禽白血病病毒多重PCR检测法的建立及初步应用

根据GenBank中登录的禽白血病病毒A、B、J亚群的核苷酸序列设计合成了3对引物,各对引物可分别扩增出大小约为195、260、924bp的核苷酸片段;经优化建立禽白血病病毒多重PCR检测法,并进行其敏感性试验及对马立克病病毒(MDV)、火鸡疱疹病毒(HVT)、新城疫病毒(NDV)、传染性囊病病毒(IBDV)、传染性喉气管炎病毒(ILTV)、传染性支气管炎病毒(IBV)和DF-1细胞基因组的特异性试验;应用该方法对1 294份临床样品进行禽白血病病毒检测,对阳性检出样品抽样进行测序鉴定.结果表明:该方法的最小检出拷贝数为103,特异性试验均为阴性,检出临床样品中的核苷酸片段与参考毒株核苷酸序列的同源性达98%以上,符合率100%,具有良好的特异性、敏感性和符合率,可为禽白血病病毒感染的临床诊断及流行病学调查研究提供有效借鉴.     

猪附红细胞体特异性PCR检测方法的建立

从猪血中分离附红细胞体,提取其基因组DNA,用EcoRI对基因组DNA进行酶切,将酶切片段进行琼脂糖电泳,得到一个1.8 kb的DNA片段,根据DNA序列分析与GenBank已知基因比较和PCR方法确定该片段具有特异性,以该片段为模板进行PCR,并将其扩增产物与其它猪的其他细菌DNA扩增产物相比较,建立一种检测猪外周血中附红细胞体的特异性PCR检测方法,并通过斑点杂交试验检测该产物特异性,通过临床应用检验该法的适用性。结果表明:扩增产物大小为782 bp,其序列与已知附红细胞体序列同源性为100%,斑点杂交试验证实该产物为附红细胞体特异性产物,将该方法应用于检测10头临床症状典型的感染猪和10头健康猪的血液,所有感染和隐性带菌猪的PCR检测结果为阳性,健康猪为阴性。猪外周血中附红细胞体的特异性PCR检测方法适用于检测无临床症状的隐性带菌动物。     

云南马铃薯青枯病菌的PCR检测

利用针对马铃薯青枯病菌hrp基因族DNA序列设计合成特异性寡核苷酸引物（引物1：5‘GAAGAGGAACGACGGAAAGC-3‘和引物2：5‘CGAACAGCCCACAGACAAGA-3‘）,进行马铃薯青枯病菌PCR特异性扩增试验。该试验合成的引物能从马铃薯青枯病菌总基因组的DNA和细菌纯培养,以及人工接种和自然发病的马铃薯块茎中特异性扩增青枯病菌hrp基因区段1993bp的分子片段。该试验结果为马铃薯青枯病菌的鉴定、检测及病害流行学研究提供了新的技术的方法。     

Detection of Eperythrozoon wenyoni by PCR assay

The objective of this research was to develop a detection method for Eperythrozoon wenyoni infection using polymerase chain reaction (PCR) assay technique. A pair of primers was designed and synthesized according to the conservative sequence 16S rRNA. The PCR assay was performed with the primers. A 985-bp fragment was amplified by using PCR. The amplified fragments with the expected size were identified by EcoR I restriction digestion. The crossing-reaction, specific-reaction and duplicate-reaction indicated that the PCR method is a specific, sensitive, fast and effective method for diagnosing E. wenyoni infection at group level.     

辣椒疫病病株与健株根区土壤微生态研究

对辣椒健株与病株根区土壤微生物区系特征及可培养微生物多样性进行比较,探索辣椒疫病发生的微生态机制。采用常规方法测定土壤养分,稀释涂平板法测定辣椒病、健株根区土细菌(B)、真菌(F)及放线菌(A)的数量,并对分离得到的细菌和放线菌进行16SrRNA序列分析,对真菌进行ITS序列分析,研究连作辣椒疫病病株与健株根区土微生态差异。结果显示,辣椒病株根区土中速效K、速效P、全N和有机质均高于健株;辣椒病株根区土中的微生物数量较健株发生较大变化,其中真菌数量增加388.9%。对从根区土中分离得到的可培养微生物进行分子鉴定,得到20株细菌,5株真菌和20株放线菌。16SrRNA序列分析表明,病株与健株根区土壤中共同存在的细菌只占总数的17.4%,放线菌占总数的16.7%,病株和健株根区土壤中优势细菌菌属和优势放线菌菌属都为芽孢杆菌属(Bacillus)和链霉菌属(Streptomyces)。病株根区土壤分离得到致病真菌尖刀廉孢菌(Fusarium oxysporum)和Plectosphaerella cucumerina。辣椒病株与健株根区土中微生物数量异常,种类变化是辣椒疫病发生的重要原因之一。     

多重实时定量PCR快速检测PRRSV、CSFV和PCV2混合感染方法的建立

根据TaqMan复合荧光探针设计原则,应用Primer 5.0和Oligo 6.0软件设计检测猪繁殖与呼吸综合征病毒(PRRSV)、猪瘟病毒(CSFV)和猪圆环病毒2型(PCV2)的特异性引物和探针,优化反应条件,建立了检测PRRSV、CSFV和PCV2的单项和多重Real-time PCR方法。结果表明,建立的方法具有高度特异性,与其他病原检测无明显交叉反应;对阳性质粒和病毒的最低检测量分别为<101个拷贝和<1TCID50/反应,检测灵敏度比常规PCR检测高100倍。通过对20份临床样本进行检测,多重Real-time PCR检测结果和单项Real-time PCR检测结果一致。建立的多重Real-time PCR方法可用于同时快速检测PRRSV、CSF和PCV2的混合感染,具有灵敏、特异、重复性好并能对样品进行定量检测等优点。     

多重富集定量PCR(ME-qPCR)同时检测4种食源性病原弧菌

【目的】溶藻弧菌、副溶血弧菌、创伤弧菌、霍乱弧菌是4种重要的食源性病原弧菌,能够造成人类多种疾病,建立同时检测这4种食源性病原弧菌的检测方法是保障食品安全的基础。本研究旨在建立同时检测溶藻弧菌、副溶血弧菌、创伤弧菌、霍乱弧菌的多重富集定量PCR(multiplex enrichment quantitative PCR,ME-q PCR)方法,并含扩增内标用于指示PCR反应的假阴性,创新一种高通量、高灵敏度、具备定量能力的检测方法,为这4种食源性病原弧菌的检测提供新方法。【方法】以细菌16S r RNA为扩增内标靶序列设计引物,并针对副溶血弧菌的collagenase、溶藻弧菌的gyr B、霍乱弧菌的omp W、创伤弧菌的vvh A,分别设计内、外2对特异性引物,首先将所有内、外引物混合,进行一个循环数较少(10—20 cycles)的高通量多重富集PCR将靶基因富集出来,由于循环数较少,各个基因得到均匀的扩增,每个基因均有4种可能的产物,每1种产物均能作为第二轮巢氏荧光定量PCR的模板,这增加了靶基因从模板中被富集出来的概率,然后将产物稀释后作为模板,利用内引物分别进行巢式荧光定量PCR检测各个基因,最后根据扩增曲线和熔融曲线分析结果。通过设置不同的第一轮多重富集PCR循环数(10、15和20个循环),优化ME-q PCR第一轮循环数。采用14株标准菌株的基因组DNA作为模板,评价ME-q PCR的特异性。并以4种弧菌基因组DNA混合物梯度稀释的样品(100、10、1、0.1、0.01和0.001 ng·μL-1)作为模板,对建立的ME-q PCR进行灵敏度和定量能力的评价。并将该方法应用于已分离到的69株疑似弧菌菌落的鉴定中,与传统生理生化鉴定结果进行对比。【结果】优化后,ME-q PCR的第一轮循环数确定为15,特异性评价结果显示该方法特异性强,灵敏度达0.001 ng,高于普通荧光定量PCR约1个数量级,并能有效指示PCR反应的假阴性,且拥有与普通荧光定量PCR相同的定量能力,扩增效率和R2符合定量的要求;将建立的ME-q PCR方法应用于69株疑似弧菌菌株的鉴定,24个绿色菌落为副溶血弧菌,22个黄色菌落为溶藻弧菌,1个黄色菌落为创伤弧菌,没有检出霍乱弧菌,其结果与生理生化鉴定结果一致。【结论】该方法能够定量、快速准确地检测副溶血弧菌、溶藻弧菌、霍乱弧菌和创伤弧菌这4种食源性病原弧菌,灵敏度高,并能有效指示PCR反应的假阴性,结果无需凝胶电泳,适用于食品中4种常见病原弧菌的快速筛检。     

苹果煤污病菌分离中污染细菌的鉴定及抑菌抗生素的筛选

为明确煤污菌分离中污染细菌的组成,筛选可抑制污染菌的抗生素,对煤污病菌分离中伴随的污染细菌进行纯化,通过16S rDNA序列分析对代表性纯菌株进行鉴定,并采用滤纸片法测定9种抗生素对供试细菌菌株的抑菌效果。结果表明,煤污病菌分离中污染细菌的组成复杂多样,至少包括9个属,分别是微杆菌属Microbacterium、短小杆菌属Curtobacterium、考克氏菌属Kocuria、葡萄球菌属Staphylococcus、芽孢杆菌属Bacillus、鞘氨醇单胞菌属Sphingomonas、Aureimonasi及2个未确定属,这2个属分别与草药菌属Herbiconiux和甲基杆菌属Methylobacterium相近。不同抗生素对供试细菌菌株的抑菌效果差异很大,庆大霉素和卡那霉素对所有供试细菌菌株都有抑制作用,链霉素、新霉素和金霉素分别能够抑制98.08%、96.15%和90.38%的细菌菌株;四环素、萘啶酮酸和青霉素分别只能抑制42.31%、9.62%和9.62%的细菌菌株,氯霉素对所有的细菌菌株都无抑制作用。因此,在煤污病菌的分离培养中可使用庆大霉素、卡那霉素、链霉素、新霉素和金霉素抑制细菌污染。     

重庆地区兔腹泻病原菌分离鉴定及检测方法的建立

对重庆地区兔细菌性腹泻病原菌进行分离鉴定并建立相应检测方法,为该病的检测及防控奠定基础。通过临床诊断与细菌分离培养,对引起兔腹泻的病原菌进行分离,利用细菌通用引物扩增分离菌16S rDNA基因序列,测序分析后构建系统进化发育树。同时,依据各病原菌特异性序列设计引物,建立PCR检测方法。结果表明,共分离到4种病原菌,分子生物学鉴定为:铜绿假单胞菌、产气荚膜梭菌、金黄色葡萄球菌和大肠杆菌;依据铜绿假单胞菌外毒素eta基因、产气荚膜梭菌a毒素基因、金黄色葡萄球菌耐热核酸酶nuc基因和大肠杆菌外膜蛋白eae基因设计特异性引物,成功建立多重PCR检测方法,可从4种病原菌基因组混合物中扩增出大小分别为1 043、324、200和609bp的目的条带,目的菌株最低检出浓度为103cfu·mL-1。对重庆地区200份临床样本进行检测,发现4种病原菌普遍存在,其中,金黄色葡萄球菌单独感染检出率高达37.6%,与大肠杆菌的混合感染检出率达28.0%。     

不同动物来源大肠埃希菌iss基因检测及致病性研究

研究不同动物来源大肠埃希菌iss基因分布及其致病性。分别将分离于发病猪、鸡和犊牛的44株大肠埃希菌计数后腹腔注射小白鼠,观察临床症状,记录发病及死亡情况;采用PCR方法分别扩增不同动物来源的44株大肠埃希菌的iss基因存在情况,同时对部分PCR扩增产物测序并进行同源性分析。感染后小白鼠出现不同程度的临床症状。其中有14株对小白鼠的致病性最强,感染小鼠的死亡率达100%;有25株致病性较弱,死亡率为20%~80%;而另有5株接种感染后小鼠均无死亡;iss基因在致病性大肠埃希菌中的PCR扩增总频率为79.5%;在毒力较强大肠埃希菌中的PCR扩增频率为92.8%;在无致病力(或低毒力)大肠埃希菌中的PCR扩增频率为16.7%;部分基因片段核苷酸序列与参考序列之间同源性在91.6%~99.0%。iss基因致病性强的菌株扩增频率明显高于其他菌株,且不同来源菌株iss基因片段变异程度不大。     

Morphopopulation and ultrastructural characteristics of anthrax pathogen cells isolated from a macroorganism

It has been established that all anthrax bacteria in an infected organism have the same morphology and fine structure typical for Bacillus anthracis cells. Anthrax bacteria under conditions of a macroorganism form a capsule and slime. A massive bacterial capsule 0.1–0.4 μm thick is characteristic for bacteria of highly virulent and virulent B. anthracis strains. Microbes of avirulent, weakly virulent, and many virulent strains of the anthrax pathogen form a capsule 0.05–0.75 μm thick.     

3种甜樱桃病毒PNRSV、PDV及LChV-2的多重RT-PCR检测方法的建立与应用

【目的】建立可同时检测李属坏死环斑病毒（Prunus necrotic ringspot virus,PNRSV）、李矮缩病毒（Prune dwarf virus,PDV）、樱桃小果病毒2（Little cherry virus-2,LChV-2）的多重RT-PCR检测方法。【方法】以复合感染3种病毒的甜樱桃病株叶片为材料,采用CTAB法提取样本总RNA,选用随机六聚体引物对植物样本总RNA进行反转录,所得cDNA作为多重RT-PCR的扩增模板。根据GenBank中PNRSV、PDV、LChV-2基因组序列共设计6对特异引物,分别通过单一RT-PCR和多重RT-PCR筛选出可用于同时检测3种甜樱桃病毒的引物组合。对多重RT-PCR的退火温度及循环数进行优化,以筛选出各引物组合的最适扩增条件。分别以单一感染PNRSV、PDV、LChV-2、复合感染3种病毒、单一感染樱桃病毒A（Cherry virus A,CVA）及甜樱桃无毒苗为样本,对多重RT-PCR引物的特异性进行分析。选取复合感染3种病毒的甜樱桃总RNA的反转录产物为初始模板,按照梯度稀释法依次将模板稀释为2、22、23、24、25倍,在相同PCR反应体系及反应条件下分别对各引物组合的灵敏度进行分析。多重RT-PCR的扩增条带经凝胶回收试剂盒回收纯化后连接至pMD18-T vector,克隆测序,以验证多重RT-PCR检测的准确性。并应用该方法对山东泰安地区甜樱桃生产园中间隔栽培的中国樱桃进行检测。【结果】筛选到2个可以应用的引物组合,组合1“PNRSV-S1/A1、PDV-S2/A2、LChV2-S1/A1”可分别特异性地扩增733、467、337 bp的片段。组合2“PNRSV-S1/A1、PDV-S3/A3、LChV2-S1/A1”可分别扩增得到733、265、337 bp的片段。扩增产物大小与预期相符。多重RT-PCR反应条件优化结果显示,在退火温度52℃、35个循环条件下,2个引物组合的检测效果均较为理想。特异性分析结果显示,2个引物组合均能特异性检测其各自的靶病毒。灵敏度分析结果显示,2个引物组合在cDNA的23×稀释液中仍能特异性扩增,但扩增条带的强度稍有差异,其对植物总RNA的反转录产物的最低检测浓度为107.9 ng•μL-1。克隆测序及序列分析表明,2个引物组合对各自靶病毒的检测结果可靠。应用该方法对9个中国樱桃样本进行检测,结果显示,测试样品均至少感染了2种病毒,其中5个样品复合感染了3种病毒,2个样品同时感染PDV和LChV-2,2个样品同时感染PNRSV和LChV-2。【结论】应用建立的多重RT-PCR检测方法可稳定、准确、灵敏的同时检测单一或复合侵染的3种甜樱桃病毒。     

基于鸭疫里默氏杆菌16SrRNA PCR检测方法的建立和应用

根据GenBank中鸭疫里默氏杆菌(RA)16SrRNA基因序列设计特异性引物,建立了基于鸭疫里默氏杆菌16SrRNA PCR检测方法。以建立的PCR方法对RA、大肠杆菌、沙门氏菌、鸭源金黄色葡萄球菌、两双歧杆菌、短乳酸杆菌、屎肠球菌和短小芽孢杆菌进行检测,结果只有RA DNA能扩增出844 bp的特异条带,其他细菌的DNA不能扩增出任何条带;从凝胶中回收DNA条带,测序结果与GenBank中RA相应序列完全一致。对不同稀释度的RADNA样品进行扩增,PCR对RA DNA最小检出量为22 pg,最少检出RA 80 CFU/mL。以该PCR方法对可疑为RA的临床病料和菌株进行检测和鉴定,结果与细菌分离鉴定吻合率为100%。表明本研究所建立的基于RA 16SrRNAPCR方法具有快速、灵敏、特异的优点,可用于RA感染的检测、分子流行病学调查和分离菌株的快速鉴定。     

A multiplex PCR method for detection of Clavibacter michiganensis subsp. michiganensis with co-amplification of its host DNA

A multiplex PCR assay system was developed for the detection of Clavibacter michiganensis subsp. michiganensis (Cmm), which combined two tests in one reaction mixture. Cmm-specific primers PSA-4/PSA-R and Solanum lycopersicum-specific primers NS-7-F/NS- 8-R (internal PCR control primer) were combined in one PCR reaction mixture with Cmm and plant DNA as template. The primer sets could amplify the target product successfully. Different combinations and concentrations of primers and annealing temperatures were tested, respectively. The detection level of the optimized multiplex PCR assay was up to 5×10² cfu·mL⁻¹. To verify the applicability of this system, it was employed to detect Cmm in tomato seeds and plantlet samples. Seeds mixed with Cmm and diseased plantlets were detected successfully. The multiplex PCR system will avoid false-negative results and provide a reliable method for the detection of Cmm.     

基于PLO基因的山羊化脓隐秘杆菌PCR检测方法的建立与应用

为建立特异的化脓隐秘杆菌PCR检测方法,基于化脓隐秘杆菌PLO基因设计4对引物,对12种细菌进行常规PCR扩增,以评价方法的特异性,并运用建立的PCR方法检测临床样本。结果显示只有使用F1/R1引物对的PCR方法能鉴别化脓隐秘杆菌,并能用于临床样本检测。     

房山区4种动物源性成分PCR检测试验

本研究利用牛、羊、猪、鸡线粒体mtDNA中保守序列16s rRNA,设计一对动物的通用引物,检测了含有动物源性成分的样品,同时设计了针对牛、羊、猪、鸡mtDNA中的保守序列,选择4对特异性引物,扩增得到目的片段大小分别为271 bp、274 bp、212 bp和266 bp。利用通用引物,优化了PCR反应体系及其反应条件,建立了从未知样品中快速获取动物源性成分检测的PCR方法;利用牛、羊、猪、鸡特异性引物,建立了PCR方法快速鉴定牛、羊、猪、鸡这4种动物源性成分的方法。     

进境大豆种子上菜豆荚斑驳病毒和大豆花叶病毒的多重RT-PCR检测

【目的】针对进境大豆种子上症状相似的菜豆荚斑驳病毒（Bean pod mottle virus,BPMV）和大豆花叶病毒（Soybean mosaic virus,SMV）,建立同时快速检测2种病毒的多重RT-PCR技术。【方法】根据GenBank公布的BPMV、SMV外壳蛋白基因序列,设计2对特异性引物,以复合感染BPMV、SMV的大豆种子为材料,提取dsRNA作为模板进行多重RT-PCR的引物浓度、退火温度和循环数的优化。利用优化建立的多重RT-PCR方法分别对健康大豆种子、BPMV、SMV及2种病毒复合感染的大豆种子进行检测,测定该方法的特异性。利用健康大豆种子提取的dsRNA,将从复合侵染BPMV、SMV大豆种子中提取的dsRNA按10倍梯度稀释,依次稀释为原液的10^-1、10^-2、10^-3、10^-4、10^-5和10^-6倍作为模板,分别进行多重RT-PCR和单一RT-PCR扩增,测定灵敏度。多重RT-PCR扩增产物回收纯化后,连接于pMD18-T载体,进行克隆测序和序列比对,进一步验证该方法的可靠性。应用建立的多重RT-PCR方法对来自于美国、阿根廷、中国和巴西的疑似带病大豆种子进行检测,同时以单一RT-PCR检测进行验证。以BPMV、SMV抗体等体积混合液包被PCR管后再加入样品提取液或直接以样品提取液包被PCR管,将免疫捕获、试管捕捉和多重RT-PCR相结合,建立同时检测BPMV、SMV的多重一步IC-RT-PCR、多重一步TC-RT-PCR方法。【结果】多重RT-PCR的优化结果显示,最佳引物浓度为BPMV 0.4μmol·L^-1、SMV 0.4 μmol·L^-1,最佳退火温度为52℃,最佳循环数为35。特异性测定结果表明,多重RT-PCR能够从复合感染BPMV、SMV的大豆种子上同时扩增到大小约542、221 bp特异性目的条带,从单一感染BPMV的大豆种子上扩增到大小约542 bp特异性目的条带,从单一感染SMV的大豆种子上扩增到大小约221 bp特异性目的条带,而从健康大豆种子材料上未扩增出任何特异性条带。灵敏度测定结果表明,当dsRNA原液稀释至10^-3倍时,无论是多重RT-PCR,还是单一RT-PCR均未扩增出特异性目的条带,多重RT-PCR与单一RT-PCR的灵敏度相当,为10^-2倍dsRNA原液。多重RT-PCR扩增产物克隆测序和序列比对结果显示,BPMV、SMV所测的序列全长分别为542和221 bp,与预期大小完全相符,且与已报道的各病毒基因序列高度同源,证实了多重RT-PCR结果的可靠性。应用建立的多重RT-PCR方法分别对来自于4个国家的大豆种子样品进行检测,结果从3份美国大豆种子样品检出BPMV,1份美国大豆种子检出SMV,1份阿根廷大豆种子检出SMV,2份中国大豆种子检出SMV,该结果与单一RT-PCR验证结果一致,阳性符合率达100% 。建立的多重一步IC-RT-PCR、多重一步TC-RT-PCR方法能够从复合感染BPMV、SMV的大豆种子中成功扩增出2条特异性目的条带,而从健康大豆种子中未扩增出特异性目的条带。【结论】建立的多重RT-PCR检测方法为进境大豆种子上BPMV、SMV的快速检测提供了参考。     

塔里木盆地一处柽柳林土壤细菌多样性分析

[目的]对塔里木盆地一处柽柳林土壤细菌多样性进行初步探索,为下一步对塔里木盆地其它地区柽柳林土壤微生物多样性分析及极端环境微生物的筛选奠定基础.[方法]采集塔里木盆地一处柽柳林土壤样品,采用纯培养方法进行细菌的分离纯化.提取各菌株基因组DNA,进行16S rRNA扩增、测序及系统进化树的绘制,分析其多样性.[结果]共分离得到21株菌,其中Firmicutes(厚壁菌门)11株,Actinobacteria (放线菌门)7株,Proteobacteria(变形菌门)和Bacteroidetes (拟杆菌门)各1株.革兰氏染色结果表明,3株菌为革兰氏阴性,其余为革兰氏阳性.Blast比对结果表明菌株CL4与标准菌株Pontibacter korlensis (DQ888330,普拉特链霉菌)的同源性为91;,可能为潜在的新种.[结论]塔里木盆地柽柳林土壤中存在较丰富的细菌资源,并可能存在微生物新物种,具有进一步研究开发的价值.     

支气管败血波氏杆菌PCR检测方法的建立和应用

根据支气管败血波氏杆菌ptxA基因设计1对引物,扩增特异的872 bp核酸片段,建立了应用PCR检测支气管败血波氏杆菌的方法.特异性试验结果表明,3株支气管败血波氏杆菌参考菌株均能扩增出872 bp特异性的核酸片段,兔源性的大肠杆菌、巴氏杆菌、沙门氏菌、金黄色葡萄菌的扩增结果均为阴性.敏感性试验结果表明,PCR的最低检出限量为210个支气管败血波氏杆菌.利用建立的PCR检测方法对22株从山东省泰安地区某兔场采集的疑似兔支气管败血波氏杆菌病病兔鼻黏液棉拭子进行检测,结果19株为阳性.并同时进行普通血清学方法和细菌学方法,对检测结果进行了比较,结果显示,PCR方法阳性检出率高于其他检测方法.