鸡CFL2基因3'UTR多态性与肉质性状的关联分析

以固始鸡×安卡鸡F2代资源群为研究对象,利用PCR-RFLP方法检测鸡CFL2基因3'UTR多态性,并将不同基因型与肉质性状进行相关性分析.结果表明:在鸡CFL2基因3'UTR区预测到5个microRNA靶位点.在CFL2基因3'UTR区发现G577A位点,该位点为Kpn Ⅰ自然酶切位点,表现为GG、AA和GA 3种基因型,基因型频率分别为0.589、0.349和0.061,经X2适合性检验,该位点在群体中处于Hardy-Weinberg平衡状态.该突变位点对鸡的腿肌肌纤维密度和肌纤维直径具有显著影响(P＜0.05).结果显示,CFL2基因对鸡的腿肌肌纤维性状有一定影响,同时为该基因的标记辅助育种和进一步研究提供参考.     

新广黄鸡MCEE基因多态性分析

为探讨MCEE基因多态性及其作为新广黄鸡生长性状遗传标记的可能性,对新广黄鸡进行MCEE基因多态性检测分析。采用Sanger测序法对MCEE基因的CDS和3′UTR区进行单核苷酸多态性(Singer nucleotide polymorphism,SNP)检测,并分析其对新广黄鸡生长性状的影响。结果表明:新广黄鸡MCEE基因的CDS区检测到3个SNP位点,分别为gC4715T、gT4734C和g C4925T。其中:g T4734C为错义突变,导致pSer 34Pro改变;3′UTR区检测到4个SNP突变位点,分别为g G8959A、g A8979G、g G9001C和g C9082T。MCEE基因CDS区3个SNP位点均表现为野生型基因型频率所占比重较高,属于低度多态,遗传变异较小;3′UTR区的4个SNP位点中,g A8979G位点表现为杂合型基因型频率所占比重较高,其余3个位点均表现为野生型基因型频率所占比重较高。MCEE基因3′UTR区的g G8959A、g A8979G和g C9082T三个SNP位点均属于中度多态,遗传差异较大。MCEE基因3′UTR区的g A8979G突变位点显著影响28日龄新广黄鸡体重(P0.05)。MCEE基因其它突变位点与体重无显著性相关。本研究初步揭示了鸡MCEE基因多态性及其与新广黄鸡体重之间的相关性,其对鸡生长性状的遗传效应有待进一步扩大样本量和品种进行验证并深入研究其对MCEE基因表达的影响。     

鸡PRR5L基因5′UTR多态性及其与脂肪性状、屠体性状的关联分析

试验旨在研究类富脯氨酸5(proline rich 5like,PRR5L)基因遗传变异对鸡脂肪性状及屠体性状的影响。以矮脚黄鸡为研究对象,根据GenBank公布的鸡PRR5L基因全序列(登录号:XM_015287209.1)设计扩增引物,利用PCR直接测序技术检测PRR5L基因的5′UTR区域单核苷酸多态性(SNPs),并用统计学方法分析其与鸡脂肪性状及屠体性状的关联性。结果发现,PRR5L基因5′UTR区域存在C480G、G514A和A579G3个多态位点,均表现出3种基因型。χ2适合性检验结果发现,群体在G514A位点处于Hardy-Weinberg非平衡状态(P0.05);在C480G和A579G位点均处于Hardy-Weinberg平衡状态(P0.05)。基因型与性状关联分析结果显示,在脂肪性状方面,PRR5L基因3个多态位点各基因型间腹脂重、腹脂率和肌内脂肪含量差异均不显著(P0.05);在屠体性状方面,在G514A位点处AG与GG基因型的胸肌重差异显著(P0.05),其余指标差异均不显著(P0.05)。因此,可推断PRR5L基因5′UTR的G514A位点可能是一个影响鸡胸肌生长发育的位点,但该位点能否作为标识鸡屠体性状的分子标记辅助选择还需要进一步探究。     

林甸鸡玫瑰冠、鱼腥味和矮小性状的遗传基础分析

试验研究了影响玫瑰冠性状、鱼腥味性状和矮小性状的MNR2、FMO3和GHR基因突变位点在林甸鸡群中的分布情况。通过PCR对分别影响林甸鸡玫瑰冠性状、鱼腥味性状和矮小性状的MNR2和GHR基因突变位点进行分型,发现林甸鸡群玫瑰冠个体为MNR2-RS型;林甸鸡群中存在鱼腥味易感基因FMO3基因c.984AT变异位点,25.4%鸡只携带T等位基因,其中TT基因型频率为4.3%,AT基因型频率42.2%;没有检测到影响矮小性状GHR基因第10外显子和3′UTR区1.7 kb缺失(c.1744_3516 del)突变位点。通过追溯试验群体的系谱结构,发现影响林甸鸡玫瑰冠型的MNR2基因、鱼腥味性状的FMO3基因和矮小性状的GHR基因的突变位点在上下代传递过程中与先前报道结果一致。     

鸡骨骼肌纤维类型鉴定及CAPNCAPN1基因与鸡腿肌纤维类型比例的关联分析

研究通过SDH染色技术鉴定了明星E系、明星C系、寿光鸡、藏鸡和农大褐5个群体的鸡骨骼肌纤维中红肌纤维、白肌纤维和中间型纤维的比例,并以钙蛋白酶(CAPN1)基因为候选基因,检测了位于CAPN1基因3′UTR区3个SNP位点的基因型,进行上述表型与基因型的关联分析。结果表明,每个SNP均在试验群体中发现三种基因型,各SNP与胸肌各类肌纤维类型比例的关联不显著,但均与腿肌中的肌纤维类型比例显著关联。SNP1的CC基因型白肌纤维比例显著低于CG型个体(P0.05),SNP2的GG型个体白肌纤维比例极显著低于CG型个体(P0.01),SNP3的CC型个体白肌纤维比例显著低于CT型(P0.05)。推测CAPN1基因对鸡骨骼肌各种肌纤维类型的形成或转化有一定影响,可作为影响肌纤维转换的候选基因进行深入研究。     

中国红牛苹果酸酶(ME1)基因3′UTR的克隆及多态性分析

试验鉴定了牛苹果酸酶(ME1)基因3′UTR的选择性转录及单核苷酸多态性(SNPs),并对其与中国红牛肉质性状和胴体性状的相关性进行了分析。试验克隆了ME1基因3′UTR的2个转录体(片段大小不同)。ME1-DraI酶切分析结果发现3′UTR存在1个SNP,且该位点与中国红牛蒸煮损失、pH24h、眼肌面积显著相关(P<0.05)。因此,该位点可作为中国红牛肉质性状和胴体性状的分子标记辅助常规育种位点。     

优质肉鸡S3系IGFBP-2和STAT5b基因多态性与繁殖性状的相关性分析

以优质肉鸡S3系产蛋母鸡为材料,采用PCR-SSCP技术研究IGFBP-2基因内含子3和STAT5b基因内舍子13序列的多态位点,并分析多态位点对繁殖性状的影响。结果表明:在IGFBP-2基因内含子3检测到1个多态位点,形成2种基因型,该位点为中度多态,但2种基因型繁殖性状间无显著差异;在STAT5b基因内含子13检测到1个多态位点,形成3种基因型,该位点也为中度多态,BB基因型开产日龄显著早于AA基因型,但其余性状间无显著差异。2个基因的多态性对优质肉鸡S3系繁殖性状的影响不大。     

鸡CSRP3基因编码区SNPs及其与肌纤维性状的相关分析

CSRP3基因是肌细胞分化所必需的正向调节因子,在肌肉生长发育过程中发挥重要作用。研究以220只63日龄(上市日龄)"花山麻鸡"为研究素材,应用PCR扩增与测序首次扫描了鸡CSRP3基因编码区SNPs,并将其与腓肠肌外侧头肌纤维平均面积、直径和密度等肌纤维性状进行关联分析。结果显示:在鸡CSRP3基因编码区共发现G180A、C240T、G246A、C252T、C546T、A633G 6个SNPs,均为同义突变;相关分析表明,A633G位点的多态性与花山麻鸡腓肠肌外侧头肌纤维平均面积存在极显著的基因型效应(P<0.01),与肌纤维平均直径、肌纤维平均密度存在显著的基因型效应(P<0.05)。结果表明,CSRP3基因可作为影响鸡骨骼肌生长发育的候选基因,可选择CSRP3基因编码区的633位点作为鸡骨骼肌肌纤维性状的分子标记辅助选择的候选标记。     

京海黄鸡甲状腺激素应答蛋白Spot14α基因外显子1多态性与屠体和腹脂性状的相关性分析

本研究旨在寻找甲状腺激素应答蛋白Spot14α(thyroid hormone responsive Spot14α,THRSPα)基因的多态位点,并分析其对京海黄鸡屠体和腹脂性状产生的影响。针对THRSPα基因外显子区,利用PCR-SSCP结合测序技术对379只140日龄京海黄鸡进行SNP检测,结果发现,该基因第1外显子区存在9 bp插入缺失多态位点,形成3种基因型：AA、AB和BB,2种等位基因：A、B,基因频率分别为0.4485、0.5515。相关分析结果表明,该位点对京海黄鸡140日龄活重、屠体性状（包括屠体重、头重、脚重、翅重、胸肌重、腿肌重、全净膛重、半净膛重）和腹脂性状均没有显著影响(P>0.05)。因此推断该多态位点在京海黄鸡分子辅助标记育种中不能作为屠体和腹脂性状筛选的候选分子辅助标记。     

鸡CAPN1基因3′-UTR多态性及其与肉质性状的关联分析

试验利用PCR-SSCP技术对寿光鸡CAPN1基因3′-UTR的多态性进行了检测,并进一步分析了其与肉质性状的相关性。结果显示,在寿光鸡群体中检测到AA、AB 2种基因型,基因型频率分别为0.43、0.57,AB为优势基因型;A、B等位基因频率分别为0.715、0.285,A为优势等位基因;群体中未检测到BB基因型个体。经χ2检验,群体处于Hardy-Weinberg非平衡状态(P0.05)。CAPN1基因3′-UTR的多态性对胸肌pHu、腿肌pHu、肌内脂肪含量和胸肌剪切力有显著性影响(P0.05);对腿肌剪切力、失水率、胸肌蒸煮损失和腿肌蒸煮损失无显著性影响(P0.05)。     

甘肃马鹿MyoG基因5′UTR单核苷酸多态性检测及其序列变异分析

为了初步探索肌细胞生成素(MyoG)基因在鹿科动物上的遗传多态性,试验采集56头甘肃马鹿的血液样品,采用PCR-SSCP和克隆测序的方法对MyoG基因(GenBank登录号：FJ746497)5′UTR部分序列进行了单核苷酸多态性(SNPs)检测及序列变异分析。结果表明：①引物P1的PCR扩增片段存在多态性,经克隆测序分析,在5′UTR -237 bp处存在G→A的转换变异,该位点表现为AA、AB和BB 3种基因型,由A和B 2个等位基因控制;对基因型、等位基因频率及群体遗传多态性分析结果发现,AA基因型频率最高,A基因为优势等位基因,该位点多态信息含量(PIC=0.194)为低度多态(PIC＜0.25);经TFSEARCH 1.3分析软件预测发现,该变异可能减少了1个Sp1转录因子。②引物2的PCR扩增片段检测到1个SNP多态位点(—46 bp,G→A),表现为CC、CD和DD 3种基因型, 基因型频率分布为CC＞CD＞DD,该位点多态信息含量(PIC=0.266)为中度多态(0.25＜PIC＜0.5),但该变异并未引起潜在调控元件及蛋白质结合位点的改变。本研究结果为进一步分析MyoG基因SNPs位点与甘肃马鹿胴体、肉质性状的关联性奠定了基础。     

Catsper1单核苷酸多态性及其与种公牛精液品质的相关性分析

采用PCR-SSCP技术对45头种公牛Catsper1基因的单核苷酸多态性进行了检测。结果发现,在Catsper1基因的5′UTR、exon-1、intron-1和3′UTR上存在多态性,5′UTR、exon-1和3′UTR分别存在2种基因型,即AA/AB、A′A′/A′B′和EE/EF型,intron-1存在3种基因型,即CC型、DD型和CD型。对多肽片段克隆测序,结果显示,在Catsper1基因5′UTR上存在2个碱基突变,即C65T和T28C;在exon-1上存在G144A的突变,并且该位点的突变导致了氨基酸序列由甘氨酸变为丝氨酸;在intron-1上存在C167T的突变;在3′UTR存在C202T的突变。利用SPSS 12.0软件分析了西门塔尔牛和夏洛莱牛Catsper1基因的遗传多态性与精液品质的相关关系,结果表明:5′UTR与exon-1位点的突变对鲜精活力、冻精活力、鲜精顶体完整率和冻精顶体完整率有显著影响(P<0.05);intron-1位点对射精量和冻精畸形率有显著影响(P<0.05);3′UTR位点对精子浓度和鲜精活精子比率有显著影响(P<0.05)。     

边鸡IGF-ⅠR基因AluⅠ位点多态性及其对生长性状和繁殖性状的遗传效应分析

为了寻找与边鸡生长性状和繁殖性状相关的遗传标记,本试验采用PCR-RFLP技术检测边鸡类胰岛素生长因子Ⅰ受体（insulin-like growth factor Ⅰreceptor,IGF-ⅠR）基因Alu Ⅰ位点的多态性,并分析该多态位点对边鸡生长性状和繁殖性状的遗传效应。结果显示,边鸡IGF-ⅠR基因Alu Ⅰ位点存在多态性,在外显子2的376 bp处有1个G→A突变,产生了GG、GA和AA 3种基因型,基因型频率分别为0.687、0.296和0.017,GG为优势基因型;G等位基因频率为0.835,为优势等位基因。卡方适合性检验结果表明,该基因座位在边鸡群体中处于哈代-温伯格平衡状态（P>0.05）。相关分析结果表明,在8、14、16和18周龄时,GG基因型个体的体重显著高于GA基因型（P<0.05）,GG基因型个体的开产体重极显著高于GA基因型个体（P<0.01）,但并不能说明该位点可以作为影响边鸡繁殖性状的遗传标记。IGF-ⅠR基因外显子2的Alu Ⅰ位点（G→A）可能是影响边鸡生长性状的一个遗传标记。     

不同鸡品种TYR基因遗传变异分析

采用PCR-SSCP方法,对中国宁夏固原鸡、海南文昌鸡、西藏藏鸡和国外引进海赛克斯鸡TYR基因5′侧翼区及外显子13个位点（P1、P2、P3）的遗传变异进行研究。结果表明,P2位点无多态,P1位点在3个中国鸡品种中均出现3种基因型,分别为AA型、BB型和AB型;在引进的海赛克斯鸡中,只检测到BB型和AB型2种类型。4个鸡品种在该位点均处于Hardy-Weinberg平衡状态;P3位点在中国3个鸡品种中均检测到3种基因型,分别为AA型、BB型和AB型,而海赛克斯鸡中只检测到AA和AB型,固原鸡和文昌鸡在该位点处于Hardy-Weinberg平衡状态,藏鸡和海赛克斯鸡均处于极不平衡状态。进一步说明,中国地方鸡品种的TYR基因蕴藏丰富变异资源。经克隆测序分析,P1位点存在C→T的单碱基替换突变,P3位点存在G→A的单碱基替换突变,但未引起氨基酸突变。独立χ2分析显示,两位点基因型和等位基因分布在不同鸡品种之间存在显著或极显著差异（P〈0.05和P〈0.01）,提示TYR基因的基因型和等位基因分布与鸡品种因素显著相关。本研究为以后对鸡TYR基因5′侧翼区及外显子1的进一步研究提供基础依据。     

不同鸡品种IGF-I基因5′调控区TrulⅠ位点的多态性分析

胰岛素样生长因子-I是调节动物生命活动重要的多肽生长因子之一,它对动物的生长发育及代谢有重要的调控作用。本研究根据Gen Bank中发表的鸡胰岛素样生长因子I基因(IGF-I)的序列针对5′调控区的TrulⅠ位点设计1对引物。采用PCR-RFLP技术检测边鸡、京海黄鸡、尤溪麻鸡和AA鸡TrulⅠ位点的多态性,并试图探索Trul I位点的多态性和边鸡经济性状的关系。结果表明:边鸡、京海黄鸡和尤溪麻鸡TrulⅠ位点存在多态性,而AA鸡不存在多态性;在京海黄鸡和尤溪麻鸡中形成AA、AB和BB 3种基因型,在边鸡中仅存在AA和AB基因型,基因型分布在4个鸡品种中并不一致。该位点能否作为边鸡经济性状的一个遗传标记有待进一步研究。     

MC3R基因对京海黄鸡屠体性状的遗传效应分析

本研究以MC3R基因为鸡屠体性状的候选基因,旨在探讨其对京海黄鸡屠体性状的影响。运用PCR-SSCP方法结合测序技术,检测了MC3R基因在京海黄鸡群体中的多态性,并采用一般线性模型(GLM)分析基因型与屠体性状的遗传效应。结果显示,MC3R基因CDS序列检测区内,引物MR2、MR3和MR8扩增的片段具有多态性,其中引物MR2和MR3扩增片段均存在2个SNP位点,分别形成AA、AB、AC 3种基因型和EE、EF、FF、EH 4种基因型,引物MR8扩增片段只存在1个SNP位点,形成了KK、KL和LL 3种基因型;检测到的5个SNPs位点分别为CDS区C160A、G192T、C273T、G310A、G762A突变。关联分析结果显示,MR2位点对京海黄鸡各屠体性状(除腹脂质量)均有极显著影响(P0.01);MR3位点各基因型(排除个体数少于3的基因型)屠体性状间差异均不显著(P0.05),推断MR3位点对京海黄鸡屠体性状影响不显著(P0.05);MR8位点对京海黄鸡屠体质量、胸肌质量、腿肌质量、全净膛质量、半净膛质量有极显著影响(P0.01),对活体质量和腹脂质量有显著影响(P0.05)。对MR2和MR8 2个位点的效应进行联合分析,结果显示,2个位点组合基因型对所有屠体性状均有显著或极显著影响(P0.05或P0.01),其中AB/KK基因型组合为有利基因型组合,AA/LL基因型组合为不利基因型组合。因此,本研究可为京海黄鸡分子标记辅助育种提供依据,有利于加快对京海黄鸡屠体性状选择的育种进程,同时通过本研究可推测MC3R基因对家禽的屠体性状具有很大的遗传效应,为家禽育种工作提供理论依据。     

京海黄鸡IGF-Ⅰ基因与生长和屠体性状的关联分析

实验将类胰岛素生长因子Ⅰ(IGF-Ⅰ)作为研究鸡生长、屠体性状的候选基因,以京海黄鸡为材料,采用PCR-SSCP技术对京海黄鸡的IGF-Ⅰ基因5′非编码区和第1外显子进行SNPs检测和基因型分析,探讨IGF-Ⅰ基因的多态性与鸡生长、屠体性状之间的关系。在IGF-Ⅰ基因5′端非编码区上发现1个突变,统计结果显示:活重、腿肌重、半净膛重和全净膛重在不同基因型之间均存在显著差异(P<0.05),AA基因型显著高于BB基因型个体。结果表明:该基因可能调控鸡生长、屠体性状或与控制生长、屠体性状的主基因连锁。由此推测,可以将IGF-Ⅰ基因作为鸡生长、屠体性状的辅助标记。     

Ex-FABP基因5'UTR遗传变异及其与鸡脂肪性状关系的研究

以Ex-FA BP为候选基因,采用直接测序方法寻找贵妃鸡、怀乡鸡母鸡Ex-FA BP基因的SNP,在基因5'调控区筛查到3个多态位点G2707A、C2717A、T2725G,用生物信息学和PCR-RFLP方法分析并验证这3个位点.结果显示:只有位点G2707A存在一个SacⅡ酶切位点;三位点多态信息含量:其中贵妃鸡母鸡的PIC均为0,表现为单态;怀乡鸡母鸡的PIC分别为0.3723、0.3749、0.3727,处于中度多态.经过Χ2适合性检验,所有母鸡群体在该位点处于Hardy-Weinberg非平衡状态(P＜0.05).比较G2707A位点的3种基因型GG、GA和AA对怀乡鸡母鸡群体脂肪性状的影响,结果基因型对皮脂厚、肌内脂肪没有显著影响;但在活重、屠体重性状方面,GA型显著高于GG型(P＜0.05);腹脂重和腹脂率,GG>GA型(P＜0.05),并有GG>AA>GA型的趋势.生物信息学分析显示,该突变位点没有处于转录因子结合位点,不会影响基因转录.     

5个鸭品种MyoD基因外显子1的多态性及其与屠宰性状的关联分析

本实验采用PCR-SSCP方法研究了5个鸭品种(奥白星分割型肉鸭、北京鸭、金丽鸭、樱桃谷鸭SM3型、奥白星76型肉鸭)共148个个体MyoD基因外显子1的多态性,并分析基因位点多态性与鸭屠宰性状的相关性。结果表明:有1对引物检测到多态,在外显子1编码区内检测到1个突变位点C 201G,该位点C→G的突变引起组氨酸/谷氨酰胺的改变;检测到M M、M N 2种基因型,M M型为优势基因型,但5个群体均处于Hardy-Weinberg平衡状态;不同基因型对鸭的腿肌率性状的影响差异极显著(P<0.01),5个品种鸭M N型个体的腿肌生长速度相对M M型个体更为迅速,表明M N基因型可作为腿肌选择的分子标记。     

石歧杂鸡催乳素基因外显子2的SNP检测与产蛋就巢性状的关联分析

利用PCR-SSCP技术对石歧杂鸡的催乳素(prolactin,PRL)基因外显子2进行SNP检测和测序分析,并对该基因与石歧杂鸡产蛋、就巢性状的相关性进行了研究。结果表明,PRL基因外显子2存在多态性位点,该位点由于在3838位点发生C→T的碱基突变,产生了AA、AB和BB3种基因型,并导致氨基酸的改变,由亮氨酸变为苯丙氨酸。基因型AA和等位基因A的频率最高;BB基因型个体首次就巢时间显著晚于AA和AB基因型(P0.01);BB基因型的就巢次数显著多于AA和AB基因型(P0.05);3种基因型与产蛋性状相关性不显著。