鸡mir-1644基因“seed”区的T＞C多态分析

 【目的】观察“seed”区T＞C多态对鸡mir-1644基因“茎环”结构和靶基因选择的影响，分析其在不同鸡群的遗传分布，为揭示其对mir-1644表达调控的影响及表型效应奠定基础。【方法】利用mfold和miRanda软件进行mir-1644二级结构模拟和靶基因预测，采用引入酶切位点RFLP技术对6个鸡群的179个个体进行基 因型检测。【结果】①T→C突变可导致pre-mir-1644空间构型和自由能改变，稳定性降低；②预测到21个mir-1644-T和mir-1644-C基因差异调控的靶基因。③在汶上芦花鸡群体内以C等位基因为优势基因，与其它鸡间的基因型分布存在显著差异（P＜0.01）。【结论】“seed”区T＞C 突变可能干扰或破坏mir-1644基因的表达调控，且CC基因型可能与汶上芦花鸡某些表型变异有关。     

鸡BCO2基因功能性单核苷酸多态性的生物信息分析

旨在筛选鸡BCO2基因中具有潜在生物学功能的同义单核苷酸多态性(nonsynonymous single nucleotide polymorphisms,nsSNPs)。从SNP数据库中检索出8个BCO2基因nsSNPs,利用SIFT、PolyPhen-2、PANTHER和PROVEAN方法分析引起的氨基酸替换是否可能影响BCO2的功能预测。进一步对鸡BCO2基因编码的氨基酸序列进行翻译后修饰位点预测以及进化位点保守性预测;使用SWISS-MODEL构建了BCO2野生型以及突变型蛋白质的空间结构。结果表明:3个nsSNPs (rs739117331、rs735703078和rs736211538)可能严重影响BCO2蛋白功能。     

奶牛OLR1 3′UTR A223C多态的生物学信息分析

[目的]探索氧化型低密度脂蛋白受体OLR1 3＇UTR A223C多态与奶牛乳脂率高低紧密关联的分子机制。[方法]用miRanda（1.0）软件装载牛microRNA数据库,预测OLR1 3＇UTR潜在的microRNA。[结果]共预测16个microRNA靶标,OLR1 3＇UTR A223C突变定位于bta-miR-370靶标种子序列的互补区。[结论]由于OLR1 3＇UTR A→C突变导致bta-miR-370靶标的消失,为OLR1 3＇UTR A223C多态与奶牛乳脂率高低紧密关联的分子机制深入研究提供依据。     

鸡microRNA基因“seed”区4个SNPs的群体遗传分布

采用CRS-RFLP技术研究了rs14076349、rs16681032、rs14934924和rs16681031共4个SNPs位点在蛋肉兼用型、蛋用型和药用观赏型3种经济类型的6个鸡群的遗传多样性。结果表明:rs16681032在所有鸡群中未检测到变异,rs16681031、rs14934924和rs14076349位点具有较高的次等位基因频率,分别为0.4553、0.1173和0.3296。兼用型鸡与药用观赏型鸡在rs16681031位点的基因频率分布差异显著(P<0.05);兼用型鸡与蛋用型鸡在rs14934924位点的基因频率分布差异极显著(P<0.01);rs14076349位点在所有经济类群间的基因频率分布差异极显著(P<0.01)。根据基因频率信息进行聚类分析,大致可将6个鸡群分为3类,聚类结果反映出不同鸡种microRNAs调控通路的差异。研究结果表明,鸡种系特异性microRNA基因可能受到正选择的影响而存在加速进化现象,其"seed"区SNPs位点在不同鸡种的经济表型的形成中可能发挥着重要作用。     

鸡mir-1658前体基因多态性分析

【目的】研究鸡gga-mir-1658前体区基因遗传变异/单倍型及其在品种间的分布,分析其对micro RNA二级茎环结构和靶基因选择的影响,旨在筛选其中具有潜在生物学功能的变异位点,为进一步揭示其对gga-mir-1658基因表达调控的影响及表型效应奠定基础。【方法】根据鸡gga-mir-1658基因组序列(Gen Bank登录号:NR_035151.1)设计一对特异性引物,采用PCR产物直接测序的方法,对太行鸡(95只)、北京油鸡(83只)和来航鸡(42只)3个鸡种220只个体的gga-mir-1658基因前体区进行多态性检测。使用DNAman、MEGA和mfold软件进行pre-gga-mir-1658基因组序列的比对分析和二级结构模拟。通过SHEsis软件和Haploview软件进行配对连锁不平衡分析和单倍型分析。使用mi Randa软件对gga-mir-1658的靶基因及其复合物自由能变化进行预测分析。【结果】在pre-gga-mir-1658基因共发现6个变异位点,其中次要等位基因频率≥5%位点有g.28 CG、g.31CT、g.70 GA和g.71 G–,4个变异位点均定位于gga-mir-1658基因成熟体的种子区。遗传变异特征分析显示,g.70 GA位点表现为低度多态(PIC0.25),其余3个位点均表现为中度多态(0.25PIC0.50)。适合性检验表明,除了来航鸡的g.31 CT、g.71 G–位点、太行鸡的g.71 G–位点以及北京油鸡的g.70 GA位点之外,其他变异位点在各鸡种均处于哈代-温伯格平衡状态(P0.05)。连锁不平衡和单倍型分析表明,各突变位点之间存在弱连锁平衡;从3个品种鸡中共检测到11种单倍型,其中H1(C C G–)和H11(G T G G)是群体的优势单倍型,频率均大于25%。生物信息学分析表明,种子区的突变可影响gga-mir-1658基因前体二级结构的空间构型和自由能,其中H6单倍型突变体的自由能最高(41.00 kcal·mol-1),H2和H5单倍型突变体的自由能最低(35.70 kcal·mol-1);群体的优势单倍型H1和H11突变体的自由能分别为-36.10和40.04 kcal·mol-1。gga-mir-1658基因不同单倍型成熟体种子区序列存在差异,在gga-mir-1658-5p存在"AUACCAU"、"AUACCAC"2种种子区序列,gga-mir-1658-3p共有"AACUCUG"、"AGCUGUG"、"AACUGUG"和"AGCUCUG"4种种子区序列。针对gga-mir-1658的预测靶基因的生物信息学分析显示,它们主要在基因表达调控、细胞凋亡、免疫系统的发育和B细胞激活等基本生物学过程中显著富集;此外,种子区变化可以影响gga-mir-1658成熟体对靶基因的选择。【结论】(1)gga-mir-1658基因种子区存在4个具有潜在生物学功能和表型效应的突变位点,可组成11种单倍型,其中H1(C C G–)和H11(G T G G)在北京油鸡、太行鸡和来航鸡为优势单倍型。(2)种子区突变影响gga-mir-1658基因前体二级结构的稳定性和靶基因的选择,可能是具有潜在表型效应的重要功能位点。     

驴生长激素基因的克隆与分析

 【目的】克隆驴生长激素基因DNA和cDNA的全序列,分析其序列和cDNA编码的蛋白序列特征及其在不同物种中的遗传差异。【方法】根据不同物种同一基因序列的同源性比对结果设计引物,应用RT-PCR和PCR 技术克隆基因,用生物信息学方法对获得的DNA和cDNA及推定的氨基酸序列进行分析。【结果】从驴肝组织和血液中分别得到驴GH基因全序列1 928 bp和包括完整的编码区的cDNA序列706 bp,两者序列比对后证明驴GH基因DNA序列由5个外显子和4个内含子组成,编码216个氨基酸的GH前体蛋白,其中包括26个氨基酸的信号肽和190个氨基酸的成熟肽。序列比较结果表明,驴GH基因的序列与马同源性最高,启动子不是哺乳动物的典型TATA盒,而是CATA盒,该基因在进化过程中是保守的。【结论】从驴肝组织和血液中克隆了GH基因DNA和cDNA,DNA序列在1 267位的C→G可能影响到驴和马生长发育的差异,为下一步驴GH基因的表达调控、进化和多态性分析奠定了基础。     

鸡TLR3、TLR4和TLR21单核苷酸多态性的生物信息分析

试验旨在筛选鸡TLR3、TLR4和TLR21基因中的功能性nsSNPs。利用SIFT、PolyPhen-2、PANTHER、PMut和PROVEAN五种软件方法分析引起的氨基酸替换nsSNPs是否可能影响基因的功能。进一步对三个基因氨基酸序列进行翻译后修饰位点及进化位点保守性的预测,使用easymodeller和SWISS-MODEL构建了其野生型及突变型蛋白质的空间结构,并计算突变前后的RMSD。结果表明:TLR3的K240T、T767S、D849N,TLR4的F427V、K714R和TLR21的T455A、Y553H、L602P、W926S可能严重影响蛋白质的结构功能。     

谈蟹苗培育的代用饵料——浮游动物

河蟹育苗的关键是饵料、水温、水质三大要素。纵观报刊报道内容，论述水质、水温偏多，对饵料阐述不够。投喂淡水浮游动物育蟹苗，可以降低饵料成本，便于调控水质，减少换水量，提高青苗成活率，减轻劳动强度。众所周知，河蟹本性贪食好斗，有互相残食习性。尤其渔幼w期开始，食量逐渐大增，饵料不足或不适口，势必出现相互残杀，从而降低了成活率。蟹苗以动物性饵料为主，在丰年虫价昂、培育卤幼增加水体成本情况下，加大常现代用饵料量，因不适口或过剩，则污染了水体，增加病害，死亡率高。若加大换水量调节水质，水温则降低。要增温，…     

鸡 CVH启动子调控的绿色荧光蛋白报告载体的构建及鉴定

探索建立一种用绿色荧光蛋白对鸡原始生殖细胞进行标记分离的方法.克隆并测序鸡原始生殖细胞特异表达基因cvh1.6kb启动子序列.序列分析表明它含有类似于TATAbox和CAATbox的元件,在其远端上游区域还有多个GC富含区.将cvh基因启动子亚克隆到绿色荧光蛋白表达栽pegfp-1的多克隆位点,成功构建表达栽体pcvh-egfp.重组质粒在脂质体Lipofectamine<''TM>2000介导下分别转染鸡X期胚盘细胞和鸡胚成纤维细胞,并于转染后12h在荧光显微镜下观察转染效果.实验结果显示:在胚盘细胞转染后12h可观测到绿色荧光表达,转染后24h荧光细胞增多,细胞形态均呈圆形、体积较大;在鸡胚成纤维细胞未检测到gfp表达.实验结果说明,由cvh基因启动子控制下的gfp可在X期胚盘细胞特异表达,为利用流式分离技术PGCs标记分离、纯化研究奠定基础.     

寒温带半干旱地区沙棘育苗技术

1 播种育苗 1.1 育苗地的选择 育苗地应选择地势较平坦,土壤通透性好、有水源、交通便利的地方,最好是沙质壤土.