基于线粒体DNA D-loop区的肉鸡品种遗传多样性和起源分析

【目的】探讨不同生长速度鸡品种（配套系）线粒体DNA D-loop区全序列遗传多样性和起源特性,为肉鸡品种选育和溯源提供理论依据。【方法】以不同生长速度的8个黄羽肉鸡配套系（中快速型5个、慢速型3个）、2个地方鸡种（固始鸡、藏鸡）、2个引进鸡种（隐性白羽鸡、安卡鸡）、1个白羽肉鸡（罗斯308）、817杂交肉鸡以及1个高产蛋鸡配套系（大午褐壳蛋鸡）共计15个鸡种为研究对象,采集血液提取DNA后进行PCR扩增,对15个鸡种共683个个体mtDNA D-loop区全序列进行测序,使用DnaSP 5.10软件分析各个鸡种遗传多样性和单倍型特点,使用MEGA 4.0软件计算种间遗传距离,构建不同单倍型与红色原鸡之间NJ系统发育树,分析起源和亲缘关系。【结果】15个鸡种线粒体D-loop区全序列大小为1 231—1 232bp,序列长度为1 231 bp的个体在859 bp处存在C碱基缺失。683个个体共检测到45个变异位点,组合为53个单倍型,可以分为A、B、C和E共4个单倍型群,其中中快速型肉鸡、817杂交肉鸡以及高产蛋鸡均是E单倍型为优势单倍型（≥48.89%）;慢速型黄羽肉鸡中鸿光黑鸡优势单倍型为B单倍型,京海黄鸡优势单倍型为A单倍型,雪山鸡4种单倍型相对均衡,3个慢速型黄羽肉鸡配套系E单倍型比例≤38.46%;地方鸡种中固始鸡的单倍型为A和C型,藏鸡的单倍型为A和B型。15个鸡种单倍型多样度（Hd）分布在0.496—0.853,核苷酸多样度（Pi）分布在0.00146—0.00673,遗传多样性相对丰富的品种（配套系）是新兴矮脚黄鸡、雪山鸡、京海黄鸡和罗斯308;遗传多样性程度相对较低的品种（配套系）是藏鸡、高产蛋鸡、安卡鸡、新兴麻鸡4号和墟岗黄鸡1号。15个鸡种Kiumura双参数距离范围为0.0016—0.0113,其中罗斯308种内遗传距离最大,而817杂交肉鸡和高产蛋鸡的种内遗传距离最小;种间遗传距离最大为高产蛋鸡与藏鸡之间,最小为高产蛋鸡与817杂交肉鸡之间;中快速型黄羽肉鸡配套系相互之间遗传距离相对较小,而与慢速型黄羽肉鸡配套系以及地方鸡种之间遗传距离相对较大;京海黄鸡和鸿光黑鸡均是与藏鸡遗传距离最小。聚类分析显示,A、B单倍型群与红色原鸡滇南亚种交叉聚为一枝;E单倍型与红色原鸡印度亚种交叉聚为一枝;C单倍型群与红色原鸡印度亚种、滇南亚种、指名亚种以及印尼亚种交叉聚为一枝。【结论】不同生长速度鸡种之间线粒体D-loop区遗传多样性程度差异较大;E单倍型与肉鸡生长速度具有较强的相关性,中快速型群体均以E单倍型为优势单倍型,而慢速型群体E单倍型比例均低于40%;我国家鸡群体具有多个红色原鸡母系起源,显示其在中性选择下被驯化。研究结果为肉鸡品种选育和溯源以及资源化开发利用提供了理论依据。     

煮制时间对鸡蛋质构特性的影响及相关性分析

为了研究不同煮制时间鸡蛋质构品质的变化规律及其相关性,选取当天产鸡蛋120枚,随机分成4组,每组30枚,分别于煮蛋器中煮制5、10、15、20 min,通过测定鸡蛋的质构参数及蛋品质,探究不同煮制时间对鸡蛋质构及品质的影响.结果表明,煮制前10 min的硬度显著低于煮制15、20 min(P<0.05),鸡蛋煮制5 min的黏附性、弹性、胶黏性和咀嚼性均显著低于煮制10、15、20 min(P<0.05);5 min时煮制损失率显著低于煮制10、15、20 min(P<0.05),煮制20 min时的鸡蛋水分含量显著低于煮制5、10 min(P<0.05)的水分含量.水分含量与硬度、黏附性、弹性和咀嚼性均呈显著性负相关(P<0.05),与内聚性和胶黏性呈负相关(P<0.05).随着煮制时间的延长,鸡蛋的水分含量下降,硬度、黏附性、弹性和咀嚼性逐渐升高后趋于平稳,煮制10 min可使鸡蛋充分变性凝固.     

文昌鸡线粒体控制区遗传多态性及系统进化分析

通过对文昌鸡线粒体基因纽(mitochondrial genome,mtDNA)D-loop区全序列的测序和比对,并结合GenBank已经测出D-loop区全序列的红色原鸡的序列,探讨了文昌鸡的遗传多样性和母系起源。结果发现,文昌鸡mtDNAD-loop区全长1231~1232bp,核苷酸多样性(Pi)为0.09757,单倍型多样性(Hd)为0.874。在30只个体中,共发现20处单核苷酸多态位点,10种单倍型。系统发育分析发现,10种单倍型可以分为B、C和E 3个分支。B分支与红色原鸡滇南亚种(Gallus gallus spadiceus)聚为一类,推测这两个分支可能起源于云南、缅甸附近地区的红色原鸡滇南亚种。E分支与红色原鸡(Gallusgallus murghi)聚为一类,推测可能起源于红色原鸡的印度亚种分支。C分支与4个原鸡亚种聚为一类,可能有多个母系起源。本研究从分子水平上为文昌鸡的遗传资源保护和开发利用提供了参考。     

冷藏与反复冻融条件下黄羽肉鸡肌肉游离氨基酸含量的变化

为探讨冷藏与反复冻融条件下黄羽肉鸡肌肉游离氨基酸含量的变化,以80日龄黄羽肉鸡为试验对象,将其分为4℃冷藏及-20℃冷冻24h、4℃复融24h为一循环的反复冻融2个组,连续7d或7个循环取其胸肌,检测16种游离氨基酸含量。结果表明:两组中游离氨基酸总量及呈味氨基酸、必需氨基酸、赖氨酸、天冬氨酸和谷氨酸含量均表现出先增加后降低的趋势,但冷鲜组增加量明显高于反复冻融组;而必需氨基酸和赖氨酸占总氨基酸比例在两组中均显著降低,但冷鲜组变化更加缓和有序。这一研究提示,冷藏温度的恒定有利于提高黄羽肉鸡的滋味物质,同时为冷藏或反复冻融条件下最佳食用期限的确定提供了理论依据。     

基于线粒体标记的淮南麻黄鸡遗传结构及其遗传多样性分析

通过探究淮南麻黄鸡的遗传多样性和遗传结构,为淮南麻黄鸡的种质资源保护和开发利用提供遗传背景资料。对淮南麻黄鸡线粒体基因组(mitochondrial genome,mt DNA)控制区全序列进行测序,并结合红色原鸡的序列进行生物信息学分析。淮南麻黄鸡mt DNA控制区全长1 231~1 232 bp,共发现26处单核苷酸变异位点,核苷酸多样性(Pi)为0.006 6,单倍型多样性(Hd)为0.917,平均核苷酸差异(K)为7.573。群体共包含14种单倍型,可以分为A、B、C和E 4个分支分别包括3、3、7和1种单倍型。淮南麻黄鸡在线粒体水平上有较高的多态性,并且来自多个不同的母系,有很好的开发潜力。     

鸡W染色体基因GPBP1在胚胎组织中的表达研究

鸡W染色体为进化过程中保留下来的Z染色体高度退化后的拷贝,在机体发育和代谢等过程中发挥着重要作用.以鸡W染色体上富含GC启动子的结合蛋白(GPBP1)基因为对象,对其在胚胎发育过程中的表达和功能进行初步研究;根据GPBP1基因在W和Z染色体上序列的不同,设计特异性引物扩增其W拷贝(GPBP1-W)、Z拷贝(GPBP1-Z)及同时扩增W和Z拷贝(GPBP1-ZW),采用qPCR及Western blot技术分析其在胚胎发育过程中不同组织的表达量,并通过FAD诱导性反转探究其对性别表型的响应.结果 表明:GPBP1-W在孵化6d的胚胎性腺中高表达,且表达量随胚胎发育而升高.GPBP1-W和GPBP1-Z在所检测的孵化12 d的胚胎组织中均有表达,其中mRNA高表达于脾脏组织中,蛋白高表达于性腺组织中;GPBP1-Z mRNA和蛋白质在雄性组织中的表达量高于雌性.GPBP1-W表达受雌性向雄性性反转的影响而显著降低,但GPBP1-Z的表达不受性反转的影响.这一研究提示,鸡性染色体基因GPBP1在鸡胚的性腺和脾脏中表达量高,且其Z拷贝在性别间和各组织中存在剂量效应和转录后调控作用,而W拷贝可能在雌性的部分组织中作为Z拷贝的补偿以保证其生物学功能的发挥.     

河南斗鸡线粒体D-loop区多态性及与4种斗鸡的进化分析

对28只河南斗鸡线粒体基因组(mitochondrial genome,mt DNA)D-loop区全序列进行PCR扩增和测序,并结合Gen Bank中其他品种中国斗鸡D-loop区序列,进行序列比对和进化分析。结果发现,河南斗鸡mt DNA D-loop区全长1232 bp,单倍型多样性(Hd)为(0.542±0.086),核苷酸多样性(Pi)为(0.00236±0.00083),共发现9处单核苷酸多态位点,3种单倍型。品种间进化分歧显示,河南斗鸡和西双版纳斗鸡遗传距离最近(0.0095),与漳州斗鸡遗传距离最远(0.0226)。系统发育分析发现,5个斗鸡品种可以分成A、B、C、D和E 5个分支。研究表明,河南斗鸡mt DNA D-loop区呈中度多态,有2个母系起源,本研究可以为河南斗鸡的遗传资源保护和选育提供一定参考。     

与鸡蛋品质相关三个基因的表达分析

本研究结合全基因组关联分析结果筛选出3个与鸡蛋品质相关的候选基因,分别为组织蛋白酶B基因(CTSB)、H-钙黏蛋白13基因(CDH13)和胞外吡啶核苷酸氧化酶二硫键巯基交换酶基因(ENOX1),进而研究其RNA表达情况是否与表型性状之间存在关联.在“农大3号”矮小型褐壳蛋鸡群体中,这3个基因无论是SNP基因分型还是表型值分类,其表达水平与相应的性状都没有显著相关.但在白来航鸡群体中与蛋壳比例对应的基因CTSB在按表型分类时,表达量差异接近显著(P=0.05),且两者相关达到显著水平.     

江苏省地方鸡品种线粒体DNA遗传多样性分析

江苏省拥有众多优良的地方鸡(Gallus gallus domesticus)遗传资源。这些地方鸡品种经过长期选育,具有肉质好、抗病力强和适应性好等优点,是进行杂交改良的优良素材。为研究江苏省地方鸡遗传资源的群体结构和遗传多样性,本研究对黑狼山、白狼山、鹿苑、溧阳和太湖等5个江苏省地方鸡品种149个个体的线粒体DNA(mitochondrial DNA, mtDNA)控制区(displacement loop, D-loop)全序列进行了PCR扩增和测序。结果表明,5个地方品种mtDNA D-loop区全长为1 231或1 232 bp,共计检测到核苷酸变异位点33个,定义了19个单倍型。总体单倍型多样性和核苷酸多样性分别为0.862±0.017和0.005 91±0.00135。中介网络图分析显示,江苏省地方品种含有A、B、C、D和E共5个分支(单倍型群),其中A和B分支为优势分支。分子方差(analysis of molecular variance, AMOVA)分析表明,群体内变异占66.5%,群体间变异占33.5%,5个群体间的固定指数F统计量(F-statistics, Fst)为0.334 97(P0.01)。上述结果揭示,江苏地方品种具有相对较低的遗传多样性,可能有5个母系来源,品种间分化不明显,少数群体可能受到了外来高产系的侵入。该研究结果为江苏地方鸡遗传资源的保护、开发及利用提供了遗传背景信息。     

寿光鸡遗传多样性及其起源进化的研究

为了更好地对寿光鸡种质资源进行保护和开发利用,以线粒体基因组(mitochondrial genome,mt DNA) D-loop区为分子标记,检测了58只寿光鸡的遗传多样性,同时探讨了寿光鸡在5个红色原鸡亚种的进化地位。结果显示:寿光鸡mt DNA D-loop区全长1 231～1 232 bp,核苷酸多样性(Pi)为(0. 005 3±0. 001 35),单倍型多样性(Hd)为(0. 864±0. 018),平均核苷酸差异(K)为6. 525;群体共发现23处单核苷酸变异位点,并由此界定了8种单倍型;系统发育分析发现,寿光鸡主要分布在A、B、C和E 4个进化分支,构成比分别为43. 1%、36. 2%、12. 1%和8. 6%。结果表明:寿光鸡在线粒体水平上具有很高的遗传多样性,有4个母系来源,本研究为寿光鸡种质资源遗传评估、有效保种和选育利用提供了理论依据。