鸭新城疫病毒分离株抗原表位和遗传演化分析

从规模化养殖场鸭群气管和泄殖腔试子分离到新城疫病毒(NDV)27株,用2株针对NDV HN单抗进行抗原表位分析,并选择4个分离株进行F基因高变区(374bp)和HN基因全长序列分析。抗原表位分析结果显示,27个鸭分离株均能与其中一株单抗C3-B7反应,而与另外一株单抗1E5反应为阴性。F基因(374bp)序列分析结果显示,4个鸭分离株均属于NDV ClassⅠ分支,分离株之间核苷酸同源性为99.2%～100%;分离株与NDV ClassⅡ毒株遗传距离为0.9%～9.9%,与NDV ClassⅠ毒株遗传距离为38.5%～41.7%。根据核苷酸序列推导的氨基酸序列表明,4个鸭NDV分离株F蛋白裂解位点氨基酸模式为:112-EROERL-117。HN基因序列分析结果显示,4个鸭NDV分离株HN基因全长1851bp,编码585个氨基酸;同源性比较发现4个鸭NDV分离株之间核苷酸同源性为99.7%～99.8%,与NDV ClassⅡ毒株核苷酸同源性为68.4%～70.5%,与NDV ClassⅠ毒株核苷酸同源性为95.8%～98.0%。本研究结果显示,鸭分离毒均属于NDV ClassⅠ弱毒,在抗原表位和基因序列上与广泛应用的NDV弱毒疫苗株(LaSota)不同,这些毒株的来源有待进一步深入研究。     

云南省新城疫病毒分离株F基因和HN基因克隆与序列分析

为了确定云南NDV毒株F基因和HN基因的结构特征及其与已知毒株的遗传相关性,应用RT-PCR技术对云南省部分地州养殖场采集的鸡或鸭喉气管组织样品4 700份进行新城疫病毒(NDV)检测,共检出阳性样品25份。对其中8份阳性样品进行NDV F基因与HN基因扩增后,克隆至pMD18-T载体测序,并与国内外代表性毒株和当前流行疫苗毒株进行比对及系统发育分析。结果表明,云南省NDV毒株F基因与国内代表性毒株核苷酸序列同源性介于93.0%～99.2%之间,氨基酸同源性介于90.7%～99.1%之间;与疫苗毒株的核苷酸同源性在83.3%～86.9%之间,氨基酸同源性在86.0%～88.7%之间。HN基因与国内代表性毒株核苷酸同源性介于96.4%～99.1%之间,氨基酸同源性介于95.6%～99.3%之间;而与当前疫苗毒株相比,同源性较低,核苷酸同源性介于81.3%～82.0%之间,氨基酸同源性介于87.6%～88.8%之间。系统进化分析表明,云南NDV F基因有2株属于基因Ⅱ型,其余6株均属于基因Ⅶe型。云南NDV HN基因则均属于基因Ⅶ型。     

广东地区8株鹅源基因Ⅻ型新城疫病毒F蛋白基因遗传进化分析

为了解当前广东地区鹅群新城疫病毒(NDV)遗传进化情况,本研究从广东养殖病死鹅组织样品中分离鉴定获得8株NDV,对分离株的F蛋白基因进行核苷酸及氨基酸序列分析。8株分离病毒之间F蛋白基因同源性较高,为96.3%-99.9%,但与当前国内NDV优势流行株及疫苗株同源性均较低。遗传进化分析结果显示所有新分离株均属于Ⅻ型NDVⅫb亚型分支,而当前国内NDV的优势流行株及常用疫苗株均属于Ⅶd亚型分支。氨基酸序列分析结果显示,本研究分离株F蛋白裂解位点氨基酸序列均为~(112)K/RRQKR/F~(117),符合强毒株分子特征;与基因Ⅶ型代表株NDV/ZJ1相比,新分离株F蛋白B细胞中和抗原表位均出现D~(170)N变异;而与2010年～2011年报道的广东Ⅻb亚型分离株相比,新分离株F蛋白疏水区、七肽重复序列等区域均出现氨基酸的变异。综上所述,本研究分离鉴定的8株鹅源NDV的F基因均属于Ⅻb亚型,与Ⅶd亚型流行株及常用疫苗株F基因同源性较低,且其多个氨基酸关键位点存在变异。本研究在国内首次从病死鹅体内分离到基因Ⅻ型NDV,为进一步了解基因Ⅻ型NDV在广东地区水禽中的流行、病原进化以及疫苗株更新提供参考。     

鸭源新城疫病毒SS1株全基因序列测定及遗传进化分析

对从贵州省某三穗鸭养殖场病死鸭体内分离的1株新城疫病毒(NDV)Sheldrakeduck/China/Guizhou/SS1/2014(简称SS1株)进行部分生物学特性测定及全基因测序与分析。结果表明:SS1株的MDT、ICPI和IVPI分别为52 h、1.89和2.80,F基因编码蛋白的裂解位点序列为~(112)R-R-Q-K-R-F~(117),HN基因编码571个氨基酸,均符合NDV强毒株特征;SS1株基因组全长为15 192 bp,各基因片段核苷酸序列与代表性基因Ⅶ型毒株ZJ1、NA-1、SF02和FP1/02相似性最高,达96.3%~98.7%,而与疫苗株V4、La Sota和Mukteswar同源性最低,为82.8%~85.4%;根据F基因序列绘制的系统进化树显示SS1株属于ClassⅡ基因Ⅶd亚型。F和HN蛋白氨基酸序列分析发现,SS1株F蛋白中和抗原位点第170位氨基酸、HN蛋白抗原区及其邻近氨基酸位点与国内当前流行的基因Ⅶd亚型NDV毒株一致,而与疫苗株有较大的差异。此外,交叉血凝抑制试验结果表明,SS1株与传统疫苗株La Sota的抗原同源性为84.5%,而与新型基因Ⅶ型疫苗株A-Ⅶ的抗原同源性为100%,表明分离株与疫苗株存在一定的抗原差异。     

4株NDV分离株F基因的克隆与序列分析

对4 株具有一定代表性的NDV(新城疫病毒)分离株的F基因进行RT PCR(反转录聚合酶链反应)扩增和序列分析,根据基因裂解位点的氨基酸序列推测,其中1 株属于弱毒株,3 株属于强毒株;核苷酸序列及其推导的氨基酸序列比较结果表明,3株强毒株与Clone30 基因核苷酸序列的同源性在83.6%~84.0%之间,与F48 E9典型NDV强毒株同源性在86.5.6%~88.3%之间,推导的氨基酸序列同源性与Clone 30 株在85.9%~87.0%之间,与F48E9典型NDV强毒株在89.1%~91.3%之间;利用MegAlign软件绘制了NDV 的系统发育进化树,结果表明, 3株分离强毒株为Ⅶ基因型,弱毒株为基因Ⅱ型。     

1株广东鸡源新城疫病毒的分离鉴定和毒力基因分析

从广东粤东地区某商品蛋鸡场的发病鸡群中分离到1株病毒（YS株）,经血凝和血凝抑制试验确定为新城疫病毒（NDV）.对该分离株的F蛋白氨基酸序列的分析结果表明,其F0裂解位点的氨基酸序列为1nR-R-Q-K-R-F117,且含有101K和121V,符合典型NDV强毒株的分子特点.遗传分析结果显示分离株属于基因Ⅶd亚型.F和HN基因的氨基酸相似性分析表明,分离株与基因Ⅶ型NDV Chicken/China/Shandong/02/2010株的相似性最高,均达到99％,而与常用疫苗株B1、V4、Clone30、Mukteswar和La Sota的相似性则较低,分别在86.8％～ 90.4％和87.2％～88.3％之间,说明分离株与经典的NDV毒株存在一定的差异.     

新城疫病毒西藏分离株HN基因克隆与序列分析

为确定西藏新城疫病毒(Newcastle disease virus,NDV)分离株HN基因结构特征及其与已知毒株的遗传相关性,本试验应用RT-PCR技术对西藏NDV分离株HN基因进行扩增,然后克隆至pMD18-T载体测序,并与国内外代表性毒株和当前疫苗株进行比对及系统发育分析。结果表明,NDV分离株HN基因片段长度为1734 bp, 编码577个氨基酸;推导的氨基酸序列均有5个糖基化位点, XZ10和XZ17有12个半胱氨酸残基,XZ20只有11个半胱氨酸残基。NDV西藏分离株HN基因与国内代表性毒株核苷酸同源性在81.1%~93.0%之间,氨基酸同源性在81.1%~93.6%之间;与疫苗株核苷酸同源性在87.8%~98.7%之间,氨基酸同源性在88.0%~98.9%之间。系统进化分析结果表明,NDV西藏分离株HN基因均属于Ⅱ型。     

鸭新城疫病毒山东分离株的生物学特性与F基因遗传进化分析

从山东规模化鸭场采集棉拭子样品并接种SPF鸡胚分离鉴定NDV,通过测定鸡胚平均致死时间(MDT)和1日龄雏鸡脑内接种致死指数(ICPI)来确定分离株的毒力,采用RT-PCR方法对分离株F基因进行测序并进行遗传进化分析。结果显示,从正常鸭群棉拭子中分离到4株NDV,F蛋白裂解位点的氨基酸序列表明4个分离株中2株氨基酸序列为112 ERQERL117,1株为112 GKQGRL117,符合弱毒株序列特征;1个分离株为112 RRQKRL117,符合强毒株序列特征。系统进化分析表明,其中2株属于ClassⅠ分支、2株属于ClassⅡ分支,ClassⅡ分支中的2个分离株1个为基因Ⅶ型强毒株,1个属于基因Ⅰ型弱毒株,与Queensland V4等毒株的同源性较高。     

5株鸡源新城疫病毒F基因特性分析

为调查山西省鸡源新城疫病毒(NDV)的流行现状,2012—2013年从山西省部分地区的发病鸡群分离、鉴定出5株NDV,并对这5株NDV的分子生物学特性进行了研究。对各分离株F基因序列的分析表明:其中的4株病毒在基因型分类上属于基因Ⅱ亚型,并与标准弱毒疫苗La Sota株高度同源,为99.2%⁹9.4%。氨基酸序列同源性为100%,且裂解位点氨基酸序列为112G-R-Q-G-R-L117,符合弱毒株裂解位点特征。另一分离毒株在基因型分类上与JS/5/01/Go同属基因Ⅶd亚型,两者基因序列同源性为95.6%,氨基酸序列同源性为97.5%。其裂解位点氨基酸序列为112R-R-Q-K-R-F117,为强毒株裂解位点特征。     

12个新城疫病毒分离株的F基因和HN基因序列分析

自1997年-2016年从广东佛山、肇庆、云浮等地疑似新城疫的家禽病料分离鉴定获得12株新城疫病毒,采用RT-PCR方法对所有分离株的F基因和HN基因进行扩增,产物经克隆并测序后与GenBank数据库中的参考毒株做遗传进化分析。12个分离株的F基因遗传进化分析结果显示,9株属于基因Ⅶ型,2株属于基因Ⅸ型,1株属于基因Ⅵ型。F基因同源性分析结果显示,12个毒株与目前疫苗株La Sota、B1、Mukteswar和Clone30的同源性在81.6%~91.5%之间,12个毒株间同源性的差异较大,9个Ⅶ型分离株之间的同源性在84.8%~99%之间;HN基因同源性分析结果显示,12个毒株与目前疫苗株La Sota、B1、Mukteswar和Clone30的同源性在80.9%~91.9%之间,12个毒株间同源性的差异较大,9个Ⅶ型分离株之间的同源性在84%~98.5%之间。氨基酸序列分析表明,12个分离株与NDV强毒株的氨基酸特征相符,有10个分离株的HN基因第514氨基酸残基出现Ⅰ→Ⅴ的变异,有9个分离株的F基因和HN基因的中和抗原位点出现变异。试验提示,当前广东部分地区的分离株与传统疫苗株之间存在抗原性差异,故应加强广东地区新城疫病毒的分子遗传监控。     

新城疫病毒基因型差异性单克隆抗体的制备及鉴定

目前新城疫病毒(NDV)弱毒株的混杂对禽病实验室病原诊断工作造成很大困扰,NDV强弱毒株以及基因型的快速鉴别是亟待解决的重要问题。研究选用一株与疫苗株La Sota存在显著抗原性差异的强毒株PI/CHINA/SD/2012/167制备油乳剂疫苗免疫小鼠制备单克隆抗体。采用间接ELISA检测抗体对该强毒株及La Sota株的反应性,筛选广谱型和强弱毒株差异型的单克隆抗体,最终获得2株存在基因型差异的单克隆抗体。其中,3F10株不与ClassⅠ以及ClassⅡ基因Ⅰ型毒株反应,而与其他毒株都有很好的反应性,而7E11株不仅与ClassⅠ以及ClassⅡ基因Ⅰ型毒株反应性弱,而且与La Sota株和Mukteswar株的反应性也远远低于ClassⅠ基因Ⅵ、Ⅶ和Ⅸ型的强毒株。为了确定两株克隆抗体靶向的病毒蛋白,构建了NDV蛋白真核表达质粒转染DF1细胞,并利用Western blot和间接免疫荧光试验进行检测。结果显示,3F10针对NDV M蛋白,而7E11针对NDV F蛋白。两株单克隆抗体与NDV不同基因型毒株反应的差异性为NDV的鉴别诊断技术研究奠定了基础。     

5株禽新城疫病毒新疆分离株F基因序列测定与遗传进化分析

从新疆乌鲁木齐市郊区养禽场发病禽群中分离到4株鸡源新城疫病毒(Newcastle disease virus,NDV)和1株鸽源NDV.经血凝HA试验鉴定,NDv分离株均具有血凝性,5个毒株的血凝特性均口J被NDV阳性血清所抑制.而不能被禽流感病毒(H5亚型与H9亚型)阳性血清抑制.本试验通过RT-PCR扩增了5株NDV全长F基因并进行了序列测定.序列分析表明,5株NDV的核苷酸序列分别为1662、1589、1676、1589和1662 bp,均含有1个开放阅读框,分别编码553、528、553、520和553个氨基酸;根据基因裂解位点的氨基酸序列分析表明.鸡源XJ/10/08株属于强毒株.XJ/3/07株、XJ/7/07株、XJ/9/08株和XJ/11/08株属于弱毒株;同源性分析表明,5个NDV新疆分离株与La Sota疫苗株的核苷酸同源性在83.7%～99.8%之间,与TaiWan95株核苷酸同源性在84.7%～93.3%之间;遗传发育进化树分析表明,分离到的4个弱毒株与La-Sota、Clone30、B1、BEA-45在同一亚群,属基因Ⅱ型,强毒分离株与TaiWan95、广东株(GD-1-98)、江苏株(JS-5-1)在同一进化分支内,属基因Ⅶ型.     

两种禽源新城疫病毒分离株F基因遗传变异分析

以鸡胚分离结合血清学鉴定,从近几年江苏省及河南省分离到来自鸡和鸽子的6株新城疫病毒(NDV).病毒蚀斑纯化后,选取3个克隆利用RT-PCR技术扩增F基因重要功能区片段,在对PCR产物直接序列测定分析基础上,选取一致克隆株进行全长F基因克隆、序列测定分析.根据分离株序列与GenBank中NDV相关毒株序列比较分析,结果表明,所分离的6个分离株归属为3个NDV基因型,其中有基因VIId亚型(3株)、基因VI型(2株)和基因Ⅱ型(1株).这6株NDV的F蛋白裂解位点的氨基酸序列均为112R-R-Q-K-R-F117,属于NDV强毒株典型序列.     

广东部分地区鸽禽Ⅰ型副黏病毒分子流行病学研究

为了解广东近年来鸽禽Ⅰ型副黏病毒(PA/PMV-Ⅰ)基因变异情况,为新型疫苗毒株的筛选以及PA/PMV-Ⅰ的免疫防制提供依据,我们对广东不同地区在1999年～2007年发生PA/PMV-Ⅰ鸽群开展流行病学调查、病原分离鉴定,从中筛选出8株病毒进行F基因RT-PCR扩增、测序和相似性分析.结果表明,8株PA/PMV-Ⅰ之间核苷酸与推导的氨基酸同源性分别为83.7%～99.9%和87.9%～99.6%,其中P199902-1株和P200201-1株之间的氨基酸相似性最高达99.6%,与其他6株的氨基酸相似性则相对较远.遗传进化树分析结果表明,P199902-1、P200201-1、P200301-5、P200401-3株和P200705-1株属于基因Ⅵ型;P200001-2株属于基因Ⅱ型,与疫苗株LaSota-46株亲缘关系较近;P200103-5与P200603-5株属于基因Ⅶ型与国内广西等地的鸡源NDV流行株Chicken/Gx/14/2005和NDV0210149株亲缘关系最近.     

6株鸽源新城疫病毒广西分离株F基因的遗传演化分析

应用RT-PCR方法对分离自广西不同鸽场的6株鸽源新城疫病毒F基因进行扩增、序列测定和分析。结果显示:只有1株分离株F基因的ORF全长为1 659 bp,编码552个氨基酸,其他5株分离株F基因的ORF全长均为1 662 bp,编码553个氨基酸,6株分离株的F0蛋白裂解位点的序列均为112RRQKRF117,符合强毒株的序列结构特性;核苷酸同源性比较显示,6株分离株与NDV基因Ⅵ型中的Ⅵb亚型同源性最高,为91.3%~99.3%(与比利时分离株11(JX901124)的同源性最高),与其他基因Ⅰ、Ⅱ、Ⅲ、Ⅳ、Ⅴ、Ⅶ、Ⅷ、Ⅸ型毒株的同源性在81.3%~89.2%。与经典强毒株F48E9相比,核苷酸序列同源性为83.6%~84.8%,氨基酸序列同源性为89.2%~92.4%;与Ⅰ型疫苗株V4、I-2相比,核苷酸同源性分别为83.6%~85.1%和82.6%~84.2%,氨基酸序列同源性分别为88.1%~91.3%和87.7%~90.8%;与Ⅱ型疫苗株La Sota和B1相比,核苷酸同源性分别为81.7%~83.9%和82.0%~83.9%,氨基酸序列同源性分别为86.6%~89.9%和86.6%~89.9%。遗传进化分析显示,6株广西鸽源分离株与2011年比利时分离株11(JX901124)和中国毒株SDS、LLN713、BJP13、LJL404、P4的遗传关系最为接近,位于同一进化树分支上,属于基因Ⅵb亚型。     

不同基因型NDV灭活油乳苗与La Sota株灭活油乳苗的免疫效果比较

目前,我国常用的传统新城疫疫苗Ⅰ系、Ⅱ系、Ⅵ系、Ⅴ4等疫苗毒株均属于经典型基因Ⅰ型和Ⅱ型毒株,而造成目前新城疫广泛流行的野毒株多属于基因Ⅵ型和Ⅶ型毒株。故此,在对河南省洛阳地区新城疫病毒进行分子流行病学调查的基础上,筛选出了2株不同基因型的代表株(基因Ⅵ型和Ⅶ型     

蛋鸡输卵管积液中新城疫强毒的分离鉴定与分子特征

从病鸡输卵管积液中分离了一株新城疫病毒(命名为SHY06),经蚀斑纯化后测定其鸡胚平均死亡时间和1日龄雏鸡脑内致病指数分别为52 h和2.0,F蛋白裂解位点氨基酸序列为112-RRQKRF-117,符合强毒NDV的特征.根据F基因(1-374 bp)对SHY06和19个NDV参考毒株进行基因分型结果表明SHY06属于基因Ⅶ型.F基因氨基酸序列同源性比较显示SHY06与基因Ⅶ型NDV分离株同源性为97.5%～99.5%,与基因Ⅸ型NDV(F48E9等)同源性为91.7%～92.4%,与基因Ⅱ型(疫苗株LaSota等)同源性为89.2%. HN基因氨基酸序列同源性比较显示SHY06与近年来分离株同源性较高,为92.1%～99.7%,与疫苗株(LaSota)和标准强毒株(F48E9)同源性较低,分别为87.6%和89.9%.     

5株禽新城疫病毒新疆分离株F基因序列测定与遗传进化分析

从新疆乌鲁木齐市郊区养禽场发病禽群中分离到4株鸡源新城疫病毒（Newcastle disease virus,NDV）和1株鸽源 NDV。经血凝HA试验鉴定,NDV分离株均具有血凝性,5个毒株的血凝特性均可被NDV阳性血清所抑制,而不能被禽流感病毒(H5亚型与H9亚型)阳性血清抑制。本试验通过RT-PCR扩增了5株NDV全长F基因并进行了序列测定。序列分析表明,5 株 NDV 的核苷酸序列分别为1662、1589、1676、1589和1662 bp,均含有1个开放阅读框,分別编码 553、528、553、520 和 553个氨基酸;根据基因裂解位点的氨基酸序列分析表明,鸡源XJ/10/08株属于强毒株, XJ/3/07株、XJ/7/07株、XJ/9/08株和XJ/11/08株属于弱毒株;同源性分析表明,5 个 NDV新疆分离株与 La Sota 疫苗株的核苷酸同源性在 83.7%～99.8% 之间,与 TaiWan95 株核苷酸同源性在 84.7%～93.3% 之间;遗传发育进化树分析表明, 分离到的4个弱毒株与LaSota、Clone30、B1、BEA-45在同一亚群,属基因Ⅱ型,强毒分离株与TaiWan95、广东株(GD-1-98)、江苏株(JS-5-1)在同一进化分支内,属基因Ⅶ型。     

10株鸭源新城疫病毒的分离鉴定及F基因遗传进化分析

为调查山东省鸭群中新城疫病毒(NDV)的流行情况,对2007—2009年山东不同地区发病鸭群进行了NDV的分离鉴定,并对分离的10株鸭源NDV进行了生物学特性和遗传特性研究。结果显示:10株鸭源NDV的致病指数MDT和ICPI测定结果分别为50.4～60.0和1.66～1.78,表明10株分离株均属强毒株。致病性试验显示,3株代表毒株对不同日龄雏鸭均具有较强的致病性,发病率和死亡率分别达70%～100%和20%～70%。对F基因序列分析表明,相对于基因Ⅰ～Ⅵ型NDV,10株鸭源NDVF蛋白存在较大变异,这些变异主要集中在1—30、101—124、479—494和509—516 aa处,且在52、71、176、272、314、402和489位出现了与近几年流行毒株一致的氨基酸替代。核苷酸同源性分析结果表明,10株鸭源NDV之间同源性在95.8%～99.9%,与2000年以来国内外分离的基因Ⅶ型NDV同源性较高,在95.7%～99.8%,与传统LaSota、F48E9同源性较低,为83.8%～90.9%。遗传进化分析结果显示分离毒株均属于基因Ⅶd型。此外,10株鸭源NDV还具有大多数鹅源NDV所特有的973位和1 249位RsaⅠ位点。上述结果表明基因Ⅶd型NDV是造成我国鸭群近年来发生新城疫的主要病原,鸭源NDV很可能源于早期的鹅源NDV。     

一株基因Ⅶb亚型新城疫病毒F和HN基因的序列分析

为分析从某鹅病料样品中分离鉴定的一株新城疫病毒(NDV) (Goose/Foshan/2010)F和HN基因的序列特征,本研究采用RT-PCR方法扩增该病毒的F和HN基因的ORF序列,并进行序列测定.经序列比对、进化分析表明,Goose/Foshan/2010株属于基因Ⅶb亚型病毒株,F蛋白裂解位点序列为112RRQKRF117,-HN蛋白由571个氨基酸残基组成,具有强毒株分子特征.对F和HN蛋白分析表明,其HN蛋白存在E347D和K495E两个点突变;此外,HN蛋白缺失了538位～540位的糖基化位点.该分离株为我国首次报道的鹅源基因Ⅶb亚型NDV分离株,与秘鲁及马来西亚早期基因Ⅶb亚型分离株进化关系密切,表明我国目前新城疫的流行情况十分复杂.