大鳞副泥鳅mtDNA Cytb基因序列分析及分子系统发育研究

对15尾大鳞副泥鳅的线粒体细胞色素b基因进行PCR扩增和正反测序,获得长度为1140 bp的细胞色素b基因同源片断。所有序列中共检测到15种单倍型,序列中共出现81个变异位点,总变异率为7.1%。各单倍型的变异全部是转换或颠换,无插入和缺失,转换/颠换比为6.36。变异位点在3位密码子中的分布呈现偏倚,密码子第3位的变异占总变异的85.18%,而第1和第2位均只占7.41%。A、T、C、G碱基的平均含量分别为27.4%、30.8%、26.5%、15.3%,A+T>C+G。在所得序列中,密码子第1位上4种碱基使用较为均衡;第2位上碱基T的使用率高达41%,碱基G的使用率低至13.2%;第3位上碱基A的使用率为37.9%,而碱基G的使用率仅为7.0%。以红尾副鳅为外群用邻接法构建分子系统进化树。结果显示,在系统地位上大鳞副泥鳅与黑龙江泥鳅有较近的亲缘关系。     

驼背鲈线粒体细胞色素b基因的序列分析

采用PCR—DNA测序技术，对驼背鲈线粒体DNA细胞色素b（Cytb）基因全序列进行分析。获得长度为1141bp的Cytb基因片段，序列碱基组成平均是T为29．1％，C为32．3％，A为23．2％，G为14．0％，A＋T的碱基百分比总体上略大于C＋G，平均值分别是52．3％和46．3％。与其它鱼类相同基因片段碱基序列含量相似。在由核苷酸推导的氨基酸中，亮氨酸（Leu）所占的比例最高，为16．03％。     

6株水产动物源气单胞菌安徽分离株的毒力基因的克隆与序列分析

根据气单胞菌主要黏附素基因（ahal）、溶血素基因（hly）和细胞兴奋性肠毒素基因（alt）完整开放阅读框（0RF）设计3对特异性引物，对6株气单胞菌安徽分离株进行ahal、hly和alt基因的PCR扩增、克隆和测序。测序结果显示，安徽分离株aim、hly和alt基因的ORF大小分别为1056--1068bp、1482bp和1104N1107bp，各编码351-355、493和367-368个氨基酸。序列分析显示：（1）属于alt^＋aim^＋hly^＋毒力基因型的3个安徽分离株间aha1核苷酸序列和推测的氨基酸序列同源性均很高，分别为98.8％-99．3％和97％-97．6％，且与国内参考株mh／Trionyx sinensis／Guangzhou（Guangdong）／AF276639的同源性高达98．5％-99％和96.8％-97．6％。而alt^＋ahal^＋hly^-HA6安徽分离株与国外参考株Ah／Fish／Barcelona（Spain）／AF183931间的核苷酸序列和氨基酸序列同源性较高，分别为95.8％和97．2％。（2）不同表型种气单胞菌安徽分离株之间及其与国内外其他分离株之间的hly核苷酸序列和推测的氨基酸序列同源性均较高，分别介于88．4％-100％之间和90.8％-98．7％之间。（3）5个安徽分离株（RA16、CA1、HA6、HA7和GA1）之间及其与惟一参考株之间的alt核苷酸序列和推测的氨基酸序列同源性分别高达93．5％-99．9％和80．2％-98．3％，但与BA17分离株间的核苷酸序列同源性（81．6％-81．7％）和推测的氨基酸序列同源性（77．5％-84．9％）均较低。这些结果表明，气单胞菌ahal和alt基因在不同毒力基因型间存在一定差异性，hly基因在不同表型种间存在较高保守性，该基因可作为研制气单胞菌基因工程亚单位疫苗的候选成分。     

池蝶蚌mtDNA COⅠ基因序列分析

以三角帆蚌(Hyriopsis cumingii)线粒体DNA设计特异性引物，对池蝶蚌（H. Schlegelii）的线粒体COⅠ基因进行PCR扩增，以期了解池蝶蚌的选育效果。结果表明在10个个体中均得到序列一致的COⅠ序列，长度为1542 bp；A、T、G、C 含量分别为18.1% (280 个)、41.8 % (644个) 、 25.4 % (392个)和14.7% (226个) ，A+T含量(59.9%)明显高于G+C(40.1%)含量，与其他无脊柱动物相同基因片段碱基含量相似。该基因中密码子使用中T(U)的使用频率很高，第1位核苷酸中T和G的含量较为一致分别为32.0%和30.8%；密码子第2位上碱基T的使用比率高达42.7 %，碱基G的使用比率低至17. 2 %；密码子第3位上碱基T的使用比率高达50.7 %，而碱基C的使用比率仅为6. 6 %。BLAST结果显示池蝶蚌与其他淡水贝类的COⅠ基因具有较高的同源性，其中与三角帆蚌的相似性为为95%，MP 法构建的分子系统进化树表明：池蝶蚌COⅠ基因与三角帆蚌COⅠ基因亲缘关系最近。以上表明池蝶蚌经过人工选育后已初步成为一个纯系，遗传性状趋于稳定。     

两种黄盖鲽线粒体DNA部分片段比较分析

比较分析了钝吻黄盖鲽（Pleuronectes yokohama）和尖吻黄盖鲽（P. herzensteini）线粒体基因组COI、Cyt b基因以及D-Loop片段总长度为1373 bp的核苷酸序列,两种间共检测到107处核苷酸替换，蛋白质编码基因上的核苷酸替代主要是第三密码子位点上的同义替换。核苷酸组成分析结果表明：三个目的片段的鸟嘌呤（G）含量普遍较低，在两个蛋白编码基因第三密码子位点上表现得尤为明显。两种黄盖鲽在线粒体基因组不同片段上存在明显的遗传分化，核苷酸替代速率最快的是D-Loop，COI和Cyt b核苷酸替代速率基本一致。建议在进行黄盖鲽属鱼类分子系统发育研究时，应该针对不同研究目的选择合适的分子标记。基于Cyt b基因片段序列的分析结果表明：钝吻黄盖鲽和尖吻黄盖鲽两种的分岐时间约为200万年，两种间的分化事件发生在更新世（Pleistocene）。     

不同倍性团头鲂群体的线粒体DNA 分析

测定了来自5个不同倍性团头鲂（Megalobrama amblycephala）群体（4n-F1、正交3n、反交3n、异源3n、二倍体2n）57个个体的线粒体DNA控制区、细胞色素b基因、16S rRNA基因和COⅡ基因序列，通过对这4段基因序列的联合分析，研究了5个不同倍性团头鲂群体的遗传变异。这4个基因片段的长度分别为：控制区937bp，细胞色素b基因1140bp，16S rRNA基因片段564bp，COⅡ基因片段642bp。将4个基因片段合并为1条总长度为3283bp的片段：在这条3283bp片段中，T、C、A、G4种核苷酸的平均含量分别为27．18％、25．45％、30．71％、16．66％。57个个体中确定了55种单倍型，未发现群体间有共享的单倍型，五群体的单倍型多样度在0．9848-1．0000之间，显示不同倍性团头鲂群体内单倍型类型丰富。5个群体内各序列平均核苷酸差异数（目在8．000-24．273之间，核苷酸多样性指数（π）在0．2483％～0．7866％之间：群体间遗传距离范围为0．0039～0．0106，显示不同倍性团头鲂群体遗传多态性丰富。核苷酸多样性指数（π）、平均核苷酸差异数（K）和核苷酸序列间平均遗传距离在5个群体间的变化趋势一致，由大到小依次为反交3n、异源3n、正交3n、同源4n-F1、二倍体2n。而且，反交3n、异源3n、正交3n和同源4n-F1群体的核苷酸多样性指数（π）、平均核苷酸差异数（K）以及核苷酸序列间平均遗传距离均显著大于2n群体（P〈0．05）。结果表明，反交3n、异源3n、正交3n和同源4n-F1群体的遗传多样性水平显著高于2n群体。[中国水产科学，2008，15（2）：222-229]     

江豚线粒体Cyt b和D-loop片段序列分析及其分子系统学研究

对江豚（Neophocaena phocaenoides）mtDNA的Cyt b（377bp）和D—loop（343bp）片段进行了测序和分析，并与GenBank中鼠豚类及一角鲸类同源序列进行了比较。研究结果表明，Cytb基因片段的碱基组成平均为T：29．0％，C：28．8％，A：27．2％，G：15．0％；D—loop片段的碱基组成平均为T：35．9％，C：21．8％，A：32．4％，G：9．9％。Cytb基因片段共出现109个变异位点，简约信息位点107个，序列变异度为28．9％，碱基替代主要发生在密码子第3位点上，转换／颠换为13．3；D—loop片段共有109个变异位点，简约信息位点100个，序列变异度为31．8％，转换／颠换为2．4。构建的系统发育树显示，江豚是鼠豚科中较早分化出来的一个类群，与一角鲸科的亲缘关系最近。2个片段序列的分析结果一致，棘鳍鼠海豚Phocoena spinipinnis、太平洋鼠海豚P．sinus和黑眶鼠海豚Australophocaena dioptria聚为一支。     

扁吻鱼和塔里木裂腹鱼线粒体COI基因片段的比较研究

对扁吻鱼(Aspiorhynchus laticeps)和塔里木裂腹鱼(Schizothoraxbiddulphi)细胞色素c氧化酶亚基(COI)基因片段进行扩增。通过序列测定得到624bp的基因片段,无碱基的插入和缺失,A、T、G、C碱基中G含量最低,A+T含量高于G+C含量,与其它鱼类COI基因片段研究结果相一致。2个种间共检测到38处核苷酸替换,其中35处碱基转换,3处碱基颠换,蛋白质编码基因上的核苷酸替代主要是密码子第3位点上的同义替换。在编码的208个氨基酸中,仅发生2处氨基酸替代,替代率为0.96%。采用Kimura-2法计算种间平均遗传距离为0.06,以鲤作外群构建NJ系统树,扁吻鱼和塔里木裂腹鱼亲缘关系较近,而与新疆裸重唇鱼、斑重唇鱼亲缘关系较远。     

扁吻鱼和塔里木裂腹鱼线粒体ＣＯＩ基因片段的比较研究

对扁吻鱼(Aspiorhynchus laticeps)和塔里木裂腹鱼(Schizothoraxbiddulphi)细胞色素c氧化酶亚基(COI)基因片段进行扩增。通过序列测定得到624bp的基因片段,无碱基的插入和缺失,A、T、G、C碱基中G含量最低,A+T含量高于G+C含量,与其它鱼类COI基因片段研究结果相一致。2个种间共检测到38处核苷酸替换,其中35处碱基转换,3处碱基颠换,蛋白质编码基因上的核苷酸替代主要是密码子第3位点上的同义替换。在编码的208个氨基酸中,仅发生2处氨基酸替代,替代率为0.96%。采用Kimura-2法计算种间平均遗传距离为0.06,以鲤作外群构建NJ系统树,扁吻鱼和塔里木裂腹鱼亲缘关系较近,而与新疆裸重唇鱼、斑重唇鱼亲缘关系较远。     

新城疫病毒分离株融合蛋白基因的遗传变异分析

根据GenBank中报道的NDV融合蛋白基因（F）序列，设计了一对特异性引物，用谜引物对所分离的LN—SN株进行了RT-PCR扩增；将扩增得到的PCR片段纯化后与pGEM—T连接得到重组质粒pGEM-F，用于核苷酸序列测定。结果谊基因ORF长1662bp，编码553个氨基酸；将LN—SN毒株与GenBank中已报道的NDV毒株进行比较，F基因核苷酸序列的同源性在83．1％-98．9％之间。推导的F蛋白氨基酸序列的同源性在88．1％-99．5％之间。     

日本绒螯蟹ND2基因全序列测定与分析

动物线粒体DNA（mtDNA）具有比核DNA的进化速率快等特点，而被广泛地应用于生物的起源、演化和种群遗传学研究。完整的线粒体基因组包括37个基因：13个编码疏水性蛋白质亚基基因、22个tRNA基因、2个rRNA基因。各基因排列紧密，不含内含子，且有些基因区域出现重叠。     

大黄鱼mtDNA ND5和Cytb基因的克隆与序列分析

2004年4月，将采自浙江省象山港海区网箱养殖的大黄鱼样本，提取总DNA，通过设计特异性引物对大黄鱼线粒体DNA（mtDNA）的辅酶5（ND5）和细胞色素b（Cytb）基因进行PCR扩增。扩增产物经琼脂糖电泳检测、纯化后直接测序。得到ND5的序列1839 bp和Cytb基因序列382 bp。应用primer premier5和MEGA3软件包所作的系统发育分析表明：依据大黄鱼ND5序列所作的进化树总体支持传统的分类地位，大黄鱼更接近塘鳢鱼科。而基于Cytb基因所作的分析表明，黑鳃梅童鱼是大黄鱼在石首鱼科中是遗传距离最小的。     

雌核发育二倍体鲫鲤及其他倍性鱼cdc2基因cDNA全序列克隆及表达分析

为研究雌核发育二倍体鲫鲤产生二倍体卵子的分子机制,实验采用PCR和cDNA末端快速分离法,克隆获得了雌核发育二倍体鲫鲤第三代(G3)、二倍体红鲫、三倍体湘云鲫和四倍体鲫鲤的细胞周期相关基因——cdc2基因cDNA全序列.结果显示,4种不同倍性鱼cdc2基因均编码含有302个氨基酸蛋白,而且编码的蛋白都含有与其他CDK激酶相当保守的序列PSTAVRE;同源性分析发现,4种鱼cdc2基因编码的氨基酸序列之间的相似度大于97.6％,说明Cdc2蛋白在这4种不同倍性鱼中具有高度保守性.采用实时荧光定量PCR(real-time PCR)对cdc2基因在G3、二倍体红鲫、三倍体湘云鲫及四倍体鲫鲤早期卵巢中的表达进行分析,结果发现,G3cdc2基因比普通二倍体红鲫和三倍体湘云鲫表达要高,比四倍体鲫鲤的表达水平低.该研究从分子水平证明了G3早期性腺中存在着大量的多倍体卵原细胞.同时,研究表明,cdc2基因在雌核发育二倍体鲫鲤早期卵巢的高表达暗示着G3多次进入S期却不经历M期导致二倍体配子的产生.     

引入养殖俄罗斯红参线粒体全序列结构与分析

本研究通过高通量测序技术对引入养殖的俄罗斯红参(Apostichopus japonicus)线粒体全基因组进行随机测序并分析，结果显示，俄罗斯红参线粒体基因组全长为16111 bp，共含有37个基因，包括22个tRNA、2个rRNA (l-rRNA和s-rRNA)和13个蛋白编码基因。全序列共存在24处基因间隔和5处基因重叠区。蛋白编码基因与全序列的碱基使用均表现出A、T偏倚。13个蛋白编码基因的密码子完整，除ND1以GTG为起始密码子外，其他均以ATN为起始密码子；终止密码子都是完整密码子，除ND2与ND4的终止密码子分别为TTG与TAG外，其他终止密码子以TAA为主；氨基酸频率最高为丝氨酸Ser(S)，其次为亮氨酸Leu(L)。22个tRNA长度范围为66~72 bp，2个基因存在重复，且21个基因能预测其三叶草结构。l-rRNA与s-rRNA的长度与位置不同，对碱基的使用相似。蛋白编码基因的基因排列与海参纲(Holothuroidea)、海胆纲(Echinoidea)排列顺序相同，并与海星纲(Asteroidea)及蛇尾纲(Ophiuroidea)共享基因模块。BLAST分析表明，俄罗斯红参与仿刺参(Apostichopus japonicus)同源性最高。不同海参遗传距离分析发现，俄罗斯红参与3个海域仿刺参最为接近。基于最大似然法分别根据氨基酸与核苷酸序列构建的系统发生树显示，基于核苷酸序列的建树结果更符合亲缘关系较近的海参种类间的分析。引入养殖俄罗斯红参线粒体全序列结构与分析可为后续俄罗斯红参的遗传研究及种质应用提供支持。     

家蝇蛆粉替代鱼粉对凡纳滨对虾肌肉营养成分、氨基酸和肌苷酸含量的影响

采用等蛋白替代方式,以家蝇蛆粉(housefly maggot meal)分别替代饲料中0、20%、40%、60%、80%和100%的鱼粉,配制6种等氮等能的饲料,饲养初始体质量(0.56±0.03)g的凡纳滨对虾(Litopenaeus vannamei),相应记为G0、G20、G40、G60、G80和G100实验组。养殖45 d后测定对虾肌肉的常规成分和氨基酸、肌苷酸含量,研究家蝇蛆粉对凡纳滨对虾肌肉品质的影响。结果显示,凡纳滨对虾肌肉粗蛋白和灰分含量随家蝇蛆粉替代水平的增加而升高,其中G100组粗蛋白含量和G80、G100组灰分含量显著高于G0组(P<0.05);水分和粗脂肪含量各组之间差异不显著。各组肌肉游离氨基酸中谷氨酸、丙氨酸等鲜味氨基酸和游离鲜味氨基酸总量之间无显著性差异;除G40组外,G20-G100组游离必需氨基酸总量显著高于G0组(P<0.05);与G0组相比,替代组游离精氨酸含量显著增加(P<0.05),游离赖氨酸含量随替代水平的增加而显著降低(P<0.05);G20组游离氨基酸总量显著高于G0组(P<0.05),其他各组之间差异不显著。替代组肌肉结合氨基酸中天冬氨酸、谷氨酸、甘氨酸和丙氨酸等鲜味氨基酸、必需氨基酸和氨基酸总量与G0组相比差异均不显著。G20-G80组肌肉肌苷酸含量与G0组相比差异不显著,G100组显著升高(P<0.05)。结果表明,当家蝇蛆粉替代鱼粉水平不超过60%时,除凡纳滨对虾肌肉游离精氨酸含量显著升高外,对肌肉常规营养成分组成和必需氨基酸、鲜味氨基酸和肌苷酸含量无显著性影响。     

喀斯特山区大眼鳜线粒体COⅠ基因序列分析

为了解喀斯特山区大眼鳜3个地理群体内和群体间的遗传变异特点,采用PCR技术对169尾个体的线粒体DNA COⅠ基因进行扩增、测序,获得的序列长度为1512bp。分析显示,碱基A、T、C、G的平均含量分别为24.9%、28.6%、28.7%、17.8%,其中A+T(53.5%)含量高于G+C(46.5%)含量。169个样本共检测到5个多态位点,并定义了5种单倍型。对喀斯特山区大眼鳜群体COⅠ基因与洞庭湖大眼鳜COⅠ基因序列进行序列差异分析,结果显示,两者之间存在10个变异位点,集中在1268~1456nt。喀斯特山区3个群体间4种碱基在密码子3个位点上的使用频率无差别,与洞庭湖大眼鳜相比,密码子第1位上的4种碱基含量差别不大,密码子第2位上T含量(40.9%)高于后者(39.9%),而A和C含量则低于后者;与洞庭湖翘嘴鳜比较差别很小,但与斑鳜、暗鳜、长身鳜和波纹鳜4种鳜鱼比较,在密码子第1位和第3位存在不同差异,特别是暗鳜和波纹鳜密码子第3位中A含量(30.0%)明显低于喀斯特山区大眼鳜(31.8%),而波纹鳜G(8.9%)明显高于后者(7.3%)。喀斯特山区大眼鳜平均单倍型多样性为0.395,平均核苷酸多样性为0.00029,遗传多样性贫乏。     

Modulation of key enzymes of glycolysis, gluconeogenesis, amino acid catabolism, and TCA cycle of the tropical freshwater fish Labeo rohita fed gelatinized and non-gelatinized starch diet

A 60-day experiment was conducted to study the effect of dietary gelatinized (G) and non-gelatinized (NG) starch on the key metabolic enzymes of glycolysis (hexokinase, glucokinase, pyruvate kinase, and lactate dehydrogenase), gluconeogenesis (glucose-6 phosphatase and fructose-1,6 bisphosphatase), protein metabolism (aspartate amino transferase and alanine amino transferase), and TCA cycle (malate dehydrogenase) in Labeo rohita juveniles. In the analysis, 234 juveniles (2.53 ± 0.04 g) were randomly distributed into six treatment groups each with three replicates. Six semi-purified diets containing NG and G cornstarch, each at six levels of inclusion (0, 20, 40, 60, 80, and 100) were prepared viz., T1 (100% NG, 0% G starch), T2 (80% NG, 20% G starch), T3 (60% NG, 40% G starch), T4 (40% NG, 60% G starch), T5 (20% NG, 80% G starch), and T6 (0% NG, 100% G starch). Dietary G:NG starch ratio had a significant (P < 0.05) effect on the glycolytic enzymes, the highest activities were observed in the T6 group and lowest in the T1 group. On the contrary, the gluconeogenic enzymes, the glucose-6-phosphatase and fructose-1,6 bisphosphatase activities in the organs, liver and kidney were recorded highest in the T1 group and lowest in the T6 group. The liver aspartate amino transferase activity showed an increasing trend with the decrease in the dietary G level. However, the muscle aspartate amino transferase activity was not significantly (P > 0.05) influenced by the type of dietary starch. The alanine amino transferase activity in both liver and muscle showed an increasing trend with the decrease in the dietary G level. The liver and muscle malate dehydrogenase activities were lowest in the T6 group and highest in the T1 group. Results suggest that NG (100%) starch diet significantly induced more the enzyme activities of amino acid metabolism, gluconeogenesis, and TCA cycle, whereas partial or total replacement of raw starch by gelatinized starch increased the glycolytic enzyme activity.     

Aquabirnaviruses isolated from marine organisms form a distinct genogroup from other aquabirnaviruses

A phylogenetic tree of aquabirnaviruses, including marine birnaviruses (MABV) and infectious pancreatic necrosis virus (IPNV), was developed based on the nucleotide sequences and deduced amino acid sequences of the polyprotein and VP5 genes of genomic segment A. In the polyprotein of MABV strains, the amino acid sequences were very similar, with identities of 98.3-99.7%. Twenty-one unique amino acid residues were found in the deduced amino acid sequences of the polyprotein gene of MABV strains. The phylogenetic tree based on the nucleotide sequence of genomic segment A and polyprotein sequences showed that 31 aquabirnavirus strains were clustered into seven genogroups. All MABV strains isolated in Japan and Korea were clustered into one genogroup which was distinct from other aquabirnaviruses. The seventh genogroup containing all MABV strains showed amino acid sequence similarities of 80.7-90.6% with other genogroups. In VP5, four unique residues were found in MABV strains when compared with IPNV strains. The MABV strains exhibited amino acid sequence similarities of 63.9-86.4% with IPNV strains. The amino acid sequences of VP5 were conserved among MABV strains, but differed from those of IPNV strains. The MABV strains isolated from different host species and different geographical areas were very similar to each other, suggesting that the MABV are distinct from the other genogroups.     

翘嘴鳊及其亲本肌肉营养成分分析

为研究新型杂交鱼翘嘴鳊(二倍体鲂鲌F1♀×团头鲂♂)的肌肉营养价值,实验运用生化方法测定和分析了翘嘴鳊、翘嘴红鲌、团头鲂、二倍体鲂鲌F1(团头鲂♀×翘嘴红鲌♂)的肌肉营养成分,包括这些样品的水分、脂肪、蛋白质和灰分含量,以及脂肪酸组成和氨基酸组成。结果表明,翘嘴鳊与其原始亲本相比具有较高的蛋白质和较低的碳水化合物含量;脂肪酸分析发现翘嘴鳊的不饱和脂肪酸,尤其是油酸、DHA等含量显著高于其原始父母本和其他有关鱼类(P0.05);翘嘴鳊肌肉中具有较高呈味氨基酸比例,该比例高于其父母本的相应比例。研究表明,翘嘴鳊是一种营养价值高、口感好的优质鱼类。