亚洲黑熊四川亚种线粒体NADH脱氢酶亚基5和亚基6基因的克隆与初步分析

[目的]克隆与分析亚洲黑熊四川亚种线粒体NADH的脱氢酶亚基5和亚基6基因（ND5和ND6）。[方法]根据已报道的部分熊科动物ND5和ND6基因序列的相关信息设计引物,运用PCR技术,首次从亚洲黑熊四川亚种的肌肉组织总DNA中成功克隆了ND5和ND6基因的编码序列,分析了其序列特征,并与已报道的9种熊科动物进行比较分析。[结果]该克隆片段包括ND5和ND6两个基因共2456bp,共编码781个氨基酸,与9种熊科动物的ND5和ND6具有很高的同源性;该克隆片段ND5和ND6的蛋白分子量分别为68.2621和19.0386kDa,等电点分别为9.19和4.25,与9种熊科动物的均十分接近。[结论]四川黑熊与9种熊科动物的ND5和ND6基因及其编码蛋白具有很高的相似性,在功能上具有一致性,尤其与东北黑熊在功能上具有高度一致性。     

鲈形目线粒体DNA蛋白编码基因的适用性分析

[目的]对线粒体DNA 13种蛋白质编码基因的系统进化分析能力进行了评估。[方法]单个基因和基因拼接序列比较,综合考虑序列的信息量和邻位连接法构建系统进化树的置信度。[结果]按分类阶元不同将基因都分成不同的4等。在鲈形目的科间阶元,最好的为ND6和cox2 好的序列为ND5和ND4 ND4L、ND3和ATP8差 包括Cyt b、cox1在内的其余6种基因为中等 在属内种间阶元,最好的为ATP6和cox2 好的序列为ND2和cox1 ND6、ND3和ATP8差 包括Cyt b在内的其余6种基因为中等。另外,分析揭示序列长度的增加可以提高系统进化树的置信度,且属内物种间比较时序列长度的影响小于高级阶元。[结论]线粒体DNA蛋白质编码基因的信息分布具不均一性,需分类阶元选择最佳基因和组合。     

Cytb、12SrRNA基因进化速度对构建系统进化树的影响

[目的]论证线粒体Cytb和12SrRNA基因不同进化速率影响构建的系统树拓扑结构。[方法]从GenBank下载了蛇亚目12科15种蛇线粒体全序列,提取Cytb和12SrRNA基因序列,选用GTR＋I＋G核苷酸替代模型,基于最大似然法,用PAUP4.0软件分别构建2个基因的系统关系树。[结果]在选用相同的软件、建树方法和研究物种的情况下,构建的系统树拓扑结构差异主要是因为线粒体Cytb和12SrRNA基因进化速率不同产生的。[结论]在分子系统进化研究中,要针对不同的研究物种和研究目的,选择合适的基因构建系统进化树。     

赤眼鳟线粒体NADH脱氢酶6基因克隆及序列特征分析

[目的]根据赤眼鳟线粒体NADH脱氢酶6（ND6）基因序列分析不同种鱼类的分子进化关系。[方法]根据其他鱼类的线粒体ND6基因及侧翼序列设计引物,采用PCR扩增并克隆、测序赤眼鳟ND6基因,通过MEGA4．0Neighbor—Joining法分析不同鱼类的进化关系。[结果]赤眼鳟（Squaliobarbus curriculus）线粒体基因组ND6基因序列长度为522bp,编码173个氨基酸。该基因碱基组成为：A41．5％、C32．7％、G12．4％、T13．4％,其中A＋T含量（54．9％）高于G＋C含量（45．1％）。将赤眼鳟ND6基因序列与GenBank中其他11种鱼类ND6基因序列进行比对发现,赤眼鳟ND6核酸序列与团头鲂的同源性最高,为90．8％;与红点鲑鱼的同源性最低,为73．0％。赤眼鳟ND6氨基酸序列与其他物种ND6氨基酸进行比对发现,赤眼鳟与团头鲂同源性最高,为98．3％;与大黄鱼的同源性最低,为75．7％。以ND6氨基酸序列采用NJ法构建12种鱼类的系统发生树基本反映了它们的种间、属间和科间的关系。[结论]首次得到了赤眼鳟线粒体ND6基因序列,并确定了赤眼鳟与其他11种鱼类的分子进化关系。     

凭祥睑虎线粒体基因组序列测定与分析

采用PCR扩增方法测定了凭祥睑虎(Goniurosaurus luii)线粒体基因组全序列。经测序线粒体基因组全长16 519 bp,含有13个蛋白质编码基因、2个r RNA基因、22个t RNA基因和1个控制区。凭祥睑虎线粒体基因组碱基组成分别为A(34.11%)、T(27.43%)、C(26.01%)、G(12.45%)。除t RNA-Ser(AGY)外,其余21个t RNA基因的二级结构均为典型的三叶草结构。13个蛋白质编码基因中,7个基因(ND1、ND4、ND5、COⅡ、COⅢ、ATP8、ATP6)的起始密码子为ATG,2个基因(ND2、ND3)为ATA,2个基因(ND4L、Cytb)为ACA,剩余2个分别为ATC(COI)和GTG(ND6)。终止密码子一般都是TAA、AGA或者TAA,ND2、ND3、ND4、ND6、ATP6、COⅢ6个基因由不完全终止密码子终止(TA或T)。控制区全长1 147 bp,含有7个串联重复序列、6个终止相关序列TAS和2个保守序列(CBS-2,CBS-3)。     

细胞色素b基因标记绵羊种内亲缘关系的初步研究

[目的]从群体的角度,初步探讨细胞色素b（Cytb）基因标记绵羊种内亲缘关系。[方法]用PCR方法扩增出滩羊和洼地绵羊2个地方绵羊品种共112个个体的线粒体DNA（m tDNA）Cytb基因,用限制性内切酶EcoRΙ对其进行限制性长度多态性（RFLP）分析。[结果]在56个滩羊样品中,有51个个体检测到1个酶切位点,5个个体没有检测到切点,呈现出2种限制性态型。在56个洼地绵羊样品中均能检测到酶切位点,表现为1种限制性态型。[结论]受试绵羊品种线粒体DNA多态性较贫乏,且m tDNA Cytb基因在绵羊品种内、品种间都有很强的保守性。因此,Cytb基因标记绵羊种内亲缘关系有一定的局限性。     

应用线粒体基因序列分析虎的进化关系

【目的】研究华南虎Panthera tigris amoyensis、东北虎P.tigris altaica和孟加拉虎P.tigris tigris之间的进化关系.【方法】采用PCR扩增结合质粒测序的方法,获得东北虎、孟加拉虎和华南虎线粒体DNA COⅠ基因750 bp序列、COⅢ基因737 bp的序列和ND4基因561 bp的序列.使用DNAStar和DNAssit软件对这些序列进行碱基组成、序列间的转换/颠换值、遗传距离等分析.选择家猫Felis catus、猎豹Acinonyx jubatus及云豹Neofelis nebulosa的mtDNA作为外群,利用Mega 4.0采用邻接法重建华南虎、东北虎、孟加拉虎的进化关系树.【结果和结论】研究发现东北虎、孟加拉虎和华南虎线粒体DNA COⅠ、COⅢ和ND4基因变异位点较少,且华南虎同孟加拉虎、东北虎的遗传距离要大于孟加拉虎和东北虎的遗传距离;构建了华南虎、东北虎、孟加拉虎的COⅠ、COⅢ和ND4基因的基因树,通过对基因树分析可以得东北虎和孟加拉均是由华南虎进化而来的结论.     

辽宁绒山羊Cytb基因的克隆和序列测定

[目的]分析测定辽宁绒山羊Cytb基因序列,为我国山羊品种系统分类的进一步研究提供有益的探索。[方法]根据GenBank发表的山羊的m tDNA的核酸序列,结合软件设计一对引物,对辽宁绒山羊Cytb基因进行了克隆测序。[结果]序列长度为1 140 bp,A、T、G、C 4种核苷酸的平均含量分别为31.8%、26.8%、13.2%、28.3%,其中,A+T含量(58.6%)明显高于G+C含量(41.5%)。[结论]在系统发育研究中,Cytb基因是一个十分有效的标记。     

三角鲤线粒体基因组全序列测定及分析

[目的]三角鲤(Cyprinus multitaeniata)是我国具有重要经济价值的鱼类之一,了解三角鲤线粒体基因的结构和特点,为三角鲤的种群遗传多样性研究提供基础资料。[方法]采用26对引物扩增三角鲤的线粒体全基因,通过生物软件识别和分析各基因和非编码序列的位置和特点,并通过与GeneBank数据库已发表鲤科鱼类序列进行比较和构建系统发育树进行分析。[结果]三角鲤线粒体全基因总长度为16 573 bp,碱基含量A为32.2%、T为24.9%、C为27.3%、G为15.6%;包括37个编码基因(编码蛋白基因13个、tRNA基因22个和rRNA基因2个)和2个非编码序列区(O_L区和控制区)。13个蛋白编码基因中,COX1的起始密码子为GTG,其他均为ATG;终止密码子包括TAG(ATP8)、TA(COX3、ATP6)、T(ND2、COX2、ND3、ND4、Cty b)和TAA(ND1、COX1、ND4L、ND5、ND6)3种。22个tRNA基因中,除了tRNA^Ser(AGC)外其余都能折叠成典型的三叶草结构;三角鲤控制区序列可以识别出3个典型...     

贵州白山羊与湖南马头山羊mtDNA Cytb基因系列比较及系统进化研究

[目的]为了从核酸序列水平上分析2个山羊线粒体DNA Cytb基因的遗传多样性及系统发生地位。[方法]对贵州白山羊及马头山羊2个山羊品种,共计27个个体mtDNA Cytb基因片段进行测序分析和比较。[结果]26条山羊的Cytb基因序列均为1140bp的同源基因序列;总共发现12个变异住点,观察到10种单倍型;2个山羊品种中单倍型多样性为0．635％-0．889％,核苷酸多样度为0．189％～0．253％。[结论]2个山羊品种线粒体DNA遗传多态性为中等;贵州白山羊与湖南马头山羊同起源于胃石山羊。     

海鲢细胞色素b基因的序列分析

[目的]分析中国海鲢的分类地位。[方法]从浙江、海南和广东3个地区的4尾海鲢中提取DNA,测定其线粒体细胞色素b(Cytb)基因部分序列,结合GenBank中Elops hawaiensis、E.saurus和E.affinis的相关序列,采用Kimura 2-parameter模型计算各类群间的遗传距离,并以大海鲢为外类群,用邻接法构建系统发育树。[结果]海鲢Cytb 5′端646 bp同源序列中A+T的含量(51.9%)高于G+C含量(48.1%);变异位点有29个,其中单碱基变异位点24个,简约信息位点数为5;转换/颠换比>4.0。在分子系统树上,中国海鲢与E.hawaiensis以98%的自展置信值聚为一支,然后与E.saurus成姐妹群。中国海鲢与E.saurus和E.affinis遗传距离分别为0.013~0.015和0.034~0.035,处于3个已知种的种间水平,而与E.hawaiensis间遗传距离为0.000~0.004,比自身之间的遗传距离还要小。[结论]推测中国东南沿海的海鲢或为E.hawaiensis。     

绿头鸭线粒体ND2基因全序列测定及其研究

［目的］分析绿头鸭的系统进化关系。［方法］用PCR产物直接测序的方法,测得4只绿头鸭线粒体ND2基因全序列,结合GenBank中已公布河鸭属野鸭ND2基因全序列,基于N-J法和MP法构建河鸭属野鸭系统进化树。［结果］4只绿头鸭ND2基因序列完全一致,其全长为1 041 bp,碱基A、G、T、C含量分别为28.91%、13.35%、20.75%和36.98%,A＋T含量约等于C＋G 绿头鸭ND2基因序列与斑嘴鸭完全相同,与其他野鸭的同源性较高。系统进化树结果表明,绿头鸭与斑嘴鸭关系密切,两者共享一个单倍型,它们与棕颈鸭、针尾鸭及绿翅鸭同属于进化枝A。［结论］ 家鸭可能由绿头鸭和斑嘴鸭驯化而来。     

应用实时荧光PCR检测甜菜霜霉病菌

【目的】建立用于快速检测甜菜霜霉病菌Peronospora farinosa f．sp．betea Byford的SYBR GreenⅠ实时荧光PCR检测方法。【方法】根据已报道的P．farinosa f．sp．Betea Byford及近似种28S rDNA序列同源性比对结果,设计用于检测甜菜霜霉病菌的SYBR GreenⅠ实时荧光PCR检测引物。利用所建立的方法对包括P． farinosa f．sp．Betea在内的6种甜菜上的病原菌和5种其他霜霉病菌基因组DNA及12份甜菜种子样品进行检测,验证该方法的检测特异性、灵敏度及实用性。【结果】所建立的检测方法仅对甜菜霜霉病菌得到阳性扩增,其它参照菌株及阴性对照均无荧光信号扩增,准确排除了甜菜上其他5种病菌的干扰,其检测灵敏度显示最低限量为100 fg病菌DNA,应用该方法对不同来源的12份甜菜种子样品进行检测,田间监测结果一致。【结论】所建立的荧光检测方法能够对甜菜霜霉病菌进行快速筛查,为甜菜霜霉病菌的早期诊断和防控提供了一种技术手段。     

中国青凤蝶3个亚种的遗传变异分析

[目的]探讨中国青凤蝶(Graphium sarpedon Linnaeus)3个亚种的遗传变异。[方法]对青凤蝶3个亚种的COⅠ基因和EF-1α基因部分序列进行测定,并对序列的碱基组成、转换颠换数和遗传距离等进行分析。[结果]在测得的COⅠ基因(709 bp)和EF-1α(1 064 bp)基因中,有44个变异位点,6个简约信息位点,COⅠ基因A+T平均含量为69.3%,存在较强的含量偏向性,亚种间的遗传距离相差甚小。[结论]青凤蝶3个亚种之间没有明显序列差异,仍然适宜采用传统的基于形态学的青凤蝶亚种分类体系。     

利用ITS核酸序列分析鉴定海洋青霉菌

[目的]利用ITS核酸序列对6株根据形态学特征初步鉴定为青霉菌的海洋真菌进行鉴定。[方法]采用分子生物学技术,对6株样品的ITS序列进行克隆,并利用ClustalX1．83软件对结果进行系统发育分析。[结果]通过PCR克隆获得了6株样品的ITS序列,将结果与GenBank中已登陆的其他序列进行系统发育分析,确定了6株菌株均属于青霉菌属。[结论]该6株菌株均属于青霉菌属。     

基于线粒体16S rRNA基因探讨蜘蛛几个重要类群的系统发生关系

[目的]基于16S rRNA基因序列探讨蜘蛛几个重要类群系统发生关系。[方法]采用贝叶斯法、最大简约法、最大似然法对蜘蛛目（Araneae）6科2亚科蜘蛛的16S rRNA基因序列进行系统发育分析。[结果]隙蛛亚科Coelotinae是漏斗蛛科Agelenidae的一个亚科,隙蛛亚科＋漏斗蛛亚科是暗蛛亚科的姐妹群;红螯蛛属Cheiracanthium与管巢蛛属Clubiona之间的关系远于管巢蛛属与近管蛛科Anyphaenidae之间的关系。[结论]16S rRNA基因系统发生结果证实了隙蛛亚科和红螯蛛属的分类地位。     

利用通用引物检测天然宠物饲料中的动物源性成分

[目的]为天然宠物饲料的快速筛查和种类鉴定提供有效的技术支持.[方法]根据动物线粒体细胞色素b基因序列,设计1对通用引物,建立动物源性成分的检测方法.[结果]通过设计并合成通用引物、优化PCR反应体系及其条件,建立了1种检测样品中动物源性成分的简便、快速PCR方法.该检测方法灵敏度高,最低检测限可达0.001％.[结论]该检测方法操作简便、结果准确、灵敏度高,可作为天然宠物饲料中动物源性成分的鉴定方法之一.