新疆库米什金矿土壤可培养细菌的多样性分析

[目的]了解新疆库米什一处金矿土壤可培养细菌的多样性及建立菌种资源库.[方法]采集库米什金矿土壤样品,采用两种不同培养基(LB,TSB)分离纯化细菌,对其进行形态观察(菌落及细胞)、生理测定、16SrDNA测序和系统进化分析.[结果]从两种培养基上总共得到50株细菌,根据基于16S rDNA的系统进化分析表明,50株菌分别属于3个大类群:厚壁菌门(Firmicutes ),放线菌门(Actinobacteria),γ-变形菌纲(γ-Proteobaeteria),12个属,30个分类单元.其中芽抱杆菌属(Bacillus)为优势细菌种群,占已测种群的63.3;.菌株L10-5与Bacillus foraminis (AJ717382)有96.463;的相似率,可能为潜在新种.[结论]库米什金矿土壤可培养细菌具有较高的多样性,存在潜在新菌种资源,值得进一步研究.     

BIOLOG碳源筛选与分离技术结合研究新疆哈密南湖嗜盐菌多样性

[目的]获得新疆哈密南湖的嗜盐菌,并分析其生物多样性,以期为分离培养基碳源设计引入一种快速可行的方法.[方法]利用BIOLOG筛选碳源并结合可培养方法分离哈密南湖中的嗜盐菌,通过16S rRNA基因序列系统发育分析法初步确定所分离菌株的分类地位,获得嗜盐菌的多样性信息.[结果]BIOLOG方法筛选出5种碳源,分别为海藻糖、蔗糖、柠檬酸、甘油和甘露醇.通过将筛选碳源添加至分离培养基的方法,共分离得到细菌和放线菌27株,分属于细菌域中3个门7个科14个属.多数菌株归属于厚壁菌门(Firmicutes),最优势菌株属于薄壁芽孢杆菌属(Gracilibacillus).其中6株菌株的16S rRNA基因序列与最近缘种的同源性在94.24;～96.86;,可能为潜在的新种或新属.[结论]新疆哈密南湖嗜盐细菌和放线菌都具有较为丰富的生物多样性,其嗜盐菌主要以薄壁芽孢杆菌和盐单胞菌为主,并且该地区可能含有丰富的嗜盐菌新物种,具有进一步开发研究价值.     

促生菌对土壤养分、酶活性及细菌群落功能多样性的影响

[目的]探讨植物促生菌对土壤理化特性及细菌群落功能多样性的影响,为高效微生物菌肥的制备及应用提供参考依据.[方法]选用5株对植物生长有促进作用的菌株(PAL5、CA1、CN11、DX120E和WZS021),将菌株分别接种至灭菌土壤(以不接种为对照),通过测定土壤pH、氮磷钾养分含量及土壤碱性磷酸酶、过氧化氢酶和脲酶活性,评价不同促生菌株对土壤肥力的影响;同时运用Biolog测定方法对土壤中的细菌群落功能多样性进行探究.[结果]促生菌处理可显著提高土壤pH及土壤速效和缓效养分含量(P<0.05,下同),同时可促使土壤无机磷向可溶性磷转化,显著降低无机磷含量;促生菌处理的土壤碱性磷酸酶、过氧化氢酶和脲酶活性也显著高于对照,其中,CN11处理的碱性磷酸酶活性是对照的3.64倍,DX120E处理的过氧化氢酶和脲酶活性分别是对照的2.34和4.52倍.Biolog测定结果显示,接种促生菌可提高细菌总代谢活性,其中CN11处理的微生物活性最高.各菌株处理后,土壤细菌群落物种丰富度指数、优势度指数和均匀度指数均显著高于对照;主成分分析结果表明,接种促生菌可调控土壤细菌群落功能多样性及土壤细菌群落结构,其中CN11和DX120E处理的土壤微生物碳源代谢能力较强.[结论]施用促生菌可不同程度地提高土壤养分及土壤酶活性,调控土壤细菌群落结构.CN11和DX120E处理在土壤养分的活化及提高土壤酶活性和细菌群落多样性等方面效果较佳.     

桉树枝瘿姬小蜂雌成虫体内可培养细菌分离鉴定及多样性分析

[目的]明确桉树枝瘿姬小蜂(Leptocybe invasa Fisher&La Salle)体内可培养细菌多样性,为利用微生物防治该害虫打下基础.[方法]利用传统的细菌分离培养与鉴定方法,结合16S rDNA测序和系统发育分析,对刚羽化的桉树枝瘿姬小蜂雌成虫体内可培养细菌进行多样性分析.[结果]从桉树枝瘿姬小蜂体内分离出11株细菌,经鉴定归类于3个门(厚壁菌门、放线菌门和变形菌门)3个纲(芽孢杆菌纲、放线菌纲和γ-变形菌纲)4个目(芽孢杆菌目、微球菌目、乳酸杆菌目和肠杆菌目)8个科(芽孢杆菌科、微杆菌科、葡萄球菌科、乳酸杆菌科、纤维单胞菌科、微球菌科、肠杆菌科和类芽孢杆菌科)8个属(芽孢杆菌属、微杆菌属、葡萄球菌属、片球菌属、纤维单胞菌属、微球菌属、埃希氏杆菌属和类芽孢杆菌属),其中,厚壁菌门(Firmicutes)6株,为优势类群;芽孢杆菌属(Bacillus)3株,为优势菌属.[结论]桉树枝瘿姬小蜂体内可培养细菌具有丰富的多样性.     

海南西海岸4种真红树植物根际土壤细菌多样性及其生物活性研究

[目的]研究海南西海岸真红树根际土壤细菌多样性及延缓衰老活性和杀线虫活性,挖掘更多潜在新物种和高效活性物质,为红树林微生物资源的开发应用提供参考依据.[方法]以海南西海岸4种真红树植物(红海榄、桐花树、白骨壤和红树)根际土壤为研究对象,采用9种分离培养基(AGG、M4、M5、M7、M9、M10、M11、P3和P7),以稀释涂布法和三线法从真红树根际土壤中分离细菌,通过菌株形态特征观察及16S rRNA序列分析,探讨真红树根际土壤细菌物种多样性;利用秀丽隐杆线虫活体模型对分离获得的细菌发酵产物粗提物进行延缓衰老活性筛选,并采用96孔板法测试细菌发酵产物粗提物的杀线虫活性.[结果]经排重合并及16S rRNA序列比对分析,从真红树根际土壤中分离得到23株根际细菌,隶属于10目11科12属,其中芽孢杆菌属(Bacillus sp.)11株,占分离细菌总数的47.83%,为优势菌属.有2株细菌(IMDGX 6099和IMDGX 6198)的16S rRNA序列与有效发表菌株的相似性低于98.65%,可能为潜在新种.秀丽隐杆线虫模型筛选发现3株细菌(IMDGX 6153、IMDGX 6098和IMDGX 6198)发酵液具有不同程度延缓线虫衰老的活性,有1株细菌(IMDGX 6094)的发酵液对秀丽隐杆线虫具有杀线虫活性,其半数致死浓度(LC50)为192.02μg/mL.[结论]海南西海岸真红树根际土壤细菌具有较高的物种多样性,蕴藏着丰富的细菌资源,且部分细菌菌株具有延缓衰老和杀线虫活性,在新菌种、生物活性物质的发现及研制新型抗衰老药物和高效生物杀虫剂方面均具有巨大潜力.     

《中国学术期刊影响因子年报》系列数据库首发式的北京召开沙雅县胡杨林土壤可培养细菌的多样性分析

[目的]了解新疆沙雅县胡杨林土壤可培养细菌的多样性.[方法]沙雅县胡杨林采集土壤样品,采用两种不同的培养基(LB,TSA)分离纯化细菌,并对它们进行16S rDNA测定和系统进化分析.[结果]分离纯化不同表型的57株细菌.对它们16S rDNA序列分析表明,57株菌分别属于3个大类群厚壁菌门(Firmicutes),放线菌门(Actinobacteria),γ-变形菌纲(γ-Proteobacteria),13个属,33个种;芽孢杆菌属是优势细菌种群,它占已测种群的67.2;.其中6株菌M28,M13,CT3,YS30-1,CM5,CL19初步被认为是潜在的新种(16S rDNA相似率为96.780;～97.961;).[结论]沙雅县胡杨林可培养细菌不仅具有比较高的多样性,并存在一些潜在的新的细菌菌种资源,极具进一步发掘的潜力.     

青藏高原矮火绒草内生细菌多样性及生物功能分析

[目的]探究矮火绒草(Leontopodium nanum)内生细菌的群落结构多样性及其生物学功能,为开发相应功能的生物菌剂提供参考,并为青藏高原生态农牧业生产提供有价值的内生细菌资源.[方法]采用组织分离法对矮火绒草植株内生细菌进行分离纯化,基于16S rDNA序列分析确定分离菌株的系统发育地位;通过平板对峙法检测分离菌株拮抗病原真菌活性;检测分离菌株的产吲哚乙酸(IAA)、溶磷和固氮能力;测定分离菌株除草活性、低温适生性及促种子萌发特性.[结果]从矮火绒草植株根、茎、叶和种子部位共分离获得52株内生细菌,基于16S rDNA序列分析发现52株菌株可归属于4门7纲10目14科18属.其中假单胞菌属细菌为根部优势属,约占根部细菌总数的52.17%;茎中以芽孢杆菌为优势属,约占茎部细菌总数的41.18%;各部位的内生细菌数量分布表现为根>茎>种子>叶.在52株内生细菌中,11株有拮抗病原真菌能力、9株具有产IAA能力、7株有溶磷活性、7株具有固氮活性、20株具有除草活性、13株具有耐低温能力和8株具有促生作用;从植株部位分布来看,7种类型的功能菌在根、茎和种子部位均有分布,拮抗菌和除草菌在根部所占的比例较高,溶磷菌株在各植株部位所占比例均较低;在叶中未分离到拮抗菌、产IAA菌、固氮菌和促生菌.各功能菌株分布在17个属,多样性较高,其中假单胞菌属和芽孢杆菌属中含有多种功能菌株,在植株4个部位所占比例也较高.[结论]矮火绒草植株不同部位内生细菌的数量分布具有差异性,但均可分离到不同类型的功能菌株,功能菌株涵盖17个属,其中以假单胞菌属和芽孢杆菌属居多.     

新疆泥火山可培养细菌系统发育分析

为了解新疆泥火山可培养细菌的多样性,2009年8月从新疆乌苏泥火山群采集土壤样品,经稀释涂布和划线分离得到31株纯培养菌株,对分离的所有菌株均提取基因组DNA,利用真菌、细菌通用引物扩增得到16S rDNA的序列并测序.将序列在NCBl GenBank数据库中通过Blast软件对其进行同源性检索,使用PHYLIP 3.65软件构建系统发育树.结果表明:31株菌分别归属于13个属,其中15株属于变形菌门(Proteobacteria),12株属于放线菌门(Acti-nobacteria),2株属于厚壁菌门(Firmicutes),2株属于微球菌门(Micrococci).新疆泥火山细菌多样性丰富,优势菌群为盐单胞菌(Halomonas),4号和16号菌株为新种或属.     

袋料种植淮山药根际土壤细菌多样性的高通量测序分析

[目的]比较淮山药袋料种植方法与常规定向结薯种植方法的根际土壤微生物种群多样性,为利用微生物多样性指导淮山药袋料种植提供科学依据.[方法]采集常规淮山药定向结薯种植的根际土壤样品(记为CK3)和袋料种植的根际土壤样品(记为A3),对土壤样品中细菌的16S rDNA序列V4高变区进行PCR扩增,并对扩增产物进行高通量测序,分析土壤样品中细菌群落的多样性及其分布规律.[结果]CK3的pH为6.21,有机质含量为32.2 g/kg;A3的pH为5.98,有机质含量为30.0 g/kg.2种不同种植方法下淮山根际土壤样品中共检测出细菌41门100纲147目292科530属.淮山药根际土壤细菌在门水平上的主要优势类群有变形菌门(Proteobacteria)、酸杆菌门(Acidobacteria)、放线菌门(Actinobacteria)、绿弯菌门(Chloroflexi)和芽单胞菌门(Gemmatimonadetes);在纲水平上的主要优势类群有α-变形菌纲(Alphaproteobacteria)、γ-变形菌纲(Gammaproteobacteria)、β-变形菌纲(Betaproteobacteria)、放线菌纲(un-identified-Actinobacteria)和δ-变形菌纲(Deltaproteobacteria)等.在门和纲分类水平上,2种种植方法淮山药根际土壤样品中细菌的优势菌群相似,相对丰度差异不显著(P>0.05),CK3的细菌多样性高于A3.[结论]淮山药袋料种植方法可行,可在旱坡地和石山地等非耕地应用.     

辣椒疫病罹病植株根际土壤细菌群落多样性分析

[目的]分析辣椒疫病罹病植株根际土壤细菌群落多样性,为辣椒疫病防控提供理论依据.[方法]采集湖南长沙、吉首及永州地区辣椒疫病罹病植株根际土壤,运用IlluminaMiSeq高通量测序技术对土壤样品基因组DNA的16S rDNA-V4区进行测序分析,明确不同地区罹病辣椒植株根际土壤细菌群落多样性.[结果]3个地区罹病辣椒根际土壤的细菌OTU数量存在差异,独有OTU占总体比例各有差异,其中永州地区占其总数的30.18%、吉首地区占其总数的41.83%、长沙地区占其总数的24.07%,3个地区共有OTU占所有检测到OTU的14.95%.α多样性指标均表现为长沙地区最低,吉首地区最高.在门水平上,3个地区的罹病辣椒根际土壤微生物组成相似,优势菌门为Acidobacteria(酸杆菌门)、Proteobacteria(变形菌门)、Actinobacteria(放线菌门)和Chloroflexi(绿弯菌门),但3个地区在相对丰度上表现一定差异.[结论]湖南永州、吉首和长沙地区辣椒疫病罹病植株根际土壤细菌多样性存在差异,以吉首最高、长沙最低;3个地区的罹病辣椒根际土壤微生物组成相似,但相对丰度存在差异.     

新疆棉花根际土壤铁载体产生菌的遗传多样性及系统发育研究

 【目的】了解中国新疆地区铁载体产生菌的遗传多样性和系统发育,为筛选高效铁载体产生菌提供依据。【方法】采用BOXAIR-PCR、16S rRNA PCR-RFLP和16S rDNA全序列分析方法对分离自新疆地区棉花根际土壤的铁载体产生菌的遗传多样性进行分析。【结果】在BOXAIR-PCR分析中,68株供试菌分为11个遗传群;在16S rRNA PCR-RFLP分析中,68株供试菌分10个遗传群;代表菌株的16S rDNA 全序列分析表明,供试菌分属于假单胞菌属（Pseudomonas）、肠杆菌属（Enterobacter）、不动细菌属（Acinetobacter）、芽孢杆菌属（Bacillus）、产碱杆菌属（Alcaligenes）、短状杆菌属（Brachybacterium）和泛菌属（Pantoea）。其中,假单胞菌属（Pseudomonas）为优势属。【结论】分离自新疆地区棉花根际土壤铁载体菌存在极大的遗传多样性。     

奶牛乳房炎金黄色葡萄球菌凝固酶基因型研究

 【目的】了解上海和贵州地区引起奶牛乳房炎的金黄色葡萄球菌凝固酶基因型情况,为奶牛乳房炎的防治提供理论依据。【方法】利用16S rRNA保守序列设计引物,PCR扩增鉴定金黄色葡萄球菌,并利用凝固酶基因及其酶切产物多态性对分离鉴定出的金黄色葡萄球菌进行了凝固酶基因分型。【结果】共鉴定出78株金黄色葡萄球菌,有74株金黄色葡萄球菌扩增凝固酶基因片段,分为5个基因型和两个亚型。PCR 1型为贵州地区优势基因型,PCR 3型为上海地区优势基因型。【结论】两地区各基因型菌株分布比例有显著的地域性差异,这与两地区地理环境和养殖水平差异对病原流行传播的影响有关。     

南宁市售文蛤中弧菌的分离鉴定

【目的】对从南宁市售文蛤体内分离获得的待测菌株进行鉴定,为掌握了解广西文蛤产品中弧菌科细菌的带菌情况提供参考依据。【方法】用硫代硫酸盐柠檬酸盐胆盐蔗糖琼脂培养基（TCBS）从南宁海鲜市场的文蛤中分离获得4株细菌,观察其菌落形态,对分离菌株进行生理生化特性鉴定及16S rRNA基因序列进行克隆、测序,运用DNASTAR中的MegAlign软件进行序列分析,并构建系统进化树。【结果】TCBS培养基30℃培养24 h后,菌株No.8和No.9生长良好,形成直径2 mm左右、圆形、隆起的菌落;菌株No.10、No.11生长不良,部分形成直径1 mm左右、圆形、隆起的黄色菌落。菌株生化鉴定结果表明,菌株No.8、No.9在无盐蛋白胨水中不生长,且不能分解葡萄糖;而菌株No.10、No.11可在无盐蛋白胨水中生长,且能分解葡萄糖并产气。16S rRNA序列系统进化树显示,菌株No.8与副溶血弧菌聚集为一个分支,No.9与河流弧菌聚集为一个分支,No.10、No.11则分别与斑点气单胞菌、嗜水气单胞菌聚集为一个分支。综合表型和分子特征可知,菌株No.8为副溶血弧菌,No.9为河流弧菌,No.10为斑点气单胞菌、No.11为嗜水气单胞菌。细菌药敏结果显示,4株分离菌株对四环素、环丙沙星、先锋噻肟、先锋必均表现为高度敏感。【结论】南宁市售文蛤产品主要是污染了弧菌属及气单胞菌属细菌,生产上可选用四环素、环丙沙星、先锋噻肟、先锋必等药物进行防治。     

株高氯·马拉硫磷降解菌的分离鉴定及培养

【目的】分离能够降解高氯·马拉硫磷的菌株,并对其降解特性进行初步研究,以探寻高氯·马拉硫磷无公害降解方法。【方法】利用富集及驯化培养方法,从长期施用并受高氯·马拉硫磷严重污染的土壤中,分离筛选出1株能够高效降解高氯·马拉硫磷的菌株;在形态特征和生理生化鉴定的基础上,对其16S rDNA 序列进行分析,并研究了其对高氯·马拉硫磷的降解特性和最佳摇床培养条件。【结果】获得了1株能以高氯·马拉硫磷作为惟一碳源和氮源生长的菌株,经形态特征观察、生理生化特性鉴定和16S rDNA 序列分析,初步鉴定其属于假单胞菌属;系统发育树显示,该菌株与荧光假单胞菌（Pseudomonas fluorescens）的相似性最高,为99.79%,因此确定其为荧光假单胞菌。该菌株最佳摇床培养条件为：培养基初始pH值8.0,摇床转速180 r/min,培养时间24 h,培养温度30 ℃。在此培养条件下,培养2 d 的菌株对500 mg/L高氯·马拉硫磷的降解率达到67%。【结论】分离菌株对高氯·马拉硫磷有明显的降解作用,可试用于高氯·马拉硫磷污染土壤的微生物修复。     

乌鲁木齐10号冷泉水中可培养细菌群落结构组成

[目的]了解乌鲁木齐10号冷泉水中可培养细菌群落结构组成,以及嗜盐微生物的分离鉴定.[方法]梯度稀释乌鲁木齐10号冷泉水,采用TSA、2A、0.1 ×LB、HM等4种培养基进行分离纯化.其中采用0.1;、0.5;、1;、2;、5;和10; NaCl的HM培养基分离嗜盐微生物.CTAB法提取所得菌株DNA,用细菌通用引物27F/1492R扩增16SrRNA基因,构建系统发育树.[结果]分离得到33株不同基因型细菌,16SrRNA测序、BLAST比对及系统发育分析将其归为假单胞菌属、金黄杆菌属、红杆菌属、芽孢杆菌属等,其中假单胞菌属占优势.R2A培养基分离效果较好,HM培养基在NaCl 5;～20;区间分离到的菌株数较多.[结论]乌鲁木齐10号冷泉水可培养细菌多样性较低,而中度嗜盐菌数量较丰富.     

广西北部湾入侵植物互花米草内生可培养细菌多样性及促生防病活性分析

【目的】探究不同入侵程度互花米草（Spartina alterniflora）根、茎和叶内生可培养细菌的多样性,并分析其对植物的防病促生活性,为互花米草入侵研究提供新思路,同时为后续的农业应用提供菌种资源。【方法】以不同入侵程度的互花米草为研究对象,采用6种选择培养基,通过稀释涂布法分离内生细菌;利用16S rRNA序列相似性及构建系统发育进化树确定内生细菌的分类地位。通过平板对峙法检测内生细菌拮抗香蕉枯萎病病原菌活性;通过功能培养基分析内生细菌产吲哚乙酸（IAA）、溶磷和固氮等促生活性。【结果】从互花米草的根、茎和叶中共分离出269株内生细菌,根据菌落形态和培养特征去重复后获得82株细菌;对内生细菌进行16S rRNA测序及比对分析,82株细菌分属于6纲16目19科31属,其中包括固氮细菌21株（占25.61%）、产IAA细菌21株（占25.61%）、溶磷菌11株（占13.41%）,可拮抗香蕉枯萎病病原菌14株（占17.07%）,并发现潜在新种13株（占15.85%）。互花米草入侵程度不同,内生细菌多样性也发生变化,随着入侵程度的增加,γ变形菌占据优势,而放线菌和芽孢杆菌多样性增加。【结论】互花米草内生细菌具有丰富的多样性,且多具有促生活性和生防功能,在未来农业生产中具有潜在应用价值。     

螃蟹脚可培养内生细菌多样性及其促生活性研究

【目的】揭示螃蟹脚可培养内生细菌的多样性及其产IAA、铁载体及解磷、解钾能力,筛选具促生活性菌株,为后续植物内生细菌资源的开发与利用提供一定的基础数据和理论依据。【方法】以寄生植物螃蟹脚为研究材料,采用4种分离方法和5种不同培养基分离其内生细菌,通过16S rRNA基因序列对内生细菌进行鉴定,并构建系统发育进化树确定内生细菌的分类地位;从分离获得的螃蟹脚内生细菌中筛选具有ACC脱氨酶活性菌株,并对含ACC脱氨酶内生菌株的产IAA、铁载体及解磷、解钾能力进行测定。【结果】从螃蟹脚中共分离纯化获得60株内生细菌,通过16SrRNA测序及比对分析,去重复后共获得52株螃蟹脚内生细菌,分属于15科22属,其中以悬浮法（Z法）和纤维素—脯氨酸培养基（4号）的分离效果最佳,分别获得16和17个菌属,且以短小杆菌属（Curtobacterium）为优势菌属,占23.08%。促生能力测定结果表明,12株具ACC脱氨酶活性的内生细菌中7株菌（占58.33%）具有产IAA能力,其中菌株SWFU34产IAA能力最强,为4.95mg/mL;10株菌（占83.33%）具有产铁载体能力;8株菌（占66.67%）具解磷和解钾能力,其中有4株菌株（占33.33%）同时具有产IAA、铁载体及解磷、解钾能力。【结论】螃蟹脚蕴藏着丰富的微生物资源及具促生活性的菌株,其中短小杆菌属为优势菌属,假单胞菌属菌株SWFU34的促生活性最突出,具有农业应用的潜力。     

山苍子（Litsea cubeba）可培养内生细菌的多样性

【目的】研究山苍子可培养内生细菌的多样性。【方法】利用添加植物组织浸提液的营养琼脂培养基分离山苍子根、茎、叶及果实中的可培养内生细菌,采用16S rDNA序列鉴定法对分离获得的山苍子可培养内生细菌进行鉴定。同一组织内,对16S rDNA序列及形态完全一样的菌株合并冗余,用Clustalx对分离得到的菌株16S rDNA进行排序,构建NeighborJoining系统进化树,并计算Jaccard指数和多样性指数。【结果】 共分离得到52株山苍子可培养内生细菌（根23株、茎8株、叶7株、果实14株）,分属于芽孢杆菌属（Bacillus）、类芽孢杆菌属（Paenibacillus）、Paenochrobactrum、普罗威登斯菌属（Providencia）、假单胞菌属（Pseudomonas）、鞘氨醇单胞菌属（Sphingomonas）和Lysinibacillus共7个属的16个种,其中芽孢杆菌属细菌40株,与Bacillus tequilensis、解淀粉芽孢杆菌（Bacillus amyloliquefaciens）、苏云金芽孢杆菌（Bacillus thuringiensis）3个种最接近的内生细菌占分离细菌株数的69.2%;根及果实中的可培养内生细菌数量及种属均最丰富,其多样性指数高于茎、叶;叶与果实可培养内生细菌的Jaccard指数最高,达0.56,其余均较低。【结论】山苍子可培养内生细菌在植株内部的分布既有种属特异性,又有器官相似性。