我国苏南地区美洲鲥7个养殖群体的遗传多样性分析

为探讨苏南地区美洲鲥（Alosa sapidissima）养殖群体的种质资源现状及遗传多样性水平,本研究采用15个微卫星标记和线粒体D-loop序列,对7个不同群体：镇江丹徒（Dtq）、镇江扬中（Yzq）、苏州张家港（Zjg）、苏州相城（Xcq）、南通中洋（Zyq）、常州滆湖（Ghq）和常州武进（Czq）共计210尾个体,进行了群体多样性分析。结果显示,15个SSR位点中除Asa-12外,其余位点均表现为高度多态性（PIC > 0.5）。其中,7个群体期望杂合度He为0.615～0.758,多态信息含量PIC为0.568～0.723,两者均以Zjg群体最高。D-loop序列共检测到32个变异位点,定义了20个单倍型,其中Zjg群体单倍型最多（11个）。7个群体的单倍型多样性、核苷酸多样性指数分别为0.618～0.945、0.003～0.008。基于SSR和D-loop序列的遗传距离分析,发现Ghq群体和Zyq群体的Nei’s遗传距离（0.058）和K2P遗传距离（0.003）最近,低于其他群体间的遗传距离（分别为0.073～0.397和0.003～0.006）。综合分析,我们发现7个美洲鲥群体的遗传多样性较为丰富,而群体间遗传变异程度不高,基因流Nm > 1和镶嵌式排列的个体进化树也证实7个群体的亲缘关系较近。基于本研究,可初步了解苏南地区鲥的种质现状,为后续进一步开展育种工作奠定理论基础。     

尼罗罗非鱼与萨罗罗非鱼回交一代与回交二代群体遗传特征的微卫星分析

利用尼罗罗非鱼(Oreochromis niloticus)第二代遗传连锁图谱中微卫星标记,对尼罗罗非鱼♀与萨罗罗非鱼(Sarotherodon melanotheron)回交一代(BC1)和回交二代(BC2)群体遗传特征进行了分析。结果表明,从28个微卫星位点中筛选出9个在尼萨回交一代和回交二代中存在差异的扩增位点,这些多态性位点可作为尼萨回交一代和回交二代群体遗传鉴别的重要依据。尼萨回交一代群体的平均观测杂合度为0.670,多态信息含量为0.423;回交二代群体的平均观测杂合度为0.460,多态信息含量为0.365,回交二代群体的遗传多态性低于回交一代群体。与回交一代相比,尼萨回交二代群体的平均有效等位基因数较为一致(BC1:Ne=2.17,BC2:Ne=2.20),基因型数较为一致,但纯合基因型比例、优势等位基因频率均有明显提高,表明连续回交导致后代遗传同质性提高。     

盐碱胁迫对尼罗罗非鱼鳃Na+/HCO3-共转运子、碳酸酐酶基因表达的影响

为了探讨盐碱胁迫条件下鱼类渗透生理调节机制,以尼罗罗非鱼(Oreochromis niloticus)为实验材料, PCR扩增得到了Na+/3HCO-共转运子(NBCe1)基因cDNA部分序列,比较了单盐(盐度10、盐度15)、单碱(1.5 g/L、3 g/L NaHCO3)、盐碱混合(盐度10,碱度1.5 g/L;盐度15,碱度3 g/L)胁迫后不同时间(0 h、6 h、12 h、24 h、48 h、72 h、96 h)血清渗透压、离子浓度(Na+、K+、Cl–、Ca2+)以及鳃碳酸酐酶(CA)活性、CA与NBCe1基因mRNA表达变化。结果显示,不同胁迫条件下,血清渗透压、离子浓度、鳃组织 CA 酶活、CA 与 NBCe1基因 mRNA 表达变化均与胁迫强度呈正相关。随时间推移,血清渗透压、离子浓度呈现先上升后下降的变化趋势,单盐、盐碱混合组血清渗透压值较单碱组高。单盐、单碱、盐碱混合组中, NBCe1基因mRNA在鳃中均呈略微上调,但不显著(P>0.05)。单碱组和盐碱混合组鳃CA活性较单盐组高,低盐碱胁迫(盐度10,碱度1.5 g/L)下CA活性较晚达最高值;不同胁迫条件下, CA基因mRNA表达均表现上调,单碱、盐碱混合组更为显著(P<0.05),推测CA较NBCe1对体内3HCO-转运作用更为显著。研究结果为尼罗罗非鱼盐碱适应生理调节提供了基础资料。     

尼罗罗非鱼(♀)×萨罗罗非鱼(♂)杂交F_2与F_3群体遗传特征的微卫星分析

利用罗非鱼第二代遗传连锁图谱中微卫星标记对尼罗罗非鱼(Oreochromis niloticus)(♀)×萨罗罗非鱼(Sarotherodon melanotheron)(♂)杂交后代F_2、F_3群体遗传特征进行了初步比较分析。结果显示,28对引物中有22对引物能有效扩增,未观察到杂交后代F_2、F_3中有多倍体个体现象。筛选出7个在尼萨罗非鱼杂交后代F_2、F_3群体中存在差异的位点。杂交F_2群体平均等位基因(Na)为2.71,平均多态信息含量(PIC)为0.466,平均观测杂合度(Ho)为0.632;杂交F_3群体平均Na为2.14,平均PIC为0.370,平均Ho为0.432,杂交F_3遗传杂合性较杂交F_2降低。F_2自繁F_3过程中,F_3群体4个位点的等位基因与F_2完全相同,3个位点的等位基因少于F_2,且F_3群体在2个位点出现完全纯合,杂交F_3群体位点等位基因呈现纯合趋势。研究结果为尼萨罗非鱼杂交世代遗传变异与杂交利用积累基础资料。     

锦鲤早期发育过程中色素代谢相关酶的活性和基因表达变化

通过显微观察、酶联免疫吸附及荧光定量PCR等方法,探究了红白、红黑锦鲤(Cyprinus carpio var. koi)子一代(F_1)早期体色发育过程及不同发育时期色素代谢相关酶(酪氨酸酶、胱氨酸酶)的活性和基因(agouti、mc1r、mitf、tyr)的表达变化。结果表明,锦鲤出膜后呈淡黄色半透明,黑色素细胞在出膜8 d后开始出现。胱氨酸酶活性随锦鲤发育呈升高趋势,出膜7 d后显著升高(P0.05);7日龄仔鱼前,红黑组与红白组间无显著差异(P0.05);出膜7 d后红黑组比同时期红白组显著升高(P0.05)。酪氨酸酶在锦鲤发育过程中也呈升高趋势,但略有起伏,眼色素积累期及出膜23 d后酪氨酸酶活性均比相邻各期高(P0.05);组间比较发现发育各期红黑组均比红白组高(P0.05)。表明酪氨酸酶、胱氨酸酶活性变化与锦鲤色素细胞发育存在密切关联。agouti、mc1r、mitf及tyr 4个基因均在原肠期与神经胚期时表达最高(P0.01),随后均呈下降趋势,表明这4个基因可能在胚胎发育早期的体色形成过程中发挥着重要作用。     

不同尼罗罗非鱼尧奥利亚罗非鱼亲本群体的遗传特征分析

从86对尼罗罗非鱼遗传图谱标记中筛出17对种间差异性微卫星引物,分别对杂交亲本尼罗罗非鱼苏丹群体、新吉富群体、奥利亚罗非鱼以色列群体、茂名群体的遗传特征进行分析。结果表明,4个罗非鱼群体有效等位基因数：新吉富（2.8）>苏丹（2.72）、以色列（2.96）>茂名（2.6）;遗传杂合度：苏丹（0.73)>新吉富(0.68),以色列(0.89)>茂名(0.56);多态性含量：苏丹（0.58）>新吉富（0.51）,以色列（0.56）>茂名（0.52）,尼罗罗非鱼、奥利亚罗非鱼分别以新吉富、茂名群体遗传多样性较低。尼罗罗非鱼与奥利亚罗非鱼群体间平均遗传距离为0.3057。尼罗罗非鱼苏丹群体与新吉富群体间的遗传距离为0.107。奥利亚罗非鱼以色列群体与茂名群体间的遗传距离为0.1268。尼罗罗非鱼苏丹群体与奥利亚罗非鱼茂名群体间的遗传距离最大。     

Ccr-lncRNA172145靶向miR-206在锦鲤体色调控中的作用初探

基于前期对锦鲤皮肤组织的转录组测序数据,筛选到4条在3种皮肤（黑色、红色、白色）中显著差异表达的lncRNA;通过RNAhybrid和TargetScan靶基因软件,发现lncRNA172145与黑色素合成通路中miR-206之间存在靶向结合位点。基于CPC、CPAT及CNIT软件,对lncRNA172145进行编码能力分析,证实该序列为lncRNA,不具备编码蛋白能力。然后,利用qRT-PCR技术对该序列时空表达水平进行了检测,发现在眼睛、黑色皮肤、鳍条及血液中的表达量显著高于其他组织;自原肠胚时期表达量开始显著性上升,高水平趋势一直持续到孵化后20 d。借助双荧光素酶报告实验,进一步证实lncRNA172145与miR-206之间存在靶向调控关系。最后,通过合成miR-206拮抗剂,对miR-206进行了体内沉默,发现与注射阴性对照拮抗剂组和PBS组相比,miR-206拮抗剂组的lncRNA172145表达水平显著性升高。研究结果说明lncRNA172145可能通过靶向到miR-206,参与到黑色素合成通路的调控,这为后续深入挖掘二者在黑色素合成通路中具体的分子作用机制提供了基础资料。     

尼罗罗非鱼(♀)×萨罗罗非鱼(♂)杂交后代F1、F2形态性状的遗传与变异

通过6个可数性状、10个可量性状及24个框架性状, 比较分析了尼罗罗非鱼(Oreochromis niloticus ♀)×萨罗罗非鱼(Sarotherodon melanotheron ♂)杂交后代F₁、F₂形态性状的遗传与变异特征, 方差分析结果表明, 除臀鳍棘数相同外, 杂交F₁、F₂的可数性状数目相近, 位于尼罗罗非鱼与萨罗罗非鱼之间; 杂交F₁体长/全长、框架参数D_3-5/全长、D_6-8/全长、尾柄长/全长、D_5-7/全长、D_8-10/全长等参数显著大于萨罗罗非鱼, 体厚/全长、体高/全长、D_1-6/全长、D_3-4/全长、尾柄高/全长等参数显著大于尼罗罗非鱼; 杂交F₂的16个可量、框架性状与杂交F₁间无显著差异, 而头长/全长、D_5-6/全长、D_7-8/全长、D_9-10/全长等参数显著大于杂交F₁, 躯干长/全长、尾柄长/全长、D_1-2/全长、D_5-7/全长、D_7-9/全长等参数显著小于杂交F₁。聚类分析结果表明, 杂交F₂与杂交F₁先聚为一类, 再依次与尼罗罗非鱼、萨罗罗非鱼聚类。分别建立了不同群体的可数性状、可量与框架性状的判别公式, 判别正确率高低依次为尼罗罗非鱼、萨罗罗非鱼>杂交F₁>杂交F₂; 利用尼罗罗非鱼和萨罗罗非鱼的判别公式对杂交F₁进行判别, 被判入尼罗罗非鱼的比例较高(可数性状92.9%、可量与框架性状57.1%); 利用尼罗罗非鱼、萨罗罗非鱼及杂交F₁的判别公式对杂交F₂判别, 被判入杂交F₁的比例较高(可数性状68.6%、可量与框架性状77.2%)。主成分分布图显示, 杂交F₁、F₂均位于尼罗罗非鱼和萨罗罗非鱼之间, 杂交F₁与尼罗罗非鱼重叠分布较多, 杂交F₂分布重叠区域较F₁分散。以上结果表明, 尼罗罗非鱼♀×萨罗罗非鱼♂杂交F₁形态性状介于亲本之间, 遗传了双亲的形态特征, 且有一定的偏母遗传; 杂交F₂大部分形态特征遗传了杂交F₁, 但也存在一定程度的变异。本研究旨在通过分析尼罗罗非鱼、萨罗罗非鱼2个杂交世代中亲子间形态性状的遗传规律, 为罗非鱼杂交育种研究与生产利用提供基础资料和依据。

     

尼罗罗非鱼（ ♀） × 萨罗罗非鱼（ ♂） F1家系亲权关系微卫星分析

利用尼罗罗非鱼（Oreochromis niloticus）第2代遗传连锁图谱标记,对3组不同尼罗罗非鱼（♀）×萨罗罗非鱼（Sarotherodon melanotheron）（♂）杂交F1家系内亲权关系进行分析。结果显示,86个微卫星位点中共筛选出20个在尼罗罗非鱼、萨罗罗非鱼中存在差异的扩增位点,含13个种间特异性和7个共享带差异位点。尼萨杂交F1中,平均等位基因2.90,平均多态信息含量0.439,位点多态性较高。3个尼萨杂交F1家系组间遗传距离0.362~0.504,组内个体间遗传距离0.245~0.316,组内遗传距离明显小于组间。利用3个种间特异位点组合,可对3个不同家系组父、母本个体进行鉴别。通过对各组亲本与子代位点基因型分析,家系A、B和C组分别使用4、8和12个特异位点组合进行亲权鉴定,累积排除概率分别为99.99%、99.99%、99.91%,家系A、B组分别含3个半同胞家系,家系C组含2对非同胞或4个半同胞家系。