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1.
以三角帆蚌(Hyriopsis cumingii)线粒体DNA设计特异性引物,对池蝶蚌(H. Schlegelii)的线粒体COⅠ基因进行PCR扩增,以期了解池蝶蚌的选育效果。结果表明在10个个体中均得到序列一致的COⅠ序列,长度为1542 bp;A、T、G、C 含量分别为18.1% (280 个)、41.8 % (644个) 、 25.4 % (392个)和14.7% (226个) ,A+T含量(59.9%)明显高于G+C(40.1%)含量,与其他无脊柱动物相同基因片段碱基含量相似。该基因中密码子使用中T(U)的使用频率很高,第1位核苷酸中T和G的含量较为一致分别为32.0%和30.8%;密码子第2位上碱基T的使用比率高达42.7 %,碱基G的使用比率低至17. 2 %;密码子第3位上碱基T的使用比率高达50.7 %,而碱基C的使用比率仅为6. 6 %。BLAST结果显示池蝶蚌与其他淡水贝类的COⅠ基因具有较高的同源性,其中与三角帆蚌的相似性为为95%,MP 法构建的分子系统进化树表明:池蝶蚌COⅠ基因与三角帆蚌COⅠ基因亲缘关系最近。以上表明池蝶蚌经过人工选育后已初步成为一个纯系,遗传性状趋于稳定。  相似文献   

2.
为探明贵州省荔波樟江野生斑鳜(简称荔波野生斑鳜)的遗传多样性水平和种质资源现状,科学保护和开发野生斑鳜种质资源,以线粒体DNA细胞色素b(Cyt b)基因作为分子标记,对野生斑鳜群体遗传多样性进行分析。研究结果显示,共获得75条长度为1141 bp的Cyt b基因同源序列,其碱基A、T、G和C的平均含量分别为24.4%、27.2%、15.5%和32.9%,A+T的含量(51.6%)略高于G+C(48.4%)的含量。共检测到17个变异位点,其中8个为简约信息位点,9个为单一信息位点。共定义15个单倍型,单倍型之间的平均遗传距离为0.003,邻接法构建的分子系统发育树显示,所有的单倍型均聚成一支;单倍型多样性指数和核苷酸多样性指数分别为0.613±0.064和0.00172±0.00021,平均核苷酸差异数为1.968。中性检验Tajima′s D值为-1.37917,差异不显著(P>0.10)。荔波漳江流域的野生斑鳜群体呈现高单倍型多样性和低核苷酸多样性,遗传多样性低,无种群扩张史,且与长江中上流的支流陆水河和洞庭湖水系的斑鳜群体有较高的亲缘性。研究结果可为当地斑鳜种质资源的保护和...  相似文献   

3.
为揭示我国洪泽湖大银鱼(Protosalanx hyalocranius)遗传多样性现状,科学保护和合理利用大银鱼种质资源,采用线粒体细胞色素b基因(Cytb)和细胞色素c氧化酶Ⅰ亚基基因(COⅠ)序列,分析了洪泽湖40尾大银鱼的遗传多样性。通过PCR扩增与序列测定分别获得了长度为1141 bp和630 bp的Cytb和COⅠ基因序列。40条Cytb基因序列碱基A、T、G和C的平均含量分别为21.7%、29.3%、16.7%和32.3%,检出6个变异位点,定义7个单倍型,单倍型多样性和核苷酸多样性分别为0.775和0.00129,碱基平均差异数为1.469。40条COⅠ基因序列碱基A、T、G和C的平均含量分别为21.6%、26.0%、19.2%和33.2%,检出5个变异位点,定义6个单倍型,单倍型多样性和核苷酸多样性分别为0.700和0.00207,平均碱基差异数是1.303。Cytb及COⅠ基因单倍型之间的遗传距离较小,且NJ系统进化树聚为一支,说明大银鱼单倍型没有出现遗传分化。Fu’s F_s中性检验结果和碱基歧点分布图均表明,洪泽湖大银鱼近期经历了种群扩张事件。  相似文献   

4.
为揭示我国洪泽湖大银鱼(Protosalanx hyalocranius)遗传多样性现状,科学保护和合理利用大银鱼种质资源,采用线粒体细胞色素b基因(Cytb)和细胞色素c氧化酶Ⅰ亚基基因(COⅠ)序列,分析了洪泽湖40尾大银鱼的遗传多样性。通过PCR扩增与序列测定分别获得了长度为1141 bp和630 bp的Cytb和COⅠ基因序列。40条Cytb基因序列碱基A、T、G和C的平均含量分别为21.7%、29.3%、16.7%和32.3%,检出6个变异位点,定义7个单倍型,单倍型多样性和核苷酸多样性分别为0.775和0.00129,碱基平均差异数为1.469。40条COⅠ基因序列碱基A、T、G和C的平均含量分别为21.6%、26.0%、19.2%和33.2%,检出5个变异位点,定义6个单倍型,单倍型多样性和核苷酸多样性分别为0.700和0.00207,平均碱基差异数是1.303。Cytb及COⅠ基因单倍型之间的遗传距离较小,且NJ系统进化树聚为一支,说明大银鱼单倍型没有出现遗传分化。Fu’s Fs中性检验结果和碱基歧点分布图均表明,洪泽湖大银鱼近期经历了种群扩张事件。  相似文献   

5.
3种鳜属鱼生长激素基因差异的检测与分析   总被引:1,自引:0,他引:1       下载免费PDF全文
为探索鳜(Siniperca chuatsi)、大眼鳜(S.kneri)、斑鳜(S.cherzeri)生长性状差异与基冈差异间的联系,以3种鳜野生群体为材料,采用PCR-SSCP分析及测序方法,对3种鳜野生群体的生长发育相关基因--生长激素(GH)基因的差异进行了检测.结果表明,在生长激素基因5'侧翼区至第2外显子区域检测到4种多态型,均为群体特有多态型;在第2内含子3'段至第3内含子5'段区域检测到5种多态型,其中3种为群体特有多态型;在第4外显子至第5外显子5'段区域及第5外显子3'段至3'侧翼区均检测到4种多态型,均有3种为群体特有多态型.对各多态型编码区的分析表明,斑鳜与鳜、大眼鳜在GH第150位氨基酸位点存在差异.在该位点,斑鳜编码蛋氨酸(M),鳜、大眼鳜均编码亮氨酸(L).各区域多态型共组合成9种GH基因型,3种鳜间无共有基因型.GH基冈遗传分化指数(Fst)为0.8598,分化程度较高.遗传多样性分析显示,斑鳜GH基冈遗传多样性高于鳜和大眼鳜.3种鳜属鱼GH基因相似度比较结果显示,鳜与大眼鳜的相似度最高,鳜与斑鳜的相似度最低.研究结果可为进一步利用GH基因差异进行鳜分子育种研究提供依据.  相似文献   

6.
对15尾大鳞副泥鳅的线粒体细胞色素b基因进行PCR扩增和正反测序,获得长度为1140 bp的细胞色素b基因同源片断。所有序列中共检测到15种单倍型,序列中共出现81个变异位点,总变异率为7.1%。各单倍型的变异全部是转换或颠换,无插入和缺失,转换/颠换比为6.36。变异位点在3位密码子中的分布呈现偏倚,密码子第3位的变异占总变异的85.18%,而第1和第2位均只占7.41%。A、T、C、G碱基的平均含量分别为27.4%、30.8%、26.5%、15.3%,A+T>C+G。在所得序列中,密码子第1位上4种碱基使用较为均衡;第2位上碱基T的使用率高达41%,碱基G的使用率低至13.2%;第3位上碱基A的使用率为37.9%,而碱基G的使用率仅为7.0%。以红尾副鳅为外群用邻接法构建分子系统进化树。结果显示,在系统地位上大鳞副泥鳅与黑龙江泥鳅有较近的亲缘关系。  相似文献   

7.
以东海海鳗背部肌肉的线粒体DNA为模板,采用PCR技术对14个个体的CO Ⅰ基因片段进行序列分析.通过双向测序,除去两端的部分序列,最终得到了684 bp的基因片段.经分析,14个序列共有2个单倍型(GenBank登录号:HM068279,HM068292).在14个个体中,仅检测到1个变异位点,为C/T转换.MEGA软件统计表明,密码子的第一位4种碱基的分布比较均一,密码子的第二位T的含量比较高(T=42.1%),密码子的第三位出现G的含量较低的偏倚现象(G=11.0%).利用DNAsp软件对东海区海鳗基于COⅠ基因序列进行了遗传变异参数统计,结果显示,单倍型多样性为0.143,核苷酸多样性指数为0.00021,平均核苷酸差异数为0.143.研究结果表明,海鳗CO Ⅰ基因序列的变异很小,并且处于相当低的遗传多样性水平,对研究海鳗的种群结构和遗传多样性具有一定的应用价值.  相似文献   

8.
运用线粒体COⅠ基因分析8种石珊瑚系统发育关系   总被引:1,自引:0,他引:1       下载免费PDF全文
通过COⅠ基因特异扩增测序,对徐闻地区的8种石珊瑚COⅠ基因片段序列进行了比较分析。结果表明,该片段的平均G+C含量为41.60%。其中,第1密码子位点的含量最高(42.26%~44.05%,平均为43.45%);转换和颠换多发生在第3密码子位点,比例高达70.30%和72.70%。采用临位连接(NJ)、最小进化(ME)和最大似然(ML)法对本研究中徐闻的8种及引自GenBank的20种石珊瑚COⅠ基因片段构建了系统发育树。结果显示,分子系统分类与传统分类略有差异,暗示珊瑚表型可塑性可能对传统分类存在影响。  相似文献   

9.
利用线粒体细胞色素氧化酶亚基Ⅰ(COⅠ)分子标记对洪泽湖河蚬(Corbicula fluminea)野生种群的遗传多样性水平进行分析。采集洪泽湖野生河蚬50个个体,对COⅠ基因序列片段进行PCR扩增和序列测定。结果显示,长度为614 bp的COⅠ基因片段中,碱基A、T、G和C的平均含量分别为22.6%、42.4%、21.0%和14.0%,A+T的含量(65.0%)显著高于G+C的含量(35.0%)。COⅠ基因序列中有67个核苷酸变异位点,总变异率为10.9%,其中简约信息位点63个,单一信息位点4个。50条COⅠ基因序列共定义了15个单倍型,单倍型多样性指数(h)和核苷酸多样性指数(π)分别为0.870和0.045,平均碱基差异数(K)为27.370,单倍型序列间的遗传距离为0.002?0.095。采用邻接法(NJ)和最大简约法(MP)构建COⅠ单倍型系统进化树,15个单倍型聚为两个明显分支,表明洪泽湖河蚬种群出现了遗传分化。中性检验结果和歧点分布图显示,洪泽湖河蚬种群大小保持相对稳定,未经历种群扩张。本研究结果表明,洪泽湖河蚬种群具有较高的遗传多样性水平,该结果可为合理开发、利用及保护洪泽湖河蚬野生种质资源提供科学参考。  相似文献   

10.
为评估泥鳅、大鳞副泥鳅选育群体的遗传育种潜力,通过聚合酶链反应(PCR)扩增和一代测序技术,获得经两代群体选育的泥鳅自繁(M)、大鳞副泥鳅自繁(P)及其正交(MP)、反交(PM)等4个子代泥鳅种群的线粒体细胞色素氧化酶亚基Ⅰ基因COⅠ片段,并分析了其遗传多样性和群体结构。结果显示:(1)4种泥鳅的COⅠ基因片段碱基组成相似,均表现为A+T的含量(54.0%~56.2%)高于C+G的含量(43.8%~46.4%);(2)4种泥鳅COⅠ基因片段的682个位点中,共检测到135个多态位点(占19.79%),其中128个为简约信息位点,7个为单碱基变异位点,变异均为转换或颠换,未发现碱基的插入与缺失;(3)M、P、MP、PM各定义15个单倍型,单倍型多态性均为1.000±0.024,核苷酸多态性分别为0.020 66±0.006 48、0.025 80±0.002 31、0.029 61±0.005 62和0.022 30±0.001 94,均具有高单倍型多样性和高核苷酸多态性;(4)M、P、MP、PM种内遗传距离分别为0~0.020、0~0.024、0~0.027和0~0.023,种间遗传距...  相似文献   

11.
利用线粒体细胞色素氧化酶亚基Ⅰ(COⅠ)分子标记对洪泽湖河蚬(Corbicula fluminea)野生种群的遗传多样性水平进行分析。采集洪泽湖野生河蚬50个个体,对COⅠ基因序列片段进行PCR扩增和序列测定。结果显示,长度为614 bp的COⅠ基因片段中,碱基A、T、G和C的平均含量分别为22.6%、42.4%、21.0%和14.0%,A+T的含量(65.0%)显著高于G+C的含量(35.0%)。COⅠ基因序列中有67个核苷酸变异位点,总变异率为10.9%,其中简约信息位点63个,单一信息位点4个。50条COⅠ基因序列共定义了15个单倍型,单倍型多样性指数(h)和核苷酸多样性指数(π)分别为0.870和0.045,平均碱基差异数(K)为27.370,单倍型序列间的遗传距离为0.002-0.095。采用邻接法(NJ)和最大简约法(MP)构建COⅠ单倍型系统进化树,15个单倍型聚为两个明显分支,表明洪泽湖河蚬种群出现了遗传分化。中性检验结果和歧点分布图显示,洪泽湖河蚬种群大小保持相对稳定,未经历种群扩张。本研究结果表明,洪泽湖河蚬种群具有较高的遗传多样性水平,该结果可为合理开发、利用及保护洪泽湖河蚬野生种质资源提供科学参考。  相似文献   

12.
贵州境内3个野生大眼鳜群体的形态差异   总被引:3,自引:3,他引:0  
为探讨长江和珠江流域野生大眼鳜(Siniperca kneri)的外形差异,本研究基于形态学和框架测量数据,运用多元分析法比较了长江流域乌江沿河、锦江铜仁大眼鳜群体和珠江流域北盘江关岭大眼鳜群体的形态特征。结果表明,铜仁段大眼鳜群体的眼最小,沿河段大眼鳜群体的体型最薄,而关岭段大眼鳜群体的体型最厚,吻最短但尾柄最长。经数据标准化和参数选择后,12个性状参数的数据被用来进行主成分分析(principal component analysis,PCA)。主成分分析提取了2个主成分,其累计贡献率为64.255%,其中第1主成分主要受体宽、尾柄形态、眼间距等性状参数的影响,而第2主成分主要受吻长和眼径大小的影响。应用逐步判别方法(discriminant function analysis,DFA)建立了这3个群体的特征判别函数,其交互验证判别准确率为91.85%。在3个群体之间具有显著差异的12项性状的差异系数(coefficient of difference,CD)均未达到1.28这一亚种分化临界值。长江流域乌江沿河和锦江铜仁大眼鳜群体的外形较为相似,而它们与珠江流域北盘江关岭大眼鳜群体的形态差异较大,但本研究3个群体的形态变异仍为同一物种下的不同地理种群的形态变异,该变异还没有达到亚种变异水平。  相似文献   

13.
2种东风螺线粒体基因序列多态性研究   总被引:2,自引:1,他引:1       下载免费PDF全文
对来自粤东和粤西的方斑东风螺(Babylonia areolata(Link))和台湾东风螺(Babylonia formosae(Sowerby))的线粒体16S rRNA和COⅠ基因片段的序列进行分析,并对其遗传变异进行了比较研究。得到的序列总长度分别为506 bp(16S rRNA)和640 bp(COⅠ)。2种东风螺序列的碱基组成均显示较高的A T比例(16S rRNA基因63.5%,COⅠ基因62.4%)。对位排序比较表明,16S rRNA基因片段变异较小,台湾东风螺和方斑东风螺各存在1个碱基变异位点;方斑东风螺COⅠ片段有12个碱基存在变异,包括3个简约信息位点和9个单一多态位点;台湾东风螺COⅠ片段有17个碱基存在变异,包括4个简约信息位点和13个单一多态位点。数据分析结果表明:2种东风螺线粒体的COⅠ基因比16SrRNA基因具有更高的多态性,COⅠ基因序列更适用于东风螺种群的遗传多样性分析。方斑东风螺的平均核苷酸差异和核苷酸多样度分别为2.68和0.004 2,台湾东风螺则分别为5.62和0.007 8,说明台湾东风螺的遗传多样性高于方斑东风螺。无论是方斑东风螺和台湾东风螺,粤东群体的平均核苷酸差异和核苷酸多样度都大于粤西群体,说明粤东群体的遗传多样性高于粤西群体。  相似文献   

14.
为鉴定和区分鄱阳湖和洞庭湖湖区采集到的兼具翘嘴鳜和大眼鳜的"中间类型"样本。比较测定"中间类型"与翘嘴鳜、大眼鳜的可数性状(鳍条数目和鳃耙数目)和形态框架性状,并进行方差分析、主成分分析、判别分析及STRUCTURE聚类分析。研究结果表明,"中间类型"在眼睛大小、上颌骨后端是否伸达眼后缘、头背部隆起程度3项分类鉴别指标上介于翘嘴鳜与大眼鳜之间;"中间类型"可数性状(鳍条数目、鳃耙数目)与翘嘴鳜、大眼鳜间均无明显差异;方差分析显示,"中间类型"与翘嘴鳜、大眼鳜间明显差异的性状表现在上颌骨与眼睛的相对位置、眼径、头背部隆起程度、尾柄长度方面;主成分分析显示,头后及背前部的框架性状和体高是"中间类型"与翘嘴鳜、大眼鳜间形态差异的主要成分;用判别分析方法构建了3个群体的判别方程,翘嘴鳜、大眼鳜和"中间类型"的判别准确率分别为90%、81.8%、85.4%,综合判别率为85.6%;STRUCTURE聚类分析结果显示,"中间类型"形态特征介于翘嘴鳜和大眼鳜之间,偏向大眼鳜。以上结果可为研究长江水系鳜鱼种内变异或种间杂交提供基础资料。  相似文献   

15.
为研究海南省帚状江蓠(Gracilaria edulis)野生群体的种质资源、遗传多样性状况及红藻门物种间亲缘关系,采集海南省文昌和莺歌海潮间带的野生帚状江蓠,采用PCR扩增获得帚状江蓠质体UPA基因片段(质体23S rRNA V区域)和线粒体COⅠ基因片段,分别对其进行序列比较及系统进化分析。结果表明,UPA基因片段T、C、A、G的含量分别为26.2%、16.2%、30.3%、27.3%;COⅠ基因片段T、C、A、G的含量分别为39.2%、15.1%、27.6%、18.1%;UPA和COⅠ基因片段的A+T的平均含量分别为56.5%和66.8%。UPA基因片段长度为370 bp,共检测出1种单倍型,无多态性位点;COⅠ基因片段长度为664 bp,共检测出2种单倍型,3个多态性位点,均为简约信息位点。与UPA基因相比,COⅠ基因具有更高的变异度,更适合用于帚状江蓠遗传多样性的分析。基于UPA和COⅠ基因片段对帚状江蓠进行系统进化分析,两者结果一致,结合形态学分析表明,帚状江蓠应是江蓠属内独立的分支。  相似文献   

16.
为研究海蜇群体的遗传多样性状况,采用PCR扩增获得20个海蜇野生群体样品的线粒体COⅠ基因部分序列,并结合GenBank上其他15个海蜇样品的同源序列,对其序列变异和遗传分化进行分析。结果显示,35条序列的A、T、C、G碱基含量分别为26.7%、36.4%、18.8%、18.1%;在长度624bp的线粒体COⅠ基因片段中共发现21个多态位点,定义了17种单倍型,单倍型多态性为0.91±0.03,核苷酸多态性为0.0056±0.0032。同其他几种大型水母相比,海蜇种群的遗传多样性处于较高或中等水平。研究结果表明,不同海蜇种群尤其是相距较远的群体在其分布范围内可能存在遗传分化现象。  相似文献   

17.
细纹子鱼(Liparis tanakae)主要分布于西北太平洋海域的朝鲜半岛、日本和我国渤海、黄海和东海,已成为黄渤海渔业资源的优势种类之一,并在黄渤海生态系统中的扮演着越来越重要的角色。因此,有必要对这一生态优势种的种群状况及遗传背景进行了解。根据线粒体COⅠ基因序列对辽宁沿海不同体色花纹的细纹子鱼辽东湾群体(n=20)和黄海北部群体(n=34)的遗传多样性和群体遗传结构进行了分析。结果表明,长度为623 bp的COⅠ基因片段,其A、T、G、C碱基的平均含量分别为22.3%,32.4%,26.9%,18.4%。在2个群体54 ind个体中共检测得到8个单倍型,其单倍型间遗传差异为0.2%~0.6%。两个群体的单倍型多样性指数和核苷酸多态性指数分别在0.56±0.06和0.70±0.05、0.001 0±0.000 9和0.001 7±0.001 3之间。分子方差分析显示两群体间无遗传分化。核苷酸不配对分析表明,细纹子鱼群体在50 000~116 000年前经历了群体扩张。  相似文献   

18.
为探讨长江流域大眼鳜(Sinipercakneri)野生群体的遗传多样性和遗传结构,为长江大眼鳜野生群体资源的有效管理和合理开发利用提供基础科学数据支撑,本研究基于线粒体细胞色素b (cytochrome b, Cyt b)基因及控制区(D-loop)全序列,对4个群体(赤水河群体-CS、南京群体-NJ、岳阳群体-YY、宜昌群体-YC)共计79尾个体进行了分析。结果如下:(1)获得了长1141 bp的Cyt b基因全序列,共检测到26种单倍型。单倍型多样性(haplotype diversity,Hd)指数为0.685 (CS)~0.924 (YC),核苷酸多样性(nucleotide diversity,π)指数为0.176%(CS)~0.285%(YY)。群体内与群体间的遗传距离均在0.002~0.003。(2)获得了长度为834~840bp的D-loop全序列,在79尾个体中共检测到46种单倍型。单倍型多样性指数为0.754 (CS)~0.990 (NJ),核苷酸多样性指数为0.548%(CS)~1.412%(YC)。群体内遗传距离在0.005(CS)~0.014(YC),群体间遗传距离在0.008~0.012,提示4个野生群体均尚未达到亚种分化水平。分子方差分析(AMOVA)显示群体内的变异是总变异的主要来源,长江流域大眼鳜野生群体无显著遗传结构差异。  相似文献   

19.
福建缢蛏野生群体与养殖群体的ITS-1和ITS-2分析   总被引:4,自引:1,他引:4  
采用PCR技术对福建缢蛏的霞浦野生群体(WP)和漳湾养殖群体(CZ)进行了ITS-1和ITS-2的多态性分析。利用贝类通用引物扩增了ITS-1和ITS-2序列,PCR产物经纯化、测序、同源序列比对,获得长度分别为495 bp的ITS-1和485 bp的ITS-2核苷酸序列,其中分别包括25 bp和22 bp的插入缺失。ITS-1和ITS-2片段的T、C、A、G四种碱基的平均含量分别为13.6%、30.2%、28.3%、29.7%(ITS-1),16.2%、33.7%、19.5%、30.6%(ITS-2),A+T含量显著低于G+C含量。序列分析显示,野生群体和养殖群体的单倍型多样性指数、多态位点数、平均核苷酸差异数分别为1.0、40、10.54(ITS-1),0.96、27、11.91(ITS-2)和1.0、28、8.23(ITS-1),0.96、28、10.16(ITS-2),揭示出福建两个缢蛏群体的遗传多样性均较为丰富,其变异主要源于碱基的插入和缺失,野生群体的多样性较高于养殖群体,但是遗传组成存在着较高的一致性,群体间没有遗传分化。  相似文献   

20.
为初步研究泥螺的遗传多样性和群体结构,探讨其遗传多样性的产生背景和维持机制,便于今后更好地保护泥螺种质资源,本研究对辽宁、山东、江苏、浙江四省7个泥螺群体的线粒体细胞色素氧化酶亚基Ⅰ(COⅠ)部分序列进行了测定与分析,经过处理得到145条631bp长度的核苷酸片段,分析显示A、G、T、C、A+T的平均含量分别为23.83%、18.93%、41.60%、15.64%、65.43%,AT含量高于GC含量。单倍型总数47,共享单倍型数目12。用Arlequin 3.5软件进行AMOVA分析,表明7个群体间COⅠ总遗传分化系数为0.7893(P0.001),群体间遗传分化大于群体内遗传分化。用邻接法构建的系统发育进化树显示,7个地理群体的泥螺互相聚在一起,同一群体之间没有明显独立聚在一起的情况。分子方差分析表明群体间出现明显的遗传分化。  相似文献   

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