猪流行性腹泻病毒RT-LAMP快速检测方法的建立及应用

为建立一种适用于现场快速检测猪流行性腹泻病毒(PEDV)的环介导等温扩增(RT-LAMP)检测方法,本研究以PEDV N基因的保守序列为靶基因设计引物,优化并建立了基于RT-LAMP的PEDV快速检测方法。结果显示,RT-LAMP方法的最佳反应条件为:反应温度为61℃,反应时间为50 min,Mg~(2+)和dNTPs浓度分别为8.0 mmol/L和4.0 mmol/L,外引物和内引物最佳浓度比为1.4。特异性试验结果显示,该方法只能检测出PEDV,对其他病原检测均为阴性,具有良好的特异性;敏感性试验结果显示,该方法能够检测出的最低RNA浓度为6.52×10~(-5)mg/L,而常规RT-PCR能检测到最低浓度为6.52×10~(-3)mg/L,表明RT-LAMP敏感性是RT-PCR的100倍;重复性试验结果显示,批内和批间重复性试验结果无明显差异,重复性较好。利用RT-LAMP和RT-PCR方法分别对3份已知阳性样品,5份已知阴性样品以及52份未知临床样品进行检测。阳性样品经RT-LAMP和RT-PCR方法均检测到PEDV,阴性样品均未检测到PEDV。52份临床样品中,RT-LAMP对PEDV检测阳性率为23.08%(12/52);RT-PCR检测阳性率为17.31%(9/52),二者的符合率为94.23%。以上结果表明,建立的RT-LAMP方法具有成本低、检测快、灵敏度高、特异性强等优点。且结果易于判定、便于现场检测,在病原检测方面具有良好的应用前景,为该病的流行病学调查及综合防制提供重要的实验依据。     

猪瘟病毒RT-LAMP检测方法的建立及初步应用

为建立猪瘟病毒(CSFV)可视化逆转录环介导等温核酸扩增(RT-LAMP)快速检测方法,从GenBank下载不同基因亚型CSFV分离株全基因序列,通过引物设计, RT-LAMP反应体系优化,建立了检测CSFV的RT-LAMP方法。该方法特异性和敏感性好,对CSFV cDNA最低检测限量为1.0×10~(-7) ng/μL,不能检测到非目标病毒核酸。对临床送检的100份疑似CSFV感染样品进行检测,检出13份CSFV阳性,其中10份和RT-PCR检测结果一致,另外3份的RT-PCR检测结果呈阴性,同时对比发现RT-LAMP方法的敏感性比常规RT-PCR方法高100倍。本研究为CSFV检测提供了可供选择的方法。     

非洲马瘟病毒可视化RT-LAMP现场检测方法的建立

为建立非洲马瘟病毒(AHSV)可视化RT-LAMP检测方法,本研究根据AHSV外衣壳蛋白(VP7)基因保守序列设计2对特异性引物,通过反应条件优化建立了AHSV可视化RT-LAMP检测方法。结果显示,本实验所建立RT-LAMP方法的最佳反应条件为62℃1 h;利用该方法检测进口灭活冻干疫苗中的9个血清型AHSV以及马流感病毒、马传贫病毒、马动脉炎病毒和蓝舌病病毒的RNA,结果显示所有血清型AHSV RNA检测均为阳性,其它病毒RNA检测为阴性,该方法特异性较强;该方法最低可检测到3.2×10~(-9)ng/μL的RNA,敏感性是普通RT-PCR方法的1 000倍。利用建立的RT-LAMP方法和普通RT-PCR方法对35份马血和5份驴血样品同时进行检测,结果显示二者阳性和阴性符合率均为100%。本研究在国内外首次建立了AHSV 9种血清型的可视化RT-LAMP检测方法,其具有特异性强、敏感性高、快速和高通量检测的优点,为非洲马瘟(AHS)快速的可视化现场诊断提供可行方法。     

传染性法氏囊病病毒RT-LAMP检测方法的建立

为了建立传染性法氏囊病病毒RT-LAMP检测方法,用于快速检测传染性法氏囊病,从而评估禽类动物健康情况,试验针对传染性法氏囊病病毒VP3序列设计引物,优化反应时间、温度、体系等获取最佳反应参数,对建立的传染性法氏囊病病毒RT-LAMP检测方法的灵敏度、颜色变化、特异性进行研究并应用该方法检测临床疑似病料。结果表明:传染性法氏囊病病毒在60℃75 min和80℃10 min条件下目标核酸区段大量扩增,以此条件成功建立针对鸡传染性法氏囊病病毒的RTLAMP检测方法;在模板浓度为994.9 ng/μL并进行10倍稀释的情况下,所建立的RT-LAMP检测方法具有极高的灵敏性,可以检测到99.49 fg/μL的样品,比RT-PCR方法的灵敏度高100倍左右;在RT-LAMP的检测结果中加入Gene Finder可使阳性结果变为绿色;该方法只有鸡传染性法氏囊病病毒发生反应,表现出良好的特异性;在临床疑似病料检测中,RT-LAMP检测方法的检出率高达93.75%,比RT-PCR检测方法高25.00%。说明试验建立的传染性法氏囊病病毒RT-LAMP检测方法具有简便、灵敏、快速、强异性高等优点,可用于临床鸡传染性法氏囊病病毒的快速检测。     

美洲型猪繁殖与呼吸综合征病毒RT-LAMP可视化快速检测方法的建立与应用

为建立一种快速诊断美洲型猪繁殖与呼吸综合征病毒(NA-PRRSV)的可视化检测方法,根据GenBank已发表的美洲型PRRSV经典病毒株JXA1序列,运用在线生物软件设计合成并筛选出1组引物,通过反应体系优化,建立了NA-PRRSV RT-LAMP可视化快速检测方法,并验证了该方法的特异性、敏感性,同时开展了初步临床应用。结果显示:该方法具有良好的特异性和较高的灵敏度,可检测病毒RNA模板的最低浓度为10 copies/μL;应用该方法检测30份临床样品,结果与实时荧光RT-PCR方法符合率为100%,进一步证实了该方法的可行性。结果表明,所建立的RT-LAMP检测方法具有特异性好、灵敏度高、快速、可视等优点,适用于NA-PRRSV的现场快速检测。本研究为NA-PRRSV的快速、准确鉴别提供了有效手段。     

新型鸭呼肠孤病毒RT-PCR检测方法建立与初步应用

为建立一种能够快速检测新型鸭呼肠孤病毒（NDRV）的方法,本研究参考GenBank上登录的NDRV S3基因保守序列设计特异性引物.经条件优化后,建立了检测NDRV的RT-PCR方法.对其特异性、敏感性和重复性进行检验.结果显示：该方法仅能从NDRV分离毒中扩增到与预期大小相符,长度为298 bp的特异性目的片段,检测灵敏度达到83.4 pg病毒RNA;而其它病毒：番鸭呼肠孤病毒、禽呼肠孤病毒、鸭病毒性肝炎病毒、鸭瘟病毒、鸭新城疫病毒和禽流感病毒等样品的扩增结果均为阴性.采用该方法对在广东不同地区采集的15份鸭病料样品进行检测,NDRV阳性率为53.33％.表明建立的RT-PCR方法特异性强、敏感度高,可用于NDRV的临床诊断和流行病学调查.     

猪急性腹泻综合征冠状病毒RT-LAMP快速检测方法的建立与应用

为建立简捷、灵敏的猪急性腹泻综合征冠状病毒(SADS-CoV)检测方法,本研究针对SADS-CoV N基因片段保守区域设计特异性的反转录环介导等温扩增(RT-LAMP)引物,经条件优化后显示建立的SADS-CoV RTLAMP检测方法最佳反应条件为64℃,50 min,初步建立SADS-CoV的RT-LAMP快速检测方法。利用该方法检测SADS-CoV、猪流行性腹泻性病毒(PEDV)、猪传染性胃肠炎病毒(TGEV)、猪德尔塔冠状病毒(PDCoV)、猪轮状病毒(PoRV)和猪肠道病毒9型(PEV9),评估其特异性,结果显示除SADS-CoV外,该方法与其它病原无交叉反应,特异性较强;将病毒RNA 10倍倍比稀释后作为模板,利用该RT-LAMP与普通RT-PCR同时检测,结果显示,RTLAMP方法比普通RT-PCR方法的敏感性高10~3倍,敏感性较高。以同一批次或不同批次的SADS-CoV核酸为模板进行RT-LAMP试验,结果显示RT-LAMP批内批间均可稳定的检出阳性样本,表明该方法具有良好的重复性和稳定性。对经口服感染SADS-CoV和未感染仔猪的临床样本进行检测,结果显示RT-LAMP与普通RT-PCR检测结果高度一致。本实验首次建立的SADS-CoV可视化RT-LAMP检测方法具有特异性强、敏感性高,操作简便、快速和高通量检测的优点,为临床SADS-CoV感染的快速诊断和综合防控提供检测手段。     

反转录环介导等温扩增技术快速检测猪水疱病毒方法的建立

为了建立一种针对猪水泡病毒(SVDV)的反转录环介导等温扩增技术(RT-LAMP),用于减少猪水泡病与口蹄疫因临床症状相似而造成的误诊,试验针对SVDV VP1基因序列设计4个LAMP引物,其中外侧引物用于SVDV PCR检测,并利用RT-LAMP和RT-PCR方法进行敏感性试验、特异性试验以及临床样品检测。结果表明:针对SVDV的RT-LAMP检测方法的敏感性是RT-PCR的10倍; RT-LAMP方法的特异性良好,与口蹄疫病毒无交叉反应;两种方法对临床样品检测的符合率为100%。说明试验建立的RT-LAMP方法具有敏感性高、特异性强、快速等特点,适合实验室和临床对SVDV的快速诊断。     

NDRV和MDRV双重RT-PCR检测方法的建立

为建立一种能够同时快速检测新型鸭呼肠孤病毒(NDRV)和番鸭呼肠孤病毒(MDRV)的方法,根据GenBank上已发表的2种病原S3基因保守序列,设计合成2对特异性引物。经条件优化后,建立了检测NDRV、MDRV的双重RT-PCR方法,扩增2种病毒的片段,大小分别为298 bp和189 bp。试验表明,该方法具有良好的特异性和敏感性。采用该方法对在广东省不同地区采集的42份鸭病料样品进行检测的结果与单一RT-PCR结果一致,均检出19份感染NDRV的病料和8份感染MDRV的病料,表明该方法可用于临床样品检测。     

猪流行性腹泻病毒可视化RT-LAMP检测方法的建立与初步应用

为建立猪流行性腹泻病毒(PEDV)可视化反转录-环介导等温扩增(RT-LAMP)检测方法，本研究根据PEDV ORF1a/b基因的保守序列，设计了8组特异性引物，以PEDC cDNA为模板，采用试剂盒推荐的各反应条件经LAMP扩增，根据LAMP反应产物琼脂糖凝胶电泳结果筛选最佳引物组。以筛选的外引物PE2 F3/B3经PCR从PEDV cDNA中扩增ORF1a/b基因，构建重组质粒p PE-ORF1-2并分别经PCR和测序鉴定。结果显示，2号引物组(内引物PE2 FIP/PE2 BIP，外引物PE2 F3/PE2 B3)为最佳引物。PCR和测序鉴定结果表明重组质粒正确构建，经计算其浓度为1.56×1011拷贝/μL，将其稀释1 000倍后作为质粒标准品。为建立检测PEDV的RT-LAMP方法，本研究对该方法的反应时间、反应温度、Mg2+浓度、内、外引物及d NTP浓度进行了优化，结果显示，RT-LAMP反应体系为：60℃反应50 min,Mg2+浓度80 mmol/L，内外引物终浓度分别为32μmol/L和5μmol/L,d NTP浓度10 mmol/L；通过在上述体系中加入甲酚红指示...     

基于钙黄绿素显色的可视化LAMP检测猪流行性腹泻病毒的研究

针对猪流行性腹泻病毒(PEDV)的NP基因设计1套环介导等温扩增(LAMP)引物,在反应体系中添加钙黄绿素/氯化锰指示剂代替传统的反应后添加SYBR Green Ⅰ染料,建立了基于钙黄绿素的可视化LAMP检测PEDV的方法。该方法能在65 ℃ 1 h内特异性扩增PEDV,与猪瘟病毒(CSFV)、猪传染性胃肠炎病毒(TGEV)、猪轮状病毒(PoRV)及大肠杆菌等均无交叉反应,检测下限为3.73 pg/μL,其结果可用肉眼判断,快捷方便。用该方法对龙岩学院动物医学研究所接诊的93份腹泻病例进行检测,结果表明,LAMP方法检测PEDV的阳性率为43.01%(40/93),高于普通PCR的检出率(38.7%,36/93)。本试验建立的可视化LAMP检测方法能用于PED诊断。     

新型鸭呼肠孤病毒SYBR Green Ⅰ实时荧光定量RT-PCR检测方法的建立

为建立一种快速检测新型鸭呼肠孤病毒(NDRV)的方法,本研究参考GenBank中登录的NDRV S3基因保守序列设计特异性引物,建立了一种检测NDRV的SYBR Green Ⅰ荧光定量RT-PCR方法,对其特异性、敏感性和重复性进行检验,并与普通PCR进行比较.结果显示,扩增标准曲线相关系数为0.9996,扩增产物的熔解曲线仅出现单特异峰.对番鸭呼肠孤病毒、禽呼肠孤病毒、鸭病毒性肝炎病毒、鸭瘟病毒、鸭新城疫病毒和禽流感病毒均未检测到荧光信号.对NDRV的最小检出量为29拷贝/μL,比普通PCR敏感性高100倍.组内和组间变异系数均小于2％,重复性好.该检测方法的建立为NDRV早期快速检测及定量分析提供新的方法.     

H5亚型禽流感病毒的逆转录环介导等温扩增(RT-LAMP)检测技术

根据GenBank中H5N1亚型流感病毒HA基因保守区的序列,设计1组对应HA序列6个区域的4条特异性引物进行核酸扩增,建立RT-LAMP反应体系,优化LAMP反应条件,最佳等温扩增反应条件为65℃保温60min。扩增后产物加入核酸染色剂SYBRⅠ和4 mmol/L Mg2+,结果可视。扩增产物可用特异性内切酶KpnⅠ进行酶切鉴定。用已建立的RT-LAMP技术检测临床样品,检测结果与RT-PCR方法一致。RT-LAMP技术整个检测过程只需1~2 h,不需要PCR仪和成像系统,仅需要一恒温水浴锅即可完成试验。通过特异性、敏感性试验,验证了建立的RT-LAMP技术可以作为一种操作简单,灵敏性、特异性高的检测H5亚型禽流感病毒的方法。     

禽新型黄病毒RT-LAMP检测方法的建立

根据环介导等温扩增技术(LAMP),建立了一种适用于禽新型黄病毒的逆转录环介导等温扩增(RT-LAMP)快速检测方法。根据禽新型黄病毒E蛋白基因序列,在保守区设计了一套针对禽新型黄病毒基因8个区域的6条特异性引物,并对反应条件进行优化。结果表明该方法对NDRV、GPV、MDRV、NDV、ILTV、FPV均无扩增反应,并可通过反应液是否有沉淀或向反应液中加入荧光染料来对结果进行可视化观察;扩增反应只需要在常规水浴锅中进行,45min内可完成反应;该方法对禽新型黄病毒RNA的最小检测限为1pg,灵敏度是一步法RT-PCR方法的100倍。本研究建立的RT-LAMP方法简便、快速、灵敏、特异,适合在基层进行禽新型黄病毒的快速检测。     

猪流行性腹泻病毒和猪传染性胃肠炎病毒双重RT-PCR鉴别方法的建立

根据GenBank发表的猪流行性腹泻病毒(PEDV)CV777株和猪传染性胃肠炎病毒(TGEV)Purdue P115株的基因序列,针对其基因保守区,设计1条共用的下游引物和2条各自病毒的上游引物,可特异扩增出大小分别为213 bp和546 bp目的条带。经过对TaqDNA聚合酶和Mg2+浓度、退火温度(Tm)等PCR反应条件的优化,最终确定该双重RT-PCR的最佳条件为TaqDNA聚合酶浓度为0.03 U/μL,Mg2+浓度为0.05 mmol/L,dNTP浓度为200μmol/L,Tm为51℃。特异性和敏感性检测结果显示,所建立的检测方法具有很好的特异性以及较高的敏感性。     

RT-LAMP检测鸡传染性支气管炎病毒方法的建立及应用

以鸡传染性支气管炎病毒(Infectious Bronchitis Virus,IBV)的N基因保守区域设计4条引物,通过优化反应条件,建立了检测IBV的逆转录环介导等温扩增技术(RT-LAMP),并进行了特异性试验、敏感性试验及临床样本检测。结果显示,建立的RT-LAMP方法对IBV参考株扩增产物的电泳呈特征性梯状条带,而新城疫病毒(NDV)、禽流感病毒(AIV)、马立克病病毒(MDV)、传染性囊病病毒(IBDV)等的扩增产物电泳后均无扩增条带。该方法最低能检出0.19 pg的IBV cDNA模板,敏感性比常规RT-PCR方法高1 000倍。用该方法检测了6份临床疑似IB临床病料,检出率为100%(6/6),与常规RT-PCR的符合率为100%。60 min反应结束后,离心可以看到白色沉淀物,简单直观,适用于基层实验室快速准确诊断。     

猪流行性腹泻病毒RT-LAMP检测方法的建立与应用

为建立一种适用于现场快速检测猪流行性腹泻病毒(PEDV)的环介导等温扩增(LAMP)检测方法,针对猪流行性腹泻病毒(PEDV)的M基因编码区序列,分别设计合成3组引物,通过对引物的筛选和反应条件优化,建立了PEDV RT-LAMP可视化快速检测方法。灵敏度和特异性试验结果显示,本方法在65℃45 min对PEDV的检测灵敏度为2 copies/μL,与猪传染性胃肠炎病毒、猪轮状病毒、猪瘟病毒、猪伪狂犬病毒、猪繁殖与呼吸综合征病毒均无交叉反应。利用该方法对30份送检的临床样品进行检测,检出阳性样品8份,与荧光定量RT-PCR检测结果一致。试验表明,所建立的RT-LAMP检测方法具有特异性好、灵敏度高、快速、结果可视、设备适用范围广等优点,适用于PEDV现场快速检测。     

鹅新城疫病毒RT-LAMP可视化检测方法的建立

本研究拟建立一种能在基层实时、便捷诊断鹅新城疫病毒(goose Newcastle disease virus,GNDV)的检测方法。根据GenBank中公布的GNDVF基因的高度同源保守序列设计特异性引物,并在反应体系中添加钙黄绿素/氯化锰指示剂,建立可视化RT-LAMP检测方法。结果显示,建立的方法能特异地检测出GNDV及NDV Lasota疫苗株,而小鹅瘟病毒(GPV)、禽流感病毒(AIV)、鸭坦布苏病毒(DTMUV)等其他病毒均为阴性。所建立的GNDV可视化RT-LAMP检测方法对RNA的最低检测限为10pg,反应过程不需PCR仪等复杂的仪器,50min即可完成反应,可经肉眼观察反应体系颜色判定结果。该方法特异性强、灵敏度高,且操作安全、简便、快捷,可满足基层筛查GNDV的需求。     

禽黄病毒套式RT-PCR检测方法的建立及应用

禽黄病毒病是新发的一种疫病,可引起鸭、鹅和鸡等家禽产蛋和采食量下降及死亡。本研究旨在建立一种快速诊断方法用于临床诊断及流行病学调查。根据GenBank发表的鹅黄病毒JS804株全基因序列,应用Primer Premier 5.0软件设计了2对特异性引物,建立了禽黄病毒套式RT-PCR检测方法。结果:该套式RT-PCR方法具有特异性强、敏感性高的特点,最低病毒检测量为101.89TCID50/0.1 mL,比普通RT-PCR方法敏感性高1 000倍。应用该方法对江苏地区疑似禽黄病毒病的70份鹅病料、4份鸭病料、12份鸡病料进行检测,总阳性率为58.14%,而用普通RT-PCR方法检测的阳性率仅为17.44%。结果表明,禽黄病毒套式RT-PCR检测方法具有快速、特异、敏感的特点,可用于禽黄病毒感染的临床诊断和流行病学调查。     

鹅新城疫病毒RT-LAMP可视化检测方法的建立

本研究拟建立一种能在基层实时、便捷诊断鹅新城疫病毒（goose Newcastle disease virus，GNDV）的检测方法。根据GenBank中公布的GNDV F基因的高度同源保守序列设计特异性引物，并在反应体系中添加钙黄绿素/氯化锰指示剂，建立可视化RT-LAMP检测方法。结果显示，建立的方法能特异地检测出GNDV及NDV Lasota疫苗株，而小鹅瘟病毒（GPV）、禽流感病毒（AIV）、鸭坦布苏病毒（DTMUV）等其他病毒均为阴性。所建立的GNDV可视化RT-LAMP检测方法对RNA的最低检测限为10 pg，反应过程不需PCR仪等复杂的仪器，50 min即可完成反应，可经肉眼观察反应体系颜色判定结果。该方法特异性强、灵敏度高，且操作安全、简便、快捷，可满足基层筛查GNDV的需求。