三角鲂形态特征和胰岛素样生长因子-Ⅰ基因的序列分析

对三角鲂(mEGALOBRAMA TERMINALIS)形态学特征进行研究，用RT—PCR的方法从三角鲂肝脏克隆了三角鲂胰岛素样生长因子-Ⅰ(IGF-Ⅰ)基因的cDNA序列。三角鲂传统的形态学数据与团头鲂相似。序列分析表明，三角鲂ICE-Ⅰ cDNA由486个核苷酸构成，编码161个氨基酸，包含整个信号肽、B、C、A、D和E区，与鲂属团头鲂比较，三角鲂与团头鲂IGF-Ⅰ cDNA序列同源性为99．8％，氨基酸序列同源性为99．4％。由此可见三角鲂的遗传学特征与团头鲂非常相似。     

条斑紫菜细胞质甘油醛-3-磷酸脱氢酶的cDNA克隆和序列分析

利用已知甘油醛-3-磷酸脱氢酶(GAPDH)的特征性保守区域获得的探针筛选条斑紫菜cDNA文库,获得了1个全长的cDNA克隆GAP2,编码细胞质甘油醛-3-磷酸脱氢酶(GAPC)。其中GAP2 cDNA插入片段为1596bp,包括一个1008bp的开放阅读框编码336个氨基酸的细胞质甘油醛-3-磷酸脱氢酶(GAPC)蛋白。将获得的GAPC蛋白的氨基酸序列与其它物种的GAPDH序列进行多重序列比较后,发现条斑紫菜的GAPC氨基酸序列包含了4个高度保守的结构域。条斑紫菜GAPC的cDNA序列中GC含量很高,为64．2％,与紫菜EST分析中得到的结果(65．2％)近似。通过GAPDH的分子发育进化分析,对红藻的分类地位进行了初步探讨,条斑紫菜的细胞质甘油醛-3-磷酸脱氢酶的cDNA序列已登记到GenBank数据库,序列号分别为：AY273820。     

5种鲤形目鱼的β珠蛋白基因cDNA的克隆

根据β珠蛋白的N末端和C末端氨基酸序列的保守性设计20bp长的简并引物，用RT—PCR方法扩增并克隆了鲤(Cyprinus carpio)、草鱼(Ctenopharyngodon idellus)、鲫(Carassius auratus Linnacus）、泥鳅(Misgurnus anguillicau-datus)、大鳞副泥鳅(Paramisgurnus dabryanus)5种鲤形目鱼的β珠蛋白基因cDNA。结果表明，克隆的5种鲤形目鱼的β珠蛋白基因cDNA全长为441bp。但它们所编码的氨基酸序列却有较大的差异，鲤和泥鳅的序列相似性最高，达97．93％，而泥鳅和大鳞副泥鳅的相似性最小，仅有80．68％，其余的相似性介于二者之间。     

凡纳滨对虾(Litopenaeus vannamei) F0-ATP合酶b链全长cDNA的克隆及组织分布

采用RACE方法克隆得到了凡纳滨对虾(Litopenaeus vannamei)的F0-ATP合酶b链基因的全长cDNA序列.生物信息学分析显示,该基因开放阅读框744 bp,编码248个氨基酸,分子量为28.2 kDa.Blast比对结果显示,克隆得到的cDNA序列所编码的氨基酸序列与海虱(Caligus clemensi) F0-ATP合酶β亚基的同源性为50%,与黑腹果蝇(Drosophila melanogaster) F0-ATP合酶β亚基的同源性为60%.免疫组化实验及流式细胞分析表明,F0-ATP合酶b链广泛分布于对虾鳃组织中,并且在对虾血细胞表面有分布.     

凡纳滨对虾(Litopenaeus vannamei) F0-ATP合酶b链全长cDNA的克隆及组织分布

采用RACE方法克隆得到了凡纳滨对虾(Litopenaeus vannamei)的F0-ATP合酶b链基因的全长cDNA序列。生物信息学分析显示,该基因开放阅读框744 bp,编码248个氨基酸,分子量为28.2 kDa。Blast比对结果显示,克隆得到的cDNA序列所编码的氨基酸序列与海虱(Caligus clemensi) F0-ATP合酶β亚基的同源性为50%,与黑腹果蝇(Drosophila melanogaster) F0-ATP合酶β亚基的同源性为60%。免疫组化实验及流式细胞分析表明,F0-ATP合酶b链广泛分布于对虾鳃组织中,并且在对虾血细胞表面有分布。     

二倍体泥鳅线粒体细胞色素b基因的序列分析

对二倍体泥鳅的线粒体细胞色素b基因进行PCR扩增和正反测序，在5个个体中均得到序列一致的细胞色素b基因片断，长度为1140bp，A、T、G、C含量分别为313（28％）、358（31％）、170（15％）、300（26％），A＋T〉C＋G，与其他水生动物相同基因片段碱基序列含量相似，该基因中密码子第1位核苷酸中4种碱基组成较为均衡；第2位核苷酸中T的使用率较高，为33．4％，G的使用率较低，为17．1％；密码子第3位A的使用率高，为34．2％，而G的使用率较低，仅为7．9％；由泥鳅细胞色素b基因片断推导出对应的氨基酸序列，在氨基酸序列中Leu占11．％，远高于其他氨基酸。     

鲮生长激素基因cDNA的分子克隆和序列分析

根据生长激素(growth hormone,GH)基因的保守性序列设计1对引物,利用RT—PCR技术从鲮(Cirrhina molitorella)脑垂体组织中克隆出经生长激素成熟肽cDNA片段,将纯化的DNA片段克隆到pUCm—T载体上。克隆的鲮GH cDNA开放阅读框全长567bp,编码由188氨基酸残基组成的生长激素成熟肽。序列分析结果表明,鲮GH成熟肽氨基酸序列与另2种鲮—印鲮(Cirrhina mrigal)和南亚野鲮(Labeo rohita)的成熟肽氨基酸序列同源性分别为87％和83％,与鲤的成熟肽氨基酸序列同源性为96％,并对9个科的17种鱼进行了分子系统进化树分析,结果与根据传统的形态学和生化特征分类进化地位基本一致。本研究所克隆的基因序列和推测的蛋白质序列已登录入GeoBank、EMBL和DDBJ基因库,序列号分别为AF458105和从AAL151107．1。     

三角鲂形态特征和胰岛素样生长因子-Ⅰ基因的序列分析(英文)

对三角鲂(Megalobramaterminalis)形态学特征进行研究,用RT-PCR的方法从三角鲂肝脏克隆了三角鲂胰岛素样生长因子-Ⅰ(IGF-Ⅰ)基因的cDNA序列。三角鲂传统的形态学数据与团头鲂相似。序列分析表明,三角鲂IGF-ⅠcDNA由486个核苷酸构成,编码161个氨基酸,包含整个信号肽、B、C、A、D和E区,与鲂属团头鲂比较,三角鲂与团头鲂IGF-ⅠcDNA序列同源性为99.8%,氨基酸序列同源性为99.4%。由此可见三角鲂的遗传学特征与团头鲂非常相似。     

栉孔扇贝C型凝集素基因的cDNA克隆和序列分析

利用本实验室已建立的栉孔扇贝cDNA文库中已知表达序列标签(expression sequence tag,EST),采用cDNA末端快速扩增(rapid amplification of cDNA end,RACE)技术获得目的基因的cDNA编码全序列.利用BLAST比对分析,结果发现目的基因序列与日本鳗鲡(Anguilla japonica)C型凝集素(C-type Lectin)E值达4e-19;利用Clustalw软件将目的基因与脊椎动物和节肢动物C型凝集素的多序列比对,发现克隆片段具有C型凝集素家族的标签序列模式且有很高的同源性,在该序列中形成二硫键的4个保守的半胱氨酸,与其他物种C型凝集素的二硫键结构非常相似;同时发现在其成熟肽中含有糖识别域(carbohydrate recognition domain,CRD),且Cys的位点是保守的.分析结果表明我们克隆的目的基因极可能为栉孔扇贝(Chlamys farreri)的C型凝集素基因.     

鳜胃蛋白酶原基因cDNA全长的克隆与序列分析

利用RT–PCR和cDNA末端快速扩增法(RACE)克隆鳜(Siniperca chuatsi)胃蛋白酶原基因cDNA全长序列，并对该基因的结构特征和系统进化关系进行了分析。鳜胃蛋白酶原基因cDNA序列全长1367 bp，5′端非翻译区43 bp，3′端非翻译区187 bp，开放阅读框(ORF)1137 bp，共编码378个氨基酸。鳜胃蛋白酶原氨基末端存在信号肽和激活肽序列，序列中含有催化活性必需的2个天冬氨酸残基和构成二硫键的6个半胱氨酸残基。鳜胃蛋白酶原氨基酸序列与其他脊椎动物胃蛋白酶原氨基酸序列的同源性为59.9%～91.2%，表明胃蛋白酶原基因在脊椎动物的长期进化中比较保守。鳜胃蛋白酶原基因的成功克隆不仅为进一步研究该基因的时空表达奠定基础，而且为鱼类胃蛋白酶原的分子特征和进化提供了新的资料。     

Characterization of a cDNA encoding a homolog of actin-related protein 4 from a marine red alga Porphyra yezoensis

ABSTRACT:   A cDNA ( PyARP4 ) containing an open reading frame for a protein of 573 amino acids was identified in the marine red alga Porphyra yezoensis . The conceptual PyARP4 protein exhibits significant similarity to actin-related protein (ARP) 4 in the terrestrial plant Arabidopsis . Comparison of the deduced amino acid sequence showed moderate sequence identity (30%) to a conventional actin in P. yezoensis , as seen in comparisons between ARP and conventional actins of other organisms. A putative bipartite nuclear localization signal and an actin motif were found within the PyARP4 amino acid sequence. In a phylogenetic analysis, the PyARP4 was found to cluster with the ARP4 of other organisms. The expression level of PyARP4 did not change significantly among four developmental stages of life cycle and was lower than that of a conventional actin. This cDNA therefore may serve as a useful internal standard in gene expression analyses of differentially expressed genes in P. yezoensis .     

条斑紫菜eIF4A基因的电子克隆与试验验证

以拟南芥eIF4A氨基酸序列为信息探针,在条斑紫菜EST(Expressed sequence tag)数据库中找到高度相似的EST,通过人工序列拼接及RT-PCR确认得到了翻译起始因子4A(Eukaryotic translation initiation factors 4A,eIF4A)基因PyeIF4A的cDNA序列.该cDNA序列含有长1278 bp的完整开放阅读框,编码蛋白(PyeIF4A)分子量47.4 kDa,长425 AA.PyeIF4A与小鼠、非洲爪蟾、水稻和拟南芥等多种动植物的eIF4A具有较高的序列一致性,含有eIF4A的保守基序.     

草鱼胞质苹果酸脱氢酶(cMDH)的序列克隆及分析

以实验室构建的草鱼(Ctenopharyngodon idellus)肠道cDNA文库苹果酸脱氢酶(cMDH)EST序列为基础,采用末端快速扩增法(RACE),从健康雌性草鱼(Ctenopharyngodon idellus)肠道细胞RNA中获得1391 bp的草鱼肠道cMDH的cDNA序列(NCBI登录号:EU569765)。结果显示:该序列包含62 bp的5′非编码区(5′-UTR),330 bp的3′非编码区(3′-UTR),典型加尾信号AATAA位于polyA起点上游16 bp。开放阅读框ORF长999 bp,共编码333个氨基酸,预测蛋白等电点为6.67,大小为36 kDa。多序列比对显示草鱼胞质苹果酸脱氢酶具有典型的苹果酸脱氢酶功能区保守序列,该酶与斑马鱼cMDH相似度最高达到95.5%,与模式植物拟兰介的相似度为57.8%,其预测三级结构具有典型cMDH功能区。Southern杂交结果表明草鱼cMDH属于多拷贝基因家族。     

靖海湾条斑紫菜的营养及鲜味评价

以不同收割期的靖海湾条斑紫菜(Pyropia yezoensis)为研究对象,对比分析营养价值并评价其鲜味。通过测定基本营养成分、无机元素组成和氨基酸组成,分析其营养学特征,通过测定游离氨基酸与呈味核苷酸组成,进而计算滋味活性值(Taste active value, TAV)与味精当量(Equivalent umami concentration, EUC)。结果显示,靖海湾条斑紫菜蛋白质含量丰富,头水和二水紫菜的蛋白含量均在49%以上,显著高于四水和六水紫菜(P<0.05)。不同收割期条斑紫菜的脂肪含量较低,均小于1.1%。常量元素中P含量最低,K含量最高,约为2.59×104~5.52×104 mg/kg;微量元素以Fe含量最高,Zn次之,Co最低;Pb含量明显低于GB 2762-2017的限量要求。头水、二水紫菜与四水、六水紫菜的必需氨基酸及氨基酸总量间存在显著差异(P<0.05)。游离谷氨酸和次黄嘌呤核苷酸对条斑紫菜的鲜味起主要贡献作用,头水、二水、四水和六水紫菜的EUC(以干基计)依次降低,分别为239.71、190.03、108.05和51.56 g MSG/100 g。靖海湾条斑紫菜具有较高的营养价值,且收割前期的靖海湾条斑紫菜鲜味度较高,可作为开发调味品的原料。     

Expression of HSP70 in response to heat-shock and its cDNA cloning from Mediterranean blue mussel

Expression of HSP70 in response to heat-shock was investigated at the protein and mRNA levels in Mediterranean blue mussel. Western and Northern blot analyses revealed that HSP70 was expressed following heat-shock in the mantle at both protein and mRNA levels, suggesting that gene expression of HSP70 is implicated in the cellular response to heat-shock stress in mussel. It was then attempted to clone HSP70 cDNA in order to determine the primary structure of mussel HSP70. As a result, two full-length cDNA encoding HSP70 were isolated from a cDNA library prepared from the heat-shocked mantle. The isolated cDNA consist of single open reading frames of 2067 bp and 1911 bp which encode proteins of 689 amino acids and 637 amino acids, respectively. Both HSP70 cDNA encode an ATPase do main, and a substrate-binding do main in addition to a Glu-Glu-Val-Asp (EEVD) peptide motif that is specific for cytosolic HSP70. These findings suggest that the cDNA clones obtained in the present study encode cytosolic HSP70.     

坛紫菜rbcS及rbcL-rbcS基因间隔区的序列分析

Rubisco是光合作用和光呼吸的关键酶,目前已成为高等植物中研究最深入的酶之一,而在低等藻类中关于该酶的相关研究却很少。以来自浙江和福建的6个坛紫菜(Porphyra haitanensis)无性系为研究对象,以江苏条斑紫菜(P.yezoensis)为参照,克隆了其Rubisco小亚基(rbcS)及大小亚基基因间隔区共516 bp的序列。序列分析结果表明,其中4个坛紫菜系(Hza、Hzf、Hpt、Hzz)的基因序列完全相同(以其作为标准),坛紫菜Hzb和Hzc与其均只有1个碱基差异,而条斑紫菜Yn55与其差别碱基为46个。将本实验的7条紫菜序列与GenBank数据库收录的17条紫菜Rubisco序列一起做系统分析,结果表明坛紫菜和条斑紫菜都分别归到了各自的类群中。以上结果说明,紫菜rbcS和rbcL-rbcS基因间隔区序列的同源性较高,可用于种以上水平的系统分析。     

奥利亚罗非鱼DMT基因克隆与序列分析

利用RT-PCR和cDNA末端快速扩增法(RACE)分离、克隆奥利亚罗非鱼(Oreochromis aurea)睾丸DMT(DM-do-main gene in testis)基因,并进行序列测定与分析。结果表明,该基因cDNA序列全长1 260 bp,包括74 bp 5’非翻译区,879 bp阅读框以及含poly(A)信号AATAAA的307 bp 3’非翻译区,阅读框共编码292个氨基酸。序列同源性分析表明,不同进化地位动物的DMRT1基因DM域编码序列存在高度同源性,显示DMRT1基因在系统进化上高度保守。生物信息学分析表明:DMT基因编码蛋白无信号肽,无跨膜区域,有多个蛋白激酶C、酪蛋白激酶Ⅱ磷酸化位点和N-糖基化位点,推测其可能在细胞信号传导中发挥作用,且其生物活性可能接受信号途中多种信号的调控。该基因的成功克隆及生物信息学分析不仅为DMRT1基因的分子进化和相似性比较研究提供了新的材料,而且对进一步研究其编码蛋白的结构与功能以及其在鱼类性别调控中的作用具有重要意义。[中国水产科学,2007,14(1):23-31]     

条斑紫菜烤制前后特征风味变化研究

为探讨烤制对条斑紫菜(Porphyra yezoensis)主要风味物质的影响,研究烤制前后条斑紫菜挥发性成分的变化。采用电子鼻、FlavourSpec®风味分析仪和固相微萃取–气相色谱–质谱联用(SPME-GC-MS)对比分析条斑紫菜在烤制前后挥发性风味物质的组成变化。电子鼻分析结果显示,条斑紫菜烤制前后的挥发性成分存在一定差异,二者的第一、二主成分相同,均为烃类、含氮类物质,但其对主成分的贡献率不同。风味分析表明,条斑紫菜烤制前后挥发性成分差异显著,烤制后出现吡嗪类特征风味物质。SPME-GC-MS分析表明,醛类、醇类、酮类和烷烃类构成了条斑紫菜的主体风味,烤制后吡嗪、甲基吡嗪、2,5-二甲基-吡嗪、2-乙基-5-甲基-吡嗪、3-乙基-2,5-二甲基-吡嗪和2-乙基-6-甲基-吡嗪等物质含量显著增加。综上所述,经过烤制,构成条斑紫菜的主要风味物质发生了明显变化,其中吡嗪类物质的相对含量显著增加。     

cDNA cloning of Japanese oyster stress protein homologous to the mammalian 78-kDa glucose regulated protein and its induction by heatshock

ABSTRACT:    The 78-kDa glucose regulated protein (GRP78), a member of stress proteins, was cloned from a cDNA library of Japanese oyster Crassostrea gigas . The analysis on Japanese oyster GRP78 clone of approximately 2.6 kb revealed that the entire open reading frame was 1983 bp long and encoded 661 amino acid residues. At the DNA sequence level, the coding region of Japanese oyster GRP78 gene was 72, 62, and 62% identical to those of chicken GRP78, Japanese flounder HSP70, and Japanese flounder HSC71 genes, respectively. Deduced amino acid sequence of Japanese oyster GRP78 was 84, 62, and 62% identical to those of chicken GRP78, Japanese flounder HSP70, and Japanese flounder HSC71, respectively. Japanese oyster GRP78 contained an 18-residue sequence at the N-terminus that exhibits characteristics of a cleavable signal sequence. It also contained an ATPase domain, and a peptide-binding domain in addition to a Lys-Asp-Glu-Leu (KDEL) peptide motif that is involved in determining endoplasmic reticulum localization. Northern blot analysis showed that GRP78 mRNA was induced with heatshock treatment in the oyster tissues.