罗非鱼性别相关微卫星标记的初步筛选

为分析罗非鱼群体的遗传多样性以及筛选与罗非鱼性别相关的微卫星标记。应用24对微卫星引物,使用常规PCR及聚丙烯酰胺凝胶电泳的方法在两个尼罗罗非鱼(Oreochromis niloticus)群体和两个奥利亚罗非鱼(O.aureus)群体中初步筛选到UNH931、GM128、GM201、GM258、GM597以及UNH898共6个与性别相关的微卫星标记。然后使用降落PCR以及毛细管电泳的方法在两个尼罗罗非鱼群体、两个奥利亚罗非鱼群体以及ZY 1、WY 1、YY 1和YY 2型罗非鱼群体中进一步扩增这6个微卫星标记,统计各群体的遗传多样性参数:6个微卫星标记在上述群体共297个样本中检测到95个等位基因,其大小在97~302 bp之间,各位点在各群体等位基因数在1~13个之间,各群体平均观测等位基因数为2.167~9.333,平均有效等位基因数为1.624~4.966,平均观测杂合度为0.324~0.983,平均期望杂合度为0.329~0.782,平均多态信息含量为0.275~0.753;两个尼罗罗非鱼群体、WY 1和YY 2群体达到高度多态(PIC>0.5),两个奥利亚罗非鱼群体、ZY 1和YY 1群体为中度多态(0.25相似文献   

橙色莫桑比克罗非鱼微卫星遗传多样性分析及其与尼罗罗非鱼差异位点的筛选

用33对在尼罗罗非鱼（Oreochromis niloticus）中能有效扩增的微卫星引物，对橙色莫桑比克罗非鱼（Oreochromis mossambicus）进行PCR扩增，结果有32对引物能获得稳定的特异性条带，占总数的97．0％，其中15个微卫星位点具多态性，表明大部分尼罗罗非鱼的微卫星位点存在于橙色莫桑比克罗非鱼中。用具多态性的15个微卫星位点，对橙色莫桑比克罗非鱼30尾个体进行扩增分析，结果共检测到44个等位基因，大小在113～232bp之间，平均多态信息含量（PIC）为0．4308，平均观测杂合度（鼠）为0．5489，平均期望杂合度（垃）为0．5248，个体间平均遗传距离为0.3132，表明所选橙色莫桑比克罗非鱼群体遗传多样性较丰富，种群结构比较合理。本研究还对尼罗罗非鱼和橙色莫桑比克罗非鱼间特异位点进行了分析，发现有7个位点（UNH899、UNH208、UNH853、UNH876、UNH222、UNH933、UNH773）可有效区分莫桑比克罗非鱼和尼罗罗非鱼，可作为罗非鱼种质鉴定的分子标记。[中国水产科学，2008，15（3）：400-406]     

吉富罗非鱼微卫星标记与体质量、体形性状相关性分析

根据罗非鱼微卫星遗传图谱,在不同的连锁群上随机选择30个微卫星位点,研究它们在192尾不同家系吉富罗非鱼(Genetically Improved Fanned Tilapia,GIFT)中的遗传多样性及这些位点与体质量、体形性状的相关性.结果表明,30个位点共检测出126个等位基因,片段长度124～310 bp.各位点等位基因数为1～7个,平均等位基因数4.2个;多态信息含量(P1C)为0.259 4～0.716 7,平均0.580 8;杂合度(H)为0.306 4～0.753 1,平均0.632 2,表明该吉富罗非鱼群体遗传多样性比较丰富.最小二乘方差分析结果显示,位点GM041、GM542和GM304与吉富罗非鱼雌鱼体质量相关;位点GM041、UNH860、GM519和GM304与雄鱼体质量相关,位点UNH952与雄鱼体形相关.位点GM041、UNH860、GM304的AA基因型和位点GM519的DE基因型都有可能作为以体质量为选育目标的辅助标记,其中UNH860和GM304的AA基因型有望成为作为以体质量为选育目标的首选辅助标记.实验结果说明,吉富罗非鱼具有与体质量相关的标记越多,体质量也越大.     

尼罗罗非鱼微卫星标记与主要生长性状的相关性分析

为了筛选到与尼罗罗非鱼生长相关的分子标记,并对这些标记进行准确性鉴定,运用65个微卫星标记对鹭业和番禺2个尼罗罗非鱼群体进行了PCR扩增,再利用SPSS软件一般线性模型(GLM)对这些微卫星位点与尼罗罗非鱼体重等主要生长性状进行了标记性状连锁关联分析。结果表明,鹭业群体中有8个微卫星标记(UNH130,UNH183,UNH911,GM558,UNH211,UNH176,UNH914和UNH974)与主要生长性状显著或极显著相关(P<0.05或P<0.01),其中有2个微卫星标记(UNH914和UNH974)与番禺群体的主要生长性状显著或极显著相关(P<0.05或P<0.01),1个微卫星标记(UNH176)只与体重显著相关(P<0.05)。通过对与生长性状相关标记的基因型和表型值进行多重比较,得到了对体重、体长和体高3种性状有利的基因型或等位基因。发现了对罗非鱼生长性状有显著效应的微卫星位点,为开展罗非鱼的分子标记辅助育种提供了有价值的遗传标记。     

尼罗罗非鱼♀×萨罗罗非鱼♂杂交后代的遗传分离分析

应用微卫星标记对尼罗罗非鱼(Oreochromis niloticus)♀×萨罗罗非鱼(Sarotherodon melanotheron)♂杂交后代(F1、F2)的遗传分离情况进行了初步研究.在86对微卫星引物中,筛选出21对在尼罗罗非鱼和萨罗罗非鱼中存在差异等位基因的特异性引物,共检测出59个等位基因,包含32个尼罗罗非鱼和24个萨罗罗非鱼特异等位基因.F1观测杂合度(Ho=0.998)大于 F2(Ho=0.739), F2有效等位基因数(Ne=2.48)、平均多态信息含量(PIC=0.497)与 F1的(Ne=2.45、PIC=0.489)相似.F1中所有位点均表现为尼罗罗非鱼与萨罗罗非鱼杂合基因型.F2中位点等位基因分离情况各异,通过卡方检验,有18个位点符合孟德尔遗传(P>0.05),2个位点GM145、UNH003表现为偏离孟德尔遗传(P<0.05),1个位点GM276不分离.在18个孟德尔遗传位点中, F2中尼罗罗非鱼特异等位基因频率为48.3%,萨罗罗非鱼特异等位基因频率为47.7%;基因型出现F1型、尼罗罗非鱼型、萨罗罗非鱼型的比例分别为58.2%、19.9%、21.9%.结果表明, F2较好地继承了F1的遗传杂合性,但也存在一定程度的分离.     

尼罗罗非鱼、奥利亚罗非鱼及其正、反杂交群体的遗传多样性

用7对微卫星引物检测了尼罗罗非鱼（Oreochromis niloticus）和奥利亚罗非鱼（O.aureus）群体及其正、反交群体共128个个体的遗传多样性。共检测到38个等位基因,尼罗罗非鱼、奥利亚罗非鱼、正交群体和反交群体的平均等位基因数分别为4.0、1.4、5.3和2.7,平均PIC值分别为0.557、0.099、0.590和0.497,平均观测杂合度分别为0.505、0.071、0.826和0.883,平均期望杂合度分别为0.622、0.117、0.684和0.598,杂合子偏离指数（D）分别为-0.146、-0.241、0.215和0.522。结果表明,正交群体的遗传多样性比两个亲本群体都高,反交群体介于两个亲本群体之间;正交群体的观测杂合度和期望杂合度也高于两亲本群体,反交群体的期望杂合度介于两者之间,但实际观测杂合度却最高;两亲本群体存在一定的杂合子缺失,而杂交群体则存在杂合子增加的现象,尤其是反交群体的观测杂合度大量增加。卡方检验表明,正交群体偏离Hardy-Weinberg平衡的位点较少（3个位点）,而其他3个群体大部分位点均偏离平衡,存在遗传漂变现象。4个养殖群体间遗传分化具有显著性（FST为0.081-0.610,P〈0.01）。UPGMA系统树显示,正交种与尼罗罗非鱼的亲缘关系较近。表明正交群体受亲本群体的影响最大,其生长优势除了性别因素外,遗传因素可能也具有重要作用。     

利用微卫星标记对文蛤4个壳色花纹品系的遗传分析

利用9个微卫星位点对文蛤红壳(RS)、黑斑(BS)、细纹(TC)、暗纹(DF)4个壳色花纹品系共120个个体进行遗传差异分析。结果共检测到105个等位基因,每个位点平均观察等位基因数为11.7个,其中WG07位点等位基因数最多(21个),WG11位点最少(7个)。每个品系均具有特异等位基因类型,不同品系中相同微卫星位点的等位基因分布规律不同。4个文蛤品系的观测杂合度、期望杂合度和多态信息含量变异范围分别为0.110～1.000、0.486～0.867、0.433～0.834,均属高度多态性位点。Hardy-Weinberg平衡的卡方检测发现,大多数位点偏离平衡状态;聚类分析表明,4个品系间存在较明显的遗传差异,TC品系与其它品系的遗传距离最大,DF品系和RS品系的遗传距离相对较小。     

海南省6个养殖罗非鱼群体遗传差异的微卫星分析

利用筛选的20对微卫星引物对海南省6个养殖罗非鱼群体进行遗传多样性研究,分析各群体内的遗传变异和各群体间的遗传关系,比较不同群体的等位基因数、有效等位基因数、观测杂合度、期望杂合度、Shannon’s多态性指数、平均多态性信息含量等遗传参数,并利用遗传距离构建6个罗非鱼群体的系统聚类图。结果表明:1)6个罗非鱼群体等位基因数为68个,平均等位基因数为1.992 2~2.255 8,平均观测杂合度为0.572 5~0.745 0,平均期望杂合度为0.469 2~0.532 3,Shannon’s多样性指数为0.719 3~0.848 6,多态信息含量为0.25PIC0.50,其中莫桑比克罗非鱼的遗传多样性指数最高,奥尼罗非鱼最低。2)采用邻接法(NJ)对6个罗非鱼群体进行聚类分析,表明6个罗非鱼群体分为2大支,吉富罗非鱼、尼罗罗非鱼、红罗非鱼、莫桑比克罗非鱼聚为一大支,其中吉富罗非鱼和尼罗罗非鱼聚为一小支,红罗非鱼与莫桑比克罗非鱼聚为一小支;奥尼罗非鱼和泰奥罗非鱼聚为一支。综上所述,海南省6个养殖罗非鱼群体的遗传多样性较高,但不同群体之间存在差异;尼罗罗非鱼与泰奥罗非鱼亲缘关系最远,吉富罗非鱼与尼罗罗非鱼亲缘关系最近。     

尼罗罗非鱼与萨罗罗非鱼回交一代与回交二代群体遗传特征的微卫星分析

利用尼罗罗非鱼(Oreochromis niloticus)第二代遗传连锁图谱中微卫星标记,对尼罗罗非鱼♀与萨罗罗非鱼(Sarotherodon melanotheron)回交一代(BC1)和回交二代(BC2)群体遗传特征进行了分析。结果表明,从28个微卫星位点中筛选出9个在尼萨回交一代和回交二代中存在差异的扩增位点,这些多态性位点可作为尼萨回交一代和回交二代群体遗传鉴别的重要依据。尼萨回交一代群体的平均观测杂合度为0.670,多态信息含量为0.423;回交二代群体的平均观测杂合度为0.460,多态信息含量为0.365,回交二代群体的遗传多态性低于回交一代群体。与回交一代相比,尼萨回交二代群体的平均有效等位基因数较为一致(BC1:Ne=2.17,BC2:Ne=2.20),基因型数较为一致,但纯合基因型比例、优势等位基因频率均有明显提高,表明连续回交导致后代遗传同质性提高。     

14个尼罗罗非鱼家系遗传差异的微卫星标记分析

利用12个微卫星标记分析14个尼罗罗非鱼Oreochromis niloticus家系的遗传多样性,以P_0代为对照,研究P_4、P_5代家系的遗传多态性,指导尼罗罗非鱼的选育。研究结果表明:14个罗非鱼家系的平均有效等位基因数、平均杂合度、平均多态信息含量分别为3.1819、0.6276、0.5753,其遗传多样性丰富;家系N312与N314遗传距离最小(0.1214),而家系N304与N306遗传距离最大(0.3137),14个家系间的平均遗传距离为0.1973;UP_GMA进化树分析结果表明,14个尼罗罗非鱼家系聚为4个分支,第一分支为家系N303,第二分支由N301、N306和N311组成,第三分支由N302、N308和N310组成,其余家系组成第四分支;P_4代尼罗罗非鱼群体遗传多态性比P_0代小幅降低,而构建P_5代家系时参考了微卫星标记的分析结果,其遗传多态性明显高于P_0和P_4代。结果表明:参考微卫星标记计算的家系间的亲缘关系,人为控制选配提高后代稀有等位基因的频率和杂合子的比例,可以有效防止近交衰退,维持较高的种群遗传多样性和选择潜力。     

用微卫星标记分析湘华鲮野生群体遗传多样性

为了解湘华鲮天然种质资源现状，用38对鲤科鱼类微卫星引物对其群体进行全基因组扫描，结果筛选出15对能够获得稳定扩增条带的引物。以鲮鱼养殖群体为对照群体。在15个微卫星位点中，湘华鲮多态性位点9个，对照群体6个。通过分析湘华鲮微卫星位点PCR产物的电泳图谱，共检测到40个等位基因，每个位点的等位基因数目介于1～5之间，其平均等位基因数为2．67个，平均有效等位基因数为1．47个，平均观察杂合度为0．2289，平均期望杂合度为0．2730，平均多态信息含量（PIC）为0．2440，多数Hardy-Weinberg平衡偏离指数值偏离平衡值，与对照组无显著性差异。本研究表明湘华鲮野生种群结构不合理，遗传多样性低，种质资源处于危险状态。     

德国镜鲤选育系F_4天津群体中不同体型的遗传结构分析

本文利用15对微卫星分子标记,对德国镜鲤选育系F4天津群体中的高背型和长条型德国镜鲤的遗传结构进行分析.结果表明:两种体型德国镜鲤F4群体平均等位基因数分别为5.0和5.1,平均期望杂合度分别为0.5527和0.5591,平均观测杂合度分别为0.5906和0.5824,平均多态信息含量分别为0.5653和0.5470.以卡方检验估计群体Hardy-Weinberg平衡显示有大部分位点发生了偏离.两体型间遗传相似性为0.8330,相似性较高.群体间遗传分化微弱(Fst=0.0242),群体内变异占总变异的97.58%.说明高背型德国镜鲤和长条型德国镜鲤在遗传结构上差异较小.由天津群体的等位基因数为5.05,期望杂合度为0.5559,观测杂合度为0.5865,多态信息含量为0.5562,可知天津群体属于中度多态,遗传多样性保持较高水平.     

合浦珠母贝选育基础群体的遗传多样性评价

利用微卫星标记对2012年3月和6月分别构建的两批共17个合浦珠母贝(Pinctada fucata)选育基础群体进行了遗传多样性分析。6对微卫星引物在17个群体共680个个体中检测到29个等位基因,每个位点的等位基因数在2~7之间,平均有效等位基因数在2.06~3.07之间,平均观测杂合度在0.31~0.58之间,平均期望杂合度在0.46~0.65之间,平均多态信息含量在0.39~0.58之间,高度多态(PIC≥0.50)群体有11个(占64.7%)。Hardy-Weinberg平衡检验(卡方检验)的结果显示,在检测得到的102个数据结果中,有53个(占52.0%)极显著地偏离了Hardy-Weinberg遗传平衡(P0.01)。从遗传偏离指数(D)的结果可以看出,17个群体在不同的微卫星位点存在不同程度的杂合子缺失现象。本研究表明,两批群体的遗传多样性参数非常接近,每个群体的遗传多样性都较高,对群体之间的遗传距离和遗传分化格局有了初步的把握,为下一步交配设计构建下一代核心群体奠定了理论基础。     

仿刺参中国群体与韩国群体杂交子代微卫星标记分析

应用微卫星DNA技术对仿刺参中国群体、韩国群体及其杂交后代的遗传多样性进行了研究。15对微卫星引物共扩增获得60个等位基因,平均等位基因数为4,平均有效等位基因数为2.5855。3个群体的平均观测杂合度分别为0.2965、0.3548、0.2755,平均期望杂合度为0.5296、0.5574、0.5364,多态性信息含量为0.0000~0.8480,平均值为0.4653、0.4860和0.4630。Hardy-Weinberg平衡的P值检验,发现3个群体普遍存在偏离平衡的现象。试验结果表明,15个位点中,14个位点为中度或高度多态,3个群体多样性处于中等偏上水平;韩国群体的遗传多样性水平在3个群体中最高,杂交后代并未表现出明显的杂种优势,但在某些微卫星位点观测到的等位基因频率和基因型频率表现出与亲本的差异,说明杂交过程使后代获得了一定程度的遗传分化,中国群体与韩国群体的杂交后代具一定的选育潜力。     

罗非鱼微卫星DNA指纹图谱的构建

采用微卫星DNA指纹图谱技术对奥利亚罗非鱼、尼罗罗非鱼和橙色莫桑比克罗非鱼进行品种鉴定和遗传多样性分析。从103对罗非鱼微卫星引物中筛选出82对多态性高、带型清晰稳定的引物，用这 82对引物检测3种罗非鱼的遗传结构，共检测到605个等位基因，平均等位基因数7.37个，数据经Popgen32计算和EXCEL工具作图，构建3种罗非鱼的DNA指纹数据库，并绘制了DNA指纹图谱模式图。结果显示，奥利亚罗非鱼、尼罗罗非鱼和橙色莫桑比克罗非鱼的平均观测杂合度分别为0.179 6、0.530 1和0.312 2，平均期望杂合度分别为0.203 2、0.678 6和0.291 3，平均多态信息含量分别为0.075 4、0.608 3和0.152 8，由此可见，尼罗罗非鱼群体的遗传多样性水平最高，奥利亚罗非鱼群体遗传多样性最低。同时筛选得到16对具特异性条带的核心引物组合可将3种罗非鱼完全区分，每个位点可在其中一种罗非鱼中扩增出独有的条带，从而将这种罗非鱼与其它两种区分开来，将16对特异引物的图谱数据转化成计算机可以识别的数码指纹，可以方便地应用于罗非鱼及其杂交种的鉴定研究。为解决罗非鱼品种混杂遗传渐渗问题和保护罗非鱼种质资源提供技术支撑。     

湘西盲高原鳅遗传多样性的微卫星分析

利用筛选的16对微卫星标记对来自于湖南湘西龙山县乌龙山3个不同洞穴的盲高原鳅群体进行遗传多样性及遗传分化分析.通过计算多态信息含量、平均杂合度、等位基因数、遗传距离、基因流、F-统计量等参数,评估各盲高原鳅群体遗传多样性和各群体间遗传分化.16个微卫星标记在3个群体中共检测出83个等位基因.每个座位检测到3～8个等位基因不等.3个群体各个多态位点的平均观测杂合度分别为0.362 5～0.946 5,平均期望杂合度为0.538 6～0.906 5.3个群体多态微卫星位点的PIC分别为0.263 2、0.231 3、0.303 5,选取的16个微卫星位点中2个为高度多态,2个为低度多态,其余为中度多态.分子变异方差分析(AMOVA)结果表明,遗传变异大部分(92.84％)来自群体内,仅有7.16％的变异来自于群体间,数据表明3个群体处于未分化状态,遗传一致性较大.     

罗氏沼虾抗病选育群体的抗病性能及其遗传多样性分析

为深入了解罗氏沼虾抗病选育群体的抗病力和遗传信息,通过人工注射溶藻弧菌感染16个罗氏沼虾选育群体,并利用微卫星分子标记对选育群体进行遗传结构分析。结果显示,16个选育群体抗溶藻弧菌感染能力存在明显差别,并从中鉴定出抗病力强的群体3个(SCR11-6、SCR11-11和SCR11-16),其在感染溶藻弧菌感染后的成活率达80%;抗病力比较强的群体7个;抗病力一般的群体4个,成活率为65%～70%;抗病力差的群体2个,成活率为35%～50%。8对微卫星引物共检测到53个等位基因,每对引物的等位基因数为5～9个,平均为6.625个,多态信息含量(PIC)为0.629 4～0.829 4,平均为0.732 3。16个群体的平均PIC为0.493 2～0.695 6,平均观测杂合度为0.506 2～0.651 3,平均期望杂合度为0.551 9～0.733 2,遗传相似系数平均为0.655 2,遗传距离平均为0.434 4。并对DP和SP两群体罗氏沼虾个体扩增出的差异条带进行统计,分析其与罗氏沼虾抗病性状的相关性。结果表明,5个微卫星位点SUGbp8-103b、SUGbp8-101c、MRMB11、SUGbp8-137和MRMC2分别在203、263、185、335和96 bp等位基因与罗氏沼虾抗病性状存在一定的相关性,其中,位点MRMB11在185 bp等位基因跟抗病性有极显著的正相关性,相关系数为0.282。研究表明,16个选育群体中有4个群体的抗病力较强,同时与其它12个选育群体相比,这4个群体遗传多样性也比较丰富,这些罗氏沼虾群体的筛选为罗氏沼虾抗病新品种的培育奠定了重要基础。     

瓦氏雅罗鱼达里湖群体和乌苏里江群体的遗传多样性和遗传结构分析

选用5个瓦氏雅罗鱼(Leuciscus waleckii Dybowski)微卫星标记和13个草鱼微卫星标记,对分别采自内蒙古境内的达里湖和乌苏里江抚远江段的各15尾野生瓦氏雅罗鱼个体进行STR-PCR分析。结果显示,18个微卫星标记共检测到111个等位基因,平均每个基因座扩增得到6.1667个等位基因,观测杂合度(H o)0.1000～0.9333,平均为0.5315;期望杂合度(H e)0.0966～0.9328,平均为0.6298;多态信息含量(PIC)0.0905～0.9113,平均为0.5774;乌苏里江群体的平均等位基因数和平均观测杂合度分别为5.5556和0.5778,达里湖群体的平均等位基因数和平均观测杂合度均低于乌苏里江群体的平均等位基因数和平均观测杂合度,分别为4.3889和0.4852。2个群体间的遗传距离(D c)为0.2550。个体聚类结果显示,达里湖雅罗鱼所有个体聚为一簇,乌苏里江雅罗鱼所有个体聚为一簇。群体间的遗传分化指数(F st)为0.0855,数值介于0.05～0.15,N m值为2.6749,表明这2个群体处于中等分化,存在一定程度的基因交流。对2个群体的基因型进行了Hardy-Weinberg平衡的卡方检验,结果表明两群体均在一定程度上偏离了平衡。     

合浦珠母贝3个养殖群体遗传多样性的微卫星分析

采用微卫星分子标记对我国广东大亚湾、广西北海、海南三亚的合浦珠母贝养殖群体进行了遗传多样性分析.从49对引物中筛选出31对有效扩增引物,种群扩增获得9个多态位点,多态位点比例为29.03%.它们在3个群体共96个个体中产生了44个等位基因,平均每个位点产生4.889个.3个群体的平均期望杂合度分别为0.590、0.600、0.615;平均观察杂合度分别是0.393、0.425、0.325;平均多态信息含量PIC值分别是0.530、0.551、0.556.表明3个群体的遗传多样性处于较高水平.平均遗传偏离指数分别为-0.324、-0.336、-0.304;哈代-温伯格平衡检测发现,3个群体27个位点中21个位点偏离平衡状态.遗传分化和遗传距离分析表明,海南群体与广东群体之间的亲缘关系较近,而与广西群体的亲缘关系较远.     

5个尼罗罗非鱼群体遗传关系的ISSR分析

采用ISSR分子标记技术,对吉富尼罗罗非鱼群体(GF)、尼罗罗非鱼群体Ⅰ(NLⅠ)、尼罗罗非鱼群体Ⅱ(NLⅡ)、尼罗罗非鱼群体Ⅲ(NLⅢ)和尼罗罗非鱼群体Ⅳ(NLⅣ)的遗传多样性进行分析。用81个ISSR引物对5个尼罗罗非鱼群体进行扩增,15个ISSR引物获得多态片段。根据Nei’s遗传距离矩阵构建了5个尼罗罗非鱼群体的遗传关系树状图。UPGMA聚类图表明:NLⅢ群体和NLⅣ群体最先聚在一起;其次二者再与GF群体聚在一起;NLⅠ群体与NLⅡ群体聚在一起。分析结果显示:GF群体与其它4个罗非鱼群体区分较明显;用UBC835扩增的500 bp片段为GF所特有,可作为区别GF和其它尼罗罗非鱼的分子标记。