土壤中梨火疫病菌实时荧光定量PCR检测及动态分析

【目的】利用实时荧光定量PCR检测土壤中梨火疫病菌(Erwinia amylovora)浓度，明确梨火疫病菌在土壤中的动态变化规律。【方法】2021年3—11月采集库尔勒市发病香梨园810份土壤样品，应用所建立的实时荧光定量PCR检测体系，测定土壤中的梨火疫病菌浓度，同时对梨园发病率及病情指数进行调查。【结果】土壤中梨火疫病菌浓度值变化趋势与梨园病情指数变化趋势一致，4—5月梨园病情指数快速升高至最高值，随着果树生长期延长，病情指数逐渐降低。土壤中梨火疫病菌浓度值从4月逐渐升高，6月平均浓度值为914 CFU·g-1,7月平均浓度值最高为965 CFU·g-1，随后逐渐降低；6月土壤带菌率为42.2%，浓度值≥103CFU·g^-1的土样13份；7月土壤带菌率为44.4%，浓度值≥10³CFU·g^-1的土样26份；6月、7月土壤中梨火疫病菌浓度显著高于4月、10月、11月，致病风险较高。【结论】6月和7月土壤中梨火疫病菌浓度值最高，主要与4月、5月大量病花病果掉落造成病原菌积累有关。加强花期病害防治和梨园病残体清理可有效降...     

向日葵茎溃疡病菌RPA检测方法的建立

向日葵茎溃疡病菌(Diaporthe helianthi)是我国进境植物检疫性病原真菌。本研究针对D.helianthi的cal基因保守序列设计特异性引物,建立该病菌的重组酶聚合酶扩增检测技术(RPA)方法,并对其特异性、灵敏度及适用性进行评价。结果显示,建立的RPA方法特异性强,只有3个D.helianthi样品能够检测到234 bp的目的片段;方法灵敏度达到0.1 ng/μL;从模拟带菌的种子中也能够成功检测到目标扩增片段。本研究建立D.helianthi的RPA检测方法具有较高的特异性和灵敏度,能够直接应用于种子带菌检测,适用于口岸进境向日葵籽的现场快速检测。     

不同引物PCR检测向日葵黑茎病菌的灵敏度比较及应用

为准确快速筛查进境油葵种子中携带的向日葵黑茎病菌Plenodomus lindquistii,采用常规PCR方法比较了3对向日葵黑茎病菌PCR检测引物320FOR/320RVE、LEPB/LEPF和LLF/LLR的灵敏度,对哈萨克斯坦进境120批油葵种子样品进行PCR检测,并对检测为阳性的样品进行产物序列测定及病原菌分离。结果显示,引物320FOR/320RVE的检测灵敏度最高,可达10-5ng/μL,引物LEPB/LEPF和LLF/LLR分别为10-4ng/μL和10-3ng/μL。利用引物320FOR/320RVE、LEPB/LEPF和LLF/LLR对120批进境油葵种子样品进行检测,阳性检出率分别为65%、50%和45%,阳性检出率高低与引物的检测灵敏度相一致。阳性样品扩增的产物序列与Gen Bank中向日葵黑茎病菌的序列同源性最高;分离的病原菌菌落为乳白色至灰白色,分生孢子器黑褐色、球形并产生透明状分生孢子液,分生孢子单胞、无色、肾型、两端有油球,与已报道的向日葵黑茎病菌的病原特征描述一致,初步鉴定哈萨克斯坦进境油葵种子中存在向日葵黑茎病菌。     

向日葵黑茎病菌分离鉴定及其RFLP分析

[目的]对新疆近期发生的向日葵黑茎病进行病原菌分离鉴定,并对该菌进行RFLP分析.[方法]用常规分离培养法从田间采集的向日葵黑茎病病株获得致病菌,观察该菌的形态学特征;用PCR法对该菌115区进行扩增和测序,并与向日葵茎点霉黑茎病菌进行分子比对,明确二者的同源性;选取10种限制性内切酶对该菌的ITS区PCR产物进行RFLP分析.[结果]该菌的形态学特征为茎点霉属真菌,与向日葵茎点霉黑茎病菌的同源性达到99;以上,说明该致病菌为向日葵茎点霉黑茎病菌Phoma helianthi Taberosi.通过RFLP分析确定了该病菌的酶切位点.[结论]该致病菌的形态学和分子生物学鉴定结果表明,向日葵黑茎病由向日葵茎点霉黑茎病菌引起.     

甜菜霜霉病菌形态鉴定及28S rDNA序列分析

[目的]利用形态学和分子生物学技术,对新疆甜菜霜霉病进行鉴定和基因序列分析.[方法]挑取甜菜叶片上霉层,对孢囊梗及孢子囊进行显微观察;提取甜菜霜霉病菌DNA,用卵菌纲通用引物NL1/NL4进行PCR扩增、序列测定、同源性比较.[结果]显微观察到的病原菌孢囊梗及孢子囊与已报道的甜菜霜霉病菌形态一致;PCR扩增28S rDNA末端序列为801 bp,Genbank比对结果显示该段序列与霜霉属粉霜霉菌(Peronospora farinose)最为接近,同源率在99;以上,与霜霉属主要典型株系同源性均在90;以上.[结论]显微形态观察和分子生物学鉴定结果一致,该病原菌属霜霉属,粉霜霉.     

基于DPO引物的SYBR Green I实时荧光RT-PCR检测葡萄卷叶伴随病毒3号

葡萄卷叶病是葡萄上一种重要的病毒病,在国内分布较为普遍,引起该病的葡萄卷叶伴随病毒(Grapevine leafroll-associated virus,GLRaV)是由多种病毒单独或复合侵染造成.已报道的GLRaVs至少有5种,其中GLRaV-3是葡萄卷叶病毒属Ampleovirus典型成员(Ling et a1.,2004).目前,检测GL-RaV-3的方法主要有指示植物法、酶联免疫吸附法、分子生物学检测法等,而这几种技术均存在不足.SYBR Green Ⅰ实时荧光RT-PCR技术关键要避免引物之间、引物与其它模板之间的非特异性互作干扰.由于DPO引物自身以及引物之间很少形成二级结构且对退火温度不敏感等特点(Chun et al.,2007),因此,本研究结合SYBR Green和DPO引物的各自优点,建立一种特异性强、灵敏度高的GL-RaV-3检测方法,以期为葡萄卷叶病毒的快速检测及预防提供技术支持.     

利用小RNA深度测序技术从新疆葡萄上检出8种病毒

正Kreuze et al(.2009)发现病毒特异的小RNA(small RNA,sRNA)为多拷贝的重叠序列,推测可通过深度测序技术获得病毒的大量sRNA序列,经拼接和比对分析后能高效鉴定病毒种类。目前,利用sRNA深度测序技术已在作物和昆虫上发现多种病毒(Liu et al.,2011;He et al.,2015)。2013年本课题组在葡萄病害调查过程中发现,伊犁州部分地区的葡萄在种植4~5年后,叶片黄化、变小,整个植株矮化,座果     

基于重组酶聚合酶扩增技术(RPA)的葡萄卷叶伴随病毒3号检测方法

[目的]建立一种快速、灵敏的重组酶聚合酶扩增技术(RPA)检测葡萄卷叶伴随病毒3(Grapevine leaf-roll-associated virus3,GLRaV-3)方法.[方法]根据GLRaV-3已测序和已报道的HSP7O基因(Heat shock protein 70)保守序列,设计用于RPA检测的特异性引物,建立GLRaV-3的RPA检测方法,并对其特异性和灵敏度进行验证.[结果]建立RPA检测方法能够从GLRaV-3带毒株中检测到约380 bp的特异性条带,仅需在37℃下恒温反应40 min,无需特殊的仪器设备,经特异性评价特异性好,且该方法与普通PCR检测灵敏度基本一致.[结论]建立的RPA检测方法特异性强、灵敏度高,无需特殊的仪器设备,适合GLRaV-3的快速检测方法.     

应用实时荧光PCR检测甜菜霜霉病菌

【目的】建立用于快速检测甜菜霜霉病菌Peronospora farinosa f．sp．betea Byford的SYBR GreenⅠ实时荧光PCR检测方法。【方法】根据已报道的P．farinosa f．sp．Betea Byford及近似种28S rDNA序列同源性比对结果,设计用于检测甜菜霜霉病菌的SYBR GreenⅠ实时荧光PCR检测引物。利用所建立的方法对包括P． farinosa f．sp．Betea在内的6种甜菜上的病原菌和5种其他霜霉病菌基因组DNA及12份甜菜种子样品进行检测,验证该方法的检测特异性、灵敏度及实用性。【结果】所建立的检测方法仅对甜菜霜霉病菌得到阳性扩增,其它参照菌株及阴性对照均无荧光信号扩增,准确排除了甜菜上其他5种病菌的干扰,其检测灵敏度显示最低限量为100 fg病菌DNA,应用该方法对不同来源的12份甜菜种子样品进行检测,田间监测结果一致。【结论】所建立的荧光检测方法能够对甜菜霜霉病菌进行快速筛查,为甜菜霜霉病菌的早期诊断和防控提供了一种技术手段。