淅川乌骨鸡全基因组转座子的鉴定与分析

【目的】 通过分析淅川乌骨鸡全基因组重测序数据,获取淅川乌骨鸡转座子的基本信息和特征分布,探究转座子相关基因参与的通路。不仅对研究淅川乌骨鸡转座子的生物学功能具有重要的意义,而且为探索基因组扩增、基因组功能及进化研究提供重要基础数据。 【方法】 对淅川乌骨鸡血液DNA进行全基因组重测序,采用双末端短序列比对基因组,运用RepeatModeler、TEclass、RepeatMasker等使用流程对转座子进行鉴定、构建、校正、分类和注释,获得淅川乌骨鸡整个基因组所有的转座子,对转座子的特征、分布及和基因的关系等方面进行分析。并对转座子插入的所有基因进行GO和KEGG数据库富集,分别结合GO和KEGG注释结果对功能进行描述。 【结果】 经鉴定、分类和注释,淅川乌骨鸡共鉴定到370 252个转座子序列,分为19个超家族,主要为CR1、TcMar-Mariner、ERVL、ERV1等超家族,进一步说明淅川乌骨鸡转座子类型主要是逆转录转座子;转座子的数目和染色体长度有关,染色体越长,转座子数目越多。在基因组中转座子和基因的密度成反比,基因密集的区域中转座子密度较低;基因组内转座子的插入并非随机的,LTR/ERVL、LTR/ERV1、DNA/PIF-Harbinger、DNA/Hat-Charlie、RC/Helitron等转座子倾向于插入基因外部。GO富集分析表明,在生物过程条目中鉴定出的转座子富集相对较多的是细胞过程、单生物过程、代谢过程、生物调节、刺激反应等;分子功能条目中鉴定出的转座子富集相对较多的是结合、催化活性等;细胞组分条目中鉴定出的转座子富集相对较多的是细胞部分、细胞器、膜等。KEGG富集分析表明,鉴定出的转座子主要在甘油酯代谢、PPAR信号通路、PI3K-Akt信号通路、胰岛素抵抗、Jak-STAT信号通路等通路。着重关注了与淅川乌骨鸡特性相关的通路,如和色素沉积有关的酪氨酸代谢、和肉品质有关的脂代谢、脂肪酸的合成、PI3K-Akt信号通路等。 【结论】 转座子含量与基因组大小,具有一定的正相关性,而且淅川乌骨鸡转座子在基因组的分布存在一定偏好性。转座子相关基因在色素相关通路中富集,其可能与淅川乌骨鸡的种质特性有关,具体的调控机制还有待进一步研究。     

鸡miR-125b的组织发育性变化及其功能预测分析

为了解miR-125b的进化历史和潜在的生物学功能,下载不同物种miR-125b前体序列,运用Clustal W2软件进行多序列比对,构建系统进化树,q PCR方法检测固始鸡不同组织中miR-125b表达量的发育性变化,通过Targetscan 7.0与miRDB数据库对miR-125b靶基因进行预测、DAVID数据库对预测的靶基因进行基因本体论(GO)和京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路富集分析。结果显示:不同物种之间miR-125b具有很高的保守性;在胚胎期下丘脑中,随着胚胎发育,miR-125b的表达量逐渐增加,出壳后又呈现逐渐降低的趋势,到36周龄表达量又显著升高;在成年期消化器官(肌胃、腺胃、小肠、肝脏)中也具有较高的表达量;经预测,miR-125b靶基因有920个,富集于组织发育、生物调节、基因表达的转录后调节、小RNA的生物学加工等生物过程和细胞外基质受体相互作用、调节肌动蛋白细胞骨架、MAPK信号通路、胰岛素信号通路、不饱和脂肪酸的生物合成和NOD样受体信号等通路。结果表明:鸡miR-125b为广泛性时序表达miRNA,可能参与鸡胚胎期及出壳后生长发育相关的诸多生物学过程的调控。     

miR-92基因进化及在鸡不同发育时期组织表达谱和其功能预测分析

microRNA(miRNA)在不同物种间进化具有高度保守性,且在动物生长发育过程中有重要作用。为研究miR-92的进化历史、miR-92在不同组织的表达差异性和在生长发育过程中的作用,本文运用多序列比对分析序列相似性,并构建系统进化树分析miR-92基因的进化特点,运用SYBR Green System PCR技术构建了miR-92在鸡不同发育阶段11个组织中的表达谱,同时用TargetScan 7.0与PicTar两种不同生物学软件对其进行靶基因预测,两个软件靶基因的交集分别进行GO和KEGG富集分析。结果表明:(1)miR-92的进化方向与物种从低等到高等的进化趋势相一致,在不同物种中的基因位置和序列上都表现出较高的相似性,这与miRNA在物种间高度进化保守性的特点基本一致;(2)同一个时期,不同组织部位的表达有组织特异性,在1日龄的鸡中,肾脏,腿肌和心脏有较高的表达量。在成年鸡中,表达量较高的组织为肺脏,胸腺和下丘脑。在同一组织的1日龄和成年鸡中的表达呈现时序性,除脾脏的表达量差异不显著外,其他10个组织miR-92的表达量差异显著(P0.05);(3)两个软件预测到的交集靶基因有157个,GO富集结果显示靶基因主要参与转录过程,RNA代谢过程,DNA结合,转录因子活性,MAPK磷酸酶活性等。显著富集的KEGG通路为MAPK信号通路(P0.05)。这些结果为进一步研究miR-92基因在机体中所扮演的角色奠定了基础。     

立体育雏笼不同层面温度变化规律及其对固始鸡生长发育的影响

逐日测定4层立体育雏笼不同层面温度及位于育雏笼不同层面的四组固始鸡0～4周龄生长发育情况.结果表明:4层立体育雏笼的二层温度与四层、三层及一层温度之间有极显著相关关系,其相关系数分别为0.9351、0.8895和0.7667,并建立了二层与各层温度间的回归议程.0～4周龄固始鸡在不同层面温度下体重、料重比、成活率均无显著差异,胫长在1～3周龄差异显著或极显著,第四周差异不显著,说明对固始鸡在28.5℃的低温下开始育雏是可行的.     

系祖轮配对维持并提高豫州褐壳蛋鸡Ⅲ系生产性能的研究

对豫州褐壳蛋鸡Ⅲ系采用系祖间轮配的选配方法，经过连续3个世代的选育，开产日龄推迟5．72d，开产平均蛋重减少0．87g，72周龄平均蛋重增加2．82g、蛋数增加8．62枚，蛋品质维持在较高水平，蛋壳颜色变深。说明对已育成的纯系采用系祖间轮配的选配方法，可以维持并提高其生产性能。     

不同饲养方式对固始鸡生产性能的影响

将固始鸡饲养至4周后,分别笼养和放养至18周,测量其体尺、屠体性能,到42周龄测量蛋品质。结果表明,笼养和放养的活重差异显著(P>0.05),其余屠宰指标差异不显著;蛋品质除了蛋重和蛋壳厚度差异显著(P<0.05)外,其余指标差异均不显著;放养条件下,纤维素酶高于笼养,而对总蛋白水解酶、胰蛋白酶和胃蛋白酶影响不显著。     

优质土种蛋鸡产业发展的几个问题探讨

我国是世界第一鸡蛋生产大国．2008年鸡蛋的总产量达2000余万吨．但是土鸡蛋及仿土鸡蛋大概仅占到市场总量的8％左右（包括农村千家万户散养土种蛋鸡、一些企业饲养的笼养土蛋鸡和仿土蛋鸡所产的蛋）．绝大部分鸡蛋是罗曼、海兰等高产蛋鸡所产的蛋。我个人认为,三年、五年乃至十年以后,土鸡蛋的市场将在整个蛋鸡生产中占据相当大的比重。     

发展放牧养鸡改善蛋鸡福利

近年来由于以提高产蛋量为目标的育种技术的应用,虽然在一定程度上提高了蛋鸡的产蛋量,但啄羽、啄趾和啄肛等恶癖的发生率也大幅度增加,极大地损害了蛋鸡福利.     

白细胞介素2对固始鸡十二指肠黏膜免疫增强作用

以父母代固始鸡为试验材料,用添加不同剂量的白细胞介素2(IL-2)佐剂的鸡志贺氏菌苗对试验鸡进行分组免疫,应用免疫组织化学技术,通过Owin图像处理系统对鸡十二指肠内分泌型免疫球蛋白A(SIgA)阳性细胞反其分泌物的分布和阳性面积进行系统分析.结果表明,SIgA阳性细胞主要分布于十二指肠肠黏膜的固有膜及肠腺腔中,在志贺菌组中添加IL-2能够提高SIgA细胞的分泌,从而提高动物体的免疫能力,且以IL-2的添加剂量在50μg时对增加志贺菌苗的免疫性效果最佳.     

鸡FKBP5基因的克隆、生物信息学及组织表达谱分析

本研究旨在对鸡FK506结合蛋白5(FK506 binding protein 5,FKBP5)基因进行克隆和生物信息学分析,并检测其在鸡不同组织中的表达量。以鸡脾脏cDNA为模板,通过PCR方法扩增和克隆鸡FKBP5基因完整CDS区序列,并进行同源性比对及系统进化树构建;使用在线软件分析FKBP5蛋白的理化性质、疏水性、跨膜结构、信号肽、二级结构和三级结构;利用实时荧光定量PCR检测其在肢体内外翻畸形(valgus-varus deformity,VVD)组肉鸡和正常组肉鸡组织中的表达量,并绘制组织表达谱。结果显示,鸡FKBP5基因CDS区序列全长1350 bp,编码449个氨基酸;同源性比对和进化树分析表明,鸡FKBP5基因氨基酸序列与鹌鹑、鸭、壁虎、中华鳖、小鼠、人、猪、斑马鱼的同源性分别为98.4%、96.2%、85.8%、87.4%、81.1%、85.2%、86.1%和61.2%,与鹌鹑、鸭的亲缘关系最近,爬行类和哺乳类动物次之,与斑马鱼(鱼类)亲缘关系最远。鸡FKBP5蛋白分子质量为50.43 ku,理论等电点(pI)为5.94,半衰期为30 h,肽链N端为蛋氨酸(Met),不稳定系数为23.80,属于稳定蛋白;跨膜区和信号肽预测结果显示,FKBP5蛋白不属于跨膜蛋白和分泌型蛋白。结构域分析结果表明,该蛋白包括2个FKBP型肽基脯氨酰异构酶(FKBP-type peptidylprolyl isomerases)、3个四肽重复(TPR)序列,主要包含α-螺旋(46.77%)、延伸链(12.47%)和无规则卷曲(40.76%),且该蛋白与HSPA2、PPID、STIP1、HSP90AA1和HSP90AB1等互作蛋白具有很强的相关性。实时荧光定量PCR结果显示,FKBP5基因在鸡各组织中广泛表达,其中在软骨和法氏囊中表达量较高,在发病组肉鸡组织中的表达量均高于正常组肉鸡,且在心脏、腿肌、法氏囊、胸腺、软骨中表达量差异显著(P<0.05),在脾脏中表达量差异极显著(P<0.01)。本试验结果可为肉鸡骨骼疾病及腿部健康选育提供参考。