利用微卫星标记分析双峰驼进化和遗传多样性

实验首次利用双峰驼基因组DNA16个微卫星位点,对中国6个地区、蒙古国7个地区254峰双峰驼基因组DNA样品(含5峰野骆驼)进行了检测和分析.结果显示,家养双峰驼群体平均杂合度较高,平均观测杂合度、期望杂合度和内氏杂合度分别是0.610、0.6211和0.5919.微卫星位点含有较高的有效等位基因数、多态信息含量(3.5509和0.5415),可有效用于双峰驼遗传结构和进化分析.遗传距离计算结果及聚类分析显示,中国和蒙古国家养双峰驼群体间遗传分歧并不显著,但野双峰驼和家养双峰驼则表现明显分歧,暗示现存野双峰不是家养双峰驼直接祖先,更不是从家养双峰驼跑到野外的分支.     

基于Cytb基因的家养双峰驼分子系统发育研究

【目的】探讨我国家养双峰驼系统进化及其与野生双峰驼的进化关系,为科学评价、保护和利用我国双峰驼的遗传资源奠定基础。【方法】测定了37峰家养双峰驼线粒体细胞色素b(Cytb)的部分基因序列,并结合GenBank中已有的家养和野生双峰驼线粒体细胞色素b基因序列,对家养双峰驼进行系统发育分析。【结果】测得的家养双峰驼Cytb基因序列1 024 bp的位点中,有14个变异位点,核苷酸多样度(Pi)为0.002 27±0.001 27,共定义了11种单倍型,单倍型多样度(Hd)为0.820±0.044,平均核苷酸差异数(k)为2.327,表明家养双峰驼群体的Cytb基因遗传多样性比较丰富。构建的NJ系统进化树显示,家养双峰驼起源于同一母系,但与野生双峰驼不是同一母系起源。【结论】我国家养双峰驼的祖先与现存的野生双峰驼并非同一个亚种。     

苏尼特家养双峰驼mtDNA Cyt b基因和D-loop序列的遗传多样性

【目的】研究苏尼特家养双峰驼的遗传多样性,以全面揭示中国双峰驼的起源进化,为科学保护和利用我国的双峰驼遗传资源奠定基础。【方法】采集15峰苏尼特家养双峰驼(10峰雄驼和5峰雌驼)的血样,提取其DNA,采用PCR方法扩增线粒体DNA（mtDNA）细胞色素b (Cyt b)基因的全序列及D-loop的671 bp序列,进行遗传多样性分析,并结合GenBank中已有的双峰驼的mtDNA Cyt b基因序列和D-loop序列进行系统发育分析。【结果】苏尼特家养双峰驼mtDNA Cyt b基因中存在10个变异位点,共形成了7种单倍型,单倍型多样度为0.857±0.065,核苷酸多样度为0.001 94±0.002 70,平均核苷酸差异数为2.210;在D-loop的671 bp序列中,存在6个变异位点,共定义了6种单倍型,单倍型多样度为0.714±0.116,核苷酸多样度为0.002 53±0.002 75,平均核苷酸差异数为 1.695。基于Cyt b基因和D-loop序列进行的系统发育分析均显示,苏尼特家养双峰驼与野生双峰驼归于2个不同的母系世系,野生双峰驼不是苏尼特家养双峰驼的直接祖先。【结论】苏尼特家养双峰驼mtDNA Cyt b基因和D-loop序列遗传多态性均比较丰富;苏尼特家养双峰驼与野生双峰驼归于2个不同的母系世系,野生双峰驼不是苏尼特家养双峰驼的直接祖先;家养双峰驼内部存在着一定的遗传分化。     

家养双峰驼SRY基因的序列分析与拷贝数研究

为探究中国家养双峰驼SRY基因的序列以及群体间拷贝数变异,对7个中国家养双峰驼群体共94个个体的SRY基因部分序列进行测序,分析SRY基因序列与其他物种的相似性;并且以CYP2A基因为内参基因,运用实时荧光定量PCR技术检测SRY基因的拷贝数。结果表明,中国家养双峰驼与人、马、猪、羊及普通牛的SRY基因相似度分别为67.7%~68.1%、68.5%~69.4%、73.8%~74.4%、73.8%~74.8%、74.1%~74.8%。在家养双峰驼SRY基因的多个拷贝中,除1个拷贝外,其余拷贝的HMG序列与羊驼、人、马、猪、绵羊及普通牛的HMG序列相比,相似度分别为97.3%、84.2%、85.6%、86.3%、87.0%、85.6%。SRY基因在中国家养双峰驼Y染色体上以多拷贝形式存在,变幅为1~9个拷贝。表明中国家养双峰驼SRY基因的HMG序列是高度保守的,而且该基因属于多拷贝基因。     

中国双峰驼的品种、繁殖、饲养管理和利用(1)

<正>双峰驼(Camelus bactrianus Linnaens,1758)为偶蹄目(Artiodactyla)骆驼科(Camelidae)骆驼属(Camelus)。发源于伊朗和土库曼斯坦南部的家养骆驼和养驼文化至晚在公元前1000年已扩散到中国北方和西北部。到公元前300年前,西汉王朝开通西域通道时,双峰驼已广泛地分布在中国河西走廊两侧以北、西北的农牧区。西汉前后匈奴游牧在今天的蒙古高原,"橐驼"就是骆驼。在《战国策》中《苏     

果中珍品--会理青皮软籽石榴

石榴从西亚的伊朗、阿富汗及印度北部地区传入我国已有2000余年历史.目前,在我国主要有4个栽培区域:陕甘豫产区、新疆产区、江淮产区和西南产区.西南产区有四川会理、贵州赤水等地.     

中国新疆与黄河流域节节麦的传播关系

利用微卫星分子指纹方法分析了来自新疆和黄河流域(陕西、河南)节节麦的亲缘关系,探讨中国节节麦的传播问题。结果表明:①至少有两个不同的节节麦居群由中东传入了中国;②中国节节麦的传播路径可能是由中东经丝绸之路的北道传入新疆,然后传入黄河流域。但是,也不能排除中国节节麦由丝绸之路传入黄河流域,然后再传入新疆的可能性。     

豚草的主要危害与防控措施

豚草属菊科一年生草本植物。原产美国西南部和墨西哥北部的索诺兰沙漠地区,约在20世纪30年代初传入我国沿海,经过一个较长时期的适应期,近10年正以异常态势迅速蔓延,向农田、果园、城镇、绿化带、公路沿线入侵,表现出顽强的生命力和竞争     

世界主要家养动物品种资源概况

世界主要家养动物品种资源概况中国科学院自然资源综合考察委员会沈长江全世界主要家养动物，如不包括昆虫类（如蜜蜂与家蚕等），主要是家畜与家禽两大类。主要畜种可列出马、驴、黄牛、水牛、牦牛、单峰驼、双峰驼、兔、狗、猫等，其他育种中的各种鹿与毛皮兽在逐步驯养...     

空心莲子草及其生物防治

空心莲子草（Ａｌｔｅｒｎａｎｔｈｅｒａｐｈｉｌｏｘｅｒｏｉｄｅｓ）在中国又被称为革命草、水花生,属苋科,原产于南美洲。约在３０年代传入中国江浙一带,５０年代末和６０年代初作为一种猪饲料引种大肆扩散,很快在中国南方一些地区为害成灾,成为堵塞渠港,侵占水面和耕...     

青海骆驼线粒体DNA D-loop区遗传多样性研究

旨在研究青海骆驼遗传多样性,揭示青海骆驼的母系起源进化。采集柴达木地区3个青海骆驼类群耳组织样品88份并提取基因组DNA,利用PCR扩增和基因测序分析线粒体DNA D-loop序列,并与蒙古、内蒙古双峰驼进行比较。结果表明：D-loop序列中共检测到96个多态位点,定义了27种单倍型。3个青海骆驼类群占有16个单倍型,而蒙古双峰驼独有7个单倍型,内蒙古双峰驼独有4个单倍型。系统发育分析显示出两个独立的分支：第一支为青海骆驼3个类群与蒙古双峰驼,且德令哈双峰驼与其他两个类群间存在明显界限;第二支为内蒙古双峰驼。青海骆驼与内蒙古双峰驼的遗传距离均较远,但与蒙古双峰驼的遗传距离较近。因此,青海骆驼母系起源更倾向于蒙古双峰驼而非内蒙古双峰驼。     

基于比较基因组学分析的方法定位及注释双峰驼MHC基因

【目的】定位并注释双峰驼主要组织相容性复合体(major histocompatibility complex,MHC)基因序列,为进一步研究双峰驼MHC基因提供科学依据。【方法】运用比较基因组学方法,提取人类MHC(HLA)基因编码序列和牛MHC(BoLA)基因编码序列并分别与双峰驼转录本进行blastn基因序列比对,识别出相似度较高的scaffolds,通过分析HLA、BoLA基因序列比对在这些scaffolds上的位置顺序,对多条scaffolds进行拼接,得到双峰驼MHC的Pseudo chromosome;再分别提取HLA、BoLA全基因组序列与双峰驼已拼接的scaffolds进行基因组共线性分析,利用lastz建立起的Pseudo chromosome与HLA、BoLA全基因组序列的线性关系判断筛选出的scaffolds是否准确;然后通过分析MHC基因在两物种间的线性关系,在双峰驼参考基因组中提取出MHC基因序列,并对这些序列进行基因注释;最后根据得到的双峰驼MHC基因绘制系统进化树,研究其基因间的进化关系。【结果】通过对HLA、BoLA基因编码序列与双峰驼转录本用blastn进行序列比对,识别出了相似度较高的3条scaffolds,即NW_011511766.1(全长4.1M)、NW_011515227.1(全长1.2M)和NW_011514613.1(全长15K),对其拼接得到双峰驼MHC的Pseudo chromosome;利用lastz共线性分析,识别出HLA基因序列和BoLA基因序列并比对出其在双峰驼MHC基因的共线性区域。该区域与拼接得到的Pseudo chromosome一致,证明筛选出的scaffolds是准确的。并且发现Class-Ⅰ类和Class-Ⅲ类基因集中分布在NW_011515227.1上,而Class-Ⅱ类基因集中分布在NW_011511766.1和NW_011514613.1上,进一步分析得知Class-Ⅱ类基因主要分布在NW_011511766.1的3.5—4.1M的位置;将存在共线性区域的序列提取出来,与比对到双峰驼上的MHC基因的编码序列进行blat分析,结果在双峰驼基因组中共识别出24个与牛BoLA基因高度相似的基因,其中Ⅰ类基因1个,Ⅱ类10个,Ⅲ类基因13个。对双峰驼这24个MHC基因进行信息注释并绘制系统进化树,结果显示注释的Class-Ⅰ类和Class-Ⅱ类基因在同一分支。【结论】通过比较基因组学方法定位并注释了双峰驼的MHC基因,将双峰驼MHC基因序列定位到了3条scaffolds上,找到并注释了24个MHC基因,绘制了双峰驼MHC的Pseudo chromosome,为进一步研究双峰驼MHC基因奠定了理论基础。     

双峰驼膝关节解剖研究

以12个内蒙古阿拉善成年双峰驼后肢作标本,运用大体解剖学方法对其膝关节进行了详细解剖,并与牛、羊、马等动物的对等器官作了比较,结果发现双峰驼膝关节在形态结构方面有许多显著特征.     

双峰驼瘤胃微生物总DNA的提取与纯化

[目的]提取高质量的双峰驼瘤胃微生物总DNA,为采用免培养技术研究双峰驼瘤胃微生物奠定基础.[方法]采集双峰驼瘤胃内容物,用酶解(溶菌酶、蛋白酶K)、冻融和表面活性剂十二烷基磺酸钠(sodium dodecyl sulfate,SDS)、溴化十六烷三甲基铵(Cetyltrimethyl Ammonium Bromide,CTAB)多种处理相结合,提取微生物总DNA,并用Omega Gel Extraction kit纯化.[结果]提取到的瘤胃微生物总DNA片段大于23 kb,纯化后的DNA可用于PCR,酶切及克隆等进一步的分子生物学研究.[结论]用该提取方法得到的总DNA能够满足分子生物学试验的要求.     

准噶尔双峰驼驼乳营养与功能成分与荷斯坦牛乳的差异比较分析

【目的】分析比较准噶尔双峰驼乳和荷斯坦牛乳的差异,为研究驼乳的营养价值和生物学功能提供科学基础。【方法】使用乳成分分析仪、电感耦合等离子体光度发射光谱法、气相色谱和ELISA检测乳的主要营养成分、理化特性、脂肪酸和主要生物活性物质含量。【结果】准噶尔双峰驼乳中乳蛋白、乳糖、钙、灰分、干物质显著高于荷斯坦牛乳(P<0.05)。乳密度也显著高于荷斯坦牛乳(P<0.05)。乳脂中花生酸、二十一碳酸、棕榈油酸和α-亚麻酸显著高于荷斯坦牛乳(P<0.05)。而准噶尔双峰驼乳的电导率、酸碱度、水分显著低于荷斯坦牛乳(P<0.05)。顺-8,11,14-二十碳三烯酸、己酸、辛酸、癸酸和月桂酸显著低于荷斯坦牛乳(P<0.05)。但两乳中所检测的生物活性成分含量无显著差异(P> 0.05)。【结论】准噶尔双峰驼乳相较于荷斯坦牛乳存在诸多显著性差异。     

采用特异性探针药物法测定双峰驼CYP3A酶活性

【目的】探究双峰驼CYP3A酶体外活性及其对外源性药物代谢的影响。【方法】将双峰驼禁食过夜12 h,颈静脉放血处死后,立即于肝门静脉处采集块状肝脏组织,洗去血污称重匀浆后,采用Ca²⁺沉淀法制备双峰驼肝微粒体,并通过BCA法测定其蛋白含量。同时优化双峰驼肝微粒孵育体系,取不同浓度的双峰驼肝微粒体蛋白悬液（0.016、0.031、0.063、0.125、0.250、0.500、1.000、2.000 mg?mL^-1）、不同浓度的探针药物咪达唑仑（MDZ）（7.813、15.625、31.250、62.500、125、250、500、1 000 µg?mL^-1）分别加入到孵育体系中,37℃预孵育5 min后,加入NADPH溶液后再孵育不同时间（0、2、5、10、15、20、25、30 min）。待反应完全后加入冰冷的甲醇和地西泮（DZP）溶液,涡旋混匀,800 µL全部混合液体经14 500 r/min离心20 min后,取20 µL上清液进行高效液相色谱紫外检测（HPLC-UV）,确定最适底物浓度、最适酶浓度以及最适孵育时间。分别取浓度为7.813、15.625、31.250、62.500、125、250、500、1 000 µg?mL^-1 MDZ探针药物溶液20 µL与双峰驼肝微粒体共同孵育15 min后,以混有内标DZP的冰冷甲醇终止反应,采用高效液相色谱紫外检测法测定反应产物1'-羟基咪达唑仑（1'-OHMDZ）的动态含量,计算出部分药物动力学参数。色谱条件：Sigma-Aldrich/Supelco Discovery C₁₈色谱柱（150 mm×4.6 mm,5 μm）;流动相为V（乙腈）﹕V（0.01 mol?L^-1 PBS缓冲液）= 40﹕60;等浓度洗脱20 min;检测波长为254 nm;流速为0.8 mL?min^-1;柱温为30℃;进样量为20 μL。【结果】使用Ca²⁺沉淀法制备的双峰驼肝微粒体保持了酶的良好活性,能满足后续体外药物代谢试验的基本要求,经BCA法测定其蛋白含量为(1.936±0.052) mg?mL^-1。双峰驼肝微粒体蛋白悬液、探针药物MDZ、PBS缓冲液、MgCl₂溶液以及NADPH溶液构成双峰驼肝微粒体孵育体系,随着孵育时间的延长,酶和底物进一步反应,当MDZ浓度为125 µg?mL^-1（终浓度为7.073 nmol?mL^-1）,肝微粒体浓度为2.000 mg?mL^-1（终浓度为0.050 mg?mL^-1）时,孵育15 min,酶和底物的结合最紧密,并呈现出饱和的状态,故确定其终浓度和时间为最适浓度和最佳孵育时间。经HPLC-UV法测定,1'-OHMDZ、MDZ和DZP的出峰保留时间分别为6.710、11.383和15.263 min,各成分色谱峰分离良好,且不受肝微粒体孵育体系中其他干扰峰的影响。HPLC检测方法的精密度、稳定性及回收率的试验结果均符合色谱测定的基本要求,即成功建立了准确、灵敏、可靠、重现性好的双峰驼CYP3A酶特异性探针药物的检测方法。以底物MDZ浓度和反应产物1'-OHMDZ生成速率进行Lineweaver-Burk双倒数作图,分别计算出最大反应速度V_max和米氏常数K_m。经Origin Pro8.6软件进行线性回归分析得到最大反应速度V_max为(0.380±0.028)nmol?mg^-1?min^-1,米氏常数K_m为(9.603±3.229)nmol?mL^-1,以此体现酶和底物的反应情况,并对双峰驼CYP3A酶的活性进行了间接测定。【结论】成功建立了跟踪检测CYP3A酶的特异性探针药物MDZ及其代谢产物浓度的高效液相色谱紫外检测方法。MDZ在体内经CYP3A酶的特异性氧化代谢后主要生成1'-OHMDZ,本文以MDZ的代谢产物1'-OHMDZ的生成速率为检测指标,首次对双峰驼CYP3A酶的体外活性及酶与底物的相互作用特点进行了研究。     

双峰驼前肢骨骼解剖

运用大体解剖学方法,对双峰驼前肢骨骼进行了研究,并与单峰驼、马和牛的前肢骨骼作了比较。双峰驼肩岬冈高、厚,启峰较长;肢骨粗大,其近侧端大结节较小,远侧端内、外侧髁上均无滑液窝,桡尺骨间除了一个前臂近侧骨间隙外,还有两个前臂远侧骨间隙;掌骨由同等发达的第三、四掌骨融合而成;中间腕骨呈楔形;远侧指节骨呈短小的三棱锥体形,其伸腱突、屈腱面均不明显;无远侧籽骨。     

双峰驼染色体核型初步分析

我们采用双峰驼的外周血液淋巴细胞培养方法,对其染色体进行了分析研究。研究结果表明,双峰驼的染色体数目为 2n=74。并初步摸索出一个比较易行的培养操作过程,为进一步开展骆驼遗传结构研究提供了参考材料.     

新疆双峰驼C3d基因cDNA的克隆与序列分析

【目的】克隆骆驼补体C3d基因,分析序列特征,为其佐剂效应研究提供依据。【方法】利用Trizol试剂,从骆驼肝脏组织提取总RNA,并反转录获得cDNA。设计C3d特异引物,应用PCR技术扩增C3d序列,构建到pMD18-T载体。将重组质粒转入感受态菌株并双酶切鉴定。使用ClustW,DNAstar, Swiss-Model软件对构建的重组C3d基因序列进行同源性比对,建立系统进化树并对其二级和三级结构进行预测和分析。【结果】采用骆驼C3d特异引物,PCR扩增获得大小为909 bp的骆驼补体C3d基因。构建至T载体并转入大肠杆菌,获得阳性转化克隆。克隆的新疆双峰驼C3d序列与骆驼科C3d基因之间的同源性在97%以上,与牛和猪C3d基因同源性为88%,与兔和人的C3d基因同源性为83%。对骆驼C3d蛋白采用Swiss-Model软件进行序列分析,预测该蛋白质的二级结构主要由α-螺旋和β-折叠组成,该蛋白可能具有良好的免疫原性和免疫结合活性。【结论】C3d基因在进化中较为保守,在骆驼免疫中可以采用亲缘关系较近的其他动物来源的C3d作为分子佐剂从而增强骆驼免疫效果。     

Paleo-Eskimo mtDNA genome reveals matrilineal discontinuity in Greenland

The Paleo-Eskimo Saqqaq and Independence I cultures, documented from archaeological remains in Northern Canada and Greenland, represent the earliest human expansion into the New World's northern extremes. However, their origin and genetic relationship to later cultures are unknown. We sequenced a mitochondrial genome from a Paleo-Eskimo human by using 3400-to 4500-year-old frozen hair excavated from an early Greenlandic Saqqaq settlement. The sample is distinct from modern Native Americans and Neo-Eskimos, falling within haplogroup D2a1, a group previously observed among modern Aleuts and Siberian Sireniki Yuit. This result suggests that the earliest migrants into the New World's northern extremes derived from populations in the Bering Sea area and were not directly related to Native Americans or the later Neo-Eskimos that replaced them.