玉树牦牛与四个牦牛群体线粒体DNA D-Loop区遗传多样性分析

利用线粒体DNA标记方法从分子水平上研究牦牛的遗传多样性。根据牦牛线粒体DNA(mtDNA)序列设计引物,扩增出长度为1 000 bp左右的片段,序列对比分析。结果表明:mtDNA D-Loop区长度为945 bp,共发现变异位点127个,单倍型71个,单倍型多样度(Hd)为0.909±0.016,核苷酸多样性(pi)为0.082;其中玉树牦牛发现变异位点74个,单倍型27个,单倍型多样度(Hd)为0.885±0.034,核苷酸多样性(pi)为0.0134;申扎牦牛单倍型多样度、核苷酸多样性和平均核苷酸差异数均最高;5个牦牛群体D-Loop区序列具有一定的A/T碱基偏好性。玉树牦牛不遵循中性进化(P0.05),其余4个牦牛群体符合中性进化(P0.05);玉树牦牛与类乌齐牦牛和帕里牦牛的遗传距离较近(0.023、0.018),申扎牦牛与斯布牦牛的遗传距离最远(0.533)。发现玉树牦牛与其余4个群体的牦牛在同一个分支。斯布牦牛和申扎牦牛群体出现两个分支,说明玉树牦牛在进化的过程中可能不存在相互交流的情况。     

建昌马mtDNA D-loop区遗传多样性及系统进化分析

试验旨在以线粒体DNA(mitochondrial DNA,mtDNA)为切入点,研究建昌马的母系遗传多样性与系统进化。从建昌马(n=39)血液中提取基因组DNA,用PCR方法扩增mtDNA D-loop区并直接测序,分析其高变区247 bp序列信息,统计mtDNA D-loop区的单倍型及变异位点,计算单倍型多样性(haplotype diversity,Hd)、核苷酸多样性(nucleotide diversity,Pi)和平均核苷酸变异数(average number of nucleotide differences,K)。构建包括建昌马在内的19个品种马的NJ系统进化树,计算各品种间的遗传距离。结果显示,试验获得了清晰的PCR扩增产物,并通过直接测序方法获得了约1200 bp的序列。39匹建昌马mtDNA D-loop区247 bp序列(其中1个样品缺失1 bp)的AT碱基含量为61.45%,属AT碱基对富集区,检测到33个多态性位点,共显示26种单倍型,其中4种为共享单倍型,且Hap7和Hap1为优势单倍型,单倍型多样性为0.947,核苷酸多样性为0.02399,平均核苷酸变异数为5.901,显示丰富的母系遗传多样性;NJ系统进化树显示,建昌马分布在A、C、D、E、F、G共6个支系中,约50%的样品分布在A支系,显示出复杂的母系起源;建昌马与关中马的遗传距离最小(0.021),其次是三河马、文山马、韩国车巨马(0.024),与韩国济州岛马遗传距离最大(0.032)。本研究结果表明,建昌马的mtDNA D-loop高变区遗传多样性丰富,具有多个母系起源,且A支系占有明显优势,与关中马、文山马可能有共同的母系起源。     

建昌马mtDNA D-loop区遗传多样性及系统进化分析

试验旨在以线粒体DNA(mitochondrial DNA,mtDNA)为切入点,研究建昌马的母系遗传多样性与系统进化。从建昌马(n=39)血液中提取基因组DNA,用PCR方法扩增mtDNA D-loop区并直接测序,分析其高变区247 bp序列信息,统计mtDNA D-loop区的单倍型及变异位点,计算单倍型多样性(haplotype diversity,Hd)、核苷酸多样性(nucleotide diversity,Pi)和平均核苷酸变异数(average number of nucleotide differences,K)。构建包括建昌马在内的19个品种马的NJ系统进化树,计算各品种间的遗传距离。结果显示,试验获得了清晰的PCR扩增产物,并通过直接测序方法获得了约1 200 bp的序列。39匹建昌马mtDNA D-loop区247 bp序列(其中1个样品缺失1 bp)的AT碱基含量为61.45%,属AT碱基对富集区,检测到33个多态性位点,共显示26种单倍型,其中4种为共享单倍型,且Hap7和Hap1为优势单倍型,单倍型多样性为0.947,核苷酸多样性为0.02399,平均核苷酸变异数为5.901,显示丰富的母系遗传多样性;NJ系统进化树显示,建昌马分布在A、C、D、E、F、G共6个支系中,约50%的样品分布在A支系,显示出复杂的母系起源;建昌马与关中马的遗传距离最小(0.021),其次是三河马、文山马、韩国车巨马(0.024),与韩国济州岛马遗传距离最大(0.032)。本研究结果表明,建昌马的mtDNA D-loop高变区遗传多样性丰富,具有多个母系起源,且A支系占有明显优势,与关中马、文山马可能有共同的母系起源。     

胎生蜥蜴线粒体Cyt b基因和D-loop区序列多态性分析

为了探讨我国胎生蜥蜴(Zootoca vivipara)种群的遗传多样性,试验采用分子生物学的方法测定我国3个胎生蜥蜴种群(黑龙江呼玛、内蒙古额尔古纳和新疆布尔津)共36只个体的线粒体Cyt b基因全序列和D-loop区部分序列。结果表明:胎生蜥蜴Cyt b基因全序列长度为1 143 bp,A、T、G、C4种核苷酸碱基含量的平均值分别为29.46%、34.15%、11.66%和24.73%,共包括8个单倍型;Dloop区部分序列长度为712 bp,A、T、G、C 4种核苷酸碱基含量的平均值分别为27.48%、39.23%、11.22%和22.04%,共包括4个单倍型。其中内蒙古额尔古纳种群的单倍型数量多,遗传多样性高;而新疆布尔津种群的单倍型数少,遗传多样性低。     

青海省格尔木牦牛的母系遗传多样性及支系组成

[目的]从分子水平上探究青海省格尔木牦牛的母系遗传多样性、群体遗传结构及其遗传背景。[方法]对49头格尔木牦牛mtDNA D-loop区部分序列进行了测定,后使用DnaSP 5.10.01、Arlequin 3.11和MEGA 5.05等生物信息学软件确定其多态位点和单倍型数目,计算核苷酸多样度和单倍型多样度大小,并进行系统发育分析。[结果]在截取的618 bp格尔木牦牛D-loop区分析序列中,排除1处插入(缺失)后共检测到45处多态位点,包括10处单一多态位点和35处简约信息位点;根据序列间核苷酸变异共确定了18种单倍型,其中单倍型H4为优势单倍型,核苷酸多样度为0.015±0.008,单倍型多样度为0.911±0.022。与野牦牛及大通、天祝、金川等其他家牦牛品种相比,格尔木牦牛群体单倍型多样度和核苷酸多样度值均较高,表明该群体具有丰富的母系遗传多样性。以美洲野牛为外群,邻接法(即NJ法)构建的系统发育树结果显示：格尔木牦牛群体18种单倍型分布在A、B、C、D和G 5种单倍型组中,且聚为3个大的分支,提示格尔木牦牛由3个母系支系组成,拥有3个母系起源。[结论]格尔木牦牛群体具有丰...     

基于mtDNA D-loop序列分析探究青海雪多牦牛的遗传多样性及母系遗传背景

为从分子水平上探究青海雪多牦牛的母系遗传多样性及遗传背景,对33头雪多牦牛的线粒体DNA(mt DNA)D-loop区部分序列进行了测定,统计计算了多态位点、单倍型数目、核苷酸多样度和单倍型多样度。结果表明:在获得的636 bp D-loop序列中,排除3处插入/缺失后共检测到42处多态位点,其中单一多态位点9处,简约多态位点33处;共确定了19种单倍型,单倍型多样度为0.9000±0.043,核苷酸多样度为0.01173±0.00305,表明雪多牦牛具有丰富的母系遗传多样性;系统发育分析结果表明,雪多牦牛19种单倍型可分为2个支系,推测其具有2个母系起源。     

唐古拉山牦牛群体的母系遗传多样性及遗传结构分析

[目的]从分子水平上探究青海省唐古拉山牦牛群体的母系遗传多样性、群体遗传结构及其遗传背景。[方法] 对52头唐古拉山牦牛个体mtDNA D-loop区序列进行测定后,使用生物信息学软件分析确定其核苷酸变异位点和单倍型数目,计算单倍型多样度和核苷酸多样度大小,并进行系统发育分析。[结果] 在619 bp唐古拉山牦牛D-loop区序列分析中,排除2处插入（缺失）后共检测到31处多态位点,包括单一多态位点5处和简约信息位点26处。根据序列间核苷酸变异共确定了13种单倍型,单倍型多样度和核苷酸多样度分别为0.821±0.043和0.007±0.004。与我国其他18个家牦牛品种和野牦牛相比,唐古拉山牦牛群体单倍型多样度和核苷酸多样度值均较低,表明该群体遗传变异较为贫乏,母系遗传多样性水平较低。以美洲野牛为外群,邻接法（即NJ法）构建的系统发育树结果显示：唐古拉山牦牛群体13种单倍型分布在A、B、C、D和E五种单倍型组中,且聚为2个大的母系分支（即I和II）,支系Ⅰ占比为77%,提示唐古拉山牦牛由2个母系支系组成,拥有2个母系起源且以支系Ⅰ为主。 [结论] 唐古拉山牦牛母系遗传多样性水平较低,由2个母系支系组成,以支系Ⅰ为主,推测其有2个母系起源。     

甘肃地方绵羊品种mtDNA D-环序列遗传多样性与起源分析

为了研究甘肃地方绵羊品种mtDNA D-环序列遗传多样性与起源,利用设计的1对引物对绵羊mtDNA D-环序列进行PCR扩增和纯化测序.对序列数据进行单倍型、遗传多样性、系统发育树和网络关系分析.分析结果显示:120只绵羊mtDNA D-环序列(部分)表现出2种长度变异,其中3个序列长度为573 bp,117个序列长度为648 bp.对117个长度为648 bp的序列进行分析,发现77个单倍型.单倍型比例、单倍型多样度、核苷酸多样度和平均核苷酸差异数在蒙古羊都较高,而在兰州大尾羊和岷县黑裘皮羊都较低.系统发育树和网络关系分析均将77个单倍型明显的分为3个分支.研究认为:含有4个重复单元(75 bp)是甘肃地方绵羊品种mtDNA D-环的序列特征,在甘肃6个地方绵羊品种中,蒙占羊的遗传多样性最丰富,兰州大尾羊和岷县黑裘皮羊遗传多样性最低.系统发育和网络关系分析认为甘肃6个地方绵羊品种有3个母系起源.     

云南昭通黄牛mtDNA D-loop区遗传变异分析

为检测云南昭通黄牛的遗传多样性,测定并分析了云南昭通黄牛线粒体D-loop区段全序列.结果显示,D-loop序列四种碱基A、T、C、G的频率分别是:32.9%、28.6%、24.8%和13.6%;共检测到48个变异位点,平均核苷酸差异(k)为22.762,核苷酸多样度(π)为2.504%,存在6个单倍型,单倍型多样度(Hd)为0.952±0.096,显示出极高的遗传多样性.检索了与昭通黄牛地理分布相近的8个黄牛品种的D-loop序列资料,统计分析发现,9个黄牛品种间的遗传距离在0.0000～0.0376之间,昭通与其他黄牛品种的遗传距离最远,提示云南黄牛有着特殊的起源地位.     

青海省门源白牦牛mtDNA D-loop区遗传多样性及母系起源

为从分子水平上探究青海省门源白牦牛的母系遗传多样性及遗传背景,本研究对31头门源白牦牛线粒体DNA(mtDNA)D-loop区序列进行测定和比对分析,确定其多态位点和单倍型数目,计算核苷酸多样度、单倍型多样度及平均核苷酸差异数大小,并构建系统发育树。结果表明,门源白牦牛mtDNA D-loop区序列长度为892～896bp,排除5处插入/缺失后共发现38处多态位点,包括24处单一变异位点和14处简约信息位点;依据序列间核苷酸变异共确定了13种单倍型,单倍型多样度为0.901±0.030,核苷酸多样度为0.006±0.004,平均核苷酸差异数为5.17,提示门源白牦牛具有较丰富的母系遗传多样性。以普通牛为外群,邻接法(NJ法)构建的系统发育树结果显示,13种单倍型分为明显的2个分支,表明门源白牦牛有2个母系起源。综上所述,本研究结果表明门源白牦牛具有较丰富的母系遗传多样性,由2个母系遗传分支组成,具有2个母系起源。     

中国斗鸡mtDNA遗传多样性及起源研究

本研究旨在探究中国斗鸡的遗传多样性和起源.运用DNA测序的方法测定了河南斗鸡、鲁西斗鸡、吐鲁番斗鸡、西双版纳斗鸡和漳州斗鸡5个斗鸡品种40个个体的mtDNA细胞色素b(Cytb)的部分碱基序列(535 bp).结果表明,这5个斗鸡品种共有6种单倍型;单倍型多样度为0.428 57～0.785 71;核苷酸多样度为0.000 80～0.006 54;漳州斗鸡与其它斗鸡的遗传距离均较远;基于单倍型构建的系统发生树分析表明中国斗鸡母系起源于多个红色原鸡亚种.结论,漳州斗鸡的遗传多样性最丰富,而西双版纳斗鸡和吐鲁番斗鸡最贫乏;中国斗鸡母系起源于多个红色原鸡亚种.     

甘南州蕨麻猪mtDNA D-环序列的起源及遗传多样性分析

为了研究甘南州蕨麻猪mtDNA D-环序列起源与遗传多样性,利用文献报道的1对引物对蕨麻猪mtDNA D-环序列进行PCR扩增及测序,对所得数据进行单倍型、遗传多样性、系统发育树和网络关系分析.分析结果显示,135头蕨麻猪mtDNA D-环序列表现出3种长度变异,其中4个序列长度为1 199 bp,3个序列长度是1 319 bp,127个序列长度为1 219 bp.对127个长度为1 219 bp的序列进行分析,发现83个单倍型.单倍型比例、单倍型多样度、核苷酸多样度和平均核苷酸差异数在卡加曼蕨麻猪最高,而在夏河蕨麻猪为最低.系统发育树和网络关系分析均将83个单倍型分为2个分支,说明蕨麻猪具有2个母系起源.与其他猪种mtDNA D-环序列比较,蕨麻猪与东南沿海野猪有较近的亲缘关系,没有发现东亚与东南亚野猪对蕨麻猪的起源有贡献的证据.     

黄河下游同域山羊种群mtDNA D-环多态性及系统发育

对黄河下游7个山羊种群共59个个体的mtDNA D-环533 bp序列进行分析,发现59个多态位点,其中单一多态位点21个,简约信息位点38个,分别占全序列的11.7%、3.94%和7.13%。确定了37种单倍型,崂山奶山羊1个个体还发现了1处5碱基的缺失。各群体单倍型多样度为0.785 7~0.969 7,核苷酸多样度为1.27%~1.73%,遗传多样性较丰富。构建系统发育树将37种单倍型分为2个分支,由此推断黄河下游山羊资源至少具有2个母系起源,角猾羊与A类型聚为1支,7个群体具有角猾羊起源,未发现捻角山羊对7个群体有贡献的证据。错配分析表明,A类型经历过群体扩张,B类型未经历过群体扩张。并通过遗传距离分析了各群体的遗传分化。     

青海藏系绵羊高原型与山谷型类群的遗传多样性和分化研究

为了研究青海藏系绵羊高原型祁连县种群和山谷型互助县种群的遗传多样性和分化水平,试验采用聚合酶链式反应的方法获得了2个类群共63个个体的线粒体细胞色素b(Cyt b)基因序列全长(1 140 bp)。结果表明:排序后的序列存在35个变异位点,其中包括17个简约性位点和18个单突变位点,共定义了18个单倍型。高原型祁连县种群和山谷型互助县种群单倍型多样度分别为0.81±0.05,0.74±0.08,核苷酸多样度分别为0.003 7±0.002 1,0.004 2±0.002 3,比较而言,遗传多样性偏低,与目前的资源量和分布相适应。分子变异和单倍型网络图分析结果均表明,祁连县高原型与互助县山谷型藏系绵羊类群间并不存在遗传分化。     

南江黄羊群体遗传结构分析

测定了南江黄羊4个品系(类群)14个个体进行的mtDNA控制区全序列,序列分析表明南江黄羊线粒体DNA控制区全序列长度为1,212 bp或1,213 bp,A+T含量明显高于G+C含量.其中54个核苷酸位点存在变异(约占4.5%),核苷酸多样度为1.46%±0.14%,这些差异共定义了10种单倍型,单倍型多样性为0.956±0.038.表明南江黄羊群体的遗传变异较丰富,品系(类群)间都存在不同程度的遗传分化.     

溧阳鸡线粒体DNA D-loop区遗传多样性研究

为了研究溧阳鸡线粒体DNA(mtDNA)D-loop区遗传多样性,试验采用PCR产物直接测序法对30只溧阳鸡mtDNA的D-loop区序列进行分析。结果表明:溧阳鸡549 bp D-loop区序列的T、C、A、G平均含量分别为30.0%、29.9%、27.1%、13.0%,共检测到19个突变位点,其中单一多态位点3个,简约多态位点16个;序列的核苷酸多样性为0.007 63,单倍型多样性为0.662;共获得7种单倍型,其中Hap单倍型占56.7%,群体内遗传距离为0.008。结合NJ系统发生树发现,溧阳鸡存在3个分支,揭示溧阳鸡在遗传组成上具有3个母系来源。     

关中驴线粒体DNA D-loop多态性分析

本文对 6头关中驴线粒体DNAD loop区 399bp的核苷酸序列进行了分析。结果发现 ,关中驴的D loop区核苷酸变异只有转换 1种形式。 6头关中驴D loop区的核苷酸序列组成 3种单倍型 ,单倍型比例为 5 0 .0 0 % ,说明关中驴mtDNA遗传多样性正逐步丧失 ,需要加强驴种质资源保护。以欧洲驴D loop序列为对照 ,关中驴 3种单倍型的核苷酸变异率分别为 4 .2 1%、4 .5 1%和 0 .2 5 %。在获得的 399bpD loop碱基序列中 ,共检测出核苷酸多态位点18个 ,多态位点比例为 4 .5 1%。从D loop区核苷酸序列的 3种单倍型分析 ,发现关中驴可能有 2种不同的母系起源     

雷琼牛mtDNA D-loop遗传多态性研究

对雷琼牛6个个体的mtDNA D-loop区910 bp进行分析,检测到2种单倍型,其核苷酸多态位点5个,约占所测核苷酸总长的0.55%,其中有2个转换,2个颠换,1个插入/缺失.雷琼牛mtDNA D-loop区核苷酸多样度（π值）为0.15%,单倍型多样度（H）为0.33,表明雷琼牛mtDNA遗传多样性贫乏.经比较分析,雷琼牛起源于瘤牛.     

基于mtDNA Cytb基因序列分析广东省东方蜜蜂遗传多样性

采用PCR产物直接测序法对广东省3个地区的89群东方蜜蜂线粒体DNA细胞色素b基因(Cyt b)序列进行了变异检测,并利用相关软件对所得数据进行群体遗传变异和遗传分化分析。所得序列长度为420bp,序列中的A,T,C,G平均含量分别为33.2%,44.0%,14.3%,8.5%;共检测到13个变异位点,其中转换变异位点12个,颠换变异位点1个,并且变异位点大多数发生在密码子第三位,无碱基插入或缺失;碱基组成A+T含量高,占77.2%,呈现明显的A+T偏倚性;3个地区种群间的遗传距离为0.0023、0.0020、0.0019;共定义14种单倍型,单倍型多样度为0.781±0.032,核苷酸多样度为0.004±0.0003。结果揭示广东省东方蜜蜂遗传多样性较为丰富,且存在一定的遗传分化。     

温州水牛线粒体DNA D-loop遗传多态性分析

以30头温州水牛为研究对象,对每个个体的线粒体DNA(mtDNA)D-loop区915bp全序列进行了分析研究,结果共检测到14种单倍型,50个核苷酸多态位点,其中出现核苷酸转换48个,颠换2个.温州水牛mtDNAD-loop区核苷酸多样度(π值)为0.0184,单倍型多样度(H)为0.8575,表明温州水牛线粒体DNA遗传多样性丰富.NJ聚类分析表明,温州水牛有2个母系起源.