单倍型比例分别为53.42%和46.58%,反交F1代A、C单倍型比例分别为50.75%和49.25%;隐性白羽鸡、正交F1代和F2代优势单倍型均为E单倍型,占比分别为48.89%、48.84%和50.00%。6个鸡群体单倍型多样度（Hd）在0.496~0.729之间,核苷酸多样度（Pi）在0.003 40~0.005 41之间,Hd值和Pi值最大的均为正交F1代,其次为隐性白羽鸡和F2代,固始鸡和反交F1代群体遗传多样性接近。聚类分析显示,A、B单倍型群与滇南亚种交叉聚为一枝;E单倍型群与印度亚种交叉聚为一枝;C单倍型群与印度亚种、指名亚种、印尼亚种以及滇南亚种聚为一枝。结果提示,mtDNA D-loop区遵循严格的母系遗传,后代的遗传多样性和单倍型比例与其母本基本一致;我国家鸡群体具有多个红色原鸡母系起源,且主要起源于原鸡滇南亚种。     

不同类型肉鸡线粒体单倍型与遗传起源研究

旨在探讨鸡线粒体D-loop区单倍型特性以及与生长速度的相关性,并分析其遗传起源。选取不同类型肉鸡品种（配套系）6个,测定其生产性能,并对6个群体共计314个个体线粒体D-loop区全长进行测序,分析其单倍型特性;同时与不同红色原鸡亚种进行聚类,分析其母系起源。结果显示,6个群体D-loop区全序列共检测到37个突变位点,构成40种单倍型,分为A、B、C和E 4个单倍型群,其中AA肉鸡、罗斯308、禽雁麻鸡和裕禾1号肉鸡主要为E单倍型,占比分别为85.92%、50.00%、100.00%和70.21%;园丰麻鸡2号和港丰瑶黑麻鸡E单倍型占比相对较低,分别为15.00%和22.39%,园丰麻鸡2号B单倍型含量最高,占比66.67%,港丰瑶黑麻鸡C单倍型含量最高,占比40.30%。相关性分析显示,初生重与E单倍型比例之间呈极显著正相关（P<0.01）,与A、B和C单倍型比例之间均呈负相关;E单倍型比例与公母平均体重约1.8 kg时日龄之间呈显著负相关（P<0.05）,而与公母平均体重约1.8 kg时饲料转化比之间呈极显著负相关（P<0.01）。聚类分析显示,A、B单倍型所有个体均与原鸡滇南亚种聚为一枝;E单倍型所有个体均与原鸡印度亚种聚为一枝;C单倍型所有个体与原鸡印度亚种、滇南亚种、指名亚种以及印尼亚种交叉聚为一类。结果提示,线粒体单倍型与肉鸡生长速度之间相关显著,E单倍型与肉鸡生长速度具有较强的正相关;我国家鸡群体母系起源丰富,但主要起源于原鸡滇南亚种。     

深县猪mtDNA CytB基因的遗传多样性与母系起源研究

为探讨深县猪群体内的遗传多样性及母系起源分化,采用PCR直接测序法测定了40头深县猪的mtDNA CytB基因长1 140 bp片段的全序列,并结合GenBank已公布的15个猪种mtDNA CytB基因全序列,采用邻接法构建深县猪、部分其他地方猪种和引进猪种的系统发育树。结果显示,在1 140 bp长的序列中A、T、G、C的含量分别为25.93%、31.72%、28.90%及13.45%,其中A+T的含量(57.65%)高于G+C的含量(42.35%);共发现2个变异位点,无插入和缺失突变,全部为转换位点,其中简约信息位点2个,未发现单一信息位点。40条序列共定义了3种单倍型,单倍型多样性(HD)为0.312,核苷酸多样性(Pi)为0.00026,平均核苷酸差异数(K)为0.327。在深县猪mtDNA CytB基因全序列NJ进化树中,三种单倍型聚为同一分支,母系来源单一,与莱芜猪、大蒲莲猪等山东品种遗传距离较近。结果表明,深县猪群体内遗传多样性比较贫乏,与山东地区的华北型黑猪种群有更近的亲缘关系。     

新疆巴州牦牛种群线粒体DNA遗传多样性及其系统发育分析

研究测定新疆巴州牦牛种群线粒体DNA细胞色素b基因全长序列,在此基础上构建系统发育树,分析种群的遗传现状.结果表明,在17头巴州牦牛个体中检测到4种Cyt b基因单倍型,单倍型多样性为0.331,核苷酸多样性为0.00102;系统发育关系显示,巴州牦牛Cyt b基因单倍型明显有两个分支,一支与家牦牛单倍型聚在一起,另一支与新疆野牦牛单倍型聚在一起,表明巴州牦牛可能有2个母系起源.     

唐古拉山牦牛群体的母系遗传多样性及遗传结构分析

[目的]从分子水平上探究青海省唐古拉山牦牛群体的母系遗传多样性、群体遗传结构及其遗传背景。[方法] 对52头唐古拉山牦牛个体mtDNA D-loop区序列进行测定后,使用生物信息学软件分析确定其核苷酸变异位点和单倍型数目,计算单倍型多样度和核苷酸多样度大小,并进行系统发育分析。[结果] 在619 bp唐古拉山牦牛D-loop区序列分析中,排除2处插入（缺失）后共检测到31处多态位点,包括单一多态位点5处和简约信息位点26处。根据序列间核苷酸变异共确定了13种单倍型,单倍型多样度和核苷酸多样度分别为0.821±0.043和0.007±0.004。与我国其他18个家牦牛品种和野牦牛相比,唐古拉山牦牛群体单倍型多样度和核苷酸多样度值均较低,表明该群体遗传变异较为贫乏,母系遗传多样性水平较低。以美洲野牛为外群,邻接法（即NJ法）构建的系统发育树结果显示：唐古拉山牦牛群体13种单倍型分布在A、B、C、D和E五种单倍型组中,且聚为2个大的母系分支（即I和II）,支系Ⅰ占比为77%,提示唐古拉山牦牛由2个母系支系组成,拥有2个母系起源且以支系Ⅰ为主。 [结论] 唐古拉山牦牛母系遗传多样性水平较低,由2个母系支系组成,以支系Ⅰ为主,推测其有2个母系起源。     

Polymorphism of FSHR Gene Exon 10 and Its Relationship with the Litter Size of Xiang Pigs

Follicle-stimulating hormone (FSH), a glycoprotein secreted from pituitary, can regulate ovarian function through the FSH receptor (FSHR).To evaluate the effects of FSHR gene on the litter size of Xiang pig population, the polymorphisms of FSHR gene exon 10 were detected by polymerase chain reaction (PCR) and sequencing methods, and the effect of polymorphisms in FSHR gene exon 10 on litter size traits in Xiang pigs was analyzed using the least square analysis.In eight candidate sites, there were two polymorphic loci were detected out from Xiang pig population, which were rs322800083 (C276T) and rs332115220 (T601C). Moreover, a new SNP novel 1 (G-92A) was discovered.Four haplotypes were constructed between rs322800083 and rs332115220 sites, in which C-T was the main haplotype (45.0%) and presented closely linkage disequilibrium (r²=0.334) in Xiang pig population. Furthermore, the haplotype C-T corresponded to the highest total number born (TNB) at the second fetus of Xiang pigs, haplotype C-C to the lowest TNB. It was notified that haplotype C-T produced 0.99 TNB of Xiang pigs more than haplotype C-C (P<0.05). And the TNB at the third fetus was also the highest in haplotype C-T, which produced 1.61 and 2.33 TNB more than haplotypes T-C and C-C (P<0.01). The genotypes of locus rs332115220 was weakly correlated with the third fetus of Xiang pig population (ρ=0.429).The results suggested that haplotype C-T could be used as a molecular marker to assist selection for the litter size of Xiang pigs.     

香猪FSHR基因外显子10的多态性及其与产仔数间的关联分析

促卵泡激素（follicle-stimulating hormone,FSH）是垂体前叶分泌的一种糖蛋白,可通过卵泡刺激素受体（follicle-stimulating hormone receptor,FSHR）调节卵巢的功能。为了研究香猪FSHR基因外显子10的多态性及其与产仔数的关系,试验以从江香猪为研究对象,采用PCR产物直接测序方法检测基因的多态性,分析基因型与香猪产仔数间的关系。对8个候选位点进行群体检测证实其中2个为SNPs位点,分别是rs322800083（C276T）和rs332115220（T601C）,且新发现1个SNP位点novel 1（G-92A）;rs322800083和rs332115220位点构成4种单倍型,其中C-T为香猪群体的主要单倍型（45.0%）,且在香猪群体中紧密连锁（r²=0.334）。分析4种单倍型与香猪产仔数间的关系,在香猪的二胎产仔数中,单倍型C-T的总产仔数（total number born,TNB）最高,单倍型C-C的TNB最低,两者之间的TNB相差0.99头（P<0.05）;在香猪的三胎产仔数中,单倍型C-T的TNB最高,与单倍型T-C、C-C间的TNB分别相差1.61和2.33头（P<0.01）。rs332115220位点的基因型与香猪的三胎产仔数呈弱的正相关关系（ρ=0.429）。本研究结果提示,单倍型C-T可以作为分子标记应用于香猪产仔数性状的辅助选育。     

Molecular detection of feline hemoplasmas in feral cats in Korea

The purpose of this study was to determine if Mycoplasma haemofelis, 'Candidatus Mycoplasma haemominutum' exist in Korea. Three hundreds and thirty one feral cats were evaluated by using PCR assay targeting 16S rRNA gene sequence. Fourteen cats (4.2%) were positive for M. haemofelis, 34 cats (10.3%) were positive for 'Candidatus M. haemominutum' and 18 cats (5.4%) were positive for both species. Partial 16S rRNA gene sequences were closely (>98%) related to those from other countries. This is the first molecular detection of feline hemoplasmas in Korea.     

利用Y染色体SRY基因分析马鹿的父系起源和遗传多样性

试验旨在从分子水平上研究中国马鹿的父系起源结构和遗传多样性水平,判断各种群间的系统发育关系和亲缘关系远近。通过DNA提取、PCR扩增和直接测序的方法,对天山马鹿、阿尔泰马鹿、塔河马鹿、东北马鹿等11个群体共159头马鹿的SRY基因序列进行了检测和分析,计算碱基组成、核苷酸多样性（Pi）、单倍型多样性（Hd）以评估遗传多样性,构建单倍型网络图;以白唇鹿为外群,用邻接法（NJ）和最大似然法（ML）构建系统进化树,探讨马鹿的聚类及遗传多样性。结果显示,所获序列长度为1 615 bp,在基因中共鉴定出18个SNPs多态性位点,占核苷酸总数的1.11%,根据多态性位点鉴定出14个单倍型,优势单倍型为Hap-1,所占频率35.84%,为天山马鹿、阿尔泰马鹿、阿拉善马鹿、塔河马鹿、东北马鹿、甘肃马鹿、北美马鹿和高产鹿王种群的共有单倍型。其中,阿拉善马鹿、塔河马鹿、甘肃马鹿、川藏马鹿、北美马鹿和高产鹿王均具有独有单倍型。单倍型多样性介于0~0.857,核苷酸多样性介于0~0.00272,各亚种间遗传距离最大的是塔河马鹿与西藏马鹿（0.002406）,最小的是阿拉善马鹿与青海马鹿（0.000124）。基于邻接法和最大似然法构建的系统进化树一致,显示11个野生马鹿种群间共存在3个分支,支系S1包含全部马鹿种群,塔河马鹿、甘肃马鹿、北美马鹿和高产鹿王构成支系S2,北美马鹿构成支系S3,单倍型最小网络图与系统进化树一致。表明各马鹿种群之间的遗传多样性存在差异,塔河马鹿、高产鹿王和甘肃马鹿分别存在2个父系类型,北美马鹿存在3个父系类型,其他马鹿种群只存在1个父系类型,Hap-1在单倍型组S1中处于核心位置,其他单倍型分散分布于其周围,推测Hap-1为马鹿种群中较为原始的单倍型。