淅川乌骨鸡全基因组转座子的鉴定与分析

【目的】 通过分析淅川乌骨鸡全基因组重测序数据,获取淅川乌骨鸡转座子的基本信息和特征分布,探究转座子相关基因参与的通路。不仅对研究淅川乌骨鸡转座子的生物学功能具有重要的意义,而且为探索基因组扩增、基因组功能及进化研究提供重要基础数据。 【方法】 对淅川乌骨鸡血液DNA进行全基因组重测序,采用双末端短序列比对基因组,运用RepeatModeler、TEclass、RepeatMasker等使用流程对转座子进行鉴定、构建、校正、分类和注释,获得淅川乌骨鸡整个基因组所有的转座子,对转座子的特征、分布及和基因的关系等方面进行分析。并对转座子插入的所有基因进行GO和KEGG数据库富集,分别结合GO和KEGG注释结果对功能进行描述。 【结果】 经鉴定、分类和注释,淅川乌骨鸡共鉴定到370 252个转座子序列,分为19个超家族,主要为CR1、TcMar-Mariner、ERVL、ERV1等超家族,进一步说明淅川乌骨鸡转座子类型主要是逆转录转座子;转座子的数目和染色体长度有关,染色体越长,转座子数目越多。在基因组中转座子和基因的密度成反比,基因密集的区域中转座子密度较低;基因组内转座子的插入并非随机的,LTR/ERVL、LTR/ERV1、DNA/PIF-Harbinger、DNA/Hat-Charlie、RC/Helitron等转座子倾向于插入基因外部。GO富集分析表明,在生物过程条目中鉴定出的转座子富集相对较多的是细胞过程、单生物过程、代谢过程、生物调节、刺激反应等;分子功能条目中鉴定出的转座子富集相对较多的是结合、催化活性等;细胞组分条目中鉴定出的转座子富集相对较多的是细胞部分、细胞器、膜等。KEGG富集分析表明,鉴定出的转座子主要在甘油酯代谢、PPAR信号通路、PI3K-Akt信号通路、胰岛素抵抗、Jak-STAT信号通路等通路。着重关注了与淅川乌骨鸡特性相关的通路,如和色素沉积有关的酪氨酸代谢、和肉品质有关的脂代谢、脂肪酸的合成、PI3K-Akt信号通路等。 【结论】 转座子含量与基因组大小,具有一定的正相关性,而且淅川乌骨鸡转座子在基因组的分布存在一定偏好性。转座子相关基因在色素相关通路中富集,其可能与淅川乌骨鸡的种质特性有关,具体的调控机制还有待进一步研究。     

鸡miR-125b的组织发育性变化及其功能预测分析

为了解miR-125b的进化历史和潜在的生物学功能,下载不同物种miR-125b前体序列,运用Clustal W2软件进行多序列比对,构建系统进化树,q PCR方法检测固始鸡不同组织中miR-125b表达量的发育性变化,通过Targetscan 7.0与miRDB数据库对miR-125b靶基因进行预测、DAVID数据库对预测的靶基因进行基因本体论(GO)和京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路富集分析。结果显示:不同物种之间miR-125b具有很高的保守性;在胚胎期下丘脑中,随着胚胎发育,miR-125b的表达量逐渐增加,出壳后又呈现逐渐降低的趋势,到36周龄表达量又显著升高;在成年期消化器官(肌胃、腺胃、小肠、肝脏)中也具有较高的表达量;经预测,miR-125b靶基因有920个,富集于组织发育、生物调节、基因表达的转录后调节、小RNA的生物学加工等生物过程和细胞外基质受体相互作用、调节肌动蛋白细胞骨架、MAPK信号通路、胰岛素信号通路、不饱和脂肪酸的生物合成和NOD样受体信号等通路。结果表明:鸡miR-125b为广泛性时序表达miRNA,可能参与鸡胚胎期及出壳后生长发育相关的诸多生物学过程的调控。     

miR-92基因进化及在鸡不同发育时期组织表达谱和其功能预测分析

microRNA(miRNA)在不同物种间进化具有高度保守性,且在动物生长发育过程中有重要作用。为研究miR-92的进化历史、miR-92在不同组织的表达差异性和在生长发育过程中的作用,本文运用多序列比对分析序列相似性,并构建系统进化树分析miR-92基因的进化特点,运用SYBR Green System PCR技术构建了miR-92在鸡不同发育阶段11个组织中的表达谱,同时用TargetScan 7.0与PicTar两种不同生物学软件对其进行靶基因预测,两个软件靶基因的交集分别进行GO和KEGG富集分析。结果表明:(1)miR-92的进化方向与物种从低等到高等的进化趋势相一致,在不同物种中的基因位置和序列上都表现出较高的相似性,这与miRNA在物种间高度进化保守性的特点基本一致;(2)同一个时期,不同组织部位的表达有组织特异性,在1日龄的鸡中,肾脏,腿肌和心脏有较高的表达量。在成年鸡中,表达量较高的组织为肺脏,胸腺和下丘脑。在同一组织的1日龄和成年鸡中的表达呈现时序性,除脾脏的表达量差异不显著外,其他10个组织miR-92的表达量差异显著(P0.05);(3)两个软件预测到的交集靶基因有157个,GO富集结果显示靶基因主要参与转录过程,RNA代谢过程,DNA结合,转录因子活性,MAPK磷酸酶活性等。显著富集的KEGG通路为MAPK信号通路(P0.05)。这些结果为进一步研究miR-92基因在机体中所扮演的角色奠定了基础。     

浅谈林业病虫害的发生与无公害防治

正中国林业病虫害多达多8000种,作为一个林业大国,中国也是世界上林业有害生物最多的国家之一,这些有害生物的存在对我国林业的破坏非常严重,极大的威胁林业生态系统的平衡和物种多样性,林业病虫害引发的后续效应日益加深,已成为林业发展过程中一个比较严重的问题,阻碍了林业经济的健康可持续发展,虽然各地林业部门一直积极采取各种措施加强对林业病虫害治理,也取得了一定的效果,但林业病虫害产生的原因有很多,今后的防治     

春小麦壳针孢菌病害抗性鉴定初步结果

１９９２～１９９３年度，对２３５份春小麦、黑麦、小黑麦材料进行了抗壳针孢叶枯病（Ｓｅｐｔｏｒｉａｔｒｉｔｉｃｉ）和燕麦壳针孢菌小麦专化型（Ｓｅｐｔｏｒｉａａｖｅｎａｅｆ．ｓｐ．ｔｒｉｔｉｃｅａ）的抗性鉴定，结果表明，仅有为数不多的高抗品种，品种间抗性存在明显差异。     

不同饲养方式对固始鸡生产性能的影响

将固始鸡饲养至4周后,分别笼养和放养至18周,测量其体尺、屠体性能,到42周龄测量蛋品质。结果表明,笼养和放养的活重差异显著(P>0.05),其余屠宰指标差异不显著;蛋品质除了蛋重和蛋壳厚度差异显著(P<0.05)外,其余指标差异均不显著;放养条件下,纤维素酶高于笼养,而对总蛋白水解酶、胰蛋白酶和胃蛋白酶影响不显著。     

发展放牧养鸡改善蛋鸡福利

近年来由于以提高产蛋量为目标的育种技术的应用,虽然在一定程度上提高了蛋鸡的产蛋量,但啄羽、啄趾和啄肛等恶癖的发生率也大幅度增加,极大地损害了蛋鸡福利.     

鸡Lpin1基因3′-UTR遗传变异及其对miRNA结合位点的潜在效应

【目的】研究鸡Lpin1基因3′-UTR遗传变异/单倍型及其在品种间的分布，并预测这些变异对miRNA结合位点的潜在效应。【方法】根据鸡Lpin1基因组序列（GenBank登录号：NC_006090）设计一对特异性引物，采用PCR直接测序结合克隆测序的方法，进行鸡Lpin1基因3′-UTR及其邻近外显子在品种间的遗传变异/单倍型分析。【结果】①从6个品种中发现了8个变异位点，包含两个插入/缺失变异。这些变异均位于鸡Lpin1基因的3′-UTR，3′-UTR的变异频率为17SNPs/kb；②在鸡Lpin1基因3′-UTR区域，从固始鸡、卢氏绿壳蛋鸡中分别检测到7个变异位点，未检测到河南斗鸡品种内的变异；③用次要等位基因频率≥5%的6个变异位点（g.11A＞T，g.77C＞G，g.108_109delinsG，g.110_111delinsG，g.270A＞G和g.348G＞T）进行单倍型的构建和分析，从6个品种鸡中共检测到6种单倍型，其中P1和P4单倍型是群体的优势单倍型，频率均大于30%，河南斗鸡仅包含一种单倍型；④g.77C＞G变异可引起多个miRNA结合位点的增加/丢失。【结论】鸡Lpin1基因3′-UTR具有丰富的变异，3′-UTR变异位点/单倍型在品种间的分布存在明显的差异。     

自治区2010年第一批农机购置补贴实施已过九成

<正>2010年,中央安排自治区购置补贴资金(第一批)5亿元。由于受天气影响,今年全疆大部分地区春耕春播较往年有所     

鸡CFL2基因3′UTR多态性与肉质性状的关联分析

以固始鸡×安卡鸡F2代资源群为研究对象,利用PCR-RFLP方法检测鸡CFL2基因3′UTR多态性,并将不同基因型与肉质性状进行相关性分析。结果表明:在鸡CFL2基因3′UTR区预测到5个microRNA靶位点。在CFL2基因3′UTR区发现G577A位点,该位点为KpnⅠ自然酶切位点,表现为GG、AA和GA 3种基因型,基因型频率分别为0.589、0.349和0.061,经χ2适合性检验,该位点在群体中处于Hardy-Weinberg平衡状态。该突变位点对鸡的腿肌肌纤维密度和肌纤维直径具有显著影响(P<0.05)。结果显示,CFL2基因对鸡的腿肌肌纤维性状有一定影响,同时为该基因的标记辅助育种和进一步研究提供参考。