如皋鸡Mx基因2032位点多态性与经济性状的关联分析

采用错配PCR-RFLP对如皋鸡Mx基因2032位点多态性进行检测,结果如皋鸡Mx基因2032位点经RsaⅠ酶切后,检测到AA、AG和GG3种基因型,基因型频率分别为0.161、0.678和0.161,抗性等位基因A的频率为0.500。χ2适合性检验表明,如皋鸡Mx基因在RsaⅠ酶切位点上等位基因的分布显著偏离Hardy-Weinberg平衡状态。分析这3种基因型与如皋鸡一些经济性状间的关联性,结果表明:抗性纯合子AA基因型的个体各阶段体重、体尺以及主要屠宰性状均小于AG和GG基因型的个体,但是除了体斜长和胫围外,AA基因型个体的重要经济性状包括常规肉质与AG和GG基因型的个体差异不显著。     

安卡鸡Mx基因A2032G变异位点对经济性状的效应分析

采用错配PCR-RFLP对安卡鸡Mx基因2032位点多态性进行检测,结果表明,安卡鸡Mx基因2032位点经Rsa Ⅰ酶切后,检测到AA、AG和GG 3种基因型,基因型频率分别为0.232、0.681和0.087,抗性等位基因A的频率为0.572.X<'2>适合性检验结果表明,安卡鸡Mx基因在Rsa Ⅰ酶切位点上等位基因的分布显著偏离Hardy-Weinberg平衡状态.分析这3种基因型与安卡鸡一些经济性状间的关联性,结果表明,抗性纯合子AA基因型的个体各阶段体重、体尺、主要屠宰性状及常规肉质与AG和GG基因型的个体差异不显著,安卡鸡Mx基因2032位点对重要经济性状没有显著的负效应.     

太行鸡Mx基因抗性位点与体尺和胴体性状的关联分析

采用错配PCR-RFLP对太行鸡Mx基因2032位点多态性进行检测,结果发现太行鸡Mx基因2032位点经RsaⅠ酶切后,检测到AA、AG和GG3种基因型,基因型频率分别为0.185,0.577和0.238,抗性基因A的频率为0.473。χ2适合性检验表明该多态位点上等位基因的分布处于Hardy-Weinberg平衡状态。对3个基因型与太行鸡一些经济性状间的关联性分析,结果表明,发现除胸深、胫围和胫长外,AA基因型个体其他体尺小于或接近AG和GG基因型个体;抗性纯合子AA基因型个体胴体性状均显著小于GG基因型个体。     

安卡鸡Mx基因A2032G变异位点对经济性状的效应分析

采用错配PCR-RFLP对安卡鸡Mx基因2032位点多态性进行检测,结果表明,安卡鸡Mx基因2032位点经RsaⅠ酶切后,检测到AA、AG和GG 3种基因型,基因型频率分别为0.232、0.681和0.087,抗性等位基因A的频率为0.572。χ2适合性检验结果表明,安卡鸡Mx基因在RsaⅠ酶切位点上等位基因的分布显著偏离Hardy-Weinberg平衡状态。分析这3种基因型与安卡鸡一些经济性状间的关联性,结果表明,抗性纯合子AA基因型的个体各阶段体重、体尺、主要屠宰性状及常规肉质与AG和GG基因型的个体差异不显著,安卡鸡Mx基因2032位点对重要经济性状没有显著的负效应。     

家鸡Mx基因多态性及其诱变修饰的研究

研究采用错PCR-RFLP的方法对家鸡14个品种的Mx基因变异性分布进行了探索;并利用PCR突变技术将Mx基因全长cDNA第2032位碱基由G突变为A(即631位氨基酸的改变),并将突变的Mx基因插入真核表达载体pcDNA3.0,转染COS-I细胞,进行RT-PCR与间接免疫荧光(IFA)鉴定,研究结果显示,14个品种Mx基因的2032位点存在2个等位基因(A、G),3种基因型(AA、AG、GG),其中鹿苑鸡、狼山鸡、斗鸡未发现AA型个体,茶花鸡未发现GG个体;并成功对Mx基因进行PCR诱变修饰和构建了能够表达鸡Mx基因的重组真核表达载体,为其体内外表达及生物学活性的进一步研究奠定了基础.     

Mx基因抗性位点在12个地方鸡种中的分布及遗传结构分析

通过PCR-RFLP技术检测Mx基因S631N位点的抗性等位基因A和敏感性等位基因G在我国地方鸡种中的分布差异。结果表明：PCR-RFLP能准确检测出抗性等位基因A与敏感性等位基因G在12个地方鸡种内的突变,抗性等位基因A在所有群体内的基因频率平均为0.304,敏感性等位基因G的频率平均为0.696;12个地方鸡种群体Mx基因S631N位点的观察杂合度平均为0.657 2,Shannon信息指数平均为0.524 0。在该位点上,12个地方鸡种除仙居鸡显著偏离Hardy-Weinberg平衡（P〈0.01）外,其余11个群体均处于Hardy-Weinberg平衡状态（P〉0.05）;经Ewens-Watterson中立性检验,该位点在各群体内（除白耳鸡群体外）都属于中立性选择。基于该位点等位基因频率构建的UPGMA聚类图将12个地方鸡种分为3大类,聚类结果反映了12个地方鸡种在Mx基因抗性方面存在的差异和优势。     

Mx基因抗性位点在11个不同鸡种中的分布及遗传结构分析

通过错配PCR技术检测Mx基因S631N位点的抗性等位基因A和敏感性等位基因G在11个不同鸡种中的分布差异。结果显示,错配PCR-RFLP能准确检测出抗性等位基因A与敏感性等位基因G在不同鸡种内的突变,抗性等位基因A在所有群体内的基因频率平均为0.502,敏感性等位基因G的频率平均为0.498;11个不同鸡种群体Mx基因S631N位点的观察杂合度平均为0.506 7,Shannon信息指数平均为0.562 9。在该位点上,11个鸡种,漳州斗鸡、吐鲁番斗鸡、皖南鸡、文昌鸡、如皋鸡、安卡鸡偏离了Hardy-Weinberg平衡(P<0.05)外,其余5个群体均处Hardy-Weinberg平衡状态(P>0.05);经Ewens-Watterson中立性检验,该位点在各群体内(除如皋鸡群体外)均属于中立性选择。基于该位点等位基因频率构建的UPGMA聚类图将11个不同鸡种分为3大类,聚类结果反映了11个不同鸡种在Mx基因抗性方面存在的差异和优势。     

麒麟鸡MCEE基因多态性与体重的相关性分析

为了探讨MCEE基因作为麒麟鸡生长性状遗传标记的可能性,试验选择1日龄健康麒麟鸡126只,采用Sanger测序法对MCEE基因的3'UTR区进行单核苷酸多态性(SNP)检测,并分析对麒麟鸡生长性状的影响。结果表明:麒麟鸡MCEE基因的3'UTR区检测到2个SNP突变位点,即第8 959位碱基的G/A转换和第9 082位碱基的C/T转换,分别命名为G8959A和C9082T;MCEE基因3'UTR区G8959A位点形成GG、GA和AA 3种基因型,C9082T位点形成CC和CT 2种基因型;MCEE基因G8959A突变位点的GG型个体21日龄体重显著高于GA型个体(P0. 05),极显著高于AA型个体(P0. 01),G为优势等位基因,基因频率为0. 655,GG型为优势基因型,基因型频率为0. 429;MCEE基因C9082T突变位点的CC型个体21日龄体重显著高于CT型个体(P0. 05),C为优势等位基因,基因频率为0. 786,CC型为优势基因型,基因型频率为0. 571。说明MCEE基因3'UTR区检测到的2个SNPs位点(G8959A和C9082T)对21日龄麒麟鸡体重有显著或极显著影响(P 0. 05或P 0. 01),G8959A位点GG基因型和C9082T位点CC基因型为优势基因型,适合作为麒麟鸡生长性状的有效遗传标记。     

晋岚绒山羊多胎性能4个候选基因的研究

为探寻辅助育种的分子标记,提高绒山羊产羔数,本实验在山西省某绒山羊养殖场分别选取20只经产双羔母羊和单羔母羊,检测多胎性能候选基因GDF9、BMP15、FSHβ和GnRHR所有编码区SNPs位点;选取有差异的基因位点在171只经产母羊(90只双羔母羊和81只单羔母羊)中进行SNPs位点检测,统计基因型频率、等位基因频率、多态信息含量(PIC)和期望杂合度(He),并与母羊产羔数进行关联分析。结果显示:共发现17个SNPs位点,仅GDF9基因A959C位点和BMP15基因G735A位点在单、双羔母羊间有差异。SNaPshot检测表明GDF9基因A959C位点有AA、AC、CC 3种基因型,A为优势等位基因,AA为优势基因型,含CC、AC基因型个体的产羔数显著高于AA型。BMP15基因G735A位点共检测到GG、AG、AA 3种基因型,G为优势等位基因,GG为优势基因型;含AA、AG基因型个体的产羔数显著高于GG型。本研究结果表明GDF9基因A959C位点C等位基因和BMP15基因G735A位点A等位基因与晋岚绒山羊高产羔数呈极显著正相关,可作为分子标记对晋岚绒山羊进行辅助育种。     

朝那鸡MC1R基因G274A和A427G多态位点与羽色性状的关联分析

为了研究宁夏地方品种鸡朝那鸡的黑色素皮质激素1受体(melanocortin 1 receptor, MC1R)基因G274A和A427G多态位点与羽色性状的关联性,试验选择120日龄健康的朝那鸡150只(红羽、黑羽和白羽各50只)为试验对象,采用高分辨熔解曲线(high resolution melting, HRM)分析技术对朝那鸡MC1R基因G274A和A427G位点进行基因型分型检测,并且对基因型和羽色性状进行了关联分析。结果表明：试验朝那鸡群体MC1R基因G274A位点有GG、GA、AA三种基因型,其中AA基因型个体数量最多,等位基因A为优势等位基因,多态信息含量(PIC)为0.286 7,表现为中度多态(0.25≤PIC≤0.50),说明MC1R基因位点为G274A的朝那鸡群体选育潜力较高;A427G位点有AA、AG两种基因型,其中AA基因型个体数量最多,等位基因A为优势等位基因,PIC为0.062 3,表现为低度多态(PIC<0.25),说明MC1R基因位点为A427G的朝那鸡群体选育潜力较低;这两个位点均处于Hardy-Weinberg平衡状态(P>0.05...     

不同猪种肉质相关基因Hal、RN和FTO的多态性研究

为了明确肉质相关基因氟烷基因(Hal)、酸肉基因(RN)和脂肪肥胖相关基因(FTO)在国内外不同猪种群体间的遗传变异特性,本研究以大约克、长白、杜洛克和金华猪等猪种群体为研究对象,应用PCR-RFLP技术分别检测了Hal、RN和FTO基因的多态性,并分析了FTO基因上2个多态位点g.276G＞T和c.594C＞G的遗传变异情况.结果表明:(1)在杜洛克猪中发现了Hal的基因型HalN Haln,其频率为0.166,但未发现基因型Haln Haln,其它猪种群体中仅检测到了基因型HalN HalN;(2)在已检测的所有猪种群体中只检测到RN基因的rn/rn基因型,未发现rn/RN和RN/RN基因型;(3)在FTO的g.276G＞T位点上,金华猪呈现单态,其它猪种群体均呈现多态.在FTO的c.594C＞G位点上,4个猪种群体均呈现多态,3个外来猪种群体均以CC基因型频率较高,而金华猪则以GG基因型频率较高.研究结果提示,由于Hal基因在养猪生产中的利弊双重性,因此在某些猪种群体中仍然存在较高频率的HalN Haln基因型.此外,结合FTO基因的生理功能和已有的研究结果,可在特定的猪群中将其作为影响猪肉质性状的候选基因.本研究发现FTO的基因型分布在我国优良地方猪种金华猪与国外3个种猪群间存在较大差异,为深入研究不同品种猪的肉质形成机理提供了基础数据.     

Single-tube real-time multiple allele-specific PCR for genotyping chicken Mx gene G2032A SNP

1.?A non-synonymous, single nucleotide polymorphism (G to A) at position 2032 (Ser 631 Asn) of the chicken Mx gene has been demonstrated to be related to resistance to antiviral activity. This study developed a new real-time PCR-based allelic discrimination assay for the rapid genotyping of the chicken Mx gene G2032A SNP. The distribution of the Mx gene G2032A SNP genotypes and the allele frequencies of A and G alleles among different chicken breed populations were screened with the use of this method.

2.?We combined previously described allele-specific PCR and SYBR Green I-based real-time PCR melting curve analysis with a novel primer design strategy. A pair of outer nested primers was designed to amplify a fragment containing the SNP site, and two 3′-specific, allele-specific primers were combined with the outer primers to amplify SNP-specific fragments. Genotypes were identified based on the characteristic melting temperature of the SNP-specific fragments.

3.?Genotyping assignments were successfully performed on samples from 8 chicken breeds, which were analysed by agarose gel electrophoresis of the PCR products and compared with results obtained from the direct sequencing of the outer primer amplicon. Five native breeds from Southern China carried a relatively higher frequency of the resistant A allele than the three commercial chicken lines.

4.?This single-tube real-time multiplex allele-specific PCR assay is rapid, reliable, sensitive and easy to perform. It is appropriate for high-throughput sample analysis in large population-based Mx SNP genotyping studies.     

鸡SH3RF2插入/缺失等位基因在中国地方鸡种中频率分布研究

中国地方鸡种资源丰富,风味较优,但存在生长速度慢、饲料效率低等缺点,因此为了加速我国地方鸡种和肉鸡品种的遗传改良,分子标记技术得到了广泛应用。已知SH3RF2基因的插入/缺失突变与肉鸡生长和体重密切相关,因此本试验对分布在我国各地的15个地方鸡品种进行了SH3RF2基因的等位基因频率检测,以确定SH3RF2基因在我国地方鸡种中的等位基因分布情况,继而将SH3RF2基因用于鸡生长性状的选择的分子育种标记。研究结果发现所检测地方鸡种和肉鸡品种均是非缺失的纯合子,没有发现缺失的等位基因。要利用SH3RF2基因对中国地方鸡种进行选择,可能需要通过杂交等手段将缺失型等位基因导入我国地方鸡种的群体之中。     

三鸡种NLRC5基因编码区SNPs及其与部分免疫性状的关联分析

本研究通过检测鸡NLRC5基因编码区域单核苷酸多态位点,以期分析与免疫性状相关的遗传标记。采用PCR-SSCP方法对3个鸡品种NLRC5基因编码区SNPs进行检测,仅在外显子8区域发现多态位点,其中在文昌鸡中检测到AA、BB和AB 3种基因型,如皋鸡中检测到AA和AB 2种基因型,安卡鸡中仅存在AA基因型。序列分析结果显示,NLRC5基因外显子8存在G43A同义突变。测定部分免疫性状,分析不同鸡品种之间以及不同基因型与免疫性状间的关联性,结果表明:安卡鸡H/L值、ND抗体滴度、IL-1浓度均显著高于如皋鸡和文昌鸡(P0.05),AI抗体滴度极显著低于其他2个品种(P0.01),如皋鸡SBRC抗体滴度最高,但3个品种之间差异不显著(P0.05);不同基因型同免疫性状之间,AA型个体各项性状值均优于AB和BB型个体,但是差异不显著(P0.05)。综合分析,中国地方品种文昌鸡、如皋鸡的抗性优于安卡鸡种,AA型可能是NLRC5基因在机体免疫应答能力的有利基因型。     

东串猪Mx1基因第14外显子多态性及组织表达谱分析

为了揭示抗黏液病毒1（myxo-virus resistance 1,Mx1）基因第14外显子在东串猪群体中多态性分布及组织表达特性,试验利用PCR-RFLP技术测定东串猪Mx1基因第14外显子的多态性,同时利用实时荧光定量PCR技术分析其组织特异性表达规律。结果表明,东串猪Mx1基因第14外显子Hin6Ⅰ酶切位点存在G36T突变,可检测到AA、AB、BB 3种基因型,AB为优势等位基因型,A为优势等位基因;东串猪Mx1基因的多态信息含量（polymorphism information content,PIC）值为0.360,表现为中度多态;Mx1基因在淋巴、肺脏、脾脏、十二指肠、空肠、回肠组织中表达量较高。本研究初步揭示了东串猪Mx1基因第14外显子的多态性分布,为探讨其作为有效遗传标记的可行性提供参考。此外,Mx1基因在多种免疫组织中高表达,可能与机体抵抗病原感染有关。     

鸡Apo VLDLⅡ基因内含子Ⅰ的多态性研究

本研究根据鸡Apo VLDL-Ⅱ基因内含子Ⅰ的基因序列设计3对引物,分别采用PCR-RFLP、PCR-SSCP技术对文昌鸡、如皋黄鸡、丝羽乌骨鸡、安卡肉鸡及红色原鸡5个鸡种进行多态性研究。结果表明,鸡Apo VLDL-Ⅱ基因内含子Ⅰ存在4处突变,分别为:1950处G/A、2522处A/C、2705处A/C及2793处C/T。统计结果显示:安卡肉鸡基因型频率的分布与如皋黄鸡、红色原鸡存在显著差异,文昌鸡基因型频率的分布与乌骨鸡差异不显著,除安卡肉鸡外所有鸡种均处于Hardy-Weinberg平衡状态。     

藏猪Mx1基因外显子14的遗传变异分析

为了解藏猪抗病性能分子遗传基础,试验采用PCR-RFLP技术测定112头藏猪的Mx1-Hin6 I多态性。结果表明:藏猪群体中Mx1基因外显子14有长度为11 bp片段的缺失,Hin6Ⅰ酶切位点有AA、AB和BB 3种基因型,基因频率分别为73.21%、23.22%和3.57%,A和B等位基因频率分别为84.82%、15.18%,与报道的野猪和五指山猪基因频率分布相近,但与国外猪种和其他国内地方猪种基因频率分布存在一定差异,这可能与藏猪的抗病和抗逆性能有关。