鸭疫里默氏杆菌PCR快速检测方法的建立与应用

根据GenBank中16株鸭疫里默氏杆菌(RA)的外膜蛋白A(OmpA)基因序列,在其保守区设计了一对特异性引物,建立了PCR方法,并对已有5个血清型的鸭疫里默氏杆菌纯培养菌和6株临床分离未定型的里默氏杆菌菌株,及病死鸭病料组织进行了检测。结果表明,5个血清型的鸭疫里默氏杆菌纯培养菌和6个未定型的里默氏杆菌的DNA都可扩增出592 bp的特异目的条带,而对鸭源大肠杆菌、鸭源多杀性巴氏杆菌、鸭源沙门氏菌的扩增结果均为阴性,在对11只不同鸭场病死鸭各种组织的检测中,脑的检出率为5/11(高于细菌分离的3/11),肝脏的检出率为4/11(高于细菌分离的3/11),心血的分离率为3/11(等于细菌分离的3/11),其它脏器未检测到里默氏杆菌。分别将鸭疫里默氏菌基因组DNA和菌落提取液进行10倍梯度稀释,基因组DNA的最小检出量为10 pg,菌落最小检出量为10 CFU/m l。此法可用于快速鉴定鸭疫里默氏杆菌,也适用于病料的直接检测。     

鸭疫里默氏杆菌PCR快速检测方法的建立

鸭疫里默氏杆菌病对养鸭业危害严重,传统及常规检测方法均有不足,因此有必要建立起一种更加快速简捷、敏感实用的菌落PCR法。根据GenBank公布的鸭疫里默氏杆菌ATCC株OMPA基因序列,在基因保守区设计特异性引物,直接挑取单菌落作为模板,从分离鉴定的1,2,10,11型15株菌及1,2,10,11型4株参考菌株中均能扩增出大小为670 bp的特异性核酸片段,而对照的大肠杆菌、多杀性巴氏杆菌的扩增结果均为阴性;将培养菌用TE作10倍梯度稀释,最低检出限量为80个鸭疫里默氏杆菌;建立的菌落PCR与常规PCR法比较,两种方法均能扩增出相同的特异性条带。结果表明,菌落PCR法具有较好的特异性和敏感性,与常规PCR法结果完全一致,且更加快速简捷,在临床应用上具有更好的实用价值。     

PCR法快速检测鸭疫里氏杆菌的研究

根据Gen-Bank中25株鸭疫里氏杆菌(RA)的外膜蛋白A(OmpA)基因序列，在其高度保守区设计了一对特异性引物，成功地建立了鸭疫里氏杆菌的快速、准确PCR检测方法。RA参考菌株J04(2型)、J07(JX1型)均能扩增出67lbp的特异性目的条带，而对鸭源大肠杆菌、鸭源多杀性巴氏杆菌、鸭源沙门氏菌、鸭源葡萄球菌的扩增结果均为阴性。PCR产物经EcoRI酶切鉴定得494bp和177bp两个预期条带。最低检出基因组DNA浓度为800fg。用全菌体进行PCR时，本实验室分离鉴定的60株RA均能够扩增出特异性目的条带。25份临床疑似病例的分离菌株的PCR扩增阳性率与生化鉴定率完全一致。该方法表明能从痫料组织培养8h的混合菌群中快速、准确地检测到RA，可用于RA的快速诊断和流行病学调查。     

4株鸭疫里默氏杆菌的PCR快速鉴定及药敏试验

从湖北省武汉郊区和监利市两地的发病雏鸭分离纯化到4株鸭疫里默氏杆菌(Riemerella anatipestifer,RA),通过对该菌形态学鉴定、生化试验、细菌16S rRNA的快速鉴别诊断证明了4株细菌均为鸭疫里默氏杆菌.将不同来源的菌株各选一株HBSPX和HBJL,进行了16S rRNA目的片段的扩增并测序,测序结果表明这两株细菌与其他鸭疫里默氏杆菌的16S rRNA同源性高达99.4％和98.9％.药敏试验结果表明,HBSPX株对阿莫西林、先锋Ⅵ高度敏感,但HBJL株对氯洁霉素和红霉素高度敏感.     

雏鸭鸭疫里默氏杆菌与Wautersiella falsenii杆菌混合感染的诊断

为雏鸭鸭疫里默氏杆菌(RA)与Wautersiella falsenii杆菌混合感染的诊断与治疗提供参考,对贵州安顺某鸭场1月龄疑似RA感染的4只病鸭进行临床症状观察、病理剖检、细菌分离鉴定、16SrRNA序列分析及药敏试验。结果表明:病鸭临床症状为精神沉郁、采食量少、神经症状明显、卧地不起、拉灰白色水便;病鸭心脏、肝脏和脾脏有纤维素性病变,并伴有心包积液;无菌分离出GZRA2019和GZWF2019革兰氏阴性杆菌株,分别为鸭疫里默氏杆菌和W.Falsenii杆菌;鸭疫里默氏杆菌对头孢呋辛、氨苄西林、青霉素等7种抗生素耐药,对多西环素、四环素和头孢哌酮3种抗生素敏感;W.Falsenii杆菌对头孢他啶、青霉素、头孢氨苄等10种抗生素耐药,对多西环素、四环素和头孢哌酮3种抗生素中度敏感。该养鸭场存在鸭疫里默氏杆菌和W.Falsenii杆菌混合感染。     

鸭坦布苏病毒病、鸭圆环病毒病与鸭疫里默氏杆菌混合感染的诊断

为确诊贵州省三穗县某鸭场62日龄花边鸭发病原因,通过临床症状观察及对采集的10只病鸭进行病理剖检、细菌分离鉴定、病毒PCR/RT-PCR检测。结果表明：分离到4株鸭疫里默氏杆菌,对头孢类药物高度敏感,对大环内酯类和氨基糖苷类药物耐药;通过病毒特异性引物扩增出鸭坦布苏病毒和鸭圆环病毒条带。该鸭场病鸭由鸭坦布苏病毒、鸭圆环病毒和鸭疫里默氏杆菌混合感染所致。     

鸭坦布苏病毒病、鸭圆环病毒病与鸭疫里默氏杆菌混合感染的诊断

为确诊贵州省三穗县某鸭场62日龄花边鸭发病原因,通过临床症状观察及对采集的10只病鸭进行病理剖检、细菌分离鉴定和病毒PCR/RT-PCR检测。结果表明:分离到4株鸭疫里默氏杆菌,对头孢类药物高度敏感,对大环内酯类和氨基糖苷类药物耐药;病毒特异性引物扩增出鸭坦布苏病毒和鸭圆环病毒条带。该鸭场病鸭由鸭坦布苏病毒、鸭圆环病毒和鸭疫里默氏杆菌混合感染所致。     

鸭疫里默氏杆菌中国分离株的外膜蛋白A基因的克隆与序列分析

为了对鸭疫里默氏杆菌(Riemerella anatipestifer,RA)中国分离株的外膜蛋白A(OmpA)基因的序列进行分析,根据GenBank中已发表的鸭疫里默氏杆菌(Riemerella anatipestifer,RA)的外膜蛋白A(Om-pA)基因序列,在其高度保守区设计一对特异性引物,应用PCR技术,分别扩增从中国广东、福建和山东等地分离的8株鸭疫里默氏杆菌中国分离株的OmpA基因,克隆测序后与GenBank中已发表的26株鸭疫里默氏杆菌进行序列比较,结果表明:所有菌株的OmpA基因均为由1164个碱基组成的ORF,编码387个氨基酸组成的蛋白质,起始密码子均为ATG,终止密码子均为TAA,其核苷酸序列非常保守,同源性高达88.2%~100%,氨基酸同源性达到88.9%~100%。试验表明,OmpA基因具有种内相对保守性,其核苷酸与氨基酸同源性与鸭疫里默氏杆菌的血清型、分离时间和地点之间无必然联系。     

某鸭场鸭疫里默氏杆菌病实验室诊断

为了确诊贵州省某养鸭场雏鸭异常死亡的病因,采用细菌分离鉴定、PCR检测、药敏试验等实验室诊断方法。结果显示,分离菌为革兰氏阴性短小杆菌;鸭疫里默氏杆菌特异性引物扩增出特异性目的片段;药敏试验发现对头孢氨苄、头孢哌酮、头孢拉定、头孢他啶、哌拉西林、氧氟沙星、诺氟沙星和米诺环素等8种抗菌药物呈现良好的敏感性。确诊该养鸭场雏鸭为鸭疫里默氏杆菌感染,可根据敏感药物进行治疗。     

PCR检测鸭疫里默氏菌的研究

对本研究室分离、鉴定并保存的42株鸭疫里默氏菌(包括8个血清型)、9株鸭源大肠杆菌和4株鸭源禽多杀性巴氏杆菌进行PCR扩增，结果所有的鸭疫里默氏菌均能扩增出809bp的特异性DNA片段，而鸭源大肠杆菌和鸭源禽多杀性巴氏杆菌均为阴性。试验证明以细菌DNA和全菌体分别作模板，对PCR的扩增结果无影响。经过优化的该PCR方法能检测出的最低DNA量为1pg。     

猪附红细胞体特异性PCR检测方法的建立

从猪血中分离附红细胞体,提取其基因组DNA,用EcoRI对基因组DNA进行酶切,将酶切片段进行琼脂糖电泳,得到一个1.8 kb的DNA片段,根据DNA序列分析与GenBank已知基因比较和PCR方法确定该片段具有特异性,以该片段为模板进行PCR,并将其扩增产物与其它猪的其他细菌DNA扩增产物相比较,建立一种检测猪外周血中附红细胞体的特异性PCR检测方法,并通过斑点杂交试验检测该产物特异性,通过临床应用检验该法的适用性。结果表明:扩增产物大小为782 bp,其序列与已知附红细胞体序列同源性为100%,斑点杂交试验证实该产物为附红细胞体特异性产物,将该方法应用于检测10头临床症状典型的感染猪和10头健康猪的血液,所有感染和隐性带菌猪的PCR检测结果为阳性,健康猪为阴性。猪外周血中附红细胞体的特异性PCR检测方法适用于检测无临床症状的隐性带菌动物。     

犬巴贝西虫病PCR检测方法的建立

为快速、准确检测犬巴贝西虫病,根据GenBank中收录的犬的巴贝西虫18sRNA基因序列,设计合成1对特异性诊断引物,建立了PCR诊断方法。结果扩增出了犬巴贝西虫18sRNA基因的一段大小为319bp片段,经测序,所扩增序列与报道的序列完全匹配。同时对附红细胞体、巴氏杆菌DNA样品进行扩增没有出现扩增条带。阳性犬全血DNA稀释1 000倍后,依然可以有效地检测出虫体DNA。结果表明,所建立的PCR检测方法,具有极高的敏感性和特异性,可以运用于临床检测巴贝西虫病。     

菜豆萎蔫病菌的PCR检测技术

根据在GenBank已登录的萎蔫短小杆菌(Curtobacterium flaccumfaciens)的基因间重复序列，用DNAman5．0软件比较同源性，设计了一对引物CffF1和CffR2，并以菜豆萎蔫病菌的基因组DNA为模板进行扩增，得到了一段长280bp的PCR特异产物。参试的其他属如棒形细菌属(Clavibacter)、节杆菌属(Arthrobacter)、拉氏杆菌属(Rathayibacter)、红球菌属(Rhodococcus)细菌和萎蔫短小杆菌的其他致病变种(Cur．f.pv．oortii、Cur.f.pv．poinsettiae、Cur．f.pv．betae)，以及其他植物病原细菌的基因组DNA均无扩增产物。该检测方法特异性强、灵敏度高，在100Pg的基因组DNA浓度下仍能检测到很强的条带。     

患病北极红点鲑的病原分离与鉴定

对2004年5月四川省某养殖基地养殖的北极红点鲑患病鲑进行了病理学检查和病原分离,从病灶处分离到细菌和真菌。分离到的细菌经API生化鉴定为杀鲑气单胞菌杀鲑亚种(Aeromonas salmonicidasubsp.salmonicida)。用引物AP1和AP2对纯化后的细菌进行PCR扩增,结果扩增出长度为421 bp的DNA片段,对扩增片段进行克隆、测序,用NCBI-BLASTn在GenBank中搜寻相似序列,结果与杀鲑气单胞菌各株A层蛋白部分编码基因有99%以上的序列同源性。用引物EUS-F和EUS-R对分离到的真菌进行PCR扩增,结果扩增出长度为755 bp的DNA片段,对扩增片段进行克隆、测序,用NCBI-BLASTn在GenBank中搜寻相似序列,结果与水霉属各株的DNA片段(包括18S核糖体RNA基因部分序列、内转录间隔区1全序列、5.8S核糖体RNA基因全序列、内转录间隔区2全序列和28S核糖体RNA部分序列)有93%-100%的同源性;而与属于丝囊霉菌属的EUS各株相对应的DNA片段仅有60%的序列同源性。因此判定所分离的真菌为水霉。杀鲑气单胞菌是引起疖疮病和溃疡病等病的病原菌,而水霉广泛存在于水中,当鱼受伤后,水霉孢子容易从患病部位侵入鱼体,加重感染。因此判断该病主要是由杀鲑气单胞菌引起,而水霉则引起继发感染。     

鸡传染性喉气管炎病毒PCR快速检测方法的建立

根据GenBank发表的传染性喉气管炎病毒(ILTV)TK基因序列(EF552578),设计合成了1对特异性引物,通过优化反应条件,成功地从ILTV疫苗株中扩增出329 bp特异性片段,而传染性支气管炎病毒、新城疫病毒及马立克病毒基因组均未扩增为出相应的片段。回收的PCR产物经EcoRⅠ酶切和测序鉴定,证实了该扩增片段的特异性。PCR检测ILTV DNA的最小检测量为30 pg。经临床初步应用表明,该方法的建立使传染性喉气管炎病毒的检测更为快速、简便、经济和实用。     

猪弓形虫特异PCR诊断方法的建立

[目的]建立特异PCR方法诊断猪弓形虫病.[方法]以核糖体DNA第一内转录间隔区(ITS1)序列作为弓形虫种特异的遗传标记,优化PCR反应条件,对猪弓形虫分离株和临床病料进行检测.随机取阳性PCR扩增片段进行克隆,测序鉴定.[结果]在猪弓形虫分离株中PCR扩增出目的条带,且在肺门淋巴结和肠系膜淋巴结中扩增出特异性条带;PCR方法能检测到的最低DNA量为7.81 pg/μL;测序结果显示核苷酸序列与Genbank中已登录的猪弓形虫IST1基因序列相应部分序列完全相同.[结论]该PCR方法具有较高的敏感性和特异性,是诊断猪弓形虫病的一种快速检测方法.     

甘蔗黑穗病菌DNA提取及PCR检测

本研究利用尿素混合液直接从甘蔗黑穗病菌孢子提取基因组DNA进行PCR检测鉴定,经过反复试验,建立了一种简便、快速的检测鉴定方法。利用建立的方法对12个甘蔗黑穗病样品进行病菌基因组DNA提取,将甘蔗黑穗病菌特异性引物进行PCR检测,均扩增出大小为420 bp的预期DNA片段条带。PCR扩增产物经克隆测序,与GenBank数据库中的甘蔗黑穗病病原菌序列比对,同源性达99%。     

链球菌通用PCR检测方法的建立及应用

为建立链球菌快速检测方法,根据链球菌延伸因子EF-Tu基因设计合成1对通用引物,对链球菌属及其他属细菌进行PCR检测.结果表明,所设计的通用引物对猪链球菌2型和无乳链球菌均能扩增出1条大小为197 bp的特异性DNA条带,而对金黄色葡萄球菌、表皮葡萄球菌、粪肠球菌、大肠埃希氏菌、枯草芽孢杆菌、绿脓杆菌、都柏林沙门氏菌和多杀性巴氏杆菌均呈阴性反应;经对PCR产物进行测序分析表明,扩增片段与GenBank上链球菌相应序列的同源性达90%～98%;对链球菌DNA样本不同稀释度的检测显示,该PCR的最低检出量可达0.1 ng/mL;利用PCR检测方法对11株链球菌分离物进行检测,结果均能扩增出与预期大小相一致的目的条带,与传统生化鉴定结果符合率达到100%.这些结果表明,已成功建立了链球菌PCR检测方法,并可应用于临床链球菌的鉴定.     

肉中猪源性成分Real-time PCR定量检测技术

【目的】建立一种快速、准确的肉中猪源性成分定量检测方法。【方法】首先从GenBank数据库中筛选猪特异性的微卫星DNA,根据微卫星DNA核酸序列设计引物,对常见10种动物基因组DNA进行PCR扩增,通过有无扩增产物判断筛选的微卫星DNA对猪源性成分的特异性。然后根据微卫星DNA核酸序列,设计特异性引物和探针,建立猪源性成分Real-time PCR检测方法,采用双标准曲线分别对猪源性成分和总动物源性成分进行定量,计算猪源性成分的百分含量。【结果】筛选到猪特异性微卫星DNA（Accession EF172428）,根据其序列设计的引物SEQ-sus2-F/R只能从猪基因组DNA中扩增出目的条带,其他动物的基因组均无目的条带扩增。建立的Real-time PCR检测方法灵敏度为0.02 ng/25 μL反应体系。该方法能够准确检测出混合DNA样品中猪源性成分和混合肉样品中猪源性成分,百分误差分别约为1.32%和1.06%—7.12%。【结论】本研究利用Real-time PCR技术建立的定量猪源性成分的检测方法可以用来检测猪源性成分在混合样品中的百分含量。