山东主要绵羊品种线粒体细胞色素b的多态性研究

本文测定了小尾寒羊、大尾寒羊、洼地绵羊3种动物415bp的线粒体DNA细胞色素b基因片段，共发现7个变异位点，变异率为1．15％。结果显示：山东3个绵羊品种平均差异为0．0115，线粒体DNA多态性相对贫乏．洼地绵羊与大尾寒羊亲缘关系最近．与小尾寒羊的亲缘关系较远，推测三个品种具有共同母系祖先。     

贵州白山羊与湖南马头山羊mtDNA Cytb基因系列比较及系统进化研究

[目的]为了从核酸序列水平上分析2个山羊线粒体DNA Cytb基因的遗传多样性及系统发生地位。[方法]对贵州白山羊及马头山羊2个山羊品种,共计27个个体mtDNA Cytb基因片段进行测序分析和比较。[结果]26条山羊的Cytb基因序列均为1140bp的同源基因序列;总共发现12个变异住点,观察到10种单倍型;2个山羊品种中单倍型多样性为0．635％-0．889％,核苷酸多样度为0．189％～0．253％。[结论]2个山羊品种线粒体DNA遗传多态性为中等;贵州白山羊与湖南马头山羊同起源于胃石山羊。     

宁夏滩羊FSHR基因多态性研究

[目的]研究宁夏滩羊卵泡刺激素受体（FSHR）基因的多态性,为其繁殖提供理论基础。[方法]采用聚合酶链式反应-限制性片段长度多态性方法（PCR-RFLP）,对该群体111只健康滩母羊FSHR基因多态性进行检测。[结果]扩增出306 bp目的片段,PCR产物被限制性内切酶AluI消化后表现出多态性,共检测到3种基因型：GG、CG和CC。其中GG型15个,基因型频率为0.135 1;CG型74个,基因型频率为0.666 7;CC型22个,基因型频率为0.198 2。等位基因G的基因频率为0.468 5,而等位基因C的基因频率为0.531 5。[结论]宁夏滩羊FSHR基因具有多态性。     

蒙古羊线粒体DNA限制性片断长度多态性研究

用ＡｐａⅠ等１５种识别６碱基的限制性内切酶研究了２０只蒙古羊的ＲＦＬＰ。结果表明,在所研究的个体中共检测到３２个酶切位点,１６种限制性态型,其中Ｂｇ１Ⅰ表现出多态,ＸｈｏⅠ无切点。１６种限制性态型可归结为２种基因单倍型,即单倍型Ⅰ（Ｂｇ１Ⅰ－Ａ）、单倍型Ⅱ（ＢｇⅠ－Ｂ）。线粒体ＤＮＡ多态度π值为０．０１３％,表明蒙古羊线粒体ＤＮＡ多态性比较贫乏。     

中国5个牛种leptin基因外显子3的多态性分析

利用改进的DNA提取方法和PCR-RFLP技术,对南阳牛、秦川牛、西镇牛、鲁西牛(地方黄牛品种)和荷斯坦奶牛等5个牛品种的263头个体lep tin基因外显子3多态性进行了分析。结果表明,牛lep tin基因外显子3长度为330 bp,存在H aeⅢ和Ap aⅠ限制性内切酶的酶切位点,但在这2个酶切位点上无多态性,2种酶酶切片段长度均为70 bp和260 bp。说明牛lep tin基因外显子3在H aeⅢ和Ap aⅠ2个酶切位点上具有保守性。     

4个猪种线粒体DNA D-loop区PCR-RFLP分析

对野猪、民猪、大白猪和杜洛克共4个猪种的线粒体DNA D-loop用25种限制性内切酶进行了PCR-RFLP分析.结果表明:野猪在EcoR I酶切位点存在多态性,民猪和大白猪在Hinf I酶切位点存在多态性,Taq I在猪种间存在多态性.本研究认为猪线粒体DNA D-loop酶切多态性丰富,但尚不能用于猪的品种鉴定.     

辽宁绒山羊Cytb基因的克隆和序列测定

[目的]分析测定辽宁绒山羊Cytb基因序列,为我国山羊品种系统分类的进一步研究提供有益的探索。[方法]根据GenBank发表的山羊的m tDNA的核酸序列,结合软件设计一对引物,对辽宁绒山羊Cytb基因进行了克隆测序。[结果]序列长度为1 140 bp,A、T、G、C 4种核苷酸的平均含量分别为31.8%、26.8%、13.2%、28.3%,其中,A+T含量(58.6%)明显高于G+C含量(41.5%)。[结论]在系统发育研究中,Cytb基因是一个十分有效的标记。     

山东省地方绵羊品种的mtDNA D-loop序列多态性及系统进化研究

为了进一步了解山东省绵羊起源、群体遗传结构、群体遗传关系,利用线粒体DNA(mtDNA)分析了小尾寒羊、大尾寒羊、洼地绵羊3个地方绵羊品种(群体)的遗传多样性和起源进化。通过PCR和测序技术测定了3个绵羊群体82个个体的线粒体D-loop 1182 bp全序列,采用DnaSP 5.0进行多态性分析,并利用MEGA 5.05的邻接法(NJ)构建系统发育树。结果显示,3个绵羊群体mtDNA D-loop碱基组成:A、T、G、C平均含量分别为32.88%、29.33%1、8.28%、19.50%,A+T含量明显高于G+C含量;碱基突变以转换为主,说明绵羊线粒体碱基替换存在转换偏倚现象。mtDNA D-loop区的核苷酸多样度分别为0.03240、0.02455和0.03172;单倍型多样度分别为0.9710、.728和0.932,表明小尾寒羊和洼地绵羊mtDNA D-loop区具有较高的多态性,遗传资源相当丰富,大尾寒羊相对较低,需要加强资源保护。构建的NJ系统发育树表明3,个绵羊品种内、品种间存在基因交流,品种间存在共同的起源。     

绵羊mtDNA COⅠ基因作为DNA条形码鉴定品种及系统进化可行性分析

以山东小尾寒羊、洼地绵羊、苏尼特羊、河北小尾寒羊和湖羊为研究对象,采用测序方法获得线粒体DNA(mtDNA)COⅠ基因序列,利用COⅠ基因片段(58~705bp)进行群体遗传学和遗传多样性分析,探讨mtDNACOⅠ基因作为DNA条形码基因鉴定不同绵羊品种和系统进化的可行性。结果表明:不同绵羊种群间相似性较高(99.1%~100.0%),就种群的单倍型及分布特点而言,河北小尾寒羊7只个体有独立单倍型,但每个单倍型仅有1只个体,未发现某个种群的特有单倍型,说明COⅠ基因(58~705bp)不适于上述种群的鉴别。系统进化树分析结果表明,河北小尾寒羊与洼地绵羊先聚在一起,然后与湖羊聚在一起,再与苏尼特羊、滩羊、山东小尾寒羊聚在一起,最后与阿勒泰羊聚在一起,该结果与这些种群的历史迁徙、种群演化一致。COⅠ基因片段(58~705bp)可用于绵羊系统进化分析,但不适于作为DNA条形码序列用于不同绵羊种群鉴定,有待于扩大品种数量和群体数量进一步验证。     

线粒体ND5·Cytb部分序列在虎物种鉴定中的应用

[目的]根据线粒体ND5、Cytb基因部分序列,对送检的4件疑似虎的样品进行物种鉴定。[方法]利用PCR法,扩增样品的线粒体ND5、Cytb基因部分序列,对目的片段测序,通过blast比对,确定物种。[结果]4个样品的物种来源均为虎,但无法确认其亚种。[结论]虎亚种间的线粒体差异很小,并且存在不同亚种杂交的情况,只根据线粒体基因难以进行亚种鉴定。     

五个地方绵羊品种FAS基因3′-UTR区单核苷酸多态性研究#br#

【目的】探究脂肪酸合成酶（FAS）基因3′端非翻译区（3′-UTR）在绵羊地方品种中的遗传多态性,为进一步揭示地方绵羊品种间遗传分化、开展肉质性状的关联分析和表达调控等研究提供依据。【方法】采用PCR-SSCP和DNA测序技术对兰州大尾羊（38只）、滩羊（58只）、甘加羊（40只）、欧拉羊（30只）和乔科羊（39只）五个地方绵羊品种205只个体的脂肪酸合成酶（FAS）基因3′-UTR进行单核苷酸多态性（SNPs）检测和遗传多态性分析。【结果】在这五个地方绵羊品种的FAS基因3′-UTR区中,有951位点和1 005位点2个多态位点;两位点分别存在AA、Aa、aa和EE、Ee、ee各三种基因型,而aa和ee基因型未检测到;AA和EE基因型频率高于Aa和Ee基因型频率,基因型AA和EE为优势基因型;A和E两个等位基因频率高于a和e等位基因频率,为优势等位基因。适合性检验表明,这5个地方绵羊品种在951位点和1 005位点均处于Hardy-Weinberg平衡状态。独立性检验表明：在951位点,兰州大尾羊与滩羊、欧拉羊、甘加羊和乔科羊之间表现为差异显著（0.01＜P＜0.05）;滩羊与欧拉羊、甘加羊和乔科羊之间表现为差异极显著（P＜0.01）;欧拉羊、甘加羊和乔科羊,甘加羊与乔科羊均表现为差异不显著（P＞0.05）;在1 005位点兰州大尾羊、滩羊、欧拉羊、甘加羊和乔科羊品种之间均表现为差异不显著（P＞0.05）。测序结果表明,951位点在FAS基因在其转录产物mRNA的 951位所对应处有一处C→T突变;1 005位点在FAS基因在其转录产物mRNA的1 005位所对应处有一处A→G突变。FAS基因mRNA二级结构预测结果显示：951位点的突变能导致其二级结构发生了明显的改变,而1 005突变不会改变其二级结构。【结论】五个地方绵羊品种在FAS基因3′-UTR区有951位点（C→T）和1 005位点（A→G）两个SNPs,2位点均处于Hardy-Weinberg平衡状态;基因型频率分布的独立性检验结果表明,在951位点,兰州大尾羊与滩羊、欧拉羊、甘加羊和乔科羊之间表现为差异显著（0.01＜P＜0.05）;滩羊与欧拉羊、甘加羊和乔科羊之间表现为差异极显著（P＜0.01）;欧拉羊与甘加羊和乔科羊、甘加羊与乔科羊均表现为差异不显著（P＞0.05）;在1 005位点兰州大尾羊、滩羊、欧拉羊、甘加羊和乔科羊品种之间均表现为差异不显著（P＞0.05）。     

五个地方绵羊品种FAS基因3′-UTR区单核苷酸多态性研究

【目的】探究脂肪酸合成酶(FAS)基因3′端非翻译区(3′-UTR)在绵羊地方品种中的遗传多态性,为进一步揭示地方绵羊品种间遗传分化、开展肉质性状的关联分析和表达调控等研究提供依据。【方法】采用PCR-SSCP和DNA测序技术对兰州大尾羊(38只)、滩羊(58只)、甘加羊(40只)、欧拉羊(30只)和乔科羊(39只)五个地方绵羊品种205只个体的脂肪酸合成酶(FAS)基因3′-UTR进行单核苷酸多态性(SNPs)检测和遗传多态性分析。【结果】在这五个地方绵羊品种的FAS基因3′-UTR区中,有951位点和1005位点2个多态位点;两位点分别存在AA、Aa、aa和EE、Ee、ee各三种基因型,而aa和ee基因型未检测到;AA和EE基因型频率高于Aa和Ee基因型频率,基因型AA和EE为优势基因型;A和E两个等位基因频率高于a和e等位基因频率,为优势等位基因。适合性检验表明,这5个地方绵羊品种在951位点和1005位点均处于Hardy-Weinberg平衡状态。独立性检验表明:在951位点,兰州大尾羊与滩羊、欧拉羊、甘加羊和乔科羊之间表现为差异显著(0.01P0.05);滩羊与欧拉羊、甘加羊和乔科羊之间表现为差异极显著(P0.01);欧拉羊、甘加羊和乔科羊,甘加羊与乔科羊均表现为差异不显著(P0.05);在1005位点兰州大尾羊、滩羊、欧拉羊、甘加羊和乔科羊品种之间均表现为差异不显著(P0.05)。测序结果表明,951位点在FAS基因在其转录产物mRNA的951位所对应处有一处C→T突变;1005位点在FAS基因在其转录产物mRNA的1005位所对应处有一处A→G突变。FAS基因mRNA二级结构预测结果显示:951位点的突变能导致其二级结构发生了明显的改变,而1005突变不会改变其二级结构。【结论】五个地方绵羊品种在FAS基因3′-UTR区有951位点(C→T)和1005位点(A→G)两个SNPs,2位点均处于Hardy-Weinberg平衡状态;基因型频率分布的独立性检验结果表明,在951位点,兰州大尾羊与滩羊、欧拉羊、甘加羊和乔科羊之间表现为差异显著(0.01P0.05);滩羊与欧拉羊、甘加羊和乔科羊之间表现为差异极显著(P0.01);欧拉羊与甘加羊和乔科羊、甘加羊与乔科羊均表现为差异不显著(P0.05);在1005位点兰州大尾羊、滩羊、欧拉羊、甘加羊和乔科羊品种之间均表现为差异不显著(P0.05)。     

绵羊BMP15基因FecXL突变的检测

【目的】旨在寻找与产羔数相关的遗传标记,为绵羊高繁殖力的标记辅助选择提供科学依据。【方法】以控制Lacaune绵羊高繁殖力的骨形态发生蛋白15(bonemorphogenetic protein15,BMP15)基因为候选基因,采用PCR-SSCP方法在绵羊(Ovisaries)高繁殖力品种(小尾寒羊和湖羊)和低繁殖力品种(多赛特、特克塞尔、考力代、杜泊、南非肉用美利奴和中国美利奴绵羊)中检测BMP15基因的FecXL突变,同时研究该基因突变对小尾寒羊和湖羊高繁殖力的影响。【结果】这8个绵羊品种都没有发生与Lacaune绵羊相同的FecXL突变(C53Y)。【结论】BMP15基因中影响Lacaune绵羊高繁殖力的突变位点对小尾寒羊和湖羊的高繁殖力都没有显著影响。     

基于线粒体细胞色素b基因序列的骨舌鱼科鱼类分子系统发育的研究

为阐明骨舌鱼科鱼类的遗传结构和进化关系,测定了美丽硬仆骨舌鱼Scleropages formosus的3个品种金龙(Gold arowana)、红龙(Red arowana)、青龙(Green arowana)细胞色素b(cyt b)基因全序列(1 141 bp),结合来自GenBank中珍珠龙Scleropages leichardti、星点珍珠龙S.jardini、非洲龙Heterotis niloticus、黑龙Osteoglossum ferrerirai、银龙O.bicirrhosum、海象Arapaima gigas的全序列,用邻接法(NJ)和最大简约法(MP)构建分子系统树,初步分析了骨舌鱼科鱼类的系统发育关系.NJ树和MP树均一致表明,骨舌鱼类为单系类群,分为4支,支持骨舌鱼科下设4个属(坚体鱼属Scleropages、异耳鱼属Heterotis、骨舌鱼属Osteoglossum、巨骨舌鱼属Arapaima)阶元的分类系统,4个属的系统关系与其形态、生态特征表型进化和地理分布较为一致.而金龙、红龙和青龙的mtDNA Cytb的碱基差异小于1%,说明这3个龙鱼品种还在同一种的水平上.     

绵羊Izumo1基因多态性及其与产羔数关联分析

为研究Izumo1基因多态性及与产羔数关系,本研究利用PCR和直接测序法对小尾寒羊和苏尼特羊的Izumo1基因DNA序列进行扩增、测序和BLAST分析,并和本课题组前期绵羊重测序数据进行比对,筛选出Izumo1基因SNP位点。同时,采用Sequenom MassARRAY~?技术进行基因分型,并对其SNP位点的基因型和等位基因频率在各群体中的分布进行研究。结果表明:小尾寒羊Izumo1基因DNA全长序列3 385 bp,苏尼特羊Izumo1基因DNA全长序列3 382 bp;筛选出8个Izumo1基因SNP位点,经过初步筛选,将在小尾寒羊、苏尼特羊、滩羊、萨福克羊、杜泊羊、草原藏羊这6个绵羊品种中位点分布没有差异的SNP位点排除,最终筛选获得的g.54412135AG和g.54412107CA 2个位点。Izumo1基因g.54412135AG位点在多羔和单羔绵羊品种中存在GG、GA和AA 3种基因型,G基因为优势等位基因;g.54412107CA在多羔品种中存在CC和CA 2种基因型,而在单羔品种中存在CC、CA和AA 3种基因型,C基因为优势等位基因,其基因型频率和基因频率在单、多羔绵羊群体间的分布差异均极显著(P0.01);群体遗传学分析得出g.54412135AG多态位点在6个品种中的多态信息含量(PIC)都属于低度多态(PIC0.25);g.54412107CA多态位点在杜泊羊中属于中度多态(0.25PIC0.5),在其他5个品种中都属于低度多态(PIC0.25),然而,关联分析发现Izumo1基因g.54412135AG和g.54412107CA位点的不同基因型与小尾寒羊不同胎次产羔数之间不存在显著关联(P0.05)。     

mtDNA D-loop of Chinese main indigenous sheep breeds using PCR-RFLP

The polymorphism of mitochondrial DNA (mtD-NA) D-loop of 83 individuals from nine Chinese indigenous sheep breeds and two imported sheep breeds was studied with five endonucleases, Hinf I, Msp I, Sau3 A I, Xsp I and Taq I, using PCR-RFLP. The results indicated that there existed two basic haplotypes in the region of mtDNA D-loop. It could be inferred that Chinese indigenous sheep breeds originated from two maternal ancestors. The average polymorphic degree (π value = 0.0421%) of mtDNA D-loop showed that the genetic diversity of mtDNA of Chinese indigenous sheep breeds was very low. Translated from Hereditas, 2006, 28(2): 165–170 [译自: 遗传]     

5个绵羊品种CAST基因多态性及其与肉品质的相关性

为从分子水平研究甘肃境内典型养殖模式下甘肃高山细毛羊、小尾寒羊、藏羊、蒙古羊和滩羊5个绵羊品种的CAST基因多态性与肉品质的相关性,探讨以CAST为候选基因,提高绵羊肉品质的可能性。采用PCR SSCP技术对5个绵羊品种的CAST基因内含子3多态性进行检测,并就CAST基因多态性与9月龄肉品质进行相关性分析。根据比对结果发现,与等位基因A相比,等位基因B发现G62T以及C110T突变,等位基因C发现C92T突变,形成AA、AB、BB和AC 4种基因型;经检验表明,5个绵羊品种均处于非 Hardy Weinberg 平衡状态;群体遗传多态性分析表明,5个绵羊品种的多态信息含量均为中度多态;关联分析表明,5个绵羊品种 CAST基因变异位点的4个基因型间失水率AC基因型显著高于其他基因型（P<005）,对于剪切力AC基因型显著低于其他3种基因型（P<005）;不同绵羊品种间基因型分析表明,对于5个绵羊品种AC基因型的失水率显著高于其他3种基因型,除蒙古羊外,AC基因型的剪切力显著低于其他基因型;变异对眼肌面积没有显著性影响。这些关联说明CAST 基因可作为候选基因用于绵羊产肉性能和肉品质的分子标记辅助选择。     

5个肉用绵羊品种血液蛋白（酶）遗传多态性及聚类分析

采用垂直板不连续聚丙烯酰胺凝胶电泳技术对170只甘肃肉用绵羊(波德代羊、无角陶赛特羊、蒙古羊、滩羊和小尾寒羊)的4种血液蛋白(Hb、Alb、Tf和Es)进行多态性检测。计算4种蛋白各位点的基因型频率、等位基因频率和遗传杂合度,并通过聚类分析探讨不同群体间的遗传距离和亲缘关系。结果表明,4个蛋白(酶)位点均表现出不同程度的多态性。4个蛋白(酶)位点的平均杂合度分别为:波德代羊0.4341,无角陶赛特羊0.4176,蒙古羊0.339 3,滩羊0.332 5和小尾寒羊0.371 0。根据Nei氏标准遗传距离进行聚类分析,发现无角陶赛特羊和波德代羊亲缘关系最近,和滩羊亲缘关系最远;3个地方品种和2个引入品种间亲缘关系较远。