Mx基因抗性位点在12个地方鸡种中的分布及遗传结构分析

通过PCR-RFLP技术检测Mx基因S631N位点的抗性等位基因A和敏感性等位基因G在我国地方鸡种中的分布差异。结果表明：PCR-RFLP能准确检测出抗性等位基因A与敏感性等位基因G在12个地方鸡种内的突变,抗性等位基因A在所有群体内的基因频率平均为0.304,敏感性等位基因G的频率平均为0.696;12个地方鸡种群体Mx基因S631N位点的观察杂合度平均为0.657 2,Shannon信息指数平均为0.524 0。在该位点上,12个地方鸡种除仙居鸡显著偏离Hardy-Weinberg平衡（P〈0.01）外,其余11个群体均处于Hardy-Weinberg平衡状态（P〉0.05）;经Ewens-Watterson中立性检验,该位点在各群体内（除白耳鸡群体外）都属于中立性选择。基于该位点等位基因频率构建的UPGMA聚类图将12个地方鸡种分为3大类,聚类结果反映了12个地方鸡种在Mx基因抗性方面存在的差异和优势。     

鸡Mx基因2032位点单核苷酸多态性研究

研究采用错配PCR-RFLP的方法对15个品种鸡的Mx基因进行筛查,旨在探索不同鸡品种MxcDNA第2032位点抗病基因A与易感等位基因G的多态性,为生产转基因鸡的可行性提供理论基础。结果表明:15个鸡品种Mx基因的2032位点存在A、G2个等位基因,AA、AG、GG3种基因型,其中鹿苑鸡、狼山鸡、斗鸡未发现AA型个体,茶花鸡、红色原鸡未发现GG个体;携带Mx抗性基因A和易感基因G的比例分别是0.350、0.650;抗性等位基因A的检测比例为0.034~0.984。红色原鸡的抗性等位基因A基因频率(0.984)高于地方鸡种的抗性等位基因A的基因频率(0.321);地方鸡种中的观赏型、蛋肉兼用型、肉用型、蛋用型鸡种的抗性等位基因A的基因频率分别为0.221、0.297、0.425、0.462。χ2适合性检验表明,15个品种的鸡群均处于Hardy-Weinberg平衡状态。     

如皋鸡Mx基因2032位点多态性与经济性状的关联分析

采用错配PCR-RFLP对如皋鸡Mx基因2032位点多态性进行检测,结果如皋鸡Mx基因2032位点经RsaⅠ酶切后,检测到AA、AG和GG3种基因型,基因型频率分别为0.161、0.678和0.161,抗性等位基因A的频率为0.500。χ2适合性检验表明,如皋鸡Mx基因在RsaⅠ酶切位点上等位基因的分布显著偏离Hardy-Weinberg平衡状态。分析这3种基因型与如皋鸡一些经济性状间的关联性,结果表明:抗性纯合子AA基因型的个体各阶段体重、体尺以及主要屠宰性状均小于AG和GG基因型的个体,但是除了体斜长和胫围外,AA基因型个体的重要经济性状包括常规肉质与AG和GG基因型的个体差异不显著。     

安卡鸡Mx基因A2032G变异位点对经济性状的效应分析

采用错配PCR-RFLP对安卡鸡Mx基因2032位点多态性进行检测,结果表明,安卡鸡Mx基因2032位点经Rsa Ⅰ酶切后,检测到AA、AG和GG 3种基因型,基因型频率分别为0.232、0.681和0.087,抗性等位基因A的频率为0.572.X<'2>适合性检验结果表明,安卡鸡Mx基因在Rsa Ⅰ酶切位点上等位基因的分布显著偏离Hardy-Weinberg平衡状态.分析这3种基因型与安卡鸡一些经济性状间的关联性,结果表明,抗性纯合子AA基因型的个体各阶段体重、体尺、主要屠宰性状及常规肉质与AG和GG基因型的个体差异不显著,安卡鸡Mx基因2032位点对重要经济性状没有显著的负效应.     

安卡鸡Mx基因A2032G变异位点对经济性状的效应分析

采用错配PCR-RFLP对安卡鸡Mx基因2032位点多态性进行检测,结果表明,安卡鸡Mx基因2032位点经RsaⅠ酶切后,检测到AA、AG和GG 3种基因型,基因型频率分别为0.232、0.681和0.087,抗性等位基因A的频率为0.572。χ2适合性检验结果表明,安卡鸡Mx基因在RsaⅠ酶切位点上等位基因的分布显著偏离Hardy-Weinberg平衡状态。分析这3种基因型与安卡鸡一些经济性状间的关联性,结果表明,抗性纯合子AA基因型的个体各阶段体重、体尺、主要屠宰性状及常规肉质与AG和GG基因型的个体差异不显著,安卡鸡Mx基因2032位点对重要经济性状没有显著的负效应。     

太行鸡Mx基因抗性位点与体尺和胴体性状的关联分析

采用错配PCR-RFLP对太行鸡Mx基因2032位点多态性进行检测,结果发现太行鸡Mx基因2032位点经RsaⅠ酶切后,检测到AA、AG和GG3种基因型,基因型频率分别为0.185,0.577和0.238,抗性基因A的频率为0.473。χ2适合性检验表明该多态位点上等位基因的分布处于Hardy-Weinberg平衡状态。对3个基因型与太行鸡一些经济性状间的关联性分析,结果表明,发现除胸深、胫围和胫长外,AA基因型个体其他体尺小于或接近AG和GG基因型个体;抗性纯合子AA基因型个体胴体性状均显著小于GG基因型个体。     

荷斯坦母牛TLR6基因多态性及其与体细胞评分关系的研究

本研究旨在阐明Toll样受体6(TLR6)基因的多态性与荷斯坦母牛乳房炎抗性之间的关系.采用PCR-SSCP和PCR-RFLP技术检测208头荷斯坦母牛TLR6基因多态性,用最小二乘法分析该基因多态性与荷斯坦母牛钵细胞评分(somatic cell score,SCS)的关系.结果发现,TLR6基因mRNA序列中存在T853A、G855A、G1793A、C1859A、G1934A和A1980G 6个多态位点,其中T853A突变使编码氨基酸由缬氨酸变为谷氨酸,G855A突变使天冬氨酸变为天冬酰胺,A1980G突变使异亮氨酸变为缬氨酸.T853A和G855A突变位点经SSCP检测发现3种基因型AA、AB和BB,其频率分别为0.308、0.490和0.202;X~2检验表明荷斯坦母牛在该位点处于Hardy-Weinberg平衡;BB基因型SCS最小二乘均值极显著低于AB和AA基因型所对应的值(P<0.01);AB基因型SCS最小二乘均值极显著低于AA基因型所对应的值(P<0.01).G1793A突变位点经BsiY Ⅰ酶切产生2种基因型CC和CD,其频率分别为0.332和0.668;荷斯坦母牛在该位点偏离了Hardy-Weinberg平衡,CC和CD基因型SCS最小二乘均值差异不显著(P>0.05).C1859A突变位点经BstX Ⅰ酶切产生2种基因型EE和EF,其频率分别为0.178和0.822;荷斯坦母牛在该位点偏离了Hardy-Weinberg平衡;EE和EF基因型SCS最小二乘均值差异不显著(P>0.05).G1934A突变位点经BsiY Ⅰ酶切产生2种基因型GG和GH,其频率分别为0.356和0.644;荷斯坦母牛在该位点偏离了Hardy-Weinberg平衡;GG和GH基因型SCS最小二乘均值差异不显著(P>0.05).A1980G突变位点经Bcl Ⅰ酶切产生3种基因型II、IJ和JJ,其频率分别为0.260、0.567和0.173,荷斯坦母牛在该位点处于Hardy-Weinberg平衡;JJ基因型SCS最小二乘均值极显著低于IJ和II基因型所对应的值(P<0.01);IJ基因型SCS最小二乘均值极显著低于II基因型所对应的值(P<0.01).对于奶牛乳房炎抗性,BB和JJ是有利基因型,AA和II是不利基因型.本研究结果初步表明TLR6基因T853A和G855A突变位点的B等位基因以及A1980G突变位点的J等位基因是提高奶牛乳房炎抗性的2个潜在的DNA标记.     

鸡GPC1基因外显子8的SNPs与部分免疫性状的相关性分析

采用PCR-SSCP对12个不同鸡种glypican-1(GPC1)基因外显子8的单核苷酸多态性进行检测,同时检测如皋鸡、安卡鸡和文昌鸡3个鸡种56日龄的5个免疫性状,进一步分析SNP位点与免疫性状的关系。结果表明:12个鸡种中均出现3种带型,存在g.155 C>A错义突变,引起苏氨酸突变为精氨酸。12个鸡种群中,AA、AB和BB基因型平均频率分别为0.259、0.545和0.211;平均观察杂合度为0.466,平均Shannon信息指数为0.671。除乌骨鸡、大骨鸡偏离了Hardy-Weinberg平衡外(P<0.05),其余群体均处平衡状态。基于该位点构建的UPGMA聚类图将12个鸡种分为3大类,反映了12个鸡种在抗性方面存在的差异。经过关联分析,如皋、安卡鸡中AB型个体的IL-1浓度、H/L值与BB型存在显著差异,与AA型差异不显著;在其他免疫性状中各基因型之间均无显著差异。安卡鸡的一般抗性总体低于如皋鸡和文昌鸡。     

家鸡Mx基因多态性及其诱变修饰的研究

研究采用错PCR-RFLP的方法对家鸡14个品种的Mx基因变异性分布进行了探索;并利用PCR突变技术将Mx基因全长cDNA第2032位碱基由G突变为A(即631位氨基酸的改变),并将突变的Mx基因插入真核表达载体pcDNA3.0,转染COS-I细胞,进行RT-PCR与间接免疫荧光(IFA)鉴定,研究结果显示,14个品种Mx基因的2032位点存在2个等位基因(A、G),3种基因型(AA、AG、GG),其中鹿苑鸡、狼山鸡、斗鸡未发现AA型个体,茶花鸡未发现GG个体;并成功对Mx基因进行PCR诱变修饰和构建了能够表达鸡Mx基因的重组真核表达载体,为其体内外表达及生物学活性的进一步研究奠定了基础.     

鸡CFL2基因3'UTR多态性与肉质性状的关联分析

以固始鸡×安卡鸡F2代资源群为研究对象,利用PCR-RFLP方法检测鸡CFL2基因3'UTR多态性,并将不同基因型与肉质性状进行相关性分析.结果表明:在鸡CFL2基因3'UTR区预测到5个microRNA靶位点.在CFL2基因3'UTR区发现G577A位点,该位点为Kpn Ⅰ自然酶切位点,表现为GG、AA和GA 3种基因型,基因型频率分别为0.589、0.349和0.061,经X2适合性检验,该位点在群体中处于Hardy-Weinberg平衡状态.该突变位点对鸡的腿肌肌纤维密度和肌纤维直径具有显著影响(P＜0.05).结果显示,CFL2基因对鸡的腿肌肌纤维性状有一定影响,同时为该基因的标记辅助育种和进一步研究提供参考.     

Identification of point mutations in a putative carboxylesterase and their association with acaricide resistance in Rhipicephalus (Boophilus) microplus (Acari: Ixodidae)

Chemical control based on the use of pyrethroid and organophosphate compounds has selected resistant genotypes in populations of Rhipicephalus (Boophilus) microplus. Point mutations in esterase-encoding genes represent one of the main resistance mechanisms in this species. In this study, the PCR-RFLP (polymerase chain reaction-restriction fragment length polymorphism) technique was used to investigate the presence of mutations in a fragment of a putative carboxylesterase in a population of ticks with a history of resistance. The digestion of a fragment of 372 pb with EcoRI revealed three genotypes: W, H and M, observed in different frequencies. The homozygous wild-type genotype (W) was detected only in sensitive strains, with high frequency. The heterozygous genotype (H) was observed in all the strains, albeit with higher frequency in the strains with a moderate resistance, while the homozygous mutant genotype (M) was found only in the moderate resistant strain and resistant strains, with higher frequency in the resistant strains. A comparison of the sequences indicated the presence of other mutations, besides EcoRI polymorphism in the moderate resistant and resistant strains. Also found was the presence of stop codons generating truncated proteins in the sensitive and moderate resistant strains. A domain analysis revealed the presence of additional domains in the resistant strain. These findings suggest that different point mutations, as well as the influence of post-translational modification mechanisms, are altering the activity of the translated proteins and may be associated with resistance.     

猪水通道蛋白7基因第4内含子多态性分析

本研究旨在探讨国内外猪种水通道蛋白7(aquaporin 7,AQP7)基因多态性,以期为进一步研究猪AQP7基因与脂肪沉积性状的相关性提供理论依据。采用PCR-RFLP方法检测了猪AQP7基因第4内含子G/A在6个猪群中的多态性分布。检测结果表明,经PstⅠ酶切后发现了GG、AG和AA 3种基因型。在莱芜猪、里岔猪、鲁莱猪、杜洛克猪和大约克猪5个猪种中G均为优势等位基因,而在沂蒙猪中A为优势等位基因。χ²检验结果发现,基因型分布在莱芜猪、鲁莱猪和沂蒙猪群体达到了哈代－温伯格平衡(P>0.05),而里岔猪、杜洛克猪和大约克猪群体中均未达到平衡状态(P<0.05);不同基因型在群体间的分布差异极显著(P<0.01)。群体遗传特性分析表明,有效等位基因数在0.3084~0.4953之间,多态信息含量在0.2609~0.3726之间,属于中度多态。本研究结果提示,地方猪种、引进猪种和培育猪种AQP7基因内含子4的基因型分布存在明显差异,A等位基因作为脂肪沉积的有利等位基因尚需进一步验证。     

猪PLSCR4基因外显子区PCR-RFLP遗传多态性分析

本研究利用PCR-RFLP技术对我国6个地方猪种、中国野猪以及杜洛克、约克夏和长白3个国外猪品种,共307头猪的磷脂爬行酶基因(PLSCRs)外显子区的遗传变异进行了研究。结果表明:PLSCR4第7外显子处存在T68C的同义突变,第8外显子处存在G4A的错义突变;在T68C突变位点处,杜洛克、约克夏、长白猪、二花脸、五指山和民猪6个猪群优势等位基因为T,荣昌和野猪群体中优势等位基因为C;在G4A突变位点处,杜洛克、约克夏、长白猪、二花脸、五指山和民猪群体中优势等位基因为G,藏猪、荣昌、金华及野猪群体中优势等位基因A。     

鸡脂滴包被蛋白基因内含子5多态性与胴体及脂肪性状的相关性分析

本试验采用PCR-RFLP方法检测脂滴包被蛋白基因(perilipin,PLIN)在济宁百日鸡、汶上芦花鸡等5个地方鸡种和1个培育品系中的遗传多态性,并分析了多态位点不同基因型与鸡胴体及脂肪性状的相关性。结果发现,在6个供试群体中检测到1个Pst Ⅰ酶切突变位点,测序证实为新发现的鸡PLIN基因2224 bp处G→T突变,该突变位点在供试群体中共检测到两种基因型(A1A1和A1A2),等位基因A1在所有供试群体中均表现为优势等位基因。关联分析结果表明,PLIN基因2224多态位点对鸡胴体性状和脂肪性状影响均不显著(P＞0.05)。多重比较结果表明,A1A1基因型个体在胴体和脂肪性状上总体优于A1A2基因型个体,但各性状均值在两种基因型个体间差异均不显著(P＞0.05)。本研究结果表明,该位点不能作为鸡胴体和脂肪性状的有效分子标记。     

牛POU1F1-exon6多态性与生长性状的相关性研究

为了研究弗莱维赫牛和蒙贝利亚牛POU1F1-exon6多态性与体重、体尺等生长性状指标的相关性,试验采用PCR-RFLP技术分析其多态性,并采用最小二乘法拟合线性模型,对各标记基因型与部分生长性状指标差异显著性进行检验。结果表明:2个群体POU1F1-exon6基因存在2个等位基因A/G,基因频率分别为0.175 9/0.824 1,0.096 8/0.903 2;在该位点上,弗莱维赫牛处于Hardy-weinberg平衡状态(P0.05),而蒙贝利亚牛处于不平衡状态(P0.05);2个群体中AA基因型体重均值高于AG、GG基因型均值(P0.05),GG和AG基因型个体腹围均值高于AA基因型个体均值(P0.05),但在体高、体长、胸围和管围4个性状上无显著性差异(P0.05)。说明POU1F1基因的A15636G位点可以作为牛的体重和腹围指标的候选遗传标记之一。     

Prion protein gene polymorphism in four West African sheep populations

A total of 162 individuals, belonging to three Burkinabé and one Niger sheep populations, were analysed for prion protein (PrP) gene polymorphism at codons 136, 154 and 171. The ARQ allele was the most frequent in both the Burkinabé (86.7%) and the Niger (67.5%) sheep populations. The highly sensitive allele VRQ was not found in the sampled individuals. The highly resistant ARR allele was in very low frequency in the Burkina-Sahel (4.4%) and Mossi (3.2%) populations and was not present in the Djallonké and Touareg populations. Only 4 out of 15 possible PrP genotypes were identified in the sampled individuals. No favourable ARR/ARR genotypes were found in either of the breeds. Sequencing a subgroup of the samples allowed the identification of other five polymorphisms on the PrP gene sequence at codons 116, 138, 151, 237 and 240. The very low frequency of the ARR allele in the West African sheep should dissuade the implementation of a preventive selection programme aimed to increase resistance to scrapie, to avoid an extreme erosion of the genetic stock.     

猪肉质性状功能基因在野猪群体内的变异研究

本试验旨在研究猪肉质性状功能基因突变位点在野猪群体里面的遗传变异规律。以MC4R基因(D298N G>A)、RYR1基因(c.1843 C>T)、PRKAG3基因(1849 G>A)和IGF2基因(3072 G>A)突变位点为基础,通过PCR-RFLP、PCR-SSCP技术,对72头圈养野猪群体进行突变位点的多态性检测和群体遗传变异分析。结果表明,RYR1基因在c.1843 C>T突变位点的CC基因型为野猪群体内的优势基因型,等位基因C是野猪群体内的优势基因,没有TT基因型,该突变位点处于不平衡状态(P<0.01和P<0.05)。在MC4R基因D298N G>A突变位点上,GG基因型为野猪群体内的优势基因型,等位基因G是野猪群体内的优势基因。而PRKAG3基因(1849 G>A)的突变位点检测结果是GG基因型为野猪群体内的优势基因型,等位基因G是野猪群体内的优势基因,没有发现AA基因型。IGF2基因3072 G>A在野猪群体内没有发现多态性,经测序验证全部为GG基因型。这3个基因突变都处于Hardy-Weinberg平衡状态(P>0.05)。本研究得出该野猪种群体遗传多样性和变异较小,符合其品种特性。     

鸡脂滴包被蛋白基因内含子6多态性与胴体及脂肪性状的相关性研究

试验采用PCR-RFLP方法检测脂滴包被蛋白(perilipin,PLIN)基因内含子6在济宁百日鸡、莱芜黑鸡等4个地方鸡种和1个培育品系中的遗传多态性,分析了多态位点不同基因型与鸡胴体及脂肪性状的相关性。结果发现,在5个供试群体中检测到1个多态位点,测序证实为新发现的鸡PLIN基因2 467 bp处G→A突变,该突变位点在供试群体中检测到3种基因型:A1A1、A1A2和A2A2,2个等位基因:A1和A2。等位基因A1在所有供试群体中均表现为优势等位基因。关联分析结果表明,PLIN基因2 467 bp位点对鸡部分胴体性状和脂肪性状影响显著(P<0.05)。多重比较结果表明,A1A1基因型个体活体重、屠体重、全净膛重、腹脂重和腹脂率均显著高于A2A2基因型个体(P<0.05)。A1A2基因型个体的胸肌肌内脂肪含量显著高于A1A1和A2A2基因型个体(P<0.05)。研究结果表明,PLIN基因对鸡胴体及脂肪性状有一定影响。     

Polymorphism in PLIN Gene Intron 6 and its Association with Carcass and Fatness Traits in Chicken

The genetic polymorphisms in PLIN gene were detected by PCR-RFLP method in four Chinese local chickens including Jining Bairi chicken,Laiwu Black chicken et al.,and one breeding strain.The correlations between the SNP and the carcass and fatness traits were analyzed.As a result,a novel G→A mutation at 2 467 bp in PLIN gene was identified in the five populations.Three genotypes (A1A1,A1A2 and A2A2) were detected,and allele A1 was predominant in all the five experimental populations.The statistical analysis showed that the 2 467 bp polymorphism locus was significant association with some carcass and fatness traits (P<0.05).The living body weight,carcass weight,eviscerated weight,abdominal fat weight and percentage of abdominal fat of A1A1 genotype was higher than A2A2 genotype in chickens (P<0.05).The breast intramuscular fat of A1A2 genotype was higher than that of A1A1 and A2A2 genotypes in chickens (P<0.05).The results showed that PLIN gene had effect on carcass and fatness traits in chickens.