马铃薯块茎低温反应抑制差减文库的构建及鉴定

本研究以4℃(Tester)和20℃(Driver)处理的马铃薯野生种Solanum berthaultii的无性系CW2-1块茎为材料,构建马铃薯块茎低温反应抑制差减文库以进一步筛选差异表达基因。通过PCR鉴定后,获得了含有2 112个阳性克隆的差减杂交文库。采用反向Northern方法对差减文库进行筛选鉴定,得到274个含有显著表达差异基因（P/N>3）的阳性克隆。从274个克隆中挑选了53个克隆进行测序和同源比对分析,合并后获得29个代表不同基因的非重复序列片段,表明文库具有较高质量。并随机选取了其中4个EST进行基因表达分析,结果显示,在耐低温糖化的S. berthaultii块茎中,4℃下贮藏的块茎基因表达强度高于20℃贮藏的块茎;同在4℃贮藏条件下,S. berthaultii和易低温糖化栽培种E1的块茎中基因的表达量亦存在差异,证明所构建的差减文库富集了马铃薯块茎对低温响应的基因。     

罗非鱼免疫前后白细胞cDNA差减文库的构建及鉴定

为筛选罗非鱼链球菌疫苗免疫前后白细胞表达变化基因及探讨鱼类白细胞免疫机理,利用抑制性差减杂交(SSH)技术,以链球菌疫苗免疫前后罗非鱼白细胞cDNA为材料,构建了罗非鱼免疫前后正、负2个cDNA差减文库,并采用地高辛(DIG)标记差减文库cDNA作为探针,进行差异表达片段的筛选鉴定。结果显示:2个文库重组率均在90%以上,插入片段在300～900 bp,接头连接效率超过50%,差减效率非常高效,阳性率均超过70%。杂交筛选后正、负文库各挑选30个阳性克隆进行测序组装聚类,正、负文库各获得16和18条非冗余EST(unigene),所得序列经GenBank同源性分析,正、负文库各有10和11条unigene获得功能注释,且各有6和7条unigene没有同源性匹配,为未知新基因。     

麻疯树雌花和花芽的差减文库构建

目的为探讨麻疯树的性别分化情况,筛选出麻疯树雌花和花芽的差异表达基因。方法以麻疯树雌花为驱动子,花芽为检测子,使用SSH法进行正向抑制消减杂交。结果得到完整性较好的总RNA,扩增出的双链cDNA效果良好;通过平板筛选,获得2000余个单克隆;结果表明,用SSH法能有效构建麻疯树花的差异表达基因的差减文库。结论：成功构建了麻疯树花的差减文库。     

应用抑制差减杂交法分离粗枝大叶黄杨幼苗的冷诱导表达基因

 应用抑制差减杂交（suppression subtractive hybridization，SSH）方法，构建冷诱导表达的正向抑制差减cDNA文库，低温处理的幼苗为tester，常温处理为driver，通过cDNA宏阵列差异筛选cDNA文库，得到604个低温诱导或表达增强的候选克隆，对其中的84克隆进行DNA测序，去除冗余的cDNA，在GenBank中进行核酸和蛋白质同源性的比较和功能分析，共有36个单一序列，有 12 个cDNA未找到同源序列，可能为新基因，表明采用抑制差减杂交方法与cDNA宏阵列技术分离诱导表达的基因是可行的。     

金鱼头瘤形成相关基因差减文库的构建与分析

采用差减抑制杂交技术(SSH)以1龄红狮头金鱼(Carassius auratus)的头瘤组织为检测子(Tester),40日龄红狮头金鱼幼鱼的头顶上皮组织为驱动子(Driver),构建金鱼头瘤相关基因的差减cDNA文库。以鲫管家基因α-tubilin为参照检测差减效率,结果表明该文库差减效率达210倍,效率较高。随机挑选阳性克隆进行接头特异引物的PCR检测,结果表明插入片段均在0.1~2.0kb之间。利用斑点杂交对PCR检测结果为单一条带的阳性克隆进行筛选并测序,获得高差异性的有效序列93条。通过生物信息学方法对文库序列进行比对、分类和注释,发现若干结缔形成基因和原癌/抑癌基因等与金鱼头瘤形成相关的功能基因,表明cDNA文库构建成功。     

耐药淋球菌差异DNA消减文库的构建

为克隆和研究淋球菌耐药相关基因，分别从耐药性淋球菌菌株RSM292C4和WHO标准参考淋球菌株WHO-A细胞中提取DNA，用RsaⅠ酶切成400-600bp的片段。将酶切耐药菌株基因DNA片段分别与不同的接头连接，再与标准参考菌株DNA进行消减杂交及抑制性PCR检测，将所得PCR产物与克隆载体连接，构建差异DNA消减文库，并转染大肠杆菌进行文库扩增，获得2500个克隆。随机挑取96个制备质粒进行PCR检测，均扩增出100-600bp大小的片段。耐药淋球菌差异DNA消减文库的构建为进一步筛选、克隆耐药淋球菌特异的未知新基因奠定了基础。     

细菌性条斑病菌JH01诱导水稻抗病均一化差减文库的构建

[目的]构建细菌性条斑病菌诱导下的水稻抗病均一化差减c DNA文库,对获得的差异表达ESTs进行生物信息学及抗病相关基因的表达分析。[方法]以水稻IR26(Tester)和两优培九(Driver)幼苗5~6叶期叶片为材料,采用双链特异性核酸酶(DSN)介导的均一化消减杂交技术,构建细菌性条斑病菌JH01诱导的水稻抗病相关基因差减c DNA文库,以p LB-F和p LB-R为引物,通过菌液PCR扩增对差减文库的质量进行检测。[结果]c DNA文库的插入片段分布在0.5~2.0 kb,平均大小约为1.0 kb,重组率达95%。序列测定分析发现,随机挑取的504个克隆中有98条差异表达基因;经BLAST比对和GO注释发现,59条序列具有同源基因,分别参与信号转导、能量代谢、过敏性坏死反应、防卫反应等;另外39条序列无相似基因,有待进一步研究。通过实时荧光定量PCR发现,从该文库中分离得到的Os NDPK4参与细菌性条斑病菌JH01诱导的水稻防卫反应。[结论]水稻受细菌性条斑病菌侵染的c DNA文库质量较好,为研究条斑病菌致病性因子与水稻互作机制奠定基础。     

白粉病菌诱导的小麦抑制差减文库构建与杂交点阵膜制备

 以本实验室培育的抗白粉病品系“百农 32 17×Mardler”BC5F4为材料 ,构建了一个白粉病菌诱导的抑制差减杂交cDNA文库。建库过程质量分析表明 ,差减杂交效率较高 ,文库质量较好。文库滴度为 4 .2× 10 9cfu·ml-1;插入片段平均为 30 0bp左右。挑取文库阳性克隆 96 0个 ,扩增插入片段 ,将其制备成高密度杂交点阵膜。通过探针杂交检测表明 ,本研究制备点阵膜的方法简便可靠 ,获得的点阵膜可用于抗病相关基因的筛选研究     

鸡白痢和肠炎沙门氏菌抑制差减文库的构建与分析

应用抑制差减杂交技术(SSH)对鸡白痢沙门氏菌C79-13与肠炎沙门氏菌50041进行基因组片段的差异分析,构建鸡白痢沙门氏菌的差减文库。经Dot-blot筛选,并对部分片段进行测序和同源性分析。结果表明:这些序列主要分为3类,即型分泌系统相关序列、质粒转移相关序列、未知功能序列。其中2个差减片段与编码福氏志贺菌侵入质粒抗原IpaJ蛋白基因的同源性达50%。证明所构建的差减文库可为鸡白痢沙门氏菌特异性致病基因和其致病机理的研究提供重要的依据。     

抑制差减杂交法克隆小麦抗病基因相关片段研究

以YW642/中8601的F2代纯合的抗病和感病单株各10株提取DNA构建成近等基因池,以抗病池为试验方,以感病池为驱动方,进行抑制差减杂交(SSH),构建差减文库。结果表明,用差异筛选排除假阳性,得到8个阳性克隆;Southern杂交表明,克隆TSH-1具有抗病池特异性,且为寡拷贝或单拷贝序列;经测序,TSH-1长388bp,提交GenBank进行Blast比对,没有找到与之同源的序列。     

鹿结核病野毒株与卡介苗差异基因基因文库的构建

应用四碱基限制性内切酶对鹿结核病流行株和卡介苗基因组分别酶切,以鹿结核流行株酶切产物为testerDNA,卡介苗酶切产物为driver DNA,testerDNA接头连接后与driver DNA进行抑制性消减杂交。将获得的消减PCR产物与pMD-18连接,JM109感受态细胞,进行蓝白斑筛选。结果表明,RsaI酶切产生的酶切产物在0.1～2.0 kb之间,将消减PCR产物克隆后,挑取208个转化子,构建了鹿结核病流行株与卡介苗的差异基因文库。结果表明,应用抑制性消减杂交技术,构建鹿结核病流行株与卡介苗基因组差减文库,可为鹿结核病自然感染和卡介苗免疫的鉴别诊断及鹿结核病的综合防治奠定基础。     

绒山羊胚胎期和兴盛期皮肤毛囊差异表达基因研究

应用抑制性消减杂交技术成功构建了内蒙古绒山羊胚胎期和兴盛期皮肤毛囊的消减cDNA文库.从两个文库中分别随机挑取50个克隆测序分析,测序结果经Genbank同源性比对.表明在胚胎期消减cDNA文库中得到15个特异表达基因片段,包含1个未知新序列;在兴盛期消减cDNA文库中得到19个特异表达基因片段.包含2个未知新序列.     

利用抑制差减杂交筛选稻瘟菌继代接种菌株差异表达基因

稻瘟菌是重要的水稻病原微生物,通过各种变异机制提高自身对水稻的致病力.通过继代接种可使稻瘟菌发生适应性变异,从而增强致病力.为了解相关适应性变异的分子机制,利用稻瘟菌原始菌株与在水稻上继代接种的第四代菌株构建了抑制消减杂交文库.经过PCR验证及测序分析,共计获得168条EST非冗余序列.拼接后,Unigene的数量为110个.利用不同数据库,进行BLASTX分析,获得了与这些序列推测蛋白相似的功能蛋白,分析蛋白功能注释表明这些蛋白主要与合成和信号传导相关.GO分析表明相关蛋白涉及生命活动的多个方面,但主要集中于细胞生长发育、核酸结合及外界刺激的感知及传导.     

应用抑制性差减杂交技术分离椪柑枯水相关基因

【目的】探索椪柑枯水分子机理,寻找柑橘枯水应答基因,为柑橘枯水防治奠定基础。【方法】利用抑制性差减杂交技术以椪柑正常果肉cDNA作为Driver,以枯水果肉cDNA作为Tester构建正向差减文库。【结果】挑选了300个有效克隆进行测序分析,260个测序成功。经BLASTx比对分析,197条表达序列标签（ESTs）找到了分属于52个基因的同源序列;63条ESTs同源性较低或没有同源性。对文库中编码β-微管蛋白、衰老相关蛋白、细胞色素c、半胱氨酸蛋白酶、磷酸烯醇式丙酮酸羧激酶、转运蛋白、天冬氨酸蛋白酶前体、WRKY转录因子21的基因进行实时定量RT-PCR验证,结果显示这8个基因均明显上调表达。这些差异性表达基因主要涉及衰老、抗逆防御、几丁质和细胞壁代谢、蛋白降解等过程。【结论】通过构建椪柑果肉枯水正向文库,得到一些与枯水相关的基因,这些基因反映了果实对枯水的调控情况,可作为今后防治枯水病害的候选基因。     

小龙虾过敏原及其消减方法研究进展

小龙虾（克氏原螯虾）营养丰富,味道鲜美,但却有高致敏性。本文综述国内外有关水 产品包括虾类的过敏原及其表位的研究、小龙虾的过敏原检测、小龙虾过敏原的消减技术等方面 的研究进展,为进一步研究小龙虾的过敏原及其消减技术提供一定的参考。     

海洋红酵母耐盐cDNA文库的构建与序列分析

 利用消减杂交技术（SSH）构建了海洋红酵母耐盐cDNA文库,一共挑出270个克隆子,选取了25个克隆进行测序,经过Blast分析,初步认为有一个克隆是与耐盐相关的基因,2个属于未知基因,其余为核RNA。     

抑制性消减杂交技术在植物基因克隆中的应用

抑制性消减杂交(SSH)技术是近十年来才发展起来的一种克隆差异新基因的快速、高效的技术。本文通过与其他几种目前主要的差异基因分离技术的比较,介绍了SSH技术基本原理、基本过程及优缺点,并对SSH技术在植物基因研究应用上的最新进展进行评述。     

Identification of Differentially Expressed Genes in Sweetpotato Storage Roots Between Kokei No. 14 and Its Mutant Nongdafu 14 Using PCR-Based cDNA Subtraction

The contents of carotenoids in the storage root of sweetpotato, Ipomoea batatas (L.) Lam. vary dramatically among different cultivars. However, so far little is known about the regulation of carotenoids synthesis in sweetpotato. In our laboratory, we identified a novel sweetpotato mutant, Nongdafu 14, which is a homogenous mutant derived from the wild type Kokei No. 14. The contents of carotenoids in the storage root of Nongdafu 14 were analyzed using high performance liquid chromatography (HPLC), and it was found that the amount of carotenoids, b-carotene, lutein and zeaxantion, three major types of carotenoids in sweetpotato storage roots, increased 2–26 folds in Nongdafu 14 compared to Kokei No. 14. Suppression subtractive hybridization (SSH) was used to identify genes that were differentially expressed in Nongdafu 14, and a differentially expressed cDNA library was constructed using the cDNA of Nongdafu 14 storage roots as tester and that of Kokei No. 14 storage roots as driver. Out of the 1 530 clones sequenced, we identified 292 nonredundant ESTs. GO and KEGG analyses of these differentially expressed ESTs indicated that diverse metabolism pathways were affected and candidate genes involved in regulation of carotenoids synthesis are suggested.     

抑制性消减杂交技术在水产无脊椎动物中的应用

抑制性消减杂交技术(SSH)是近年来兴起的一种分离、克隆差异基因的新技术。系统阐述了该技术的原理和优缺点,综述了该技术在水产无脊椎动物差异表达基因筛选方面应用的研究进展,并对该领域面临的问题进行剖析。