家兔线粒体ATPase6,8基因的遗传分析

测定了4个地方品种、7个培育品系和10个引进品种共124只家兔的线粒体ATPase6,8基因801bp序列。结果表明:124只家兔ATPase6,8基因的A、G、T、C4种碱基的含量分别为30.46%、10.74%、29.34%和29.46%,A+T含量(59.8%)明显高于G+C(40.2%);发现了9个变异位点,其中转换7个,颠换2个,没有发现缺失或插入,变异多发生在密码子的第3位,核苷酸多样度为0.0004,说明家兔线粒体DNA遗传差异较小;确定了5种单倍型,单倍型多样度为0.121,单倍型H5为所有品种的共享单倍型,大多数个体属此单倍型,这可能与家兔的连续定向选育有关,用邻接法构建的家兔分子系统发育树表明我国家兔起源于2个母系。     

鸡MHC基因B-G区域的生物信息学分析

根据鸡主要组织相容性复合体（MHC）基因B-G区域外显子2的序列设计引物,采用直接测序的方法对该区域（207bp）进行序列测定,并对所获得核苷酸序列进行生物信息学分析。结果显示：该片段中碱基T、C、A、G的平均含量分别为22.0%、19.8%、24.8%、33.4%,C＋G含量为53.2%,T＋A含量为46.8%,C＋G含量高于T＋A含量;同时检测到27个核苷酸变异位点,导致14个氨基酸位点的变异;16条序列进行单倍型构建获得16种单倍型,单倍型多样度达到了高的多样水平。试验结果表明,鸡MHC-B-F基因外显子2的序列表现出了高度的多态性,而且其序列的多态性更多地表现在氨基酸水平上。     

中国西南马mtDNA ND4基因遗传多样性研究

本研究旨在分析mtDNA ND4基因在中国西南马的遗传多样性.对中国西南马6个品种(类群)142个个体的线粒体DNA ND4基因部分序列进行PCR-SSCP和序列分析.结果表明,拼接后的西南马mtDNA ND4基因序列大小为679 bp,A+T含量(55.7%)高于G+C含量(44.3%).共检测到11个核苷酸变异位点,这些变异位点可归纳为6种单倍型.核苷酸平均多样度为0.638%,表明受试西南马mtDNA遗传多样性并不十分丰富.对各单倍型进行聚类分析,结果提示中国西南马起源于2个母系祖先.     

中国家驴生长激素基因内含子2的遗传多样性分析

为了从分子水平揭示家驴的遗传多样性,本研究以中国7个家驴品种(临县驴、关中驴、新疆驴、广灵驴、淮北驴、德州驴、晋南驴)174个个体为试验动物,利用PCR-SSCP技术研究生长激素(GH)基因第2内含子的遗传多样性并进行序列分析.结果显示:第2内含子表现多态性,174个个体检测到3个单倍型,单倍型比例为1.7%.单倍型多样度以临县驴、淮北驴较高,分别为0.678和0.542.广灵驴与关中驴的单倍型多样度(Haplotype diversity,H)比较接近,分别为0.409和0.462.其次为德州驴和晋南驴,分别为0.355和0.304,新疆驴最低为0.077.对该片段的纯合型分别测序发现,B单倍型在第735位碱基G→C.A单倍型在869位碱基G→T.上述结果首次证实驴GH基因内含子2存在多态性.     

利用线粒体Cyt b为遗传标记分析重庆地区东方蜜蜂的遗传多样性

采用PCR产物直接测序技术对重庆地区117群东方蜜蜂样品的线粒体DNA细胞色素b基因(Cyt b)420 bp长度序列进行了分析。结果显示:在所得到的序列中共检测到11个核苷酸多态位点,其中单一变异位点2个,简约信息位点9个,序列突变率为2.62%,序列T,C,A,G平均含量分别为44%,14.2%,32.9%,8.9%,共定义8种单倍型,单倍型多样度为0.773±0.021,核苷酸多样度为0.003 82±0.000 32,单倍型网络关系图揭示重庆地区东方蜜蜂群体没有明显的遗传分化。     

广西乌鸡线粒体DNA D-loop区序列遗传多样性分析

采用PCR和直接测序的方法测定广西东兰乌鸡线粒体DNA(mt DNA)D-loop第一高变区序列,比较分析东兰乌鸡(片羽、丝羽)的遗传变异。结果表明:在东兰乌鸡mt DNA D-loop区中,共发现27个变异位点,46种单倍型,其变异方式主要是转换和缺失;检测片段的G+C含量(60.59%)明显高于A+T含量(39.41%),具有偏倚性(P0.05);单倍型多样度和核苷酸多样度分别为(0.890±0.020)、(0.01653±0.02483),表明东兰乌鸡的遗传多样性较丰富,其中丝羽乌鸡的变异位点、单倍型数量、单倍型多样度和核苷酸多样度等均比片羽乌鸡高。在NJ系统发生树上,东兰乌鸡分为3大支,说明具有3个血统来源,起源于中国红色原鸡。     

南江黄羊群体遗传结构分析

测定了南江黄羊4个品系(类群)14个个体进行的mtDNA控制区全序列,序列分析表明南江黄羊线粒体DNA控制区全序列长度为1,212 bp或1,213 bp,A+T含量明显高于G+C含量.其中54个核苷酸位点存在变异(约占4.5%),核苷酸多样度为1.46%±0.14%,这些差异共定义了10种单倍型,单倍型多样性为0.956±0.038.表明南江黄羊群体的遗传变异较丰富,品系(类群)间都存在不同程度的遗传分化.     

我国家养雉鸡MHC B-F基因外显子2 SNP检测与分析

为了探讨我国家养雉鸡MHC B-F基因单核苷酸多态性(SNP),为雉鸡的选种育种提供基础数据支持,试验利用PCR测序技术对我国家养雉鸡种群(中国环颈雉、白化雉鸡、日本绿雉、申鸿七彩雉鸡和黑化雉鸡)主要组织相容性复合物(MHC)B-F基因外显子2进行多态性检测和分析。结果表明:扩增得到雉鸡MHC B-F基因外显子2序列为264 bp,A+T含量为38.85%,G+C含量为61.15%。我国家养雉鸡种群中共检测到29个SNP位点,突变率为0.109 85,核苷酸多样度为2.606%;检测有36个单倍型,单倍型多样性为0.693。中国环颈雉、白化雉鸡、日本绿雉和黑化雉鸡种群间的遗传距离较近,而新培育品种申鸿七彩雉鸡与中国环颈雉、白化雉鸡、日本绿雉和黑化雉鸡种群间的遗传距离较远。     

泰国红色原鸡和中国红色原鸡mtDNA控制区遗传多态性和分类关系研究

对泰国红色原鸡Gallus gallus gallus亚种和中国红色原鸡Gallus gallus spadiceus亚种各16个个体mtDNAD-loop序列进行系统分析,测定线粒体D-loop部分序列大小约为560bp,A、C、G、T这4种核苷酸的平均比例分别为13.6%、43.2%、4.3%和38.9%,A+T含量高于G+C含量。结果共发现27个变异位点,颠换和转换之比为0.13,没有观测到插入/缺失情况。测定的6种单倍型中,2个红色原鸡亚种没有共享单倍型,单倍型多样度分别为0.250和0.695,平均核苷酸差异数分别为3.750和10.833,核苷酸多样度分别为0.954%和2.757%。泰国红色原鸡中性检验的Tajima'sD值为-1.800(P<0.05),不符合中性突变。2个红色原鸡亚种间核苷酸分歧度(Dxy)为2.847%,核苷酸净遗传距离(Da)为0.991%。序列群体间的方差组分(Va)占总变异的47.31%,Fst=0.473,差异极显著(P<0.01);群体间mtDNAD-loopFst值也差异显著(P=0.035)。红色原鸡2个亚种具有不同的群体遗传结构,群体之间存在明显的遗传分化,本研究支持这2个亚种并非是同一个亚种的观点。     

基于mtDNA Cytb基因序列分析广东省东方蜜蜂遗传多样性

采用PCR产物直接测序法对广东省3个地区的89群东方蜜蜂线粒体DNA细胞色素b基因(Cyt b)序列进行了变异检测,并利用相关软件对所得数据进行群体遗传变异和遗传分化分析。所得序列长度为420bp,序列中的A,T,C,G平均含量分别为33.2%,44.0%,14.3%,8.5%;共检测到13个变异位点,其中转换变异位点12个,颠换变异位点1个,并且变异位点大多数发生在密码子第三位,无碱基插入或缺失;碱基组成A+T含量高,占77.2%,呈现明显的A+T偏倚性;3个地区种群间的遗传距离为0.0023、0.0020、0.0019;共定义14种单倍型,单倍型多样度为0.781±0.032,核苷酸多样度为0.004±0.0003。结果揭示广东省东方蜜蜂遗传多样性较为丰富,且存在一定的遗传分化。     

兰州大尾羊mtDNA D-loop和Cytb区序列分析与多态性研究

利用mtDNA序列分析技术对20只兰州大尾羊遗传多态性进行分析,兰州大尾羊mtDNA D-loop区序列长度为1 210 bp,碱基组成分析发现,A、T、G、C碱基含量分别为29.0%、32.3%、23.5%、15.2%,其中A＋T为61.3%,G＋C为38.7%,G＋C含量明显低于A＋T。通过对兰州大尾羊线粒体DNA D-loop区的碱基突变和同源性比较分析得出兰州大尾羊D-loop区核苷酸多样度（Nucleotide diversity）Pi为0.037 85,7只兰州大尾羊来自3个不同母本。兰州大尾羊mtDNA Cytb区序列长度为1 580 bp,其中A、T、G、C碱基含量分别为27.2%、33.7%、26.7%、12.4%;A＋T为60.9%,G＋C为39.1%,G＋C含量明显低于A＋T。应用计算机软件DNAsp4.10进行单倍型分析,17个兰州大尾羊个体mtDNA Cytb区序列共发现了12个单倍型（Haplotype）,其中第1号和第10号、第2号和第5号共用一种单倍型,单倍型比例在兰州大尾羊群体中较高,遗传多态性较低。     

天水乌鸡线粒体DNA D-loop序列遗传多样性分析

试验旨在通过研究天水乌鸡线粒体DNA(mt DNA)D-loop序列的遗传多样性,确定天水乌鸡品种资源价值,从而进行保护和利用。随机抽取50只乌鸡血样,采用PCR和直接测序的方法测定天水乌鸡mt DNA D-loop序列。结果:在天水乌鸡mt DNA D-loop区中发现17个变异位点,10种单倍型;检测片段的G+C含量为47.60%,A+T含量为52.40%;单倍型多样度为0.876±0.023,核苷酸多样度为0.01654±0.01140;在NJ系统发生树上,天水乌鸡大致分为两大支,说明具有2个血统来源。研究表明:天水乌鸡的遗传多样性较为丰富,并且在其进化过程中应存在多个母系来源。     

胎生蜥蜴线粒体Cyt b基因和D-loop区序列多态性分析

为了探讨我国胎生蜥蜴(Zootoca vivipara)种群的遗传多样性,试验采用分子生物学的方法测定我国3个胎生蜥蜴种群(黑龙江呼玛、内蒙古额尔古纳和新疆布尔津)共36只个体的线粒体Cyt b基因全序列和D-loop区部分序列。结果表明:胎生蜥蜴Cyt b基因全序列长度为1 143 bp,A、T、G、C4种核苷酸碱基含量的平均值分别为29.46%、34.15%、11.66%和24.73%,共包括8个单倍型;Dloop区部分序列长度为712 bp,A、T、G、C 4种核苷酸碱基含量的平均值分别为27.48%、39.23%、11.22%和22.04%,共包括4个单倍型。其中内蒙古额尔古纳种群的单倍型数量多,遗传多样性高;而新疆布尔津种群的单倍型数少,遗传多样性低。     

基于线粒体DNA tRNAleu-COⅡ序列分析阿坝中蜂遗传多样性

为了解阿坝中蜂遗传多样性，对21个样点的347群阿坝中蜂样本进行线粒体DNA tRNA^leu-COⅡ序列扩增、测序，获得347条长度为335bp多序列片段包括36bp的非编码序列和299bp的COII基因编码序列，两个序列A+T碱基含量分别是99.8%、84.6%，分析出14个碱基变异位点，占总测定位点4.18%；划分出18个单倍型(Hap＿1～Hap＿18)，单倍型Hap＿1在所有样点均有分布且数量最多，有231个样本，达到总样本的66.6%。总体单倍型多样度为0.536，核苷酸多样度为0.00200，平均核苷酸差异数0.666，汶川县威州镇万村样本单倍体多样度最低，黑水县芦花镇昌德村样本单倍体多样度最高；单倍型系统发育树构建显示18个单倍型聚为2个大类群，不存在单独聚类一起单倍型；说明阿坝中蜂种群内部存在不同程度分化，研究结果可为阿坝中蜂遗传多样性研究、保护与利用提供一定的理论基础。     

贵州威宁黄牛线粒体DNA D-loop区全序列分析

为了解贵州威宁黄牛的遗传多样性及遗传背景，测定了19个个体的线粒体DNAD-loop区全序列。威宁黄牛D-loop区全序列中，A＋T平均含量为61．4％，G＋C含量为38．6％。经比对，共检测到威宁黄牛D-loop区8种单倍型，核苷酸多态位点45个，其中7种为普通牛血统的单倍型，1种为瘤牛血统的单倍型，表明威宁黄牛同时受到普通牛和瘤牛的影响。在威宁黄牛19个个体中，其单倍型多样度为0．715，核苷酸歧异度（π值）为2．415％，表明威宁黄牛品种的遗传多样性丰富。     

利用线粒体D-loop区分析家鸭品种遗传多态性与系统进化

通过线粒体DNA控制区的结构和多态性来研究我国家鸭的遗传多态性与系统进化。利用DNA测序技术测定了我国9个家鸭品种106个个体线粒体DNA控制区多变序列。序列分析结果显示:A、C、T、G碱基的平均含量分别为25.6%、33.3%、15.2%和25.9%。检测到34个变异位点,约占分析位点总数的5.1%,有转换、颠换、插入/缺失4种类型的变异。确定了31种单倍型,其中单倍型A7为家鸭的主体单倍型,品种之间有9种共享单倍型。9个家鸭品种单倍型多样度(Hd)平均为0.798,核苷酸多样度(Pi)平均为0.28%,单倍型多样度在荆江麻鸭中最高,其次是攸县麻鸭和恩施麻鸭,在文登黑鸭中最低。9个品种家鸭之间双参数距离范围为0.001 3~0.004 4。31个家鸭单倍型序列的系统发生分析表明,9个家鸭品种只有1个母系起源,没有发现东亚斑嘴鸭对9个家鸭品种起源有贡献的证据。     

华坪乌骨鸡mtDNA D-loop遗传多样性分析

为了阐明华坪乌骨鸡群体遗传背景信息,采用PCR产物直接测序技术对36只华坪乌骨鸡样品的线粒体DNA控制区高变区Ⅰ(长520 bp)进行了测序和序列分析。结果:在所检测华坪乌骨鸡序列中,碱基T、C、A和G平均含量分别为30.1%、29.8%、27.4%和12.6%;共检测到31个核苷酸多态位点,占检测核苷酸位点总数的5.96%,其中22个为简约信息位点,9个为单一信息位点。在该群体中共检测到12种单倍型,单倍型多样度(H)为(0.867±0.038),核苷酸多样度(π值)为(0.01547±0.00085),群体内遗传距离和序列间平均核苷酸差异数分别为(0.016±0.004)和8.044。系统发育分析显示,华坪乌骨鸡包含A、B、C、E、F和G等6个mtDNA世系。结果揭示华坪乌骨鸡群体内遗传变异较丰富,在遗传组成上具有6个母系血统来源。     

香炉山鸡线粒体DNA D-Loop区遗传多样性及系统进化研究

试验旨在研究香炉山鸡的遗传多样性与系统进化。利用PCR扩增结合双向测序的方法对121只香炉山鸡线粒体DNA D-Loop(mtDNA D-Loop)区全长序列进行分析,并对mtDNA D-Loop区全长序列组成、变异与母系起源进行探讨。结果发现,香炉山鸡mtDNA D-Loop区全长序列为1 231～1 233 bp,A、T、C、G碱基含量分别为26.62%、33.55%、26.49%、13.34%,表现出T碱基含量最高,G碱基含量最低,A+T含量明显高于G+C含量,说明此区可能具有一定的碱基嗜好性;121条全长序列经分析发现共存在11种单倍型,26个变异位点,其中单一多态信息位点2个,简约信息位点24个,另外存在4处碱基插入与2处碱基缺失。遗传多样性分析发现,单倍型多样度为0.814,核苷酸多样度为0.00447,平均核酸差异数为5.494,表明香炉山鸡遗传多样性比较丰富,保种效果较好,具有一定的选育空间。经Tajima Test检测发现,Tajima’s D值为0.39378,检验结果不显著(P0.10),符合中性突变。聚类分析结果显示,香炉山鸡与红色原鸡聚为一支,说明香炉山鸡起源于红色原鸡;在分支内部又有4个分支,说明香炉山鸡存在多个母系起源。研究结果可为香炉山鸡种质资源保护与开发利用提供一定的参考数据。     

中华鳖日本品系和清溪乌鳖线粒体12S rRNA基因部分序列分析

采用PCR产物直接测序法测定了中华鳖日本品系和清溪乌鳖2个国家水产新品种线粒体12S rRNA基因部分序列,克隆获得了12S rRNA基因992个可比对位点。中华鳖日本品系和清溪乌鳖核苷酸A、T、C、G含量相似,平均含量分别为21.90%、37.20%、16.53%、24.37%;22.00%、37.54%、16.35%、24.12%。除1处插入/缺失位点外,两者序列间有11个变异位点,其中转换1个、颠换10个,得到了3个12S rRNA基因单倍型。使用NJ法对包括GenBank报道的安徽和韩国中华鳖在内的5种12S rRNA单倍型进行聚类分析,结果表明:中华鳖日本品系与韩国产中华鳖聚为一支,清溪乌鳖与安徽产中华鳖聚为一支。     

深县猪mtDNA CytB基因的遗传多样性与母系起源研究

为探讨深县猪群体内的遗传多样性及母系起源分化,采用PCR直接测序法测定了40头深县猪的mtDNA CytB基因长1 140 bp片段的全序列,并结合GenBank已公布的15个猪种mtDNA CytB基因全序列,采用邻接法构建深县猪、部分其他地方猪种和引进猪种的系统发育树。结果显示,在1 140 bp长的序列中A、T、G、C的含量分别为25.93%、31.72%、28.90%及13.45%,其中A+T的含量(57.65%)高于G+C的含量(42.35%);共发现2个变异位点,无插入和缺失突变,全部为转换位点,其中简约信息位点2个,未发现单一信息位点。40条序列共定义了3种单倍型,单倍型多样性(HD)为0.312,核苷酸多样性(Pi)为0.00026,平均核苷酸差异数(K)为0.327。在深县猪mtDNA CytB基因全序列NJ进化树中,三种单倍型聚为同一分支,母系来源单一,与莱芜猪、大蒲莲猪等山东品种遗传距离较近。结果表明,深县猪群体内遗传多样性比较贫乏,与山东地区的华北型黑猪种群有更近的亲缘关系。