土生空团菌(Cenococcum geophilum Fr.)的菌种鉴定及其遗传多样性的初步分析

 【目的】鉴定外生菌根真菌土生空团菌（Cenococcum geophilum Fr.（Cg））菌种，分析土生空团菌的遗传多样性，探讨影响土生空团菌遗传分化的因素。【方法】采用形态特征结合PCR方法，从分离自6种寄主植物的27个中国菌株和来自法国的5个Cg菌株中鉴定出20个Cg菌株。利用PCR-限制性片段长度多态性（PCR-RFLP）和随机扩增片断多态性DNA（RAPD）两种分子标记方法对这20个Cg菌株进行遗传多样性分析。【结果】PCR-RFLP方法以通用引物ITS1和ITS4对20个Cg菌株的核糖体DNA转录间隔区（ITS）进行了PCR扩增，扩增产物用3种内切酶（EcoRⅠ、HinfⅠ和MboⅠ）酶切，酶切图谱显示菌株间有明显差异。RAPD方法用经过筛选的随机引物（5'-CGCACCGCAC-3'）对20个菌株的基因组DNA进行PCR扩增，扩增产物的片段大小在300～2 000 bp范围之间，共产生19个多态性位点。根据电泳图谱上DNA带的数目、位置及强度进行数值化，用聚类分析软件计算菌株间的遗传距离和遗传相似性，根据遗传距离构建20个菌株的系统聚类图。【结论】来源于不同寄主及地域的20株Cg有着较丰富的遗传多样性；地理环境和寄主对Cg遗传多样性的影响不大。     

两种滑刃亚目线虫的ITS-PCR-RFLP研究

采用ITS区通用引物对阿苏里伞滑刃线虫(Bursaphelenchus arthuri)和燕麦滑刃线虫(Aphelenchusavenae)的基因组DNA进行PCR扩增,对其PCR扩增产物进行序列测定分析,同时用5种限制性内切酶(RsaⅠ、HaeⅢ、MspⅠ、HinfⅠ和AluⅠ)对PCR扩增产物进行酶切,得到相应酶切图谱。两种线虫的DNA序列测定分析以及ITS-RFLP酶切图谱得到的鉴定结果与形态鉴定结果一致。试验得到的阿苏里伞滑刃线虫和燕麦滑刃线虫ITS-RFLP酶切图谱可以为线虫的分子鉴定提供参考。     

生防菌BC2000、BC2001的16S rRNA PCR-RFLP图谱分析

运用细菌通用16S rRNA特异的引物对，将生防菌BC2000、BC2001和对照菌株用6种内切酶进行PCR-RFLP扩增分析。结果表明，内切酶Hin6I、CfoI的酶切可把7种菌分成4组：A组为BC2000、BC2001；B组为圆褐固氮菌；C组为荧光假单胞菌；D组为拮抗菌LB2、LB3、Apb。内切酶Hin6I、CfoI的酶切图谱谱带清晰，差别明显，可作为生防菌BC2000、BC2001的分子标记图谱。     

草本纤维提取用菌株的PCR-16S rDNA及ITS-RFLP分析

通过分析从沤麻水中分离到的8株草本纤维提取用菌株的16S rDNA以及ITS序列,鉴定并构建其聚类图,明确草本纤维提取用菌株的遗传关系.通过BLAST比对16S rDNA并用限制性内切酶酶切16～23S的ITS保守序列,对参试菌株的16S rDNA及ITS酶切片段进行聚类分析.结果表明,8株菌株分别属于地表芽孢杆菌、梭状芽孢杆菌、蜡状芽孢杆菌、短小芽孢杆菌、枯草芽孢杆菌以及多粘类芽孢杆菌:基于16S rDNA序列与ITS-RFLP所获得的聚类结果基本一致,菌株1251与菌株1172-1聚为一类,其余聚为一类,但种内聚类存在一定的差异,可能与不同类型的序列进化程度有关,8株菌株的16SrDNA序列的相似性为78.66%;Alu Ⅰ、Hinf Ⅰ、Sau3A Ⅰ、Taq Ⅰ 4种限制性内切酶对参试的8株草本纤维提取用产芽孢菌株的ITS进行酶切,各获得0～4条100～440bp的酶切产物.     

疣蝗肠道好氧细菌的分离及ARDRA多态性分析

将疣蝗中肠样品倍比稀释后涂布平板分离菌株,共分离得到11株好氧细菌。以细菌基因组DNA为模板,用细菌16SrDNA通用引物（27f,1492r）对模板扩增,并用4种限制性内切酶HaeⅢ和HindⅢ、HinfⅠ和TaqⅠ对PCR扩增产物进行ARDRA多态性分析。对聚类图谱的分析结果发现,11株好氧细菌在82%的水平上聚成3个不同分类操作单元（OTU）,表明疣蝗肠道内好氧细菌的遗传多样性水平偏低。     

4种食源性致病菌的PCR-SSCP检测技术研究

采用细菌的16S rDNA保守区引物作为通用引物,对常见食源性致泻大肠埃希氏菌(Diarrheogenic Escherichiacoli)、沙门氏菌(Salmonellae)、金黄色葡萄球菌(Staphylococcus aureus)和蜡样芽胞杆菌(Bacillus cereus)进行PCR扩增,产物及其XmnI酶切后产物进行单链构象多态性分析。试验结果显示,4种食源性致病菌的PCR产物经XmnI酶切后进行单链构象多态性分析可以相互区别。因此,PCR-SSCP技术可以方便地用于检测食源性大肠杆菌、沙门氏菌、金黄色葡萄球菌和蜡样芽胞杆菌。     

限制性内切酶分析鸭瘟病毒DNA

本文报导了一种限制性内切酶图谱分析法鉴别鸭瘟强毒株及疫苗株的微量快速方法。该法选用HindⅢ、HinfⅠ、BamHⅠ、PostⅠ、EcoRⅠ、SalⅠ、XhoⅠ七种限制性内切酶,酶切两毒株图谱表明酶切分子量范围1.43-22×10~6道尔顿,HindⅠ羌酶切位点,EcoRⅠ两毒株图谱相同;HindⅢ、BamHⅠ、PstⅠ、SalⅠ、XhoⅠ这五种酶切后的片段数、片段大小、迁移率可准确鉴别两毒株。直接裂解感染细胞是种快速、简便的抽提鸭瘟病毒DNA的方法。     

富集培养下不同渤海沉积物中铁还原菌的群落结构差异

以不同水质海区的渤海沉积物为材料,在葡萄糖为碳源富集条件下,经室内恒温短期厌氧培养后,采用细菌16SrDNA的PCR-RFLP技术分析沉积物中铁还原菌的多样性变化。结果显示,用限制性内切酶HhaⅠ进行PCR-RFLP分析铁还原菌共获得9个酶切分型(OTUs);采用α多样性测度对试验结果进行分析统计表明,不同处理的Shannon-Wiener指数(H′)和Simpson指数(Ds)大小均为14C>14P>6P>3C>6C>3P;Margalef指数(dMa)为14P>6P>14C>6C>3C>3P;物种均匀度指数(E)为14C>3C>14P>6P>6C>3P。各处理都出现相同的优势类型,且存在比例上的不同。通过对部分铁还原菌16SrDNA序列比对发现,获得的铁还原菌大多为厚壁菌门的芽孢杆菌和类芽孢杆菌。与对照相比,葡萄糖富集培养改变不同水质海区铁还原菌群落结构组成。     

红麻叶绿体DNA非编码区扩增及PCR-RFLP多态性分析

为研究红麻叶片叶绿体DNA(cpDNA)非编码区的序列特征,采用改良CTAB方法提取红麻总DNA,以8份红麻光钝感突变体及其4份近缘种基因组DNA为模板,应用8对植物cpDNA通用引物对红麻cpDNA非编码区序列进行PCR扩增,优化cpDNA非编码序列PCR的扩增条件,应用4种限制性内切酶(EcoRⅠ、HindⅢ、TaqⅠ、AulⅠ)酶切扩增片段.结果表明:所筛选的通用引物适用于红麻cpDNA非编码序列扩增,扩增产物经1.5%琼脂糖电泳检测,片段大小为400-2000 bp,共扩增cpDNA片段大小约13000 bp.将PCR扩增产物进行酶切,每个片段均有相同的酶切位点,只有cp4引物对cpDNA的扩增产物经AluⅠ酶切获得多态性片段,红麻光钝感突变体及其对照的cpDNA存在部分变异,该结果可为进一步探讨红麻叶绿体基因组种内的变异情况提供理论依据.     

利用PCR-RFLP技术鉴别异尖线虫

应用PCR-RFLP技术对福建沿海海鱼中常见的简单异尖线虫、典型异尖线虫、对盲囊线虫和针蛔线虫幼虫进行鉴定.采用通用引物扩增上述4种异尖线虫幼虫的核糖体DNA内转录间隔区(ITS)序列,对PCR产物进行回收、克隆和测序.根据序列分析结果,选用限制性内切酶HinfⅠ和RsaⅠ进行酶切,酶切产物经琼脂糖电泳分析.结果表明:同时使用HinfⅠ和RsaⅠ酶,可以将4种异尖线虫进行分类;应用特异性引物扩增这4种异尖线虫,获得了预期扩增片段.可见,根据4种线虫ITS序列建立的PCR-RFLP技术能够对这4种异尖线虫进行准确、特异和快速的鉴定.     

农业微生物制剂的活性菌分离与鉴定

微生物制剂是以自然界中分离的有益菌为主体开发的产品,在健康、环保及农业生产上应用广泛。某农业微生物制剂在海南的热带农业生产中能显著增产和增强作物抗性,为了了解该微生物制剂的作用机制,本研究采用平板划线法对活性菌进行分离和纯化,对分离菌株进行生长、形态及显微观察,对16S rDNA进行序列PCR扩增、测序及生物信息学分析,鉴定活性菌的种属。结果表明,分离得到2个形态不同的细菌菌株,通过形态观察及16S rDNA序列的分子鉴定,发现这2个菌株与枯草芽孢杆菌(Bacillus subtilis)具有99.9%的同源性;2个菌株的16S rDNA序列的比较结果发现它们有7个碱基的差别,说明这2个菌株可能是不同的生理小种。     

用16S rDNA序列分析方法鉴定4个拮抗细菌

用1对16SrDNA通用引物，对4个拮抗细菌96-38、96-41、96-79和9682的基因组DNA进行扩增，PCR产物经克隆、测序、同源性分析表明，这4个菌株的16SrDNA全长均为1513bp，同源性达99．79％，仅在13个碱基位点存在差异。Blast分析发现，这些菌株与Genbank收录的芽孢杆菌属5个菌株16SrDNA序列的同源性为99．1％～99．9％，由此推断这4个拮抗细菌为芽孢杆菌属细菌。     

川西高海拔地区饲用黄芪根瘤菌的遗传多样性

为了揭示川西高海拔地区（四川甘孜藏族自治州和阿坝藏族羌族自治州）原生野生饲用黄芪根瘤菌的遗传多样性,为筛选优良菌株提供依据,采用纯培养法从该地区部分饲用黄芪植物根瘤中分离纯化根瘤菌;通过BOXAIR、16S rDNA-RFLP及PCA（principal component analysis）分析饲用黄芪根瘤菌的遗传多样性。结果表明,从川西高海拔地区7个县15个采样点获得10种饲用黄芪植物的根瘤,共分离纯化出36个根瘤菌菌株;在相似系数82.4%的16S rDNA PCR-RFLP分析中,所有供试菌株均与参比菌株完全分开,供试菌株聚成8个遗传群（SCAU509,SCAU553单独分开）;在相似系数83.2%的BOX-PCR分析中,饲用黄芪根瘤菌36个供试菌株和14个参比菌株聚成10个遗传群。饲用黄芪根瘤菌16S rDNA Simpson遗传多样性指数 D = 0.949。 研究显示川西高海拔地区（四川甘孜藏族自治州和阿坝藏族羌族自治州）饲用黄芪根瘤菌具有丰富的遗传多样性。     

采用16S rDNA片段鉴定鳗鲡病原菌的初步研究

初步探讨了采用16S rDNA片段鉴定鳗鲡病原菌的方法.根据已知细菌16S rDNA序列的高度保守区设计引物,利用PCR法扩增16株已鉴定的鳗鲡病原菌的16S rDNA片段,测序分析后,通过Gen-Bank数据库进行同源性检索,并构建相应的系统发育树.结果表明：16株鳗鲡病原菌均扩增到了400bp左右的基因片段,其中14株菌的16S rDNA片段序列与网上已发表的同属菌株的同源性为100%,其余2株为99%;8株病原菌被鉴定到种,分别属于嗜水气单胞菌和温和气单胞菌,其余8株被鉴定到属,分别属于气单胞菌属、假单胞菌属和肠杆菌属;鉴定结果与生化鉴定结果在属的分类单元上符合程度高达82%.     

山苍子（Litsea cubeba）可培养内生细菌的多样性

【目的】研究山苍子可培养内生细菌的多样性。【方法】利用添加植物组织浸提液的营养琼脂培养基分离山苍子根、茎、叶及果实中的可培养内生细菌,采用16S rDNA序列鉴定法对分离获得的山苍子可培养内生细菌进行鉴定。同一组织内,对16S rDNA序列及形态完全一样的菌株合并冗余,用Clustalx对分离得到的菌株16S rDNA进行排序,构建NeighborJoining系统进化树,并计算Jaccard指数和多样性指数。【结果】 共分离得到52株山苍子可培养内生细菌（根23株、茎8株、叶7株、果实14株）,分属于芽孢杆菌属（Bacillus）、类芽孢杆菌属（Paenibacillus）、Paenochrobactrum、普罗威登斯菌属（Providencia）、假单胞菌属（Pseudomonas）、鞘氨醇单胞菌属（Sphingomonas）和Lysinibacillus共7个属的16个种,其中芽孢杆菌属细菌40株,与Bacillus tequilensis、解淀粉芽孢杆菌（Bacillus amyloliquefaciens）、苏云金芽孢杆菌（Bacillus thuringiensis）3个种最接近的内生细菌占分离细菌株数的69.2%;根及果实中的可培养内生细菌数量及种属均最丰富,其多样性指数高于茎、叶;叶与果实可培养内生细菌的Jaccard指数最高,达0.56,其余均较低。【结论】山苍子可培养内生细菌在植株内部的分布既有种属特异性,又有器官相似性。     

重庆地区取食高粱的草地贪夜蛾肠道细菌新分离株的鉴定

为充分认识入侵重庆地区草地贪夜蛾(Spodoptera frugiperda)的肠道微生物, 2019年7月该课题组再次在重庆江津地区高粱地采集了草地贪夜蛾幼虫,通过分离培养结合16S rDNA测序鉴定,从江津草地贪夜蛾幼虫肠道中共分离得到38个细菌分离株,归为9个属,分别为克雷伯氏菌属(Klebsiella)、肠球菌属(Enterococcus)、微球菌属(Micrococcus)、葡萄球菌属(Staphylococcus)、芽孢杆菌属(Bacillus)、不动杆菌属(Acinetobacter)、寡养单胞菌属(Stenotrophomonas)、假单胞菌属(Pseudomonas)和鞘脂杆菌属(Sphingobacterium).在课题组前期研究的基础上,新分离到了6个属,分别为克雷伯氏菌属(Klebsiella)、微球菌属(Micrococcus)、葡萄球菌属(Staphylococcus)、芽孢杆菌属(Bacillus)、寡养单胞菌属(Stenotrophomonas)和鞘脂杆菌属(Sphingobacterium).同时还对入侵重庆地区采食高粱和玉米的草地贪夜蛾幼虫肠道细菌分离株进行了比较分析,只在采食高粱的草地贪夜蛾幼虫肠道中发现了欧文氏菌属(Erwinia)、微球菌属(Micrococcus)、葡萄球菌属(Staphylococcus)、芽孢杆菌属(Bacillus)和寡养单胞菌属(Stenotrophomonas)的菌株,而气单胞菌属(Aeromonas)、短波单胞菌属(Brevundimonas)、金黄杆菌属(Chryseobacterium)和类香味菌属(Myroides)则只在采食玉米的草地贪夜蛾幼虫肠道中分离得到.通过对同一片江津高粱地的草地贪夜蛾和玉米黏虫(Mythimna separata)的肠道细菌分离株进行比较分析,只在草地贪夜蛾肠道中发现了微球菌属(Micrococcus)、欧文氏菌属(Erwinia)、假单胞菌属(Pseudomonas)、葡萄球菌属(Staphylococcus)和鞘脂杆菌属(Sphingobacterium),而金黄杆菌属(Chryseobacterium)只发现于玉米黏虫肠道中.     

Screening and identification of antagonistic <Emphasis Type="Italic">Streptomyces</Emphasis> spp. against <Emphasis Type="Italic">Clavibacter michiganensis</Emphasis> subsp. <Emphasis Type="Italic">michiganensis</Emphasis> from tomato rhizosphere

The objectives of our present study were to isolate antagonistic Streptomyces from tomato rhizosphere, and evaluate the potential strain for the biological control of bacterial canker of tomato. One hundred and seventy strains of isolated from tomato rhizosphere were tested for antibiosis activity against Clavibacter michiganensis subsp. michiganensis on double-layer agar. Sixty-three isolates showed antibiosis activity with diameter of an inhibition zone ranging from 1.0–6.5 cm. Fifteen Streptomyces strains had strong antibiosis activity against C. m. subsp. michiganensis with diameter of the inhibition zone above 4.0 cm on double-layer agar. Especially, the strain named Z-L-22 showed the strongest antibiosis activity with 6.5 cm inhibition zone. The fermentation filtrate also showed a high inhibition activity against Gram-positive bacteria such as Streptomyces scabies, Staphylococcus aureus, and Bacillus subtilis. Morphological, physiological and biochemical tests combined with 16S rDNA sequence analysis were carried out to identify the strain Z-L-22. Characteristics of the Z-L-22 were similar to those of Streptomyces setonii, and the 16S rDNA sequence showed 99.4% homology to S. setonii. Based on the polyphase taxonomic views, the Z-L-22 was identified as S. setonii.     

黄喉拟水龟松鼠葡萄球菌16S rDNA的序列测定和系统进化分析

从患病的黄喉拟水龟肝脏、肾脏分离到1株葡萄球菌（YLD81101）,经人工感染实验证实其为该病的病原菌。为了从分子水平上对其进行分类学鉴定,采用扩增细菌16S rDNA的通用引物对该菌的16S rDNA进行PCR扩增、克隆及序列分析。结果扩增出长约1．5kp的目的片段,测序得到1条长度为1515bp的核苷酸序列（GenBank登录号GQ261178）。核苷酸相似性分析表明,所得序列与GenBank公布的松鼠葡萄球菌（Staphylococcus sciud,S．sciuri）CTSP9菌株16S rDNA核苷酸序列相似性最高（99．9％）。同时,用与该序列相关性较高的S．sciuri及常造成动物葡萄球菌病的S．aureus S、saufeuss．bsp．anaerobius、S.gallinarum、S.hyicus代表菌株构建的系统发育进化树显示,菌株YL081101与S.sciuri代表株聚为一簇。上述研究证实,分离菌株YL081101为松鼠葡萄球菌。     

1株牛源蜡样芽孢杆菌的分离鉴定及毒力基因检测

从一头猝死牛的脾脏内分离得到1株细菌,对该菌染色镜检可见其为革兰氏阳性杆菌,呈单个或链状排列。该菌对头孢氨苄、庆大霉素、诺氟沙星等药物敏感。生化检测结果和16S rDNA序列分析表明,该菌株为蜡样芽孢杆菌;经PCR检测该菌含有hbl、nhe、entFM等毒素基因以及看家基因groEL。动物致病性试验结果显示,该菌具有较强的致病性。上述结果表明,该分离菌为致病性蜡样芽孢杆菌。     

水稻根际促生菌的筛选鉴定及促生能力分析

植物根际促生菌（Plant growth-promoting rhizobacteria,PGPR）可分泌植物生长激素,促进土壤养分循环,是生物肥料重要的种质资源。本文从水稻根际土壤分离纯化根际促生菌,进行菌株鉴定,测定其促生能力。经过16S rDNA测序比对,筛选得到解磷菌4株（Bacillus pumilus LZP02,Bacillus aryabhattai LZP08,Staphylococcus epidermidis LZP10,Bacillus ginsengisoli LZP05）,溶磷菌3株（Bacillus megaterium LZP03,Bacillus oryzaecorticis LZP04,Bacillus ginsengisoli LZP07）,解钾菌3株（Bacillus aryabhattai LZP01,Bacillus subtilis LZP06,Bacillus licheniformis LZP09）。养分转化能力测试结果表明,Bacillus aryabhattai LZP01和Bacillus subtilis LZP06解钾能力较好;Bacillus pumilus LZP02和Bacillus huizhouensis LZP05解磷能力较强;Bacillus megaterium LZP03和Bacillusginsengisoli LZP07溶磷能力较好。对养分转化能力较强的菌株进行激素分泌能力测定,结果表明6种菌株均能产生生长素、赤霉素,均具有合成铁载体的能力。综合分析菌株养分转化与激素分泌能力发现,Bacillus megaterium LZP03、Bacillus huizhouensis LZP05和Bacillus subtilis LZP06促生能力较强,具有较强的开发利用潜力。研究成果为水稻微生物肥料的开发与生产提供了理论和技术支持。