藏鸡与白羽肉鸡垂体转录组差异表达研究

试验旨在通过对藏鸡和白羽肉鸡垂体转录组测序和生物信息学分析,筛选出与鸡生长发育相关的差异表达基因（differentially expression genes,DEGs）及信号通路。本研究选用42日龄健康藏鸡和白羽肉鸡各3只,分别采集垂体组织利用Illumina HiSeq 2000平台进行转录组mRNA测序,对筛选到的DEGs筛选DEGs,GO和KEGG数据库功能注释和富集分析,实时荧光定量PCR验证随机挑选的DEGs表达水平。结果显示,藏鸡和白羽肉鸡分别获得126 094 302和125 666 442条clean reads。与白羽肉鸡相比,藏鸡垂体组织中共有DEGs 392个,其中196个为上调基因,196个为下调基因（P<0.05）,其中包括生长激素（GH）基因、生长激素释放激素受体（GHRHR）基因和胰岛素样生长因子2 mRNA结合蛋白1（IGF2BP1）基因。GO和KEGG富集分析发现,DEGs显著富集于细胞黏附分子信号通路和神经活性配体-受体相互作用信号通路等细胞通讯相关的信号通路,GH、GHRHR和IGF2BP1基因也显著富集于神经活性配体-受体相互作用信号通路。实时荧光定量PCR结果显示,转录组测序结果准确可靠。综上研究,本研究初步揭示了影响藏鸡和白羽肉鸡生长发育速度差异的关键候选基因和信号通路,为了解鸡垂体组织调节生长发育的分子机制提供了理论依据。     

连城白鸭与沔阳麻鸭胸肌转录组比较

为了解连城白鸭与沔阳麻鸭肉质的差异,本研究选择300日龄连城白鸭与沔阳麻鸭各3只母鸭,测定胸肌粗脂肪、肌苷酸含量,同时对胸肌组织进行转录组高通量测序筛选品种间的差异表达基因,并对其功能进行注释、KEGG通路分析,挑选部分基因进行荧光定量PCR验证。结果显示:2个品种胸肌转录组测序得到40.6 Gb Clean Data,各样品的Clean reads与北京鸭参考基因组的比对效率在68.65%~72.17%。共筛选2333个差异表达基因,其中连城白鸭显著高表达1060个,沔阳麻鸭显著高表达1273个。差异表达基因共富集到280条信号通路中,67条通路显著富集,其中多条通路和肌肉脂肪沉积、能量代谢以及各类物质代谢相关。ACDC、FABP4、AMPD1、MITF、MAOA和CSAD等差异表达基因可能对不同品种鸭特异的肉质风味形成产生影响。经qRT-PCR验证,测序结果可靠。连城白鸭与沔阳麻鸭胸肌转录组比较显示不同地方鸭品种肉质存在一定差异。     

Whole-genome bisulfite sequencing of abdominal adipose reveals DNA methylation pattern variations in broiler lines divergently selected for fatness

The methylation status of pivotal genes involved in fat deposition in chickens has been extensively studied. However, the whole-genome DNA methylation profiles of broiler abdominal adipose tissue remain poorly understood. Using whole-genome bisulfite sequencing, we generated DNA methylation profiles of chicken abdominal adipose tissue from Northeast Agricultural University broiler lines divergently selected for abdominal fat content. We aimed to explore whether DNA methylation was associated with abdominal fat deposition in broilers. The whole-genome DNA methylation profiles of fat- and lean-line broilers abdominal adipose tissue were constructed. The DNA methylation levels of functional genomic regions in the fat broiler were higher than those in the lean broiler, especially in the 3′ untranslated regions (UTRs) and exons in the non-CG contexts. Additionally, we identified 29,631 differentially methylated regions and, subsequently, annotated 6,484 and 2,016 differentially methylated genes (DMGs) in the gene body and promoter regions between the two lines, respectively. Functional annotation showed that the DMGs in promoter regions were significantly enriched mainly in the triglyceride catabolic process, lipid metabolism-related pathways, and extracellular matrix signal pathways. When the DMG in promoter regions and differentially expressed genes were integrated, we identified 30 genes with DNA methylation levels that negatively correlated with their messenger RNA (mRNA) expression, of which CMSS1 reached significant levels (false discovery rate < 0.05). These 30 genes were mainly involved in fatty acid metabolism, peroxisome-proliferator-activated receptor signaling, Wnt signaling pathways, transmembrane transport, RNA degradation, and glycosaminoglycan degradation. Comparing the DNA methylation profiles between fat- and lean-line broilers demonstrated that DNA methylation is involved in regulating broiler abdominal fat deposition. Our study offers a basis for further exploring the underlying mechanisms of abdominal adipose deposition in broilers.     

系统分析多组织转录组鉴定影响猪脂肪沉积的关键基因

旨在挖掘影响松辽黑猪脂肪沉积的关键基因及脂肪、肝和肌肉在体内的功能。本研究选择体重100 kg左右健康且背膘厚差异显著的6头(高、低各3头)松辽黑猪为试验动物,利用高通量转录组测序技术检测其脂肪、肝和背最长肌组织中基因的表达水平,鉴定不同脂肪沉积猪和不同组织中的差异表达基因,并分析差异表达基因的生物学功能。结果表明,在不同分组的猪中发现135个差异表达基因,其中部分参与了PPAR信号通路、AMPK信号通路、代谢通路、脂肪酸代谢和甘油代谢等通路。经生物学功能分析发现,EHHADH、ME1、SCD、OLR1、PHGDH、ACLY、LEP和CYP超家族基因等基因为影响猪脂肪沉积的关键基因。在不同组织的差异表达表达基因中,脂肪组织中高表达的基因显著富集在胰岛素信号通路、MAPK信号通路、三羧酸循环、氧化磷酸化等通路;肝中高表达基因显著富集在多种物质的代谢、脂肪酸的降解、氨基酸的合成等通路;背最长肌中高表达的基因主要参与了蛋白质的降解、PI3K-Akt信号通路、氧化磷酸化通路、Wnt信号通路、磷脂酰肌醇信号通路等通路。不同组间差异表达基因分析结果提示,EHHADH、ME1、SCD、OLR1、PHGDH、ACLY、LEP和CYP超家族基因等基因是影响脂肪沉积的关键基因;不同组织间差异表达基因表明,脂肪组织是脂肪合成的主要部位,而肝和肌肉组织主要涉及脂肪酸的降解。本研究结果对脂肪性状的遗传改良、机理解析有一定意义。     

C型产气荚膜梭菌外毒素致小鼠肠道损伤的转录组分析

旨在探索产气荚膜梭菌外毒素造成机体炎性损伤及免疫调控紊乱的毒性机制,为产气荚膜梭菌病的致病机理研究提供理论基础。将C型产气荚膜梭菌强毒株C59-2培养上清腹腔注射BALB/c小鼠,采集小肠样本进行转录组测序,筛选差异表达基因,并对其进行GO功能注释和KEGG通路富集分析。结果显示,共获得40.99 Gb有效碱基,筛选后共得到795个差异表达基因,其中,229个基因表达上调,566个基因表达下调,对随机选取的10个基因进行q-PCR验证,其相对表达量与转录表达谱一致。GO功能注释主要涉及G蛋白偶联核苷酸受体活性和G蛋白偶联嘌呤核苷酸受体活性等。KEGG通路富集分析发现,主要富集在TNF信号通路、IL-17信号通路、p53信号通路、FOXO信号通路、Toll样受体信号通路、NF-κB信号通路等。产气荚膜梭菌外泌毒素侵入机体,会激活TNF等炎性信号通路,进而造成肠道发生炎性损伤甚至坏死。     

APAP急性肝损伤小鼠肝脏组织转录组RNA-seq及相关信号通路分析

[目的]筛选与对乙酰氨基酚（acetaminophen,APAP）诱导的急性肝损伤发生发展相关的基因和关键信号通路。[方法]建立C57BL/6J小鼠APAP急性肝损伤模型。构建正常小鼠肝脏组织样本和APAP急性肝损伤小鼠损伤后第2天肝脏组织样本的2个cDNA文库,进行转录组测序。对获得的转录组测序数据进行组装及功能注释。使用DESeq R包（1.10.0）分析具有生物学重复的差异基因的表达,利用KOBAS软件确定KEGG信号通路中差异表达基因的静态富集。[结果]APAP急性肝损伤小鼠损伤后第2天与正常小鼠肝脏组织转录组相比,共有7 270个DEGs,包括3 707个显著（P<0.05）上调表达基因和3 563个显著（P<0.05）下调表达基因。在所有显著上调表达基因中,表达量变化幅度较大的是Col1a1、Gsta1、S100a6基因;在所有显著下调表达基因中,差异表达量位于前3位的基因是Slc1a2、Glul、Acaa1b。共有2 515个DEGs在316个不同的KEGG通路中富集,显著上调表达基因富集的信号通路主要是趋化因子信号通路、B细胞受体信号通路、NOD样受体信号通路、ECM受体相互作用信号通路等免疫和炎症相关信号通路,显著下调表达基因富集的信号通路主要是氧化磷酸化、脂肪酸降解、脂肪酸代谢、碳代谢等合成代谢信号通路。[结论]在APAP急性肝损伤过程中涉及多个信号通路的参与,趋化因子信号通路和ECM受体交互作用信号通路可能是急性损伤期中发挥主要作用的信号通路。     

Functional microRNA screening for dietary vitamin E regulation of abdominal fat deposition in broilers

ABSTRACT

1. Functional microRNA (miRNA) screening for abdominal fat tissue with different dietary vitamin E (VE) levels was performed to reveal miRNAs, genes and metabolic pathways involved in abdominal fat deposition in broilers.

2. A total of 240, one-day-old healthy female chicks were randomly allocated into five dietary treatments containing either 0, 20, 50, 75 or 100 IU DL-α-tocopherol acetate. The sequencing of miRNAs from abdominal fat tissues was performed. The target genes of miRNAs were predicted and enrichment analysis for these genes was performed. Diets supplemented with 50 IU VE significantly diminished abdominal fat deposition in broilers at day 35 of age.

3. A total of 29 miRNAs were differentially expressed between control and 50 IU VE treatment. Ten of the 23 target genes were enriched in four signalling pathways: tight junction, SNARE interactions in vesicular transport, regulation of autophagy and proteasome.

4. This study identified miRNA, target genes and pathways in dietary VE treatment for broilers, providing new insights into the miRNA regulation of abdominal fat deposition in broilers.     

影响藏猪与大约克夏猪肌肉品质的lncRNA的筛选及功能分析

旨在分析藏猪和大约克夏猪(180日龄)背最长肌组织中与猪肉质性状相关的长链非编码RNA (lncRNAs)和基因,探讨lncRNAs在猪肉品质中的分子调控作用,为猪肉质性状的改良提供理论依据.本研究根据先前公布的数据,以饲养在相同条件下的180日龄健康藏公猪(n-3)和大约克夏公猪(n-3)为研究对象,收集背最长肌肉品...     

基于RNA-seq数据鉴定苏姜猪肉质性状相关基因

试验通过对苏姜猪背最长肌和腿肌进行转录组分析,旨在挖掘影响苏姜猪肌肉肉质性状的候选基因。选取90和180日龄苏姜猪各3头,利用RNA-seq技术对90日龄苏姜猪背最长肌、180日龄苏姜猪背最长肌和腿肌进行测序,对差异表达基因进行GO功能和KEGG Pathway显著性富集分析。结果显示,180日龄苏姜猪背最长肌和90日龄苏姜猪背最长肌中有1 655个基因差异表达,其中474个基因表达上调,1 181个基因表达下调,GO功能和KEGG Pathway显著性富集分析发现,474个表达上调基因主要参与肌肉纤维、转录调节、钙信号通路、MAPK信号通路、胰岛素信号通路、FOXO信号通路等生物学功能,1 181个表达下调基因主要参与免疫、造血、溶酶体、绑定、酶活性等生物学功能;180日龄苏姜猪背最长肌和腿肌中有383个基因差异表达,其中70个基因表达上调,313个基因表达下调,GO功能和KEGG Pathway显著性富集分析发现,70个表达上调基因未能显著富集,313个表达下调基因主要参与细胞分化增殖、肌肉发育、细胞外基质、cGMP-PKG信号通路等生物学功能。本试验获得了苏姜猪背最长肌和腿肌组织的转录组信息,筛选出6个与苏姜猪肉质性状相关的候选基因：FOXO1、FOXO3、FOXO4、MYF6、A-FABP和H-FABP,为深入研究苏姜猪肉质性状的分子机理奠定基础。     

Combined microRNAome and transcriptome analysis of follicular phase and luteal phase in porcine ovaries

The aim of this study was to explore the expression difference of miRNAs and mRNAs between the follicular phase (FP) and luteal phase (LP) in porcine ovaries and provide a theoretical basis for the research on mammalian reproductive regulation. RNA‐Seq and miRNA‐Seq were used to identify differentially expressed genes (DEGs) and miRNAs (DEMs) between the FP and LP in ovaries of six sows (3‐year‐old Yorkshire pigs with similar weights and same parities). Bioinformatic analysis was used to screen potential genes and miRNAs related to porcine ovarian function. Real‐time qualitative PCR was used to validate the sequencing results. RNA‐Seq results showed that 3,078 genes were up‐regulated, and 1,444 genes were down‐regulated in the LP compared with the FP, and DEGs were significantly enriched in 242 Gene Ontology (GO) terms and 33 Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes (KEGG) pathways. miRNA‐Seq identified 112 DEMs, of which 25 were up‐regulated and 87 were down‐regulated in the LP compared with the FP. We obtained 186 intersection genes (IGs) between the 4,522 DEGs and 2,444 target genes predicted from the 112 DEMs. After constructing a miRNA‐gene‐pathway network, we identified key miRNAs and genes including miR‐17‐3p, miR‐214, miR‐221‐5p, miR‐125b, FGF1, YWHAG, YWHAZ, FDFT1 and DHCR24, which are enriched in Hippo and PI3K‐Akt signalling pathways, and various metabolic pathways. These results indicate that these key genes and miRNAs may play important roles in the developmental transition from FP to LP in porcine ovaries and represent candidate targets for further study.     

基于RNA-Seq数据分析环格列酮和胰岛素诱导延边黄牛前脂肪细胞分化的差异表达基因

试验旨在探讨过氧化物酶体增殖物激活受体γ（peroxisome proliferators-activated receptors，PPARγ）激动因子（环格列酮）和胰岛素对延边黄牛前脂肪细胞脂质代谢的影响及可能的调控机制。试验分为对照组（CON，5% FBS）、胰岛素处理组（I组，5% FBS+10 mg/L胰岛素）、环格列酮处理组（C组，5% FBS+10 mg/L环格列酮）、胰岛素+环格列酮处理组（IC组，5% FBS+10 mg/L胰岛素+10 mg/L环格列酮）。各组处理144 h，通过RNA-Seq技术对其进行转录本测序，差异表达基因进行GO功能注释和KEGG富集分析。差异表达基因分析结果显示，与对照组相比，IC组差异表达基因数量为1 764个，比I和C组分别多276和569个，3个试验组间共有371个差异基因；IC组上调基因数量为974个，分别比I和C组多140和249个，IC组下调基因为790个，I和C组下调基因分别为654和470个。差异基因的GO分析表明，各处理组的差异基因参与了细胞过程、代谢过程以及生物过程的调节；在分子功能上，主要是分子功能调节剂、转运活性、转录调节活性等；在细胞成分上，大多数差异基因被富集到细胞器、细胞膜及胞外区等。KEGG通路分析发现，差异表达基因主要富集在FoxO、PPAR、TGF-β、p53等信号通路。综上所述，胰岛素和环格列酮单独处理与二者共同处理对延边黄牛前脂肪细胞分化的调控机制有所差别，其中二者共同处理对分化的促进作用更加明显。本研究结果为研究环格列酮与胰岛素在调节脂肪生成中的功能和分子机制提供了依据。     

Transcriptomic gene profiling of porcine muscle tissue depending on histological properties

In pig, the histological profile of muscle tissue, especially the proportion of individual fiber types, is one of the main factors affecting meat quality properties. In the present research, RNA sequencing (RNA‐seq) by using next generation sequencing method was applied to estimate the whole gene expression profile of Longissimus lumborum muscle of pigs (Large White breed) differing in the percentage of two fiber types (slow‐twitch (type I) fibers and fast‐twitch glycolytic (type IIB) fibers). The RNA‐seq approach allowed us to identify 355 differentially expressed genes (DEGs) indicated as significant (false discovery rate‐adjusted P < 0.05) using three types of software: DESeq2, edgeR and baySeq. Detected genes and pathways deregulated in muscle depending on tissue microstructure were associated with: metabolic processes – 158 genes; cellular processes – 122; biological regulation – 62; localization – 51; and 35 genes with developmental processes. The DEGs were included in: PI3K‐Akt; FoxO and MAPK signaling pathways, regulation of actin cytoskeleton, lysine degradation and insulin signaling pathway as well as mTOR and Hippo signaling pathways. These results highlight the mainly metabolic pathways related to glucose metabolism and contraction processes of muscle cells. Detection of genes involved in variation of fiber‐type distribution will be useful in understanding of the genetic factors affecting muscle structure, metabolic process and indirectly, meat quality traits.     

基于转录组测序研究健康三益菌对肉鸡脂质代谢的影响

旨在探讨健康三益菌调控肉鸡脂质代谢的主要基因和通路,阐明其影响脂质代谢的作用机理.本研究选取200只1日龄雄性黄麻肉鸡随机分为2组,每组5个重复,每个重复20只,对照组正常饮水,益生菌组在饮水中添加1％健康三益菌复合制剂(干酪乳杆菌:嗜酸乳杆菌:双歧杆菌=1 ∶ 1 ∶ 2),试验期为42 d.测定肉鸡肉质品质,并对回...     

基于网络药理学探讨白龙散治疗鸡腹泻的作用机制

【目的】 采用网络药理学技术与方法预测白龙散治疗鸡腹泻的物质基础、作用靶点和通路。【方法】 通过中药系统药理学分析数据库TCMSP筛选中药复方白龙散中的白头翁、黄连、龙胆的有效活性成分及其潜在作用靶点。通过GeneCards和OMIM数据库检索鸡腹泻的相关疾病靶点。利用Venny平台获得药物和疾病的交集靶点。将交集靶点上传至STRING数据库进行分析,构建蛋白互作（PPI）网络图并获得关键靶点,并进一步对关键靶点进行GO功能和KEGG通路富集分析。【结果】 共筛选得到活性成分27个,药物靶点57个,疾病靶点4 207个;药物与疾病交集靶点45个。PPI网络发现原癌基因蛋白质C （MYC）、雌激素受体1（ESR1）、白细胞介素-6（IL-6）、G1/S-specific周期蛋白D1（CCND1）等45个蛋白可能是白龙散治疗鸡腹泻的关键靶点。GO功能富集分析确定了112个条目,KEGG通路富集分析确定了22条通路。【结论】 中药复方白龙散主要通过槲皮素、山奈酚、异鼠李素等多个化学成分调控转录因子AP-1（JUN）、MYC、ESR1、IL-6等靶点,作用于细胞因子-细胞因子受体相互作用、肿瘤抑制蛋白（p53）信号通路、丝裂原活化蛋白激酶（MAPK）等信号通路来治疗鸡腹泻。     

大型迪庆藏猪不同生长阶段背脂与腹脂脂质代谢差异基因及调控网络分析

旨在筛选大型迪庆藏猪不同生长阶段、不同部位脂质代谢差异的关键基因。本研究选择胎次相同、出生日期相近、体重10 kg左右的大型迪庆藏猪36头,随机分为3组,相同条件育肥,分别在平均体重达40、80和120 kg时屠宰,测定胴体性能,每组采集3头猪的背脂和腹脂进行高通量转录组测序,测序数据经拼接、比对,筛选与脂质代谢相关的显著差异基因并进行GO、KEGG分析、基因互作网络分析。结果表明,40、80和120 kg大型迪庆藏猪腹脂vs.背脂分别筛到486、765和339个差异表达显著基因,随机挑选的EGR2、SOD3等5个差异表达显著基因的qPCR结果与转录组测序结果一致,差异表达显著基因主要富集在肌肉收缩、细胞黏附、间充质细胞增殖正调节等GO条目,心肌收缩、PI3K-Akt信号通路、Hippo信号通路等KEGG通路;40 kg组EGR2、RARRES2、TMOD4和SFRP2基因位于网络核心,EGR2、RARRES2、SFRP2在腹脂上调,TMOD4下调;80 kg组THBS1、PPARA、NRIP1和LPL基因位于网络核心,4个核心基因均在腹脂上调;120 kg组HTRA1、TSHR、LR...     

基于转录组测序挖掘奶牛乳脂代谢关键候选基因

旨在对高、低乳脂率奶牛乳腺上皮细胞（BMECs）转录组测序的mRNA表达谱数据进行深入分析,挖掘影响奶牛乳脂代谢的关键候选基因。本研究采用Illumina PE150方法对乳脂率具有极端差异的荷斯坦奶牛（高、低乳脂组各4头）的BMECs进行转录组测序,以P<0.05和|log₂FoldChange|≥1.5为阈值筛选差异表达基因,并利用KOBAS在线网址进行功能富集分析,最后通过实时荧光定量PCR （qRT-PCR）技术分析测序结果的准确性及乳脂代谢相关差异表达基因的组织表达谱。结果表明,在高、低乳脂组之间共发现578个差异表达基因,包括332个上调差异表达基因,246个下调差异表达基因。功能富集分析共确定了包含生物学过程（BP）、细胞组分（CC）和分子功能（MF）的366个显著富集的GO条目（P<0.05）,其中与脂代谢密切相关的GO条目有长链脂肪酸的运输、脂肪细胞分化的正向调节、乳腺肺泡发育、花生四烯酸的结合等。差异表达基因显著富集到47条KEGG通路（P<0.05）,参与脂代谢的通路有15条,分别为脂肪细胞内脂解的调节、磷脂酶D信号通路、河马信号通路等,其中ID2、PRKKA2、FABP4和ADCY5为可能调控乳脂代谢的关键候选基因。组织表达谱分析发现,FABP4在乳腺组织中的表达水平相对最高,ID2、PRKKA2和ADCY5相对于其它组织在乳腺中的表达也均处于较高水平。本研究筛选得到了4个影响奶牛乳脂代谢的重要候选基因,为今后奶牛乳脂代谢的分子调控机制研究提供了重要的理论依据。     

发情周期不同阶段绵羊卵巢lncRNA的鉴定和功能分析

旨在分析不同繁殖周期绵羊卵巢组织中长链非编码RNA (long non-coding RNA,lncRNA)的表达谱,了解lncRNA表达及其调控机理,为绵羊繁育研究提供理论依据。本研究以湖羊为研究对象,选取年龄在1.5～2.5岁的黄体期和卵泡期母羊各3只,通过高通量测序筛选出卵巢组织中的lncRNA,运用生物信息学分析对差异表达的lncRNA进行靶基因预测,通过GO和KEGG富集分析找出与绵羊繁殖相关的通路。结果显示,本研究共获得1 379个差异表达的lncRNAs,其中1 158个表达上调,221个表达下调。GO和KEGG富集分析表明,差异表达的lncRNAs及其靶基因主要参与卵泡发育、排卵周期过程、钙离子信号通路、卵母细胞减数分裂、催产素信号通路、MAPK信号通路、甲状腺激素合成通路、雌激素信号通路。关键的lncRNAs可能通过调控参与这些信号通路和生物学过程的相关基因来调控生殖。其中,LNC_011239、LNC_012847、LNC_003902、LNC_003906、LNC_003907等靶向的MAPK1、ADCY1、ADCY5、PPP3CA和CDC23可能发挥关键的调控作用。qRT-PCR验证证明,随机选取的5个差异lncRNAs定量结果与测序结果基本一致。本研究利用RNA-Seq技术筛选出黄体期和卵泡期卵巢组织中的lncRNAs,并进行差异分析,为揭示绵羊繁殖能力的分子机制提供依据。     

鸡毒支原体MG-HY株感染鸡气管的转录组学分析

旨在进一步探究鸡毒支原体（MG）感染SPF雏鸡后气管基因组转录水平的变化,筛选出MG感染后参与气管黏膜炎性损伤的差异表达基因和调控通路。使用MG-HY株菌液按0.2 mL·羽^-1经点眼滴鼻感染SPF雏鸡,感染后收集气管组织利用RNA-Seq技术进行测序分析。转录组分析结果显示,在MG感染期间RNA-seq共筛选出3 112个显著（P<0.01）差异表达基因（DEGs）,其中,1 646个上调基因,1 466个下调基因。GO功能分析显示,差异基因主要涉及生物调节、刺激的反应、多细胞生物过程、细胞成分组织或生物发生等生物过程。KEGG-Pathway分析发现差异基因参与黏膜免疫信号传导通路,例如：细胞因子-细胞因子受体相互作用,细胞黏附分子（CAMs）,细胞外基质（ECM）受体相互作用、紧密连接、PPAR信号通路和MAPK信号通路等,表明这些基因参与了MG诱导的雏鸡气管炎症反应和损伤。使用qRT-PCR验证与黏膜免疫相关的13个差异表达的基因,其结果与转录组分析一致。本研究为进一步阐明MG感染导致宿主气管黏膜上皮损伤和黏膜免疫机制提供了基础。