伪狂犬病病毒PK基因的克隆与PK、gG双缺失转移载体的构建

地高辛标记伪狂犬病病毒（PRV）Ea株短区段蛋白激酶（PK）基因3′端0．4kb片段，Southern杂交确定短区段PK基因定位在基因组DNA BamH Ⅰ 4．0kb片段中。将该片段克隆获得重组质粒pSB304，对pSB304亚克隆，构建了仅含完整PK基因约1．3kb片段的重组质粒pSB305，并进行了序列测定。结果表明，PK基因存在2种可能的同框编码方式，分别编码388或334个氨基酸残基，并具有真核细胞蛋白激酶催化结构域序列。同国外PRV NIA-3、Ka株相比，氨基酸同源性分别为98．8％和97．3％，有意义的是Ea株、Ka株均较NIA-3株在同一位置缺失2个氨基酸（Asp，Gly）。进一步对pSB305和含gG全基因以及部分gD基因的质粒pUSK进行酶切拼接，将PK基因大部分编码区、gG基因5′端部分编码区进行缺失，构建成两端同源侧翼分别为3．1kb和1．6kb的PK、gG双缺失转移载体pLR001。上述结果为深入研究PK基因功能及研制更安全的TK^-／PK^-／gG^-三缺失基因工程疫苗奠定了基础。     

鸡肾型传染性支气管炎病毒IBV-SD04株M基因克隆与序列分析

IBV-SD04(以下简称SD04株)为一株临床分离的鸡肾型传染性支气管炎病毒.通过RT-PCR技术扩增出该毒株的M基因片段,并将其克隆到pMD-18T载体中进行序列测定与分析,结果表明该分离株M基因长度为678 bp,编码225个氨基酸,与国内外主要的疫苗毒株和国内分离株核苷酸同源性为86.6％～99.9％;通过DNAStar软件对M蛋白进行二级结构预测,结果表明M蛋白的N端前98位氨基酸具有良好的亲水性、抗原性指数以及表面可能性;通过在线软件TMHMM Server v.2.0对M蛋白进行跨膜区分析,结果显示SD04株M蛋白跨膜3次,跨膜区分别位于23 ～40、47～69和79～98肽段区;应用在线软件NetNGlyc 1.0和NetOGlyc 3.1对M蛋白进行糖基化位点分析,结果表明SD04株M蛋白无氧连糖基化位点,存在2个氮连糖基化位点.综合以上信息,SD04株可作为疫苗候选株进行研究.     

伪狂犬病病毒上海株gE和gI基因的克隆及序列分析

参考Genebank发表的伪犬病病毒（Pseudorabies Virus,PRV）的gI和gE基因序列，自行设计并合成了两对引物，对PRV上海株（PRV－SH）进行PCR扩增，产物经琼脂糖电泳分析，均呈现一条约960bp和1740bp的条带，将其克隆入pGEM-T-easy载体中，进行了序旬测定，将PRV－SH株的gI基因与Rice株gI基因比较发现,核苷酸的同源性为94.7%，氨基酸的同源性为91.3%，证实为gI基因，将PRV－SH gE基因序列与Ea株、Ruce株gE基因序列进行比较，结果显示，该序列与PRV Ea株、Rice株gE基因的同源性分别为98.5%、97.5%；的氨基酸序列与Ea株，Rice株和I型单纯疱疹病毒（HSV－1）17株gE的同源性分别为97.2%、94.8%和15.6%。     

猪流行性腹泻病毒青海株M蛋白基因的克隆与功能位点分析

克隆了猪流行性腹泻病毒（PEDV）青海株（PEDV-QH）的M基因。经序列分析，PEDV-QH株编码膜蛋白M的开放阅读框（ORF）全长为681bp，包含154A（22．61％），160G23．49％），217T（31．86％），150C（22．03％），编码226aa，分子质量约为25ku。PEDV-QH株的M基因与CV777、JMe2、Br1／87、JS2004-2、KPEDV-9株核苷酸序列的同源性分别为98．5％、98．4％、98．4％、98．2％和97．9％，推导的氨基酸序列同源性分别为99．1％、99．19／6、98．7％、98．2％、97．8％；M基因推导的氨基酸序列分析显示，M蛋白3次跨膜，有1个潜在的原核膜脂蛋白脂结合位点，3个潜在的N糖基化位点，4个潜在的丝氨酸或苏氨酸连接的蛋白激酶C或酪蛋白激酶Ⅱ磷酸化位点。与CV777及Br1／87核苷酸序列以及氨基酸遗传衍化关系分析显示，PEDV-QH株M基因的变异主要属于同义突变。     

猪源伪狂犬病病毒AH02LA株糖蛋白的基因序列测定与对比分析

为了分析猪源伪狂犬病病毒AH02LA株糖蛋白的基因序列特征,本研究设计了17对特异性引物,通过PCR扩增AH02LA株的11个糖蛋白基因并进行序列测定,然后将其与PRV变异株(TJ株与HeN1株)和PRV经典株(Bartha株与Kaplan株)作比对分析。结果:成功扩增了11个糖蛋白基因序列,序列比对发现,AH02LA株的gB、gD、gG、gK和gM基因与PRV变异株的同源性为100%,而与PRV经典株的同源性为98%~99%;AH02LA株的gC、gE和gI基因与PRV变异株的同源性为99%,而与经典株的同源性为95%~97%,而且AH02LA株的gB、gC、gD、gE、gI和gN基因的插入或缺失也与变异株完全一致。研究表明,AH02LA株的主要糖蛋白基因序列与变异株高度同源,该毒株是一株典型的变异株。     

伪狂犬病病毒Ma株基因组3.4kb及4.4kbBamHI片段的克隆与鉴定

本试验采用BamHI酶切伪狂犬病病毒 (PRV)Ma株基因组DNA ,电泳回收 3 4kb和4 4kb片段 ,快速克隆了伪狂犬病病毒Ma株BamHI 3 4kb和 4 4kb片段到质粒 pUC1 9中 ,对其进行部分序列测定并与Genebank序列进行同源性分析 ,结果表明BamHI 3 4kb片段包含UL50等基因 ,与Ka株UL50基因同源性为 87% ,BamHI 4 4kb片段包含RSP40及PK等基因片段 ,与Ka株RSP40基因同源性为 98%。Ka株BamHI 3 4kb片段包含TK基因 ,而包含UL50基因的BamHI片段为 7 4kb。结果表明 ,PRVMa株BamHI酶切位点发生了漂移     

鸡传染性支气管炎病毒广西株M基因的克隆与序列分析

参照GenBank中鸡传染性支气管炎病毒(IBV)的核苷酸序列设计1对引物,利用 PCR 扩增IBV广西株的M基因片段,将其克隆到pMD18-T载体中.序列分析结果表明,M基因全长为678 bp,编码225个氨基酸,近N端含有2个潜在的N-糖基化位点,3个跨膜区位于23—98肽段区,亲水区较疏水区更易变异.IBV广西株与国内外IBV参考毒株相比,核苷酸序列同源性为83.6%~92.5%,氨基酸序列同源性为82.7%~95.1%.系统进化分析结果显示IBV广西株与SAIB20和LX4两参考株位于同一个分支上,它们的亲缘关系较近,而与其他参考株属于不同的分支,亲缘关系较远.结果表明IBV广西株是1株新的IBV变异株.     

伪狂犬病病毒Ea株Us9基因的克隆与序列分析

对含伪狂犬病病毒Ea株BamH17片段的质粒pUC6.6进行亚克隆，构建了仅含Us9基因约0.6kb片段的重组质粒pSKMN0.6。双脱氧末端终止法进行双链测序，结果表明：Us9存在2种可能的同C-末端的编码形式，分别编码106或98个氨基酸残基，Us9基因与其下游的Us2(28K)基因之间存在约200bp的非转录区，将Ea株Us9基因序列同国外Rice株进行没源比较，发现二者在组成和结构上存在多处保守序列，尤其是潜在的酪氨酸磷酸化位点，C-端疏水性氨基酸以及由连续6个带正电荷的精氨酸残基组成的核定位信号序列，但在N-糖基化位点以及丝氨酸含量上存在较大差异。     

伪狂犬病病毒上海株的gI基因的克隆和序列分析

参考Genebank发表的伪狂犬病病毒（Pseudorabies Virus,PRV)的gI糖蛋白基因序列，自行设计合成一对引物，对PRV上海株（PRV－SH）进行PCR扩增，产物经琼脂糖电泳分析，呈现一条约960bp的条带，将其克隆入pGEM-T-easy载体中，并进行序列测定，与PRV Rice株gI基因比较发现，核苷酸的同源性为94．7％，氨基酸的同源性为91．3％，证实为gI基因。     

伪狂犬病病毒Ea株UL31基因克隆、序列分析及其在大肠杆菌中的表达

以伪狂犬病病毒Ea株基因组DNA为模板,通过PCR扩增含UL31基因的1 000bp片段,扩增产物克隆于pMD18-T中,双脱氧末端终止法序列测定.通过OM1GA2.0软件包分析发现,Ea株UL31基因编码271个氨基酸,蛋白质分子量为30.38 kD,与Ka株UL31基因核苷酸与氨基酸序列同源性均在98%以上.将α-疱疹病毒亚科9个不同成员UL31同源基因编码的氨基酸序列进行多重比对分析,发现4个保守的功能性结构域.将该片段插入原核表达载体pGEX-KG中GST下游,构建的原核表达质粒pGEX-UL31在大肠杆菌BL32(DE3)中获得了高效表达,SDS-PAGE结果显示,表达的融合蛋白质分子量为56 kD.     

PRV LA株gD基因的序列测定及其重复高变区的发现

对猪伪狂犬病病毒鲁A株(PRVLA株)gD基因进行了克隆和序列测定，结果表明：在测序的l453bp的DNA序列中包括着1个l203bp的ORF(即gD基因)，它编码400个氨基酸组成的多肽；在整个gD基因的ORF内PRVLA株与PRV Ea株、Hulbei株、Rice株、NIA-3株、Kaplan株的gD基因比较，核苷酸的同源性分别为98．3％、98．3％、98．0％、98．1％、98．6％，氨基酸的同源性分别为97．8％、97．8％、97．5％、98．1％、98．6％；发现PRVLA株gD基因与Ea株、Hubei株、Rice株、NIA-3株、Kaplan株的gD基因均在802～837nt处有1个C(A)GGCCC的重复高变区，其对应的是gD267～279位氨基酸残基Arg—Pro的重复高变区。正是该重复高变区的碱基缺失或插入使得PRVgD的ORF在l194～l215nt间变化，gD前体的氨基酸残基为398～404个。     

猪轮状病毒GD1株VP7基因的克隆及序列分析

参考GenBank中发表的PRV OSU毒株VP7基因核苷酸序列ORF两端保守区序列,设计1对特异引物,以PRV GD1株反转录cDNA为模板,通过PCR方法扩增出长约1 kb的基因片段,并克隆到pMD18-T载体中进行序列测定。测序结果表明:VP7基因全长1 062 bp,含有一个981 bp的开放阅读框,编码326个氨基酸。与国内外已知的13个毒株VP7全长基因的核苷酸及推导的氨基酸序列比较,相似性分别为77.4%～100%和78.6%～99.7%;核苷酸系统发育进化树结果表明,GD1毒株与轮状病毒A2,JP3-6毒株亲缘关系较近,为一个进化群。     

湖南省4株伪狂犬病病毒的分离鉴定及其免疫与毒力相关基因的序列分析

为了解湖南省近年来伪狂犬病病毒(PRV)的分子流行病学情况,更好地控制伪狂犬病,2012-2014年从湖南平江、汨罗、浏阳、长沙4地的4个规模化猪场送检的病料(脑组织)中检测到PRV野毒。将脑组织接种PK-15细胞,经PCR和动物接种鉴定为PRV。4个毒株分别命名为PRV-XiangA、PRV-GA、PRV-YY和PRV-LY。对这4株PRV的免疫(gB、gG、gH、gI、gL、gM)与毒力(gE、PK、TK)相关基因进行序列分析,结果显示这4株PRV的免疫与毒力相关基因核苷酸同源性为99.8%~100.0%,说明分离得到的4株PRV变异极小;将这4株PRV与国内外的主要毒株进行序列比对,结果表明这4株PRV与国内的分离毒株同源性很高,与BJ-YT株和TJ株的亲缘关系最近,核苷酸同源性为99.8%~100.0%,说明当前国内流行的PRV毒株变异较小。     

2013~2018年江西省猪伪狂犬病病毒流行株gE和gB基因遗传变异分析

为掌握江西省猪伪狂犬病病毒（PRV）的分子流行病学及遗传变异情况,本研究运用实验室已建立的PCR方法对2013~2018年采集自江西南昌、宜春、赣州、吉安、九江、上饶、抚州、新余8个地区的PRV阳性猪病料进行gE和gB基因扩增,并对PCR产物进行测序和序列分析。结果显示,共获得64株PRV的gE基因序列和12株PRV的gB基因序列;gE基因遗传进化树表明,64株PRV同属一个大分支,与亚洲毒株及近年来国内分离株亲缘关系较近,全部为GⅠ型,而与GⅡ型的欧美经典毒株亲缘关系较远;江西毒株gE基因与19株参考毒株的核苷酸和氨基酸序列同源性分别为97.2%~100%和94.6%~100%;gB基因与11株参考毒株的核苷酸和氨基酸序列同源性分别为98.2%~100%和96.5%~100%;相较于Bartha-K61疫苗株,江西流行毒株的gB基因存在碱基缺失、插入和位点突变现象。本研究从分子流行病学角度证实了江西省PRV的流行与变异情况,为江西省科学防控PRV提供理论依据。