不同动物来源的新城疫病毒F基因序列分析

为了解广西地区新城疫病毒（NDV）在不同动物宿主内的分布流行情况,对从广西地区鸡、野鸟、猪、鹅、马等5种不同动物体内分离到 NDV 毒株,进行了 F 基因的克隆扩增和序列分析。结果表明,5个NDV 分离株 F 基因的核苷酸序列同源性为85．2％～98．6％,推导氨基酸序列同源性为88．9％～98．6％,同源性差异较大;5个毒株的 F 基因与国内贵州、长春、福建等地的当前流行株同源性较高;以 F 基因前374 bp核甘酸同源性比较分型表明,鸡源、鹅源、马源毒株为当前流行的基因Ⅶ型,而猪源毒株和野鸟源毒株为传统的基因Ⅱ型。     

2株蛋鸡源基因Ⅸ型新城疫病毒全基因序列测定及遗传进化分析

为分析鸡源基因Ⅸ型新城疫病毒的分子特征及遗传进化关系,对两株蛋鸡源NDV进行部分生物学特性测定及全基因测序分析。参考基因Ⅸ型NDV毒株的序列设计10对引物,采用RT-PCR的方法对NDV分离株Layer/China/Yulin/10和Layer/China/Changan/10分段进行扩增及测序,拼接获得全基因序列。结果表明,2株病毒的MDT分别为37.2和56.5h,ICPI分别为1.838和1.603,F基因的裂解位点序列均为112 R-R-Q-R-R-F117,HN基因均编码571个氨基酸,均符合NDV强毒株的特征;2株病毒的基因组全长均为15 192bp,同源性高达99.9%;F基因和全基因系统进化树显示2株NDV均属于ClassⅡ中的基因Ⅸ型,和其他基因Ⅸ型和基因Ⅲ型毒株的亲缘性较高,与野鸟源NDV同源性为99.9%,遗传距离为0.001 1,以上结果表明,这两株鸡源NDV与野鸟源NDV的亲缘关系较近。提示野鸟可能在基因Ⅸ型NDV的扩散与传播中有重要的作用。     

10株广西野鸟源新城疫病毒HN基因的遗传进化分析

对分离自广西4种鸟类的10株新城疫病毒(NDV)分离株,进行HN基因的RT-PCR扩增、序列测定和分析,旨在探讨广西野鸟源NDV HN基因的分子进化特征,为科学防控新城疫提供依据。结果显示,10株广西野鸟源NDV分离株HN基因的ORF全长均为1 716 bp,编码571个氨基酸,符合强毒株的基因长度特征。核苷酸同源性比较显示,2株鹧鸪源NDV分离株与NDV基因XII型同源性高达98.0%～98.1%, 5株斑鸠源和3株鸽子源NDV病毒与NDV基因VI型的同源性高达90.0%～91.9%。遗传进化分析显示,10株广西野鸟NDV分离株与我国经典强毒株F48E9、弱毒疫苗株LaSota和基因VII型NDV(我国目前应用最广的疫苗株基因型)遗传距离较远。     

蛋鸡输卵管积液中新城疫强毒的分离鉴定与分子特征

从病鸡输卵管积液中分离了一株新城疫病毒(命名为SHY06),经蚀斑纯化后测定其鸡胚平均死亡时间和1日龄雏鸡脑内致病指数分别为52 h和2.0,F蛋白裂解位点氨基酸序列为112-RRQKRF-117,符合强毒NDV的特征.根据F基因(1-374 bp)对SHY06和19个NDV参考毒株进行基因分型结果表明SHY06属于基因Ⅶ型.F基因氨基酸序列同源性比较显示SHY06与基因Ⅶ型NDV分离株同源性为97.5%～99.5%,与基因Ⅸ型NDV(F48E9等)同源性为91.7%～92.4%,与基因Ⅱ型(疫苗株LaSota等)同源性为89.2%. HN基因氨基酸序列同源性比较显示SHY06与近年来分离株同源性较高,为92.1%～99.7%,与疫苗株(LaSota)和标准强毒株(F48E9)同源性较低,分别为87.6%和89.9%.     

黑龙江部分地区野鸟源新城疫病毒HN、P基因的克隆和序列分析

为了解野鸟源新城疫病毒(NDV)基因变异情况,我们对14株2005年～2006年分离自黑龙江三江自然保护区和哈尔滨周边地区健康野鸟体内的NDV的HN和P基因分别进行RT-PCR扩增,并将其克隆至pMD18-T载体进行核苷酸序列测定。结果显示:14株野鸟源NDVHN基因开放性阅读框架(ORF)均为1716bp,编码571个氨基酸;P基因开放阅读框均为1188bp,编码395个氨基酸。13株野鸟源NDVHN和P基因核苷酸同源性分别为96.4%～99.8%和95.8%～100%,分别与参考毒株HN和P基因相比,同源性为82.3%～98.7%和78.5%～99.4%。1株野鸟源NDV与参考毒株Mutkeswar的HN和P基因高度同源。分析表明:这14株NDV病毒与我国普遍流行的基因Ⅶ型和基因Ⅲ型NDV具有很高的同源性,提示野鸟与家禽新城疫的发生在流行病学和生态学上有着非常密切的关系。     

鸭新城疫病毒分离株抗原表位和遗传演化分析

从规模化养殖场鸭群气管和泄殖腔试子分离到新城疫病毒(NDV)27株,用2株针对NDV HN单抗进行抗原表位分析,并选择4个分离株进行F基因高变区(374bp)和HN基因全长序列分析。抗原表位分析结果显示,27个鸭分离株均能与其中一株单抗C3-B7反应,而与另外一株单抗1E5反应为阴性。F基因(374bp)序列分析结果显示,4个鸭分离株均属于NDV ClassⅠ分支,分离株之间核苷酸同源性为99.2%～100%;分离株与NDV ClassⅡ毒株遗传距离为0.9%～9.9%,与NDV ClassⅠ毒株遗传距离为38.5%～41.7%。根据核苷酸序列推导的氨基酸序列表明,4个鸭NDV分离株F蛋白裂解位点氨基酸模式为:112-EROERL-117。HN基因序列分析结果显示,4个鸭NDV分离株HN基因全长1851bp,编码585个氨基酸;同源性比较发现4个鸭NDV分离株之间核苷酸同源性为99.7%～99.8%,与NDV ClassⅡ毒株核苷酸同源性为68.4%～70.5%,与NDV ClassⅠ毒株核苷酸同源性为95.8%～98.0%。本研究结果显示,鸭分离毒均属于NDV ClassⅠ弱毒,在抗原表位和基因序列上与广泛应用的NDV弱毒疫苗株(LaSota)不同,这些毒株的来源有待进一步深入研究。     

产蛋下降鸭群强毒新城疫病毒的分离鉴定与分子特征

从产蛋下降鸭群分离到两株新城疫病毒(NDV)(命名为Duck/China/SD6/2008和Duck/China/SD7/2009),经蚀斑纯化后测定其鸡胚平均死亡时间为77.6h,F蛋白裂解位点氨基酸序列为112-RRQKRF-117,符合强毒NDV的特征。根据F基因(374bp)对2个NDV分离株和30个NDV参考株进行基因分型结果表明,2个分离株均属于基因Ⅶ型。F基因和HN基因核苷酸序列同源性比较显示,2个鸭分离株与基因Ⅶ型NDV分离株同源性为94.1%～99.7%和94.4%～97.1%,与同期分离的鸡源NDV强毒株Chicken/China/SD4/2008同源性最高,分别为99.3%～99.5%和99.5%～99.7%,表明这两个鸭NDV毒株可能来源于感染NDV的鸡群。     

NDV 江苏分离株F基因的克隆与序列分析

为比较NDV江苏分离株的遗传变异特征,应用RT-PCR扩增出新城疫病毒（NDV）江苏徐州株（JSXZ）、江苏宿州株（JSSZ）、江苏连云港株（JSLYG）和江苏淮安株（JSHA）的融合蛋白F基因的全长核苷酸,将其分别克隆至pMD18-T载体中。将获得的阳性重组质粒进行序列测定后,推导出其氨基酸序列,进行分析和比较。结果表明,所获得的4个分离株F基因完整的开放阅读框长度为1662bp,共编码F蛋白的553个氨基酸;4个毒株与常用疫苗株之间核苷酸序列同源性只有69．3％～80．8％。JSXZ株和JSSZ株F基因的裂解位点为112-RRQK／RRF-117,符合强毒株裂解区氨基酸组成的特征。以lbp～374bp的核苷酸序列绘制系统发育树分析表明,JSXZ和JSSZ株NDV为基因Ⅷ型,JSLYG和JSHA株NDV为基因Ⅸ型。     

两株鸽源新城疫强毒株的分离鉴定及分子特性分析

从山东地区疑似新城疫病毒(NDV)感染鸽群中分离到两株新城疫病毒分别命名为pigeon/China/bz12和pigeon/China/bz11,经蚀斑纯化后测定其鸡胚平均死亡时间(MDT)分别为76.6 h、78.8 h,1日龄雏鸡脑内致病指数(ICPI)分别为1.98、1.95,符合NDV强毒特征.设计NDV F基因特异性引物,使用RT-PCR从纯化后鸡胚尿囊液中扩增获得了约1 662 bp基因条带,序列测定确认为NDV F基因,其氨基酸一级结构包含553位氨基酸残基,F0蛋白裂解位点含112-RQKRF-117氨基酸序列,具有NDV强毒株分子特性.依据yellow基因序列同源性对获得2株NDV分离株和42株NDV参考毒株基因型分型,结果显示,2株鸽源NDV分离株都属于基因Ⅶ型,其与基因Ⅶ型NDV不同分离株同源性达93.5％～99.8％,与鸡源强毒NDV分离株Chicken/China/SD8/2010同源性高达99.8％,表明这两株鸽源分离毒株可能来源于感染的鸡群.     

新城疫病毒分离株F基因的克隆与序列分析

应用RT-PCR分别扩增出新城疫病毒(NDV)青海株(QH3)、黑龙江株(HLJ)和甘肃株(A4)的融合蛋白(F)基因的全长核苷酸,再克隆到pMD18-T载体中.经酶切和质粒PCR鉴定,获得阳性重组质粒后,进行序列测定并推导出其氨基酸序列,同时进行分析和比较.序列分析结果表明,所获得的3个分离株F基因完整的开放阅读框长度为1 662 bp,共编码F蛋白的553个氨基酸;3个毒株之间的核苷酸序列同源性为88.0%～90.6%;与常用疫苗株之间核苷酸序列同源性只有85.3%～91.6%.三者F基因的裂解位点均为112R-R-Q-K/R-R-F117,符合强毒株裂解区氨基酸组成的特征.以1 bp～374 bp的核苷酸序列绘制系统发育树分析表明,QH3株NDV为基因Ⅷ型,A4株NDV为基因Ⅵ型,HLJ株NDV为基因Ⅸ型.     

一株新疆野鸟源新城疫病毒的分离鉴定、F基因克隆及遗传进化分析

为了解新疆野鸟新城疫病毒（Newcastle disease virus,NDV）感染情况,分析其分子特征和基因变异特点,防止新城疫的暴发和蔓延,本试验用9日龄SPF鸡胚进行病毒的分离传代,HA、HI试验和RT-PCR方法对位于"东非-西亚迁徙线"福海县的野鸟进行了NDV检测,分离到1株野鸟源NDV,并命名为NDV/Pintail/CH（XJ）/01/2016。结果表明,该NDV分离株F基因ORF长1 662 bp,编码553个氨基酸,F基因碱性裂解位点序列为¹¹²G-R-Q-G-R-L¹¹⁷,符合弱毒株特征;遗传进化分析显示,NDV/Pintail/CH（XJ）/01/2016与乌克兰鸽源分离株Doneck/3/968、比利时鸭源分离株Simeonovgrad核苷酸同源性均为99.7%,属于NDV ClassⅡ基因Ⅱ型。而上述3株病毒均与疫苗毒La Sota具有较高同源性（99.5%~99.8%）。本研究结果为家禽NDV外流进入自然环境提供了论据。     

秦岭野鸟源新城疫病毒致病性与F、HN基因分子特征分析

为研究新城疫病毒(NDV)在秦岭地区野生鸟群中的流行情况,在秦岭地区采集健康野鸟咽喉、泄殖腔拭子各252份,进行NDV的分离、鉴定,并对NDV分离株进行生物学特性研究和遗传进化分析。结果共分离获得5株野鸟源NDV,其致病指数MDT、ICPI和IVPI分别为60.0～76.8h、0.900～1.261、0.41～0.81;对F基因(47～420bp)进行遗传进化分析,5株分离株均属于基因VIb型,F蛋白裂解位点为112 RRQKRF117;HN基因氨基酸相似性为99.5%～99.8%,与鸽源基因VI型NDV相似性为91.4%～98.0%,与LaSota、F48E9相似性分别为87.1%～87.4%、89.0%～89.3%。上述结果表明,基因VIb型NDV在秦岭地区健康野生鸟类中流行,可能源于鸽源NDV,并具有强毒力的分子特征,但对鸡的表现为中等致病力,说明野鸟NDV具有独特的分子特征和致病性。     

1997-2005年中国水禽新城疫分子流行病学特点分析

对1997—2005年从国内分离到的10株水禽源新城疫病毒（NDV）进行了生物学特性和遗传特性研究。致病指数MDT和ICPI测定结果表明10株分离株均属于强毒株。采用RT-PCR扩增了各分离株F基因主要功能区片段（535bp）并进行了序列分析。10株分离株F蛋白裂解位点的氨基酸组成均为^112RRQKRF^117,具有典型的强毒特征,与致病指数测定结果一致。参照国内外已发表的部分毒株的F基因序列,构建NDV的遗传进化树,分析毒株间的遗传进化关系。遗传进化树分析表明10株NDV分离株中有8株属于基因Ⅶd型,1株属于基因Ⅶc型,1株属于基因Ⅸ型。表明基因Ⅶ型NDV是造成中国水禽近年来发生新城疫的主要原因,与同期中国鸡群发生新城疫感染的流行特点一致。     

贵州省新城疫分子流行病学研究

应用PCR技术对贵州省不同时期NDV分离株包括肉鸡源P1株与BY株、蛋鸡源H2株与FW株、七彩山鸡源N98株、越南斗鸡源DQ株、鸵鸟源TN株及鸽源GZ株进行F蛋白基因的扩增,并分别进行克隆和测序,然后与国内外NDV参考毒株的对应序列进行比较分析。结果表明:8株贵州省NDV分离株的F基因长度均为1 662 bp,可编码553个氨基酸;贵州省NDV分离株间的核苷酸同源性为84.0%～99.7%,氨基酸同源性为87.5%～99.3%;与国内外NDV参考毒株(La Sota株、B1株、F48E9株、CH2000株和TW2000株)的核苷酸同源性为84.2%～98.9%,氨基酸同源性为87.2%～98.6%;经系统发育进化树分析,DQ株、N98株、P1株和H2株为基因Ⅶ型(均为Ⅶd亚型),而BY株和FW株为基因Ⅸ型,GZ株和TN株为基因Ⅱ型。这些结果提示贵州省不同禽类间存在相同NDV毒株感染的可能性,不同时期NDV分离株发生了基因型改变,且近年来贵州省流行的新城疫(ND)疫情主要是由基因Ⅶ型NDV引起。     

2016—2017年广西4种野生鸟类新城疫病原学检测与遗传进化分析

为研究广西野生鸟类中的新城疫病毒（NDV）感染状况,从4种临床健康鸟类中,采集口咽/泄殖腔棉拭子650份,通过病毒分离、RT-PCR和F基因序列测定,进行NDV感染状况调查和分子特征分析。结果显示：共分离到10株NDV,分离率为1.54%;10株分离株F基因的氨基酸裂解位点基序均为112 R-R-Q-K-R-F 117,符合NDV强毒株的典型特征;分离的10株毒株中,5株来源于斑鸠,3株来源于鸽子,2株来源于鹧鸪,8株为II类NDV基因VI型,2株为XII 型。结果表明,我国野鸟中流行的NDV以II类基因VI型强毒株为主,但已出现了新基因型（基因XII型）。因此,应加大对野鸟NDV监测的力度,防止其将病毒传染给家禽,同时应开展当前疫苗对NDV XII型的免疫效果评估。     

鸽Ⅰ型副粘病毒F基因的序列分析

本研究采用RT-PCR方法成功地获得了3个鸽I型副粘病毒广东分离株(P4、P5和P7的F基因片段。经测序表明，基因片段长度均为1290bp；经序列分析发现，毒株P4与NDV标准株La Sota和C30的同源性最高，达到99．4％；而毒P5、P7与La Sota和C30的同源性相对较低，为83％。从建立的系统发育树可看出，毒株P4与NDV标准株La Sota和C30有很近的亲缘关系，而毒株P5、P7与NDV标准株La Sota和C30的亲缘关系相对较远。     

三株鸽新城疫病毒新疆分离株F基因序列分析及遗传起源探讨

用RT-PCR方法从3株鸽新城疫病毒(Newcastle disease virus,NDV)新疆分离株中扩增出F基因裂解位点前后482 bp片段,将其克隆至pGEM-T Easy载体并进行核苷酸序列测定。用DNAStar软件对分离株的F基因片段与国内外相关的NDV参考株进行比较,结果表明3个分离株之间核苷酸及氨基酸序列同源性分别为99.6%～99.8%和99.4%～100.0%,与其它鸽源NDV F基因相应部分核苷酸及氨基酸序列同源性分别为89.4%～98.1%和90.6%～98.1%,而与国内代表性弱毒疫苗株LaSota毒株和NDV强毒株F48E9的核苷酸及氨基酸序列同源性分别为86.3%和87.6%及90.0%和92.5%。遗传发育进化树分析表明3个分离株属NDV基因型Ⅵ,与法国株(Pigeon-France-99)、意大利株(Pigeon-Italy-00)形成同一细分支,其核苷酸同源性为97.9%～98.1%,F基因的裂解位点氨基酸序列都为112R-R-Q-K-R-F117,是典型的强毒株共有序列,新疆鸽流行株与欧洲鸽流行株有很近的遗传亲缘关系,为同一基因亚型。对疫病流行时间、新疆独特的地理位置和病毒基因遗传衍化关系等方面进行综合考虑与分析,2000年开始在新疆地区流行的鸽NDV和欧洲国家上述流行株具有共同的遗传起源,推测通过从国外引种或者候鸟迁移等途径传播的可能性较大。     

不同宿主源NDV毒株对SPF鸡致病性研究

为阐明不同宿主及不同基因型新城瘦病毒(NOV)对SPF鸡致病性,选择分离自鸡、番鸭、鹅、健康野鸟的基因VIId亚型NDV 6株,鸡源基因Ⅲ型和鸽源基因VIb型毒株各1株,以及基因Ⅸ型强毒F48E9,共9株NDV毒株进行致病性试验.在对各毒株的EID50及主要致病指数MDT、ICPI测定基础之上,以相同剂量感染15日龄SPF鸡,观察临床症状及剖检病变,计算发病率和死亡率,并在攻毒后不同时间采集主要组织样品.以SYBR Green I Real-time PCR检测病毒最早出现时间及病毒载量.结果表明,6株基因VIId亚型NDV毒株导致SPF鸡100%发病,死亡率90%以上,属于高致病性毒株;基因Ⅲ、VIb型毒株导致SPF鸡发病但不死亡,属于中等毒力毒株.VIId亚型毒株与F48E9株攻毒后SPF鸡在病理变化、组织嗜性及病毒载量上没有显著差异.根据毒株的MDT、ICPI指数及攻毒鸡病程综合判断,VIId亚型毒株在致病性上与F48E9株差异不显著.健康野鸟携带基因VIId亚型高致病性NDV,在NDV的自然生态传播过程中起重要作用,提示应该加强对野鸟的流行病学监测及相关研究.     

鸡新城疫病毒河北分离株F基因的分子特性分析

通过毒力测定、RT-PCR及F基因的序列测定与遗传进化分析,对2005-2008年从河北省部分地区的发病鸡群中分离到的10株新城疫病毒（NDV）进行了研究。各分离株经典毒力测定结果显示：MDT在37.6～54.4h之间,ICPI在1.71～2.0之间,IVPI值在2.16～2.8之间,均为新城疫病毒强毒株特征。F基因的序列测定表明,分离株之间的核苷酸序列具有77.4%～98.0%的同源性,与疫苗株Lasota的同源性为87.0%～98.9%,与国内标准强毒株F48E9同源性为89.7%～98.9%。推导其氨基酸序列分析表明,8个分离株的F蛋白的裂解位点氨基酸组成为112 R-R-Q-K-R-F117,具有NDV强毒株特征,与毒力测定结果相符,2个分离株的F蛋白的裂解位点氨基酸组成为112 G-R-Q-G-R-L117,与弱毒株特征相符。F基因分型和同源性比较显示：目前河北新城疫的流行以基因Ⅶ型为主（占70%）,同时兼有基因Ⅱ型（占20%）和基因Ⅸ型（占10%）。     

不同宿主源NDV毒株对SPF鸡致病性研究

为阐明不同宿主及不同基因型新城疫病毒（NDV）对SPF鸡致病性,选择分离自鸡、番鸭、鹅、健康野鸟的基因Ⅶd亚型NDV6株,鸡源基因III型和鸽源基因Ⅵb型毒株各1株．以及基因Ⅸ型强毒F48E9,共9株NDV毒株进行致病性试验。在对各毒株的EID50及主要致病指数MDT、ICPI测定基础之上,以相同剂量感染15日龄SPF鸡,观察临床症状及剖检病变,计算发病率和死亡率,并在攻毒后不同时间采集主要组织样品,以SYBR Green I Real-time PCR检测病毒最早出现时间及病毒载量。结果表明,6株基因Ⅶd亚型NDV毒株导致SPF鸡100％发病,死亡率90％以上,